The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
72
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structure length |
72
|
Chain Sequence |
YSFYQFVMTVRGRHDDKGRLAEEIFDDLAFPKHDDDFNILSDYIETHGDFTLPMSVFDDLYEEYTEWLKFLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Staphylococcus aureus subsp. aureus
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| publication title |
Crystal structure of UPF0346 from Staphylococcus aureus. Northeast Structural Genomics target ZR218.
rcsb |
| molecule keywords |
UPF0346 protein MW1311
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| total genus |
24
|
| structure length |
72
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| sequence length |
72
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-12-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06855 | YozE_SAM_like | YozE SAM-like fold |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | YozE SAM-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2O6K A; 2FJ6 A; 2KVS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KLH A; 4I2A A; 3A0H U; 3GV5 B; 4CCH A; 3H4B A; 2DPI A; 2F8K A; 8ICG A; 1RYR A; 4DFM A; 8ICH A; 5E79 U; 1ZD4 A; 1QSS A; 4IQT A; 2Y0S F; 3MR6 A; 1K5O A; 3C21 A; 1SGG A; 1KFS A; 4OJ6 A; 2MU2 A; 2PFO A; 4M9L A; 4YD2 A; 4ECW A; 1L7O A; 4QZF A; 1HJP A; 3D6J A; 5ALR A; 4YMN A; 1GO3 F; 4C0Z A; 1ZOL A; 3OHB A; 5K4L A; 3SV4 A; 5EE3 A; 1O08 A; 4RUA A; 4Q8E A; 4KLI A; 2HHU A; 5L9X A; 4BGD A; 3KHG A; 4O3N A; 4DF4 A; 3RR8 A; 4DEZ A; 3PST A; 5CRX A; 1VJ5 A; 1XO1 A; 5KNI A; 1PK1 A; 2BQ3 A; 1ZQH A; 4M6W B; 5J2K A; 3TQ1 A; 4NJ8 A; 7ICK A; 4UAV A; 1TK5 A; 4PPX A; 3PX0 A; 8ICZ A; 1JN3 A; 4DOC A; 3HKZ F; 2I1Q A; 1SV0 C; 5TZV A; 2IHN A; 4OJP A; 8ICT A; 2A19 A; 1ZQW A; 3SEN A; 8ICW A; 5DDM A; 5DGB A; 3GV8 B; 1Q46 A; 4Y2U A; 4JV1 A; 3KOO A; 4US8 A; 3EUB 2; 2KTQ A; 3HRD D; 1X2I A; 1NZP A; 5G5H A; 2HBM A; 1KL9 A; 3MGH A; 5AK4 A; 2DKX A; 5KFB A; 2NRT A; 3NUQ A; 1VLB A; 3H0M B; 2KFZ A; 2H3F A; 4R8U A; 4ELV A; 1V97 A; 2HBL A; 5AM1 A; 2F1H A; 4BJQ A; 3V6K A; 2KEY A; 4YXM A; 4UB6 U; 2LYH A; 2AGO A; 2KD1 A; 8ICV A; 3RH6 A; 3ISC A; 4Y2J A; 5GTH U; 4KIT B; 1SXD A; 1RQL A; 1FIQ A; 2E5S A; 4J9L A; 2BCR A; 4F4Y A; 5AKX A; 1XC9 A; 3EW9 A; 3WKD A; 4DQI A; 2BDU A; 5KFC A; 1ZQL A; 1J2N A; 3ZDC A; 5KT7 A; 4CF5 A; 4JB3 A; 2ZIX A; 4KLJ A; 5DQI A; 5KFP A; 5KL8 B; 4UB1 A; 1SIJ A; 3EWA A; 1PVR A; 8ICP A; 3QYP A; 5D4B A; 3WKA A; 4NY8 A; 4G9B A; 8ICE A; 2ZXI A; 2HW3 A; 4P0P A; 4QZG A; 3RRH A; 2V9W A; 1BPZ A; 2ZIW A; 2E8O A; 4HYK A; 4O5E A; 2J6S A; 3GQC A; 2AXT U; 3FM9 A; 3PV8 A; 4KLQ A; 1S10 A; 4GXI A; 8ICR A; 3UQ0 A; 4AYB F; 4Y2Q A; 2MAX A; 4O5K A; 2E8N A; 4M0A A; 4B9L A; 2V4R A; 1X6J A; 4ZH4 A; 9ICV A; 4F72 A; 2XCA A; 3M9O B; 3PVX A; 5ALU A; 2YTU A; 5ALX A; 4O3Q A; 2ZTD A; 9ICH A; 2E8M A; 2KV2 A; 4P4P A; 5DG9 A; 1N2X A; 4F8R A; 9ICU A; 3KBB A; 1S77 D; 1NJZ A; 3SV3 A; 3AU2 A; 3Q8P B; 3NAS A; 2K8A A; 1DRG A; 1ZQK A; 2QAR B; 1ZQV A; 3QX7 A; 2A1J B; 5KFT A; 4PHP A; 3KD3 A; 4F71 A; 5AI8 A; 5J0Y A; 2EAP A; 2WAQ C; 4C4S A; 3RH4 A; 8ICJ A; 1ZQ1 C; 4LZD A; 3MR2 A; 3PSI A; 1D9F A; 2BPC A; 1QQ5 A; 4I29 A; 4DOA A; 4EEN A; 3I28 A; 4XQ8 A; 3IHQ B; 2XY7 A; 3G6Y A; 1MN8 A; 7ICL A; 5D46 A; 2FDR A; 9ICR A; 3J81 j; 5BPC A; 3BQ7 A; 4RQ7 A; 1X9M A; 4WJ3 B; 2XGP A; 2B6G A; 5C0Y A; 4NLB A; 2AQ4 A; 1TE2 A; 2KSO A; 4QWB A; 4M2Y A; 1ZQX A; 5KG0 A; 2VA2 A; 2HHS A; 3Q8Q B; 3T5L A; 3M8R A; 1JUD A; 4RQ4 A; 4B6J A; 1U49 A; 1KKX A; 2BCV A; 3QUC A; 3SI8 A; 2H3Z A; 4J9O A; 4BWJ A; 2ISP A; 2R8K A; 5KFF A; 3TKA A; 1UT5 A; 4BWM A; 5ALO A; 5AKG A; 2FPK A; 5J0S A; 4F5R A; 4TUP A; 4F4Z A; 5HML A; 3JPO A; 4PZO A; 2W7P A; 2E8P A; 4QJF B; 2ASJ A; 3NRZ A; 2HBJ A; 2ZJA A; 2KZ3 A; 1JRP A; 2R8H A; 8ICI A; 1RDF A; 2FMP A; 4MEX A; 2OCE A; 5L1L A; 3H40 A; 2Q0Z X; 3PX6 A; 5J0X A; 5ALD A; 4GLX A; 2LHT A; 4C4T A; 2KMD A; 4UBC A; 4I28 A; 2N1R A; 4UQG A; 4IQW A; 3FDS A; 4C80 A; 4ECU A; 1PK1 B; 5ALV A; 3MBY A; 4MEY A; 2RHF A; 3QZ7 A; 3ZDE A; 4PJ0 U; 3CW2 C; 4PGY A; 1SV4 A; 2BHN A; 2PI4 A; 5ALF A; 2KIV A; 1COO A; 2EDU A; 1VDV A; 2LBO A; 3QU4 A; 1ZJN A; 1K1S A; 1OUQ A; 2VKQ A; 4YCX A; 4EZ6 A; 4EX7 A; 4J9P A; 4Q43 A; 4ELT A; 4BUG A; 4EBC A; 1UA0 A; 3AM9 A; 4Y2Y A; 4FZM A; 3NTU A; 5KFL A; 4KLF A; 5D49 A; 4F2S A; 5JRT A; 4QZH A; 5DG8 A; 1N48 A; 2BGW A; 4EBD A; 4M6W A; 4ECQ A; 4F4W A; 3LDA A; 4YN4 A; 1NKB A; 5KFW A; 2OHF A; 4MF8 A; 3K75 D; 3EPI A; 3OSP A; 3D2N A; 5EE9 A; 2C28 A; 5J0W A; 2W3R A; 2YQE A; 2RDI A; 4R8U B; 3T5J A; 1ZQE A; 5KT6 A; 5T14 A; 2OWO A; 2PKE A; 4X5V A; 2Y9T A; 1DGJ A; 5AKJ A; 4ECV A; 3VC8 A; 2M9N A; 7ICG A; 3WKE A; 3ZI4 A; 5AIC A; 2FI1 A; 3C1Y A; 2LMR A; 3U26 A; 1DXS A; 2NRV A; 5IIK A; 4NLC A; 5AM0 A; 4Z6F A; 4UAZ A; 2G09 A; 5ALN A; 4ZOH C; 1MA7 A; 3ZD9 A; 2FLP A; 1MC8 A; 3PW5 A; 1ZD3 A; 3KZI U; 3UXN A; 1TAU A; 5KG3 A; 5EE0 A; 1Z1V A; 2HSZ A; 4QWE A; 2ZIX B; 3I76 A; 4EBE A; 2F44 A; 2W8K A; 3BS7 A; 4Y2X A; 4O9M A; 1L3S A; 4IRC A; 3RTV A; 2P35 A; 4RQN A; 2JHD A; 2Y9U A; 1DOQ A; 2ZIW B; 2FJ6 A; 3UMB A; 1Z3E B; 2HVI A; 3MFI A; 4F5P A; 3OJU A; 2VJ5 A; 5KT2 A; 3TAP A; 8ICN A; 2NYV A; 1PVQ A; 1V38 A; 2RDJ A; 2XIC A; 4FZN A; 4Y2T A; 2WTF A; 4NV0 A; 4FBU A; 3QEA Z; 4DSI A; 3M1Y A; 4FZL A; 1NK6 A; 4UB5 A; 3SZ2 A; 4DSJ A; 2K4E A; 4KN4 A; 2JRZ A; 5KT5 A; 3C5F A; 2KZZ A; 7ICR A; 1JAL A; 1BGX T; 3H0L B; 1D9D A; 5AKH A; 2EAO A; 1L8L A; 9ICL A; 4TQR A; 5CEH A; 4DCC A; 1BVS A; 5IIJ A; 5AM2 A; 1ZQM A; 2DPJ A; 1B4F A; 5GTI U; 1RXV A; 1A77 A; 2GH1 A; 2F76 X; 3NS1 A; 4K4H A; 5HR6 A; 5BOM A; 4FFD A; 5KFH A; 2FLN A; 2KIW A; 2GOL A; 4QNL A; 4KLM A; 3NGD A; 2AHO B; 5DLG A; 4U6P A; 1B0X A; 4GIB A; 2I5H A; 2JXJ A; 2XCP A; 4GXJ A; 8ICF A; 5KG6 A; 2G07 A; 4O3M A; 4MFC A; 2QAR A; 2DWQ A; 3ONN A; 2C2E A; 5J0Q A; 3GII A; 2A1J A; 1U45 A; 2KSO B; 1YT3 A; 3TI0 A; 3K1R B; 3V6J A; 5AK5 A; 1IM4 A; 4YVZ A; 2IHM A; 4PL2 A; 4F50 A; 1X9W A; 1V85 A; 1ZQA A; 4UW9 A; 4YP3 A; 1D8Y A; 2MUT A; 3BZC A; 3SAF A; 3LK9 A; 3CNH A; 1ZQR A; 1MQ3 A; 1T4G A; 2LPE A; 2JGA A; 2RP5 A; 3ED5 A; 3RJH A; 4RT3 A; 1BNO A; 2WAQ F; 1SXE A; 1X40 A; 1N61 A; 2XI9 A; 4Z6E A; 1U4B A; 3PW0 A; 2ZTC A; 2W3S A; 4O5C A; 2KKP A; 1O03 A; 1Z19 A; 1NK5 A; 2R8G A; 1KN5 A; 1QH9 A; 2KZM A; 4PL1 A; 5ALQ A; 4A8E A; 5J8Y A; 1N5X A; 5III A; 3Q8S B; 5AM3 A; 1ZJM A; 1BPY A; 3A0B U; 2HCF A; 2KIC A; 5AM5 A; 1SWW A; 2C2R A; 4F91 B; 5BOL A; 3R9K A; 3UMC A; 4OJL A; 1M6Y A; 4FS2 A; 1S8O A; 2OEH A; 1XWL A; 2VJ4 A; 4TQS A; 2IBK A; 2BQU A; 1S0V A; 1FO4 A; 1ZQO A; 5TIS U; 5ALT A; 1JX4 A; 3H8M A; 3HWT A; 1BPE A; 4DO9 A; 1J2M A; 3QXG A; 5EWG A; 1LVH A; 5KFY A; 3RAX A; 2WFA A; 4PHA A; 3M7D A; 3K1Z A; 1NZB A; 2YMM A; 3JPR A; 2JMG A; 3AQE A; 4Q44 A; 3BDP A; 3KHR A; 5KFA A; 1YZ7 A; 4UAR A; 2HOQ A; 3T79 A; 2ODG A; 5KFG A; 3N97 B; 8ICK A; 3MGI A; 3HW8 A; 8ICX A; 4IR1 A; 2UVV A; 2KVC A; 5EWE A; 3RJI A; 9ICO A; 2QB0 B; 1LB2 B; 2UVW A; 4B9U A; 4QZE A; 2E1F A; 3LWM A; 4DSF A; 4O0I A; 2DQN B; 1NJY A; 4ICA A; 9ICK A; 3RB3 A; 3E0F A; 3GIJ A; 4PGX A; 3GIL A; 3Q8L A; 4P4O A; 2F2A B; 2J6U A; 2ASD A; 1F44 A; 4UAU A; 1C20 A; 4O3S A; 1HUZ A; 1TAQ A; 2GLE A; 3PMN A; 1PK3 A; 4BXO A; 2K4P A; 2C2D A; 5AIB A; 4NWI A; 1UHU A; 4YG2 A; 2IOF K; 3UMG A; 2XID A; 2AH5 A; 2OYY A; 3F53 A; 1T94 A; 1UA1 A; 2HHQ A; 9ICW A; 1T3N A; 3SAG A; 3PNC A; 2KK0 A; 2C22 A; 2CN1 A; 4QIW C; 2PXI A; 3G6X A; 1EXN A; 5J0U A; 2XY6 A; 1XO0 A; 4Z6D A; 5J2B A; 4OJ5 A; 2PFP A; 2WF9 A; 5KFE A; 3UPQ A; 4DL2 A; 4EZ9 A; 1Z4O A; 3BQT A; 4EYI B; 4PHD A; 2ATL A; 3DEE A; 5DKW A; 4DSK A; 3O0F A; 4QWA A; 3C2K A; 1YZ6 A; 1ECW A; 5H2F U; 4LZG A; 1UT8 A; 4EX6 A; 4KLD A; 3KHL A; 3Q8M A; 2HHV A; 3NRW A; 1JIH A; 4C7Y A; 1J97 A; 1ZRM A; 2KG5 A; 2CRX A; 3N7P D; 5AI4 A; 4P0Q B; 3THV A; 4R64 A; 1JRO A; 4OCZ A; 1LV5 A; 2NRX A; 5B5E U; 4R63 A; 5KG2 A; 1V9P A; 4EEK A; 4M47 A; 4F3O A; 2F77 X; 3SEI A; 1NKC A; 4B9T A; 2VA8 A; 3NVV A; 1MSW D; 4C4R A; 1SKS A; 5J2I A; 4F93 B; 3GU3 A; 3WU2 U; 5G5G A; 3ZD8 A; 3RH5 A; 3OGU A; 2W03 A; 2XGQ A; 1URJ A; 3GZF A; 3H8S A; 1L3V A; 3RB6 A; 4RQ8 A; 3QU2 A; 7ICQ A; 3M9N B; 2LM4 A; 2P66 A; 2HI0 A; 1QCK A; 4C8M A; 5IIM A; 4M9G A; 2BZF A; 5KFM A; 2WF6 A; 2ISO A; 2VIX A; 2HMX A; 4QZD A; 8ICS A; 2ZIV A; 1L7P A; 4Z6C A; 3D2Q A; 1L3U A; 1A0P A; 2W54 A; 2M0N A; 2IOF A; 4J9S A; 2NRW A; 5ALG A; 2NO4 A; 4J9N A; 4Y2R A; 3WK7 A; 3KZX A; 3GFK B; 4GXK A; 5J2F A; 2PMZ C; 5HP4 A; 4JWN A; 3C5G A; 3F2D A; 3C2M A; 3PY8 A; 2MUT B; 4NL9 A; 5L1M A; 1CUK A; 1ARO P; 1F0M A; 5KFO A; 1T7P A; 3WK9 A; 1IIP A; 5J2G A; 5AKI A; 2EAN A; 5DB6 A; 2BPF A; 4I2G A; 1A76 A; 2DKZ A; 2ZTE A; 2XVT A; 3MR3 A; 4QWC A; 4YXJ A; 3PR4 A; 1S0N A; 2JV3 A; 1OXJ A; 2I9G A; 1N56 A; 3GDX A; 3ETR A; 4ED6 A; 5DB8 A; 2OXO A; 1Q8K A; 3WK4 A; 1BPX A; 4DQR A; 5CWR A; 4NLN A; 2BQR A; 4RQ0 A; 1U48 A; 2B0C A; 2E3T A; 7ICS A; 1PZN A; 3OPX A; 2HOI A; 4CF4 A; 4YQW A; 3PW4 A; 5KFS A; 1S5L U; 3SMV A; 4JV2 A; 4BX9 C; 4YR3 A; 3HP6 A; 3GV7 B; 3L5K A; 1ZQT A; 4QWD A; 5KFR A; 3RFA A; 4CNQ A; 2KJ8 A; 1ZQP A; 4DFJ A; 2W04 A; 1S9F A; 4QZC A; 1X6I A; 4QW8 A; 4DFK A; 2YB1 A; 1NK7 A; 2UVR A; 5ALW A; 2IOH A; 7ICJ A; 4RQ3 A; 3WK5 A; 3IG8 A; 4UAW A; 3PSF A; 1L7M A; 4I2B A; 5AKL A; 5KAI U; 3N28 A; 2F1I A; 1ZQD A; 4FE3 A; 4QZ9 A; 2GO7 A; 4MHV A; 4MF2 A; 4O3P A; 2K60 A; 4KTQ A; 4I2I A; 5AI9 A; 2KNJ A; 1QLN A; 5CA7 A; 4B9M A; 5ALH A; 5J2E A; 4FBT A; 1RG6 A; 5HHI A; 3UM9 A; 1KLN A; 1CEZ A; 4UAS A; 3JPQ A; 3RF9 A; 5KFZ A; 2JH7 A; 4I2E A; 4KLT A; 5KT3 A; 1F5S A; 2PFQ A; 1ZQJ A; 4US9 A; 5J2C A; 1ZQI A; 2EQY A; 2GWS A; 2DF4 B; 2QB0 A; 4ED8 A; 3HPO A; 9ICJ A; 5KFV A; 4BXO B; 3C2L A; 4UB4 A; 2BR0 A; 5KFN A; 3RJF A; 4TUQ A; 1SKR A; 4QZA A; 2KFN A; 4F2R A; 5DB9 A; 4PZN A; 2XC9 A; 5CJ7 A; 5F3X B; 4F4X A; 5KFK A; 1PVP A; 1KQQ A; 5KFD A; 3OHA A; 2W9C A; 2DGZ A; 5ALS A; 1JI7 A; 3RAQ A; 8ICC A; 3QUQ A; 5A0L A; 2QKQ A; 5DBA A; 1KDH A; 4IRK A; 1XSN A; 2CPR A; 2DBY A; 1L8O A; 4UAY A; 4DOB A; 4ECS A; 4YMM A; 4DL3 A; 5EOZ A; 2AGP A; 2YN4 A; 3BQ0 A; 2DFL A; 2ZUB A; 4ACO A; 4EEL A; 4CRX A; 3QU5 A; 3WK6 A; 1Y88 A; 3TAC B; 4ECY A; 2OM6 A; 8ICA A; 4PHE A; 3UQ2 A; 2G5H B; 4TUR A; 1MQ2 A; 3IP4 B; 3M8S A; 4J03 A; 4J9K A; 8ICY A; 4F5Q A; 5CR0 A; 3E58 A; 5DBB A; 1Q3U A; 1JXE A; 4XUS A; 4KMU A; 2FPL A; 1WYG A; 4QIW F; 3AUO A; 1WUD A; 3N7R C; 3NVY A; 5L1J A; 1JMS A; 4O3O A; 4ED3 A; 1FFU A; 3AEV A; 4Y2V A; 4P0Q A; 3OSN A; 4YMO A; 9ICM A; 4RQ6 A; 4RNM A; 2MA1 A; 2HDO A; 3VCB A; 1XU4 A; 1NOM A; 4IQV A; 2ZIV B; 3EYZ A; 2WB1 C; 2AGQ A; 9ICP A; 4AP9 A; 1RPL A; 1XSL A; 3TAD C; 2HHT A; 3AQF A; 2HVH A; 5J0R A; 1NJW A; 2PI5 A; 3AU6 A; 5AHX A; 3D2S A; 1SL1 A; 5KAF U; 7ICP A; 1KW4 A; 4FO6 A; 4NM1 A; 3QZ8 A; 3M6Z A; 5KG7 A; 3DDH A; 1ZQS A; 1ZQQ A; 2ALZ A; 3MDA A; 2AU0 A; 5HR7 A; 7ICM A; 2K4H A; 2KJ9 A; 4R65 A; 3SD7 A; 2DUY A; 4BDP A; 3CP8 A; 3N7S C; 3MDC A; 2HBK A; 2K8B B; 1IV8 A; 3H8W A; 2WF5 A; 1BPB A; 4I2D A; 4RNN A; 2JEI A; 2IMW P; 5L1K A; 3F5E A; 3GIM A; 1Z1B A; 3AN1 A; 3JPS A; 5KFQ A; 2KVS A; 2BCQ A; 2W9A A; 3OTQ A; 3PML A; 3TAN A; 1XSP A; 4KLO A; 4Y2P A; 4YD1 A; 1NK8 A; 2QLT A; 2PMZ F; 3V72 A; 1KEJ A; 4ECX A; 1NK9 A; 1Z00 A; 2D8C A; 7ICE A; 2EAM A; 1XNS A; 2P6R A; 2P6U A; 3TFR A; 3ZDA A; 1OW5 A; 3BS5 A; 1HIW A; 4RT2 A; 5AIA A; 4DLG A; 3SR6 A; 1D8L A; 5AK6 A; 2EZY A; 4GFJ A; 2YX8 A; 1KFD A; 5KG4 A; 3C23 A; 3I1Y A; 4TUS A; 3ISB A; 4C8L A; 3C29 A; 1SB3 C; 3LVW A; 3MAB A; 4GC7 A; 3AMZ A; 3T5K A; 1JXL A; 1SZH A; 3UXO A; 4NM2 A; 1HEK A; 9ICQ A; 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