The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
80
|
structure length |
80
|
Chain Sequence |
ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ubiquitin
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
12
|
| structure length |
80
|
| sequence length |
80
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K8A A; 2K8C B; 2K8B B; 3PSP A; 3L3F X; 3PST A; 2K89 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2EQY A; 7ICF A; 4DO9 A; 3C23 A; 4BWJ A; 1KTQ A; 5ALQ A; 4RQ7 A; 5CRX A; 3C2L A; 1PZN A; 2KMD A; 4FBU A; 2BDU A; 4J9Q A; 2VJ4 A; 5J2K A; 3H4B A; 3KHL A; 2OM6 A; 3AMZ A; 3RB3 A; 3I76 A; 2P35 A; 5KFS A; 3KKA A; 2RDJ A; 4QWB A; 3RH6 A; 1Z19 A; 3SAF A; 3A0B U; 4PHD A; 3BQ2 A; 4YVZ A; 4FO6 A; 3RRG A; 2Y9T A; 1LVH A; 3V6K A; 4BDP A; 2CPR A; 7ICI A; 7ICU A; 2HMX A; 2D6F C; 1KKX A; 2KE7 A; 1S76 D; 5EE3 A; 8ICO A; 4QIW F; 9ICV A; 2V9W A; 4QZ9 A; 5KFJ A; 8ICS A; 3H4D A; 2JEG A; 2KIV A; 4YFK A; 2W11 A; 3K1Z A; 2WF8 A; 2F1H A; 2JEJ A; 1S0O A; 4ED7 A; 1IV8 A; 3K4G A; 5J0T A; 1Q3V A; 4EX7 A; 1NZB A; 2LPE A; 5E79 U; 2C22 A; 3C1Y A; 2DKZ A; 3S6J A; 3IV6 A; 8ICJ A; 1KFS A; 2IA6 A; 4KLL A; 1Q46 A; 1T94 A; 2FDR A; 1U48 A; 5DB6 A; 5KFR A; 3NVW A; 4MFF A; 2ZTE A; 9ICE A; 3F53 A; 1ZQY A; 5KFK A; 3PZP A; 3MR2 A; 3PV8 A; 1ZET A; 5AI5 A; 3IHQ B; 4IRD A; 1VJ5 A; 2ZG6 A; 1PK1 B; 2WF9 A; 2JV3 A; 9ICX A; 2LYH A; 4EBC A; 5KNI A; 5EWG A; 5KFX A; 1VLB A; 4KX5 A; 1RZT A; 2A1A A; 2QB1 A; 2VKQ A; 2HBK A; 4KLO A; 2W7O A; 5J0W A; 4DF4 A; 5IIJ A; 1U47 A; 2HBM A; 4R65 A; 7ICQ A; 5J2B A; 2ZTD A; 4CF3 A; 2ZTC A; 5KT4 A; 3U26 A; 4RQ1 A; 2AGO A; 4DSE A; 1PVR A; 3EZ5 A; 2K89 A; 2HOF A; 4OJO A; 2Y1J A; 4BX9 C; 8ICX A; 1XO0 A; 5AKX A; 1LKY A; 1WWU A; 4J03 A; 5BOM A; 5J2C A; 1RXV A; 2O6K A; 3KBB A; 4ELT A; 2QLT A; 3AL0 B; 2JMG A; 3FAH A; 2PKE A; 3NGD A; 5D46 A; 5ALH A; 3H8W A; 1L7N A; 3HIL A; 4BGD A; 3MC1 A; 1ZQZ A; 9ICL A; 4KLS A; 2VAN A; 4I29 A; 3WKE A; 1SL1 A; 1JI7 A; 3QU2 A; 3HPO A; 5DDM A; 2GWS A; 3IG5 A; 3UMB A; 4QZD A; 4NJ8 A; 4DCC A; 5KFA A; 2YY6 A; 1SV4 A; 3B0Y A; 2F8L A; 5ALX A; 4DQP A; 4DL6 A; 4UAU A; 8ICN A; 1SL0 A; 2XGQ A; 2WF5 A; 4NV0 A; 9ICS A; 5DB8 A; 2W8L A; 3WKB A; 4O5E A; 1ZOL A; 1KFT A; 3AM9 A; 3LWL A; 2AJQ A; 3DEE A; 3SAH A; 9ICC A; 3WU2 U; 1UCV A; 1WCN A; 8ICR A; 3RR8 A; 5AKG A; 4YMN A; 3Q8Q B; 1WWV A; 2E5S A; 4I28 A; 3I1Y A; 1KL9 A; 4F5Q A; 4QZH A; 5ALO A; 1MA7 A; 2BQU A; 1WYG A; 5KG7 A; 3FYH A; 3IDW A; 3WK5 A; 3N7S C; 4FFD A; 3AN1 A; 4PH5 A; 4NY8 A; 2BCU A; 4JB3 A; 3PY8 A; 3JPN A; 4DFM A; 1N56 A; 5L1M A; 3K75 D; 4QJF B; 1H38 A; 2HI0 A; 1ZQG A; 3TFS A; 1ZQB A; 1QSY A; 2BCR A; 2HW3 A; 1X9X A; 1V9P A; 1XWL A; 4UAV A; 5AI4 A; 5J0Y A; 4ECT A; 2R8K A; 2FPK A; 2W9M A; 1ZQC A; 3C29 A; 5KFI A; 4Y2J A; 4F5N A; 1NNL A; 4OJL A; 3UM9 A; 5EOZ A; 1KFD A; 2R8J A; 5DGA A; 2MU2 A; 2MUT B; 1A76 A; 2XVT A; 5G5G A; 8ICH A; 5T14 A; 5HML A; 2W9C A; 2OEH A; 5KG1 A; 1Z1B A; 1X9M A; 4YN4 A; 2E1F A; 2YML A; 2G09 A; 2W55 A; 4ECU A; 2PFO A; 4PJ0 U; 4ECX A; 1A6S A; 1ZD5 A; 1KRP A; 5AI0 A; 5J2I A; 2XID A; 3H8J A; 4TQS A; 2XY5 A; 4YD2 A; 2HHX A; 3WK6 A; 4F8R A; 2M0N A; 8ICI A; 2KEY A; 5AKI A; 3UMG A; 5DBA A; 3MDC A; 1FEZ A; 3UQ0 A; 3NVV A; 3KHR A; 1B0X A; 4ECQ A; 3MR5 A; 1NOM A; 4LJX A; 5DB7 A; 5DG8 A; 1QQ6 A; 4KLQ A; 4IR1 A; 3CRX A; 2NRZ A; 1X9W A; 2VA3 A; 4EZ6 A; 5KTQ A; 2IOF K; 1KSP A; 4EYH B; 5DLF A; 1Q8K A; 5L1L A; 1X42 A; 2BZF A; 3V7K A; 1UHU A; 1L7M A; 5HMM A; 1COO A; 3EYZ A; 2IOH A; 1V97 A; 5BOL A; 2BR0 A; 3OSN A; 1N5X A; 9ICH A; 4BXO B; 4ZOH C; 4TQR A; 1MC8 A; 4M6W A; 3TAP A; 3OJU A; 3QEA Z; 1M6Y A; 1TE2 A; 4A8E A; 5A0L A; 2QAR B; 2UVW A; 3GU3 A; 3SYZ A; 1NK4 A; 4DL4 A; 1IXR A; 1N63 A; 3QU9 A; 1BNP A; 3H0M B; 2WB1 C; 9ICK A; 4RT3 A; 1OUQ A; 8ICP A; 3KOO A; 2KZM A; 5EE0 A; 3LVV A; 4Z6D A; 3RBE A; 2C2R A; 4Q44 A; 1D8B A; 4Z6C A; 2XIC A; 5ALL A; 4DLE A; 2PFP A; 1PVP A; 3VC8 A; 1JMS A; 1YZ7 A; 1BPD A; 2E1E A; 1ZQJ A; 2ODG A; 2QB0 A; 2N1R A; 3HJE A; 2RRD A; 4PGX A; 4Y2S A; 1NJY A; 1ZQR A; 2QB0 B; 2UVU A; 5EE1 A; 4ECR A; 4J9P A; 5G5H A; 1MQ3 A; 1NI3 A; 3BQ1 A; 1S77 D; 1QQ7 A; 4Q43 A; 4YR3 A; 4P0P A; 2F8K A; 1ZD2 P; 1NKB A; 1B43 A; 1X9S A; 4DL3 A; 3IM1 A; 9ICB A; 3MAB A; 5B5E U; 4YD1 A; 3ORY A; 4I2E A; 2BPC A; 2RQ5 A; 3RB6 A; 1NKC A; 1Q3U A; 3V6H A; 1U4B A; 4DSJ A; 4M9L A; 5KG3 A; 5J2H A; 3N97 B; 4O3O A; 4CE6 A; 2GOL A; 7ICO A; 2K8A A; 3M8S A; 2DF4 B; 8ICB A; 5D49 A; 2JH7 A; 4O3Q A; 4Q8E A; 1SV0 A; 2ZJ5 A; 3KHG A; 1KDH A; 4R8U B; 3Q8M A; 5AKJ A; 3ZD8 A; 3H0R B; 5JU5 A; 3BQ0 A; 4O3R A; 4M9H A; 4DF8 A; 2C28 A; 5CEH A; 4GXK A; 1PUZ A; 3NVZ A; 4F5O A; 3Q8S B; 2KKV A; 4B9N A; 3QU4 A; 1ZQV A; 4Z6E A; 1RYR A; 4M04 A; 3T5L A; 3G6V A; 2P6R A; 5ALF A; 2OCE A; 3EUB 2; 4TUP A; 3M9M B; 3GQC A; 4K4I A; 5AIB A; 3TAD C; 1FIQ A; 3RB4 A; 3HWT A; 1KLN A; 4OO1 J; 4RPY A; 5KG0 A; 4RQ5 A; 5AHX A; 3PO5 A; 3AQE A; 4QZC A; 3H40 A; 5F3X B; 1SXD A; 4IL6 U; 1ZQM A; 3UPQ A; 5KFN A; 1RQL A; 4OJ5 A; 5AKH A; 1HEK A; 1D9D A; 5ALK A; 1QH9 A; 1IG6 A; 5DGB A; 3N4M B; 3T3F A; 4KLE A; 1ZRN A; 1L3T A; 2A19 A; 3GZF A; 4UB3 A; 2KHQ A; 3T79 A; 1Z3E B; 5DQH A; 5KFD A; 1HIW A; 1TAU A; 4RNO A; 2AH5 A; 8ICZ A; 4DQI A; 4O3N A; 3LDA A; 5AI6 A; 2PMZ F; 1ZQE A; 4R66 A; 4RPZ A; 1ZQT A; 5ALM A; 5KAI U; 2JGA A; 2AHO B; 5CP2 A; 5B66 U; 2B6G A; 3AEV A; 3ETL A; 2UVR A; 3PR5 B; 1BPE A; 4LZD A; 4JUZ A; 9ICO A; 3T5H A; 2XC9 A; 5KFH A; 3MFI A; 4YP3 A; 4J9L A; 1ZJM A; 5KT3 A; 3LVW A; 3ED5 A; 4KLM A; 4RQ6 A; 4YQW A; 4DFK A; 1SKS A; 7ICG A; 2E8N A; 4M0A A; 1JXE A; 2K4P A; 1L6N A; 4QWA A; 2IHN A; 4YG2 A; 4MF8 A; 4O9M A; 4DFP A; 4F91 B; 3A0H U; 5J2D A; 7ICP A; 4IQT A; 5AM5 A; 3G6Y A; 2A1J B; 4DFJ A; 1COK A; 3I28 A; 5ALJ A; 5DDY A; 3G6X A; 1N5W A; 2MRL A; 3KTQ A; 2B0C A; 1L8O A; 2YX8 A; 3GV7 B; 1C7Y A; 2LHT A; 5AIA A; 5BPC A; 1ZQA A; 2KJ9 A; 2KK0 A; 1Z1V A; 2OYY A; 2CRX A; 5HNK A; 7ICV A; 4PGQ A; 2DWQ A; 3IRU A; 2YMP A; 3AU2 A; 1KEJ A; 3TAC B; 1ZQP A; 1PVQ A; 3AQF A; 3KZI U; 1NJX A; 4UAZ A; 2KSO B; 1SKW A; 1PK1 A; 4I27 A; 4EYI B; 5KFT A; 3RFA A; 4RQ8 A; 2HHT A; 8ICK A; 3WKD A; 2XY7 A; 4GC7 A; 4CCH A; 2D3D A; 4M2Y A; 4CF4 A; 2AGP A; 2ZIW B; 1QSS A; 4XRH A; 1UT8 A; 4FZL A; 4ELV A; 3B0X A; 8ICL A; 2G5I B; 4GC6 A; 3HKZ C; 5J29 A; 4PHP A; 2P66 A; 2KZ3 A; 2LBO A; 2OWO A; 1NK6 A; 2G06 A; 1HJP A; 4DS5 A; 2BQR A; 4XQ8 A; 4UAW A; 2Y0S F; 2BKE A; 3RJE A; 1XU4 A; 2LYA A; 4DSL A; 2GLE A; 4USA A; 5L1J A; 3OGU A; 4KLF A; 7ICK A; 4EEY A; 1D8Y A; 9ICM A; 1KW4 A; 3LWM A; 2JHD A; 3SR6 A; 4DQQ A; 5ALE A; 4DOB A; 1ARO P; 3PR4 A; 3RJH A; 4ICA A; 2W43 A; 3QZ7 A; 2B21 A; 3PVX A; 3HRD D; 4NWI A; 5CB1 A; 2RDI A; 7ICE A; 4AYB F; 1RXW A; 3RH5 A; 4I2J A; 1ZD3 A; 4IS7 A; 2ZJ8 A; 4RZR A; 4C8M A; 4NLB A; 2NV3 A; 2W9B B; 2ZIV B; 4QIW C; 1X2I A; 4P0Q B; 2DKX A; 1ZD4 A; 3JPS A; 5ALT A; 3CNH A; 2YB1 A; 5AI9 A; 5KT5 A; 3WKA A; 5GTH U; 1P7D A; 3TFR A; 9ICA A; 5J0P A; 3WKC A; 2VA2 A; 2EAP A; 2AGQ A; 4U6P A; 2KN7 A; 2JZB B; 5ALP A; 1BPZ A; 4QW9 A; 5J0Q A; 4TUS A; 2NO5 A; 2LM1 A; 2LM4 A; 1SZP A; 3HW8 A; 1BPX A; 4JK1 A; 1S10 A; 4US9 A; 4DSI A; 5ALY A; 3UQ2 A; 5KFG A; 3PST A; 4DOA A; 2F76 X; 2ZIX B; 1N48 A; 3GV5 B; 5J0U A; 2WAQ F; 1ZYQ A; 3MDA A; 5KT6 A; 4TUQ A; 1BPY A; 1RPL A; 4ECS A; 2E8M A; 5C0Y A; 2DFL A; 2ESE A; 2OXO A; 2KIC A; 1SIJ A; 4F2S A; 2H5X A; 1OW5 A; 2ISP A; 3BS5 B; 3FDS A; 4F3O A; 3GII A; 3SMV A; 3SI8 A; 2BCV A; 2MUT A; 4C0Z A; 3D2S A; 5AK4 A; 4O3S A; 3PX4 A; 5KFC A; 1FO4 A; 4M9J A; 4KLU A; 2F3N A; 3SV3 A; 3C5G A; 4PZN A; 1TK5 A; 1BPB A; 2H3I A; 1X6J A; 3WK7 A; 4DEZ A; 4I2I A; 4KMU A; 3LK9 A; 3IN5 A; 3OHB A; 2R18 A; 4J9O A; 3MFH A; 4UB6 U; 5IIM A; 4UBB A; 4FE3 A; 4IQW A; 1TAM A; 3V72 A; 5F9N A; 4K4G A; 3SZ2 A; 1ZQL A; 1Z00 B; 5ALU A; 2YQE A; 5ALW A; 3H8S A; 5KFB A; 2ZIU B; 2EZZ A; 3GV8 B; 4NLN A; 4B6J A; 4QZ8 A; 1KQQ A; 5AK6 A; 2FLL A; 7ICS A; 1QSL A; 3D6J A; 1RYU A; 5DG7 A; 4BXO A; 3RAQ A; 4OD0 A; 3B9J A; 4FS2 A; 2XCA A; 4QZI A; 3PNC A; 2QAR A; 3J81 j; 2ZXI A; 4KLD A; 4DWI A; 3E58 A; 5KG2 A; 4B9L A; 1V38 A; 4QNL A; 1ZQK A; 3WK4 A; 2YMQ A; 4PPX A; 5DBC A; 1D8L A; 1XC9 A; 5KFV A; 4JWN A; 2JEF A; 4UB4 A; 2GH1 A; 1SL2 A; 1N60 A; 1K5O A; 1RG6 A; 2QKQ A; 4M47 A; 1X6I A; 4I2H A; 1S0M A; 1NKE A; 5CHG A; 5JUM A; 3RJF A; 2XCP A; 1NK7 A; 4YMO A; 5TZV A; 3Q8R B; 1L7P A; 1JXL A; 4F4Z A; 4I2C A; 2NYV A; 1DK3 A; 5K4L A; 4C7Z A; 1NK0 A; 4B9V A; 4NLG A; 4OJ6 A; 5AM3 A; 2I6X A; 1CUK A; 4O3P A; 3PW7 A; 2NO4 A; 1ZRM A; 3PML A; 3RTV A; 2KJ5 A; 5ALS A; 5EWF A; 1RYS A; 3Q8P B; 2W8K A; 2OHF A; 3OSP A; 1F0M A; 4UQG A; 2AQ0 A; 3NRZ A; 4RU9 A; 4ED1 A; 8ICM A; 5AM2 A; 1D9F A; 2PFQ A; 4PGY A; 3PW2 A; 1NK8 A; 4YCX A; 5HHI A; 4UB8 U; 5KFW A; 1ZQD A; 4MEY A; 2RP5 A; 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2KVS A; 1L3S A; 1KBU A; 1UQV A; 1JRP A; 2UVV A; 1XSL A; 2DL0 A; 3T5K A; 4NM2 A; 2H3Z A; 4I2G A; 3TAD A; 1UT5 A; 2Q4T A; 4ED2 A; 2AQ4 A; 4UB2 A; 2W3R A; 3VCB A; 3SEI A; 5AKK A; 2YB4 A; 1CEZ A; 4Y2V A; 3D2Q A; 4UAT A; 2ZJA A; 3SD7 A; 1U45 A; 4KTQ A; 1TKD A; 8ICW A; 4FS1 A; 4C80 A; 3NTU A; 3TAQ A; 5KFZ A; 4ED3 A; 2R8H A; 5ALG A; 4KLI A; 4IC9 A; 2ASD A; 1DK2 A; 1SGG A; 2HHS A; 4M9N A; 5J0O A; 2ASL A; 3F5A A; 5IIK A; 3TQ1 A; 5J2G A; 1Z4O A; 3KFU F; 5AI8 A; 4JV2 A; 3L3F X; 1CRX A; 4CNQ A; 3GIM A; 8ICT A; 1T3N A; 2JRZ A; 2BPG A; 4DL5 A; 2I5H A; 2KP7 A; 3KD3 A; 1GO3 F; 1NK5 A; 5J2F A; 5J8Y C; 3C1Z A; 2A1J A; 3QX7 A; 2E8P A; 2KHV A; 4F71 A; 1AQ6 A; 5KG5 A; 1YZ6 A; 5AM1 A; 4RNN A; 4YMM A; 2Y9U A; 4RPX A; 5KT2 A; 2KFN A; 3RF9 A; 5L1K A; 1K1S A; 4DSK A; 4J9R A; 4EZ9 A; 4I2F A; 2R8G A; 4Q45 A; 1UA1 A; 1LV5 A; 1DRG A; 3DDH A; 3KHH A; 2F1J A; 1ED1 A; 5AM0 A; 3CP8 A; 1TK8 A; 3TKA A; 5J8Y A; 2KSO A; 5J0R A; 4UBC A; 4OJP A; 1N2X A; 5AKY A; 4DOC A; 2HCF A; 2J6T A; 2KNJ A; 3BZC A; 5ALV A; 5DLG A; 3QUC A; 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