The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
80
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structure length |
80
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Chain Sequence |
ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Phospholipase A-2-activating protein
|
| total genus |
12
|
| structure length |
80
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| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PST A; 3PSP A; 2K8C B; 2K8B B; 2K8A A; 3L3F X; 2K89 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4R63 A; 1QQ6 A; 5J2D A; 2RRD A; 1ZQC A; 3PW5 A; 3AN1 A; 2MAX A; 3BQ1 A; 3MGH A; 4Y2Q A; 1JUD A; 2DWQ A; 3E58 A; 1ZQP A; 1F5S A; 4BWM A; 4GLX A; 4PZN A; 2BCS A; 2Q4T A; 3BZK A; 1O08 A; 4DQI A; 3VC8 A; 1SB3 C; 2PI4 A; 4O5E A; 4Y2V A; 4PHA A; 5J0T A; 1KRP A; 2DUY A; 2DF4 B; 5IIO A; 4F5P A; 2DQN B; 2J6U A; 2YML A; 3RRH A; 3BQ0 A; 4EYH B; 1T8E A; 2R8G A; 3FYH A; 4YFK A; 3TAQ A; 5IIN A; 2OYY A; 4FBT A; 5KFP A; 3AM9 A; 3IV6 A; 1SL2 A; 5ALG A; 3LK9 A; 4DSJ A; 1XSL A; 3MR3 A; 2DL0 A; 3JPO A; 2JH1 A; 4BDP A; 1LVH A; 1HUZ A; 4UB5 A; 1L3T A; 2HDO A; 2K4I A; 5KAF U; 3RBD A; 1JRP A; 4F4X A; 3ORY A; 7ICJ A; 3ZD8 A; 2QKQ A; 3THV A; 3C2M A; 2GOL A; 3M8R A; 4J9N A; 5KFN A; 4DCC A; 5J2K A; 5AKL A; 2HBK A; 2EDU A; 4KTQ A; 4UB2 A; 3EWA A; 3H8M A; 5EE1 A; 5CR0 A; 1SWW A; 5DQI A; 1D8L A; 2CN1 A; 2HCF A; 3C1Y A; 4NXZ A; 5KT5 A; 1QSS A; 2EZY A; 1T3Q A; 2JRZ A; 4RPX A; 1N56 A; 2BPG A; 2JZB B; 8ICO A; 4UBB A; 2KK0 A; 4KLL A; 2KHQ A; 5CA7 A; 2H3I A; 4F2S A; 4KLT A; 5ALF A; 3RB3 A; 2I9G A; 3TI0 A; 4PL1 A; 2PFN A; 5L1J A; 4MF8 A; 4JV1 A; 2G0A A; 2AH5 A; 1JMS A; 3GV8 B; 5AKG A; 1RQN A; 5HR7 A; 3ZI4 A; 4FZL A; 3MR2 A; 3EUB 2; 1MQ3 A; 4UB8 U; 3TKA A; 1PK1 B; 5KFK A; 4U7C A; 2WAQ F; 3F2C A; 4YCX A; 4BX9 C; 2KKV A; 4P4O A; 3EZ5 A; 5HP4 A; 2VA3 A; 4IL6 U; 5BOM A; 1ZQN A; 2F77 X; 4CE6 A; 2VIX A; 4UB6 U; 3AMZ A; 3FAH A; 5AI4 A; 2YMP A; 4RQ5 A; 5AK3 A; 2KFZ A; 2XID A; 4KLJ A; 9ICT A; 3HW8 A; 3QUQ A; 3GV5 B; 1U9L A; 2IMW P; 2HHS A; 5TIS U; 3HKZ F; 5BPC A; 3SZ2 A; 1X9S A; 4GXK A; 4Y2X A; 4TQS A; 3C5G A; 3K1Z A; 5AM0 A; 2A1J B; 2PFO A; 1X42 A; 3AU6 A; 3RRG A; 1ZQL A; 3QU5 A; 4BXO B; 4NV0 A; 3MFI A; 8ICP A; 1NZP A; 3N4M B; 1A76 A; 1S0N A; 3JPT A; 5IIJ A; 2FMQ A; 1MN8 A; 2AQ4 A; 1ZJN A; 1UCV A; 1Z1V A; 1D8B A; 4QW8 A; 3HJE A; 3RH5 A; 2EAO A; 1N60 A; 2JH7 A; 3KHL A; 1COK A; 3AL0 B; 3M9M B; 2XIC A; 5KFF A; 3WU2 U; 2AGP A; 3WKA A; 2KEY A; 2HW3 A; 4NLG A; 4JV2 A; 2R8I A; 3WK7 A; 4YXM A; 2A3V A; 3RH4 A; 1TAU A; 5ALN A; 3PSI A; 2QLT A; 2V4R A; 4J9Q A; 4KLE A; 3BQ7 A; 3PST A; 2I1Q A; 4QWC A; 2ZXI A; 3ALR A; 4Q45 A; 2IOH A; 1FFV A; 2JEI A; 3K75 D; 4ZOH C; 4PHP A; 1KFS A; 2A19 A; 4NY8 A; 3WKC A; 4OJO A; 4P0P A; 5EE3 A; 8ICE A; 1V9P A; 3BDP A; 9ICL A; 4ELU A; 2P6R A; 4RNM A; 2H3V A; 4M6W A; 4R65 A; 2NRW A; 2HI0 A; 2F1J A; 3B0X A; 1QCK A; 5KNI A; 2KJ9 A; 4QZG A; 2ZG6 A; 5DG7 A; 1B43 A; 4DFK A; 5KL1 B; 5KFR A; 2D8C A; 5CRX A; 2HBL A; 4K4I A; 2VA8 A; 5J0X A; 4J9S A; 8ICK A; 1UT8 A; 5ALP A; 1B4F A; 4NM1 A; 3A0B U; 1JX4 A; 3Q8R B; 3PX0 A; 5DLF A; 3C5F A; 2YN4 A; 3BS5 B; 1P7D A; 2A1A A; 4CF4 A; 1URJ A; 3MC1 A; 2P66 A; 4Q44 A; 2YB4 A; 4GFJ A; 1NJZ A; 1D9F A; 3QZ8 A; 1QTM A; 1N63 A; 9ICA A; 1QLN A; 9ICB A; 2R8H A; 9ICG A; 3H4B A; 1U45 A; 2ASD A; 1Z3E B; 4QZB A; 1KKX A; 4BUG A; 4B9S A; 8ICR A; 1WWU A; 4LVS A; 3UQ2 A; 3Q8L A; 1TVA A; 9ICU A; 4USA A; 7ICF A; 8ICY A; 2EZX A; 1PZN A; 8ICU A; 2IOF K; 5ALI A; 5KT4 A; 4PGX A; 1BGX T; 5J0U A; 1NKB A; 4J9L A; 4QIW F; 2KJ8 A; 4DQS A; 5L1K A; 2Y1J A; 3H0R B; 3HRD D; 4O5C A; 1NOM A; 2F8K A; 1HEK A; 3ISB A; 3WK8 A; 4UB4 A; 4B9N A; 3LVW A; 1RYR A; 1NK7 A; 3ZDE A; 4F71 A; 5HHH A; 4F5O A; 5KFJ A; 3FC4 A; 5J2A A; 4K4H A; 3NVZ A; 1BPY A; 2R8K A; 3Q8P B; 2B6G A; 4NLK A; 2FPL A; 2BQU A; 3F5E A; 4RQM A; 1ZQI A; 2IBK A; 1UQV A; 3H7I A; 2PMZ F; 5F9N A; 5TZV A; 1NZB A; 3IHQ B; 2W55 A; 2XO7 A; 2BDU A; 5DBA A; 3IG5 A; 5AI0 A; 3HPO A; 2OCE A; 4P0Q A; 4RUC A; 4RQ1 A; 1L3U A; 5HML A; 3M7D A; 5KFT A; 4QZE A; 5DG9 A; 3DEE A; 2QB0 B; 3PZP A; 4XA5 A; 4PPX A; 3R9K A; 2HHX A; 4DFD A; 4Y2S A; 3U26 A; 1VJ5 A; 1X66 A; 1QSY A; 2HBM A; 2CXY A; 2KMD A; 9ICI A; 1B0X A; 5III A; 5ALX A; 2ZIW A; 1SXD A; 5KFV A; 2XY5 A; 2HBJ A; 1XU4 A; 1ZQH A; 1N61 A; 4DO9 A; 4ED6 A; 2FI1 A; 2H5X A; 2QAR A; 1NJX A; 2XVT A; 3RR8 A; 3CRX A; 1UA1 A; 2UVV A; 2IHM A; 1RDF A; 2G5I B; 1YT3 A; 3C29 A; 2AU0 A; 3F53 A; 4YXJ A; 7ICE A; 8ICF A; 8ICV A; 4QZH A; 1TK8 A; 1B22 A; 2XGP A; 4QJF B; 3UXO A; 4F91 B; 4F4K A; 2BR0 A; 4Z6F A; 3FM9 A; 1NK5 A; 4DF4 A; 5EWE A; 2NRZ A; 1TFR A; 2RDJ A; 3J81 j; 1S77 D; 2BGW A; 7ICT A; 1NKC A; 5ALR A; 1LKY A; 1N5W A; 2ESE A; 1SWV A; 2ES6 A; 8ICG A; 5AIA A; 5DBB A; 4RQ2 A; 1UT5 A; 4JWN A; 1C7Y A; 4RQ7 A; 4UAT A; 3TFS A; 1SZH A; 3K4G A; 3IRU A; 1ZQJ A; 3ICX A; 5ALS A; 3IP4 B; 4DOA A; 4NLZ A; 5BOL A; 5B66 U; 3SAF A; 2BCV A; 4QWD A; 4R8U B; 3ED5 A; 1ZQV A; 2EAP A; 5ALU A; 1L5U A; 2HHT A; 5ALE A; 2E5S A; 4DS5 A; 2B21 A; 3RB6 A; 1V38 A; 5KFS A; 4YR2 A; 1ZQX A; 8ICQ A; 5CP2 A; 4PH5 A; 4OO1 J; 5KFX A; 4Y2J A; 4DL5 A; 1SZP A; 3V72 A; 3RTV A; 3OTQ A; 4J9P A; 2W3R A; 4Z6C A; 1ZXI A; 3O0F A; 2XY6 A; 3RJK A; 5C5J A; 7ICS A; 1J2M A; 4DSK A; 2FLN A; 2VAN A; 3L5K A; 2HOF A; 3PSP A; 3RB4 A; 2KIW A; 5CHG A; 3F2B A; 2KSO B; 3RB0 A; 3RJH A; 3RH6 A; 4TUR A; 1ZQB A; 4EBD A; 4YMM A; 3AEV A; 1WCL A; 1Q3U A; 2IOF A; 3IDW A; 3SQI A; 3DV9 A; 1NK0 A; 3OPX A; 3D2Q A; 4CRX A; 2P35 A; 4FFD A; 2G06 A; 8ICJ A; 3Q8S B; 9ICW A; 4IQV A; 1KQQ A; 1RZT A; 5CJ7 A; 2UVR A; 3UXN A; 4ED7 A; 4MFF A; 4ECY A; 4DL7 A; 2HVI A; 1ZQM A; 5KT2 A; 2LKY A; 4NLN A; 4DQQ A; 4NL9 C; 4PJ0 U; 4RPZ A; 2MA1 A; 1N5X A; 4R64 A; 3WKB A; 1BPZ A; 1VDV A; 5B5E U; 1D9D A; 3CNH A; 3AU2 A; 3B0Y A; 2PI5 A; 3OHA A; 3PW2 A; 3SR6 A; 4BGD A; 3PX6 A; 2WHE A; 5ALH A; 2RQ5 A; 4IC9 A; 8ICN A; 1FEZ A; 3C23 A; 2KP7 A; 2AHO B; 3ETL A; 1BPE A; 4KLF A; 1OUQ A; 7ICU A; 3ISD A; 4UAV A; 3BJY A; 4FS1 A; 3LWL A; 2C22 A; 2E1E A; 3Q8K A; 1JXE A; 5T14 A; 1JXL A; 2HOQ A; 3QU4 A; 4IR9 A; 9ICE A; 2JGA A; 1ZQK A; 2W54 A; 2ZJA A; 3G6X A; 1D8Y A; 3PR4 A; 3NTU A; 3QUB A; 2YMM A; 1NI3 A; 3A0H U; 3ZD9 A; 5KFU A; 5L9X A; 2EQY A; 4G9B A; 3RJJ A; 2YB1 A; 4I2I A; 4DSI A; 2HHV A; 3WKD A; 4KLD A; 3QU9 A; 4ED8 A; 1XS9 D; 1XO1 A; 5C0Y A; 4FE3 A; 3M1Y A; 1L7O A; 2G5H B; 4OJ6 A; 3PO4 A; 1U49 A; 4QZ8 A; 4ED3 A; 4DL6 A; 4IQU A; 5KG3 A; 3MFH A; 1XO0 A; 3HWT A; 1Q46 A; 3H40 A; 5DLG A; 3AUO A; 2Q0Z X; 1ZQY A; 2HHW A; 1RM6 C; 1ZQA A; 1Z00 A; 2WFA A; 3WK5 A; 4ICA A; 2WF6 A; 2K8C B; 4KLM A; 1T94 A; 3N97 B; 2KV2 A; 3PY8 A; 4F5Q A; 4F5N A; 4HAI A; 1ZD2 P; 3H8S A; 4JUZ A; 3OJU A; 4K4G A; 4DFJ A; 2YQE A; 3KOO A; 2Y9U A; 4C4S A; 4DQR A; 3C1Z A; 2FPK A; 4Z6E A; 3VCB A; 1LB2 B; 2NRV A; 2MUT A; 2PMZ C; 2W8L A; 4IRD A; 3JPN A; 3T79 A; 1QQ7 A; 1BPD A; 3PR5 B; 4I29 A; 2UVU A; 4CGZ A; 1N62 A; 2LBO A; 3Q8M A; 2K8A A; 1QQ5 A; 5IIL A; 4RU9 A; 3MGV A; 2HSZ A; 4DWI A; 3KHG A; 4FZN A; 2V4Q A; 1NJY A; 4C8K A; 4AYB F; 3GDX A; 4CF5 A; 4C7Y A; 4EBE A; 4RNO A; 1UHU A; 1IM4 A; 1A6S A; 1KEJ A; 5KFI A; 5J2H A; 1L3V A; 2FPM A; 1HUO A; 1ZQF A; 2Y0S F; 2PFP A; 4O9M A; 2RDI A; 4P0P B; 1EXN A; 1BNO A; 1DOQ A; 4GIB A; 3WKE A; 2DFL A; 2BPF A; 2D3D A; 4F4Z A; 1ZET A; 4CF3 A; 4M6W B; 4RT3 A; 4B6J A; 4MHV A; 2CRX A; 2KVC A; 1SL1 A; 3RF9 A; 2D6F C; 5HR6 A; 2N1R A; 4KX5 A; 4J9M A; 3T5L A; 4DL4 A; 4O3P A; 4ECT A; 1ECW A; 4YMN A; 5ALZ A; 2KIC A; 4O3R A; 5HNK A; 4TUP A; 7ICH A; 1F44 A; 1X40 A; 4PGY A; 1KTQ A; 1ZQR A; 5J2B A; 3UQ0 A; 1RYS A; 2ASL A; 1L7M A; 4RQN A; 3M9N B; 1ZQO A; 3IM1 A; 5KG1 A; 1K5O A; 4EYI B; 4UAR A; 4NL9 A; 2M0N A; 4YR0 A; 4I2F A; 3KZI U; 3WK9 A; 3MDC A; 4KLG A; 4Y2R A; 1DGS A; 1RXW A; 1DRG A; 3CP8 A; 4ECR A; 4BJQ A; 4EX6 A; 1F0M A; 5GTH U; 5J8Y C; 4QZA A; 4RZR A; 2MU2 A; 2VKQ A; 4EZ6 A; 3QXG A; 4Q43 A; 5KG6 A; 1TK5 A; 1J97 A; 4ELT A; 4TQR A; 2GH1 A; 2PFQ A; 2YTU A; 3WK6 A; 4Q8E A; 4NM2 A; 2H3Z A; 7ICK A; 9ICS A; 1ZQS A; 3QYP A; 1TE2 A; 1L8O A; 1ZD3 A; 4EZ9 A; 5AKK A; 2HOI A; 7ICM A; 4KX3 A; 1S0V A; 1ZJM A; 2KOB A; 5HMM A; 2Y1I A; 3L3F X; 2LYA A; 4F50 A; 4F93 B; 3QEA Z; 2VJ5 A; 3M9O B; 4I2J A; 3F2D A; 3TAD C; 5KFW A; 1OW5 A; 3SV4 A; 1DK3 A; 3T5J A; 3B9J A; 5J0W A; 5EOZ A; 2KVS A; 4KLH A; 4UB1 A; 2GLE A; 2F2A B; 2KG5 A; 4I2A A; 5J2J A; 2OWO A; 3H4D A; 4P0Q B; 4MEY A; 4FZM A; 3EPG A; 3KKA A; 2W11 A; 5JTI A; 2KZ3 A; 3LDA A; 2I6X A; 1N48 A; 3K1R B; 1RXV A; 4I2E A; 3KZX A; 1IV8 A; 3N7S C; 3UMC A; 4UAZ A; 5KG7 A; 1MSW D; 2XI9 A; 1A77 A; 4QZC A; 2E3T A; 2ZIW B; 3TQ1 A; 1ZQW A; 3MGI A; 3C2K A; 4M9G A; 2KD1 A; 4DL3 A; 2XCA A; 2F1H A; 5EWG A; 4QWE A; 2ZTE A; 2ZIU A; 4PGQ A; 2QAR B; 1X9M A; 2HMX A; 4YMO A; 5DGA A; 5DG8 A; 5ALJ A; 3H8J A; 3QX7 A; 4KN7 A; 2M9N A; 8ICB A; 3N7R C; 4Y2P A; 2PKE A; 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2ZIX A; 1DK2 A; 4YP3 A; 4ECU A; 1KFT A; 4E0D A; 4Y2U A; 9ICV A; 2DPI A; 3SV3 A; 3M6K A; 3L4P A; 5KFZ A; 1U47 A; 4O3S A; 3SEN A; 2KN7 A; 2GWS A; 4ECW A; 5IIK A; 3D2S A; 5ALY A; 2WF7 A; 4US8 A; 5J8Y A; 2K4E A; 3HKZ C; 1KL9 A; 5E79 U; 1Q3V A; 5L1I A; 3C21 A; 2BHN A; 4UQG A; 2E8P A; 2XGQ A; 4C4T A; 2ZUB A; 4B9V A; 1M6Y A; 4P4M A; 9ICH A; 5KTQ A; 1ZQG A; 5KFO A; 1QSL A; 8ICL A; 4ED1 A; 2VJ4 A; 7ICL A; 3SI8 A; 1S10 A; 4EEN A; 4M9N A; 5KL8 B; 3NGD A; 3QUC A; 1K1Q A; 5ALW A; 4F4Y A; 4DFP A; 3RR7 A; 5ALD A; 1MA7 A; 2RLT A; 3MR5 A; 2Y0S C; 3GZF A; 5AHX A; 4C7Z A; 4DS4 A; 3ZDC A; 4ECS A; 3UMG A; 5DKW A; 4DF8 A; 3GIJ A; 1Z1B A; 3TAD A; 1XC9 A; 2W9B A; 3QEB Z; 4ECZ A; 5FP0 A; 2ZUC A; 5DB9 A; 1T4G A; 4QZF A; 3V6K A; 1SV0 C; 1SKS A; 2R18 A; 1SIJ A; 5ALT A; 1CEZ A; 3AQE A; 2RHF A; 5J29 A; 3MR6 A; 9ICJ A; 3AQF A; 1A0P A; 3C2L A; 4QZ9 A; 5DDY A; 2K4P A; 2ATL A; 5A0L A; 1PVP A; 4UB3 A; 1UPH A; 5AKI A; 8ICX A; 1S97 A; 5J0P A; 3NVY A; 4I2H A; 1ZD5 A; 1TAM A; 2KE7 A; 2BKE A; 5KAI U; 5AI5 A; 1NK9 A; 4O3O A; 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