The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
105
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structure length |
105
|
Chain Sequence |
PIKQEISEYFKDWMELYKKNAIDEMTYKGYEQTLKYLKTYMPNVLISEITASSYQRALNKFAETHAKASTKGFHTRVRASIQCLIEEGRLQKDFTTRAVVKGLEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Northeast Structural Genomics Consortium Target KR124F
rcsb |
| molecule keywords |
Prophage pi2 protein 01, integrase
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| molecule tags |
Recombination
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| source organism |
Lactococcus lactis
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| total genus |
33
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-02-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1PVQ A; 2HOF A; 1NZB A; 2KJ5 A; 1Z1B A; 2KIW A; 3LYS A; 2CRX A; 4CRX A; 1Q3U A; 2A3V A; 1CRX A; 2KEY A; 2KOB A; 3C29 A; 2KKV A; 2OXO A; 4A8E A; 3CRX A; 1DRG A; 1MA7 A; 5CRX A; 3MGV A; 1F44 A; 2KHV A; 1Z19 A; 1XNS A; 1OUQ A; 3C28 A; 1PVP A; 1P7D A; 1XO0 A; 2KHQ A; 1A0P A; 1Q3V A; 2KD1 A; 2HOI A; 3NRW A; 1PVR A; 2KJ8 A; 2KJ9 A; 1KBU A; 4ACO A; 2KKP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QYP A; 4TUR A; 4DWI A; 2KIV A; 1D8B A; 2K4I A; 1BNP A; 3MFI A; 3TI0 A; 2LMR A; 1F0M A; 1QSS A; 5ALZ A; 1ZD5 A; 2JEI A; 1DK3 A; 2ODG A; 2YY6 A; 3PO5 A; 4PZO A; 3LK9 A; 3TQ1 A; 2AHO B; 2JXJ A; 2GOL A; 1A77 A; 2DFL A; 5G5G A; 2W3R A; 2XGP A; 4RQ6 A; 2RLT A; 3LYS A; 7ICQ A; 2EAO A; 4BXO A; 5AKJ A; 1QTM A; 2D6F C; 4J9N A; 3E2E A; 1RXW A; 1IIP A; 2KHV A; 5AKI A; 3THV A; 9ICH A; 3T5H A; 9ICV A; 2F76 X; 3Q8K A; 3H0L B; 1ZQN A; 2LHT A; 1L3T A; 4RQ7 A; 5ALF A; 3HWT A; 3HX0 A; 4CRX A; 4O3P A; 4Z6D A; 4NLK A; 4KLQ A; 1NK8 A; 4IL6 U; 1SV4 A; 4EZ9 A; 2DQN B; 1CUK A; 1VDV A; 3ETL A; 3H40 A; 3AUO A; 1KDH A; 2G08 A; 7ICL A; 5TZV A; 4IR1 A; 1HUZ A; 2FJ6 A; 3C5F A; 3PNC A; 2KZM A; 4Z6F A; 2IOF K; 2W9C A; 1ZQA A; 1ARO P; 4KLT A; 2WB1 C; 2FLL A; 2CRX A; 3UXO A; 1JMS A; 2UVW A; 1MA7 A; 3SEN A; 4DOC A; 1UA0 A; 4QZH A; 2ATL A; 2FMP A; 5CP2 A; 5AI6 A; 5KFR A; 5L1K A; 4JMU A; 3LWL A; 2B21 A; 5JRT A; 2VJ5 A; 1L7O A; 1T8E A; 5AI5 A; 4C8K A; 4DL4 A; 2HSZ A; 3WKC A; 4Y2U A; 2HBM A; 2FE9 A; 1S0M A; 5CR0 A; 4DSL A; 4IQW A; 2EH9 A; 2JHD A; 4M9J A; 4YXJ A; 3N7P D; 4DFD A; 2J6U A; 1A76 A; 1U48 A; 1SKW A; 2ZXI A; 1FIQ A; 3WK6 A; 3RB3 A; 4Y2T A; 3J81 j; 4I2B A; 3BS5 A; 4PHD A; 1FFV A; 5J29 A; 3RH4 A; 1WYG A; 3MR2 A; 3WK8 A; 3QU7 A; 2HW3 A; 4UAS A; 4EX6 A; 4C8L A; 4F2R A; 3DDH A; 1KKX A; 3L4P A; 5KFL A; 2PI4 A; 2H3V A; 2KJ8 A; 4B9T A; 4U6P A; 4ECX A; 4C80 A; 4C8N A; 1NKC A; 4NM1 A; 4UAW A; 3PR4 A; 3LWM A; 4ECT A; 4M9N A; 4F92 B; 5KFJ A; 2Y1J A; 4J03 A; 2WAQ C; 3EUB 2; 2BZF A; 2Y9T A; 4KLM A; 4FFD A; 4UB1 A; 1NK0 A; 4YR3 A; 4KN7 A; 4J9M A; 1ZQW A; 2W43 A; 3ZD8 A; 5AI8 A; 3SEI A; 4F5P A; 4ED8 A; 2C2E A; 2VA8 A; 4KLU A; 2FPK A; 4UAR A; 1BPY A; 5AM5 A; 8ICJ A; 1XS9 D; 1XSP A; 3H4D A; 4WJ3 B; 4F5N A; 9ICA A; 1SKS A; 3RJF A; 5KL1 B; 1IV8 A; 4TUP A; 3GV5 B; 4R64 A; 4Q45 A; 1N2X A; 4DQQ A; 4NLB A; 4Q44 A; 4F8R A; 4UB6 U; 2LYB A; 3GIM A; 3TFS A; 2GH1 A; 4KLJ A; 8ICG A; 2E1F A; 4MF8 A; 1KL9 A; 1SKR A; 7ICN A; 4GLX A; 3EWA A; 3T3F A; 1N5W A; 4M6W B; 2KSO B; 4QZB A; 4J9S A; 8ICI A; 2ESE A; 3BS5 B; 4LVS A; 3QU9 A; 5KTQ A; 4DCC A; 2E3T A; 2DUY A; 4JV1 A; 3QX7 A; 2I1Q A; 3NVW A; 1LV5 A; 5KFQ A; 5ALL A; 4DF4 A; 4IRD A; 4QJF B; 4Y2P A; 5DQG A; 8ICT A; 1D9D A; 1RYU A; 3SD7 A; 2EQY A; 2Y1I A; 4GXJ A; 5J0O A; 5KFK A; 2F1J A; 5D49 A; 3IRU A; 4NLZ A; 5KG4 A; 4Q8F A; 8ICL A; 2W7P A; 3WKB A; 5DG8 A; 2ZIW A; 3Q8R B; 3B9J A; 5AM3 A; 2YB1 A; 4MEY A; 4UB4 A; 4I2A A; 4IQT A; 3CNH A; 2G06 A; 2BKE A; 3OTQ A; 3F53 A; 2DPI A; 1ZQE A; 4EZ6 A; 1Z19 A; 2OH2 A; 3G6Y A; 3ED5 A; 1SIJ A; 2H3Q A; 5ALD A; 5AKX A; 5KFX A; 1NK4 A; 5F9N A; 5EWE A; 4RNM A; 4RZR A; 1RYR A; 4TUQ A; 3GIJ A; 4ECS A; 2CXY A; 2GWS A; 5JU5 A; 3RJJ A; 2HOF A; 3C1Y A; 3B0Y A; 3QEA Z; 5ALT A; 4QZC A; 2PFQ A; 1S9F A; 3ZDC A; 1ZQU A; 8ICN A; 4BGD A; 4C8O A; 3QUC A; 2P35 A; 2VKQ A; 1K1S A; 3MR3 A; 3RF9 A; 3UXP A; 1DOQ A; 4DFJ A; 1T3N A; 3RBD A; 4I28 A; 5TIS U; 3C2L A; 4YMM A; 1WWU A; 1RYS A; 2H3Z A; 5HHH A; 4UAU A; 4RT3 A; 2VAN A; 4ECR A; 2LYH A; 2K4H A; 2A1A A; 4C8M A; 4TQS A; 5AK3 A; 1V97 A; 3L5K A; 3V7L A; 5F3X B; 1SB3 C; 1UPH A; 4NJ8 A; 3N28 A; 2NRT A; 2WB1 F; 5EWF A; 8ICQ A; 5HML A; 2J6S A; 2P66 A; 1ZD3 A; 1YZ7 A; 1HIW A; 3PO4 A; 4MEX A; 2MAX A; 1ZQB A; 2H3F A; 1S8O A; 2YMQ A; 3HKZ C; 4Z6E A; 4P0P B; 8ICE A; 4IC9 A; 3EPI A; 4EBE A; 4JV0 A; 4R66 A; 4J9O A; 3PW2 A; 5AM4 A; 1PK1 A; 4RQ2 A; 3KZI U; 3KHR A; 2KFZ A; 4HAI A; 9ICE A; 2M0N A; 4R63 A; 7ICE A; 5DDY A; 1JRP A; 4QZE A; 3V72 A; 5J0Q A; 9ICL A; 4QZI A; 2BR0 A; 3RR8 A; 5EE0 A; 2HHX A; 3WKD A; 1N61 A; 9ICJ A; 4GIB A; 5J0P A; 2PKE A; 2DGZ A; 3F2C A; 5HR7 A; 1HEK A; 5HHI A; 5KFH A; 5AHX A; 4MFF A; 2OEH A; 4JUZ A; 1BGX T; 5ALV A; 3HRD D; 3RAQ A; 1HUO A; 1KLN A; 4USA A; 4KLG A; 2R8G A; 2WHE A; 5J2C A; 2KD1 A; 1KW4 A; 5HMM A; 1RPL A; 5DG7 A; 5J0S A; 3ISC A; 5KFN A; 4YG2 A; 2WAQ F; 7ICV A; 1Q8K A; 4FZN A; 4OO1 J; 1PVP A; 2P6R A; 2ZTD A; 4QWB A; 4EEK A; 5KL8 B; 1Q3V A; 1ZQ1 C; 4AP9 A; 4DO9 A; 1ZOL A; 4XA5 A; 2OYY A; 4DSI A; 3V6J A; 4FS1 A; 4ED1 A; 2KIW A; 3MGH A; 9ICT A; 4ECQ A; 5KFS A; 4QNL A; 5IIJ A; 4AYB C; 4CGZ A; 2QLT A; 5CRX A; 4KLO A; 4ED0 A; 2K8C B; 1JUD A; 4KLE A; 1D8L A; 2LI6 A; 1S0V A; 4ZOH C; 3KHH A; 1ED1 A; 5ALQ A; 4YCX A; 2G09 A; 4KLH A; 2FPL A; 8ICO A; 2ZIU A; 5J0R A; 5HP4 A; 4FO6 A; 1J2M A; 4PHA A; 4HYK A; 5KG6 A; 2DBY A; 4FS2 A; 2DPJ A; 4C7Y A; 4ECW A; 4RPZ A; 3CRX A; 3NVY A; 3PZP A; 5ALK A; 4PL1 A; 4F5O A; 2AGP A; 4TUS A; 1ZQK A; 4DQP A; 5C0Y A; 5L9X A; 2Y0S C; 3VCB A; 2YX8 A; 3NUQ A; 2EZY A; 3WK4 A; 1X42 A; 2CPR A; 1ZRM A; 2P6U A; 2KG5 A; 5DLG A; 2LBO A; 3RAX A; 1F44 A; 4F93 B; 1OUQ A; 2W9B A; 3C28 A; 3BS7 A; 4LZD A; 3T5J A; 1UT8 A; 4XQ8 A; 2KMD A; 2JMG A; 5J0X A; 1LB2 B; 5L1J A; 3ALR A; 3SI8 A; 4B9V A; 2FI1 A; 2W03 A; 3H8S A; 2PFP A; 1UT5 A; 4UBC A; 5J2D A; 4EBC A; 2QKQ A; 4LJX A; 4DSK A; 1TFR A; 5CJ7 A; 4F4Z A; 4DOA A; 1B22 A; 5L1I A; 2FMS A; 3KHL A; 1ZRN A; 4DSJ A; 3WK5 A; 2XID A; 3T5L A; 5AI9 A; 3PSI A; 2DL0 A; 4ACO A; 5KG3 A; 2KN7 A; 2MU2 A; 3UPQ A; 2F8L A; 2ZIU B; 2GLE A; 2K4E A; 5AKY A; 5KG7 A; 8ICR A; 4RPY A; 3N97 B; 3C2K A; 8ICW A; 2QAR B; 4P0Q A; 2IOH A; 5KT5 A; 2HVI A; 2ZG6 A; 4UW9 A; 4ICA A; 4ZH4 A; 1T4G A; 5IIK A; 3QEB Z; 2MUT B; 2PXI A; 3SV4 A; 5DGB A; 4UAY A; 2F2A B; 4RT2 A; 5J0W A; 2JV3 A; 1ZQV A; 4E0D A; 1X9W A; 2W9B B; 3AM9 A; 1T94 A; 1XC9 A; 2KP7 A; 2BCU A; 2BPG A; 5DBC A; 5KFC A; 4YP3 A; 3HKZ F; 4PHE A; 3Q8M A; 2K8A A; 4OJP A; 5CB1 A; 2ZJ8 A; 1B4F A; 4G3I A; 2RRD A; 4FBT A; 4YFK A; 3N4M B; 1ZQH A; 1ZQO A; 1BPE A; 4KIT B; 2XVT A; 5EE1 A; 1TK8 A; 7ICF A; 4KLL A; 3PW7 A; 1NK6 A; 2IOF A; 5DQI A; 5J2K A; 2JR5 A; 2I9G A; 4A8E A; 2ZTE A; 3UM9 A; 3ONN A; 2CN1 A; 3RJH A; 2E8M A; 1RQL A; 9ICQ A; 3M9M B; 3H4B A; 1KSP A; 1RQN A; 1OW5 A; 1UCV A; 3GFK B; 2G07 A; 5AM0 A; 3A0H U; 1AQ6 A; 3F5E A; 7ICO A; 3UMC A; 1KBU A; 9ICN A; 2JEF A; 1S0O A; 4Q43 A; 3HT3 A; 5EE9 A; 1B43 A; 4F91 B; 3PY8 A; 8ICX A; 4DFK A; 4P0Q B; 4DQS A; 4B6J A; 1S77 D; 7ICK A; 5ALE A; 1X2I A; 8ICM A; 1ZYQ A; 2HHT A; 1COO A; 1ZQR A; 4QIW C; 7ICS A; 3C2M A; 4F71 A; 1TK0 A; 1T7P A; 3TKA A; 5IIN A; 5ALH A; 4PL2 A; 4RQ8 A; 4O5C A; 3OPX A; 4Y2J A; 4M6W A; 4RU9 A; 2KSO A; 2WTF A; 1MSW D; 1WG8 A; 2LM4 A; 2RDI A; 3BQ1 A; 4DS5 A; 4CDG A; 3RB0 A; 2HCF A; 4JV2 A; 2GO7 A; 3M1Y A; 2XC9 A; 3L3F X; 3AL0 B; 1N63 A; 4UB2 A; 2F3N A; 4DQR A; 2HOI A; 1M6Y A; 2ZTC A; 1QSL A; 3ZI4 A; 4I2F A; 3GU3 A; 1L5U A; 4JWM A; 4Z6C A; 4ED7 A; 1N62 A; 4DS4 A; 1ZQD A; 4QW8 A; 1DXS A; 1JRO A; 4I2I A; 2E8P A; 2NV3 A; 3OHB A; 3M9N B; 2FLN A; 3H8W A; 5DB8 A; 2C2R A; 3WU2 U; 2VA2 A; 5KFA A; 2K4P A; 2KVS A; 9ICO A; 5A0L A; 4GFJ A; 3SQI A; 9ICK A; 7ICJ A; 4YN4 A; 2KZZ A; 2BHN A; 2OM6 A; 5D4B A; 3WKE A; 4K4G A; 3M6Z A; 2LPE A; 3KOO A; 1PZN A; 5KFO A; 5KAI U; 3VC8 A; 4KLS A; 2Y0S F; 3FDS A; 2EAP A; 1NKB A; 8ICH A; 5KFB A; 3F5A A; 2AGQ A; 4NLN A; 4YMO A; 3KKA C; 4YVZ A; 5DB9 A; 5AI0 A; 1OXJ A; 4ELV A; 3HW8 A; 3C23 A; 9ICP A; 4I2E A; 5AKH A; 2ASD A; 5KFM A; 4QZ9 A; 4R8U B; 1U47 A; 4NL9 C; 4BWJ A; 3BZC A; 2I6X A; 4IR9 A; 4O3M A; 2E1E A; 4M9H A; 4DSF A; 5EWG A; 1V85 A; 3SAH A; 2D8C A; 4FZM A; 4YR0 A; 5DLF A; 3RR7 A; 4ECY A; 2F8K A; 1SXD A; 2E8N A; 3S6J A; 3JPT A; 3RB4 A; 2RDJ A; 2KZ3 A; 4M47 A; 1TK5 A; 4OD0 A; 1KN5 A; 4P0P A; 2JEJ A; 1RG6 A; 5ALP A; 3NGD A; 1QSY A; 1J97 A; 3GIL A; 3WKA A; 2KNJ A; 3EW9 A; 5E79 U; 1DK2 A; 3AU2 A; 4DF8 A; 1A0P A; 3E58 A; 2W9A A; 5J2E A; 9ICC A; 4DL3 A; 5DKW A; 1Q3U A; 1KEJ A; 5IIL A; 2W54 A; 4C7Z A; 2NO5 A; 1FEZ A; 4UAZ A; 2W9M A; 2FLP A; 2G5I B; 1S76 D; 4UBB A; 4P4O A; 3AMZ A; 4YD1 A; 1PVQ A; 3QU4 A; 3KKA A; 2C2D A; 1UA1 A; 1KRP A; 4EEY A; 4I2J A; 4RNO A; 3QUQ A; 1TKD A; 5HR6 A; 2LKY A; 4X5V A; 4YMN A; 3OJS A; 5KG5 A; 3D2S A; 4IQU A; 4NL9 A; 4YXM A; 3ZD9 A; 1PVR A; 2FDR A; 2N1R A; 3CYM A; 2ISO A; 3M8R A; 9ICG A; 1TE2 A; 1L3S A; 3H8M A; 1MN8 A; 3C29 A; 2DF4 B; 5AK5 A; 4US9 A; 4J9Q A; 8ICP A; 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4O3Q A; 5J2G A; 5KT4 A; 5KFW A; 3AEV A; 4RUC A; 2KJ9 A; 2HHV A; 1SZH A; 3NTU A; 5AM2 A; 3E0F A; 3I28 A; 2IHM A; 2PFN A; 2F44 A; 4ED3 A; 2LM1 A; 3RRH A; 2OXO A; 9ICI A; 7ICP A; 5KFD A; 2KFN A; 5KFY A; 3RFA A; 2QAR A; 1H38 A; 3UQ0 A; 4O3R A; 9ICM A; 4MF2 A; 3B0X A; 5J2I A; 3IV6 A; 1L6N A; 2K89 A; 4OJ6 A; 5ALS A; 3PVX A; 3QUB A; 3CP8 A; 4QZ8 A; 2MUT A; 2W7O A; 4DFM A; 1S0N A; 2RP5 A; 4F2S A; 3ICX A; 1T3Q A; 3ZDB A; 1URJ A; 3NVV A; 4CE6 A; 1ZQC A; 3ISD A; 2AJQ A; 8ICY A; 1CI4 A; 5L1L A; 5DGA A; 1N5X A; 5AM1 A; 2YN4 A; 2JZB B; 4OJO A; 3LDA A; 1WCN A; 2BQU A; 2JH7 A; 3BZK A; 3OJU A; 7ICI A; 3FC4 A; 3HIL A; 2XY6 A; 3QNM A; 2FPM A; 3AN1 A; 1CEZ A; 2IHN A; 4UAV A; 2Y9U A; 3V6H A; 4BJQ A; 4ECZ A; 2ZUB A; 3KFU F; 4Y2Q A; 5ALG A; 1L3V A; 1X40 A; 2ASJ A; 2PMZ C; 3K1Z A; 5KFG A; 3KD3 A; 4F4W A; 3BQ0 A; 4YD2 A; 4Y2Y A; 5J2B A; 2YMM A; 2BCQ A; 1U49 A; 3RH5 A; 2K60 A; 4G9B A; 4O5E A; 4YR2 A; 4C4T A; 4DLG A; 3H8J A; 4F72 A; 2JEG A; 4Q8E A; 4B9M A; 2NYV A; 2EZZ A; 2AU0 A; 2OWO A; 1HJP A; 3C5G A; 2ZUC A; 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