The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
134
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structure length |
134
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Chain Sequence |
GNGASRDWKMAIKRCSNVAVGVGGKSKKFGEGNFRWAIRMANVSTGREPGDIPETLDQLRLVICDLQERREKFGSSKEIDMAIVTLKVFAVAGLLNMTVSTAAAAENMYSQMGLDTRPSMKEAGGKEEGPPQAY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR structure of the myristylated feline immunodeficiency virus matrix protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Feline immunodeficiency virus (isolate petaluma)
|
| molecule keywords |
Matrix protein p15
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| total genus |
33
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| structure length |
134
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| sequence length |
134
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-04-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K4I A; 2LYB A; 2N1R A; 1HIW A; 2NV3 A; 1ECW A; 4IC9 A; 4JMU A; 2K4E A; 2JMG A; 2H3V A; 2H3Q A; 2H3I A; 2K4H A; 1UPH A; 1A6S A; 2H3F A; 2H3Z A; 1HEK A; 1L6N A; 1TAM A; 1ED1 A; 4ICA A; 2LYA A; 2GOL A; 2HMX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C80 A; 2QAR B; 4QW9 A; 1ZQA A; 2KVC A; 2B21 A; 1WWV A; 2NRX A; 1SB3 C; 1BPX A; 3RR7 A; 4C4R A; 2DBY A; 1ZD4 A; 4NLZ A; 1T94 A; 5D46 A; 2E8N A; 8ICW A; 4RNO A; 2W9C A; 5J2K A; 1DGS A; 1Z1B A; 1DK3 A; 4PH5 A; 3MR5 A; 5G5G A; 8ICO A; 4UAY A; 8ICG A; 5JUM A; 2MRL A; 1Q8K A; 5ALM A; 4DL4 A; 2Y1I A; 2ALZ A; 3AQE A; 2JXJ A; 4BXO B; 4F91 B; 4ED6 A; 2ZJA A; 1B4F A; 1L7N A; 1X6I A; 5F9L A; 5KG7 A; 2ZTD A; 1L8O A; 1NZB A; 2KV2 A; 3OSP A; 4PZN A; 5KFR A; 2KKV A; 1Z00 B; 1SWV A; 1XSP A; 3IV6 A; 5T14 A; 2RRD A; 4XQ8 A; 4M47 A; 9ICV A; 5ALY A; 1TAU A; 3B9J A; 3C29 A; 5HNK A; 1ZQ1 C; 4EBE A; 2KJ9 A; 4PHD A; 1ZQQ A; 3TQ1 A; 1J97 A; 4PZO A; 1QQ6 A; 1HUZ A; 1JUD A; 4Y2V A; 7ICU A; 5DB8 A; 5ALD A; 1B0X A; 2HHS A; 2XI9 A; 4J9M A; 2FMS A; 2JGA A; 4ED3 A; 4GXK A; 1KKX A; 3QNM A; 2V4Q A; 3BZK A; 3BS7 A; 4QIW C; 4MF8 A; 1NJX A; 5GTH U; 4Z6F A; 2W9B A; 2KIW A; 3NRW A; 7ICI A; 4I2G A; 3PR4 A; 4UB4 A; 1ZQO A; 1NKC A; 4F4W A; 2WF5 A; 4Q8F A; 2OYY A; 4JB3 A; 3ZD9 A; 4P2H A; 4P0Q B; 2XY7 A; 2XY5 A; 3RB0 A; 9ICQ A; 3TAR A; 1LVH A; 2HVH A; 5HP4 A; 2H5X A; 1Z19 A; 4NWI A; 3DEE A; 4F72 A; 4ECQ A; 5KFU A; 4C7Z A; 8ICR A; 3V72 A; 4RQ6 A; 2F2A B; 4DL7 A; 4KLM A; 8ICH A; 3PSI A; 2I1Q A; 4BXO A; 3WKD A; 5EOZ A; 3AUO A; 2IBK A; 5AI4 A; 3QXG A; 4YN4 A; 3ISB A; 3WKA A; 3TFR A; 2OH2 A; 5J0Q A; 5ALU A; 3SEI A; 2YB1 A; 4O3M A; 4KX5 A; 2WF7 A; 2BCQ A; 3FM9 A; 3ZDD A; 1KN5 A; 5KFB A; 2F1J A; 1Z00 A; 2BHN A; 4Z6D A; 3UXO A; 2HBM A; 1WCL A; 9ICE A; 3QU2 A; 5KT4 A; 2ZJ5 A; 4RPZ A; 2WAQ C; 2R8G A; 3V6K A; 2XIC A; 5CP2 A; 2MA1 A; 2KHQ A; 1ZQM A; 3HRD D; 1ZQD A; 1HUO A; 2R8J A; 4GFJ A; 4IQT A; 5KAF U; 3Q8K A; 3CRX A; 5CRX A; 3C21 A; 2VJ4 A; 5AM2 A; 2XGQ A; 4F2S A; 4QWC A; 1V85 A; 3MR6 A; 5F3X B; 2W43 A; 4XUS A; 5AIA A; 4ICA A; 2W7O A; 4BWJ A; 8ICB A; 1P7D A; 1MQ2 A; 2WTF A; 2YY6 A; 2DUY A; 5AKY A; 5CR0 A; 4P0Q A; 5KFQ A; 4NL9 C; 3MDC A; 4FO6 A; 1Y88 A; 1OUQ A; 5G5H A; 1U45 A; 5DG9 A; 4MFF A; 4QWA A; 1RXW A; 2KJ8 A; 4TUS A; 4YXM A; 3M8S A; 3PNC A; 3F2C A; 2WB1 C; 3Q8R B; 4UW9 A; 3PZP A; 5CHG A; 4FBU A; 4KMU A; 2DF4 B; 5AM4 A; 4B9U A; 3GIK A; 3QUC A; 3LDA A; 3UPQ A; 1N5W A; 7ICT A; 5KFE A; 4UAZ A; 2XGP A; 5C0Y A; 2R8K A; 2AGP A; 3PW7 A; 8ICM A; 1D8B A; 5J2A A; 2JEI A; 1Q3V A; 2OCE A; 3QE9 Y; 2W7P A; 2HHX A; 2LYA A; 1N56 A; 4C7Y A; 4O0I A; 2F8K A; 4RT2 A; 4BGD A; 1XNS A; 3LVV A; 9ICP A; 4ELV A; 2RP5 A; 1C20 A; 5HR7 A; 5KFO A; 4B9M A; 1GO3 F; 4MEY A; 4YP3 A; 1HEK A; 1WYG A; 3C1Y A; 3ISC A; 3NVY A; 1XSN A; 1Q46 A; 2F76 X; 5AM5 A; 1LKY B; 2JHD A; 4DQQ A; 3QUQ A; 1XSL A; 5EWG A; 3KHR A; 1RDF A; 2HVI A; 3PW0 A; 2FPK A; 4NLB A; 1NK9 A; 5H2F U; 1SWW A; 1TVA A; 1V97 A; 5KT6 A; 2DQN B; 5DGB A; 4NL9 A; 1S97 A; 2K8C B; 1ZQK A; 1SXE A; 2B6G A; 5AKH A; 2G5H B; 2HHQ A; 4I2J A; 3ETR A; 4ECU A; 3ED5 A; 5ALL A; 4PGQ A; 3FAH A; 3NUQ A; 3ONN A; 4IQU A; 2NRW A; 3HP6 A; 4ZH4 A; 2FMQ A; 1O03 A; 9ICU A; 1BNO A; 1WUD A; 3OJS A; 3H0L B; 3QUB A; 3GIJ A; 2ZTC A; 4QJF B; 3THV A; 4NLN A; 1KFS A; 2EAN A; 2HOF A; 2P66 A; 3T5J A; 2AJQ A; 4F3O A; 3I1Y A; 2JZB A; 5DQG A; 4M2Y A; 3N7S C; 4RQM A; 5AKK A; 3E58 A; 4RUC A; 5CB1 A; 2LMR A; 2AQ0 A; 4QZ9 A; 5AKE A; 3QX7 A; 1K5O A; 1RYR A; 4QZB A; 1BVS A; 3NVV A; 1CEZ A; 1ZOL A; 2YQE A; 3F53 A; 5L1I A; 9ICJ A; 9ICC A; 4AYB F; 4ELU A; 2KN7 A; 8ICC A; 4P4O A; 3WK7 A; 3A0H U; 2E8M A; 7ICE A; 2KNJ A; 4I2A A; 1LKY A; 2KK0 A; 4Z6C A; 1IM4 A; 1T3Q A; 3KHG A; 2VAN A; 3ALR A; 4OCZ A; 2EZY A; 2E8O A; 3N7P D; 4O3Q A; 5ALE A; 1ZD2 P; 2ZIV B; 3OPX A; 4EZ9 A; 3KOO A; 3TI0 A; 2W3S A; 1PVR A; 3PX0 A; 1AQ6 A; 4DCC A; 5ALT A; 2DL0 A; 2AQ4 A; 1A6S A; 2Q4T A; 3NVZ A; 3QEA Z; 4EEL A; 1QCK A; 1XU4 A; 3JPQ A; 4IQW A; 4B9V A; 2WF8 A; 1IXR A; 5KFL A; 3MR3 A; 3QU5 A; 4G9B A; 1ZQS A; 4CF3 A; 3EPG A; 2PMZ C; 3UQ2 A; 5HHH A; 1KL9 A; 1DK2 A; 7ICF A; 1X9X A; 2ZJ8 A; 1X9S A; 2AGQ A; 4LZD A; 4USA A; 3GQC A; 1XS9 D; 5J2F A; 1DRG A; 5AHX A; 5AI0 A; 5AK6 A; 1V38 A; 1UCV A; 1H38 A; 5KTQ A; 5KFS A; 2R18 A; 4CF5 A; 3BJY A; 3HW8 A; 4IQV A; 2VA2 A; 4QWB A; 3H8J A; 2EZZ A; 2W55 A; 4EBC A; 1L6N A; 4P4P A; 8ICI A; 3JPT A; 2LYB A; 7ICP A; 4Q43 A; 8ICS A; 2KMD A; 3TAQ A; 4IR9 A; 4YR3 A; 2NV3 A; 5KFH A; 2A3V A; 4KMO B; 4O3O A; 4YMO A; 3GV8 B; 2V9W A; 1RQL A; 1F5S A; 4U7C A; 1SV4 A; 1S0O A; 2ZIV A; 2KOB A; 2G0A A; 4FZN A; 4I2B A; 2VA8 A; 4EYH B; 5TIS U; 5KFT A; 9ICB A; 2C2R A; 3LWL A; 3QEB Z; 3M9O B; 2KEY A; 1TV9 A; 5IIN A; 3N4M B; 4UAV A; 3PV8 A; 3AMZ A; 4TUP A; 4KTQ A; 4I27 A; 1LV5 A; 5CEH A; 1NK8 A; 5DLF A; 4B9S A; 1YT3 A; 4Y2T A; 1L3S A; 5ALQ A; 4G3I A; 3GDX A; 2ISP A; 9ICT A; 2ZG6 A; 3MC1 A; 4ED0 A; 4OJ5 A; 4R64 A; 4QIW F; 3FC4 A; 3OSN A; 4JMU A; 5KT7 A; 2BPF A; 1MSW D; 7ICN A; 5AK4 A; 2R8I A; 4CE6 A; 3CYM A; 5J0T A; 4JV2 A; 1V9P A; 1NK7 A; 2Y1J A; 4NY8 A; 2IOF A; 4CF4 A; 4J9R A; 3RJI A; 4FZL A; 1XWL A; 4KIT B; 2XCA A; 1NJW A; 3SMV A; 1X6J A; 1N60 A; 1L5U A; 1A77 A; 4NLC A; 1SL0 A; 4KLS A; 1DGJ A; 1RM6 C; 4IC9 A; 2A19 A; 4QNL A; 3RB4 A; 8ICP A; 3H8W A; 3SV3 A; 2YMP A; 4YXJ A; 3QU4 A; 2BKE A; 4ECW A; 5L1L A; 4DL6 A; 3DV9 A; 1MQ3 A; 1ZQF A; 4UB1 A; 4MFA A; 4F4X A; 1S9F A; 2GOL A; 5AKG A; 2KZZ A; 1FO4 A; 4NM1 A; 4QWE A; 1PUZ A; 2F8L A; 3H8M A; 5DB6 A; 5ALN A; 2M9N A; 5ALZ A; 5JU5 A; 5CWR A; 1JX4 A; 3T3F A; 3PW2 A; 4Y2P A; 2J6T A; 3RR8 A; 3TAP A; 4DQS A; 1JXL A; 2W03 A; 2UVR A; 3C2K A; 4RQN A; 2OXO A; 2FDR A; 5AIB A; 2WAQ F; 1L8L A; 4I2D A; 2J6U A; 2K8A A; 4RZR A; 5B5E U; 3SYZ A; 3WKC A; 4GIB A; 2A1J B; 3SQI A; 1S0N A; 1X2I A; 1S0V A; 3SAG A; 2D8C A; 4FZM A; 5KT5 A; 5J8Y C; 4UB6 U; 1JIH A; 5KFJ A; 4DS5 A; 4BUG A; 2QB1 A; 3H4B A; 4ECV A; 3ISD A; 5J0U A; 5BOL A; 4UBB A; 4YR0 A; 1D9F A; 2K60 A; 4ELT A; 1B22 A; 2L5Y A; 3AQF A; 2Y0S C; 5J0X A; 3PX6 A; 4IRD A; 5F9N A; 1S5L U; 1NKB A; 4TUR A; 4DSE A; 2DPJ A; 8ICV A; 4C8N A; 5AK5 A; 2GH1 A; 4JWM A; 3KKA C; 2DKX A; 4KLG A; 8ICT A; 2E3T A; 4Y2R A; 4DL5 A; 3MGI A; 2WB1 F; 4J9O A; 3BQ0 A; 4ECZ A; 4M9N A; 1MA7 A; 1ZQX A; 1UT8 A; 1LB2 B; 3R9K A; 2GO7 A; 4UAU A; 4J9S A; 2BR0 A; 4ZOH C; 3UMC A; 1T3N A; 4DL2 A; 2UVV A; 7ICJ A; 5J0P A; 7ICR A; 5AI6 A; 4M0A A; 4ACO A; 4EEY A; 1Q3U A; 3PSP A; 2QAR A; 4DSK A; 2XCP A; 4KLU A; 4KN7 A; 2C28 A; 5D49 A; 3BQ2 A; 3PX4 A; 2LKY A; 3RB6 A; 3PO4 A; 4DQP A; 1BPD A; 3FYH A; 5EE9 A; 8ICE A; 3ETL A; 9ICK A; 1U4B A; 4KLE A; 1VLB A; 1HJP A; 3HX0 A; 5TZV A; 4NM2 A; 1IG6 A; 3F5E A; 3E0F A; 3RAX A; 1TK0 A; 1NK0 A; 2QKQ A; 3C1Z A; 2M0N A; 2A1J A; 4K4I A; 3M8R A; 5IIJ A; 5J8Y A; 2RLT A; 3RF9 A; 5J2J A; 4F5N A; 1ZXI A; 3ICX A; 1X66 A; 4KLD A; 3N28 A; 1JMS A; 4QWD A; 3C28 A; 3I28 A; 4OJP A; 5KG2 A; 5J0R A; 4EX6 A; 2OHF A; 2FPM A; 3AEV A; 1JRO A; 4DQR A; 1ZQI A; 3RJJ A; 2UVW A; 3KFU F; 4Y2Q A; 4QZ8 A; 4DOB A; 3SR6 A; 3QZ8 A; 4UB2 A; 5DDY A; 2XVT A; 4LVS A; 7ICG A; 5L9X A; 2E1E A; 4RU9 A; 4F2R A; 2KZ3 A; 3KKA A; 2ZUB A; 2BGW A; 1QSY A; 4FS2 A; 3RBD A; 4DOC A; 4I2I A; 4OJL A; 2PKE A; 1ZJN A; 3RJF A; 4RQ3 A; 2XO7 A; 3D2S A; 4UAT A; 3LWM A; 4YR2 A; 3UXP A; 4RUA A; 4I2F A; 3EWA A; 2MAX A; 3QUT A; 2ZIU B; 1KFD A; 8ICF A; 1A0P A; 4C0Z A; 2VJ5 A; 4ED1 A; 5ALJ A; 1Z4O A; 1U9L A; 3UXN A; 2EDU A; 4PHP A; 3LK9 A; 4RNN A; 1PZN A; 2G5I B; 3K4G A; 3SEN A; 2KVS A; 9ICI A; 2NRZ A; 3JPO A; 8ICY A; 3MR2 A; 4JK1 A; 4F5R A; 3AN1 A; 4CCH A; 1S8O A; 1XO0 A; 3M6Z A; 2AU0 A; 5DBA A; 2F77 X; 2N1R A; 4QZH A; 2FLN A; 1N48 A; 3RH6 A; 1MC8 A; 3GZF A; 2F1I A; 3TAC B; 2H3Q A; 2BDP A; 8ICZ A; 3M7D A; 5FP0 A; 3PST A; 2H3Z A; 2G09 A; 4EX7 A; 4EZ6 A; 3PMN A; 4KLI A; 3I76 A; 3OTQ A; 5KG6 A; 1HIW A; 1ZQT A; 4OD0 A; 1K1S A; 1D8Y A; 3RFA A; 3TAN A; 4RQ1 A; 3ZDB A; 2FLL A; 7ICM A; 4EEN A; 4O3S A; 4YQW A; 1U48 A; 5IIO A; 5J0Y A; 1PVQ A; 4Z6E A; 9ICO A; 2KSO B; 1B43 A; 3IHQ B; 5ALX A; 2KIC A; 3ZDC A; 3IDW A; 5KFI A; 2K8B B; 4QZF A; 3WU2 U; 1N5X A; 1TFR A; 5B66 U; 4DF4 A; 3HT3 A; 2XY6 A; 1O08 A; 5E79 U; 5EWE A; 2ESE A; 1ZET A; 2PMZ F; 4O3P A; 2HHT A; 2ZIU A; 3G6V A; 2HCF A; 5III A; 1ZQC A; 4M04 A; 1BPB A; 4Q8E A; 3J81 j; 3WK4 A; 4JWN A; 5JTI A; 9ICH A; 1TK5 A; 1KBU A; 2EAO A; 4O3N A; 4DSL A; 1SGG A; 5ALF A; 4FE3 A; 4F5O A; 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5ALO A; 3RBE A; 4RQ7 A; 4OJO A; 2HMX A; 3HJE A; 4Y2X A; 2C2D A; 4QW8 A; 5C5J A; 3UMB A; 4UAW A; 3KD3 A; 2DPI A; 4F4K A; 1Z1V A; 3D6J A; 4DFK A; 1VDV A; 3SAF A; 1F44 A; 4B9N A; 3AU6 A; 1YZ7 A; 3PW5 A; 2HI0 A; 4I2H A; 2Y0S F; 4ECR A; 3UQ0 A; 1NK6 A; 1L3V A; 1A76 A; 2FE9 A; 5KAI U; 5DB9 A; 2BPC A; 4Q45 A; 4RT3 A; 1NK4 A; 3RTV A; 3BS5 B; 5IIM A; 4B6J A; 5ALH A; 3BQ1 A; 2KTQ A; 2LHT A; 1PK1 A; 4YG2 A; 1D8L A; 4QZC A; 1ZQE A; 4TQS A; 2V4R A; 4GC7 A; 1FFV A; 4IS7 A; 8ICX A; 3RH4 A; 5BOM A; 4PHE A; 3T5H A; 2KHV A; 5JRT A; 5DGA A; 4KLF A; 2W04 A; 5KFN A; 5AM1 A; 2F3N A; 3NTU A; 1U49 A; 2HBK A; 5AKL A; 3PVX A; 1QH9 A; 4M9L A; 1BNP A; 4IRK A; 1JAL A; 1KTQ A; 1ZQU A; 1NKE A; 4EBD A; 1RZT A; 5AM3 A; 3EW9 A; 3IP4 B; 4ED8 A; 4DWI A; 5DKW A; 3CP8 A; 5KNI A; 4EEK A; 4DFJ A; 2YMQ A; 3MDA A; 3RH5 A; 4DL3 A; 4Y2U A; 4DEZ A; 3EYZ A; 3MFH A; 5IIL A; 4J9K A; 2WFA A; 5ALR A; 3ZDA A; 4KN4 A; 5AI9 A; 5KG3 A; 1DXS A; 1ZQL A; 2F44 A; 2BDU A; 3KZI U; 8ICN A; 1Z4N A; 2AGO A; 2JMG A; 4NLG A; 1QTM A; 1QSS A; 2G08 A; 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