The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
104
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structure length |
104
|
Chain Sequence |
RPSLSPREARDRYLAHRQTDAADASIKSFRYRLKHFVEWAEERDITAMRELTGWKLDEYETFRRGSDVSPATLNGEMQTLKNWLEYLARIDVVDEDLPEKVHVP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Northeast Structural Genomics Consortium Target HmR208A
rcsb |
| molecule tags |
Recombination
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| source organism |
Haloarcula marismortui
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| molecule keywords |
Phage integrase/site-specific recombinase
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| total genus |
32
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KJ8 A; 1XNS A; 4CRX A; 1PVP A; 1DRG A; 1Q3U A; 3C29 A; 4ACO A; 1Z1B A; 1Z19 A; 2CRX A; 2KKV A; 2KEY A; 3LYS A; 1OUQ A; 3NRW A; 1Q3V A; 1NZB A; 2KHV A; 2KKP A; 2KOB A; 2OXO A; 2KIW A; 2HOI A; 3CRX A; 1A0P A; 4A8E A; 1XO0 A; 1F44 A; 2HOF A; 2KJ5 A; 1MA7 A; 2KD1 A; 2KJ9 A; 1PVR A; 3MGV A; 1CRX A; 1PVQ A; 1KBU A; 5CRX A; 3C28 A; 2KHQ A; 1P7D A; 2A3V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2NRW A; 5EE1 A; 3Q8M A; 2AH5 A; 4RT2 A; 2UVU A; 1L7M A; 9ICH A; 3RJH A; 2BQR A; 5KFX A; 3GV5 B; 4DSI A; 5AM5 A; 1Z4N A; 5AKE A; 4BJQ A; 2AGO A; 4US9 A; 3RH6 A; 5DB9 A; 2B0C A; 4I2A A; 5ALU A; 2XC9 A; 1ZQH A; 4EZ6 A; 1QLN A; 5EWG A; 3G6V A; 5F9N A; 4J9M A; 2V4Q A; 3ED5 A; 2KNJ A; 2EZZ A; 5L1K A; 5BPC A; 3N7P D; 3HKZ C; 3GIL A; 4F72 A; 3FAH A; 2BKE A; 1XC9 A; 1KN5 A; 3UXN A; 3PX0 A; 2QB0 B; 4Y2T A; 4M9L A; 5KG3 A; 4XRH A; 4P2H A; 3N28 A; 3TAC B; 5DBB A; 1Z4O A; 8ICT A; 3RH4 A; 4BWM A; 1N56 A; 2WF5 A; 5ALD A; 4J03 A; 1T94 A; 3D2N A; 4PJ0 U; 3RRH A; 1X9W A; 7ICI A; 4XUS A; 4DQR A; 3ETL A; 3EPG A; 1ZQX A; 5AM1 A; 9ICJ A; 5ALG A; 4JV0 A; 2J6U A; 4ED0 A; 7ICT A; 5DLF A; 2KIV A; 4KLS A; 3BDP A; 4F5O A; 3IRU A; 2QB1 A; 4PL2 A; 5KFC A; 4Z6E A; 2ZIX B; 2DKX A; 2ZIW A; 4C8N A; 4UB1 A; 2ASJ A; 3BZC A; 1ZD5 A; 3V7J A; 3JPQ A; 7ICG A; 3NVZ A; 1TK5 A; 5DDM A; 2FE9 A; 4O3S A; 3D2Q A; 5AK4 A; 2HI0 A; 1L7P A; 2E8N A; 2VIX A; 5KFV A; 1S77 D; 8ICF A; 3JPT A; 4P4P A; 3UQ0 A; 4CE6 A; 1L3U A; 4O5E A; 7ICK A; 2QAR B; 4IC9 A; 5KG5 A; 2VA2 A; 4LVS A; 1ZQF A; 4QZ8 A; 1FEZ A; 1PUZ A; 1KFS A; 2WTF A; 4P0P A; 5L9X A; 2BPG A; 3LK9 A; 3T5H A; 8ICE A; 4ECZ A; 1T3Q A; 1SXD A; 5CJ7 A; 5K4L A; 2EAP A; 1S10 A; 4O3O A; 5DBC A; 5AM0 A; 3Q8P B; 2H3Q A; 3ZI4 A; 5AKI A; 1MQ2 A; 2PMZ C; 2M0N A; 1TVA A; 4R66 A; 3G6Y A; 3QUT A; 1PK1 A; 3C5G A; 2ZIV A; 2C28 A; 2W9C A; 2HMX A; 1ZQL A; 5DDY A; 3T5K A; 4QWA A; 5KFM A; 4FBU A; 3HJE A; 3BZK A; 4UB8 U; 4NL9 A; 4DOA A; 5J0T A; 5AKG A; 4NLZ A; 8ICX A; 2NRZ A; 3RJK A; 1N63 A; 2BQU A; 2JZB A; 5AI9 A; 3C2L A; 5AI6 A; 5BOM A; 1BPE A; 1SL1 A; 4IRK A; 3SEI A; 3DDH A; 4F4K A; 1ZD2 P; 2KVC A; 4UQG A; 2JGA A; 2F1H A; 4M6W A; 4ED2 A; 4M9G A; 4ECQ A; 1MQ3 A; 5KFS A; 4QZD A; 2HBM A; 4DL2 A; 4YR3 A; 4M9J A; 3V6J A; 3C1Y A; 2GLE A; 7ICR A; 4MF8 A; 4GFJ A; 5B5E U; 1UT5 A; 3C21 A; 3E58 A; 2ZIU A; 3LYS A; 1X9X A; 2JH7 A; 2OM6 A; 2BPC A; 3SD7 A; 1ZRM A; 1URJ A; 4QW9 A; 2JH1 A; 4KN7 A; 1M6Y A; 5AKH A; 2ODG A; 5AI4 A; 2IHM A; 3DEE A; 1YZ6 A; 2DPJ A; 4YR0 A; 2NRV A; 5J0U A; 3N4M B; 4CDG A; 4LZG A; 2FJ6 A; 1CEZ A; 3KHR A; 1XWL A; 4NV0 A; 5DB7 A; 2KEY A; 5G5H A; 1T4G A; 2BCS A; 3OJS A; 1XSP A; 4GXK A; 3ZDE A; 2F2A B; 4KLL A; 1L6N A; 4GC6 A; 4RPY A; 3AU6 A; 4PPX A; 3BS7 A; 4RT3 A; 3OTQ A; 2W9B A; 4RNN A; 4NM2 A; 3MR6 A; 4DOC A; 4UAZ A; 4C7Z A; 2KSO B; 3NAS A; 5DBA A; 5J2B A; 1XO0 A; 3QU5 A; 4B9S A; 4EX7 A; 2ASL A; 5EOZ A; 5DG9 A; 2KN7 A; 4FBT A; 2YMP A; 5AI5 A; 2AQ0 A; 1F0M A; 2WF6 A; 1JXE A; 5DKW A; 2G08 A; 2W54 A; 1Z19 A; 1LKY A; 1KEJ A; 2KVS A; 2FMQ A; 1A0P A; 4C7Y A; 3K4G A; 2XCA A; 2MSN A; 4FFD A; 1SV4 A; 4KMU A; 2KIC A; 2JR5 A; 9ICM A; 2E8M A; 4I27 A; 5CRX A; 1TFR A; 5AKZ A; 3KZI U; 4UAY A; 2GOL A; 1JXL A; 3H8M A; 2MUT A; 1LV5 A; 2C2D A; 4KLG A; 4MFF A; 2GO7 A; 1NZB A; 2A1J A; 5DG8 A; 3SZ2 A; 4B9T A; 2ZTD A; 4OJP A; 4B9V A; 4RUA A; 1O03 A; 4P0Q A; 4RPZ A; 2BPF A; 2KP7 A; 2Y0S C; 3FDS A; 4DQP A; 3QUQ A; 3MC1 A; 3PW0 A; 3ISD A; 3PX6 A; 4PH5 A; 5KFJ A; 1NZP A; 2XVT A; 1JAL A; 1N5W A; 4QZH A; 1CI4 A; 2BCR A; 2OCE A; 4Y2Q A; 3UXP A; 3V72 A; 2KMD A; 4R63 A; 4UAS A; 5ALR A; 2H3F A; 3GII A; 1IM4 A; 1MC8 A; 5KFZ A; 8ICO A; 3C2K A; 3KHL A; 2KG5 A; 5L1L A; 3GV7 B; 4NLB A; 1MSW D; 5ALN A; 5TZV A; 3SV3 A; 1JRO A; 5ALI A; 4DL6 A; 4BX9 C; 4QZI A; 3GQC A; 4DSE A; 2IOF A; 5AKJ A; 2BCU A; 1NJW A; 2KK0 A; 4F5P A; 1ZQO A; 3H4B A; 2A3V A; 4C8M A; 4GLX A; 1H38 A; 4CNQ A; 3TAN A; 8ICI A; 3KD3 A; 4KLF A; 2A1A A; 4DOB A; 4B9U A; 2W3S A; 2KOB A; 3RB0 A; 1L7O A; 1T8E A; 3CYM A; 1ZRN A; 4F5R A; 4Y2U A; 3UPQ A; 3T5L A; 3T5J A; 4ELT A; 3H0M B; 2XO7 A; 5J2H A; 1Z00 A; 3GIK A; 1O08 A; 4DL3 A; 4KLD A; 2K4E A; 4EEK A; 2JHD A; 4UBB A; 4OJ5 A; 1Z1B A; 2HVH A; 4DL7 A; 2ES6 A; 4RQ7 A; 2PXI A; 2NO5 A; 5J0S A; 4RQ6 A; 1WCL A; 4J9S A; 1ZQB A; 1T7P A; 1XS9 D; 4RNM A; 2DUY A; 3NUQ A; 2ASD A; 9ICW A; 4EBC A; 2KZM A; 5ALS A; 9ICR A; 3PX4 A; 1BPD A; 1NK6 A; 3FM9 A; 4DFJ A; 3V7K A; 1NOM A; 4NL9 C; 1Q46 A; 1ARO P; 4NWI A; 3Q8L A; 3R9K A; 2KIW A; 3M6K A; 2YTU A; 1ZQE A; 2E5S A; 3H0L B; 4U6P A; 1RQN A; 4XA5 A; 5CB1 A; 3M8S A; 5HMM A; 2WF9 A; 3SAG A; 1QSL A; 4Z6F A; 5JTI A; 2JMG A; 5HP4 A; 4CF5 A; 5KFT A; 4YD1 A; 2F44 A; 4TUQ A; 1IV8 A; 1V38 A; 4F3O A; 5KTQ A; 2G06 A; 4PGX A; 3KHH A; 1KSP A; 1ZQP A; 2E8O A; 2KTQ A; 3C28 A; 3BS5 B; 4RQN A; 4FS2 A; 2OH2 A; 2YMQ A; 1PVP A; 9ICB A; 4B9N A; 2LBO A; 3UM9 A; 9ICP A; 1SL2 A; 2F1J A; 3SQI A; 1NKC A; 2OHF A; 1JI7 A; 3L4P A; 4QWC A; 1X9S A; 1JMS A; 9ICF A; 3J81 j; 8ICN A; 9ICS A; 3RAQ A; 2PFQ A; 1U47 A; 3HIL A; 1TKD A; 5HML A; 1X40 A; 1WCN A; 3AM9 A; 1VLB A; 3QZ7 A; 4JV2 A; 5D49 A; 1OUQ A; 3D6J A; 3T79 A; 4LJX A; 4PGY A; 2EQY A; 3Q8K A; 3WKD A; 4OD0 A; 1N5X A; 5KFB A; 3SAH A; 3PST A; 2KHQ A; 5J8Y A; 2ZXI A; 3SYZ A; 3S6J A; 4Q8F A; 3TKA A; 5CHG A; 4TUR A; 1NK8 A; 2F8L A; 3UXO A; 2IBK A; 4RQ3 A; 3RB3 A; 3PSF A; 5J2K A; 2K8A A; 2KHV A; 1ZQU A; 3KKA A; 1QCK A; 4OJO A; 2H3I A; 3SEN A; 2Z7J A; 3QU2 A; 2J6T A; 2G0A A; 4UAT A; 2ZUB A; 2W9A A; 3L5K A; 1D9F A; 1ZQM A; 2LMR A; 1ZQY A; 1RZT A; 1XU4 A; 1JX4 A; 3UMB A; 3PML A; 3NS1 A; 5DGA A; 4MHV A; 5JUM A; 4O5C A; 2XGP A; 1X66 A; 5AIA A; 3QU4 A; 1B0X A; 3RB4 A; 4KMO B; 5DLG A; 4FZL A; 5HHH A; 2W7O A; 4KX3 A; 3ISB A; 2KFZ A; 3EYZ A; 1S8O A; 4PL1 A; 2Q0Z X; 1ZQC A; 2DGZ A; 2QKQ A; 4K4I A; 4J9Q A; 2Q4T A; 1ZQG A; 1ZET A; 5E79 U; 9ICQ A; 2IOH A; 2JXJ A; 5ALL A; 2LM1 A; 1NJZ A; 4PGQ A; 4ZOH C; 4I2B A; 3PV8 A; 2FMP A; 5J0O A; 2M9N A; 2KZZ A; 4ICA A; 2FI1 A; 5J0Q A; 4Y2P A; 2BHN A; 3PVX A; 2GWS A; 3AL0 B; 1PK3 A; 4DFD A; 2BZF A; 4UAR A; 2K4I A; 5KFF A; 5EWE A; 1ZYQ A; 2HCF A; 2WB1 F; 1PVR A; 3MGV A; 4KLT A; 2ATL A; 3H8S A; 4OJL A; 4YMO A; 2K60 A; 4ECW A; 1WYG A; 1BPX A; 2OWO A; 5GTI U; 1DK2 A; 4P0P B; 5KFL A; 5DB6 A; 1TE2 A; 2LI6 A; 2QB0 A; 4CF4 A; 1RDF A; 2AU0 A; 4KLU A; 3PZP A; 4UB6 U; 4J9N A; 2W11 A; 4EYI B; 3HT3 A; 2FPM A; 1NK7 A; 4NXZ A; 4KLH A; 5AHX A; 5ALP A; 4PHA A; 1PK1 B; 3WK9 A; 1RYR A; 4MEX A; 4DL4 A; 4EBD A; 5KFO A; 1K5O A; 4E0D A; 5KFW A; 4IR1 A; 2F3N A; 3LVV A; 8ICC A; 3HWT A; 4DSL A; 2RP5 A; 4GXI A; 4NLG A; 1S0N A; 3WKE A; 3M9N B; 2R8J A; 1DGS A; 4I2C A; 1QTM A; 2ZIX A; 4P4O A; 4PHP A; 2YB4 A; 9ICV A; 1S0O A; 1J97 A; 5IIO A; 4CCH A; 3E2E A; 2DWQ A; 2VJ5 A; 3AUO A; 3WKC A; 1C7Y A; 2XY7 A; 1ZQR A; 4MFC A; 5ALO A; 3VCB A; 3M1Y A; 3UQ2 A; 1PZN A; 2LYA A; 3HPO A; 1ZJM A; 4DSK A; 4ELU A; 5DB8 A; 4TQS A; 3PNC A; 2KJ8 A; 2E3T A; 4QW8 A; 3BQ1 A; 1RQL A; 9ICI A; 3M9M B; 2ZIU B; 4RQ5 A; 1ZJN A; 2JRZ A; 4OJ6 A; 5KFN A; 3MR5 A; 2VA8 A; 4C4R A; 3I76 A; 1JUD A; 1ECW A; 3OSP A; 4ECS A; 3V6H A; 3ISC A; 7ICM A; 9ICE A; 3K1R B; 1WG8 A; 2CRX A; 1SZH A; 2IA6 A; 3I28 A; 3MR3 A; 1U9L A; 2KKP A; 1SV0 C; 3MR2 A; 2C2E A; 5A0L A; 4Y2R A; 3H40 A; 4QWE A; 1HJP A; 3TFR A; 2P6U A; 3RR8 A; 1X9M A; 3WK4 A; 2FLP A; 2FPL A; 1ZQK A; 4QZG A; 4EEN A; 2ALZ A; 4QWB A; 4B9M A; 1KW4 A; 3WKB A; 7ICQ A; 3CP8 A; 3C5F A; 3K1Z A; 5ALE A; 2JEI A; 5KG1 A; 5KG4 A; 3TAD C; 3SV4 A; 3PR5 B; 4JMU A; 2HHQ A; 3THV A; 1Y88 A; 3EW9 A; 2WAQ F; 3SR6 A; 4YG2 A; 1ZD3 A; 2R8H A; 5ALQ A; 4HYK A; 8ICQ A; 1J2M A; 2HBK A; 1ED1 A; 2DF4 B; 5KFI A; 3IM1 A; 1N62 A; 4G9B A; 3B0X A; 3H7I A; 1L3V A; 4NM1 A; 3QUB A; 2F8K A; 2OXO A; 4J9P A; 2BDP A; 1A6S A; 1L8L A; 2DL0 A; 2UVR A; 2KD1 A; 4I29 A; 4IQW A; 5D46 A; 3HW8 A; 4AP9 A; 4YR2 A; 4EBE A; 2DBY A; 2PI5 A; 3MDA A; 4JK1 A; 3QX7 A; 2HBJ A; 2XIC A; 1KQQ A; 3WK5 A; 1Z1V A; 3QNM A; 5G5G A; 4M47 A; 1JN3 A; 1SXE A; 2MU2 A; 2E8P A; 3ZDA A; 4DFK A; 1PVQ A; 8ICZ A; 4F92 B; 2AJQ A; 5T14 A; 3IG5 A; 1F5S A; 1J2N A; 4KLI A; 3Q8Q B; 1DRG A; 3EWA A; 2YB1 A; 5KG2 A; 1ZD4 A; 4F4W A; 3CW2 C; 1JRP A; 3TAP A; 1U45 A; 4ED1 A; 2AQ4 A; 2K8B B; 4US8 A; 1JIH A; 3IDW A; 2JEF A; 4M9H A; 3WK6 A; 4ECR A; 4M04 A; 1LVH A; 1UPH A; 2ISP A; 4P4M A; 5L1I A; 3GU3 A; 2LHT A; 3N7R C; 2EAO A; 4YQW A; 2NRT A; 7ICV A; 2F76 X; 3PY8 A; 1Q3U A; 2B6G A; 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2KE7 A; 3PW2 A; 2C22 A; 1TK8 A; 8ICU A; 5ALM A; 3QEA Z; 4F50 A; 2W43 A; 5KFR A; 3OHB A; 4UBC A; 1SGG A; 7ICF A; 3RJF A; 4J9L A; 3RJJ A; 2A19 A; 2BCQ A; 2NV3 A; 3C23 A; 2EAM A; 4PZN A; 3LWM A; 4C8L A; 4DO9 A; 2CN1 A; 8ICP A; 2HHW A; 1FO4 A; 7ICE A; 5AKY A; 3AN1 A; 3PW4 A; 2HOF A; 1BNO A; 4MFA A; 8ICG A; 1NK5 A; 1L5U A; 2HDO A; 2AGP A; 1SZP A; 4Z6C A; 1SKR A; 3PSP A; 4UB4 A; 2JV3 A; 4KTQ A; 4KLQ A; 2PKE A; 5DQH A; 4DSJ A; 3RB6 A; 1HUZ A; 9ICC A; 5J0X A; 3SI8 A; 4EX6 A; 1RXV A; 9ICU A; 2W03 A; 3BQ0 A; 3H8J A; 1N61 A; 2H3V A; 3KBB A; 2IHN A; 1ZQA A; 5J2D A; 1K1Q A; 1UA0 A; 2FLN A; 4DQS A; 2HHX A; 3BJY A; 5ALJ A; 2UVV A; 2FLL A; 1EXN A; 4RUC A; 1COO A; 3OPX A; 4QIW F; 3BS5 A; 4ED7 A; 4TUS A; 3M8R A; 2YQE A; 2VKQ A; 4F93 B; 2IOF K; 4KLO A; 4EYH B; 7ICJ A; 4PZO A; 1TAU A; 2W04 A; 1DXS A; 3M6Z A; 1SL0 A; 3KFU F; 3ONN A; 2R8G A; 1ZOL A; 5J2E A; 1S5L U; 4R64 A; 3EPI A; 5KL1 B; 3QE9 Y; 8ICR A; 4KX5 A; 1BVS A; 1NKB A; 3BQ7 A; 2W55 A; 5KFK A; 4F5Q A; 3L3F X; 4ACO A; 2HBL A; 3JPR A; 1X6I A; 5GTH U; 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