The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
117
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structure length |
117
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Chain Sequence |
TNYSFRTLTLSTAEYTKVVEFLAREAKVPRYTWVPTQVVSHILPTEGLERFLTAIKAGHDSVLFNANGIYTMGDMIREFEKHNDIFERIGIDSSKLSKYYEAFLSFYRIQEAMKLPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural evolution of C-terminal domains in the p53 family
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein cep-1
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| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Caenorhabditis elegans
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| total genus |
31
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| structure length |
117
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| sequence length |
117
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-05-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RP5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KK0 A; 3MR2 A; 4Y2Q A; 4B9S A; 5KG3 A; 4TUR A; 2MA1 A; 1LKY B; 4KLH A; 4DOB A; 1CI4 A; 1TFR A; 3B9J A; 4M6W B; 5DKW A; 3N28 A; 3EYZ A; 7ICJ A; 3D2N A; 1S8O A; 2AHO B; 3H7I A; 1SIJ A; 5JU5 A; 3T79 A; 2IHM A; 5ALI A; 4DFK A; 3TI0 A; 2HDO A; 4RZR A; 5L1I A; 3C5F A; 3V6H A; 3QUQ A; 3UM9 A; 5ALL A; 4MHV A; 3C2K A; 2EAM A; 3GU3 A; 2EAN A; 3PZP A; 4I2F A; 1J97 A; 3UMG A; 5TZV A; 1D9D A; 5AKL A; 5L9X A; 2OXO A; 4I2H A; 4B9V A; 4R65 A; 2HCF A; 3RB6 A; 5DLF A; 5KFR A; 4O3N A; 4DS4 A; 4LJX A; 4RNN A; 2RHF A; 4IQW A; 3V6K A; 1IXR A; 1ZQO A; 1UCV A; 4UAR A; 5IIM A; 1SL1 A; 1UT8 A; 2NRZ A; 5J2F A; 2F1I A; 4C4S A; 4ED1 A; 2EAP A; 5ALO A; 8ICS A; 3BQ2 A; 4DFJ A; 3GFK B; 1L5U A; 2ZJA A; 4QZH A; 2F1H A; 9ICW A; 3ONN A; 4Q8E A; 3BZC A; 3WK9 A; 3F2C A; 1VDV A; 5ALP A; 5DG8 A; 5EWG A; 1JRO A; 4KLD A; 4BJQ A; 3PSI A; 1HIW A; 4MF8 A; 5J2H A; 1CRX A; 5KFO A; 7ICN A; 2H3I A; 1MC8 A; 4EEL A; 4ECR A; 1L3T A; 2YB1 A; 5AKG A; 1QTM A; 3T5H A; 8ICB A; 8ICH A; 2JR5 A; 2ZIW B; 1MA7 A; 5AI5 A; 2BQR A; 4XA5 A; 2ISO A; 3TAD A; 2IHN A; 5IIO A; 7ICE A; 2KJ9 A; 3RB4 A; 3PR5 B; 4JWM A; 5HMM A; 3PO5 A; 5AIC A; 1OW5 A; 4F4W A; 2KD1 A; 8ICV A; 4I2G A; 4PZN A; 2QAR B; 1YZ6 A; 3SAH A; 3F53 A; 5AM1 A; 4KLM A; 4RPX A; 4WJ3 B; 3BS7 A; 4OJ5 A; 2QB0 A; 9ICH A; 4EEK A; 4KLT A; 4YN4 A; 5KFM A; 4PZO A; 5AI8 A; 2HHT A; 4J9N A; 2A3V A; 2HVI A; 4Y2V A; 4CRX A; 1COO A; 1U49 A; 2LM4 A; 4BGD A; 3PX4 A; 1XC9 A; 1UPH A; 2EQY A; 5J0T A; 3WKA A; 3KBB A; 1WCN A; 3MFH A; 5AM5 A; 3OHA A; 1X9S A; 4ELU A; 1TV9 A; 5AKY A; 1L7P A; 4M9N A; 1GO3 F; 5J0O A; 1SKR A; 3UXP A; 1FIQ A; 4MFA A; 1JX4 A; 4UAU A; 3V7K A; 4OJP A; 3C2L A; 1QCK A; 1IM4 A; 2A19 A; 1X9M A; 5C0Y A; 3RRG A; 1RM6 C; 3MGV A; 5J0P A; 1X6I A; 2E8M A; 2J6T A; 2V4R A; 4JK1 A; 4JUZ A; 3WK5 A; 5KT6 A; 3Q8Q B; 4F4K A; 2ZIV A; 4PL2 A; 1ECW A; 2K60 A; 4NLC A; 5DG7 A; 2XY7 A; 5F3X B; 2HOQ A; 3IDW A; 4NM1 A; 3D2S A; 2C2E A; 3CRX A; 2W7P A; 1WWU A; 3AU2 A; 4GXK A; 2DKX A; 3PST A; 1NK8 A; 3NAS A; 1L7M A; 3LWM A; 4J9P A; 2F2A B; 1QQ6 A; 1XNS A; 2K8B B; 1N48 A; 3RJG A; 1V38 A; 2K4P A; 1A76 A; 4X5V A; 1C20 A; 2E3T A; 2WF6 A; 2XCP A; 4ZOH C; 1QSY A; 2BCQ A; 3PML A; 4DSL A; 1S5L U; 1L7N A; 4RT3 A; 4NLZ A; 2NRX A; 1ZQ1 C; 3KKA C; 4F5N A; 3H4B A; 1ZD3 A; 4KLU A; 4OCZ A; 3OJU A; 1PK1 A; 4DL3 A; 5KG0 A; 3BQ7 A; 4CE6 A; 2KZM A; 3AQF A; 4DL6 A; 4R64 A; 1KFD A; 2W9C B; 1O08 A; 1XU4 A; 3AN1 A; 4KLQ A; 4DQI A; 2JZB A; 1O03 A; 2GH1 A; 3NTU A; 2OWO A; 1ZD2 P; 2G08 A; 2E1E A; 4Y2Y A; 4NL9 C; 4UAS A; 2DUY A; 2IOF K; 3QU4 A; 2B21 A; 5HNK A; 4IC9 A; 1KL9 A; 4ECU A; 3IN5 A; 4US9 A; 4RQ2 A; 2RP5 A; 4QWA A; 1ZQP A; 8ICA A; 4R8U A; 2E8O A; 4ED2 A; 3PW7 A; 2WAQ F; 3IG8 A; 5AKX A; 4P0P B; 1ZRM A; 1N56 A; 3FC4 A; 3SAG A; 1X66 A; 4GC7 A; 2JGA A; 1Z00 A; 2NRW A; 4IQT A; 2PFP A; 1F5S A; 2YY6 A; 4CNQ A; 3G6V A; 1K1S A; 3HKZ C; 9ICV A; 1TKD A; 5J0Y A; 4CCH A; 2H5X A; 5HR7 A; 2YMM A; 7ICM A; 4CF5 A; 3UMB A; 4QIW F; 2W11 A; 2FPM A; 2ASL A; 2HW3 A; 3BS5 A; 2BDU A; 1KLN A; 2HBL A; 3H0R B; 4UAV A; 4ECQ A; 4UB4 A; 4O5C A; 2DPI A; 3NGD A; 2QB0 B; 5KFL A; 2IA6 A; 3Q8P B; 2ZXI A; 2Y0S C; 3RAX A; 3FM9 A; 2C22 A; 1IIP A; 3MC1 A; 1PUZ A; 3QZ8 A; 4F4Y A; 5ALJ A; 2KP7 A; 3R9K A; 5DBC A; 4RT2 A; 8ICX A; 2VA2 A; 3NRW A; 5DQH A; 3RJH A; 4P0Q A; 4C4R A; 1BPZ A; 1ZQS A; 1SV0 C; 5HHI A; 3PY8 A; 2L5Y A; 2C28 A; 4ECZ A; 1SB3 C; 3SEI A; 7ICK A; 3KTQ A; 2MUT A; 2DKZ A; 9ICB A; 1JRP A; 3LDA A; 8ICU A; 3OJS A; 2G5H B; 2NO4 A; 2ZJ5 A; 4YMO A; 3CP8 A; 3UQ2 A; 2HHX A; 1KTQ A; 1U47 A; 1ZQY A; 5KFZ A; 1P7D A; 2OCE A; 3WU2 U; 4O9M A; 4FS1 A; 4GC6 A; 4RQ8 A; 4I28 A; 2PMZ F; 4I2J A; 2KNJ A; 3Q8S B; 3PX6 A; 1F44 A; 4US8 A; 4O3P A; 4NXZ A; 3RFA A; 2ZIV B; 2ZIX A; 5AHX A; 2IOF A; 4QZI A; 4DL5 A; 1JXL A; 2E5S A; 1XSN A; 3TFR A; 4O3S A; 2HVH A; 3PSP A; 5ALU A; 4YD1 A; 2R8H A; 3GQC A; 3ZDB A; 2KHQ A; 3A0B U; 1IV8 A; 4KN7 A; 3QUT A; 1KEJ A; 4KLI A; 4RUA A; 4JV0 A; 4YCX A; 4UB5 A; 1NK9 A; 1T3N A; 1TAQ A; 4Z6D A; 4DL2 A; 4UB2 A; 5KG2 A; 2FLL A; 2GOL A; 2HOF A; 5AM0 A; 3C2M A; 1UA0 A; 2WHE A; 4QZC A; 3F5A A; 4TUQ A; 2KTQ A; 2ZUC A; 1TE2 A; 4O0I A; 4QW9 A; 1PK1 B; 3G6X A; 2UVW A; 4J9O A; 3IG5 A; 3RJJ A; 8ICY A; 2KZ3 A; 5IIL A; 1ZQZ A; 4DOA A; 3CNH A; 4IQV A; 4UAT A; 2JXJ A; 4TQR A; 1SWV A; 5DLG A; 1L3V A; 4UQG A; 4FBU A; 2JEF A; 2KVC A; 9ICL A; 3IV6 A; 4B9L A; 4DSE A; 4QZ8 A; 1UA1 A; 4B6J A; 2O6K A; 3ZD8 A; 4M9L A; 4R8U B; 2ZXH A; 3HRD D; 2G06 A; 5E79 U; 3VC8 A; 3K1Z A; 2AQ4 A; 5AK5 A; 3N4M B; 3M6K A; 3N7P D; 5DBB A; 1RQN A; 3SEN A; 2I1Q A; 3M6Z A; 5TIS U; 4RNO A; 3HT3 A; 2HBJ A; 2HHW A; 1Z00 B; 1HUZ A; 3I28 A; 1DK2 A; 4DLG A; 1FO4 A; 3DEE A; 4HYK A; 2LHT A; 3MGH A; 4KMO B; 4C8N A; 5KT7 A; 4XRH A; 2D6F C; 1XO0 A; 2MAX A; 5HHH A; 5K4L A; 5J2C A; 4I2B A; 3L3F X; 2ZJ8 A; 1OUQ A; 2KHV A; 2AGO A; 1V85 A; 3E0F A; 5CR0 A; 3M8R A; 2KV2 A; 4PGY A; 5DDM A; 1TK8 A; 1ZOL A; 1Q3U A; 2ODG A; 3ZDC A; 4O5K A; 9ICC A; 7ICQ A; 2G5I B; 3B0X A; 1N63 A; 1BPD A; 3BS5 B; 2DL0 A; 9ICS A; 3TAC B; 1PVQ A; 4J9Q A; 2K4E A; 2BPC A; 3MFI A; 2Q4T A; 4GIB A; 3QNM A; 2BQ3 A; 4O3M A; 2LMR A; 3WK4 A; 4RQ3 A; 4P0Q B; 4DF8 A; 1TK0 A; 5F9N A; 3E2E A; 2XID A; 4KLE A; 5CJ7 A; 3WKB A; 2HSZ A; 4GXJ A; 3SD7 A; 1ZQX A; 3SYZ A; 2ZTE A; 3B0Y A; 4I27 A; 4Y2R A; 1A77 A; 2MUT B; 3HKZ F; 4QZD A; 8ICF A; 2XO7 A; 4EBD A; 4C7Y A; 2ZTC A; 4F2S A; 2P6R A; 2PI5 A; 3ISD A; 3C29 A; 2HOI A; 4ELT A; 1S0M A; 1ZD4 A; 2ASJ A; 2GO7 A; 5ALK A; 5KFY A; 4FBT A; 2LI6 A; 9ICJ A; 4RNM A; 1L8O A; 2OH2 A; 5HP4 A; 2Y0S F; 4Z6C A; 3UPQ A; 3JPS A; 9ICN A; 2OHF A; 3KHR A; 2ZIX B; 2GLE A; 4Q8F A; 1X9X A; 3PW0 A; 2E1F A; 4DS5 A; 2IBK A; 3J81 j; 5AM2 A; 4B9T A; 3DV9 A; 2W9C A; 2VJ4 A; 4Q43 A; 3QX7 A; 2ZUD A; 5ALM A; 4C80 A; 3MR3 A; 2BGW A; 2JHD A; 8ICZ A; 2GWS A; 3EW9 A; 1SXE A; 4FS2 A; 5DQI A; 5AKI A; 4PHA A; 1S0V A; 1RXV A; 4KLF A; 2RDJ A; 4RQ0 A; 1Q3V A; 2KG5 A; 3GII A; 1K5O A; 4YR2 A; 4JMU A; 4IL6 U; 3OPX A; 8ICJ A; 3I1Y A; 3MBY A; 4DFP A; 4MFC A; 4P0P A; 1RZT A; 3HP6 A; 2MU2 A; 1Z1B A; 3RJK A; 4C7Z A; 4F92 B; 5ALF A; 3NS1 A; 2RLT A; 4KLS A; 1MSW D; 3AU6 A; 4FZL A; 4KTQ A; 2WTF A; 3GIJ A; 5KFB A; 4U6P A; 3LVW A; 9ICM A; 3KKA A; 4MF2 A; 4ICA A; 5KFN A; 4JWN A; 1BVS A; 8ICI A; 3DDH A; 1U4B A; 1SKW A; 2OM6 A; 9ICO A; 1SWW A; 3H0M B; 3JPP A; 3G6Y A; 2KSO A; 4ECW A; 2EDU A; 2DFL A; 2OYY A; 3HWT A; 3QE9 Y; 4NL9 A; 3TAR A; 1ZQT A; 2ALZ A; 3RAQ A; 2ZUB A; 1ZQN A; 4J9S A; 7ICV A; 3NUQ A; 4PJ0 U; 4EZ6 A; 3ISB A; 5J0R A; 1N62 A; 4C8L A; 5DB9 A; 2NV3 A; 2Y1I A; 1Q8K A; 3H40 A; 3AUO A; 5F9L A; 9ICA A; 5J2K A; 3T3F A; 3C5G A; 4JV2 A; 3ALR A; 1FFV A; 1ZQW A; 5KFD A; 5L1J A; 4RQ5 A; 1ZQD A; 1ZRN A; 3MDA A; 4BDP A; 2JH1 A; 2JEI A; 5DGB A; 4RQM A; 4MFF A; 2AU0 A; 4F5Q A; 1BPB A; 5KFQ A; 4J9M A; 3V7L A; 3JPR A; 3RJE A; 4QZF A; 3E58 A; 1WWV A; 1DGJ A; 3T5K A; 1ZQF A; 9ICQ A; 1NKE A; 4RPY A; 1SL2 A; 1ZQC A; 1WCL A; 5KT4 A; 1Z4O A; 1ZJN A; 3GV8 B; 4AYB F; 4BWM A; 1ZQH A; 2F8K A; 2Z7J A; 2WB1 C; 2FDR A; 4OD0 A; 4UW9 A; 1NKB A; 4KLG A; 5J2B A; 1C7Y A; 1T3Q A; 3LYS A; 5G5H A; 4DQR A; 1JUD A; 3FDS A; 3H8S A; 1DK3 A; 4B9U A; 1BPY A; 2KZZ A; 3C1Z A; 2KOB A; 4F8R A; 1QSS A; 2R8G A; 5KFE A; 3TQ1 A; 2YMQ A; 1NK5 A; 2NRT A; 3M1Y A; 3LWL A; 3KOO A; 1SV0 A; 4YD2 A; 7ICG A; 2BCU A; 2R8I A; 4DL4 A; 5KTQ A; 3ZDA A; 9ICU A; 3RB3 A; 4J9R A; 3IHQ B; 1NJX A; 5AKZ A; 3JPN A; 1S10 A; 3Q8M A; 2C2R A; 4K4H A; 8ICN A; 1RQL A; 5BOL A; 3BQ1 A; 3AEV A; 5L1M A; 3QZ7 A; 1ZET A; 1NI3 A; 4TUP A; 8ICK A; 5DGA A; 4F5P A; 5L1L A; 2JV3 A; 1TAM A; 1ZQR A; 5AKK A; 2QKQ A; 1L8L A; 1OXJ A; 5KFF A; 4F5O A; 4QWC A; 5JUM A; 3RTV A; 2ATL A; 1JN3 A; 4YXM A; 2VAN A; 4O5E A; 5KFW A; 1NNL A; 2XIC A; 2RRD A; 7ICO A; 4KX3 A; 1M6Y A; 5ALW A; 2BCR A; 5JRT A; 2PFN A; 5FP0 A; 4TUS A; 3ETR A; 4Z6F A; 2J6S A; 4EEN A; 3AMZ A; 3EUB 2; 5GTH U; 1PVR A; 4K4G A; 1ZQM A; 4EX6 A; 8ICM A; 4NJ8 A; 3SMV A; 5B5E U; 4AP9 A; 2FPK A; 3F2D A; 1N5X A; 2YTU A; 4QNL A; 3HW8 A; 3THV A; 2P35 A; 2W03 A; 2NRV A; 8ICT A; 5ALQ A; 4GXI A; 3JPQ A; 2AJQ A; 4C4T A; 3GV5 B; 4YP3 A; 1NJZ A; 2KIC A; 5KAF U; 2I9G A; 4CGZ A; 8ICW A; 3SV4 A; 2I5H A; 4RQ1 A; 5KT3 A; 1CUK A; 2XI9 A; 2HMX A; 4QWD A; 2BQU A; 2KKV A; 4DQP A; 1A0P A; 1N61 A; 4IR1 A; 1B22 A; 2J6U A; 2WF8 A; 2KSO B; 1KBU A; 1Z4N A; 3MR6 A; 4DL7 A; 4C8K A; 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3EWA A; 5DB8 A; 2QLT A; 4OJL A; 4QWB A; 2BPG A; 2MRL A; 1MQ2 A; 3N7S C; 1SZH A; 4RQ7 A; 3ZI4 A; 3KZI U; 2W9M A; 4ZH4 A; 1KDH A; 3SAF A; 3PW2 A; 1QQ5 A; 2CXY A; 3NRZ A; 2XC9 A; 5ALX A; 2VA8 A; 5AM3 A; 3OSN A; 4EX7 A; 2K8C B; 5KFT A; 3OGU A; 8ICP A; 4J9L A; 4YFK A; 1S76 D; 4NM2 A; 5EWF A; 5KG5 A; 1U45 A; 2DPJ A; 2F44 A; 4KLJ A; 9ICK A; 4MEX A; 1SV4 A; 2KJ5 A; 3RH6 A; 1SKS A; 3H8W A; 5KFJ A; 1PK3 A; 1S0O A; 4M9H A; 4BWJ A; 3KZX A; 1QH9 A; 4DF4 A; 5J8Y C; 4F2R A; 3CYM A; 4F72 A; 2VIX A; 2VKQ A; 2FLN A; 5AK3 A; 1S97 A; 2W55 A; 1X9W A; 3CW2 C; 3U26 A; 1DXS A; 1SL0 A; 5KAI U; 1L3S A; 1NZB A; 3QU5 A; 4NLN A; 2KFN A; 3EPG A; 3QU9 A; 8ICL A; 3V6J A; 2AH5 A; 4QWE A; 2Y1J A; 4ED6 A; 4NLK A; 4YG2 A; 3PO4 A; 5IIJ A; 4DQQ A; 3WK8 A; 5KFX A; 2LYA A; 1KW4 A; 5EWE A; 2W7O A; 3QU7 A; 2BDP A; 2XVT A; 1YT3 A; 4B9N A; 4PGQ A; 3A0H U; 5G5G A; 4Y2T A; 3Q8L A; 4C8M A; 3PNC A; 1ZQG A; 3PVX A; 4F3O A; 2W9B B; 2ASD A; 5KG6 A; 3BQ0 A; 5KG1 A; 2BR0 A; 1SXD A; 1COK A; 2R18 A; 3T5J A; 3L5K A; 5KL1 B; 3QUB A; 1L7O A; 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