The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
134
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structure length |
134
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Chain Sequence |
GNGASRDWKMAIKRCSNVAVGVGGKSKKFGEGNFRWAIRMANVSTGREPGDIPETLDQLRLVICDLQERREKFGSSKEIDMAIVTLKVFAVAGLLNMTVSTAAAAENMYSQMGLDTRPSMKEAGGKEEGPPQAY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR structure of the myristylated feline immunodeficiency virus matrix protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Feline immunodeficiency virus (isolate petaluma)
|
| molecule keywords |
Matrix protein p15
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| total genus |
33
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| structure length |
134
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| sequence length |
134
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-04-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HMX A; 2K4H A; 1ECW A; 4IC9 A; 1HIW A; 2H3V A; 2GOL A; 1ED1 A; 1HEK A; 2LYB A; 2LYA A; 4JMU A; 2H3Z A; 2H3Q A; 2NV3 A; 1A6S A; 2H3I A; 2H3F A; 2K4I A; 1L6N A; 1UPH A; 4ICA A; 1TAM A; 2K4E A; 2N1R A; 2JMG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NL9 C; 3PO5 A; 5EE3 A; 3CP8 A; 2M9N A; 1SV0 C; 5F9N A; 4MF2 A; 2AQ0 A; 4GXI A; 1WYG A; 4O5K A; 4OCZ A; 4YD2 A; 3RB6 A; 1DK3 A; 3OSP A; 2LM4 A; 3AQE A; 1XWL A; 3EPI A; 5KT4 A; 3ZDB A; 3BZK A; 4RPX A; 1WCN A; 5AI6 A; 2P35 A; 3RAQ A; 2ESE A; 3AMZ A; 4KN7 A; 1SGG A; 2C2E A; 2W9C A; 1TVA A; 2XC9 A; 5FP0 A; 5DKW A; 1FIQ A; 4DSJ A; 3ZDE A; 7ICK A; 2W11 A; 1L3U A; 4EEN A; 4JV1 A; 2OM6 A; 3TAD C; 4M0A A; 4ECT A; 1ZQH A; 4GC7 A; 8ICU A; 3KHL A; 2ISP A; 5JTI A; 2KZ3 A; 1ZQC A; 2HOI A; 3EYZ A; 4O3S A; 2RHF A; 4ED3 A; 4BGD A; 5KFV A; 1B43 A; 5IIM A; 2CRX A; 4ECV A; 4NLZ A; 3JPO A; 5KL1 B; 2FJ6 A; 4CF4 A; 2J6T A; 1ZQY A; 1FFU A; 1ZQV A; 4NLC A; 3GZF A; 4NM1 A; 4F3O A; 1RXV A; 3OHA A; 3GV8 B; 3TFR A; 8ICA A; 4DQQ A; 4O9M A; 3A0B U; 5J0W A; 2F8L A; 2H3I A; 5EE0 A; 1H38 A; 5CR0 A; 4QWB A; 1BNP A; 4PHP A; 5KFE A; 4PGX A; 3D2Q A; 2PFP A; 1RZT A; 2Y0S C; 2W9C B; 4C0Z A; 2XY7 A; 4J9Q A; 5KAF U; 5T14 A; 4C7Y A; 5ALR A; 2W8L A; 4KIT B; 3SV3 A; 7ICJ A; 4PL2 A; 2ZUD A; 2CN1 A; 4RNN A; 3JPN A; 1TK0 A; 5AM4 A; 1KW4 A; 3MR2 A; 1HUO A; 2ZTC A; 3QU4 A; 3C5G A; 5D46 A; 4Z6E A; 5ALZ A; 7ICN A; 4CF5 A; 4BWM A; 5KFD A; 1NI3 A; 3RF9 A; 4OJ5 A; 8ICI A; 4NLG A; 1ZQW A; 4FS1 A; 3RH5 A; 1A0P A; 7ICM A; 3RJE A; 3QYP A; 3PW4 A; 1VDV A; 3C1Z A; 5IIK A; 4C4R A; 2HCF A; 2ZTD A; 4IR9 A; 1ARO P; 2N1R A; 5A0L A; 4PHE A; 1DGJ A; 3WKB A; 2KKP A; 4RU9 A; 1T8E A; 3E0F A; 1J2M A; 2ASL A; 1XNS A; 7ICS A; 4DF4 A; 8ICV A; 2RLT A; 9ICB A; 3GIM A; 3KTQ A; 1JXL A; 3DDH A; 3GV5 B; 5DB9 A; 4B9U A; 5ALJ A; 1K5O A; 1M6Y A; 2YB1 A; 1X9S A; 2NRX A; 2ZXH A; 8ICM A; 2FMS A; 3FM9 A; 1WCL A; 4PZN A; 9ICR A; 2NRW A; 3EWA A; 2BCQ A; 3SZ2 A; 1NKC A; 3N4M B; 1L6N A; 4O5E A; 4UB8 U; 2OWO A; 9ICC A; 2WAQ F; 1KDH A; 5DB8 A; 4F91 B; 1RXW A; 3ALR A; 5J2B A; 3PR5 B; 5DBA A; 9ICW A; 2DPI A; 5BOL A; 2FMP A; 1T3Q A; 3NRZ A; 3AN1 A; 3KHG A; 2EAO A; 2B6G A; 4J03 A; 3Q8M A; 1KFD A; 4QZG A; 3QUB A; 1V85 A; 2HHS A; 5ALX A; 3H40 A; 1J97 A; 3QXG A; 2YN4 A; 1HUZ A; 2Q4T A; 2W55 A; 9ICH A; 4QWD A; 4CGZ A; 4MFA A; 3BQ0 A; 1D8B A; 3UXP A; 3WKC A; 4UAR A; 3C28 A; 1Q3V A; 5AM2 A; 2VA2 A; 2OYY A; 4DL2 A; 5KG3 A; 4O0I A; 3F2D A; 1K1S A; 1NK5 A; 9ICQ A; 4FS2 A; 3HJE A; 4DCC A; 1U49 A; 3FDS A; 3CRX A; 2R8I A; 2WTF A; 2IOH A; 2G06 A; 4CDG A; 9ICO A; 3UXN A; 2KIC A; 4F2R A; 4PZO A; 3SD7 A; 4RUC A; 4WJ3 B; 4DFM A; 2DF4 B; 5TIS U; 3WK7 A; 3ORY A; 5AM5 A; 2J6S A; 4KLT A; 4YXJ A; 4YMO A; 2HMX A; 2BZF A; 3OGU A; 3Q8P B; 5AM0 A; 3OTQ A; 4EBD A; 2JEG A; 1JRO A; 4DOB A; 2XGP A; 2I5H A; 4UAW A; 2J6U A; 4KLQ A; 5J2E A; 4PH5 A; 3ETR A; 2K89 A; 4DS5 A; 2HW3 A; 1RYS A; 5L1K A; 5GTI U; 1WG8 A; 2ZIX A; 4Y2J A; 8ICC A; 4US9 A; 3PVX A; 4IQW A; 3SEI A; 3SAF A; 4TQS A; 8ICL A; 2A1J A; 4R8U A; 5C5J A; 4Z6F A; 3LWL A; 2G08 A; 3RB0 A; 3RFA A; 2W9M A; 4R63 A; 5KFT A; 5IIN A; 8ICZ A; 1X6I A; 3C1Y A; 5AI9 A; 2MRL A; 2E3T A; 1S76 D; 3KZI U; 1NK6 A; 5KFJ A; 5DDM A; 1B22 A; 2R8K A; 1UQV A; 2YB4 A; 3JPT A; 1QCK A; 4DFD A; 2BCV A; 3PZP A; 1L8O A; 2EAP A; 1JX4 A; 4UB6 U; 3RB4 A; 4QJF B; 4ICA A; 3H0L B; 4EX7 A; 5DDY A; 4ECX A; 1RDF A; 4JV0 A; 5AKH A; 1Q3U A; 1Z1V A; 2Y1J A; 4ELV A; 4I2F A; 3PSP A; 2ZIX B; 4ELU A; 3THV A; 3H0M B; 4C4T A; 4DSI A; 5KFF A; 3SYZ A; 3WK5 A; 4C80 A; 8ICB A; 2G07 A; 1A6S A; 2MSN A; 2A1J B; 5AKZ A; 4R8U B; 2WF7 A; 2DFL A; 3T5K A; 1DXS A; 2Y1I A; 5AKI A; 1TAM A; 4GXJ A; 4F4W A; 3T5H A; 2WF6 A; 4NM2 A; 2BPC A; 3SAG A; 3M8S A; 1S5L U; 1ZET A; 2E1F A; 3TFS A; 1ZQB A; 2LYA A; 8ICX A; 4A8E A; 4J9O A; 2NYV A; 4DF8 A; 1ZQZ A; 5ALH A; 3KKA C; 1QSL A; 1L7O A; 3NVV A; 9ICP A; 3MGI A; 3WK6 A; 1U45 A; 3ZI4 A; 4MHV A; 2F76 X; 5J0Y A; 2XY6 A; 2H5X A; 2KSO A; 2PKE A; 4ECS A; 5DQG A; 1VLB A; 2BCS A; 1Z00 A; 8ICP A; 1QSY A; 3ONN A; 2C22 A; 4GC6 A; 4ECQ A; 2KIW A; 1JIH A; 2XID A; 2KIV A; 1T94 A; 4ELT A; 3Q8R B; 4EBC A; 4ED7 A; 2AGP A; 2PMZ C; 1ZJN A; 4B9V A; 2ZTE A; 5J8Y C; 5BOM A; 2YX8 A; 4Y2U A; 4ECZ A; 3IDW A; 4YXM A; 4KLD A; 4F4K A; 3RAX A; 5KG6 A; 1QSS A; 2PI4 A; 2KVC A; 5D4B A; 1KQQ A; 3VC8 A; 5HNK A; 5CHG A; 1ZQS A; 2KSO B; 4P2H A; 2IMW P; 4BDP A; 2LKY A; 4OJL A; 2E5S A; 1Z00 B; 1ZD5 A; 2BGW A; 4F71 A; 4BXO A; 3UQ2 A; 3MDA A; 3D2S A; 3F53 A; 4EEY A; 4JUZ A; 3QE9 Y; 1COK A; 5J2F A; 1N2X A; 1SXE A; 9ICM A; 1U9L A; 1IG6 A; 4ACO A; 4AYB C; 5JUM A; 3U26 A; 3LVW A; 5TZV A; 1WUD A; 7ICF A; 8ICF A; 4C4S A; 5DGA A; 1JUD A; 2ZUB A; 4Y2P A; 4I2H A; 3I28 A; 3SI8 A; 4RQ6 A; 4YCX A; 4LVS A; 3N7S C; 4RT2 A; 2HHQ A; 1SB3 C; 4J9S A; 3D6J A; 5HR6 A; 3ZD8 A; 3M9N B; 3IG8 A; 2CXY A; 1DRG A; 4RNO A; 1KSP A; 2C2R A; 5AK3 A; 4I2G A; 5KFG A; 1NZP A; 4B9L A; 4JMU A; 4K4G A; 4LZG A; 3FAH A; 1N5X A; 3PY8 A; 4BXO B; 4F5R A; 2GH1 A; 2KZM A; 3VCB A; 3CW2 C; 4RQM A; 3MFH A; 3IN5 A; 4DQR A; 1L3V A; 2AGO A; 5AKK A; 4DEZ A; 3IRU A; 4LJX A; 4KN4 A; 2M0N A; 2P66 A; 5HP4 A; 2WHE A; 3HW8 A; 5AKL A; 2F3N A; 3KD3 A; 1X42 A; 1UPH A; 4YQW A; 1TAU A; 2R8G A; 2LYH A; 4NLN A; 3C21 A; 1UCV A; 5AHX A; 1KN5 A; 7ICO A; 1SL2 A; 9ICX A; 4DLE A; 2FDR A; 3L4P A; 8ICJ A; 5AIA A; 3SAH A; 2XVT A; 2JEJ A; 4QZA A; 1Z19 A; 2OEH A; 1Q8K A; 3HKZ C; 5J2G A; 3R9K A; 4MEY A; 4EZ6 A; 2FPM A; 5L1M A; 4PHD A; 5B5E U; 5J2C A; 2FPL A; 3EPG A; 4JK1 A; 4EEK A; 2HVH A; 1XSL A; 4ED1 A; 1FFV A; 3H7I A; 2BQR A; 1UA1 A; 1TK8 A; 2ZIU A; 4R66 A; 2HBL A; 9ICA A; 2HOQ A; 2KEY A; 2JMG A; 5KFM A; 3PW7 A; 3Q8Q B; 3MR3 A; 3PW5 A; 4KLE A; 3HT3 A; 2K60 A; 5ALV A; 1IXR A; 5HR7 A; 1N60 A; 2IBK A; 3QU5 A; 3I76 A; 1NK9 A; 1KEJ A; 8ICW A; 4O3M A; 4DFJ A; 1Q46 A; 1O03 A; 4EBE A; 3M6K A; 3C5F A; 3RBE A; 2ASJ A; 4KLM A; 1TK5 A; 2Y9T A; 2HVI A; 3H4B A; 5CRX A; 4O3R A; 1NOM A; 1Z1B A; 2FE9 A; 3O0F A; 2WF9 A; 1ZQT A; 4MFF A; 1XO1 A; 2NO5 A; 1ZQP A; 3IP4 B; 2WF5 A; 9ICT A; 1N62 A; 2BDP A; 2CPR A; 5AI5 A; 3TAP A; 3MFI A; 2ZIU B; 4YMM A; 2ZXI A; 3SV4 A; 4I28 A; 3ZD9 A; 2BR0 A; 4I2C A; 2AH5 A; 2B21 A; 4U6P A; 2HHV A; 1OW5 A; 3NUQ A; 2F77 X; 2JRZ A; 3QEA Z; 4QZE A; 4QZC A; 3C23 A; 3N7R C; 5KFU A; 2QB1 A; 4RQ1 A; 3AU6 A; 1RPL A; 3UXO A; 1NJZ A; 3K4G A; 1ZQQ A; 1S0V A; 3N97 B; 2OH2 A; 3LYS A; 1L3S A; 3EZ5 A; 1BNO A; 1S10 A; 2KP7 A; 3HRD D; 3BQ2 A; 4CF3 A; 4J9N A; 9ICS A; 3C2K A; 2E8M A; 2KKV A; 5J0S A; 3QX7 A; 4R65 A; 3TAR A; 1SWW A; 3GFK B; 3ISD A; 3IG5 A; 4YN4 A; 1C7Y A; 4F4Y A; 4Z6D A; 3T3F A; 2FPK A; 4F4Z A; 4QZD A; 3JPQ A; 3D2N A; 3MDC A; 3OJU A; 2GWS A; 5DQH A; 5ALE A; 5EE1 A; 1OUQ A; 4DSL A; 4YD1 A; 9ICF A; 3MGV A; 2DKZ A; 3MR5 A; 2DQN B; 2K8B B; 5ALD A; 2W7O A; 5H2F U; 1ZD4 A; 1U47 A; 2ATL A; 2PFQ A; 2NRT A; 5J0O A; 3DEE A; 1IV8 A; 5KG0 A; 2VAN A; 1KKX A; 1A77 A; 4KX3 A; 3RB3 A; 2R8H A; 2I9G A; 2UVV A; 3EW9 A; 2JXJ A; 2LPE A; 5IIO A; 3UQ0 A; 4AP9 A; 4TUQ A; 5J2D A; 4ED2 A; 2IOF K; 2G0A A; 3PX6 A; 4KTQ A; 2E8O A; 2AXT U; 4YFK A; 8ICQ A; 4Q8E A; 4I27 A; 1O08 A; 1SKR A; 2RDI A; 3F5A A; 4UB4 A; 2ES6 A; 2PMZ F; 4Y2V A; 4RPZ A; 3MR6 A; 8ICH A; 4B9S A; 2RQ5 A; 4HYK A; 4I2B A; 4YG2 A; 2LBO A; 4YMN A; 3H8S A; 2Z7J A; 3V6K A; 4UBB A; 5IIL A; 3RH6 A; 1ZQL A; 2YMQ A; 1KBU A; 5KG1 A; 1SIJ A; 2I6X A; 4RQ0 A; 5ALK A; 4F2S A; 2E8N A; 5KFR A; 2EZX A; 5EOZ A; 1XC9 A; 5J2A A; 1DGS A; 2V4Q A; 2ZIW A; 2PXI A; 2JH7 A; 2G5I B; 4O3O A; 3MBY A; 2A3V A; 2V4R A; 5KFC A; 4UB5 A; 3BS5 A; 5KFN A; 3A0H U; 1S0N A; 3B0Y A; 4QZB A; 2YMP A; 3TKA A; 2F2A B; 1X9W A; 3HPO A; 1UT8 A; 4AYB F; 4B9N A; 8ICN A; 2KVS A; 2ODG A; 3QU9 A; 3CNH A; 1KFS A; 3T5L A; 2H3Q A; 4DL3 A; 1L7P A; 2VKQ A; 4NWI A; 2UVW A; 4DSF A; 1LKY A; 1PVQ A; 2KFZ A; 2HHW A; 1LVH A; 5L1I A; 5JU5 A; 3PST A; 5J2K A; 4PHA A; 5J0R A; 3JPP A; 2EAM A; 2JR5 A; 1JN3 A; 2YTU A; 1TE2 A; 1MQ3 A; 1KFT A; 2XCP A; 2LYB A; 3SEN A; 2E8P A; 2ZIW B; 4DQI A; 3TAN A; 1LV5 A; 3L5K A; 3T5J A; 4Y2Q A; 4M9L A; 2HI0 A; 3AL0 B; 1S0O A; 5KFW A; 5ALM A; 3BS5 B; 4QIW C; 2BCR A; 4TUR A; 1ZQG A; 4P4M A; 2D3D A; 4BX9 C; 3MGH A; 2OCE A; 1ZQX A; 1WWU A; 3S6J A; 2W04 A; 4KLJ A; 3LVV A; 1BVS A; 1BPY A; 1S8O A; 1ZQO A; 2DL0 A; 2KV2 A; 2A1A A; 4DL5 A; 2LMR A; 5C0Y A; 2F1I A; 4QZ9 A; 1L8L A; 1LKY B; 7ICU A; 4Y2S A; 4F8R A; 2XCA A; 4KLO A; 3L3F X; 1XU4 A; 3JPS A; 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4PJ0 U; 4FZL A; 1NKB A; 2XO7 A; 1T3N A; 4DSK A; 4I29 A; 1WWV A; 4M04 A; 3N7P D; 5J0X A; 2HBJ A; 3M6Z A; 2DWQ A; 4PGQ A; 3FC4 A; 4FBU A; 3NRW A; 5KFI A; 4P4P A; 2ZJ8 A; 4IQU A; 5KNI A; 3BQ1 A; 4RQ4 A; 2YQE A; 2K8A A; 3PNC A; 3PX4 A; 4FZM A; 4IQT A; 1PVP A; 2JV3 A; 1CI4 A; 4M6W B; 3K1Z A; 3QEB Z; 2HHX A; 1QQ7 A; 3IHQ B; 5AM1 A; 2NRV A; 8ICE A; 1ZQR A; 1RM6 C; 5KG2 A; 1NK4 A; 3ZDC A; 2KMD A; 3KFU F; 1XS9 D; 3HP6 A; 5KT7 A; 4FZN A; 3AUO A; 4UB2 A; 4O5C A; 3IV6 A; 3BJY A; 5KAI U; 4UAZ A; 2IA6 A; 4ECR A; 1MA7 A; 3PMN A; 4O3Q A; 2K8C B; 3I1Y A; 4Y2R A; 2Y9U A; 5B66 U; 3UMC A; 5DLG A; 1NKE A; 2JEF A; 2PFN A; 1S77 D; 3PX0 A; 4RQ5 A; 2ALZ A; 2W43 A; 3WU2 U; 5KFB A; 1NJY A; 2KHV A; 3OHB A; 2WB1 C; 4RQ7 A; 2W3R A; 1RQL A; 3DV9 A; 1PK1 A; 2KTQ A; 3SQI A; 2KJ9 A; 1MN8 A; 1Z3E B; 4RPY A; 3V7J A; 3RH4 A; 3Q8L A; 1CRX A; 5J2I A; 4ZOH C; 5L1J A; 3BQ7 A; 5KFS A; 3KOO A; 1N56 A; 3GV7 B; 2L5Y A; 9ICN A; 4FE3 A; 5CA7 A; 4DLG A; 1D8Y A; 4K4I A; 5AI8 A; 2QAR A; 3NAS A; 3M1Y A; 3HX0 A; 1QLN A; 3J81 j; 3WK8 A; 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