The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
102
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structure length |
102
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Chain Sequence |
SVLSGGELDKWEKIRLRPGGKKQYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEELRSLYNTIAVLYCVHQRIDVKDTKEALDKIEEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Implications for Viral Capsid Assembly from Crystal Structures of HIV-1 Gag 1-278 and CAN 133-278.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Matrix protein p17 (MA)
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| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Human immunodeficiency virus 1
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| total genus |
40
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| structure length |
102
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| sequence length |
102
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00540 | Gag_p17 | gag gene protein p17 (matrix protein) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2NV3 A; 1L6N A; 2K4E A; 2H3V A; 2N1R A; 1HEK A; 2LYB A; 4IC9 A; 2H3Z A; 1TAM A; 1UPH A; 2H3I A; 2HMX A; 2H3F A; 2JMG A; 4JMU A; 1ED1 A; 2K4I A; 4ICA A; 2GOL A; 1HIW A; 2H3Q A; 2LYA A; 1ECW A; 1A6S A; 2K4H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BPF A; 3VCB A; 3QXG A; 4DLG A; 3SQI A; 4Y2Q A; 2BPC A; 2WFA A; 2R8K A; 1TFR A; 2K8B B; 3UMB A; 4P2H A; 1N5W A; 1DOQ A; 4PGX A; 1NJX A; 9ICF A; 4M6W A; 1X42 A; 2F8K A; 1RPL A; 3QU9 A; 2D8C A; 3KFU F; 3M9N B; 1KSP A; 2NRT A; 3T5L A; 4DS5 A; 3E58 A; 3ETL A; 4GXK A; 1NNL A; 4TUS A; 1DGS A; 4C7Y A; 5J0W A; 3ZDB A; 4JV2 A; 2FMS A; 2I5H A; 1CRX A; 1Z3E B; 4JV1 A; 5J2C A; 1O08 A; 1NKB A; 2ODG A; 4P4M A; 4ICA A; 1L7N A; 5BPC A; 4WJ3 B; 3TAD C; 2KEY A; 8ICE A; 4YR2 A; 3KKA A; 9ICM A; 4M9H A; 4NY8 A; 1ZQI A; 4KLO A; 3A0H U; 1RYS A; 5AKE A; 5IIO A; 3BS7 A; 7ICR A; 1B0X A; 1B22 A; 5KFD A; 1T8E A; 4KLS A; 1UA1 A; 2BZF A; 2W03 A; 4O5C A; 2DKZ A; 2BCQ A; 3F2D A; 1WWV A; 2BGW A; 4DFJ A; 2LYA A; 1Z00 B; 2UVV A; 4J9K A; 3RJJ A; 5IIK A; 1ZYQ A; 3OHB A; 4DOC A; 1HUZ A; 5ALG A; 1XSN A; 2RHF A; 5KFI A; 4O5K A; 4EBE A; 1KL9 A; 1IG6 A; 3BQ1 A; 4M47 A; 3MBY A; 4U6P A; 1ZJM A; 1V85 A; 2K4I A; 4RNM A; 3QUQ A; 4ECU A; 3IG8 A; 1P7D A; 5KG5 A; 2HHV A; 5KG3 A; 3KBB A; 5DB9 A; 5DB7 A; 2HVH A; 2CXY A; 1XNS A; 1X66 A; 2JH7 A; 1UCV A; 4AYB F; 4DQR A; 3TAN A; 2LYB A; 1TK8 A; 2H3F A; 1LB2 B; 1ZQA A; 1NK0 A; 4QZC A; 5L1L A; 2P6R A; 1A0P A; 3IRU A; 2K8C B; 5J2D A; 1QTM A; 4O0I A; 1ZQB A; 2FE9 A; 4MFA A; 2PFP A; 2PFQ A; 5J0Q A; 3RH4 A; 2OEH A; 3V6H A; 2JRZ A; 3RJE A; 3SV4 A; 4BWM A; 3OTQ A; 2RRD A; 4J03 A; 1JUD A; 1TV9 A; 4I2C A; 2HHS A; 2NO4 A; 4R8U B; 5KL1 B; 2WHE A; 4F50 A; 3T79 A; 3QUC A; 3RBE A; 4UBC A; 4ECR A; 2A1J B; 4FZN A; 3UXO A; 5KFG A; 3I1Y A; 4P0Q B; 5AM3 A; 3D2S A; 4I2J A; 2EZZ A; 5J8Y C; 4YR0 A; 3MGH A; 1FIQ A; 7ICU A; 4BXO A; 2FDR A; 4KLJ A; 2ZXI A; 1NJY A; 1ZD5 A; 2IHM A; 3AU2 A; 4OJ5 A; 3DV9 A; 4KLL A; 2HW3 A; 3OPX A; 3MR2 A; 5AIC A; 3QUT A; 4XRH A; 3OJS A; 3MR5 A; 4IR1 A; 3EW9 A; 1RXW A; 2QB0 B; 4KMO B; 1Z4O A; 2DPI A; 2C2D A; 4KLE A; 4B9M A; 4G3I A; 4UB3 A; 4Y2X A; 2ZJA A; 4ACO A; 1KTQ A; 4KLI A; 4C8L A; 5ALV A; 3RAQ A; 4DF4 A; 2HCF A; 1KBU A; 2YMQ A; 1JRP A; 3PX6 A; 1WWU A; 3L5K A; 4MF8 A; 4ECW A; 4JWN A; 2KFN A; 3ISD A; 1S97 A; 4QZE A; 3BS5 B; 1J97 A; 3PNC A; 5KG4 A; 5KFX A; 3NTU A; 4EEN A; 5CR0 A; 4IQW A; 2YMP A; 4UB6 U; 4RQN A; 5DB8 A; 1Q3V A; 1PK3 A; 3V6J A; 5AKX A; 5J8Y A; 5DLF A; 2AGO A; 5JU5 A; 4IQU A; 4TUQ A; 5J0T A; 3HJE A; 2ZIV B; 5ALM A; 7ICN A; 1L7O A; 4YD1 A; 3A0B U; 5EE3 A; 4CF3 A; 5ALI A; 1XWL A; 4C8K A; 2Q4T A; 4F4Y A; 5ALQ A; 3KZI U; 5L1I A; 5AI8 A; 4QIW C; 1L7P A; 1EXN A; 4QZB A; 1ECW A; 2XC9 A; 4R66 A; 2ISO A; 1QLN A; 2GH1 A; 2ZIX B; 4RPZ A; 4RQ8 A; 8ICV A; 4F5R A; 4EEK A; 4IQV A; 5ALR A; 2IBK A; 3RJG A; 1T7P A; 1V38 A; 2AXT U; 3N4M B; 2P66 A; 2R8H A; 4C8M A; 8ICX A; 5AM0 A; 2XCP A; 1QSS A; 2HHT A; 2H5X A; 2KKV A; 2AGQ A; 3ZDC A; 3L4P A; 3GIK A; 1PVP A; 3ZD8 A; 1N5X A; 2RP5 A; 2EAN A; 4MF2 A; 2KKP A; 3AU6 A; 4KLT A; 2KK0 A; 1KRP A; 2BDP A; 3FDS A; 4YMO A; 4IC9 A; 3PX4 A; 2W55 A; 8ICT A; 4YN4 A; 8ICM A; 3EPI A; 2FPM A; 1SZP A; 1L3U A; 5CB1 A; 5KAF U; 2G09 A; 3ONN A; 4K4I A; 2M9N A; 5KG2 A; 2PKE A; 3KOO A; 4P0Q A; 1ZQF A; 4C4T A; 3KHR A; 2ASL A; 1JIH A; 4J9P A; 1L3T A; 2V4R A; 3H4D A; 1XC9 A; 1L5U A; 4RNN A; 3HT3 A; 4UB5 A; 1IM4 A; 4CDG A; 3ZD9 A; 2QB0 A; 2JHD A; 4PZN A; 2W43 A; 3MDA A; 9ICK A; 1KW4 A; 2GLE A; 3EWA A; 2EZX A; 1RYU A; 1MN8 A; 2VKQ A; 2ZIU A; 4YXJ A; 2KIW A; 8ICB A; 1L8L A; 4NXZ A; 2J6T A; 3ISC A; 1UT8 A; 2F2A B; 3BZK A; 2AQ4 A; 2GOL A; 1H38 A; 2XIC A; 2JV3 A; 3V6K A; 4EBD A; 5ALY A; 4FO6 A; 4RT2 A; 1LV5 A; 3HWT A; 1D8Y A; 5KT3 A; 3BS5 A; 3NUQ A; 1TVA A; 1IIP A; 2LPE A; 1ZQV A; 3PR4 A; 5EWE A; 3H0L B; 5B5E U; 9ICJ A; 2KJ9 A; 3FC4 A; 5ALK A; 2OWO A; 1JXL A; 5DKW A; 5BOM A; 4FS1 A; 5EOZ A; 9ICR A; 4P4O A; 3VC8 A; 2XID A; 3IHQ B; 3C29 A; 5F9L A; 2E1E A; 5III A; 3NS1 A; 2ZIV A; 4GXJ A; 4PL2 A; 1TK5 A; 4AP9 A; 3UMC A; 3JPO A; 3MFI A; 2ZUD A; 3LVW A; 3N7P D; 5DG8 A; 5CP2 A; 2ZTC A; 4C8N A; 2AH5 A; 3KHG A; 4F5Q A; 9ICW A; 3KHL A; 4C80 A; 2WF5 A; 1FFU A; 4BGD A; 2W9A A; 4O3S A; 4EZ9 A; 4PHD A; 3I28 A; 5KT6 A; 4NLB A; 5DB6 A; 1L7M A; 3C5G A; 4QW8 A; 5DBC A; 5CEH A; 1SIJ A; 5C5J A; 5AKL A; 5A0L A; 3WKA A; 5KFW A; 5AKZ A; 2W04 A; 4B9L A; 5CWR A; 5AI4 A; 4Z6D A; 3IN5 A; 2NRV A; 3OSP A; 3IP4 B; 1KDH A; 1KFD A; 1FFV A; 3TI0 A; 4YMM A; 2LMR A; 4O3Q A; 2GWS A; 4MFF A; 8ICR A; 4UW9 A; 2JMG A; 7ICJ A; 2P35 A; 4TUP A; 4DL6 A; 1RYR A; 4Y2S A; 2XGQ A; 4Y2V A; 1N61 A; 2KHV A; 4CNQ A; 3M8S A; 1J2N A; 2PFO A; 3V7K A; 1X2I A; 8ICA A; 1ZQ1 C; 4B9U A; 2E8O A; 3QU2 A; 1RG6 A; 4DCC A; 2DPJ A; 1SB3 C; 5FP0 A; 3Q8Q B; 2I9G A; 3HIL A; 2H3Z A; 3WKE A; 2BQR A; 8ICN A; 3WU2 U; 2EQY A; 4UAS A; 2JZB B; 4YXM A; 4OCZ A; 4ED2 A; 7ICP A; 3ISB A; 1WUD A; 1ZQS A; 4B9S A; 2XVT A; 2UVR A; 8ICH A; 3AN1 A; 2D6F C; 3KD3 A; 5TIS U; 2N1R A; 3M6Z A; 2BCV A; 3V7J A; 4ECY A; 2RQ5 A; 2ZG6 A; 3RF9 A; 8ICK A; 1ZD3 A; 5KFR A; 4TQR A; 5KG1 A; 2F77 X; 4DL2 A; 4YG2 A; 7ICL A; 1L3S A; 3OGU A; 2AQ0 A; 2E3T A; 4AYB C; 2LYH A; 3ETR A; 4IR9 A; 1SL0 A; 3H8M A; 3KHH A; 4F71 A; 2YX8 A; 4OJP A; 3C2M A; 4FBT A; 2HVI A; 2LHT A; 1C20 A; 1Y88 A; 4DL4 A; 2JXJ A; 2KSO A; 1NJW A; 2FPL A; 1NK5 A; 9ICE A; 2IMW P; 3MR3 A; 4MEX A; 5EE9 A; 3H40 A; 2WAQ F; 5J2B A; 4DSL A; 4KIT B; 5KT2 A; 7ICK A; 1XO0 A; 2HHQ A; 1PZN A; 2KOB A; 3PR5 B; 5L9X A; 4CGZ A; 4HAI A; 5AKI A; 2EDU A; 2F1J A; 5ALE A; 2RLT A; 2K4E A; 1ZQU A; 1C7Y A; 2A3V A; 3T3F A; 4DQS A; 2F3N A; 2H3I A; 5CRX A; 3R9K A; 3H8J A; 1ZD4 A; 2MUT B; 3QX7 A; 1NKE A; 2KIV A; 2YN4 A; 3RRG A; 3D2Q A; 3RJH A; 2BR0 A; 1KFS A; 2BHN A; 4EYI B; 9ICO A; 5KG6 A; 4US9 A; 1WCN A; 1ZQP A; 1A6S A; 2MSN A; 2K4H A; 2G08 A; 3NVW A; 3GV8 B; 3UQ0 A; 3RR7 A; 3GDX A; 4O3R A; 8ICQ A; 1U45 A; 4YQW A; 5KFK A; 3K4G A; 2KZ3 A; 4ELT A; 4ECS A; 4ED1 A; 1DXS A; 4ED7 A; 4FZM A; 3PST A; 2YQE A; 2BKE A; 2V9W A; 2KJ8 A; 3AMZ A; 3RRH A; 1Z19 A; 2KNJ A; 2ZIW A; 2NRZ A; 3HRD D; 2IOF A; 3UPQ A; 3F5A A; 4QZA A; 2QKQ A; 2B0C A; 4Q45 A; 1OUQ A; 4M0A A; 4ZOH C; 1L3V A; 3SEN A; 1T3N A; 5ALX A; 4KLM A; 1NK9 A; 8ICL A; 3MAB A; 4GLX A; 4F8R A; 3G6Y A; 4M04 A; 1ZOL A; 1N62 A; 3WK5 A; 7ICG A; 5DBB A; 9ICL A; 2YML A; 4ECZ A; 3H7I A; 2GO7 A; 4JB3 A; 2XO7 A; 2G5I B; 3C28 A; 3JPS A; 3CRX A; 4J9N A; 2EAM A; 2FMQ A; 1S77 D; 2PXI A; 3T5K A; 5ALF A; 1BNP A; 1AQ6 A; 1O03 A; 3N28 A; 2LBO A; 7ICV A; 5J2I A; 2HSZ A; 3F53 A; 5AKJ A; 3PSP A; 1T3Q A; 1ZRM A; 2KE7 A; 4C4S A; 4PJ0 U; 4ED6 A; 1N63 A; 1ZQC A; 2YY6 A; 3IDW A; 4C4R A; 4CRX A; 1MC8 A; 4EZ6 A; 3ZDE A; 3GFK B; 4DLE A; 3BQ0 A; 3TAD A; 5KFH A; 3V72 A; 5ALD A; 4B9V A; 3PML A; 3WK6 A; 4DFK A; 4KMU A; 1U49 A; 2F76 X; 4NV0 A; 1SKR A; 3WK9 A; 3NGD A; 2IA6 A; 4M9J A; 2WF8 A; 4RZR A; 4Z6C A; 4CF5 A; 2XI9 A; 1BPY A; 4XA5 A; 3MGI A; 3AL0 B; 2AHO B; 4LVS A; 1Q46 A; 1T94 A; 4DQQ A; 4Q8F A; 1SXD A; 3SAF A; 3LWL A; 5D46 A; 1Z4N A; 1F0M A; 4RPY A; 1NZP A; 2OCE A; 1XU4 A; 1TAU A; 4OJO A; 3LYS A; 3C23 A; 3GQC A; 2MUT A; 2W3S A; 2OHF A; 3SI8 A; 4JMU A; 3Q8S B; 1Q3U A; 2W3R A; 1YZ7 A; 2Y0S F; 4I29 A; 2HHW A; 1U4B A; 4KLQ A; 2OXO A; 2H3Q A; 4KN4 A; 5EWG A; 2HDO A; 2NV3 A; 3ZI4 A; 4CF4 A; 4Q44 A; 1L6N A; 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3Q8K A; 2R8J A; 3PW0 A; 1FEZ A; 8ICW A; 4F4Z A; 2FMP A; 5KFO A; 4BJQ A; 5CJ7 A; 1HEK A; 3LVV A; 1N48 A; 2MU2 A; 4RQ7 A; 1UPH A; 2QLT A; 3SV3 A; 4F4X A; 2VA2 A; 1SGG A; 2ZTE A; 2HOF A; 2C2R A; 1T4G A; 5KG7 A; 3H8S A; 4EBC A; 3H4B A; 4PHA A; 2KFZ A; 4RPX A; 3D2N A; 1NK4 A; 5AI9 A; 1MQ2 A; 2KZZ A; 3NAS A; 1LKY A; 3AM9 A; 2VJ4 A; 3PO5 A; 1A77 A; 4P0P A; 4DS4 A; 3FAH A; 1QCK A; 4RQ5 A; 5DBA A; 2Y1I A; 2KZM A; 5G5G A; 2YB4 A; 2ZXH A; 4RQ2 A; 4NM2 A; 4NL9 A; 5D4B A; 1COO A; 5EE1 A; 5AKY A; 5KFY A; 3TFR A; 3JPP A; 3BDP A; 3GIJ A; 1F5S A; 4F2R A; 2Q0Z X; 2LKY A; 5AM4 A; 5KT4 A; 3GIL A; 1JAL A; 1QQ6 A; 4CE6 A; 3F5E A; 1PK1 A; 1OW5 A; 9ICU A; 2WAQ C; 5H2F U; 5AK6 A; 5AIA A; 5C0Y A; 2JEG A; 4I2G A; 4Y2U A; 2HBM A; 4OO1 J; 1RDF A; 3B0X A; 4RUC A; 4QZG A; 2WF9 A; 2IOH A; 3ALR A; 4C0Z A; 2ZIX A; 1BVS A; 1X40 A; 4USA A; 7ICQ A; 1TKD A; 4G9B A; 3QE9 Y; 3K75 D; 3WK4 A; 4UBB A; 2Y1J A; 5HHI A; 1PVQ A; 2HHX A; 4XUS A; 3BQ7 A; 4M6W B; 5KFS A; 4DSK A; 2PI5 A; 4A8E A; 1QSL A; 3I76 A; 5J2K A; 1SWV A; 5J29 A; 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