The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
112
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structure length |
112
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Chain Sequence |
MAHHHHHHMGTLEAQTQGPGSPEGVPPTDRFPLLALLRRTLTEEQVQEVVAKLTDPESSAQIDGVVSKDEIEKFIADVTKDEPTAQDISRVASRLAAGGWPLAGVDSTALNA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Evidence for further structural diversity in the DUF3349 family
rcsb |
| molecule tags |
Unknown function
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| source organism |
Mycobacterium abscessus
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| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein
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| total genus |
21
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| structure length |
112
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| sequence length |
112
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2M0N A; 2KVC A; 2LKY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MFC A; 1COK A; 2Y1J A; 2F8K A; 1S97 A; 1ZQC A; 1ZQU A; 2KMD A; 3EPI A; 2AXT U; 3F2C A; 3D6J A; 4QZF A; 2MUT A; 2KEY A; 2EAM A; 4EX7 A; 1YZ6 A; 4FZM A; 3S6J A; 4B9S A; 4J9M A; 4C8M A; 1S77 D; 1RG6 A; 3TAP A; 3Q8R B; 1MC8 A; 3T5K A; 4IRD A; 5AM1 A; 4DFP A; 4RPX A; 2ZIW A; 3MFI A; 5IIM A; 3CP8 A; 5DBC A; 4US9 A; 1X9M A; 2YML A; 7ICE A; 1SXD A; 2G09 A; 5CRX A; 3DV9 A; 2K4I A; 3KKA C; 5ALS A; 1XU4 A; 1ZOL A; 9ICV A; 4QWE A; 4FO6 A; 4BJQ A; 5ALO A; 4CGZ A; 5IIJ A; 4KLL A; 2JEJ A; 8ICE A; 2F1J A; 1BPZ A; 4NWI A; 2FLL A; 3PSP A; 2PMZ C; 2GO7 A; 1JXE A; 2ZIU A; 1X9S A; 3HRD D; 2AQ4 A; 4I2H A; 3I1Y A; 3OTQ A; 5KL8 B; 4PHE A; 2FMP A; 5J2G A; 2UVW A; 8ICH A; 5AIB A; 4ECS A; 2BZF A; 2AGP A; 4YFK A; 3MC1 A; 4RNN A; 2HHW A; 1J2M A; 1H38 A; 2KVC A; 4Y2Q A; 2RLT A; 4FE3 A; 2ZIX A; 3RB6 A; 4DQR A; 2IMW P; 4RNM A; 1Z1B A; 2W7P A; 1JAL A; 8ICN A; 3V7K A; 4BWM A; 2E8P A; 4EBD A; 3SAH A; 1U49 A; 4RU9 A; 1ZQG A; 4C4R A; 2F8L A; 4NM2 A; 4KLS A; 1X6J A; 2OWO A; 1ZD5 A; 4JUZ A; 4YXM A; 4C8L A; 4O9M A; 1Z1V A; 2A1A A; 2PFO A; 1GO3 F; 4UAV A; 2ASD A; 4X5V A; 3QNM A; 5AKI A; 3ZD8 A; 4KLE A; 2MA1 A; 5ALL A; 2KOB A; 3MR5 A; 3RRG A; 2AHO B; 5D46 A; 2FMQ A; 1JRP A; 5GTH U; 4JB3 A; 4MFA A; 2AJQ A; 3AM9 A; 1ZJN A; 2YTU A; 4I28 A; 1X2I A; 1ZQV A; 3F53 A; 5JUM A; 3Q8S B; 3B0X A; 4C4S A; 2NRX A; 1IM4 A; 4P4P A; 1XO1 A; 2YX8 A; 1DGS A; 4J9Q A; 5J0W A; 5J2A A; 4YP3 A; 4C8K A; 4FBT A; 1SV4 A; 3TAR A; 5F9L A; 4QZH A; 2LM4 A; 4R65 A; 3M9N B; 3NRZ A; 2VIX A; 4FFD A; 4I2E A; 7ICO A; 3C1Y A; 2ISP A; 2JEF A; 3MGH A; 4RQ1 A; 3C2K A; 4JK1 A; 4RQ6 A; 1NZB A; 1N2X A; 3H8W A; 7ICS A; 5K4L A; 3UXN A; 5EE3 A; 3GIL A; 5KFT A; 1Q3V A; 5G5H A; 9ICB A; 4RQ3 A; 2IOF K; 2DKZ A; 1TK8 A; 5H2F U; 2EZX A; 2KIV A; 3KZX A; 2K8B B; 4TUP A; 4AP9 A; 3KTQ A; 4UAZ A; 2YB1 A; 1J2N A; 3RBD A; 2D6F C; 4HAI A; 1N48 A; 2F76 X; 2KNJ A; 2ZUC A; 4J9K A; 3SV3 A; 2JEI A; 5KG7 A; 5HML A; 2WTF A; 4DSJ A; 2XID A; 3EYZ A; 3PX0 A; 1QSL A; 3F2B A; 3PVX A; 4DQQ A; 3M8R A; 1URJ A; 2HBJ A; 2J6U A; 7ICH A; 5AK5 A; 4YXJ A; 1ZQF A; 1VJ5 A; 2EH9 A; 4M9N A; 2G07 A; 2DF4 B; 1N63 A; 1SV0 C; 5J0Y A; 4M9J A; 3KHG A; 2F44 A; 2N1R A; 3LVV A; 8ICY A; 5AKL A; 2I6X A; 4ED8 A; 4RQ8 A; 1JRO A; 1SZP A; 5KT7 A; 3RRH A; 1ZQJ A; 3ZDA A; 3MFH A; 8ICW A; 2E1F A; 5IIO A; 4O3Q A; 3TQ1 A; 3OHB A; 5G5G A; 2OXO A; 3NVV A; 2WF6 A; 3LVW A; 4JV1 A; 3T79 A; 2IA6 A; 5KFJ A; 2K4E A; 4F4Z A; 1N61 A; 5HMM A; 3BQ2 A; 3SR6 A; 4OD0 A; 1YZ7 A; 2EAO A; 3K4G A; 5AKJ A; 3CW2 C; 1MSW D; 2HHV A; 3H0M B; 2G0A A; 2NO4 A; 1ZQQ A; 5J8Y A; 2WB1 F; 2A1J A; 4Z6E A; 3NUQ A; 1A77 A; 2WF9 A; 3BQ7 A; 4QWA A; 2ES6 A; 3V7J A; 4NL9 A; 1N62 A; 4R8U A; 3DDH A; 5ALZ A; 5CA7 A; 3UXP A; 4PZN A; 3RJE A; 4J9L A; 4KLI A; 4ICA A; 1TVA A; 3WKE A; 7ICT A; 2KJ5 A; 3KHL A; 1S9F A; 5JRT A; 3JPP A; 3FM9 A; 4MEX A; 4KLD A; 2K4P A; 2KFZ A; 3N28 A; 1K1S A; 3TAC B; 2BKE A; 2PI4 A; 1RYU A; 3NS1 A; 9ICO A; 2BQU A; 1IXR A; 2P35 A; 5KG0 A; 1ZJM A; 2WFA A; 5L9X A; 1TK0 A; 3ZDD A; 2MUT B; 5J2F A; 4UW9 A; 3QE9 Y; 5KFS A; 4P0P A; 1SIJ A; 2H3I A; 3L3F X; 3LWL A; 5CHG A; 1S5L U; 2QKQ A; 5KFZ A; 4F4Y A; 2F1H A; 2LYH A; 1L7N A; 1B0X A; 1ZQN A; 4YN4 A; 2W9C A; 2J6S A; 2YMM A; 2JZB A; 2ZIW B; 3MBY A; 3KFU F; 1L3V A; 2ZUD A; 1IV8 A; 5DB6 A; 5J0X A; 2DFL A; 1ZRN A; 2OYY A; 4M6W A; 8ICU A; 2JGA A; 1L3T A; 2HBM A; 2KP7 A; 2AGO A; 2W3R A; 3FYH A; 4EEN A; 2H5X A; 4PHP A; 4OJL A; 1PZN A; 5AM0 A; 4RNO A; 1L6N A; 2CXY A; 4TQS A; 7ICG A; 3NGD A; 2DL0 A; 5ALG A; 4QZ9 A; 3V6H A; 3M6Z A; 4Q8F A; 5L1J A; 9ICQ A; 1BPE A; 5AKZ A; 4KLQ A; 2ZIU B; 1U47 A; 3RFA A; 5GTI U; 1ZQR A; 3H40 A; 5JTI A; 3OHA A; 1NKC A; 1COO A; 1SB3 C; 3MGI A; 1BPX A; 5L1K A; 2KFN A; 4Z6F A; 3H0R B; 1B43 A; 3JPO A; 4KIT B; 3T3F A; 5KFI A; 2QLT A; 2FI1 A; 5AKG A; 1ZQP A; 2KIW A; 2ZIX B; 4B9M A; 3E2E A; 9ICA A; 4R66 A; 1LKY A; 3JPR A; 4Q45 A; 2C2D A; 2WAQ F; 3IV6 A; 1TK5 A; 3EWA A; 3C28 A; 4UAU A; 3HKZ C; 3SAF A; 3FDS A; 5KFU A; 2JH7 A; 5KTQ A; 5EE9 A; 3QU7 A; 4FZL A; 1ZQT A; 4PHD A; 1KLN A; 5KFL A; 4QZC A; 5EWF A; 1B4F A; 4DSK A; 2FLP A; 4QZI A; 3TAN A; 4QJF B; 2EAN A; 1Q3U A; 4O0I A; 2FDR A; 2RP5 A; 4YD1 A; 5KL1 B; 2VAN A; 4BXO A; 5DG8 A; 2RHF A; 1C7Y A; 7ICK A; 3MR3 A; 1IIP A; 1JX4 A; 1T94 A; 3PW7 A; 3ONN A; 4KN7 A; 1HUO A; 4WJ3 B; 1WWV A; 1A76 A; 5KAF U; 3NTU A; 4CCH A; 1NI3 A; 1ZQM A; 2AQ0 A; 3JPN A; 4G9B A; 2ZJ8 A; 1WG8 A; 2GOL A; 4C0Z A; 2VJ4 A; 3O0F A; 3QUT A; 1UHU A; 4LVS A; 3PW5 A; 1L3U A; 3C23 A; 2E8M A; 5IIL A; 3TAD A; 4DOA A; 1LVH A; 4FS2 A; 3L4P A; 2G08 A; 1RZT A; 8ICS A; 4YR0 A; 4DWI A; 2KKP A; 1XWL A; 4JMU A; 4PJ0 U; 5HHI A; 2KVS A; 5J0U A; 2BCR A; 2KZ3 A; 2OM6 A; 2G5I B; 4LZG A; 3AU6 A; 3HX0 A; 2KKV A; 2KTQ A; 5KFN A; 4YCX A; 1DOQ A; 2F1I A; 2XY6 A; 2W55 A; 2J6T A; 4K4I A; 4DF8 A; 2JRZ A; 1TV9 A; 2RDI A; 3C29 A; 2Y1I A; 5ALF A; 3I28 A; 5HP4 A; 4Y2U A; 2HSZ A; 4IQV A; 2FLN A; 4KLH A; 1K5O A; 5KFD A; 2IHN A; 3BS7 A; 4RQ0 A; 1SL2 A; 4ELV A; 3LK9 A; 2LHT A; 2W9B A; 4TUS A; 5FP0 A; 2FMS A; 2FPM A; 3LYS A; 3NVY A; 2R8H A; 3B0Y A; 2PXI A; 4EBE A; 1ZQA A; 2LI6 A; 3NAS A; 4I2F A; 2XGP A; 4OJ5 A; 1A0P A; 5EOZ A; 3QEA Z; 5EWE A; 1QSS A; 3TKA A; 4YMO A; 2WHE A; 1T4G A; 3SEN A; 4QIW F; 3T5L A; 1RXV A; 2LBO A; 5HR6 A; 4OJ6 A; 2B21 A; 1RQN A; 1SV0 A; 3WU2 U; 3Q8M A; 1KW4 A; 1TFR A; 1TAQ A; 1J97 A; 5J2I A; 2LMR A; 3IG5 A; 3RTV A; 2BGW A; 4MFF A; 5C0Y A; 2KK0 A; 3HWT A; 4ED6 A; 4KLU A; 3BS5 A; 2YB4 A; 5E79 U; 2DQN B; 2Q0Z X; 4GXI A; 5DDY A; 3LWM A; 4F93 B; 1NJZ A; 2ZJA A; 4F4K A; 1OUQ A; 2HOQ A; 2RQ5 A; 1HIW A; 3SYZ A; 2A1J B; 3PR5 B; 4O3N A; 2XCP A; 3QU5 A; 2F77 X; 2KSO A; 9ICF A; 4IR9 A; 5AKX A; 1N60 A; 4R8U B; 3QEB Z; 5B5E U; 3PO4 A; 1X9X A; 1ZQ1 C; 1S10 A; 3F5A A; 4O5C A; 4NLB A; 5L1M A; 1ZXI A; 3V7L A; 4J03 A; 4ECU A; 4J9R A; 4KLM A; 1QQ5 A; 2FPK A; 1NJY A; 1ZQH A; 2BPG A; 2MAX A; 1NK6 A; 2HHU A; 3PZP A; 2XVT A; 1HUZ A; 3BJY A; 5KG2 A; 1ZQS A; 4P0P B; 3Q8L A; 2JV3 A; 8ICO A; 3Q8Q B; 5J0R A; 3QUC A; 3WK6 A; 4DSL A; 4DSF A; 1KTQ A; 5DG7 A; 2ESE A; 4DS4 A; 2W9C B; 1MQ3 A; 2VKQ A; 3AQE A; 2JZB B; 4YG2 A; 8ICV A; 3WKB A; 3GII A; 4RPZ A; 3WK4 A; 3PW4 A; 3GFK B; 8ICB A; 4C8O A; 1PK1 A; 4M6W B; 4QW9 A; 1ZQX A; 4UB8 U; 3QYP A; 4E0D A; 2NO5 A; 4ECX A; 2EAP A; 4PL1 A; 3PX4 A; 5KFW A; 2BCV A; 9ICM A; 3BQ1 A; 7ICF A; 4QZB A; 1ZQZ A; 1U48 A; 4QZA A; 3RAQ A; 4PL2 A; 3KZI U; 1ZD4 A; 5ALT A; 5D49 A; 2ZIV A; 3KD3 A; 1SXE A; 4QWD A; 2JXJ A; 5ALH A; 2XC9 A; 1LB2 B; 4FZN A; 1K1Q A; 1QCK A; 1X40 A; 4KX5 A; 5ALW A; 3H8M A; 4KLG A; 4Y2P A; 2GLE A; 4DSI A; 3OSN A; 4OJP A; 2CRX A; 3OPX A; 1M6Y A; 2KE7 A; 4PZO A; 5KFR A; 3MDA A; 4QNL A; 4OJO A; 3AN1 A; 1X42 A; 4IRC A; 3NVW A; 1LKY B; 5J2H A; 4JV0 A; 5AKY A; 4PGY A; 4ED7 A; 2G5H B; 4YQW A; 4UAR A; 7ICN A; 1NK7 A; 5KFE A; 3IM1 A; 1SKS A; 4R64 A; 4KMU A; 1YT3 A; 1L8L A; 1RYR A; 1MA7 A; 2W54 A; 1PVQ A; 3UMG A; 4P4M A; 4ED1 A; 5ALM A; 3GV8 B; 7ICP A; 4JWN A; 2DKX A; 1JMS A; 5IIN A; 4BXO B; 2W9A A; 2KIC A; 3RF9 A; 1T8E A; 4GIB A; 3H7I A; 1L7O A; 4Q8E A; 1KFT A; 4BWJ A; 2KD1 A; 5AI5 A; 5DB8 A; 4DOB A; 5KFB A; 1O08 A; 4M9G A; 1KDH A; 3AEV A; 3PML A; 9ICP A; 3RR7 A; 5KFX A; 4DL6 A; 3RJJ A; 2W3S A; 1WCN A; 4I2I A; 4USA A; 5J0O A; 2NRT A; 3C5F A; 4CNQ A; 2WB1 C; 1FFU A; 3QU4 A; 1X6I A; 3R9K A; 1DRG A; 2VA8 A; 4C80 A; 2HHQ A; 4GXK A; 3OJS A; 5KFM A; 3TFS A; 4QZ8 A; 3WK5 A; 1XS9 D; 5KFK A; 2GH1 A; 1C20 A; 2ZUB A; 8ICC A; 9ICI A; 4Y2X A; 5DGA A; 5CP2 A; 4J9O A; 3HJE A; 4NXZ A; 1ZD2 P; 2CPR A; 1L7M A; 4P4O A; 2JHD A; 3FAH A; 4BUG A; 4HYK A; 4QW8 A; 3PST A; 5CR0 A; 5ALY A; 3WK8 A; 2PFQ A; 1A6S A; 4DFM A; 1QH9 A; 1ZQY A; 2BCU A; 7ICM A; 4RQ2 A; 5KAI U; 3Q8K A; 3SEI A; 1ZQL A; 2BQ3 A; 1KQQ A; 1NNL A; 5DB9 A; 4CRX A; 2H3F A; 3JPQ A; 5KG1 A; 3PW2 A; 4KTQ A; 3C21 A; 1B22 A; 3V6K A; 2P6U A; 4I2J A; 5CWR A; 4CF3 A; 2W9B B; 7ICL A; 1N56 A; 4F2R A; 3GIM A; 4RQ5 A; 4M9H A; 2YQE A; 5KFV A; 5J2J A; 4UB1 A; 1AQ6 A; 5DQH A; 4FS1 A; 4F5N A; 4NLZ A; 2HW3 A; 3BZC A; 5KG6 A; 4RT2 A; 4CE6 A; 1WYG A; 5KFP A; 5J0Q A; 4Y2T A; 1ZD3 A; 1BPD A; 1KSP A; 5KFF A; 1VDV A; 4F5Q A; 2F2A B; 3H8S A; 5KFC A; 4Z6C A; 2M0N A; 4DL2 A; 3K1R B; 3ISC A; 1NKE A; 2IBK A; 4F92 B; 5ALP A; 4JV2 A; 5AIA A; 3KBB A; 3K75 D; 4OCZ A; 5CB1 A; 3AU2 A; 2OCE A; 4UQG A; 2K8C B; 2W8L A; 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4IQT A; 4I29 A; 1JXL A; 1DK2 A; 1L5U A; 1MQ2 A; 8ICJ A; 3FC4 A; 7ICJ A; 2ZIV B; 4UBB A; 4UB5 A; 5AI0 A; 2DPJ A; 1UA1 A; 5AHX A; 5J0T A; 4F72 A; 4IQW A; 1S0O A; 3SD7 A; 2LM1 A; 3N7R C; 4I2A A; 4NLK A; 5HNK A; 1ZQW A; 2H3V A; 4NJ8 A; 2R8I A; 2K60 A; 1NJW A; 2E5S A; 1UT5 A; 5III A; 2BQR A; 4KN4 A; 3J81 j; 4QWB A; 4QIW C; 2KHV A; 2VJ5 A; 4EZ9 A; 3RB4 A; 2E1E A; 5D4B A; 2L5Y A; 2VA2 A; 4F2S A; 1KN5 A; 4ECR A; 2Y0S F; 2ZXH A; 1OXJ A; 4PGQ A; 4RQN A; 3SMV A; 4RUC A; 5KFA A; 1CUK A; 4YMM A; 4NL9 C; 1SL0 A; 1V97 A; 4F4X A; 5AK3 A; 1T3Q A; 4P2H A; 1SWW A; 4ECY A; 5ALI A; 1Z00 A; 2YY6 A; 7ICR A; 2ALZ A; 1Z19 A; 4C4T A; 3WKD A; 4DL4 A; 2BDP A; 5ALE A; 3GZF A; 4DFJ A; 2JMG A; 1S0N A; 4B9V A; 4UAY A; 3M9O B; 4EX6 A; 4IL6 U; 4ECV A; 4DO9 A; 4QZE A; 4F8R A; 3MGV A; 4ECQ A; 4FBU A; 3M7D A; 2NRW A; 2H3Q A; 3QX7 A; 4F5P A; 4ZH4 A; 2ZJ5 A; 2HVH A; 3G6X A; 3GDX A; 1SZH A; 8ICF A; 5CEH A; 3F5E A; 3ZDB A; 5J29 A; 3UM9 A; 2AGQ A; 2P6R A; 3ZI4 A; 1JN3 A; 1P7D A; 5J2K A; 3EPG A; 3PSI A; 3UQ2 A; 3PW0 A; 1ECW A; 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