The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
80
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structure length |
80
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Chain Sequence |
ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Phospholipase A-2-activating protein
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
13
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| structure length |
80
|
| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K8B B; 3PST A; 2K8C B; 3L3F X; 3PSP A; 2K8A A; 2K89 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4O3Q A; 5AHX A; 2YB1 A; 1RYU A; 1D8L A; 3KBB A; 2K4E A; 2D8C A; 4O5E A; 9ICH A; 4RQ4 A; 5DG7 A; 2DKZ A; 2P66 A; 4Y2Y A; 4ED2 A; 4XUS A; 1Z4O A; 5J2D A; 3IDW A; 2IOH A; 4BWM A; 1TVA A; 1WG8 A; 5J0W A; 1UA0 A; 1HIW A; 2XO7 A; 5BOL A; 8ICK A; 2BZF A; 1NZP A; 4CGZ A; 2KSO A; 5DB7 A; 3Q8R B; 8ICI A; 4PHE A; 2ES6 A; 1HEK A; 1L3U A; 4A8E A; 5KT6 A; 3LVV A; 3LWM A; 8ICB A; 3I1Y A; 1EXN A; 5KG3 A; 2IMW P; 1ZQC A; 2PFQ A; 5JRT A; 1KFD A; 2JEJ A; 3UPQ A; 4DL6 A; 4KLM A; 3LYS A; 4J9M A; 2EAM A; 2B0C A; 2KSO B; 4C4S A; 2VIX A; 4IL6 U; 3LWL A; 1B0X A; 2XID A; 4O3P A; 3AU2 A; 2XCP A; 1SWV A; 2W9C B; 1A0P A; 1D8Y A; 9ICE A; 1NK4 A; 2OYY A; 5KFX A; 4FE3 A; 5KAI U; 4RQ2 A; 4O3S A; 4Y2P A; 4RT2 A; 5AIB A; 4UBC A; 2FI1 A; 3WKD A; 4QZD A; 4DF8 A; 2P35 A; 1PVP A; 3MGI A; 1DXS A; 1HUO A; 2FMP A; 1BPX A; 4EBD A; 2ZIU A; 2H3I A; 3ORY A; 2JV3 A; 2WB1 C; 3TAQ A; 5BPC A; 1SKR A; 3H7I A; 7ICN A; 5J2H A; 3KTQ A; 1DK2 A; 4M9J A; 3V72 A; 3A0B U; 4DFM A; 2BDU A; 4O9M A; 5J0T A; 4UB6 U; 3UMB A; 2G5I B; 5J2B A; 3GV7 B; 4ECR A; 3UXP A; 5JU5 A; 2FLP A; 5DB8 A; 3UMG A; 1LKY B; 2C22 A; 5ALN A; 1WCL A; 2ZIU B; 5GTH U; 4O3N A; 3WU2 U; 4J9N A; 2BPF A; 4DO9 A; 2EZY A; 2RHF A; 5C0Y A; 1ZQU A; 4P0Q A; 5CJ7 A; 1ZQK A; 5KFN A; 2H3Q A; 2C2E A; 4QZ8 A; 5AKK A; 3PW7 A; 1YZ7 A; 2R8G A; 4QZE A; 1B43 A; 1OUQ A; 4ECU A; 3TI0 A; 2E3T A; 2HHU A; 1PVR A; 2ASL A; 2ZIX A; 3NRW A; 4UBB A; 1U45 A; 1S8O A; 4KLG A; 7ICV A; 2HHS A; 4TQR A; 2GLE A; 3UMC A; 3KOO A; 5J0O A; 7ICI A; 1KN5 A; 3NS1 A; 2ESE A; 2EAO A; 4J03 A; 2IA6 A; 2I5H A; 3G6V A; 2DQN B; 4ED8 A; 4QZI A; 3ZDB A; 1ZQJ A; 5DKW A; 4EX6 A; 2J6S A; 2K89 A; 4F50 A; 1XS9 D; 2ZG6 A; 2ZIX B; 5HHI A; 1L5U A; 5KT7 A; 1BVS A; 2FLL A; 7ICF A; 4Q45 A; 1JUD A; 2IBK A; 2I1Q A; 4Y2R A; 4DSL A; 1S97 A; 2JMG A; 1XSL A; 1LB2 B; 3MR5 A; 1OW5 A; 2A1A A; 2QB1 A; 4CF5 A; 7ICP A; 3RJH A; 1CRX A; 4Y2S A; 2FMS A; 4YCX A; 2O6K A; 5KL8 B; 3RR7 A; 3OJS A; 1X6J A; 2BKE A; 1NJW A; 3C1Z A; 3M6K A; 4I2C A; 3AEV A; 2WFA A; 5ALM A; 3A0H U; 4Z6C A; 2DBY A; 3L4P A; 5ALF A; 5DB6 A; 4TUR A; 4GXK A; 4KLS A; 4YVZ A; 2K8B B; 2DL0 A; 2KJ5 A; 2QAR A; 4QZH A; 2PFN A; 2AQ0 A; 1MN8 A; 4ZOH C; 5J0P A; 2Y9U A; 5KFW A; 4OD0 A; 1D9D A; 4FBU A; 4M9N A; 1XO1 A; 4FBT A; 1V85 A; 5EOZ A; 2E8N A; 3V7J A; 4I2H A; 1IIP A; 1TK8 A; 3PSP A; 3OJU A; 4RPZ A; 2Y1J A; 2A19 A; 2LYA A; 2KMD A; 3QU9 A; 1X9M A; 5F9N A; 4PL2 A; 2QAR B; 4YR2 A; 1KRP A; 2LYB A; 1Z1V A; 1MSW D; 7ICR A; 5AI0 A; 2ZUB A; 1DK3 A; 1N63 A; 5KNI A; 2KE7 A; 1IV8 A; 1TK0 A; 4K4G A; 4R66 A; 1N2X A; 3QUB A; 4UAT A; 1RG6 A; 1NI3 A; 4UB5 A; 1SV0 C; 4XRH A; 4DFP A; 1UA1 A; 2YX8 A; 4B9N A; 3SQI A; 1ZQD A; 2HW3 A; 1Q8K A; 5DLF A; 3O0F A; 5ALY A; 2F44 A; 1K1S A; 2FDR A; 2ZJA A; 3RJK A; 9ICQ A; 4RQ3 A; 2EZX A; 5B66 U; 4KLF A; 3RJF A; 4PHA A; 2LKY A; 3AU6 A; 3ONN A; 4OJ6 A; 3JPN A; 5JUM A; 1N5W A; 3GV8 B; 1Z19 A; 4UQG A; 2KN7 A; 2MUT B; 3CYM A; 3C5G A; 9ICR A; 1SL1 A; 4F2S A; 1V38 A; 3FC4 A; 3QX7 A; 3C2L A; 5CEH A; 5ALT A; 4BUG A; 2JZB A; 5IIN A; 3D6J A; 4M6W A; 3KD3 A; 1X40 A; 2ZIV A; 3GZF A; 2W43 A; 1BGX T; 2OM6 A; 3F2C A; 5G5G A; 4I27 A; 3ISC A; 8ICL A; 4J9L A; 4M9L A; 1L6N A; 3RBE A; 3MAB A; 5KFZ A; 1QTM A; 3BDP A; 4DFD A; 5ALR A; 3ED5 A; 3I76 A; 2F8L A; 5D4B A; 2JZB B; 4DS5 A; 2RRD A; 1FEZ A; 5AK4 A; 1L3T A; 2YY6 A; 2RLT A; 4DQS A; 5J0X A; 2ZIV B; 3IN5 A; 4YMN A; 5CWR A; 3KKA C; 4I28 A; 2F1J A; 2KJ8 A; 5KFF A; 2AJQ A; 4TUP A; 8ICZ A; 1T7P A; 4FFD A; 4EYH B; 1ZQL A; 4KLD A; 3ETL A; 3GFK B; 5AIA A; 3WKE A; 4U7C A; 2KD1 A; 1NK8 A; 2WAQ F; 4YP3 A; 5AIC A; 4R64 A; 1ZD2 P; 4DQP A; 3KKA A; 5EE9 A; 2E1F A; 1PVQ A; 2KZM A; 1HUZ A; 5EE3 A; 1JMS A; 2WHE A; 3EUB 2; 5DQI A; 3PR5 B; 2AGP A; 2NO4 A; 3VC8 A; 5AKZ A; 3CW2 C; 5L1J A; 5J29 A; 3JPT A; 2DUY A; 4KLO A; 1OXJ A; 3BQ0 A; 1PK3 A; 3C21 A; 1RQN A; 2K4P A; 2YB4 A; 3NVY A; 3JPR A; 3ALR A; 3BQT A; 4IQV A; 1BNP A; 3UQ0 A; 1Q3U A; 2ZXI A; 5J2C A; 3N4M B; 4QWA A; 3KFU F; 3MFI A; 3MBY A; 3RAQ A; 3IV6 A; 1DGJ A; 3RR8 A; 4NY8 A; 4KLI A; 2MU2 A; 3ICX A; 9ICO A; 4G3I A; 2JHD A; 1RM6 C; 1NK5 A; 4U6P A; 4C7Z A; 3PNC A; 1BPB A; 3AM9 A; 5DBA A; 2Y1I A; 1IG6 A; 3HIL A; 3HRD D; 4US8 A; 3PML A; 5KT3 A; 4UB3 A; 2HVI A; 2WF9 A; 3GU3 A; 4GC6 A; 3AN1 A; 3HPO A; 2G5H B; 2G06 A; 3V7L A; 3MGV A; 2NRT A; 4F91 B; 2UVV A; 5CHG A; 2KIV A; 2YMM A; 1SZP A; 1T3N A; 4CCH A; 8ICC A; 4R65 A; 4KN7 A; 2MA1 A; 1ZQG A; 1RXV A; 2JEG A; 4DL4 A; 3M7D A; 5AKL A; 4JV0 A; 4DOA A; 4P2H A; 4JWM A; 2D6F C; 2BQU A; 2WB1 F; 2FJ6 A; 1COK A; 2WF7 A; 5ALD A; 4YR0 A; 2UVW A; 4GC7 A; 2BQ3 A; 2HCF A; 4IQU A; 5KFQ A; 2DWQ A; 4RPX A; 4AP9 A; 4F4K A; 2LYH A; 4C8O A; 5A0L A; 3ZI4 A; 4QZA A; 3K4G A; 8ICO A; 3EWA A; 1A6S A; 2R8I A; 4PHP A; 3AUO A; 2BR0 A; 7ICM A; 3D2Q A; 2WF5 A; 4QZB A; 2AH5 A; 5ALK A; 2LI6 A; 5DG9 A; 2WAQ C; 3C2K A; 5DGA A; 2ATL A; 1JN3 A; 4X5V A; 1TAU A; 4PGQ A; 5CA7 A; 2W9B A; 1ZQH A; 2JR5 A; 4F4Y A; 5III A; 3N28 A; 1ZQR A; 3NUQ A; 3I28 A; 5KFO A; 1SL2 A; 2YML A; 2J6U A; 3DDH A; 4KX3 A; 3H8W A; 2W11 A; 2WF8 A; 1WCN A; 4DSI A; 5AKG A; 1A77 A; 4TQS A; 4F93 B; 2HBJ A; 1JIH A; 3C1Y A; 2V9W A; 2W9B B; 9ICC A; 4UB8 U; 3ZDA A; 7ICQ A; 3M6Z A; 3Q8S B; 4Y2U A; 1ZD4 A; 1KW4 A; 3TAC B; 4C8K A; 4MF8 A; 4IRK A; 2W9C A; 1ZOL A; 1H38 A; 1TK5 A; 1X9S A; 3H8S A; 1KLN A; 1XC9 A; 4MFC A; 2F3N A; 5AM5 A; 1QLN A; 2IHM A; 4KLT A; 2WTF A; 2J6T A; 3PMN A; 4K4H A; 3WK8 A; 4DSE A; 3RJI A; 2K60 A; 4GFJ A; 3RJG A; 2FMQ A; 2QLT A; 5HNK A; 5J2F A; 3WKC A; 2H5X A; 1VLB A; 2PKE A; 3RF9 A; 2E8M A; 8ICQ A; 5BOM A; 1VJ5 A; 4JK1 A; 3H40 A; 3JPO A; 4DQI A; 1WWV A; 3IHQ B; 4NL9 C; 3JPQ A; 5F3X B; 4IR9 A; 3NVW A; 4QWC A; 9ICI A; 1SKS A; 2YTU A; 1LKY A; 4M9H A; 2BHN A; 4EX7 A; 5L1M A; 2C2R A; 2KHV A; 4JV1 A; 1X9X A; 2ZTC A; 1SZH A; 4EEY A; 4J9Q A; 1ZQY A; 1VDV A; 4NL9 A; 5DGB A; 4F71 A; 1QSS A; 2LPE A; 1DGS A; 4JWN A; 5E79 U; 2E8P A; 4NWI A; 1X42 A; 3Q8M A; 4RQN A; 3FDS A; 3UXO A; 4KLH A; 4NLN A; 4UAR A; 4GLX A; 4B6J A; 1ED1 A; 2Q4T A; 3OHA A; 5DDY A; 3SEI A; 4DOB A; 1SGG A; 3GV5 B; 3RH4 A; 9ICG A; 1WYG A; 1XU4 A; 3VCB A; 2VJ4 A; 4RZR A; 3PW4 A; 4Q43 A; 1HJP A; 5CR0 A; 3GQC A; 4ZH4 A; 5J0R A; 4IRC A; 4RQ1 A; 5DBB A; 4F8R A; 1KBU A; 3MR6 A; 1NKC A; 1C7Y A; 1KDH A; 1NZB A; 2AGQ A; 2DPI A; 4ELT A; 4RQ6 A; 4YD2 A; 1RXW A; 4MHV A; 9ICT A; 3GIK A; 3BQ7 A; 4GIB A; 5KG5 A; 2G08 A; 5DB9 A; 3THV A; 3TFS A; 1U48 A; 5KFL A; 2W54 A; 4B9T A; 3FM9 A; 3PW0 A; 4UAY A; 3H4D A; 9ICK A; 2P6U A; 1O08 A; 4PGY A; 3HW8 A; 3SV4 A; 4O3O A; 1NKB A; 1D9F A; 2LM4 A; 2VAN A; 1LV5 A; 3UM9 A; 3J81 j; 3PX0 A; 1ZQW A; 4FZL A; 2XY7 A; 4CRX A; 2FE9 A; 2F1I A; 4RQ7 A; 5EWF A; 4QJF B; 3PSI A; 3MR2 A; 1KFS A; 3UXN A; 4I2I A; 1XSN A; 3PV8 A; 1FFV A; 1SWW A; 3NAS A; 1FO4 A; 4TUQ A; 3F5A A; 5KFR A; 2LMR A; 8ICR A; 4UB1 A; 5AM2 A; 4ED0 A; 1SIJ A; 3OTQ A; 2W04 A; 3HT3 A; 4O3R A; 2XGQ A; 4LVS A; 4LZG A; 2GWS A; 4O5C A; 1TAM A; 4MFF A; 2KZZ A; 1J2N A; 3E0F A; 2PI5 A; 4R63 A; 1NK0 A; 3H0L B; 2FPM A; 3B0Y A; 4C4R A; 4DL2 A; 7ICU A; 5HR6 A; 3HJE A; 2NRZ A; 4YXM A; 4ECY A; 4QNL A; 1M6Y A; 3T3F A; 2KV2 A; 1ARO P; 4GXI A; 3SI8 A; 4UB4 A; 4KIT B; 3IRU A; 2W9A A; 1SXD A; 2XY5 A; 5AK3 A; 1Z00 A; 5KT5 A; 3PR4 A; 3KHH A; 4UAZ A; 1SV4 A; 1ZXI A; 3AQF A; 4RQ0 A; 4DSF A; 3ZDC A; 2C2D A; 2NRW A; 4PL1 A; 3OSP A; 3TFR A; 1KKX A; 4RUC A; 3PX4 A; 1Z4N A; 5KFT A; 2A3V A; 4K4I A; 1ZJN A; 1ZQT A; 5KL1 B; 4KN4 A; 2OWO A; 1P7D A; 4I2B A; 2MUT A; 4J9O A; 2Y9T A; 4PGX A; 2GO7 A; 2VJ5 A; 2L5Y A; 7ICJ A; 2R8K A; 5L1L A; 1Z00 B; 4QW9 A; 2KFZ A; 4QWB A; 4F3O A; 5AKJ A; 4BXO A; 3F2B A; 2CXY A; 3KHG A; 3RB4 A; 3ZD9 A; 3SEN A; 5KFD A; 5K4L A; 3M9M B; 1XWL A; 5ALX A; 2ZIW A; 3E2E A; 1SV0 A; 3QU4 A; 4QW8 A; 3ETR A; 9ICP A; 7ICS A; 4BWJ A; 2JGA A; 2ZUD A; 8ICY A; 2HBK A; 4NM1 A; 4OJL A; 1TKD A; 3H0M B; 3WKB A; 3GII A; 3BZK A; 2F77 X; 3WK9 A; 3RB0 A; 4DL5 A; 4KLE A; 3K75 D; 1X2I A; 4BXO B; 3SV3 A; 2KVC A; 4ED6 A; 2W7O A; 2H3V A; 2KOB A; 5HMM A; 2VA3 A; 2ZIW B; 5T14 A; 3C29 A; 3RRH A; 4OJP A; 4KMO B; 5F9L A; 4I2G A; 2XC9 A; 1N61 A; 1NNL A; 2E5S A; 1B4F A; 2WF6 A; 1NK7 A; 9ICM A; 5KFV A; 5AI4 A; 3E58 A; 4FS1 A; 1S0N A; 1MQ2 A; 5CRX A; 2HOQ A; 1RDF A; 4KX5 A; 4PHD A; 3EZ5 A; 2BPC A; 4F5Q A; 2K8A A; 1F0M A; 2UVR A; 4KMU A; 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2YN4 A; 5EE1 A; 1S10 A; 1X6I A; 4CNQ A; 1N56 A; 3QU7 A; 9ICV A; 3C2M A; 1S9F A; 2F76 X; 4EBE A; 1ZQI A; 9ICA A; 2HVH A; 5KG0 A; 5J2J A; 2KVS A; 4JUZ A; 2XGP A; 1L8L A; 7ICL A; 1ZQX A; 2H3Z A; 4MEY A; 3BZC A; 5C5J A; 4AYB F; 4B9U A; 1ZQA A; 4J9S A; 4DQQ A; 5J0S A; 3GIM A; 5AKH A; 1ZRN A; 5L1K A; 2PFP A; 1ZET A; 2Q0Z X; 2EDU A; 3ZDE A; 3C23 A; 4DFK A; 2JEI A; 3KHR A; 3SAF A; 4EYI B; 1WUD A; 1YT3 A; 1U47 A; 4F4X A; 1QSL A; 4ELV A; 4KLQ A; 1NJX A; 1L3V A; 1S77 D; 2ISO A; 2OEH A; 4PZN A; 1JRP A; 2HOF A; 1N48 A; 2RQ5 A; 4US9 A; 3CNH A; 3Q8Q B; 1NJZ A; 1S0V A; 3NGD A; 1ZJM A; 4EEK A; 2HHQ A; 8ICM A; 2KFN A; 3F2D A; 2KJ9 A; 5KFS A; 5J0Y A; 1ZD3 A; 4ECS A; 3H8M A; 4RQ8 A; 2ZTE A; 2BGW A; 4Y2J A; 3T5J A; 3G6Y A; 5ALG A; 1A76 A; 2KIW A; 4YR3 A; 4EEL A; 3PX6 A; 1RZT A; 4Z6D A; 3SMV A; 4FS2 A; 3C28 A; 5KFA A; 2HI0 A; 4NLG A; 3N7R C; 4RQM A; 4IRD A; 2EH9 A; 3Q8L A; 1NK6 A; 1QQ5 A; 1QCK A; 3QU5 A; 5FP0 A; 4C0Z A; 3B9J A; 4BJQ A; 4O5K A; 4I2A A; 3RAX A; 4CE6 A; 2HBL A; 4GXJ A; 3LVW A; 3RB6 A; 3GIL A; 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