The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
80
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structure length |
80
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Chain Sequence |
ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Ubiquitin
|
| total genus |
12
|
| structure length |
80
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| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K8C B; 3PST A; 3PSP A; 3L3F X; 2K8B B; 2K89 A; 2K8A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3NRZ A; 4Y2U A; 4F92 B; 3D2N A; 4WJ3 B; 4F4W A; 1NKB A; 2QKQ A; 3F2B A; 5J0S A; 2W54 A; 2IHM A; 4GXI A; 2BHN A; 2KEY A; 1RYR A; 4RT2 A; 1ZJM A; 3EZ5 A; 5KT4 A; 2VJ5 A; 5ALQ A; 5ALJ A; 3SI8 A; 3PX0 A; 5AIA A; 5J2F A; 1ZQL A; 1T8E A; 1ED1 A; 2E8M A; 1KLN A; 2E8N A; 3ETR A; 4EEY A; 1S76 D; 2ES6 A; 1SL2 A; 4UB2 A; 2Y0S F; 7ICJ A; 2W7P A; 4F5O A; 4C0Z A; 5III A; 1Q3V A; 1YT3 A; 4KLU A; 4GIB A; 3ICX A; 9ICN A; 4KLO A; 3QYP A; 3M6K A; 3BQT A; 2YB4 A; 2WHE A; 4O3Q A; 5AI9 A; 3V6K A; 4RNM A; 3JPT A; 4DSL A; 1ZD5 A; 1RPL A; 4F91 B; 4I2A A; 1SXE A; 2NV3 A; 9ICX A; 1KFT A; 2LKY A; 1CUK A; 1ZQJ A; 3V7K A; 1ZOL A; 3HWT A; 4BUG A; 2WF8 A; 1SV4 A; 3V72 A; 1U47 A; 2K8B B; 3QUB A; 4DWI A; 3BJY A; 3F5A A; 1L7M A; 4TQR A; 4KLI A; 3D6J A; 1KL9 A; 4FO6 A; 2H3Q A; 4JMU A; 7ICV A; 2E1F A; 4JV0 A; 1B0X A; 3I76 A; 4RUA A; 3NVW A; 2BCQ A; 1BPX A; 3QEA Z; 2NO4 A; 1RDF A; 3BDP A; 4CNQ A; 2HOQ A; 2QB0 B; 4MF2 A; 3EYZ A; 4DSE A; 1A77 A; 4P2H A; 5AI8 A; 5L1I A; 2H3I A; 1L5U A; 4ED7 A; 2FJ6 A; 4C7Y A; 4QZA A; 1KQQ A; 7ICH A; 5AK6 A; 2D6F C; 4BWM A; 1SKW A; 5AK4 A; 1ZQX A; 3PR5 B; 4QZ8 A; 5KG7 A; 2XID A; 4RQN A; 1X6J A; 3PW5 A; 5KL8 B; 3RFA A; 1WYG A; 4EBE A; 1YZ7 A; 4TUQ A; 4Z6E A; 1ZD4 A; 5ALP A; 4I29 A; 2A19 A; 4CDG A; 1X66 A; 4IQW A; 2F1H A; 5J0O A; 4ELT A; 5FP0 A; 5J2I A; 3E58 A; 4RQ8 A; 4LZG A; 5EWG A; 4Q45 A; 1CRX A; 4ECZ A; 4O5K A; 5ALE A; 8ICE A; 4OJ5 A; 4DSI A; 1D8L A; 2BR0 A; 5DB7 A; 4I2F A; 3RJK A; 1N48 A; 3OGU A; 4QIW C; 1NK8 A; 1TK5 A; 5EWE A; 4F2R A; 2KJ5 A; 4I2G A; 2OH2 A; 2KZZ A; 3BS7 A; 2AHO B; 2BQU A; 1L7N A; 1IG6 A; 1J2M A; 2P6U A; 2AGQ A; 3MAB A; 3B0X A; 4QW9 A; 4O3R A; 4I2E A; 4TQS A; 3PMN A; 1ZQN A; 9ICO A; 1T4G A; 3CW2 C; 1WUD A; 3HRD D; 1QCK A; 2KOB A; 2R8J A; 4Q8E A; 4DSK A; 4F71 A; 3MR5 A; 1PVR A; 3RJF A; 2Y9U A; 2K4I A; 2DWQ A; 3WU2 U; 5KFE A; 1PK1 B; 3C5F A; 4ED6 A; 2PFO A; 8ICL A; 1SGG A; 4P0Q A; 5EE3 A; 4KLG A; 3BS5 A; 4DOC A; 4U7C A; 3FAH A; 2HBK A; 4O5E A; 2W8K A; 4J9S A; 4DFM A; 3PX6 A; 1LKY A; 4UB3 A; 4KLL A; 1MC8 A; 2BPF A; 4YD1 A; 5ALN A; 4OJO A; 3LVV A; 3RJH A; 5HNK A; 2WF6 A; 4UW9 A; 1KFS A; 3MBY A; 1NZP A; 3NUQ A; 2LBO A; 5J2C A; 4BXO B; 2R8G A; 4ED0 A; 3H0R B; 4K4H A; 2AH5 A; 3PSI A; 2IOH A; 3Q8L A; 4DQQ A; 3AU6 A; 5KFK A; 1U49 A; 2YMM A; 1SL1 A; 4DL3 A; 3RTV A; 3GIL A; 4KLM A; 2HCF A; 3SAH A; 4B9U A; 8ICZ A; 2OYY A; 4RQ5 A; 3NS1 A; 4MF8 A; 1RXV A; 7ICG A; 3BQ2 A; 1A76 A; 3JPQ A; 2JXJ A; 5J0P A; 4M6W A; 1TV9 A; 3JPP A; 4FZL A; 4KLD A; 5HR6 A; 5KG4 A; 9ICM A; 5KG0 A; 4QZH A; 3M9N B; 2KG5 A; 4NLB A; 3GIK A; 1NK0 A; 4F2S A; 3SV3 A; 4UB8 U; 1NK5 A; 1V38 A; 8ICW A; 4QW8 A; 2ZUC A; 4ECQ A; 3TKA A; 5BOM A; 1FIQ A; 5J0T A; 5C5J A; 1XO0 A; 8ICT A; 3NAS A; 3DDH A; 3QUT A; 1Z00 A; 4R8U B; 4DQI A; 2NRW A; 5AKE A; 5J2A A; 1S0O A; 3QXG A; 3IV6 A; 4ED1 A; 5TIS U; 4RQ6 A; 4EBD A; 2KJ8 A; 4C8N A; 2KVS A; 5KFD A; 2ESE A; 2MUT B; 1FO4 A; 1NJY A; 2DFL A; 4GLX A; 1NK7 A; 5AKK A; 4ECT A; 4DQR A; 4DOA A; 1SXD A; 1Y88 A; 1DGS A; 3Q8R B; 4KIT B; 4BJQ A; 1S5L U; 2LMR A; 3FC4 A; 3WK4 A; 2KNJ A; 2LI6 A; 5AI4 A; 4KMU A; 3ORY A; 5J2E A; 1N61 A; 2W04 A; 2QB1 A; 5KFV A; 3PSP A; 3M1Y A; 3M6Z A; 4DL7 A; 4F4Z A; 4NY8 A; 3KTQ A; 1Z4O A; 5DLF A; 2QLT A; 1S97 A; 3OJS A; 2HVH A; 4F93 B; 2KE7 A; 2RHF A; 4O3O A; 4RUC A; 3MDC A; 1PZN A; 2A1J A; 4KLJ A; 2JEG A; 4QWE A; 4YR2 A; 4B9M A; 5DGA A; 7ICN A; 3NVZ A; 5K4L A; 3C2K A; 5KT5 A; 1LV5 A; 1PK3 A; 5AKG A; 1B22 A; 1IM4 A; 2YX8 A; 2Y9T A; 4G3I A; 2HMX A; 1KSP A; 5HMM A; 4NL9 A; 1LB2 B; 9ICF A; 3HW8 A; 4DFJ A; 4QIW F; 1KN5 A; 4IQU A; 3MFI A; 5HP4 A; 4YN4 A; 3Q8K A; 1HUZ A; 3AQE A; 1NK6 A; 4NL9 C; 5HR7 A; 4JB3 A; 2ZUD A; 4CCH A; 4DL4 A; 5EE9 A; 2E8P A; 1QSS A; 2EZZ A; 4P0P B; 4Q43 A; 2XGP A; 2Z7J A; 3RBD A; 1QSL A; 4RZR A; 2EAO A; 1SB3 C; 5DBA A; 4UAT A; 5AKI A; 3PO5 A; 2RRD A; 2FLP A; 5KFA A; 1A6S A; 3C2L A; 3RR8 A; 2GLE A; 2NRV A; 2ASD A; 2DPI A; 4DL5 A; 3WK7 A; 3IHQ B; 2VKQ A; 2MRL A; 3RB6 A; 9ICQ A; 5AKH A; 4F4Y A; 2FLL A; 4DS4 A; 1XC9 A; 5EOZ A; 2KVC A; 1UQV A; 2BQR A; 4F5Q A; 1SKS A; 3KKA A; 2JHD A; 3UQ2 A; 3SMV A; 4C8K A; 3H0L B; 2FMP A; 3TAQ A; 4J9O A; 5DQG A; 4GXJ A; 5JU5 A; 2JMG A; 4O3S A; 2F8K A; 3SZ2 A; 4US9 A; 5EWF A; 2C2D A; 1F0M A; 3AL0 B; 1PUZ A; 4PHE A; 5KG5 A; 3KKA C; 2KTQ A; 3C5G A; 4M04 A; 2F77 X; 8ICV A; 5J0U A; 4NLK A; 2JEI A; 2VJ4 A; 4CF3 A; 2W9M A; 9ICK A; 4ED2 A; 5D4B A; 4US8 A; 1COO A; 4MFC A; 1JN3 A; 4DQS A; 3PW0 A; 1WG8 A; 2KK0 A; 1JXL A; 1URJ A; 4IRC A; 8ICR A; 3AM9 A; 1SV0 A; 2PFN A; 3JPS A; 2FPK A; 3DEE A; 1TAM A; 1WCN A; 5DQH A; 3E2E A; 2ZTD A; 1XSP A; 4DF4 A; 5HML A; 2EDU A; 2FPL A; 2HSZ A; 4B9T A; 5CJ7 A; 1SV0 C; 1S8O A; 2CPR A; 2KN7 A; 8ICM A; 5ALG A; 2AGP A; 2NRX A; 2MSN A; 4OJ6 A; 4IC9 A; 5TZV A; 1NNL A; 2W9C A; 2XIC A; 3NVY A; 1IV8 A; 2LPE A; 3HIL A; 2G0A A; 3T3F A; 5DLG A; 4Z6F A; 3QU7 A; 1L3V A; 5KFQ A; 4ACO A; 2HHU A; 2XGQ A; 2HHT A; 1V85 A; 1TAU A; 4A8E A; 5J0R A; 1TK0 A; 2DQN B; 7ICO A; 2R8I A; 3PO4 A; 3QE9 Y; 4I2H A; 1JX4 A; 2KZM A; 4Y2J A; 1OXJ A; 1L3T A; 2ZJ8 A; 1N63 A; 1A0P A; 2W03 A; 1Z1B A; 9ICC A; 2QB0 A; 2W9B B; 4M0A A; 1K5O A; 3ALR A; 4ECW A; 5KFC A; 5E79 U; 2XC9 A; 3PZP A; 4PPX A; 2KIW A; 5KT3 A; 2HI0 A; 4ZOH C; 2V9W A; 4IR9 A; 2EZY A; 5AM1 A; 2KSO B; 4F5R A; 4J03 A; 2LYB A; 4U6P A; 3AUO A; 1ZYQ A; 2RLT A; 1SZP A; 5JRT A; 1S77 D; 2V4R A; 5A0L A; 1RQN A; 1X40 A; 2OM6 A; 4G9B A; 7ICQ A; 2WAQ F; 5CRX A; 3MDA A; 3IDW A; 4QWD A; 3GQC A; 2EZX A; 2ZXI A; 1BNP A; 2ZIU A; 3SR6 A; 5AK5 A; 4IR1 A; 4QZC A; 1L3U A; 5AI0 A; 4YMO A; 2RP5 A; 3IG5 A; 4F5P A; 1IXR A; 4RQ1 A; 3SEI A; 1XNS A; 3WK6 A; 8ICX A; 4J9K A; 1ZQA A; 4R64 A; 2W3R A; 5KFG A; 4EEK A; 2VA8 A; 5DBB A; 2BDP A; 2WFA A; 4FZN A; 1D8B A; 1BVS A; 2B21 A; 5B5E U; 1ZQP A; 2YY6 A; 2AGO A; 3M7D A; 1UCV A; 1X6I A; 4AP9 A; 1SKR A; 2W3S A; 1PVQ A; 5AM4 A; 2BCR A; 1ZQF A; 2C28 A; 2W9A A; 2F76 X; 2QAR A; 1TK8 A; 5KFM A; 2YB1 A; 1RZT A; 5J29 A; 4HAI A; 4QZF A; 2P6R A; 4AYB C; 2JGA A; 3SD7 A; 1X9X A; 4EX7 A; 1MN8 A; 2NRZ A; 2KHQ A; 3KHL A; 2A3V A; 2F1J A; 1ZQK A; 2K8C B; 2PKE A; 2V4Q A; 2J6U A; 4IL6 U; 4PHA A; 1QQ7 A; 4QZI A; 2FMQ A; 3RH5 A; 5ALX A; 2ZIV B; 4XRH A; 1KRP A; 2BPG A; 2CN1 A; 3T5K A; 2E5S A; 1SWW A; 2IA6 A; 5KFY A; 2G5I B; 7ICS A; 3PW2 A; 3N97 B; 1BPD A; 4BXO A; 2HHX A; 2JZB B; 2EAM A; 2K8A A; 5ALZ A; 4O3N A; 5DQI A; 5KFL A; 3OPX A; 3LWL A; 3MR6 A; 3ZD9 A; 3QZ7 A; 4ELU A; 1GO3 F; 1DK2 A; 4FZM A; 2I9G A; 5DG9 A; 2UVR A; 4JWM A; 2C2E A; 3LDA A; 2M9N A; 4EZ9 A; 2B6G A; 3F5E A; 4Q8F A; 3C21 A; 2XY6 A; 4JUZ A; 9ICJ A; 1VLB A; 4Y2Q A; 5JTI A; 4UQG A; 3ISD A; 2UVW A; 3HJE A; 4Y2P A; 4RNO A; 1U45 A; 4DCC A; 4KMO B; 4B9V A; 2W55 A; 3H4D A; 2WF5 A; 4NLN A; 1N56 A; 4NLC A; 3ETL A; 2JEJ A; 1SWV A; 3PNC A; 4OJP A; 2W43 A; 2KFN A; 3D2Q A; 1UA1 A; 4DEZ A; 1JIH A; 2EH9 A; 1FEZ A; 5ALF A; 2YML A; 4E0D A; 2DGZ A; 4UB1 A; 2MUT A; 3H8M A; 4I2B A; 2PXI A; 3ZDD A; 5KT7 A; 1D8Y A; 4CE6 A; 3ISB A; 4NXZ A; 2IOF A; 4DLE A; 2BQ3 A; 1ZXI A; 3RJI A; 4EYI B; 4Y2R A; 7ICI A; 2Q0Z X; 4YG2 A; 4PZO A; 8ICC A; 4GC6 A; 3T5L A; 3ONN A; 1X9M A; 3G6X A; 4QZB A; 3QNM A; 1ZQE A; 2FE9 A; 2PFQ A; 3UXO A; 5KFF A; 4XA5 A; 4BWJ A; 2H3Z A; 1NI3 A; 4RQ7 A; 2ZIX A; 1NZB A; 5KFO A; 2E8O A; 5DDY A; 3Q8P B; 3QU5 A; 3Q8M A; 4EZ6 A; 4DSJ A; 3PX4 A; 2H3V A; 1SZH A; 2LYH A; 4NV0 A; 4KLS A; 4F8R A; 1ZD3 A; 2A1A A; 5IIK A; 1XSL A; 2CRX A; 1O03 A; 5IIM A; 5G5G A; 3RB4 A; 1S10 A; 4I27 A; 5L1J A; 5BPC A; 5IIN A; 2ZTE A; 4B9L A; 8ICG A; 1QQ6 A; 4YMN A; 1NJX A; 4KX5 A; 4YXJ A; 5DDM A; 1QH9 A; 4M9H A; 5J2J A; 3N7P D; 4QZ9 A; 4YFK A; 3GU3 A; 3ZDE A; 3JPR A; 5AM5 A; 1J97 A; 2ISO A; 4FS2 A; 9ICI A; 2PI5 A; 5H2F U; 2VAN A; 2KFZ A; 4NWI A; 4I2D A; 3C29 A; 2HOF A; 5CHG A; 4ECU A; 4YVZ A; 5C0Y A; 4P0Q B; 4P0P A; 9ICP A; 3RAQ A; 3FM9 A; 1S0V A; 1ZQU A; 4BX9 C; 1X9W A; 3EPG A; 3PV8 A; 5KG6 A; 5DB8 A; 4F5N A; 1AQ6 A; 4PGQ A; 3GZF A; 2JRZ A; 8ICJ A; 4DFP A; 3LVW A; 2J6S A; 4ECV A; 5J0X A; 4F50 A; 3UMB A; 1UA0 A; 4AYB F; 1D9D A; 8ICH A; 3M9M B; 1ZQV A; 1YZ6 A; 1NJW A; 1T3N A; 4PGX A; 2C2R A; 4YP3 A; 4UAW A; 4RQ2 A; 3EW9 A; 4QJF B; 2HHQ A; 5J0W A; 2I6X A; 3SEN A; 2IMW P; 5EE1 A; 4J9M A; 1S9F A; 4I28 A; 5KFI A; 3KFU F; 3OJU A; 4M6W B; 3MGV A; 2C22 A; 2OHF A; 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3RJG A; 2K4H A; 4KLE A; 5HHH A; 2AU0 A; 2AQ0 A; 1BGX T; 3GFK B; 4KLQ A; 1RYU A; 2KJ9 A; 2DBY A; 5IIO A; 2J6T A; 1KEJ A; 4I2C A; 5KFU A; 1TAQ A; 1UT5 A; 3UXN A; 4CF4 A; 1K1Q A; 4O9M A; 2KSO A; 2VIX A; 3ED5 A; 4KLH A; 2HVI A; 4R63 A; 4NLZ A; 8ICK A; 4ICA A; 5ALH A; 4UAV A; 3H7I A; 1DRG A; 1ZET A; 8ICF A; 4PL2 A; 3GV8 B; 4C8M A; 3AU2 A; 3N7S C; 4KX3 A; 3K4G A; 4C4S A; 2ZIW B; 3ZDA A; 3JPN A; 4M9N A; 3FYH A; 2G09 A; 1ZQ1 C; 5F9L A; 3H8S A; 4PZN A; 4LVS A; 1KTQ A; 4NLG A; 2W11 A; 1HUO A; 5KFB A; 2K4E A; 1JRP A; 1JXE A; 5ALS A; 2RDI A; 3RJE A; 2ZJ5 A; 1SIJ A; 3OHA A; 4K4I A; 4UB6 U; 1ZQZ A; 4RQ4 A; 3WK8 A; 3C2M A; 9ICV A; 3KZX A; 4EEN A; 1T3Q A; 4ED3 A; 3PW4 A; 3RJJ A; 5KAI U; 4UAS A; 1DXS A; 2JV3 A; 1ZJN A; 5ALM A; 3OSP A; 2KIV A; 3WK9 A; 4ECX A; 1C20 A; 4BGD A; 4OCZ A; 5AI5 A; 4IRK A; 5J0Q A; 1L8L A; 1KW4 A; 2HHV A; 3TQ1 A; 1U48 A; 2E3T A; 4KTQ A; 2ZG6 A; 1Z3E B; 1V97 A; 2L5Y A; 2WB1 C; 3EWA A; 1PVP A; 5F9N A; 2IOF K; 2ZJA A; 4C4R A; 3BQ7 A; 4QWC A; 1ZQM A; 8ICU A; 2NYV A; 3QEB Z; 4TUS A; 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