The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
89
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structure length |
89
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Chain Sequence |
MSSVYIVEEHYIPYSVAKKLLTDVIRSGGSSNLLQRTYDYLNSVEKCDAESAQKVIEELSNIVSREDVRAILASICPTTSDEVRSILVM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The X-ray crystal structure of RNA polymerase from Archaea
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA-directed RNA polymerase subunit A
|
| molecule tags |
Translation, transferase
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| total genus |
16
|
| structure length |
89
|
| sequence length |
89
|
| chains with identical sequence |
U
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| F | PF03874 | RNA_pol_Rpb4 | RNA polymerase Rpb4 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HKZ F; 2WAQ F; 2Y0S F; 4AYB F; 2WB1 F; 2PMZ F; #chains in the Genus database with same CATH topology 3NAS A; 5EWF A; 7ICG A; 3AQE A; 1NNL A; 3BZK A; 5KL1 B; 2KVS A; 2FLP A; 4P4P A; 1JI7 A; 3GII A; 2BQR A; 4J9R A; 5KG4 A; 4EZ6 A; 1TAM A; 5KFU A; 4GC7 A; 2GH1 A; 3IG8 A; 4DEZ A; 5CHG A; 2VKQ A; 1PUZ A; 3SMV A; 2MA1 A; 4O3N A; 1K1S A; 2HOQ A; 2ZTE A; 3F53 A; 5DG8 A; 3I1Y A; 4O5K A; 4PH5 A; 4M6W A; 4B9U A; 8ICV A; 4ECW A; 4RZR A; 1Z4O A; 1A77 A; 2QB0 A; 4GFJ A; 3HT3 A; 4KMU A; 3T79 A; 3EPI A; 4US8 A; 4RPY A; 3U26 A; 3ZD8 A; 3PST A; 4UAS A; 1S10 A; 2KJ9 A; 4Q8E A; 1FFU A; 3QZ8 A; 8ICE A; 2W9C B; 4JV0 A; 9ICM A; 2K89 A; 1TAQ A; 3H8S A; 2AQ4 A; 5EE0 A; 1JRO A; 2BZF A; 5EWG A; 3K4G A; 4DOA A; 4B6J A; 1ZQI A; 9ICP A; 1QSY A; 5BPC A; 4Q44 A; 4CF4 A; 3PW5 A; 5AI0 A; 2ZTD A; 3QU9 A; 2I9G A; 2KVC A; 3GQC A; 3OJU A; 3BDP A; 3BS5 A; 3OPX A; 3N4M B; 1SV0 C; 2IOF K; 5DBA A; 3JPO A; 4DLE A; 1OXJ A; 1U49 A; 3V7L A; 1LKY A; 3MGV A; 4Y2U A; 3FM9 A; 1QQ7 A; 4UW9 A; 1ZD4 A; 4Z6F A; 1FFV A; 4DL6 A; 4B9S A; 2JRZ A; 4CF3 A; 3OSN A; 3JPN A; 3HWT A; 4PHE A; 2VA2 A; 3MGI A; 1FO4 A; 4J9S A; 3LWM A; 4JK1 A; 1ZQU A; 2E1E A; 2Q0Z X; 3V6J A; 2FPM A; 2E8N A; 8ICY A; 2WB1 C; 2G09 A; 2K8A A; 4X5V A; 3SYZ A; 4ECU A; 2KZZ A; 4MEX A; 3EUB 2; 5AK5 A; 1B43 A; 2AXT U; 5AI4 A; 4P4O A; 2H3Q A; 2BPC A; 5DGB A; 1Z1V A; 2GOL A; 3F2B A; 1DRG A; 2ZJ8 A; 1PVQ A; 4DSI A; 3E58 A; 4LVS A; 4I2A A; 1N2X A; 1RYS A; 4R66 A; 1SXE A; 5KFT A; 3C28 A; 4NL9 A; 5KFH A; 5ALU A; 1X6I A; 1ZQ1 C; 1T8E A; 3ISD A; 2PFO A; 5FP0 A; 1XNS A; 1UQV A; 4YMO A; 3DV9 A; 5J2K A; 4PHD A; 1DGS A; 4DWI A; 1S0V A; 9ICW A; 2HDO A; 8ICA A; 4B9L A; 3IM1 A; 4I2E A; 9ICO A; 2K4I A; 7ICN A; 2KZM A; 4JWN A; 4O3O A; 5AM3 A; 1ZQV A; 4RT3 A; 4JB3 A; 1BPZ A; 3FAH A; 3QX7 A; 5KFV A; 2EAM A; 3QU7 A; 2ZIX B; 4IRK A; 3WK6 A; 4YR0 A; 4FZN A; 1OUQ A; 3HPO A; 1RPL A; 5J2A A; 4R8U A; 2JGA A; 4BGD A; 4QZE A; 4NL9 C; 2MRL A; 4IQU A; 1KL9 A; 4LZG A; 3JPP A; 3M6K A; 4YD2 A; 2W54 A; 1HUZ A; 3C1Z A; 2F8K A; 3QNM A; 1JN3 A; 2PFP A; 2Q4T A; 5KG0 A; 2HBK A; 4NLZ A; 3H40 A; 2CN1 A; 4DQS A; 5KFR A; 2ZUB A; 2UVV A; 2JV3 A; 4DSF A; 5ALW A; 1SIJ A; 4EEK A; 4LJX A; 3CP8 A; 4YXM A; 1IIP A; 3Q8Q B; 2F44 A; 4I28 A; 2RQ5 A; 3ALR A; 4RU9 A; 4JV2 A; 2KKV A; 3KHH A; 1L3U A; 1JUD A; 1KSP A; 5CWR A; 5DDY A; 1BPY A; 1YZ7 A; 4FZM A; 2DL0 A; 3M9M B; 2WF9 A; 2EZZ A; 3K75 D; 4C8L A; 1U48 A; 3M8S A; 4P2H A; 1X66 A; 1Q3V A; 1ZQK A; 1S8O A; 2W7P A; 5J2D A; 4QZA A; 3V7J A; 4NY8 A; 1C7Y A; 2EAN A; 2PI5 A; 4DLG A; 4TQS A; 5KFX A; 5A0L A; 1ZQT A; 3B9J A; 3GFK B; 4HAI A; 5DB8 A; 1ZQR A; 3THV A; 2P6R A; 3OHB A; 4PHA A; 3RRH A; 3TI0 A; 1SWV A; 3GV5 B; 1S5L U; 2DWQ A; 1XO1 A; 5G5H A; 3T5H A; 5HR6 A; 2KHQ A; 3M9N B; 2GWS A; 4XUS A; 5AIC A; 3EW9 A; 4DFM A; 3T5L A; 2LYA A; 2F1I A; 1NJW A; 1L8L A; 4ICA A; 3AL0 B; 2K60 A; 3AQF A; 5AM2 A; 5KAF U; 4F4Z A; 1JXL A; 8ICZ A; 1QLN A; 1S76 D; 4GIB A; 5IIO A; 5IIL A; 1NKB A; 4I2G A; 3WKB A; 2XVT A; 2VAN A; 1NK7 A; 1WG8 A; 2HBJ A; 2ZXI A; 3RF9 A; 4IRC A; 2R8J A; 1UHU A; 4QIW F; 4F8R A; 5KFF A; 5F3X B; 9ICL A; 5AI6 A; 2XGP A; 2R8I A; 2DF4 B; 1T3Q A; 3C21 A; 2XY6 A; 1TK5 A; 8ICG A; 3N7P D; 4ELT A; 7ICL A; 2ZIW B; 3QUQ A; 2B6G A; 4ECX A; 3TQ1 A; 4K4H A; 4RQ5 A; 5KFQ A; 5J0R A; 4EZ9 A; 1LVH A; 1B22 A; 9ICG A; 4EBC A; 2V9W A; 3BS7 A; 2J6U A; 4KLF A; 5CB1 A; 4NXZ A; 4KLQ A; 3ZDA A; 1KKX A; 2KD1 A; 1SWW A; 1Z19 A; 1RM6 C; 2GLE A; 4DS5 A; 2KEY A; 2AQ0 A; 3EWA A; 5KT5 A; 3HW8 A; 3RB4 A; 3I28 A; 2JXJ A; 2IMW P; 4NLB A; 3BZC A; 4NWI A; 2K8B B; 5AKI A; 5AI9 A; 4UBC A; 3AU6 A; 2LMR A; 4RQ4 A; 1QQ5 A; 5ALO A; 2XID A; 2XO7 A; 3PV8 A; 5AIB A; 1KN5 A; 1Z3E B; 2P6U A; 9ICJ A; 2MUT A; 5ALS A; 3N7S C; 1N48 A; 2WHE A; 5J2G A; 1L3V A; 4UAZ A; 5T14 A; 4R64 A; 4Y2V A; 5IIN A; 3PX6 A; 1FEZ A; 4J03 A; 4QWB A; 1YZ6 A; 5L1K A; 3WK4 A; 3TFR A; 3WKA A; 2J6S A; 1MC8 A; 1ZET A; 2EH9 A; 2E8M A; 5KFJ A; 1UT8 A; 2ZIV B; 1ZD3 A; 2LM4 A; 4BXO B; 5EE1 A; 3BQ1 A; 3RB0 A; 1SL1 A; 3MR5 A; 1Z00 A; 3WK5 A; 9ICX A; 2PKE A; 2N1R A; 4JMU A; 3SV3 A; 3T5K A; 4KLJ A; 3SAF A; 3UXN A; 2OHF A; 1X2I A; 1ED1 A; 1NJX A; 4QWE A; 2R8G A; 5KG2 A; 4KX3 A; 2AJQ A; 5CP2 A; 2P35 A; 2KNJ A; 4DFP A; 4NJ8 A; 4MF2 A; 3MAB A; 4KLH A; 4YCX A; 3M9O B; 1CRX A; 4I2F A; 4FBU A; 1KLN A; 5KTQ A; 4RQ0 A; 3GU3 A; 3GIJ A; 1UA1 A; 4J9O A; 8ICX A; 4ZH4 A; 3GZF A; 2O6K A; 2NRV A; 4UB5 A; 4F5N A; 1J2N A; 4C7Z A; 4DQR A; 1X9S A; 4DQI A; 4DF8 A; 3RJK A; 2HHS A; 4DOB A; 1ZQW A; 4I27 A; 4F91 B; 1ZQA A; 4DL7 A; 4QIW C; 4ECY A; 2XGQ A; 3TAP A; 1XWL A; 4CGZ A; 4M9J A; 4U7C A; 1PK1 A; 2KOB A; 4DFJ A; 4O3Q A; 1UT5 A; 5DG9 A; 3C2L A; 2A1J B; 2W55 A; 3NTU A; 2HHW A; 2QLT A; 2B0C A; 2KIC A; 7ICJ A; 1SXD A; 1IV8 A; 9ICA A; 4IR9 A; 3OSP A; 1ZQY A; 5ALR A; 2G5I B; 4Y2Y A; 2M0N A; 4FS2 A; 3ZDC A; 1QSL A; 4O3S A; 2LYH A; 4F5R A; 4ED6 A; 2MAX A; 4I2C A; 5TZV A; 3V6H A; 4F5O A; 1NOM A; 3TFS A; 1XSP A; 3RBD A; 7ICV A; 1KFS A; 3NUQ A; 1DXS A; 3F2D A; 4UAU A; 2K4H A; 3JPR A; 2FJ6 A; 2HHV A; 3RR7 A; 5AKX A; 4YVZ A; 2I6X A; 1DK3 A; 2K4P A; 3FDS A; 4KLO A; 1KBU A; 2FPL A; 3IN5 A; 1V85 A; 5L1J A; 4UB8 U; 1CEZ A; 3IP4 B; 2JMG A; 5ALG A; 4RPX A; 1BPD A; 1OW5 A; 5AM1 A; 3PW0 A; 4J9K A; 1ZQX A; 1TK0 A; 1ZJM A; 1B4F A; 1VDV A; 1YT3 A; 2KKP A; 2XI9 A; 3VC8 A; 4ECZ A; 9ICC A; 4UQG A; 2RDI A; 1RG6 A; 5D4B A; 4C7Y A; 4QZG A; 3PX0 A; 4J9Q A; 5ALV A; 1J97 A; 2W04 A; 1LV5 A; 1ZQE A; 4IC9 A; 3TAC B; 2HMX A; 1KFT A; 2HOF A; 2QB0 B; 4F4X A; 7ICU A; 2LYB A; 4NM1 A; 5H2F U; 1QQ6 A; 1V38 A; 2H3Z A; 4Z6E A; 4RNN A; 5KFY A; 1PZN A; 2C28 A; 3KFU F; 4HYK A; 3LYS A; 3T5J A; 3RB6 A; 4M04 A; 4ED3 A; 9ICS A; 4ACO A; 5AK4 A; 3KKA A; 3SQI A; 1KQQ A; 2KZ3 A; 3MDC A; 1CUK A; 4YG2 A; 3KBB A; 3UQ0 A; 2IA6 A; 3D2Q A; 2YML A; 1LKY B; 3AM9 A; 5IIJ A; 2W43 A; 2ZJ5 A; 2EZX A; 4UAT A; 5KFA A; 3B0Y A; 4RQ7 A; 1NZP A; 4XQ8 A; 1JX4 A; 3MR2 A; 3HKZ F; 4UB6 U; 1ZQP A; 4RQ3 A; 1JIH A; 2YMQ A; 1L6N A; 2OM6 A; 2KMD A; 4PZN A; 4QWC A; 3KD3 A; 1NK9 A; 1WWU A; 2W3S A; 3Q8L A; 3ORY A; 3RH4 A; 3AMZ A; 4DFD A; 1D8B A; 5HHH A; 4OJ6 A; 4O3R A; 4LZD A; 3LVW A; 8ICK A; 7ICH A; 1D9D A; 5KG6 A; 3MDA A; 4QZC A; 2EQY A; 1ARO P; 2JH1 A; 3RJH A; 4QW8 A; 1JAL A; 2W03 A; 3SD7 A; 4UB1 A; 3RH6 A; 2E8O A; 3NVV A; 2LHT A; 4GC6 A; 1IM4 A; 1Q8K A; 4RQ6 A; 4K4I A; 2G5H B; 1RQN A; 4BWJ A; 2L5Y A; 4KLE A; 2NO4 A; 2NRT A; 4PZO A; 5J0P A; 3JPS A; 3F5A A; 2QAR B; 2XCP A; 4IQW A; 1QTM A; 2K4E A; 1T4G A; 3FYH A; 1NK6 A; 1ZQQ A; 3UPQ A; 4ZOH C; 1ZD2 P; 3UMG A; 8ICN A; 1WUD A; 1U9L A; 4ED0 A; 5IIM A; 3K1Z A; 4MEY A; 5TIS U; 1PVP A; 8ICH A; 1NK0 A; 4O5E A; 3JPT A; 4R8U B; 2CXY A; 4QZB A; 4O3M A; 2YMP A; 1NKC A; 3PSF A; 3IDW A; 3N7R C; 5KFG A; 4NLG A; 1HUO A; 4NLN A; 5EE9 A; 2PI4 A; 2R8H A; 2KFZ A; 4M9H A; 3MR3 A; 1ZQB A; 4RQM A; 3QU4 A; 2W7O A; 5ALX A; 2DUY A; 4F50 A; 3RFA A; 4BX9 C; 4TUR A; 4M9G A; 4TUP A; 1X9M A; 3I76 A; 3HRD D; 4UBB A; 3RH5 A; 3C5F A; 1Q46 A; 3J81 j; 4DL3 A; 7ICS A; 2ODG A; 4Y2R A; 2KHV A; 1MN8 A; 4GXK A; 4K4G A; 1ZXI A; 1Q3U A; 4ECR A; 1SL0 A; 3MR6 A; 3O0F A; 4C4T A; 4I2I A; 1RZT A; 5KL8 B; 4F2R A; 3GV8 B; 1COO A; 5KFZ A; 4DSE A; 1XC9 A; 2E1F A; 7ICP A; 2PMZ F; 3SZ2 A; 5D46 A; 1UCV A; 3OTQ A; 3D2N A; 3KHL A; 3PX4 A; 2BCR A; 2HBM A; 4F93 B; 4PHP A; 2NRZ A; 7ICI A; 5AKK A; 1ECW A; 5KFO A; 2G0A A; 2HW3 A; 2AGQ A; 2FMQ A; 3RJG A; 7ICR A; 4RPZ A; 4QWD A; 4JWM A; 3CYM A; 4PL1 A; 3HKZ C; 2Y0S F; 1ZQD A; 2OYY A; 2KV2 A; 3F5E A; 5CR0 A; 1ZD5 A; 2YQE A; 5AKJ A; 4GLX A; 3Q8M A; 4EX7 A; 5KFM A; 5KT6 A; 5ALF A; 2W8L A; 3HX0 A; 5HP4 A; 2FDR A; 1BPB A; 4RT2 A; 3BQ7 A; 2I5H A; 4JV1 A; 3A0B U; 1SB3 C; 4UAW A; 3RB3 A; 2OXO A; 2DKX A; 2VA8 A; 1ZQH A; 7ICM A; 1V97 A; 4DL2 A; 5KFK A; 1VJ5 A; 4FE3 A; 2HHU A; 4C4R A; 4RNO A; 4ELU A; 1L7N A; 4F3O A; 3IRU A; 2IOF A; 3V72 A; 4RQ2 A; 1XS9 D; 5HR7 A; 5KFL A; 1O08 A; 3ONN A; 5KG3 A; 5L1L A; 1K5O A; 5KFI A; 4ECS A; 2A1A A; 4C4S A; 3GIM A; 4EEY A; 4UAR A; 3D6J A; 4YQW A; 2AHO B; 2BCS A; 3QE9 Y; 3GIK A; 2XY5 A; 4M9L A; 3UM9 A; 8ICS A; 2FE9 A; 9ICB A; 2Z7J A; 2FI1 A; 1S77 D; 4OJL A; 2HBL A; 4P0Q A; 5C0Y A; 2HHQ A; 3UXO A; 4YP3 A; 3IHQ B; 1EXN A; 5J0X A; 2LBO A; 1BNP A; 3UMC A; 4YR3 A; 5KAI U; 5KT4 A; 4OO1 J; 4IQT A; 4OCZ A; 5AM4 A; 3Q8P B; 4C8N A; 1KDH A; 5CRX A; 2HSZ A; 2ESE A; 2A3V A; 4B9M A; 1TFR A; 4KN4 A; 2XC9 A; 1TK8 A; 2ES6 A; 2HVH A; 5G5G A; 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2WFA A; 3R9K A; 1NI3 A; 5L9X A; 2G06 A; 4F71 A; 3KOO A; 3ZDD A; 3E0F A; 1N61 A; 1F5S A; 5J0Y A; 4DSK A; 4O3P A; 4YN4 A; 3EYZ A; 4YMN A; 3RR8 A; 3DEE A; 2ZG6 A; 2F77 X; 3C23 A; 2JZB A; 4IS7 A; 4Y2P A; 2V4Q A; 2ASD A; 1Y88 A; 3H0L B; 3Q8K A; 1SKW A; 1F44 A; 3M7D A; 8ICF A; 2IBK A; 5JU5 A; 3PY8 A; 1SKS A; 5J2H A; 1L7O A; 4US9 A; 3MBY A; 3LVV A; 2RRD A; 3LK9 A; 2G08 A; 3H8J A; 5J2C A; 5AI5 A; 5AM5 A; 3FC4 A; 2HHX A; 8ICB A; 2RHF A; 4IR1 A; 2F1J A; 2NV3 A; 1RYR A; 1UPH A; 8ICO A; 2V4R A; 4YD1 A; 4IRD A; 5KNI A; 2W9M A; 2ZIU A; 5J0Q A; 2BQU A; 1KW4 A; 2A1J A; 4I2H A; 5KT7 A; 2YB4 A; 2FLL A; 2BGW A; 4QZD A; 5KFN A; 1KTQ A; 1MSW D; 2IOH A; 2ZXH A; 7ICO A; 2BCU A; 1RXV A; 3PW4 A; 2VJ4 A; 4Y2X A; 2BCQ A; 4Q43 A; 3RJF A; 2ZJA A; 4FFD A; 3JPQ A; 5C5J A; 3WKE A; 8ICI A; 3CNH A; 4QNL A; 1SZP A; 5III A; 1JMS A; 4ED8 A; 2VA3 A; 5AIA A; 4P0P A; 4QWA A; 2F8L A; 4F4W A; 2BR0 A; 5F9L A; 1RXW A; 4M6W B; 3SR6 A; 4DFK A; 2IHM A; 2C2E A; 1ZQG A; 4UB3 A; 2FMS A; 4UAV A; 4KX5 A; 3Q8R B; 4FS1 A; 2RDJ A; 4J9M A; 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