The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
93
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structure length |
93
|
Chain Sequence |
MTLHSWLDRYEKILASRGIKQKTLINYMSKIKAIRRGLPDAPLEDITTKEIAAMLNGYIDEGKAASAKLIRSTLSDAFREAIAEGHITTNHVA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystallization and structure determination of the core-binding domain of bacteriophage lambda integrase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Integrase
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Unidentified phage
|
| total genus |
36
|
| structure length |
93
|
| sequence length |
93
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-02-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02899 | Phage_int_SAM_1 | Phage integrase, N-terminal SAM-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1A0P A; 1Z19 A; 1Z1B A; 2A3V A; 1KBU A; 2KIW A; 2KJ5 A; 1Q3U A; 1MA7 A; 5CRX A; 2HOI A; 3C28 A; 2KJ9 A; 2KD1 A; 1DRG A; 3CRX A; 3LYS A; 2CRX A; 2KEY A; 3NRW A; 1CRX A; 1OUQ A; 4A8E A; 2KHQ A; 1PVQ A; 1F44 A; 2KJ8 A; 3MGV A; 2KHV A; 2KKP A; 1XO0 A; 3C29 A; 1XNS A; 4ACO A; 4CRX A; 1PVP A; 2HOF A; 2KKV A; 2OXO A; 1Q3V A; 1PVR A; 1NZB A; 1P7D A; 2KOB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JB3 A; 4CF5 A; 4YD2 A; 1LKY A; 1IIP A; 5DBA A; 3V6H A; 5AKL A; 5DGB A; 3PNC A; 2YN4 A; 2UVV A; 1J2M A; 2L5Y A; 4EBC A; 4KX5 A; 2PI4 A; 4RNO A; 3T5H A; 2XY5 A; 2OHF A; 1ZQE A; 4CRX A; 4P2H A; 4UW9 A; 4UAR A; 1C20 A; 4DFD A; 4DSK A; 2GLE A; 2NRW A; 8ICN A; 4PHD A; 3BQ7 A; 5DB6 A; 4PHP A; 2K8C B; 2KE7 A; 3QE9 Y; 2K60 A; 1XC9 A; 1U4B A; 2HHW A; 5J0O A; 1ZOL A; 5HMM A; 2Y1J A; 2FPL A; 4UB2 A; 3QU2 A; 3OHA A; 4NL9 C; 3RJK A; 4Y2J A; 2MUT A; 1KFT A; 1KFS A; 1N5X A; 4QJF B; 3GIK A; 3OTQ A; 8ICH A; 4MF2 A; 4DQI A; 5ALX A; 1TK5 A; 8ICI A; 5BOM A; 4Y2X A; 3WK6 A; 4O5C A; 4M9H A; 4QW8 A; 1ZQI A; 4ECS A; 2PXI A; 2E5S A; 3MGV A; 2R8I A; 3RH6 A; 3UMG A; 2A1J B; 2O6K A; 1ZQM A; 1S0V A; 4R66 A; 1ZQW A; 4C8M A; 2HI0 A; 4IS7 A; 2VA2 A; 4NLN A; 2HBJ A; 4OJL A; 4C4R A; 1B4F A; 3M6K A; 1ZQF A; 5KFL A; 2C28 A; 2F2A B; 4KTQ A; 2W9C B; 8ICC A; 1DRG A; 2W8L A; 4MHV A; 2I6X A; 2IHN A; 1T4G A; 3TAR A; 1BPE A; 2W9B B; 3IDW A; 3C5G A; 5F9L A; 4DQP A; 3EPI A; 4PHA A; 4UAZ A; 1L8O A; 5HR6 A; 3BDP A; 1S0O A; 4GLX A; 5KFW A; 4R64 A; 3GQC A; 4F8R A; 3SMV A; 5KFH A; 4O3N A; 2IOF K; 5G5G A; 9ICJ A; 4YXM A; 3PVX A; 5F3X B; 3L3F X; 1QSY A; 1SL0 A; 4P0P A; 5J8Y C; 1ZJM A; 3RBE A; 3TAQ A; 3PX4 A; 5KFI A; 2Y0S C; 1C7Y A; 4MEX A; 1DK2 A; 2ODG A; 4EEY A; 8ICL A; 4F50 A; 4OCZ A; 1Z00 B; 2EZY A; 1KEJ A; 1KN5 A; 4B9S A; 2W3S A; 2VJ5 A; 3FYH A; 3HT3 A; 5J2H A; 5ALW A; 3T3F A; 1YZ7 A; 1A6S A; 4GFJ A; 4DQR A; 4B9U A; 4YMO A; 2CN1 A; 9ICF A; 4RQ6 A; 1Z4O A; 3ZD9 A; 2W7P A; 1L3V A; 1ZD2 P; 1NJX A; 3I1Y A; 4QIW F; 3E0F A; 4DQQ A; 1PK3 A; 4NL9 A; 1X6J A; 4B6J A; 5ALK A; 3HPO A; 1L7N A; 5IIO A; 3OJU A; 3AQE A; 2PKE A; 3PX6 A; 2BQ3 A; 1V97 A; 3RJH A; 2ZXH A; 5DG8 A; 3AM9 A; 3RJE A; 3ICX A; 1P7D A; 3BQ2 A; 4BGD A; 5AK5 A; 4DS4 A; 5J0Y A; 1KL9 A; 2YML A; 5CP2 A; 2BPF A; 5ALH A; 2HOQ A; 3PR4 A; 2G0A A; 3IHQ B; 4F93 B; 1BNO A; 1WCL A; 5ALV A; 3NGD A; 4PGX A; 2PFP A; 2XCP A; 8ICV A; 3K1R B; 4EX7 A; 4YCX A; 3SV3 A; 3PW2 A; 2XI9 A; 7ICT A; 5A0L A; 2EH9 A; 4IR9 A; 4B9T A; 4PJ0 U; 3QZ7 A; 2ZIU A; 5KG3 A; 2P6R A; 2A19 A; 5ALT A; 2QB1 A; 5KG5 A; 4O3P A; 2PFN A; 5AI8 A; 2J6T A; 1WWV A; 2P6U A; 1JMS A; 3FM9 A; 3RTV A; 4CCH A; 4DL5 A; 3KZX A; 7ICN A; 8ICZ A; 4ECU A; 3OHB A; 3UMB A; 3TFR A; 4GXI A; 3C1Y A; 5J0P A; 5IIM A; 2FLP A; 1WWU A; 3J81 j; 3HKZ C; 1SKS A; 2ZJ5 A; 7ICQ A; 5J0R A; 4C8N A; 4RQ0 A; 4Y2Q A; 5J2D A; 7ICE A; 4QWC A; 4KN4 A; 5AK6 A; 3JPS A; 4RQ2 A; 3TAP A; 5DLF A; 5L1I A; 2A1J A; 5J2C A; 5ALU A; 3UQ0 A; 5J0Q A; 3IP4 B; 4O9M A; 5J0U A; 2W9C A; 5KTQ A; 2QAR A; 3NVW A; 4KLH A; 3QEA Z; 3CYM A; 1BPZ A; 2W9B A; 3SI8 A; 4AP9 A; 1DGS A; 4KLF A; 4F4Y A; 3PSI A; 4DF4 A; 5DGA A; 4IR1 A; 3RRH A; 2W11 A; 4MFF A; 1TAU A; 3PML A; 5J2E A; 5L1J A; 3CP8 A; 1JRP A; 2NRT A; 2E3T A; 1A76 A; 1X2I A; 4GC7 A; 3CW2 C; 2JXJ A; 1Y88 A; 1SWW A; 3EWA A; 1AQ6 A; 2G09 A; 1KSP A; 5DDY A; 2KNJ A; 4PGQ A; 4DCC A; 3PST A; 2AH5 A; 5DG7 A; 1Z00 A; 4OJP A; 2RDJ A; 1ZQR A; 2ZIX B; 1COO A; 5EE3 A; 4NLG A; 3LYS A; 1MQ3 A; 7ICL A; 3F5A A; 1PVQ A; 3WKA A; 1F0M A; 1XS9 D; 4FS1 A; 2BZF A; 4ED2 A; 5DQH A; 5KFF A; 4QZI A; 4EZ6 A; 1L8L A; 4UQG A; 1ZD5 A; 4U6P A; 2RLT A; 4ZH4 A; 4IQU A; 2XY6 A; 3O0F A; 2E8M A; 3MR5 A; 3HW8 A; 2IHM A; 1LVH A; 4DWI A; 3ETR A; 3L4P A; 2XY7 A; 2K8A A; 3RJJ A; 2KVC A; 3HRD D; 4MF8 A; 2LI6 A; 5KT7 A; 1RYS A; 5ALE A; 7ICU A; 4EEN A; 4I2I A; 1S97 A; 1O03 A; 3MR3 A; 2PMZ F; 3GFK B; 8ICB A; 3IV6 A; 4ELV A; 1MC8 A; 1X66 A; 3WK5 A; 4UAY A; 4OJO A; 5KFN A; 4ZOH C; 3ZDC A; 3ZDB A; 4GC6 A; 3OGU A; 2KIV A; 2LM4 A; 2B0C A; 3TAC B; 1SKW A; 1WCN A; 4J9O A; 1NK9 A; 4KLT A; 1JXE A; 5DKW A; 4YFK A; 1IV8 A; 1ZQK A; 5AM0 A; 5EE1 A; 1NJY A; 2KD1 A; 2GOL A; 4DOA A; 7ICH A; 3RH4 A; 2RP5 A; 5ALL A; 3C2K A; 3FC4 A; 1ZQX A; 3WK8 A; 4HYK A; 4QZ9 A; 4BXO B; 4F5O A; 1K1Q A; 2G07 A; 5KT5 A; 1T3Q A; 2KOB A; 5D46 A; 2JH1 A; 3ZDA A; 4NLZ A; 2ZTC A; 4NM1 A; 5CRX A; 3NVV A; 4DOC A; 4O3S A; 4DFM A; 2H3I A; 1RDF A; 1OUQ A; 1UA1 A; 1U47 A; 3C2M A; 4DLG A; 4F4Z A; 2K4P A; 7ICS A; 2EQY A; 3V7L A; 3HP6 A; 4OJ6 A; 2E8N A; 1MN8 A; 2OYY A; 2BPC A; 3M8S A; 1RQL A; 1XSL A; 2BHN A; 2KV2 A; 1QCK A; 2CXY A; 2K4H A; 3B0Y A; 3AUO A; 3TAD C; 2ZIV B; 4PH5 A; 1OW5 A; 3AEV A; 5KG6 A; 4F4K A; 3DEE A; 3D6J A; 3BZC A; 5J0W A; 4PL2 A; 2DKZ A; 3ED5 A; 1DGJ A; 3JPQ A; 1SZH A; 5DLG A; 3PZP A; 1NZB A; 1TE2 A; 4I2C A; 5IIN A; 5ALP A; 4IRD A; 5ALM A; 1U48 A; 1BNP A; 2BR0 A; 2F8L A; 9ICW A; 5AKJ A; 2KP7 A; 8ICY A; 2XID A; 3PSP A; 2IOH A; 4RNM A; 1L7P A; 1COK A; 5AM2 A; 3GV7 B; 4ECV A; 2FI1 A; 4QZ8 A; 5D49 A; 4E0D A; 5J2K A; 4ED7 A; 3MDA A; 1UCV A; 2XC9 A; 2E1F A; 1NK4 A; 3NVY A; 2W7O A; 4IQW A; 4IC9 A; 1SZP A; 2D3D A; 1HEK A; 3H0R B; 5KAI U; 3IG8 A; 4UB1 A; 2W8K A; 5K4L A; 3U26 A; 8ICG A; 2M9N A; 2P66 A; 5CB1 A; 2DUY A; 2VJ4 A; 5ALN A; 2UVU A; 4O3R A; 2I9G A; 2HDO A; 5AI9 A; 3HX0 A; 1OXJ A; 5ALG A; 3KHR A; 3QU4 A; 4ECQ A; 5IIJ A; 1CRX A; 4RU9 A; 4EBD A; 5J0X A; 1KDH A; 2KJ5 A; 1NK8 A; 5CA7 A; 2ZIX A; 2C22 A; 4RUA A; 1U9L A; 1QTM A; 4PZO A; 3RH5 A; 2ZIU B; 2IMW P; 4TUS A; 3KHL A; 2KJ8 A; 1F5S A; 2WF7 A; 2ALZ A; 9ICE A; 3ZI4 A; 4JMU A; 4DFP A; 3AN1 A; 4RT2 A; 2HHQ A; 2WF5 A; 4AYB F; 2PMZ C; 2HHX A; 3F2D A; 3QU5 A; 4ED8 A; 3KD3 A; 5J29 A; 1ZQS A; 2HHS A; 1L7O A; 5BPC A; 4ECT A; 3MR2 A; 4CF4 A; 2JZB B; 4HAI A; 3G6V A; 3ISB A; 5EWG A; 3BS7 A; 1QSL A; 2XVT A; 5KFC A; 1SIJ A; 2F77 X; 2LYB A; 1CI4 A; 2OXO A; 3I28 A; 3TAD A; 4UBC A; 5DBB A; 4I2D A; 5KFK A; 1D9F A; 2ASJ A; 1U45 A; 3F2C A; 4M9J A; 3S6J A; 3PW4 A; 1QSS A; 4J9K A; 4TUQ A; 2YY6 A; 4FBT A; 3SAG A; 2LKY A; 1X6I A; 1QLN A; 4BDP A; 3IN5 A; 4Y2V A; 4YVZ A; 5AK3 A; 1XU4 A; 2AGP A; 1U49 A; 2VKQ A; 2JEJ A; 1NJW A; 2HSZ A; 1ZQ1 C; 2QLT A; 3HKZ F; 1M6Y A; 3UXN A; 1TFR A; 1S8O A; 1SB3 C; 4C80 A; 1SV4 A; 3NTU A; 4C0Z A; 9ICO A; 4Z6C A; 4I2G A; 2QAR B; 3KKA C; 3WK7 A; 3JPT A; 1KW4 A; 2VA8 A; 4BXO A; 2JV3 A; 3GIM A; 5AKZ A; 4P0Q B; 4RQ8 A; 2ASL A; 4J9R A; 3TQ1 A; 2W3R A; 1T3N A; 4EX6 A; 1N62 A; 1MA7 A; 4BJQ A; 3UPQ A; 4KLD A; 4LZG A; 2LMR A; 8ICO A; 4OO1 J; 4EYH B; 3H0M B; 1NNL A; 3D2N A; 3NVZ A; 2WB1 C; 4K4G A; 1ZQQ A; 2J6S A; 4G9B A; 4LJX A; 1XWL A; 5F9N A; 5ALQ A; 4Q43 A; 1ZQN A; 3GIL A; 4Z6E A; 3BQT A; 4I2A A; 4M47 A; 3QUQ A; 2DWQ A; 3PO4 A; 2JEG A; 2ZIW B; 1ZXI A; 2NRX A; 1Z3E B; 2ZIV A; 4QZA A; 3SV4 A; 4Y2Y A; 2NRZ A; 2HHV A; 3PR5 B; 4RPY A; 4OJ5 A; 2D6F C; 5ALO A; 2ZTE A; 3MC1 A; 4FE3 A; 5EWE A; 5FP0 A; 3UMC A; 4XUS A; 1BPB A; 5KFM A; 2KTQ A; 3B9J A; 2KFZ A; 9ICC A; 4LZD A; 1MSW D; 3AMZ A; 2W55 A; 3ISD A; 5AIA A; 5JUM A; 4F71 A; 3TFS A; 4P4M A; 4JV2 A; 3PW0 A; 3FDS A; 2FDR A; 4A8E A; 1VDV A; 3TI0 A; 2YB1 A; 3THV A; 5HHH A; 4DL3 A; 4CE6 A; 2FMP A; 3GV8 B; 4ELU A; 4Q44 A; 2ISO A; 5AKG A; 3OJS A; 2E1E A; 4I29 A; 1D8L A; 3TKA A; 3H40 A; 3UXP A; 2Y9T A; 2W04 A; 2HOI A; 1YZ6 A; 1X9M A; 1ZD3 A; 5KFE A; 5J2J A; 3UXO A; 2RRD A; 2CRX A; 1PZN A; 7ICM A; 4FZM A; 3SQI A; 1PUZ A; 3RBD A; 2F8K A; 3V6J A; 4P4P A; 4USA A; 3H8W A; 2XGP A; 4EZ9 A; 3Q8S B; 1J97 A; 2V4R A; 3KKA A; 1JN3 A; 1QQ5 A; 1KKX A; 4IQV A; 1Q8K A; 5L1L A; 3M6Z A; 2ZUC A; 3T5J A; 4NWI A; 4AYB C; 4EEK A; 2NRV A; 2KJ9 A; 4DEZ A; 3L5K A; 1ZQA A; 2H5X A; 3GDX A; 4KLI A; 2F1I A; 1KRP A; 2DKX A; 5KFJ A; 2EAP A; 1ZQZ A; 2AGO A; 4C8L A; 3PV8 A; 4FZN A; 3SAF A; 4KLM A; 2AJQ A; 2MRL A; 2ZJA A; 3WKD A; 1S0M A; 2YX8 A; 3RR7 A; 2VAN A; 2OM6 A; 9ICG A; 1FIQ A; 3M9N B; 4R63 A; 5KT4 A; 4Q45 A; 3C28 A; 5HHI A; 4QW9 A; 9ICH A; 1Z1V A; 2JZB A; 5DBC A; 3SR6 A; 5B66 U; 2PFQ A; 1RXW A; 5KFA A; 1BGX T; 2A1A A; 3LDA A; 1XO1 A; 3WKB A; 4Y2T A; 2DPJ A; 2DQN B; 5KG7 A; 1UHU A; 5AM1 A; 5KFO A; 4DF8 A; 5L1K A; 2FMQ A; 3A0B U; 4Z6F A; 2BPG A; 3V7K A; 3LVV A; 4KMU A; 4X5V A; 2JH7 A; 4Y2P A; 4F91 B; 4BUG A; 1NOM A; 3A0H U; 7ICJ A; 3OSP A; 4NM2 A; 2Q4T A; 3ZDE A; 1L3U A; 2GWS A; 4RPZ A; 2K89 A; 5KFU A; 1N2X A; 8ICF A; 5KFG A; 2KZ3 A; 7ICR A; 3Q8R B; 5IIL A; 1T7P A; 4NLB A; 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