The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
80
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structure length |
80
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Chain Sequence |
ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Phospholipase A-2-activating protein
|
| total genus |
12
|
| structure length |
80
|
| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PSP A; 3PST A; 3L3F X; 2K8C B; 2K8B B; 2K89 A; 2K8A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UA0 A; 2BQU A; 4F4K A; 3NVW A; 3F2C A; 1RXW A; 3ISD A; 3E58 A; 4UB3 A; 4JB3 A; 2UVV A; 5J0R A; 2ZIU B; 2K89 A; 3O0F A; 4F91 B; 5ALO A; 7ICG A; 3WKA A; 5KL1 B; 5J2A A; 4JWM A; 4HYK A; 3WK9 A; 4EEN A; 5DGA A; 2F76 X; 2GLE A; 1ZQZ A; 2KIW A; 3SYZ A; 2XI9 A; 3QU5 A; 2E1F A; 3EPI A; 1MQ2 A; 4M2Y A; 2W9C B; 2KHV A; 1ARO P; 5DG8 A; 1S0N A; 4DQI A; 7ICH A; 2F1J A; 5AK3 A; 3L3F X; 5AM4 A; 4UW9 A; 3FC4 A; 3V7J A; 4I2G A; 4QZH A; 8ICF A; 2KSO A; 4NJ8 A; 3V6K A; 3KFU F; 1NJZ A; 4B9M A; 3N7S C; 5ALI A; 3SQI A; 3WK6 A; 3UQ2 A; 5KFB A; 4KX3 A; 3AMZ A; 3HW8 A; 4NV0 A; 3EPG A; 3QUC A; 4DLG A; 1NKC A; 5AI4 A; 1Z00 B; 4UBB A; 4FFD A; 3EZ5 A; 1N2X A; 5JUM A; 1KBU A; 4DF8 A; 4CCH A; 2NV3 A; 8ICP A; 3RJJ A; 4KLT A; 2HSZ A; 3PX6 A; 9ICS A; 2V9W A; 4EBD A; 5EWE A; 5AKG A; 4KN7 A; 1JUD A; 5KFT A; 2VA3 A; 2WF7 A; 4IS7 A; 4XA5 A; 4RQ4 A; 2JMG A; 1ZQO A; 5DLG A; 3TQ1 A; 1FEZ A; 2W04 A; 3OHA A; 2Y9T A; 5KFY A; 2W7O A; 4DL2 A; 3PW0 A; 5KT6 A; 5IIJ A; 5ALG A; 2IHM A; 2LM1 A; 7ICQ A; 1SV0 C; 5J2C A; 1GO3 F; 2KG5 A; 4I2I A; 2W54 A; 2WB1 F; 4ED3 A; 2PI5 A; 4C8L A; 4F4Y A; 1ZD4 A; 1N56 A; 2R8K A; 3RJH A; 1RQL A; 4B9S A; 1X6I A; 1KEJ A; 3OSP A; 5ALV A; 5KFC A; 3JPQ A; 2VA2 A; 2NRT A; 5L1M A; 3RH6 A; 4Z6D A; 1X2I A; 8ICQ A; 2RDI A; 5L1L A; 3TI0 A; 3RB4 A; 4QWA A; 3MFH A; 2OCE A; 2KP7 A; 2W11 A; 4DQP A; 5III A; 1ZQ1 C; 2HCF A; 4FS1 A; 4P0P B; 3RR7 A; 4I2H A; 2E8P A; 2NO4 A; 1TAU A; 3JPS A; 1QLN A; 4KLL A; 2B21 A; 2H3Q A; 4QW9 A; 3N7R C; 2M9N A; 5HMM A; 5KG6 A; 3HRD D; 7ICS A; 2XCA A; 3PW2 A; 4KLQ A; 2YX8 A; 1SZH A; 1B43 A; 1J97 A; 1N48 A; 5ALF A; 2R8G A; 2KKP A; 5DGB A; 5HHH A; 3WK5 A; 3ICX A; 4KIT B; 5B5E U; 4Z6E A; 4EX6 A; 3OHB A; 4DOA A; 3SR6 A; 2AQ4 A; 4EZ6 A; 3F5A A; 4PHD A; 4F4X A; 5KL8 B; 4DLE A; 2MAX A; 4JK1 A; 5AI9 A; 2BCV A; 2ZXH A; 5TZV A; 2HOI A; 3VC8 A; 5AKH A; 2FMQ A; 1RM6 C; 3KOO A; 4QIW F; 2OH2 A; 3BDP A; 2H5X A; 2JHD A; 4B9N A; 4QZD A; 3ZD8 A; 5KT5 A; 2YTU A; 5KFQ A; 5ALL A; 2WF5 A; 2W55 A; 4O5E A; 3C29 A; 2E8M A; 4PGQ A; 4NY8 A; 2HMX A; 2V4R A; 4Y2P A; 2HI0 A; 2P6R A; 4RQ5 A; 1VJ5 A; 5GTH U; 1Z4O A; 4DSL A; 5AI8 A; 1NK5 A; 3RJE A; 8ICA A; 2BDU A; 4EEK A; 9ICV A; 3C5F A; 2J6S A; 5HHI A; 2KEY A; 5HML A; 3IDW A; 4QZF A; 3TAD A; 5AKI A; 5D49 A; 8ICH A; 4F50 A; 1RPL A; 4QZ9 A; 3UQ0 A; 1UT5 A; 3TAC B; 1F44 A; 3GIK A; 3BQ2 A; 1V9P A; 2KNJ A; 5CEH A; 3AU2 A; 1NK9 A; 1Z4N A; 4RZR A; 5H2F U; 4ECY A; 4MEX A; 2KMD A; 4I2A A; 3ONN A; 2BR0 A; 1MN8 A; 5AK5 A; 3ETL A; 1S9F A; 1XO0 A; 4C4S A; 5IIN A; 5J2E A; 1CI4 A; 3KKA A; 4F92 B; 1UT8 A; 3V7K A; 1T3Q A; 1KLN A; 2R8H A; 1MA7 A; 5AKE A; 2BCS A; 4M9L A; 2L5Y A; 4DQS A; 1Q3V A; 4IR9 A; 4TUR A; 3PST A; 4RPY A; 3MDC A; 2XY5 A; 3PX4 A; 2QB0 A; 2KHQ A; 3PMN A; 2WB1 C; 3LYS A; 3QNM A; 2ISO A; 4B9V A; 4KLH A; 4F93 B; 3RF9 A; 3SD7 A; 3DEE A; 5ALZ A; 4BUG A; 2DGZ A; 1VDV A; 2NRW A; 8ICE A; 3IG8 A; 5DKW A; 4F71 A; 4DFK A; 2F2A B; 3LVW A; 4DFD A; 5IIO A; 1DOQ A; 2QAR B; 1QQ7 A; 2QB1 A; 3QUQ A; 4QZG A; 4IC9 A; 1DXS A; 2ATL A; 2Y0S F; 2EZZ A; 2G5H B; 1UCV A; 2N1R A; 2HHT A; 4FBU A; 1NOM A; 5KFU A; 3M8S A; 2A1J B; 4JWN A; 4YXJ A; 3TAQ A; 1LKY A; 3RB0 A; 3C2L A; 5J29 A; 2ES6 A; 4YN4 A; 2HVH A; 4P4M A; 3SEN A; 5F9L A; 7ICE A; 5FP0 A; 1KTQ A; 4ECR A; 7ICK A; 1RYU A; 4RPX A; 2NRV A; 2YB1 A; 8ICX A; 1YT3 A; 1SB3 C; 4ZOH C; 5DQH A; 8ICR A; 1DGS A; 1ZD5 A; 1ZET A; 4GLX A; 3F53 A; 5J0U A; 1BNP A; 1BNO A; 4UB5 A; 3ISB A; 4C7Z A; 1OXJ A; 1NJW A; 3MC1 A; 2ZJA A; 2JH7 A; 2V4Q A; 5HP4 A; 2AJQ A; 1UQV A; 3E0F A; 4BWJ A; 2LYA A; 3GIJ A; 4JMU A; 4R8U B; 2NRZ A; 1V38 A; 3SI8 A; 3D2N A; 2LPE A; 8ICG A; 5D4B A; 3NTU A; 1WWU A; 3HT3 A; 4QIW C; 2B6G A; 3ISC A; 2EAM A; 1PZN A; 8ICW A; 9ICJ A; 1XS9 D; 3B0X A; 2HDO A; 5HR7 A; 5KFO A; 1PK1 B; 2AGP A; 4RQM A; 1ZQW A; 2W3R A; 5KAF U; 4NLN A; 1L7P A; 3F2B A; 5ALE A; 4O3P A; 4FE3 A; 4DQQ A; 1NKB A; 3PY8 A; 3NRZ A; 3T79 A; 5CWR A; 3RJF A; 4E0D A; 3IM1 A; 2BQ3 A; 4A8E A; 4J9R A; 3SAG A; 1Z1B A; 1KFT A; 1PVQ A; 1BPE A; 2KVC A; 3SAF A; 2ODG A; 5EWF A; 2BZF A; 2ZIV B; 5AKK A; 2QKQ A; 2HHV A; 3UXP A; 2ZTD A; 3BS5 A; 4OD0 A; 2E3T A; 4KMO B; 4OJL A; 4KLI A; 2I5H A; 3THV A; 3H0M B; 5J0W A; 4BXO A; 2ZTC A; 4Y2J A; 7ICN A; 3RJI A; 1IM4 A; 1TVA A; 1L8O A; 2OXO A; 3PSF A; 3MR6 A; 2XY6 A; 4DSI A; 2PXI A; 2DUY A; 4F5Q A; 4GXJ A; 3TAD C; 2P66 A; 4C80 A; 1S97 A; 3Q8P B; 2E5S A; 1X9W A; 4J9S A; 5CP2 A; 2G5I B; 4UB2 A; 3GIM A; 2RRD A; 4RUC A; 1X42 A; 3H8M A; 4QJF B; 3M7D A; 3NUQ A; 2ASL A; 3QUB A; 2VIX A; 4ECZ A; 5AM5 A; 2DPJ A; 4J03 A; 2FE9 A; 3G6Y A; 1QSY A; 4MFA A; 3B0Y A; 2LYH A; 4B9U A; 4P2H A; 3PV8 A; 2IHN A; 2ZJ8 A; 4UQG A; 5AM0 A; 4DS4 A; 2C2D A; 3OSN A; 3AEV A; 5G5G A; 2FLL A; 2YMP A; 4QWB A; 9ICR A; 3H0L B; 4RQ2 A; 3Q8K A; 1TV9 A; 1BVS A; 5EE0 A; 2MA1 A; 3RH5 A; 4Y2X A; 1XWL A; 1JRO A; 3MGV A; 4O3O A; 1NK7 A; 5DQI A; 2PMZ F; 2KTQ A; 3FDS A; 1B4F A; 1RZT A; 2FPL A; 1K1Q A; 1FFV A; 4O3N A; 3WKB A; 2YMM A; 3RBD A; 1Z19 A; 1RXV A; 4YD2 A; 2KFN A; 1ZQS A; 1QQ6 A; 4I2C A; 3GV5 B; 3QYP A; 4P4O A; 4IL6 U; 1SKW A; 3S6J A; 5BOM A; 1YZ7 A; 3HP6 A; 3J81 j; 2VJ5 A; 4KMU A; 2YN4 A; 1Y88 A; 9ICP A; 3K1Z A; 3M9N B; 1NK0 A; 1F5S A; 7ICL A; 4ED0 A; 4FZM A; 5KFH A; 4M6W A; 4P0Q A; 1NI3 A; 2HOQ A; 5AIC A; 5J2G A; 2ESE A; 1ZQG A; 9ICA A; 1SZP A; 2B0C A; 4DS5 A; 1L3S A; 4PL1 A; 2OHF A; 2ISP A; 2HHQ A; 3HWT A; 5DG7 A; 2W43 A; 2HBM A; 2YB4 A; 1ZQY A; 4CDG A; 3M1Y A; 1NK8 A; 4F72 A; 5J2D A; 2C2R A; 1KDH A; 1L3V A; 4F5N A; 3BQ1 A; 4KTQ A; 5AKL A; 4KLE A; 1M6Y A; 1C7Y A; 4USA A; 2A3V A; 2FPK A; 4UAV A; 2WHE A; 2NYV A; 9ICU A; 2FLN A; 4YMN A; 1T8E A; 1SV4 A; 4DL5 A; 3VCB A; 4KLF A; 1L3T A; 4M47 A; 4ECX A; 5DBA A; 1NZB A; 5DBB A; 3L4P A; 4OJP A; 3MR5 A; 4DFM A; 4CNQ A; 4F8R A; 3QU4 A; 2LM4 A; 1SL0 A; 3NVY A; 3OJS A; 1TK5 A; 5AKX A; 4ELV A; 4ECQ A; 4PL2 A; 3GDX A; 4YP3 A; 3C28 A; 2GO7 A; 3ZDC A; 4YR2 A; 2W8L A; 2ZIX B; 3M9M B; 9ICW A; 1X66 A; 1HEK A; 1ZD2 P; 2WAQ F; 4NM2 A; 1ECW A; 2MUT B; 3JPT A; 4QWC A; 5DBC A; 1HUO A; 2BCU A; 5J8Y C; 2W7P A; 4KLG A; 1DGJ A; 1SL2 A; 1SIJ A; 1ZQM A; 2DWQ A; 4I27 A; 1D8L A; 3DV9 A; 5KFL A; 2JH1 A; 5KFV A; 1X40 A; 3PX0 A; 4Q44 A; 4GC6 A; 3SZ2 A; 4ZH4 A; 2R8I A; 8ICC A; 2ZIU A; 3PO5 A; 5DB8 A; 2ZJ5 A; 2YY6 A; 2JEJ A; 5J2I A; 1KFS A; 1ZJN A; 1L7O A; 2LKY A; 4UAS A; 5AI5 A; 4ECU A; 4JUZ A; 2ZUC A; 5EE1 A; 2VA8 A; 5DB6 A; 3T5L A; 4Y2S A; 4XUS A; 1ZQB A; 2W9C A; 4MF2 A; 3V7L A; 3C2K A; 3UPQ A; 4KLD A; 4DL7 A; 4KLJ A; 5ALP A; 1RG6 A; 1JMS A; 1U48 A; 1B22 A; 4Q8E A; 3I1Y A; 1XSL A; 2WF9 A; 3GV8 B; 3PR5 B; 2FI1 A; 4QZB A; 1BPB A; 4B6J A; 4NL9 A; 3AL0 B; 5J2H A; 3N28 A; 4ECS A; 3QEB Z; 1BPX A; 2PFO A; 1IXR A; 2PMZ C; 1SWW A; 2F8K A; 1TFR A; 4I2E A; 3H8J A; 5KG4 A; 4FS2 A; 3Q8M A; 4CGZ A; 1Z00 A; 2Y1I A; 2G09 A; 4ED1 A; 2Q0Z X; 4ED6 A; 5DDY A; 3JPP A; 3NVV A; 4FZN A; 2Z7J A; 4KLM A; 1RQN A; 1FFU A; 3V6J A; 1L7N A; 4O5C A; 2K60 A; 1X6J A; 2BPF A; 2AU0 A; 3C2M A; 1NJY A; 2AH5 A; 3E2E A; 2J6T A; 4QWD A; 5T14 A; 3SV4 A; 4I28 A; 5KFI A; 1LB2 B; 2DKZ A; 2EDU A; 1S0V A; 1FIQ A; 4YR3 A; 3AQF A; 3UXN A; 3KHR A; 2AGO A; 2KZZ A; 1COO A; 4Y2Y A; 4QZC A; 4I29 A; 2HVI A; 5ALU A; 3BQ0 A; 1ZYQ A; 3RJG A; 3MR3 A; 4C0Z A; 1ZQH A; 5J0P A; 3HX0 A; 1U4B A; 4ICA A; 3I76 A; 1PVR A; 3NS1 A; 3QU2 A; 2WF6 A; 4ED2 A; 2D3D A; 1SL1 A; 4HAI A; 3OPX A; 2K8B B; 2R18 A; 1KKX A; 2FLP A; 1IG6 A; 4PHP A; 4AYB C; 3TFR A; 5KG7 A; 3Q8R B; 3HJE A; 8ICO A; 4C8O A; 8ICN A; 4GFJ A; 1MSW D; 4QWE A; 3MR2 A; 1WYG A; 2H3I A; 2D8C A; 4IRD A; 2AHO B; 3EYZ A; 4MFF A; 1RYR A; 2R8J A; 3H8W A; 2KJ5 A; 4GC7 A; 5KG0 A; 1AQ6 A; 2HOF A; 2OM6 A; 3PW4 A; 4YMO A; 2VJ4 A; 3QXG A; 1Q46 A; 5EE9 A; 3GII A; 2H3Z A; 2RHF A; 4P0P A; 2WAQ C; 1ZQJ A; 3C1Y A; 2ALZ A; 5L9X A; 4Q45 A; 5J2J A; 2BQR A; 2ZTE A; 4O3S A; 2JGA A; 3EUB 2; 5KFW A; 2PFN A; 1RDF A; 3KTQ A; 3IN5 A; 2KJ8 A; 4BWM A; 9ICI A; 3JPN A; 5K4L A; 5DG9 A; 3KD3 A; 4YMM A; 5ALR A; 2HBK A; 3LK9 A; 3NAS A; 2M0N A; 4C7Y A; 1NK4 A; 3RR8 A; 1DK2 A; 5ALS A; 4GXI A; 5CJ7 A; 2BPG A; 1BPZ A; 3GU3 A; 5A0L A; 2RDJ A; 4JV1 A; 2IOH A; 3UM9 A; 3K4G A; 3AUO A; 1QQ5 A; 3WKC A; 4US9 A; 3RTV A; 4CE6 A; 2J6U A; 4YD1 A; 3RFA A; 1N5W A; 1WCN A; 3K75 D; 2FDR A; 5KAI U; 2EAO A; 2E1E A; 1JRP A; 3IRU A; 2KIV A; 3QZ8 A; 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2A1J A; 4O3Q A; 3BZC A; 2EZY A; 4PHE A; 2Q4T A; 1UHU A; 2RQ5 A; 7ICF A; 4EYI B; 1D9D A; 3FM9 A; 3ED5 A; 2BHN A; 4YFK A; 1FO4 A; 1NK6 A; 5AM1 A; 1NJX A; 4TQS A; 2Y9U A; 4IQT A; 1J2N A; 4ED7 A; 4PGX A; 4C4T A; 4O5K A; 1X9S A; 4Y2U A; 3H0R B; 4M04 A; 3KHH A; 1KQQ A; 3OGU A; 2RP5 A; 2KSO B; 3OTQ A; 9ICK A; 1ZQQ A; 5TIS U; 3PSP A; 4R8U A; 1KRP A; 4UAZ A; 4RU9 A; 3KKA C; 5J0X A; 5L1J A; 1UPH A; 3PW7 A; 2BGW A; 3AN1 A; 4O0I A; 3IV6 A; 3LVV A; 3SV3 A; 1C20 A; 1PK1 A; 4EX7 A; 4R65 A; 1JX4 A; 5L1I A; 4EBC A; 3RAQ A; 4DCC A; 4DL4 A; 4KN4 A; 4YVZ A; 4BJQ A; 4OO1 J; 2XVT A; 4GXK A; 3ETR A; 5KFX A; 4KLU A; 3LDA A; 1BPD A; 1K5O A; 1A0P A; 4I2F A; 3ZDA A; 2IOF K; 4NLK A; 3HIL A; 2ZIV A; 1N62 A; 5AKZ A; 3MGI A; 1ZD3 A; 4YXM A; 5KG1 A; 9ICO A; 5JU5 A; 3C21 A; 3QUT A; 4ELT A; 3NVZ A; 4DEZ A; 3DDH A; 5ALT A; 4J9P A; 1OW5 A; 5KT7 A; 2IMW P; 2K4E A; 4Y2Q A; 1NKE A; 2LI6 A; 1ZJM A; 1A6S A; 3M8R A; 1BGX T; 4TUQ A; 7ICP A; 2IBK A; 5KNI A; 1ZRN A; 5DLF A; 4C8K A; 2FMP A; 4J9M A; 3CYM A; 3TAR A; 2LYB A; 3HPO A; 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