The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
72
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structure length |
72
|
Chain Sequence |
YSFYQFVMTVRGRHDDKGRLAEEIFDDLAFPKHDDDFNILSDYIETHGDFTLPMSVFDDLYEEYTEWLKFLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of UPF0346 from Staphylococcus aureus. Northeast Structural Genomics target ZR218.
rcsb |
| molecule keywords |
UPF0346 protein MW1311
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Staphylococcus aureus subsp. aureus
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| total genus |
24
|
| structure length |
72
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| sequence length |
72
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-12-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06855 | YozE_SAM_like | YozE SAM-like fold |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | YozE SAM-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KVS A; 2FJ6 A; 2O6K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BX9 C; 3RAQ A; 2KIW A; 4QIW F; 1SZP A; 3IRU A; 3WK5 A; 3DEE A; 5J0X A; 2XY5 A; 2IHN A; 1BNP A; 1RYS A; 2NRW A; 5D49 A; 2KFZ A; 1JN3 A; 2ZJ8 A; 3C1Y A; 5CJ7 A; 3Q8Q B; 5ALO A; 3K75 D; 2Y0S F; 5DGA A; 2B0C A; 2KV2 A; 5DQH A; 9ICQ A; 1YT3 A; 1ZQN A; 2IOH A; 4OJ6 A; 2PFO A; 5DG8 A; 1SKR A; 4O3N A; 3GQC A; 3SV4 A; 1XSP A; 2AHO B; 2FI1 A; 2VIX A; 4DF8 A; 2BPG A; 2VA8 A; 3V6H A; 2KVC A; 3M9N B; 1ZQH A; 1JRP A; 7ICV A; 3UQ0 A; 1XSL A; 4EZ6 A; 2BCR A; 1EXN A; 1DGS A; 4RQM A; 5AKY A; 1VDV A; 4B9S A; 3NAS A; 4O3M A; 4PL1 A; 4PHD A; 2WF6 A; 5DDM A; 1JAL A; 2XID A; 2YTU A; 4FZN A; 3QUC A; 4B6J A; 3H0M B; 3RAX A; 5KFJ A; 3JPT A; 3B0Y A; 4YMM A; 1J97 A; 1SIJ A; 1NK0 A; 3BQT A; 3Q8S B; 1KBU A; 3IHQ B; 2YB4 A; 1CI4 A; 1DRG A; 4F8R A; 1KW4 A; 4C4R A; 3CW2 C; 4DF4 A; 8ICV A; 4WJ3 B; 4DSL A; 3MR2 A; 2KTQ A; 1XO0 A; 3ZD8 A; 4BXO A; 4J9P A; 3MR6 A; 4ACO A; 4QZD A; 1SKW A; 4P4M A; 3AN1 A; 3KKA A; 4CE6 A; 3MAB A; 4ED0 A; 1URJ A; 2ZJA A; 3C21 A; 4EYH B; 3F5E A; 1ZQI A; 4PGQ A; 2A1A A; 3IG8 A; 4PHA A; 1L3V A; 3KBB A; 2KNJ A; 4R66 A; 3QX7 A; 3TAC B; 2KZ3 A; 2E8N A; 2PKE A; 2C22 A; 2HOQ A; 2ZIV B; 4QJF B; 3FYH A; 2DPJ A; 5KFD A; 1XWL A; 4KLH A; 4F5P A; 1ZQD A; 4C8M A; 4QZF A; 3HKZ F; 2IOF K; 2M0N A; 1B22 A; 3CYM A; 5AM2 A; 5J2F A; 2FLP A; 1CUK A; 5JU5 A; 3RB3 A; 4ECW A; 5AK5 A; 1RG6 A; 5KFP A; 4MF2 A; 2WB1 C; 2YMM A; 5ALT A; 3KZI U; 3RR8 A; 3WKD A; 1FFU A; 4RNN A; 4ECQ A; 5KFA A; 2WF5 A; 2W04 A; 1QTM A; 3NUQ A; 2E1F A; 4UAS A; 4YG2 A; 4DL4 A; 4B9M A; 2N1R A; 2KKV A; 3UMC A; 1QSS A; 1ZQM A; 3PX4 A; 1K5O A; 2RDI A; 3DDH A; 3ZDA A; 1IV8 A; 3HPO A; 3R9K A; 4EBD A; 1V85 A; 2NYV A; 2H3Q A; 3PML A; 1SXE A; 4DL5 A; 3WKE A; 3NTU A; 1U45 A; 4USA A; 1WYG A; 4BJQ A; 8ICF A; 2F1I A; 3KHG A; 1TAQ A; 2ZIX B; 5KFS A; 2KHV A; 3WK9 A; 4EEN A; 3GV5 B; 1NK9 A; 4KLT A; 5CR0 A; 5EE3 A; 2J6T A; 5KFE A; 4GC6 A; 8ICL A; 4UB1 A; 2HHS A; 4JWM A; 3BS5 B; 1FFV A; 4I29 A; 5KG0 A; 4TQR A; 2W9C A; 2V4R A; 2JEG A; 3EPG A; 4KN7 A; 4DQS A; 4DFP A; 2ALZ A; 1NK7 A; 4JK1 A; 7ICQ A; 1T3Q A; 3G6X A; 5EE9 A; 4OCZ A; 3HIL A; 4QZH A; 1Z3E B; 3V6J A; 5B5E U; 3KZX A; 2I9G A; 4Y2J A; 2XGP A; 1ZQU A; 4QW8 A; 4R8U A; 3GDX A; 3RJK A; 5GTI U; 4BWM A; 4DFJ A; 4J9O A; 1T4G A; 3EUB 2; 4EYI B; 2HI0 A; 1X9W A; 1T7P A; 1S9F A; 1KN5 A; 4B9V A; 2YN4 A; 3BS7 A; 3K1R B; 3WKA A; 3GII A; 4EX7 A; 1KL9 A; 1ZJM A; 4ECX A; 4DWI A; 2HHW A; 4UAU A; 4DLE A; 2R8I A; 5KFK A; 8ICX A; 5KFR A; 2DKZ A; 4JUZ A; 4K4H A; 4MEX A; 1K1S A; 2ASL A; 3ORY A; 4RQ3 A; 5KFH A; 2FMQ A; 5G5G A; 2E3T A; 3LWM A; 8ICW A; 4F5N A; 2UVR A; 2VA3 A; 1X66 A; 2E8O A; 5KFT A; 4KMO B; 3MBY A; 2CPR A; 2WF9 A; 2JEI A; 1XC9 A; 5ALL A; 5L1J A; 3D2N A; 2JZB A; 2I5H A; 5DLG A; 2ASD A; 1X6I A; 3PW0 A; 5KFF A; 2JHD A; 1L3U A; 7ICM A; 2A1J A; 3ED5 A; 1KFS A; 1ZQB A; 2BQR A; 3BQ1 A; 1BPX A; 4P0Q A; 2NRV A; 1DOQ A; 3WK7 A; 4F71 A; 4C8N A; 3WKC A; 5AK6 A; 4YMN A; 1QQ6 A; 2BZF A; 5EE0 A; 4M9J A; 2QB0 A; 2Z7J A; 4GXJ A; 1BNO A; 4P4O A; 3PV8 A; 3PSI A; 4PJ0 U; 1NJZ A; 3N28 A; 4PGX A; 2PXI A; 3TQ1 A; 3QUB A; 4F5Q A; 4J9M A; 2BCQ A; 1U48 A; 3IV6 A; 3OSN A; 2ES6 A; 5C0Y A; 1K1Q A; 2K8B B; 4M0A A; 5AIA A; 2WF7 A; 2GO7 A; 5CB1 A; 3ISD A; 1ZQL A; 5L1M A; 4I2J A; 2KIV A; 1NK4 A; 5ALF A; 1V97 A; 1IIP A; 4UB3 A; 5KFY A; 2G0A A; 2LYH A; 4RQN A; 9ICV A; 3GFK B; 1O08 A; 3PR4 A; 2C28 A; 4YR2 A; 3SR6 A; 2BGW A; 1YZ6 A; 2FPL A; 3AU2 A; 4O3Q A; 1X9S A; 2CN1 A; 1NJX A; 1S5L U; 5GTH U; 5HHI A; 3RJI A; 4NLK A; 2W3S A; 3H8S A; 4DSF A; 1B0X A; 2HSZ A; 2W9B A; 4UB6 U; 7ICS A; 1MQ3 A; 2ZIW B; 2IA6 A; 4FBT A; 5L9X A; 3ZDE A; 2QKQ A; 9ICJ A; 1C7Y A; 1SB3 C; 1ZQQ A; 4Z6F A; 4TUS A; 2W9A A; 2ZG6 A; 1Z4N A; 5DBA A; 3CP8 A; 3H0R B; 3TAP A; 2OYY A; 3F5A A; 4UAW A; 3QXG A; 4QZ9 A; 3QZ7 A; 4CCH A; 2C2R A; 7ICJ A; 4ELU A; 3IP4 B; 5ALW A; 2BDU A; 1Q8K A; 1RXW A; 2WHE A; 5HNK A; 4NV0 A; 3RH5 A; 4ELT A; 1X2I A; 2VKQ A; 2DL0 A; 1S8O A; 2QAR B; 4ED7 A; 1BVS A; 4KLF A; 3M9O B; 2HBK A; 4CDG A; 1IXR A; 3E0F A; 4BGD A; 4ECY A; 4MFA A; 3RH6 A; 4ZOH C; 3RJH A; 4GFJ A; 1J2M A; 3PX6 A; 2OCE A; 5AIB A; 2BCV A; 3GV8 B; 3TI0 A; 3QUT A; 2KG5 A; 5AKJ A; 5D46 A; 3WK6 A; 3WK4 A; 3ALR A; 2DFL A; 3RBD A; 2BCS A; 3CRX A; 9ICC A; 5KT6 A; 1XNS A; 4YCX A; 3RRH A; 3C5F A; 5HMM A; 3B9J A; 3ISB A; 3ETR A; 4DQI A; 2G06 A; 4DL7 A; 4OJP A; 4O5C A; 3H8J A; 4HAI A; 3IDW A; 2MU2 A; 4B9U A; 4I2A A; 3OJS A; 3PO4 A; 4QWB A; 2KVS A; 2ZTC A; 5J2B A; 4EZ9 A; 4M9H A; 2BPC A; 1BPD A; 4G9B A; 4QW9 A; 4F4Z A; 1NI3 A; 1ZD2 P; 3AQE A; 2DF4 B; 1ZQR A; 5AI6 A; 4EEY A; 2YQE A; 3TAD A; 2WF8 A; 2VAN A; 5AK4 A; 1SWW A; 1ED1 A; 1KEJ A; 2LM4 A; 1ZQJ A; 4CRX A; 2W9M A; 4UB2 A; 2XVT A; 3NVY A; 2HOI A; 3JPS A; 9ICS A; 4GLX A; 1LKY B; 2OWO A; 3QU2 A; 4C4S A; 2E8P A; 2P6U A; 5DKW A; 3H4D A; 2J6S A; 1OXJ A; 5CA7 A; 4X5V A; 3Q8R B; 1Z00 B; 4UB4 A; 2XGQ A; 9ICP A; 2H3F A; 2DKX A; 4F5R A; 4QZG A; 3C5G A; 5ALX A; 1XO1 A; 4PZN A; 3N7R C; 4GC7 A; 1RYU A; 3QZ8 A; 2G08 A; 2UVV A; 2MAX A; 3ONN A; 2C2D A; 2C2E A; 1ZD4 A; 2GH1 A; 3GIL A; 1TE2 A; 5ALG A; 3T5H A; 2LKY A; 1QSY A; 2H3I A; 5AI4 A; 3OGU A; 2AXT U; 2ZJ5 A; 2YX8 A; 3N7S C; 5F9L A; 4Z6E A; 4DLG A; 3L4P A; 3HW8 A; 2HVI A; 2R8G A; 3SEI A; 3SAG A; 4YR3 A; 2RQ5 A; 1Q46 A; 5AM3 A; 3UXN A; 3BDP A; 4YP3 A; 1ZQP A; 2LHT A; 3H8W A; 2E1E A; 1TK8 A; 5AKI A; 4NM2 A; 5AM0 A; 3MGH A; 4F4Y A; 2RLT A; 4RQ0 A; 2BPF A; 5DDY A; 7ICG A; 2XY7 A; 2XO7 A; 8ICP A; 3SI8 A; 3RJJ A; 4M6W A; 2RP5 A; 4AP9 A; 1D8Y A; 5ALV A; 5ALE A; 3B0X A; 2P35 A; 3SMV A; 2EAM A; 4DFD A; 1DGJ A; 4EBE A; 5A0L A; 4IRC A; 1LB2 B; 4BXO B; 2KIC A; 1DK2 A; 4ED2 A; 4RQ7 A; 2B6G A; 7ICK A; 2KE7 A; 2WTF A; 3RR7 A; 4DSK A; 3OHB A; 2UVW A; 4PL2 A; 1SWV A; 3F2C A; 9ICG A; 1PVP A; 3EPI A; 3NVZ A; 2EQY A; 3PO5 A; 3A0H U; 4UQG A; 4IQV A; 4O3R A; 2LM1 A; 2EZZ A; 3UXO A; 5KG7 A; 5C5J A; 4HYK A; 1MA7 A; 4FZL A; 1S0O A; 1LV5 A; 4UW9 A; 4ICA A; 4O9M A; 9ICB A; 4RPX A; 3PR5 B; 2HBJ A; 1WWU A; 4UBB A; 2HVH A; 4QIW C; 4JV1 A; 2DQN B; 4DQQ A; 1S0V A; 5IIO A; 8ICQ A; 7ICF A; 3HWT A; 1ZQG A; 1NK6 A; 1RXV A; 5TIS U; 3OHA A; 2RHF A; 1SL2 A; 5KFB A; 3LWL A; 2JV3 A; 2Y0S C; 1S97 A; 5ALP A; 3V7J A; 5AKE A; 2W54 A; 3QEB Z; 2ZUD A; 1WWV A; 4C4T A; 1OUQ A; 3UPQ A; 3PSP A; 3CNH A; 3UXP A; 2MA1 A; 5ALQ A; 4RNM A; 2EAP A; 1S10 A; 3DV9 A; 1L5U A; 4JMU A; 1U49 A; 4QNL A; 1YZ7 A; 1L6N A; 4YN4 A; 2BDP A; 4PHP A; 3PVX A; 2BR0 A; 5KG3 A; 5DB8 A; 5KFN A; 4KLD A; 5J2J A; 4KLL A; 5BOM A; 2BHN A; 2LYB A; 4RT3 A; 1L8L A; 3H4B A; 2EAN A; 2I1Q A; 1N48 A; 2IBK A; 4GIB A; 4I27 A; 2F2A B; 4RZR A; 9ICM A; 2MRL A; 3KD3 A; 4DSE A; 2PMZ F; 4OJL A; 4US8 A; 2GOL A; 2ZXH A; 3HJE A; 4ECV A; 4MHV A; 1ZQW A; 4NLC A; 2A3V A; 2GWS A; 2CXY A; 4R8U B; 4UAY A; 4XRH A; 2OH2 A; 5IIK A; 4KLQ A; 2HHT A; 8ICT A; 3C2K A; 5KFL A; 2KD1 A; 3NRW A; 3MDA A; 1SV0 C; 4UAV A; 4I2H A; 1A76 A; 4O3O A; 9ICX A; 1HEK A; 4LZD A; 2AQ0 A; 4NL9 C; 5J8Y A; 4GXI A; 1F5S A; 8ICO A; 3RFA A; 2ZXI A; 3SD7 A; 2XC9 A; 3PMN A; 2JEF A; 2AJQ A; 4PHE A; 4UB8 U; 3IN5 A; 5AKG A; 3HKZ C; 1NJW A; 9ICK A; 2KK0 A; 4ZH4 A; 2D6F C; 2IOF A; 5KG2 A; 5TZV A; 1TVA A; 4B9L A; 4KLO A; 2A1J B; 4PZO A; 2W55 A; 1QSL A; 4P0Q B; 4ECR A; 2NV3 A; 1Z1V A; 4M2Y A; 1B4F A; 1NJY A; 1X6J A; 2VJ5 A; 2KMD A; 3GV7 B; 3TKA A; 3G6Y A; 5J2C A; 1L7M A; 1ZYQ A; 1HJP A; 4ELV A; 8ICR A; 4BUG A; 3ETL A; 1TK5 A; 1Q3U A; 7ICR A; 4I2E A; 3SAF A; 5J0R A; 1KRP A; 1A77 A; 2LPE A; 8ICS A; 5HR7 A; 5DG7 A; 8ICZ A; 2K4E A; 5HML A; 5KT5 A; 4G3I A; 3KHL A; 2BKE A; 3GIM A; 3AU6 A; 2ZUC A; 3AQF A; 1P7D A; 2R8J A; 3BS5 A; 4BWJ A; 2J6U A; 5JUM A; 3KOO A; 5DB9 A; 4KLM A; 2GLE A; 2LI6 A; 3TAQ A; 4I2I A; 4IR9 A; 4Y2R A; 5EOZ A; 3G6V A; 1CEZ A; 2F8K A; 4J03 A; 9ICL A; 5HR6 A; 2W03 A; 5HP4 A; 4UAR A; 2LBO A; 4I2B A; 1NKC A; 1MSW D; 2FLN A; 3SEN A; 3GU3 A; 1NK5 A; 1S76 D; 5ALU A; 9ICT A; 4JWN A; 3J81 j; 9ICA A; 1NNL A; 1BPY A; 1XS9 D; 2RRD A; 4UAZ A; 2W9B B; 5J0Q A; 3THV A; 3I76 A; 3V7L A; 5CP2 A; 3M1Y A; 3Q8M A; 2KN7 A; 8ICB A; 3RJG A; 5AKK A; 1S0M A; 2PI5 A; 4QWD A; 4IQW A; 4Q43 A; 4KX3 A; 2ZIU A; 3RRG A; 1ZD5 A; 4O5K A; 3O0F A; 1HUO A; 3ZDD A; 4JV2 A; 4RU9 A; 4YXJ A; 1RYR A; 1MN8 A; 4FO6 A; 1ZQF A; 5KAF U; 2YMP A; 2W7P A; 3MFI A; 4JB3 A; 4LJX A; 5ALS A; 3TFS A; 2KJ9 A; 3SAH A; 3JPN A; 2IHM A; 5J2A A; 4FZM A; 4QZA A; 4FFD A; 3FM9 A; 5DG9 A; 2HOF A; 2EZY A; 3QU9 A; 4MFC A; 1HUZ A; 3PY8 A; 3QYP A; 3BQ0 A; 2NO5 A; 2B21 A; 2OEH A; 2NRZ A; 1N2X A; 5KFZ A; 3PSF A; 1KSP A; 5EWG A; 2YML A; 3FC4 A; 1O03 A; 9ICH A; 8ICI A; 1JMS A; 1PUZ A; 4DOA A; 3H40 A; 4YVZ A; 4QZI A; 2R8H A; 2VA2 A; 1ZRN A; 1SKS A; 2KJ5 A; 3PST A; 5J0O A; 5KT4 A; 4AYB F; 2EAO A; 1FO4 A; 1ZJN A; 4M04 A; 2JH1 A; 4Y2U A; 3HX0 A; 1QH9 A; 4RQ4 A; 4F50 A; 8ICG A; 2R18 A; 5J0P A; 2EZX A; 1HIW A; 1NOM A; 4DEZ A; 1U47 A; 5DB7 A; 3MR3 A; 4J9Q A; 1ZQE A; 3GIJ A; 1UA0 A; 3KHH A; 2KSO A; 5KT7 A; 3T5L A; 1Z4O A; 1ZXI A; 1L7P A; 2ZIW A; 7ICE A; 3TAN A; 2EH9 A; 3RBE A; 5DB6 A; 2JR5 A; 9ICF A; 4XA5 A; 1ZQT A; 5DGB A; 1D8B A; 3NRZ A; 3M6Z A; 2XCP A; 5III A; 1TFR A; 4NM1 A; 5AHX A; 1WUD A; 3UMB A; 1TAU A; 2NRT A; 4NLB A; 4RT2 A; 3S6J A; 1ZQS A; 2F77 X; 3L5K A; 4J9K A; 2ATL A; 2MUT A; 1ZD3 A; 2O6K A; 1N63 A; 4P2H A; 2VJ4 A; 2K8A A; 2R8K A; 2OXO A; 4Q44 A; 3C2M A; 4EEL A; 4TUP A; 5J0W A; 3AMZ A; 3IM1 A; 4ECT A; 2HHV A; 9ICU A; 3JPQ A; 1F0M A; 4KX5 A; 2L5Y A; 2ZTD A; 1JI7 A; 3N97 B; 4US9 A; 2G07 A; 4UB5 A; 2ZUB A; 2P66 A; 4NY8 A; 1RPL A; 5B66 U; 3TFR A; 5EWE A; 3A0B U; 2PI4 A; 3KTQ A; 1X9M A; 4M6W B; 5ALD A; 1SGG A; 4Y2Y A; 2JH7 A; 1L7N A; 5E79 U; 4B9T A; 8ICM A; 3U26 A; 3GZF A; 5KFX A; 5KFU A; 1S0N A; 4F5O A; 2K60 A; 2WFA A; 4O0I A; 5JTI A; 3C28 A; 3F2D A; 7ICN A; 3ICX A; 4DS5 A; 5ALM A; 4KN4 A; 5T14 A; 1FIQ A; 4O5E A; 5BOL A; 2FMP A; 3JPP A; 4CF3 A; 4KMU A; 2D8C A; 5J2G A; 3AUO A; 2QLT A; 2K4I A; 5AI8 A; 4OD0 A; 2HMX A; 4DL2 A; 3EWA A; 3TAD C; 3SQI A; 5KG4 A; 5KFO A; 4R64 A; 4J9N A; 1UCV A; 1WG8 A; 4IS7 A; 5IIM A; 4QZB A; 2PFN A; 2KKP A; 4R65 A; 4TUQ A; 4P0P A; 5J0S A; 4IRD A; 4I2D A; 4F4W A; 2H5X A; 4YD1 A; 4RNO A; 2V9W A; 1UA1 A; 2CRX A; 2UVU A; 3OSP A; 4Y2Q A; 3M8S A; 1TKD A; 3EW9 A; 1L7O A; 2KP7 A; 4JV0 A; 1JIH A; 3TAR A; 1PK3 A; 1VJ5 A; 1L8O A; 1ZRM A; 1D8L A; 1GO3 F; 1JRO A; 1ECW A; 3UMG A; 4A8E A; 1PK1 A; 4DQP A; 2BQU A; 3LVV A; 4IRK A; 3L3F X; 4FE3 A; 5K4L A; 2K8C B; 3E58 A; 2ISO A; 4C7Z A; 4I2G A; 4O3P A; 2G5I B; 3BJY A; 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