The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
384
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structure length |
367
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Chain Sequence |
SYLEEKVKQASNILPQKIVEDLKNLISNKEVLVTRDEIDKIFDLAIKEYSEGLIAPGEAIGIVAAQSVGEPGTQLGLPRLIEIVDAKKVPSTPMMTIYLTDEYKHDKEKALEVARKLEYTKIENVVSSTSIDIASMSIILQLDNEMLKDKGVTVDDVKKAINRLKLGEFVIDESEGTTLNISFANIDSIAALFKLRDKILNTKIKGIKGIKRAIVQKKGDEYIILTDGSNLSGVLSVKGVDIAKVETNNIREIEEVFGIEAAREIIIREISKVLAEQGLDVDMRHILLVADVMTRTGVVRQIGRHGVTGEKNSVLARAAFEVTVKHLLDAAARGDVEEFKGVVENIIIGHPIKLGTGMVELTMRPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Evolution of complex RNA polymerases: the complete archaeal RNA polymerase structure.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1N SUBUNIT
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| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
57
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| structure length |
367
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| sequence length |
384
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PMZ C; 3HKZ C; 2Y0S C; 4AYB C; 4QIW C; 2WB1 C; 2WAQ C; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KFP A; 4NV0 A; 2QB1 A; 1ZQG A; 2C28 A; 4IR1 A; 2L5Y A; 5D46 A; 1ZQD A; 3K1Z A; 1NK0 A; 4YR0 A; 3OJS A; 1NKB A; 4IQU A; 2PI4 A; 3AL0 B; 1MA7 A; 4AYB C; 2FPM A; 3H8J A; 1SV0 A; 2W9M A; 4CNQ A; 4F5N A; 4F71 A; 2OHF A; 1LKY A; 3JPP A; 2IHN A; 1SL2 A; 4QWE A; 4M47 A; 4ED3 A; 4EBE A; 2KHQ A; 5CP2 A; 3SAH A; 5KFD A; 2HHS A; 1N60 A; 5KL8 B; 4Y2P A; 3D6J A; 4ECZ A; 3SZ2 A; 3NUQ A; 1TK0 A; 1KBU A; 3TAQ A; 2MUT B; 1RYR A; 2BCV A; 4QZA A; 2P66 A; 2KZ3 A; 2K8C B; 4B9T A; 1ZQH A; 1EXN A; 1Z1V A; 4OJ5 A; 4ED1 A; 5KFU A; 4ELT A; 5EE0 A; 4KN4 A; 4J9Q A; 3HT3 A; 2LMR A; 2D8C A; 1K1S A; 4EBD A; 1D8Y A; 1MN8 A; 2B6G A; 2ZUC A; 1FFU A; 3RF9 A; 5BOL A; 2UVW A; 1U48 A; 5J8Y A; 2EAN A; 5J2C A; 3PV8 A; 4FE3 A; 5EE1 A; 3THV A; 1VLB A; 7ICV A; 4M9G A; 3WKA A; 2W3S A; 4YQW A; 4YG2 A; 3BQ0 A; 5AHX A; 7ICF A; 1D9F A; 2KD1 A; 5KFG A; 1NJX A; 1KQQ A; 3GV5 B; 3WK6 A; 4O5C A; 4UAZ A; 9ICE A; 4QWC A; 5AI4 A; 2WB1 F; 2YMM A; 3D2S A; 2BDP A; 4LZD A; 2ZIX A; 3KD3 A; 3FC4 A; 4RQ4 A; 3UMG A; 3GQC A; 4B9M A; 1QCK A; 2YMP A; 3C23 A; 4QWB A; 3V72 A; 1COK A; 8ICQ A; 4BXO B; 4Q43 A; 1ZQB A; 2PFO A; 1J2N A; 4ICA A; 3QNM A; 1A6S A; 3M6K A; 4O3S A; 1L3V A; 3G6Y A; 1SKR A; 2I5H A; 5J0P A; 4O3M A; 5ALD A; 2KTQ A; 5DGA A; 5EE3 A; 1F0M A; 2EAO A; 3QU5 A; 5L1K A; 2WTF A; 1T3N A; 1MQ2 A; 1ZQP A; 2LM1 A; 1SL1 A; 2FPL A; 5KFF A; 2DFL A; 4F93 B; 1NNL A; 5G5G A; 4DLE A; 1SWW A; 2HHV A; 3TAC B; 2EH9 A; 2YML A; 1ZQR A; 2FI1 A; 1JAL A; 2DWQ A; 1LKY B; 1ZQX A; 5KFN A; 4DL2 A; 4B9N A; 2EZY A; 1QLN A; 1Q3V A; 2XGQ A; 1KKX A; 4YMN A; 1L8O A; 5KG1 A; 3MR3 A; 5ALU A; 5CR0 A; 4MFC A; 3ZD8 A; 4ECS A; 2C2D A; 4RUA A; 3RAX A; 4YN4 A; 2KVC A; 3VC8 A; 2J6U A; 3B0Y A; 1TV9 A; 1NJW A; 1KW4 A; 4UAU A; 2W8L A; 4CF4 A; 2ZTD A; 5AM1 A; 2F76 X; 1X2I A; 3HPO A; 2R8J A; 2BQR A; 3WK9 A; 5ALI A; 4KLS A; 5KT3 A; 1BGX T; 1N48 A; 4TUS A; 2W55 A; 3OTQ A; 4Q8E A; 3N4M B; 5AI0 A; 1D9D A; 4J9P A; 5ALJ A; 2FPK A; 4PZO A; 5CJ7 A; 7ICT A; 2G08 A; 1T4G A; 2MAX A; 2Y0S F; 1MQ3 A; 1HUZ A; 3TAN A; 4YD2 A; 1RG6 A; 2LPE A; 3EWA A; 8ICW A; 5D4B A; 4BX9 C; 4C8K A; 1XO0 A; 1NK4 A; 4PL2 A; 2F44 A; 5AKK A; 2ZIX B; 4P0P A; 4RUC A; 2R8I A; 1B4F A; 1KFD A; 4O3O A; 4QNL A; 5DB8 A; 4J9L A; 5HMM A; 5DBB A; 3WK5 A; 5HNK A; 8ICG A; 2RHF A; 2ZJ8 A; 3HX0 A; 4M9L A; 3EYZ A; 1ZD5 A; 2H3Z A; 5J2H A; 1GO3 F; 4NWI A; 3RB0 A; 5KFK A; 4UAW A; 4QZ8 A; 5KT5 A; 3CW2 C; 5F9N A; 5DLG A; 4J9S A; 3WKE A; 1AQ6 A; 4B9L A; 3F2D A; 3BQ7 A; 1BPD A; 2PFN A; 4I27 A; 4UB5 A; 3ETL A; 3QU2 A; 3Q8K A; 5J2E A; 5FP0 A; 9ICP A; 1C7Y A; 5AK3 A; 1X9W A; 4IRD A; 3N28 A; 4YP3 A; 2JRZ A; 5AI8 A; 3TAD C; 8ICC A; 3EPG A; 1PK1 A; 3HRD D; 2DPI A; 5HR7 A; 2ZUB A; 4RQ6 A; 4Y2X A; 5ALW A; 3M9N B; 4UBB A; 4BDP A; 4UB4 A; 3M8S A; 4IQW A; 1SKS A; 4YXM A; 5IIK A; 4PHA A; 4F2R A; 4ACO A; 3SEN A; 3OHB A; 3ORY A; 5C5J A; 7ICP A; 3L4P A; 1BPY A; 5J0R A; 1CI4 A; 3QZ8 A; 1X6J A; 2KOB A; 4ED6 A; 1X9S A; 4OO1 J; 9ICN A; 2YQE A; 5KFC A; 4F50 A; 3RR7 A; 2G07 A; 5DQG A; 4KLO A; 1S0V A; 3MFH A; 4DL4 A; 4F4X A; 5HHI A; 4RNO A; 3ETR A; 2W9A A; 1WWU A; 5JRT A; 4EEK A; 1U47 A; 1BNO A; 2KFZ A; 3IM1 A; 3D2Q A; 2WF9 A; 4J03 A; 2HOI A; 1ZRN A; 2ISP A; 1XSN A; 1QTM A; 1U49 A; 4NL9 A; 2XID A; 8ICU A; 2E3T A; 3PR4 A; 5ALT A; 2YB4 A; 4KMU A; 5L1J A; 2WAQ F; 5DB9 A; 3HP6 A; 1SZP A; 1ZD3 A; 2HI0 A; 4P0P B; 5E79 U; 9ICC A; 3D2N A; 3OPX A; 3GII A; 2W04 A; 2FMQ A; 4J9R A; 4U6P A; 5GTH U; 4DOA A; 1ZQ1 C; 3V6J A; 2ODG A; 5AM4 A; 2HHQ A; 1NI3 A; 4PGQ A; 2LYH A; 7ICM A; 2CPR A; 3MFI A; 1L7N A; 3QU9 A; 5AKX A; 4QIW F; 1UT5 A; 4M04 A; 2KN7 A; 4M2Y A; 4ECR A; 3C1Z A; 3WU2 U; 4Y2V A; 3ZDA A; 1H38 A; 3UMB A; 5J2K A; 1O03 A; 2E8O A; 4GC7 A; 2AGQ A; 1QQ7 A; 5ALQ A; 3NGD A; 1Z00 A; 1SWV A; 4F3O A; 3K1R B; 4EX6 A; 1UA1 A; 4GIB A; 1PK1 B; 4F5O A; 4QZH A; 4I2G A; 3KKA A; 1KL9 A; 1L8L A; 3PW4 A; 4JB3 A; 2AHO B; 3UQ0 A; 1T94 A; 3F2C A; 4NLN A; 3RB4 A; 4QJF B; 3V6K A; 4DL6 A; 5III A; 3MR5 A; 2AU0 A; 3SAG A; 2WF7 A; 4X5V A; 4KLF A; 4QZB A; 4DFP A; 4YD1 A; 4J9O A; 1QSS A; 5DB7 A; 3RJE A; 2XIC A; 1FIQ A; 5KFV A; 3ZDD A; 3C21 A; 2AGP A; 8ICR A; 4KLL A; 2H3F A; 1N56 A; 1UHU A; 3NRZ A; 4RQM A; 8ICN A; 4YMM A; 3SEI A; 3GU3 A; 2WF8 A; 4Y2J A; 4KLM A; 1SKW A; 1WUD A; 1HUO A; 2LBO A; 3AEV A; 2K4H A; 3LVW A; 4ECU A; 4B9S A; 4Q45 A; 3WK8 A; 3CNH A; 2UVV A; 3Q8M A; 1S9F A; 3HKZ F; 4I2C A; 5AKG A; 4DF4 A; 5A0L A; 3LWL A; 4DQP A; 4DL5 A; 2C2R A; 5ALG A; 2R8G A; 5D49 A; 4RNM A; 3UXO A; 4FFD A; 3NRW A; 1SXD A; 5AM5 A; 5BPC A; 3E2E A; 3E0F A; 3AUO A; 1ZQY A; 4EZ9 A; 1QSY A; 4AYB F; 2M9N A; 4M9H A; 2WF5 A; 3H40 A; 1ZQF A; 2ASJ A; 2HHX A; 8ICM A; 5KFB A; 2DQN B; 2ZIU A; 2YMQ A; 2BPF A; 1U45 A; 3KHR A; 4AP9 A; 1T7P A; 1SZH A; 2RRD A; 1A76 A; 3OSN A; 2XGP A; 2CRX A; 5DKW A; 4BJQ A; 1LV5 A; 3ALR A; 4BXO A; 9ICA A; 1HJP A; 4DS4 A; 3I1Y A; 2PI5 A; 5KFO A; 3RJG A; 1UCV A; 1Z00 B; 3UQ2 A; 3PO4 A; 2Y1I A; 3PW5 A; 1RDF A; 4MFA A; 3PSI A; 1P7D A; 2A1J A; 3I28 A; 1ZYQ A; 1IIP A; 2AQ4 A; 2KZZ A; 5AK5 A; 2HMX A; 4QZG A; 5L1I A; 3BJY A; 3HWT A; 2J6T A; 5KFE A; 3RJJ A; 2XI9 A; 3PSF A; 5DDM A; 8ICH A; 4QZC A; 3GIJ A; 4MHV A; 2W54 A; 2HDO A; 5ALO A; 3NAS A; 4EEL A; 9ICF A; 5KFT A; 3LDA A; 2GLE A; 3H0M B; 4PZN A; 4G9B A; 4DSF A; 2IHM A; 3SR6 A; 2DPJ A; 4PHD A; 1DK2 A; 2DBY A; 2GH1 A; 4P0Q A; 5AI5 A; 4DFJ A; 3IHQ B; 7ICH A; 1PVQ A; 1A77 A; 1ZQW A; 2YY6 A; 3WKB A; 3MDA A; 1ED1 A; 1ZRM A; 1BPB A; 2PFP A; 4K4I A; 4XQ8 A; 4DSK A; 3PW0 A; 2OYY A; 3V7J A; 5ALR A; 5TZV A; 1MSW D; 3RJK A; 2KVS A; 4Z6F A; 1KEJ A; 9ICR A; 1L6N A; 2HVH A; 3IG5 A; 3RRH A; 1L7O A; 1TVA A; 4YCX A; 3NVZ A; 1T8E A; 1ZQC A; 5B5E U; 1N62 A; 5KFM A; 8ICJ A; 1BPE A; 1D8B A; 4UB8 U; 5IIO A; 5DBA A; 3M9M B; 3BS5 A; 2KMD A; 2K4P A; 5F9L A; 5J0O A; 4NLK A; 2DL0 A; 4R66 A; 3G6V A; 1RYS A; 3JPR A; 1B22 A; 5ALF A; 3KTQ A; 3V7L A; 2KIC A; 2Y9T A; 1PZN A; 4OJO A; 4YR3 A; 3NVY A; 3RJH A; 1UQV A; 4CF5 A; 3E58 A; 1ZQJ A; 4NXZ A; 3TAR A; 3GV8 B; 2OH2 A; 2KSO A; 2MRL A; 3ZI4 A; 1WYG A; 4Y2Y A; 3OSP A; 4OD0 A; 3MDC A; 3TKA A; 5CB1 A; 2ZIU B; 1COO A; 4GXK A; 3TI0 A; 3M9O B; 2FE9 A; 4XUS A; 4DOB A; 5KT7 A; 2E8M A; 5T14 A; 3BZK A; 2AGO A; 4DWI A; 5G5H A; 2RDI A; 2JEJ A; 5ALL A; 1BPX A; 3M6Z A; 1KFS A; 5KFY A; 3ICX A; 4QWD A; 1ZQE A; 4PL1 A; 4WJ3 B; 2A1J B; 4RT3 A; 1QQ6 A; 7ICE A; 1QH9 A; 3GDX A; 4NM1 A; 1Q8K A; 5ALX A; 1NK8 A; 1ZET A; 4YFK A; 3PVX A; 1XWL A; 3QXG A; 2YTU A; 1F5S A; 4Z6C A; 2XCA A; 2NYV A; 4FBT A; 4I2B A; 9ICS A; 4MEX A; 2FLP A; 4FBU A; 1B43 A; 4GC6 A; 2R8H A; 2HHT A; 4OJL A; 4UAT A; 3C5G A; 1JXL A; 2KP7 A; 1SV4 A; 4ZOH C; 1CRX A; 3AQE A; 2W8K A; 1TAM A; 4P0Q B; 5J2B A; 1N63 A; 4DQR A; 7ICR A; 3RJF A; 2RP5 A; 8ICS A; 9ICH A; 1ZXI A; 4UBC A; 4BWJ A; 1RZT A; 3QUT A; 4RPY A; 4C8L A; 3T79 A; 5AM0 A; 1V9P A; 3BQ2 A; 3PO5 A; 2NO5 A; 3SV4 A; 3QEA Z; 2ASD A; 3PY8 A; 4BGD A; 1UPH A; 1KLN A; 2VJ4 A; 4B6J A; 5J2F A; 5ALY A; 4I2I A; 4EBC A; 2F8L A; 2KK0 A; 4XA5 A; 2ZTE A; 4YMO A; 3KHH A; 3AQF A; 3SI8 A; 7ICL A; 3G6X A; 4P4M A; 5J2D A; 4GXI A; 4F4K A; 1Z3E B; 4QW8 A; 1TK8 A; 1JX4 A; 7ICU A; 3NVW A; 1OUQ A; 3BS5 B; 2EDU A; 2W43 A; 3C5F A; 3MBY A; 1IM4 A; 4ECW A; 1V38 A; 1B0X A; 1PVP A; 3IDW A; 2BGW A; 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1ZQU A; 4U7C A; 2G5I B; 4DSJ A; 2HCF A; 2B0C A; 8ICP A; 1ZOL A; 5ALP A; 2A19 A; 2BQ3 A; 4I2A A; 4ELV A; 3FAH A; 3C2M A; 4KN7 A; 4R64 A; 2KHV A; 4PHP A; 2PMZ C; 9ICM A; 4CRX A; 3QUQ A; 3KFU F; 2JGA A; 1ARO P; 5EWE A; 4IQT A; 3QUB A; 2QB0 B; 2R18 A; 5AKY A; 1DOQ A; 5AIC A; 5CA7 A; 4F2S A; 2LYB A; 2A3V A; 2MA1 A; 9ICI A; 2RQ5 A; 2JEF A; 5J0T A; 2W9B B; 2V4R A; 3PW7 A; 4US9 A; 2E8N A; 4QW9 A; 3QU7 A; 4O3N A; 2BCQ A; 2HOF A; 2IMW P; 1D8L A; 2H3V A; 1FEZ A; 3H8W A; 2NRV A; 2ZG6 A; 4C4S A; 5J2A A; 4K4G A; 5IIL A; 3J81 j; 4MF2 A; 4LVS A; 9ICQ A; 4KLD A; 4KLG A; 3C29 A; 2ALZ A; 1TFR A; 1SXE A; 1L3T A; 3QX7 A; 3F53 A; 4MFF A; 3TAD A; 4J9K A; 1ZQO A; 7ICJ A; 4PGX A; 5KTQ A; 3F5E A; 1RM6 C; 3PX0 A; 2HBK A; 1DGJ A; 4J9M A; 1ZJM A; 5L1M A; 1KRP A; 3HJE A; 1ZD2 P; 4Y2R A; 5KG3 A; 2VIX A; 4F4W A; 5HR6 A; 3MGV A; 2BCR A; 4DO9 A; 1S0N A; 4JMU A; 3GZF A; 2W7O A; 3A0B U; 4O9M A; 2GO7 A; 4C7Y A; 1NK7 A; 1ZQQ A; 2JR5 A; 3Q8P B; 3AM9 A; 1ZQV A; 3EPI A; 4C4T A; 1MC8 A; 4GLX A; 2KIV A; 4FZL A; 1ZQL A; 5KNI A; 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