The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
MYTAEQKARIKWACRRGMLELDVVIMPFFEECFDSLTESEQDDFVALLESDDPDLFAWVMGHGRCENLGLAAMVDKIVAHNLSKVRLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of UPF0350 protein VC_2471.
rcsb |
| molecule keywords |
UPF0350 protein VC_2471
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Vibrio cholerae
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| total genus |
26
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| structure length |
94
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| sequence length |
94
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03937 | Sdh5 | Flavinator of succinate dehydrogenase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Flavinator of succinate dehydrogenase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LM4 A; 2JR5 A; 1X6J A; 1PUZ A; 1X6I A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZJ5 A; 1ZQP A; 3EYZ A; 2BQR A; 3BS7 A; 4RQ4 A; 3BS5 B; 3F2D A; 3TFS A; 1ZQF A; 5ALO A; 1JIH A; 4RQ1 A; 2H3Q A; 1FO4 A; 4TUR A; 5KG2 A; 3DDH A; 1QSS A; 1KKX A; 1ZQU A; 4P4O A; 2Y0S C; 1Q3V A; 5HMM A; 4FZN A; 3KHH A; 4YQW A; 1NOM A; 1SZP A; 3F2B A; 3ZDA A; 4QWD A; 5F9L A; 1KFS A; 2A1J A; 5AM3 A; 3BQT A; 4PGQ A; 4TUP A; 2P6R A; 5KT3 A; 1ZQR A; 4TUQ A; 3FYH A; 4DWI A; 1RQL A; 3H40 A; 1OUQ A; 4DL4 A; 3QZ7 A; 1NJW A; 3CRX A; 4LZG A; 4GFJ A; 4QZH A; 2KTQ A; 2FJ6 A; 4XA5 A; 5ALN A; 7ICU A; 3SR6 A; 2GOL A; 3CNH A; 5EE0 A; 4JV2 A; 3OJU A; 4OJP A; 3A0B U; 4DOA A; 4O5K A; 8ICS A; 1DK3 A; 2K4H A; 2JEI A; 2KIW A; 2F3N A; 3H8S A; 2FMP A; 4F3O A; 9ICA A; 2Q0Z X; 1UQV A; 3D2Q A; 5ALM A; 2CRX A; 3GZF A; 2YMM A; 4CNQ A; 2DWQ A; 2JEG A; 4M2Y A; 2J6S A; 3NTU A; 2NRV A; 5ALJ A; 3KD3 A; 4RQN A; 3MGI A; 5KNI A; 4NY8 A; 3PW4 A; 2KK0 A; 7ICM A; 8ICC A; 2LHT A; 1YZ7 A; 2WF7 A; 4QWC A; 1QLN A; 3NVW A; 1ZET A; 1A0P A; 4GXJ A; 2OWO A; 3HX0 A; 4YR2 A; 4PL1 A; 3H4D A; 5ALV A; 1ZQZ A; 3RB4 A; 5ALY A; 1PK1 B; 4DS5 A; 1T8E A; 1B43 A; 2F2A B; 4OJL A; 2XGP A; 4QZE A; 1X9W A; 2K4E A; 4ECS A; 1V38 A; 1SL2 A; 2LPE A; 2P35 A; 2PFP A; 3AN1 A; 3HP6 A; 7ICI A; 4UB5 A; 2W8K A; 1S0O A; 3C28 A; 2UVU A; 1ZQA A; 1KN5 A; 2KKV A; 3RJJ A; 2PMZ F; 1MC8 A; 4KN7 A; 2W9B A; 1S0N A; 8ICO A; 5KFH A; 4R63 A; 3PX0 A; 5J2D A; 3AQF A; 3LVW A; 5KFQ A; 2BQ3 A; 3O0F A; 1QSL A; 2LYB A; 3IRU A; 5J2K A; 2HHT A; 2LYH A; 4USA A; 5DB6 A; 4LJX A; 1VDV A; 4IC9 A; 1F0M A; 5AIC A; 4CF3 A; 7ICP A; 4O3N A; 2ZTE A; 4KIT B; 5EE9 A; 4BDP A; 4M6W B; 1NJX A; 3VCB A; 1KTQ A; 2FPM A; 1JN3 A; 1YZ6 A; 1JUD A; 2VJ4 A; 1ZQK A; 2QB1 A; 5DDM A; 2FMS A; 2KZZ A; 5DGA A; 8ICI A; 2EAM A; 1ZQE A; 3CW2 C; 2W03 A; 3RFA A; 8ICL A; 1SV4 A; 8ICU A; 3ALR A; 2HDO A; 9ICM A; 3MR6 A; 2RDI A; 3H0M B; 2ISP A; 2AGO A; 1LVH A; 3TI0 A; 1NJY A; 3KZX A; 5AM4 A; 2D6F C; 2YQE A; 2F1I A; 4BGD A; 4YMO A; 3K1R B; 4YN4 A; 3QUC A; 3Q8R B; 2OH2 A; 3TAD A; 4RPY A; 1SZH A; 4Z6D A; 5KFX A; 1TK0 A; 4Z6E A; 3V6H A; 2W9C B; 3HRD D; 3RH5 A; 3D2S A; 1DK2 A; 4JB3 A; 3T5L A; 2LYA A; 3C2L A; 5KFT A; 1L7O A; 5TIS U; 3N7P D; 1UT5 A; 1QH9 A; 3H7I A; 2ZIU A; 5KT5 A; 1NKC A; 1Z1B A; 4IRK A; 4KX5 A; 3EPI A; 5KAI U; 4M04 A; 1L3T A; 3E2E A; 2IOF A; 2DPJ A; 7ICJ A; 4RNN A; 2BCR A; 2PXI A; 1NK6 A; 4CGZ A; 4Y2J A; 2BGW A; 4Y2P A; 1OW5 A; 4ED7 A; 4DSL A; 3NVY A; 1ZQD A; 5DB8 A; 1JMS A; 9ICH A; 5A0L A; 2CN1 A; 3TAP A; 3R9K A; 5IIJ A; 4TUS A; 4HYK A; 3V7L A; 4OJ5 A; 4RPZ A; 2IBK A; 3BQ1 A; 1SGG A; 4R64 A; 1WWV A; 1BPZ A; 2FLL A; 2CXY A; 4BXO A; 3GV5 B; 2ASD A; 1Z00 A; 1SXD A; 4O3S A; 2RHF A; 4DL5 A; 1UCV A; 3HT3 A; 1NK7 A; 2ZTD A; 2QB0 A; 5DQH A; 4EEN A; 2G09 A; 4UAW A; 2ZXH A; 4BWJ A; 2FMQ A; 3LWM A; 3KTQ A; 3J81 j; 3IG8 A; 2ASL A; 4DL7 A; 3C1Y A; 1UPH A; 3QU9 A; 3PO4 A; 5J0Q A; 2PMZ C; 2MRL A; 4RQ2 A; 3IN5 A; 2W9A A; 2DF4 B; 2G0A A; 4DSE A; 2ZJ8 A; 3RR8 A; 5AKE A; 5AI0 A; 4YMN A; 2FI1 A; 4F72 A; 4NLN A; 2V4Q A; 4PL2 A; 2HW3 A; 1L5U A; 4NWI A; 2RQ5 A; 5KFS A; 5KT4 A; 4K4G A; 7ICQ A; 1DXS A; 1ZYQ A; 4QWA A; 3AQE A; 4PZO A; 7ICE A; 3WU2 U; 4Y2V A; 3M9O B; 3NAS A; 2A1A A; 2VA8 A; 5J2E A; 5KFK A; 4QWE A; 1L8L A; 1RQN A; 3C1Z A; 3M9M B; 7ICK A; 4Y2U A; 4O3P A; 2YB1 A; 1KEJ A; 5HML A; 3BZC A; 5HP4 A; 4WJ3 B; 1SV0 A; 1ZXI A; 2EQY A; 1JXE A; 4C7Z A; 2QKQ A; 2P6U A; 4C0Z A; 1C7Y A; 2YN4 A; 3PV8 A; 5AK5 A; 5AI9 A; 3SI8 A; 2RDJ A; 2PI4 A; 2PKE A; 4U6P A; 5L1K A; 4QZD A; 2B6G A; 4GLX A; 4YMM A; 1N5W A; 2ZJA A; 3D6J A; 4G9B A; 3TAN A; 5ALK A; 4DF4 A; 3TQ1 A; 1N5X A; 2YY6 A; 5AM5 A; 3JPP A; 3AM9 A; 4P4M A; 1HEK A; 2VJ5 A; 2HVH A; 1U49 A; 4B9V A; 9ICB A; 4UB3 A; 1BPE A; 2A1J B; 3NVV A; 2BCU A; 3C2M A; 3V7K A; 2KZ3 A; 3VC8 A; 2WB1 F; 1NKB A; 1KDH A; 5L9X A; 3HJE A; 5ALP A; 4QZI A; 1T4G A; 1D9D A; 7ICL A; 8ICF A; 2I1Q A; 1HUO A; 1JXL A; 5J0U A; 4ED6 A; 2EAO A; 4DEZ A; 4NLC A; 8ICV A; 4ECY A; 2XGQ A; 3E58 A; 3EWA A; 3RTV A; 2AQ0 A; 1ZQ1 C; 2K4P A; 1JRO A; 1DGJ A; 2G08 A; 2WHE A; 3IV6 A; 5IIN A; 1LKY A; 3ZI4 A; 3RAX A; 1D9F A; 1QQ5 A; 3MFH A; 4C8L A; 5EWF A; 3B9J A; 5J8Y A; 4PHP A; 4NL9 A; 4ELU A; 3BZK A; 4UW9 A; 4ECZ A; 5AIA A; 4C4T A; 9ICS A; 1X9M A; 4K4I A; 4Q8F A; 1FFU A; 5L1I A; 2F1H A; 2R8G A; 3PSP A; 2P66 A; 3RJE A; 3HIL A; 3AMZ A; 4NLG A; 2ISO A; 1ZQM A; 2W3R A; 1J2N A; 2E8N A; 2IOH A; 3ICX A; 5IIL A; 2JV3 A; 2K60 A; 3G6V A; 2MUT A; 1VJ5 A; 2KHV A; 3GV8 B; 4DL3 A; 1IV8 A; 1V85 A; 3ETR A; 2XY5 A; 1U48 A; 1MN8 A; 3QUQ A; 3GDX A; 2ZIV B; 4E0D A; 4B6J A; 5ALS A; 4M47 A; 1KSP A; 3UMC A; 1JRP A; 2KP7 A; 5AKX A; 1C20 A; 4F5O A; 5KG0 A; 4DL6 A; 2E8P A; 1ZRM A; 3UQ2 A; 8ICG A; 4KLU A; 1QTM A; 1BNP A; 5BPC A; 3NRW A; 4O3M A; 2G06 A; 2CPR A; 5ALH A; 4F2S A; 1CI4 A; 4KLE A; 1S5L U; 1J2M A; 4RT2 A; 3F2C A; 2KJ9 A; 4YG2 A; 1S77 D; 5KFV A; 2JZB B; 3CP8 A; 5J2J A; 4QZ8 A; 1DOQ A; 5CEH A; 3L4P A; 4UB2 A; 2GO7 A; 1ZQX A; 3OSP A; 1BPB A; 3BQ2 A; 3JPT A; 2YTU A; 1WG8 A; 2EZY A; 2A3V A; 1N48 A; 3OHB A; 1BPX A; 4AYB F; 3B0X A; 2NRW A; 2W7P A; 5AK6 A; 2E5S A; 9ICQ A; 3WK9 A; 2HCF A; 3JPN A; 2ESE A; 4F4Y A; 2QLT A; 7ICN A; 3UXO A; 4IQW A; 4QIW C; 1VLB A; 1JX4 A; 4UQG A; 5J0P A; 4I2C A; 4C8O A; 2G07 A; 2YMQ A; 4PH5 A; 4QWB A; 5KFA A; 2IMW P; 2ZXI A; 2ZUC A; 2BDP A; 4F5R A; 3SEI A; 3SAF A; 4QZB A; 4F8R A; 5KTQ A; 2E3T A; 5ALF A; 5DB9 A; 4P0P B; 3D2N A; 3B0Y A; 3AUO A; 1N62 A; 1TK8 A; 1TKD A; 3LYS A; 2W9M A; 2HBK A; 5CA7 A; 4DFM A; 3C5F A; 8ICY A; 2AU0 A; 4ICA A; 2JR5 A; 2ZTC A; 2G5I B; 1ZQH A; 3THV A; 2F44 A; 1SKS A; 4Q45 A; 2WB1 C; 2DQN B; 1A77 A; 5AKJ A; 3RBD A; 4R8U A; 2FE9 A; 1KFD A; 5AK4 A; 3SQI A; 2OEH A; 2UVR A; 1K5O A; 1RXW A; 3RJH A; 1FFV A; 3RJI A; 3BQ7 A; 3C21 A; 1KLN A; 4DQR A; 5AKK A; 5KFD A; 1TVA A; 1XO1 A; 4DQS A; 2KNJ A; 3MR3 A; 1FIQ A; 1N2X A; 1Q46 A; 4JV1 A; 2VKQ A; 3ISC A; 2OHF A; 8ICA A; 3RR7 A; 4DFJ A; 3Q8Q B; 2JMG A; 5JU5 A; 3OSN A; 2C2E A; 1PVQ A; 5J2B A; 2GLE A; 4RQM A; 3FM9 A; 4KMO B; 2IOF K; 2RP5 A; 4ECX A; 8ICQ A; 5DGB A; 4RU9 A; 3U26 A; 1OXJ A; 4ED1 A; 4DQP A; 4KLM A; 3MAB A; 5F9N A; 5KG3 A; 5CRX A; 4DQQ A; 1X42 A; 4XRH A; 1ZQJ A; 2HOQ A; 4DFP A; 1D8B A; 4IQV A; 5KG7 A; 1X9S A; 4J9Q A; 2XID A; 2K89 A; 1TK5 A; 1DRG A; 4KLH A; 5F3X B; 5ALE A; 2W7O A; 4BXO B; 2H5X A; 2KE7 A; 2PFQ A; 5DBB A; 1Z00 B; 2BPC A; 1IXR A; 4DCC A; 1EXN A; 2Z7J A; 5BOL A; 3AL0 B; 7ICO A; 4P0Q A; 8ICN A; 4P4P A; 4J9L A; 1SWV A; 5D4B A; 2QB0 B; 1ED1 A; 3SEN A; 2HHU A; 4US8 A; 2JXJ A; 1S10 A; 8ICZ A; 4B9T A; 2LKY A; 2XCA A; 2KHQ A; 2JGA A; 2FLP A; 3NVZ A; 2YX8 A; 2GWS A; 1SKW A; 2YML A; 2QAR A; 4F4W A; 4QZG A; 4NXZ A; 1CEZ A; 1ZD2 P; 3N7R C; 4MFF A; 3Q8P B; 3WK7 A; 2LBO A; 1X66 A; 2PFN A; 1SL1 A; 1N61 A; 1X40 A; 2KG5 A; 4IRD A; 3M1Y A; 3RB3 A; 2DPI A; 5CR0 A; 4I2G A; 5DQI A; 3T5J A; 3ZDD A; 3C23 A; 4O5C A; 2LM4 A; 3PVX A; 1PUZ A; 1NZP A; 3AU6 A; 4I27 A; 1O03 A; 2VIX A; 3N7S C; 2R8K A; 1O08 A; 1KRP A; 1F44 A; 5KFW A; 2HMX A; 3NUQ A; 1PZN A; 1V9P A; 3FDS A; 5KFP A; 2JHD A; 3QUT A; 3AU2 A; 3SYZ A; 2AH5 A; 2DKX A; 2FPL A; 1ZQC A; 4DLG A; 3I1Y A; 1KW4 A; 5J2H A; 1ZQQ A; 2AGQ A; 4KLL A; 1TFR A; 3WK8 A; 8ICR A; 2KSO B; 2WF9 A; 3BDP A; 4IRC A; 4GXI A; 4C4R A; 2WF5 A; 5ALQ A; 3NRZ A; 2ZIX B; 1LB2 B; 2KJ8 A; 4I2H A; 1COO A; 1ZQO A; 3NS1 A; 4AP9 A; 4TQR A; 4GIB A; 1TE2 A; 4C8M A; 5JTI A; 4ED3 A; 5ALT A; 5D46 A; 2ES6 A; 4HAI A; 4PHD A; 3SAH A; 5AKG A; 2OM6 A; 4RQ3 A; 1RXV A; 3F5E A; 4DS4 A; 2HBM A; 2NV3 A; 1Y88 A; 4YD1 A; 2GH1 A; 3EZ5 A; 2BPG A; 3OHA A; 3UMG A; 5ALR A; 1L3V A; 4PGX A; 3TAQ A; 4DFK A; 1S0V A; 4ED0 A; 2BHN A; 2BZF A; 4PHE A; 2EZX A; 5AM2 A; 2AHO B; 2LM1 A; 7ICR A; 3MDC A; 2V9W A; 8ICJ A; 3N4M B; 3RB0 A; 5IIM A; 5AI5 A; 1T94 A; 4PJ0 U; 5KL1 B; 1S8O A; 5K4L A; 1ZQV A; 1U4B A; 5AM0 A; 2R18 A; 4C7Y A; 1T7P A; 2B0C A; 2NRT A; 2R8H A; 2ZUD A; 2A19 A; 1NK4 A; 4KX3 A; 3KZI U; 4QZF A; 4Y2S A; 1WWU A; 2HBL A; 1XO0 A; 5KFM A; 4KLQ A; 3PNC A; 9ICR A; 2BCQ A; 4F5N A; 5FP0 A; 2XVT A; 1XC9 A; 4YXM A; 4Z6F A; 1LKY B; 5HR6 A; 4KLF A; 3SMV A; 5KG1 A; 2FPK A; 5HHH A; 2ALZ A; 2W9C A; 4R66 A; 2ZG6 A; 4MHV A; 4IQU A; 3OTQ A; 3QXG A; 4J9O A; 1JAL A; 2F77 X; 3SAG A; 4EYI B; 3RJG A; 2M0N A; 5KFJ A; 2HOI A; 4J03 A; 4YD2 A; 2WTF A; 1SL0 A; 4CCH A; 4GC7 A; 2KOB A; 2W55 A; 4UBB A; 4I28 A; 4FS2 A; 3ZD9 A; 5IIK A; 3M6Z A; 2G5H B; 1SKR A; 3IHQ B; 4NM2 A; 2BQU A; 3QEB Z; 1ZQL A; 1B22 A; 5HHI A; 5G5H A; 2KFN A; 1KL9 A; 1NK5 A; 2KD1 A; 1F5S A; 3ZDB A; 2BKE A; 2E8O A; 1ZJM A; 2MSN A; 1BGX T; 5AKY A; 5AM1 A; 5ALG A; 4YFK A; 4DSJ A; 4PZN A; 2I5H A; 3MR2 A; 1XSN A; 1U9L A; 4EBD A; 1K1S A; 4KLO A; 1COK A; 3PSI A; 4FE3 A; 4O0I A; 1ZRN A; 2LI6 A; 1ZD4 A; 3RAQ A; 3KKA C; 4XUS A; 5C5J A; 1UHU A; 5KT2 A; 3QX7 A; 2NYV A; 3PW7 A; 4BUG A; 2KV2 A; 5CB1 A; 5ALD A; 3HPO A; 5KL8 B; 4MF2 A; 4YR3 A; 5J0Y A; 2RRD A; 5AIB A; 3GII A; 3PR5 B; 1N60 A; 5J2G A; 3H4B A; 1MQ2 A; 4QNL A; 1ZD3 A; 2HOF A; 3I28 A; 3EPG A; 2OYY A; 4MEY A; 4UAY A; 1UA0 A; 4OD0 A; 1N63 A; 4O9M A; 2H3Z A; 4DSI A; 2HHX A; 3ETL A; 4M9N A; 2EZZ A; 2JH1 A; 3Q8M A; 9ICU A; 1D8L A; 3KHR A; 3TFR A; 4RUC A; 5EWE A; 2HHW A; 5CJ7 A; 5DG7 A; 5D49 A; 1TAU A; 4JUZ A; 3M9N B; 9ICO A; 5GTH U; 4J9M A; 1L8O A; 5KFC A; 3PMN A; 2IA6 A; 4DLE A; 2F76 X; 2XC9 A; 2NO4 A; 1YT3 A; 1JI7 A; 8ICK A; 4F4X A; 4XQ8 A; 3PML A; 2FDR A; 4LZD A; 2KIC A; 4FFD A; 5ALX A; 3TKA A; 3ZDE A; 3PX6 A; 1ZQN A; 4RNO A; 2XY7 A; 1RDF A; 1SIJ A; 3SV4 A; 2HHS A; 3UPQ A; 1Q3U A; 4MF8 A; 4KTQ A; 1HJP A; 4ECV A; 4DSF A; 2H3V A; 4UB6 U; 4RUA A; 4NLB A; 4JMU A; 3JPR A; 5DG9 A; 1QQ6 A; 3QZ8 A; 4DSK A; 3HKZ F; 4F92 B; 3A0H U; 4I2I A; 3BQ0 A; 4J9N A; 4FZL A; 5J2I A; 2W54 A; 5J2F A; 4UB4 A; 2BCV A; 4JK1 A; 3PST A; 3KBB A; 2KN7 A; 1ZJN A; 3M7D A; 4CF5 A; 3T3F A; 1RM6 C; 2I9G A; 4PGY A; 4RQ8 A; 5DQG A; 4EZ6 A; 2KZM A; 4QW8 A; 5KT6 A; 5DB7 A; 4F4K A; 4R65 A; 1BNO A; 2H3I A; 4UB1 A; 2W9B B; 3UMB A; 3ONN A; 2F1J A; 2YMP A; 2KIV A; 2W8L A; 3G6Y A; 5ALL A; 4RQ6 A; 2FLN A; 3MBY A; 1ZQT A; 4O3O A; 5B66 U; 3GIL A; 1X6J A; 2NO5 A; 4RQ5 A; 4ECR A; 1Q8K A; 4F71 A; 4M9J A; 3Q8S B; 1Z4N A; 9ICJ A; 1MQ3 A; 1TAM A; 1BPD A; 4ELV A; 4IR1 A; 1L6N A; 5H2F U; 5AKZ A; 3WK6 A; 1MSW D; 2E1E A; 2F8K A; 1ECW A; 5DDY A; 5J0T A; 2H3F A; 8ICB A; 1V97 A; 4M9L A; 1RYR A; 3NGD A; 3G6X A; 2MU2 A; 5AI4 A; 3LWL A; 4P0Q B; 1X9X A; 4RZR A; 3UQ0 A; 2O6K A; 4C8N A; 1RPL A; 5JRT A; 3PSF A; 1B0X A; 5IIO A; 4QJF B; 1XNS A; 2W3S A; 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