The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
112
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structure length |
112
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Chain Sequence |
MAHHHHHHMGTLEAQTQGPGSPEGVPPTDRFPLLALLRRTLTEEQVQEVVAKLTDPESSAQIDGVVSKDEIEKFIADVTKDEPTAQDISRVASRLAAGGWPLAGVDSTALNA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Evidence for further structural diversity in the DUF3349 family
rcsb |
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein
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| molecule tags |
Unknown function
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| source organism |
Mycobacterium abscessus
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| total genus |
21
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| structure length |
112
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| sequence length |
112
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2M0N A; 2KVC A; 2LKY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4I27 A; 2R8G A; 4IC9 A; 3THV A; 2ZIW B; 3E0F A; 2PMZ F; 4WJ3 B; 2PFQ A; 3UMG A; 1LV5 A; 2WF7 A; 4RNN A; 2H5X A; 2J6S A; 1KDH A; 1NNL A; 3BZC A; 1X6I A; 2ISO A; 1O03 A; 2BPC A; 3TAD C; 4QZI A; 2KNJ A; 5JRT A; 4ED2 A; 4QZH A; 4DO9 A; 5AKL A; 2KJ5 A; 1S8O A; 3RBE A; 4BXO A; 2FMS A; 2WF5 A; 1UQV A; 2BQ3 A; 1LKY A; 4RZR A; 1N62 A; 4ICA A; 1QLN A; 5CJ7 A; 5J2A A; 2EAP A; 4QJF B; 4YMM A; 4ECQ A; 2HOI A; 1VJ5 A; 2XI9 A; 2W04 A; 5B5E U; 2RDJ A; 3GV5 B; 3SQI A; 1JN3 A; 3H8W A; 4X5V A; 1PVP A; 3H40 A; 4BWM A; 4B9N A; 4I2G A; 2H3F A; 4Z6C A; 1JRP A; 1XSP A; 4KLI A; 5J0W A; 4B9U A; 2XO7 A; 3JPP A; 4F50 A; 4NM2 A; 3V7J A; 3RR8 A; 4UAV A; 4DSJ A; 3WK8 A; 2ESE A; 4FS2 A; 3IM1 A; 3LWL A; 3HIL A; 2LM1 A; 1ZQI A; 1TAQ A; 3M9M B; 5FP0 A; 4YXM A; 2B0C A; 3ETR A; 4C4S A; 4Q44 A; 5KAF U; 4TUQ A; 3GIK A; 1NK7 A; 2RHF A; 2PI5 A; 3SR6 A; 2RRD A; 4FBT A; 1QCK A; 5J29 A; 5JTI A; 1KKX A; 1L8L A; 1ZJM A; 4J9M A; 3RR7 A; 1WWV A; 1X42 A; 5H2F U; 2KFZ A; 5EWF A; 3QUC A; 2G07 A; 4ED1 A; 5D46 A; 1ZQR A; 2AJQ A; 4I2J A; 2LMR A; 5IIN A; 4OD0 A; 3C23 A; 5J0S A; 5DQG A; 5J2D A; 1RQL A; 8ICS A; 3PW5 A; 1LVH A; 1J2M A; 7ICV A; 5G5G A; 5J2F A; 4QWC A; 1V38 A; 5AKJ A; 1TV9 A; 4USA A; 8ICC A; 3RJK A; 3ETL A; 1ZD2 P; 1ZQV A; 5KFZ A; 2JEG A; 2KV2 A; 2AQ4 A; 5AKI A; 1TVA A; 3E2E A; 1XS9 D; 2BCR A; 3OHB A; 3ORY A; 3BQ2 A; 1NZB A; 4F91 B; 3HPO A; 4ECR A; 2OM6 A; 1AQ6 A; 2AGO A; 2Y0S F; 2I6X A; 4F4W A; 2J6U A; 4C0Z A; 4I2B A; 4NL9 A; 3EWA A; 1FO4 A; 4I2E A; 2VA3 A; 1NK8 A; 4KLF A; 4P4O A; 4F93 B; 4AYB F; 2XID A; 5J2G A; 2YY6 A; 2DF4 B; 3WK5 A; 3EYZ A; 4OJ5 A; 1BPY A; 5ALM A; 3M8R A; 3V6K A; 4M0A A; 4ELU A; 5AI6 A; 2HSZ A; 2C2R A; 1ZQZ A; 1KFT A; 2AXT U; 4DCC A; 4ED8 A; 3SYZ A; 5ALO A; 5HP4 A; 2PMZ C; 2H3V A; 3T5K A; 5J0T A; 1KL9 A; 2ZJ5 A; 4CE6 A; 1TK0 A; 7ICE A; 4PL2 A; 3KKA A; 2GOL A; 1RZT A; 2ZUC A; 1ZQA A; 4Z6F A; 1L3S A; 2NO4 A; 5ALP A; 4NXZ A; 2KVC A; 1ZQN A; 2W9B A; 4LZD A; 4P0Q B; 4MEX A; 4P2H A; 9ICN A; 3EPI A; 4UAW A; 3NUQ A; 4MFF A; 3F5A A; 3BJY A; 3IDW A; 1XC9 A; 1JXE A; 2G0A A; 2ZXH A; 4DOA A; 8ICW A; 4EBE A; 3SEN A; 5AIB A; 1SL0 A; 2Y9U A; 4QNL A; 5DGB A; 4GC7 A; 4KLD A; 3RAX A; 1RXV A; 2JGA A; 5AKK A; 2BPG A; 3EUB 2; 3WKE A; 1COO A; 2KE7 A; 1T94 A; 1KLN A; 2W9C A; 1JMS A; 4I2I A; 3ZDE A; 4KMU A; 5DDM A; 2G08 A; 7ICP A; 1SZP A; 7ICQ A; 5ALV A; 4PH5 A; 3V6J A; 1HJP A; 2AGQ A; 5CA7 A; 8ICL A; 4F5R A; 2PKE A; 4J9N A; 3AQE A; 1FFU A; 5KFH A; 3RB0 A; 4YQW A; 2FPL A; 4O3M A; 1JX4 A; 4EYI B; 5L9X A; 4US8 A; 4I2F A; 5AKX A; 1SV0 A; 1ZQX A; 1BVS A; 4CF4 A; 2F44 A; 5KFQ A; 4JMU A; 3GFK B; 3D2Q A; 2C2D A; 4RQ1 A; 1ZD5 A; 4LZG A; 5KAI U; 4Q8E A; 5AKH A; 2DUY A; 5J0P A; 4KX5 A; 2FLL A; 4ECY A; 2OWO A; 3SAH A; 3SAG A; 2OEH A; 4MF8 A; 4NJ8 A; 1S5L U; 1N48 A; 3D6J A; 8ICA A; 1N2X A; 2K89 A; 3QXG A; 2UVV A; 5KFU A; 1A6S A; 2JZB A; 1A76 A; 4YG2 A; 4AYB C; 2IBK A; 7ICS A; 3AM9 A; 2OCE A; 2W9M A; 1T4G A; 1L8O A; 4O3O A; 2Y1J A; 1UT5 A; 3NVV A; 1BNP A; 3H0L B; 4R8U B; 5L1L A; 3BQ0 A; 3WK9 A; 2R18 A; 4DFJ A; 3QU2 A; 3B9J A; 4UB5 A; 4Z6E A; 3ZD8 A; 1Q3V A; 1ZQQ A; 3V72 A; 4NLZ A; 4OJL A; 5KT2 A; 4ECW A; 1L3T A; 2R8K A; 1L7M A; 1N56 A; 3JPR A; 4FE3 A; 1ZRM A; 4PGQ A; 4TQS A; 1WWU A; 4NL9 C; 2ZIX B; 2P6R A; 1HUO A; 1BPD A; 1BPX A; 3MDA A; 5J2H A; 3SEI A; 3WKA A; 1TAM A; 2ZG6 A; 5AK6 A; 3C1Y A; 3RB4 A; 5ALH A; 3T5L A; 1P7D A; 3FM9 A; 3PZP A; 4BJQ A; 1WCN A; 3N7R C; 5AM4 A; 2XGP A; 3UXP A; 1XO1 A; 1ZQT A; 5B66 U; 1L7N A; 4AP9 A; 9ICM A; 2CPR A; 5ALX A; 1U9L A; 3PSF A; 4UB4 A; 1ZQB A; 4R66 A; 4K4I A; 1BPZ A; 4DL7 A; 2JH7 A; 4F5P A; 2N1R A; 4DSE A; 4NM1 A; 3G6X A; 3TAQ A; 2ZUD A; 2XIC A; 2FLP A; 4J9S A; 2BQU A; 4RNO A; 2V9W A; 2D6F C; 4GXK A; 4PL1 A; 4DL3 A; 9ICF A; 3PO5 A; 4QW9 A; 3PW4 A; 3Q8L A; 3NTU A; 4GFJ A; 2JMG A; 7ICF A; 9ICU A; 4C8N A; 2HBK A; 1ZQP A; 5A0L A; 5KG0 A; 8ICT A; 1NJY A; 3RRH A; 2FLN A; 4C8M A; 1SKR A; 2NRV A; 1LB2 B; 1PK1 B; 4IS7 A; 3QEA Z; 2KIV A; 4BDP A; 4NLB A; 9ICL A; 1K5O A; 3O0F A; 3HW8 A; 2KTQ A; 1CUK A; 4O3R A; 4O5C A; 3H7I A; 3F2B A; 7ICU A; 3LK9 A; 3KBB A; 2XCP A; 2XGQ A; 3VC8 A; 4DOB A; 3G6Y A; 2VA2 A; 3K1R B; 1F0M A; 4RQ6 A; 3T79 A; 3CNH A; 5ALG A; 5CB1 A; 1V85 A; 4KIT B; 4C8K A; 9ICJ A; 4ACO A; 3M6Z A; 3GQC A; 1T7P A; 4YCX A; 3HJE A; 3OSP A; 4MFC A; 4M2Y A; 2L5Y A; 1BPB A; 4UAT A; 2K4H A; 3KZI U; 2VKQ A; 2FPK A; 5ALQ A; 1CI4 A; 2AGP A; 2NV3 A; 1A77 A; 5CWR A; 4ECU A; 2Q4T A; 4J9R A; 1X66 A; 2C22 A; 3J81 j; 1T8E A; 5DG9 A; 5EE1 A; 5HR7 A; 3C29 A; 3QUB A; 2E1F A; 3C28 A; 2VJ4 A; 3ZDB A; 2Z7J A; 1ZQK A; 4B9T A; 1N5W A; 1SL1 A; 2EAO A; 5CEH A; 5F3X B; 3AQF A; 5DG7 A; 4RUA A; 5BOL A; 4BUG A; 1PVR A; 2QAR B; 2Y9T A; 2ZXI A; 4F8R A; 1DRG A; 2K8B B; 1MN8 A; 4UAR A; 2GLE A; 3NVW A; 3D2S A; 2V4R A; 1DOQ A; 1ZQJ A; 2C28 A; 2JRZ A; 1GO3 F; 4J9O A; 1XSL A; 3MR6 A; 2HVI A; 2F2A B; 2BQR A; 1L3U A; 2HOQ A; 5KG4 A; 1FIQ A; 3PR5 B; 1X2I A; 4KLQ A; 2YMP A; 3I1Y A; 4KLM A; 3SV4 A; 1F5S A; 3BZK A; 2KIW A; 4PJ0 U; 2CN1 A; 5K4L A; 4CRX A; 1ECW A; 1KFD A; 3ALR A; 4UBC A; 2HHT A; 1JXL A; 4B9V A; 1VLB A; 3ED5 A; 5KFX A; 5KT5 A; 3IRU A; 5KFA A; 1H38 A; 7ICK A; 1L7O A; 2AH5 A; 1DK3 A; 4QZ8 A; 2E8M A; 4RT3 A; 4CNQ A; 5DG8 A; 2DPJ A; 4QZD A; 2KFN A; 1TE2 A; 2BGW A; 1ZYQ A; 1KTQ A; 7ICM A; 5DQI A; 9ICQ A; 1ZQU A; 3MBY A; 2F1H A; 8ICU A; 1X9W A; 5AK3 A; 2F3N A; 3C5G A; 1SXD A; 3AEV A; 3AL0 B; 1SV4 A; 8ICP A; 2YN4 A; 1QQ6 A; 5AM2 A; 5KFF A; 2FMP A; 2HHU A; 3KFU F; 5EOZ A; 5J2I A; 4JUZ A; 8ICB A; 2EZY A; 1TFR A; 5J2E A; 1X9X A; 4IRD A; 2B21 A; 1S9F A; 3WKB A; 1NJW A; 4DSK A; 1V97 A; 1OUQ A; 1PUZ A; 4PGX A; 2JEJ A; 1BGX T; 2LI6 A; 3BQ7 A; 1ZQG A; 1RXW A; 5KFN A; 4E0D A; 3MAB A; 2IOH A; 3H8S A; 4UB6 U; 3K1Z A; 5L1M A; 2ATL A; 9ICX A; 2FE9 A; 1SKW A; 2BCU A; 4KTQ A; 2DKX A; 3RH6 A; 1KN5 A; 5J8Y A; 4R65 A; 2LHT A; 4J9P A; 3KTQ A; 1Z1B A; 4HAI A; 4NLG A; 2BR0 A; 3FDS A; 3DEE A; 4MFA A; 2W3R A; 2DKZ A; 4MF2 A; 1B22 A; 5JUM A; 3T5H A; 2QB0 B; 4OO1 J; 2F8K A; 5AI9 A; 2RDI A; 4Y2J A; 4F4Y A; 3ZI4 A; 3A0B U; 5IIL A; 2I9G A; 4KLH A; 1N61 A; 1NOM A; 2HHS A; 4RQ7 A; 5ALW A; 3F53 A; 3RH4 A; 2PFO A; 1ZJN A; 1T3N A; 3BS7 A; 5J2B A; 3U26 A; 5KFD A; 4P0P A; 1UA0 A; 2KJ8 A; 1C20 A; 5ALE A; 2MRL A; 1TK8 A; 3VCB A; 3C2M A; 1KW4 A; 3KOO A; 4DEZ A; 1T3Q A; 3C1Z A; 2ZIU A; 2HHQ A; 3KHL A; 3WK6 A; 3H4B A; 3MR2 A; 1YZ6 A; 2QB1 A; 4EBD A; 4O5K A; 1Z4N A; 2A3V A; 1XSN A; 1L5U A; 2UVR A; 4CF5 A; 5J2C A; 2OYY A; 3TAN A; 4DLE A; 2ZIX A; 4IR9 A; 5KFO A; 4XUS A; 5KFS A; 2MAX A; 2GWS A; 2DWQ A; 1ZQD A; 2DPI A; 2XY6 A; 1QTM A; 1O08 A; 1SKS A; 4ECS A; 2ZUB A; 4YR0 A; 2PXI A; 3TFR A; 5JU5 A; 5J0R A; 4YR2 A; 4GC6 A; 5EWG A; 5AIC A; 4F4Z A; 4NWI A; 2BKE A; 1DGS A; 5KG1 A; 1IXR A; 3SD7 A; 3IV6 A; 5ALL A; 5EE3 A; 5HNK A; 3PSP A; 2XY7 A; 1NZP A; 1D9F A; 4F2R A; 3PW7 A; 3F2C A; 9ICP A; 1S76 D; 1NKC A; 2KHQ A; 3JPO A; 4DSI A; 3IG8 A; 4PHD A; 4M9L A; 3WK7 A; 2FDR A; 3WK4 A; 3TAP A; 2EAN A; 2K4P A; 2KK0 A; 4DFM A; 1JUD A; 5KFP A; 3QE9 Y; 4IRC A; 2UVU A; 3T5J A; 4M9H A; 4QWD A; 2RQ5 A; 1CRX A; 2WAQ F; 4QZ9 A; 3H0R B; 4DFD A; 2F77 X; 5KNI A; 4DQQ A; 4PHP A; 3TKA A; 3V6H A; 3RJG A; 2MUT B; 2OHF A; 5ALZ A; 1MQ3 A; 1VDV A; 1X40 A; 3ZDD A; 3FAH A; 1ZRN A; 5KG7 A; 4F2S A; 4G9B A; 2EAM A; 4Y2V A; 2JHD A; 1Q3U A; 2UVW A; 1NK6 A; 1SWW A; 5DB6 A; 4F4K A; 4YD2 A; 2LKY A; 4TUP A; 2LYB A; 1KFS A; 2K8C B; 2F76 X; 4RPZ A; 2WHE A; 5ALF A; 4R64 A; 1S0O A; 4QZA A; 2E1E A; 8ICO A; 2A1J B; 1U47 A; 5AKY A; 4UAY A; 2P66 A; 3LYS A; 5TZV A; 4CDG A; 2H3Q A; 3DV9 A; 2DBY A; 4BGD A; 2PI4 A; 2LBO A; 3L5K A; 4Y2U A; 3IG5 A; 3BQ1 A; 2D8C A; 7ICI A; 2VAN A; 2XY5 A; 2KD1 A; 4EEN A; 3Q8S B; 2XC9 A; 1UA1 A; 4FS1 A; 5J8Y C; 4RUC A; 1ARO P; 4OJO A; 3UQ2 A; 1N63 A; 1K1S A; 2JEF A; 3V7K A; 3ZD9 A; 3HKZ F; 3ZDA A; 9ICA A; 4UAZ A; 3UPQ A; 3MFH A; 3QNM A; 4RQ2 A; 2ASD A; 2IHM A; 4Q8F A; 3RJI A; 1MA7 A; 5KT7 A; 2W7P A; 2KSO B; 4Z6D A; 3RF9 A; 1L6N A; 4FZN A; 1S97 A; 2RLT A; 4K4G A; 4UAS A; 4F4X A; 3ONN A; 4YXJ A; 5DQH A; 3BS5 B; 2W8L A; 5HMM A; 2AU0 A; 4UB2 A; 1IV8 A; 2YML A; 5F9L A; 3PR4 A; 4DF8 A; 3LVV A; 3V7L A; 1L7P A; 3N28 A; 1ZD3 A; 1SGG A; 4RQ0 A; 1YZ7 A; 3TAR A; 3HRD D; 1Z3E B; 2NRX A; 9ICK A; 2EZZ A; 3L4P A; 4US9 A; 3A0H U; 2LYH A; 2BCQ A; 3QU4 A; 3QU7 A; 5DKW A; 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1U45 A; 1D8Y A; 3AU6 A; 1F44 A; 3PML A; 2OH2 A; 3M9O B; 3PW2 A; 2KG5 A; 4JK1 A; 2H3I A; 2R8H A; 3PNC A; 4ECX A; 3Q8K A; 2K60 A; 3QUT A; 4F5N A; 3QUQ A; 3PVX A; 1OW5 A; 2KHV A; 3UXN A; 4PHE A; 2KP7 A; 5ALU A; 4QWE A; 4RU9 A; 4NLC A; 1KRP A; 4FO6 A; 4RQ5 A; 2HBL A; 3M6K A; 5L1I A; 3EPG A; 5ALK A; 5KFG A; 4DWI A; 2QB0 A; 2KOB A; 2KZZ A; 4O3P A; 4JV2 A; 4DFK A; 1NK9 A; 5HHI A; 3GIJ A; 3AUO A; 9ICG A; 1PZN A; 8ICZ A; 9ICV A; 2EDU A; 3KD3 A; 5KFV A; 3KZX A; 4KLL A; 5ALD A; 9ICB A; 5AK5 A; 1NJZ A; 4F71 A; 3NAS A; 2ZTE A; 3B0Y A; 7ICJ A; 3EW9 A; 3OGU A; 3Q8Q B; 1ZQC A; 9ICR A; 1ZQM A; 3IP4 B; 4O9M A; 1HIW A; 1DK2 A; 4QZB A; 4QZF A; 4I2A A; 5KFB A; 2G09 A; 4FZL A; 3IN5 A; 4TUS A; 4YMO A; 1SZH A; 2JEI A; 3KHR A; 1UCV A; 1S0N A; 4QW8 A; 4QIW F; 4ECT A; 3OPX A; 5KFL A; 4P0Q A; 1ZET A; 3OSN A; 1QQ7 A; 5KFJ A; 1B0X A; 5CP2 A; 3NS1 A; 4XQ8 A; 2HMX A; 5AI8 A; 2ZIV B; 4EZ6 A; 2W3S A; 4DL4 A; 9ICW A; 1EXN A; 4Y2T A; 2DQN B; 4RPY A; 5KG5 A; 3ISD A; 4CCH A; 1RM6 C; 2FJ6 A; 4F5O A; 4KLG A; 2W55 A; 5DB8 A; 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