The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
118
|
structure length |
118
|
Chain Sequence |
KSVQEKRNNTRAFKTVAKSWFATKTTWSEDYQRSVWTRLETYLFPDIGNKDIAELDTGDLLVPIKKIEKLGYLEIAMRVKQYATAIMRYAVQQKMIRFNPAYDLEGAVQKLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR structure of IntB phage-integrase-like protein fragment 90-199 from Erwinia carotova subsp. atroseptica
rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Pectobacterium atrosepticum
|
| molecule keywords |
Integrase
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| total genus |
35
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| structure length |
118
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| sequence length |
118
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-05-25 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KJ9 A; 1PVQ A; 1PVP A; 2KOB A; 1A0P A; 1F44 A; 2KKP A; 3C28 A; 2OXO A; 3LYS A; 2CRX A; 1KBU A; 1PVR A; 3NRW A; 1Q3U A; 4ACO A; 5CRX A; 2HOF A; 1CRX A; 2KHQ A; 2HOI A; 1P7D A; 4A8E A; 1DRG A; 3C29 A; 3CRX A; 1Z19 A; 1XNS A; 2KIW A; 2KJ8 A; 1Z1B A; 1NZB A; 2KEY A; 3MGV A; 2KD1 A; 1MA7 A; 1XO0 A; 2KJ5 A; 4CRX A; 2KHV A; 1OUQ A; 2A3V A; 2KKV A; 1Q3V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JV0 A; 2BQR A; 3KKA A; 1U47 A; 2F1H A; 4R64 A; 5KFI A; 2MRL A; 1NJZ A; 2WF8 A; 1Z00 A; 1XU4 A; 2HW3 A; 5ALK A; 2W03 A; 2ZIX A; 3ZDC A; 5ALP A; 3D2N A; 3H8W A; 4KLD A; 3NS1 A; 2EAP A; 3FC4 A; 7ICN A; 1KL9 A; 8ICP A; 4JK1 A; 3RJH A; 4RPZ A; 3OHA A; 1OW5 A; 4KMU A; 2K4I A; 4BWM A; 5ALG A; 2K4H A; 1A0P A; 3C28 A; 1NZP A; 2HBK A; 4K4I A; 5TIS U; 5AM0 A; 3IHQ B; 1RZT A; 2CN1 A; 2HHV A; 7ICR A; 4QZF A; 1FO4 A; 1XSN A; 1ZOL A; 3TAN A; 7ICH A; 1ZQP A; 4HYK A; 3G6V A; 5AI9 A; 2KMD A; 4DF4 A; 5AIC A; 4QW8 A; 2E8O A; 4UAZ A; 5DGB A; 8ICH A; 4MEY A; 3NTU A; 4RQ6 A; 2KEY A; 3GV8 B; 2VJ4 A; 3VC8 A; 5T14 A; 1U4B A; 1COO A; 4M04 A; 1UCV A; 4YXJ A; 4FZN A; 1H38 A; 4CCH A; 4DFK A; 2HOQ A; 8ICO A; 1U49 A; 3JPO A; 1ZQS A; 4R8U A; 2FE9 A; 2W55 A; 1S8O A; 4YQW A; 3RFA A; 3T5K A; 1JN3 A; 1ZXI A; 1XWL A; 4YFK A; 2ZIX B; 3PW5 A; 4ED6 A; 2OYY A; 3WKC A; 3AU2 A; 3QE9 Y; 4KLQ A; 1T94 A; 1X2I A; 1OUQ A; 5JU5 A; 1KKX A; 1S76 D; 5KFK A; 3MFI A; 1FEZ A; 2ATL A; 3I76 A; 4C4T A; 2YX8 A; 3NVY A; 5KTQ A; 1PK1 A; 3AEV A; 2I1Q A; 2QB0 A; 4J9S A; 2JXJ A; 3FAH A; 2JGA A; 4DOB A; 2B0C A; 3L3F X; 2DKZ A; 1NJW A; 4JWN A; 2HVI A; 4C80 A; 1DK3 A; 4F71 A; 3T79 A; 1NNL A; 4TUR A; 4YN4 A; 3B9J A; 2YMQ A; 5GTH U; 4UBC A; 2AQ0 A; 3DDH A; 3UMC A; 4YG2 A; 3KZX A; 3M9M B; 4NLZ A; 4DL2 A; 3E0F A; 4DOC A; 3MAB A; 1ARO P; 5EE1 A; 3T5L A; 1C7Y A; 2JHD A; 2F8K A; 1TAM A; 2AHO B; 1N60 A; 1ZQC A; 4UB5 A; 4DFJ A; 1O08 A; 2JEG A; 4ED7 A; 2LHT A; 1N61 A; 4FS2 A; 3KBB A; 4EYH B; 5KG0 A; 4ED8 A; 3IDW A; 4DWI A; 4RQ4 A; 1BGX T; 3KOO A; 4R8U B; 1RG6 A; 1BNO A; 4Q44 A; 2HOF A; 2G06 A; 2KG5 A; 2PMZ C; 3WK8 A; 3ETL A; 7ICO A; 4YMO A; 5J0U A; 2W54 A; 5J2I A; 2F8L A; 4IQT A; 4QIW F; 4DSE A; 2E8M A; 3SAG A; 4Y2J A; 4PGY A; 3OSP A; 3ALR A; 2ZIU A; 4KLI A; 3Q8P B; 1PK1 B; 2F76 X; 2GWS A; 2BCS A; 1U45 A; 1TAQ A; 8ICT A; 2Y9T A; 4E0D A; 4QZD A; 4PHD A; 4F2R A; 1ZQA A; 5AM4 A; 4KLF A; 3CYM A; 3RAX A; 1ECW A; 4UAT A; 4R63 A; 4F5R A; 2MSN A; 1N62 A; 2XGP A; 1NOM A; 3SYZ A; 3ZI4 A; 3H40 A; 1QCK A; 4XQ8 A; 3SZ2 A; 4OJO A; 2DPI A; 1YZ7 A; 5KFN A; 4ECQ A; 2BPC A; 5KT6 A; 5KG7 A; 1SIJ A; 2I9G A; 2XIC A; 3GIL A; 4BDP A; 4I2B A; 4KIT B; 5G5G A; 2J6T A; 5ALQ A; 1ZRN A; 2LYB A; 2BPF A; 4YP3 A; 5JUM A; 2JH1 A; 3GDX A; 2CPR A; 2B6G A; 4USA A; 9ICI A; 4GXI A; 4AYB F; 2IMW P; 5KFJ A; 1RQN A; 2VJ5 A; 4ECV A; 4OJL A; 1D8B A; 3PW7 A; 1D8L A; 1XO0 A; 3MDA A; 4DSF A; 3RH4 A; 2PFP A; 5ALE A; 9ICO A; 4DL4 A; 4ECS A; 2LM1 A; 1PUZ A; 3K75 D; 1B0X A; 2ZIU B; 4KLU A; 3MR3 A; 5EWF A; 4B9L A; 3OHB A; 2XY5 A; 1V97 A; 3LDA A; 4DLE A; 4GXJ A; 3SAH A; 3RRG A; 4QWB A; 4Y2Y A; 1XC9 A; 2NYV A; 3RJG A; 3M6K A; 3I28 A; 2J6U A; 2PI4 A; 4JMU A; 5ALS A; 4DQR A; 1JAL A; 4M0A A; 1CI4 A; 4KLH A; 5KFD A; 8ICJ A; 1DGS A; 3N7P D; 8ICF A; 3SD7 A; 4JB3 A; 2OH2 A; 2W04 A; 3UMG A; 3HJE A; 3QUQ A; 1IV8 A; 4RU9 A; 3F2B A; 3MR5 A; 2W43 A; 3UXP A; 2HBM A; 5FP0 A; 2LKY A; 8ICW A; 2NRT A; 2JRZ A; 2R8I A; 2LI6 A; 3JPT A; 4I2D A; 3RJE A; 1S5L U; 4RUA A; 2KHV A; 4LZG A; 4O0I A; 4EZ6 A; 1BVS A; 5KFT A; 4J9Q A; 2DFL A; 4I2E A; 5ALU A; 1XSP A; 3C2L A; 1RYR A; 4FBU A; 5IIK A; 1B43 A; 1DRG A; 2BDU A; 2RLT A; 3PX4 A; 4DQS A; 2XID A; 5CEH A; 2DKX A; 5BOL A; 4O3Q A; 1L7M A; 4DS4 A; 1X9M A; 3KHR A; 1DOQ A; 4M9N A; 2V4R A; 2PMZ F; 5J2J A; 3M9O B; 1ZQL A; 4QWC A; 2VA3 A; 1ZQZ A; 4Y2R A; 2ZTD A; 1JX4 A; 1ZYQ A; 3QU4 A; 4ECY A; 4R66 A; 5KFM A; 1FIQ A; 1D9F A; 3PST A; 2FLL A; 2EDU A; 4B9V A; 5IIJ A; 5K4L A; 4DL5 A; 1SL1 A; 2R8G A; 2F44 A; 4BX9 C; 2NO5 A; 2YY6 A; 4M6W A; 2IOF A; 5C5J A; 4KLL A; 4QWE A; 5AKY A; 4MFC A; 1K5O A; 4KLG A; 3N7S C; 2F1I A; 4GC6 A; 2OCE A; 2RDI A; 3GIM A; 3OSN A; 1ZQH A; 4Y2Q A; 3RB6 A; 2DQN B; 7ICU A; 4Q8F A; 3OJU A; 4IQW A; 5KT2 A; 4J9R A; 1RXV A; 4Q45 A; 5KT4 A; 2F1J A; 1HUZ A; 1QQ7 A; 1XS9 D; 4I2G A; 2H3Q A; 1T3Q A; 5CWR A; 1QSS A; 2YQE A; 1XO1 A; 2C2D A; 4ECT A; 5HML A; 5DBB A; 1LVH A; 4M2Y A; 4M9G A; 1FFU A; 3CP8 A; 1JRO A; 1J2N A; 5KFH A; 5J0R A; 3HRD D; 2OM6 A; 2WF6 A; 2H3V A; 4EEL A; 2KJ9 A; 4QZC A; 3AN1 A; 4J03 A; 1JI7 A; 4P0Q A; 5BOM A; 4IC9 A; 5ALF A; 4QZH A; 2B21 A; 3V7L A; 4C4R A; 1U48 A; 9ICQ A; 4ACO A; 5KFQ A; 1RQL A; 1UHU A; 5DB7 A; 3QX7 A; 1SZP A; 9ICF A; 2HHS A; 4YD2 A; 2DL0 A; 1DXS A; 4M6W B; 5KG2 A; 2WF9 A; 4YXM A; 1QSY A; 2W9B A; 4O9M A; 3OPX A; 3LK9 A; 2JH7 A; 4F5O A; 3FM9 A; 4P4P A; 1C20 A; 3WK9 A; 5L1L A; 3F5E A; 1ZD2 P; 3H0M B; 2KIW A; 3KZI U; 3EYZ A; 4Z6C A; 2ISP A; 4B9T A; 1J2M A; 5DDY A; 3BS7 A; 3OTQ A; 4F5Q A; 2KVS A; 4F50 A; 5DG7 A; 5ALM A; 2RQ5 A; 1X6I A; 2HBL A; 3V6K A; 4EX7 A; 2RRD A; 1L3U A; 4ECZ A; 8ICU A; 2XVT A; 4F2S A; 1RYS A; 5AK5 A; 2BCQ A; 2W7P A; 3PNC A; 3AUO A; 3WKD A; 5KAF U; 3CRX A; 2NO4 A; 1MA7 A; 1L7N A; 2AJQ A; 1NK8 A; 4LVS A; 4RNN A; 3C2M A; 4QZA A; 4P0Q B; 4QIW C; 4UAS A; 3AQF A; 5DBC A; 4PHA A; 4F72 A; 3C5G A; 5DB9 A; 4TQR A; 1Z4O A; 1KEJ A; 3AU6 A; 1Y88 A; 2BCV A; 1ZQJ A; 1ZQQ A; 3D2S A; 3RB3 A; 5J2D A; 2UVW A; 1QQ5 A; 3G6X A; 4MF2 A; 1F5S A; 1T4G A; 2EAO A; 5HHI A; 2WB1 F; 2W9B B; 5ALZ A; 1S0N A; 3IV6 A; 4RT2 A; 2NRW A; 3Q8S B; 5AKL A; 4O3O A; 3BQ2 A; 1BPX A; 2R18 A; 5A0L A; 4IR1 A; 2P6U A; 3B0Y A; 4F4K A; 4PL1 A; 1S0V A; 5CB1 A; 2G5I B; 5E79 U; 4DF8 A; 1ZQM A; 4RQ8 A; 1LB2 B; 4DQP A; 2H3I A; 1F44 A; 3BZC A; 2ESE A; 1IXR A; 5DGA A; 3LWM A; 5DBA A; 4BJQ A; 2ZIW A; 1MSW D; 3M1Y A; 4GC7 A; 3GII A; 4QJF B; 1ZD4 A; 1PZN A; 5EWG A; 3THV A; 8ICM A; 3H4D A; 2F2A B; 4KLJ A; 2KIV A; 5KT7 A; 4AYB C; 4GFJ A; 2D6F C; 3AQE A; 8ICA A; 2ZJA A; 4CNQ A; 4MFA A; 3OGU A; 5KG1 A; 2J6S A; 3HIL A; 3HPO A; 5AI4 A; 5KFR A; 9ICU A; 3T3F A; 1L3T A; 2KZZ A; 4KLO A; 5KL1 B; 3RH5 A; 3QUT A; 4YMN A; 3MFH A; 3IN5 A; 1X42 A; 4RZR A; 4RQ0 A; 4UB3 A; 9ICH A; 2JV3 A; 4J9K A; 9ICK A; 3D2Q A; 3DEE A; 3T5J A; 4Q43 A; 7ICQ A; 1YT3 A; 1UA1 A; 3QNM A; 2AGO A; 4NLG A; 5ALR A; 5KG3 A; 3GQC A; 3NVV A; 4RT3 A; 5DDM A; 9ICX A; 3KHG A; 4PZO A; 1JIH A; 3N7R C; 7ICP A; 2DBY A; 2KE7 A; 4CGZ A; 3MR2 A; 4ED3 A; 5ALL A; 1ZRM A; 4C8L A; 2XCA A; 4Y2T A; 3F2D A; 2ZIW B; 3A0H U; 2ASJ A; 1N56 A; 2IOH A; 1X6J A; 5ALH A; 1ZJM A; 3GZF A; 3N28 A; 4J9L A; 4WJ3 B; 2W7O A; 3UM9 A; 1SXE A; 4NLN A; 3KHL A; 3RR7 A; 4FBT A; 1BPD A; 3SMV A; 3IP4 B; 1K1S A; 4G9B A; 2ZJ5 A; 4UB8 U; 3ZD8 A; 2OEH A; 2NRV A; 3UPQ A; 1HIW A; 3IG5 A; 2LYA A; 5IIM A; 4XRH A; 3D6J A; 2FMS A; 8ICX A; 4DSL A; 3LVW A; 2UVR A; 1T8E A; 1SV0 A; 4FFD A; 5DLF A; 4ECW A; 1L3S A; 4FZL A; 8ICQ A; 4DLG A; 4JV2 A; 3A0B U; 4KN4 A; 5JRT A; 3RAQ A; 1QTM A; 1N63 A; 5J2B A; 4Q8E A; 2EH9 A; 5J29 A; 5KT5 A; 2O6K A; 1ZQO A; 4QNL A; 7ICG A; 1IG6 A; 4RPX A; 2LPE A; 5EE0 A; 1NK7 A; 5J2K A; 2P6R A; 1O03 A; 3Q8R B; 3Q8M A; 1UPH A; 5KFY A; 5ALI A; 1B4F A; 1S10 A; 1SB3 C; 2VAN A; 4RUC A; 2H3F A; 2KD1 A; 1NKC A; 3PMN A; 4O3R A; 4NL9 C; 1ED1 A; 1WUD A; 2XY6 A; 4U6P A; 3QEA Z; 4Y2X A; 5J0W A; 2D8C A; 4NWI A; 2W8L A; 5D4B A; 3ZDB A; 5GTI U; 3ZD9 A; 1DK2 A; 1AQ6 A; 3VCB A; 1SV4 A; 1Z1B A; 4KX3 A; 4CF5 A; 1L6N A; 5BPC A; 1MQ2 A; 3HX0 A; 3PML A; 4C8O A; 4Z6F A; 4ED2 A; 3MGH A; 5IIN A; 4EBD A; 1EXN A; 2XO7 A; 2HHW A; 8ICG A; 4GLX A; 8ICZ A; 4DCC A; 4KLT A; 3N4M B; 9ICS A; 1ZQW A; 4UAV A; 4XA5 A; 4Y2U A; 3FDS A; 2HHT A; 9ICT A; 4PGX A; 2JMG A; 5AKG A; 3K1Z A; 5EE3 A; 2XGQ A; 4F91 B; 4UB2 A; 4Y2S A; 2K89 A; 1MN8 A; 1NK5 A; 1IIP A; 4J9N A; 5DG8 A; 4I28 A; 9ICE A; 4DSJ A; 5ALD A; 1Z3E B; 1ZQY A; 1L8O A; 1KN5 A; 3BDP A; 3PY8 A; 4YR3 A; 2YB4 A; 4DFD A; 1DGJ A; 4LJX A; 2BKE A; 3NVZ A; 4PGQ A; 4QW9 A; 4I2A A; 3ZDE A; 4BXO A; 4M9H A; 9ICB A; 8ICN A; 3V72 A; 2N1R A; 4ECU A; 4PHP A; 3C1Z A; 2C2E A; 2VKQ A; 7ICT A; 5KFG A; 2E1E A; 2PI5 A; 3RB4 A; 4A8E A; 3SEN A; 2FDR A; 4MHV A; 3KD3 A; 3PX0 A; 5AKK A; 2BZF A; 1QH9 A; 7ICE A; 4B9S A; 3UQ0 A; 5AI0 A; 5AKZ A; 3RBD A; 2OHF A; 2ZIV A; 3TAC B; 1LV5 A; 4KTQ A; 2UVV A; 3EZ5 A; 2HCF A; 4OJ6 A; 2KHQ A; 1D9D A; 5KFZ A; 1T3N A; 1ZD3 A; 2Y0S F; 3L5K A; 4IL6 U; 1XNS A; 2KJ8 A; 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