The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
|
sequence length |
81
|
structure length |
81
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Chain Sequence |
TFEEMALTTFMITKESYCKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the C-terminal cytoplasmic domain of non-structural protein 4 from mouse hepatitis virus A59.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA-directed RNA polymerase
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Murine hepatitis virus
|
| total genus |
28
|
| structure length |
81
|
| sequence length |
81
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2012-01-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VCB A; 3VC8 A; 3GZF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QU4 A; 3TAN A; 1NZB A; 3KZX A; 5DB7 A; 2HVH A; 3SQI A; 1Z4N A; 2W7O A; 3RAX A; 1EXN A; 1PK1 A; 4DOC A; 2BCS A; 1XC9 A; 3C29 A; 3GDX A; 4PPX A; 2WF5 A; 4Q44 A; 5L1J A; 4FBT A; 1IIP A; 2K89 A; 2F44 A; 4ED3 A; 1T4G A; 4M9J A; 2VAN A; 2MUT B; 1RQL A; 4ED0 A; 4GXI A; 2W11 A; 2KEY A; 3GII A; 5IIK A; 3HJE A; 3M9O B; 5J0S A; 4ED2 A; 2M0N A; 1LKY B; 3ISC A; 1RYR A; 4I2C A; 4RU9 A; 1NJX A; 1VJ5 A; 2ASJ A; 3RB4 A; 4IL6 U; 1S97 A; 1N5X A; 3T5H A; 4RQ5 A; 1LV5 A; 5EE1 A; 4DFM A; 4I27 A; 3NTU A; 1BPD A; 2OEH A; 3GU3 A; 2DPI A; 2F1I A; 9ICI A; 3ONN A; 4QW8 A; 5KT5 A; 5IIO A; 4F3O A; 4CE6 A; 4R8U B; 4RPX A; 5C5J A; 4NM1 A; 4DSE A; 3MBY A; 2R8J A; 2KOB A; 5AKY A; 4GC7 A; 2ALZ A; 5DQH A; 4ECQ A; 2XC9 A; 3Q8L A; 2KZ3 A; 1SL0 A; 3MR3 A; 4M9G A; 1S10 A; 4J9P A; 4FZN A; 3A0H U; 4BDP A; 2BCV A; 5KFV A; 3ISD A; 1DRG A; 1HIW A; 4C8M A; 4UW9 A; 3HKZ F; 3E0F A; 2VA2 A; 4US8 A; 4J9K A; 5AK6 A; 4DSF A; 2JH7 A; 2JHD A; 1ZQD A; 5KFX A; 2P35 A; 2KJ5 A; 3MFH A; 9ICU A; 5AKJ A; 4NL9 A; 4PZO A; 5F9L A; 1SB3 C; 4KX3 A; 4KLM A; 4B9S A; 3RBE A; 4YD2 A; 3GV7 B; 1VDV A; 2AH5 A; 1SZH A; 3IV6 A; 2LYB A; 1Z4O A; 3LK9 A; 1WUD A; 4RT2 A; 2ZIW A; 3V72 A; 2RRD A; 5EWE A; 1SZP A; 4RT3 A; 7ICK A; 2KIV A; 3AU6 A; 3DV9 A; 5DBB A; 3TAQ A; 2YQE A; 4ECZ A; 2VA3 A; 4I2A A; 1ZQJ A; 2Y1I A; 1ZQU A; 2FMS A; 1J2M A; 5G5G A; 4QJF B; 1N61 A; 2E8M A; 2GO7 A; 4NLB A; 1S0O A; 3WK5 A; 4BWM A; 3TQ1 A; 2AU0 A; 1ZQB A; 2K60 A; 3TAD A; 7ICE A; 3NVV A; 9ICJ A; 3E2E A; 5DG9 A; 1SV4 A; 3QEB Z; 3SD7 A; 1Q46 A; 4RNM A; 1KKX A; 3I28 A; 4ECW A; 2WF9 A; 5G5H A; 4ECY A; 3QNM A; 1RG6 A; 5AI9 A; 3ZDD A; 5AM2 A; 1QQ5 A; 2KIC A; 3KHG A; 4YMM A; 2RLT A; 3BDP A; 4KLS A; 2ZIU A; 1PK1 B; 2XVT A; 3AN1 A; 2KJ9 A; 3UXN A; 4M47 A; 7ICG A; 1SKW A; 5HHH A; 3V7K A; 4TUR A; 3FAH A; 4RQ2 A; 5JRT A; 4MF8 A; 4YN4 A; 5GTI U; 4I2E A; 2PFO A; 4QNL A; 2KHV A; 2AXT U; 5ALR A; 1MA7 A; 1Q8K A; 4RNO A; 2NRX A; 1T3Q A; 3UPQ A; 1N48 A; 2EZX A; 5DLF A; 4YR3 A; 4DSL A; 4OO1 J; 4TUQ A; 1M6Y A; 4KLL A; 1UQV A; 2IHM A; 1KFD A; 5DLG A; 9ICH A; 5KT6 A; 2HBM A; 4PGQ A; 5AIC A; 5KG4 A; 1KFS A; 3IRU A; 4UAY A; 9ICQ A; 3EZ5 A; 1TV9 A; 4ACO A; 7ICT A; 2KV2 A; 4XQ8 A; 1XSN A; 3RJH A; 1KDH A; 2KD1 A; 5KT7 A; 1KFT A; 5DB9 A; 4YCX A; 2ZTD A; 4DLE A; 2IOF A; 4YMN A; 1NJW A; 4MHV A; 2W3R A; 5ALO A; 1ZQT A; 4FZL A; 2R8H A; 5CJ7 A; 3Q8Q B; 4ELT A; 4USA A; 4CCH A; 4EEL A; 2BZF A; 5KFC A; 1X9X A; 3FC4 A; 1OW5 A; 2JR5 A; 5DBA A; 4LZG A; 9ICN A; 2C2D A; 4KMU A; 2HBL A; 5J2A A; 2CPR A; 5ALG A; 5KT2 A; 1T7P A; 5KFO A; 1NJZ A; 1Z3E B; 3H0M B; 1JXE A; 4NWI A; 1ZQW A; 2CN1 A; 3ISB A; 5EWF A; 2GLE A; 3QUT A; 2LM4 A; 2H3F A; 5JTI A; 5JU5 A; 1XNS A; 1S0N A; 2HOQ A; 1RYU A; 4RNN A; 2IOH A; 4F5Q A; 4CRX A; 1K5O A; 2YB4 A; 3FDS A; 3C2K A; 3L3F X; 4JUZ A; 4F4Z A; 2DBY A; 2PXI A; 8ICB A; 3M7D A; 1QH9 A; 8ICJ A; 5L1I A; 3SR6 A; 4DFJ A; 3I76 A; 1RPL A; 2FJ6 A; 4PHE A; 9ICB A; 1N56 A; 2PI5 A; 4IRK A; 4F4X A; 5KG3 A; 5AKE A; 2C2R A; 1ZQZ A; 1L3S A; 3K1R B; 5J8Y C; 4DSI A; 4PGX A; 3TAR A; 5B66 U; 4FBU A; 5JUM A; 1ZQI A; 1SIJ A; 3B0X A; 2PKE A; 4Z6E A; 8ICM A; 4DFP A; 2KSO A; 2A19 A; 4DFD A; 4Y2V A; 3C5G A; 2LBO A; 1T8E A; 5KFJ A; 2FDR A; 1DGJ A; 4AP9 A; 5KFG A; 3H0L B; 3GFK B; 2EH9 A; 5IIJ A; 2IOF K; 3K75 D; 3MFI A; 5EE9 A; 5KG6 A; 4M9L A; 3RR7 A; 4O0I A; 3NRZ A; 2OH2 A; 5J2E A; 4P0Q A; 9ICW A; 1NNL A; 2KNJ A; 5DGB A; 1KBU A; 4J9N A; 3LDA A; 4QWB A; 4ECV A; 2ZIU B; 5KG0 A; 4EBD A; 5J2C A; 4EEK A; 3C2L A; 1ZET A; 1LKY A; 1SGG A; 5ALP A; 3KHL A; 2BR0 A; 3RH6 A; 3B9J A; 4GFJ A; 2HHQ A; 4DSJ A; 4RQN A; 3Q8S B; 1U48 A; 4PGY A; 5CEH A; 5KFB A; 2D8C A; 4C7Y A; 4C8L A; 3RBD A; 3JPR A; 4QIW C; 2KVC A; 3KKA A; 4YG2 A; 2A1J A; 3RAQ A; 4M9H A; 5KTQ A; 3PNC A; 4O3M A; 4JMU A; 4QZG A; 4ECX A; 3MC1 A; 4R8U A; 4P4M A; 5J0T A; 2WF8 A; 4QWA A; 4QWD A; 1L7N A; 3PX6 A; 4I2F A; 2ODG A; 5J0W A; 1NK6 A; 2YB1 A; 2Q0Z X; 5J2I A; 1PVP A; 2BPC A; 1BGX T; 3NAS A; 4MF2 A; 2ZJ8 A; 4OJL A; 4F5R A; 8ICF A; 1SXD A; 5KFQ A; 1XWL A; 4DWI A; 4YVZ A; 4UAR A; 7ICR A; 1N2X A; 3BZC A; 5L1L A; 4KLG A; 1NOM A; 2DL0 A; 3QUB A; 1Z00 A; 5AI5 A; 3QU2 A; 3UMB A; 9ICS A; 3EWA A; 3V6H A; 3M1Y A; 1ZQL A; 1Y88 A; 3BJY A; 5AKI A; 3THV A; 1QTM A; 5K4L A; 3MR6 A; 4I2G A; 8ICI A; 4KIT B; 4PH5 A; 3KBB A; 3GIM A; 1ZQC A; 5J0R A; 4EEY A; 3TI0 A; 4ED8 A; 4I2I A; 3PSF A; 4B9L A; 7ICL A; 2KN7 A; 4PL2 A; 4EBC A; 3SAG A; 4UAW A; 2VA8 A; 1C20 A; 5ALL A; 5CB1 A; 3R9K A; 3PST A; 2OHF A; 4K4H A; 1L6N A; 2BDP A; 2BHN A; 2G07 A; 3EPI A; 4CF3 A; 2JEF A; 1ZQQ A; 1U9L A; 5BOM A; 2K8A A; 4DQI A; 1TAQ A; 4Y2J A; 3GV8 B; 4X5V A; 2JEG A; 2KIW A; 2BDU A; 3ED5 A; 1NKE A; 4OD0 A; 2RHF A; 2R8I A; 9ICG A; 5ALM A; 1V9P A; 5KFN A; 4IQV A; 5F3X B; 3QU7 A; 5J0X A; 3F5E A; 5CHG A; 3H8J A; 5ALF A; 5ALW A; 3S6J A; 2KSO B; 1X2I A; 4KMO B; 1QCK A; 2ZIV A; 2N1R A; 4ICA A; 4EYI B; 2W9C A; 3RJJ A; 8ICS A; 2XGP A; 4LVS A; 2BQ3 A; 5J2G A; 4QZD A; 4RQ7 A; 4UB6 U; 2E8N A; 4OJ6 A; 3GQC A; 4P4P A; 2FI1 A; 3N7R C; 3PW7 A; 1SL2 A; 2Z7J A; 1UT8 A; 1NI3 A; 5AIA A; 1ZQF A; 3WKE A; 3F2C A; 3AUO A; 5DB8 A; 4IQU A; 1SWW A; 3RFA A; 1D8Y A; 9ICM A; 4QZF A; 4M2Y A; 2ZUD A; 4GC6 A; 4OJP A; 2ZTC A; 1D9D A; 4P0Q B; 4QZ9 A; 5KFA A; 5KAF U; 4F91 B; 5IIN A; 2P6R A; 3K4G A; 5ALD A; 2E1E A; 4DL6 A; 2QAR A; 2XY5 A; 1ZD2 P; 7ICH A; 1Z1V A; 4O3R A; 4C8K A; 3AEV A; 1S5L U; 5TIS U; 2HOI A; 4QZC A; 2RQ5 A; 1A0P A; 1RM6 C; 3MDC A; 2W04 A; 3IM1 A; 4R66 A; 4Y2X A; 4UAV A; 3RF9 A; 1XO1 A; 2A1J B; 4OJ5 A; 2WTF A; 5HNK A; 1UT5 A; 2NRZ A; 1U4B A; 1BPZ A; 2RDI A; 4Q8F A; 2HBJ A; 2OYY A; 4Q43 A; 4GXJ A; 3O0F A; 2IMW P; 1FIQ A; 3MGV A; 5KFF A; 2KTQ A; 2KP7 A; 3OSP A; 2WF6 A; 2LHT A; 2J6U A; 3NUQ A; 2FPK A; 2D6F C; 1ECW A; 4F50 A; 1ZQS A; 1ZQR A; 4IQW A; 2DQN B; 4F8R A; 1Z00 B; 2HSZ A; 4TUS A; 4JV2 A; 3ICX A; 3QEA Z; 1IV8 A; 4Z6D A; 4BGD A; 3CYM A; 3KHH A; 2K4E A; 9ICF A; 4F4Y A; 3MAB A; 2NRV A; 2OWO A; 4B6J A; 4P4O A; 4I29 A; 3LWL A; 3H40 A; 5ALK A; 5F9N A; 1D8L A; 1J2N A; 1O08 A; 2E5S A; 2K4H A; 3RRH A; 2DF4 B; 1KEJ A; 4RQM A; 1RZT A; 1CI4 A; 4QZE A; 3LYS A; 5DKW A; 1ZQN A; 2EAP A; 4C4T A; 1TK8 A; 3ZDB A; 5HR6 A; 4C0Z A; 1H38 A; 4Z6C A; 2WB1 C; 3QU9 A; 3ZDE A; 1MQ2 A; 4ECU A; 1GO3 F; 2QKQ A; 2A1A A; 5ALS A; 4PL1 A; 3EYZ A; 4NL9 C; 2PFP A; 1JRP A; 4QZH A; 2KK0 A; 2NRT A; 2YTU A; 4Y2U A; 5ALQ A; 2H3I A; 3N28 A; 2K4P A; 2D3D A; 3PSP A; 4LJX A; 4Y2T A; 2XI9 A; 3VCB A; 4JWN A; 2ZIV B; 2W8K A; 1QSY A; 2WFA A; 4DLG A; 3WK9 A; 2W9C B; 3CNH A; 4ED6 A; 2IHN A; 3SV3 A; 4JK1 A; 2UVV A; 4P2H A; 2F8K A; 5J2B A; 3H8W A; 4EBE A; 1D9F A; 5DDM A; 2BPF A; 5EOZ A; 3F2D A; 3QXG A; 2B21 A; 4YFK A; 3HX0 A; 1BNP A; 1ZQY A; 4DCC A; 3SV4 A; 2QB1 A; 5IIM A; 4NLK A; 4LZD A; 2QLT A; 8ICK A; 1L8L A; 2Q4T A; 4QZ8 A; 3QU5 A; 3RR8 A; 4KLF A; 2DPJ A; 3HPO A; 4PHD A; 1BPE A; 3KTQ A; 5L1K A; 1ZD5 A; 4I2J A; 1N60 A; 4I2D A; 3V7J A; 3C1Y A; 1PVR A; 2DGZ A; 5AIB A; 3PR4 A; 2QAR B; 5AI8 A; 1S8O A; 3LVV A; 5T14 A; 4C8O A; 3RJG A; 2F77 X; 3BQ1 A; 3OSN A; 2FLN A; 3IN5 A; 2FLL A; 4IQT A; 2AGO A; 1S0M A; 3B0Y A; 4J9L A; 4MFA A; 1F5S A; 3UQ0 A; 2BCR A; 5AM4 A; 4YR2 A; 4PZN A; 1L3U A; 3HIL A; 1S76 D; 1QLN A; 2AJQ A; 5J2K A; 4IRD A; 3Q8P B; 2OXO A; 3UXP A; 1NK8 A; 3CRX A; 5AKG A; 5KFE A; 2JXJ A; 3HRD D; 3RJI A; 4O3S A; 2VKQ A; 1NK5 A; 4NLG A; 1RQN A; 4E0D A; 2VIX A; 4PJ0 U; 1O03 A; 3ZD9 A; 3C28 A; 1KW4 A; 4XUS A; 3GIJ A; 3T79 A; 4DL5 A; 2GWS A; 3QX7 A; 2RDJ A; 3N97 B; 5J0P A; 5KAI U; 3ORY A; 2LKY A; 3C23 A; 2W3S A; 3D2N A; 3TFS A; 3IDW A; 3WKA A; 2YY6 A; 2DKZ A; 1N63 A; 3HP6 A; 1L8O A; 4C4S A; 3F2B A; 8ICE A; 1KL9 A; 1JUD A; 4BUG A; 2AGQ A; 4UAU A; 1SV0 A; 1OUQ A; 3GZF A; 3V6J A; 2L5Y A; 5ALX A; 4KLI A; 4DQS A; 1FFV A; 2FE9 A; 3TAC B; 1URJ A; 2ZTE A; 5D46 A; 3NS1 A; 5AM5 A; 2HCF A; 4M6W A; 4F71 A; 2JGA A; 2JRZ A; 1HJP A; 1B4F A; 4ED7 A; 8ICV A; 4DOB A; 5DG8 A; 4B9N A; 2JZB A; 2KFN A; 7ICV A; 2W9B A; 4F92 B; 5KG5 A; 3AL0 B; 3WKB A; 2PFN A; 9ICA A; 3JPS A; 2BPG A; 2PMZ C; 3K1Z A; 2UVW A; 1QQ7 A; 4YD1 A; 4ELV A; 2HHT A; 4DS4 A; 3RRG A; 8ICA A; 1ZOL A; 2LI6 A; 4KTQ A; 5KT4 A; 4BXO A; 1C7Y A; 1P7D A; 1NZP A; 2WHE A; 1F0M A; 2F1H A; 2P66 A; 4RQ4 A; 1NK9 A; 4IS7 A; 2NYV A; 2XIC A; 4AYB F; 1V97 A; 1JAL A; 4Y2R A; 2HOF A; 4ECS A; 2ES6 A; 4J9R A; 3UXO A; 4QWE A; 3H7I A; 3N7S C; 4O3P A; 3BS7 A; 5AK5 A; 2I9G A; 2W54 A; 4U7C A; 2DUY A; 1BNO A; 5EE0 A; 4GIB A; 4MEY A; 4CF5 A; 3WKC A; 3MGI A; 2R8G A; 4JB3 A; 4FZM A; 1ZQV A; 3M6Z A; 2XCP A; 5ALE A; 4KLE A; 3A0B U; 2KZZ A; 5ALI A; 2H3Z A; 2HBK A; 3IG5 A; 2V4Q A; 4O9M A; 1MSW D; 2B6G A; 2I1Q A; 4PHA A; 4QW9 A; 3QZ7 A; 4QIW F; 4KN4 A; 4OJO A; 5AKZ A; 3AM9 A; 5KG1 A; 3AU2 A; 1T94 A; 3EPG A; 5AKK A; 4DL2 A; 9ICX A; 1YZ7 A; 3JPP A; 3VC8 A; 2WAQ C; 4FE3 A; 4O5E A; 2P6U A; 4ED1 A; 5KFW A; 5AM3 A; 4A8E A; 3SAF A; 1SKR A; 2EAM A; 5ALZ A; 5III A; 5J29 A; 1RXV A; 3KD3 A; 3L5K A; 2Y0S C; 4KLH A; 4RQ8 A; 1ZQO A; 1XSP A; 5AHX A; 3OPX A; 3PZP A; 3BQT A; 5ALU A; 4UB2 A; 2ZXI A; 2C22 A; 1L5U A; 2KVS A; 3T5K A; 3KKA C; 1ZD3 A; 2H3V A; 2E1F A; 2R18 A; 1L7M A; 4RPZ A; 1HEK A; 1RYS A; 4J9O A; 5KFP A; 4KLD A; 5ALV A; 1S77 D; 5EE3 A; 3RH4 A; 3UQ2 A; 4F5P A; 8ICO A; 4YQW A; 4J9M A; 3KOO A; 3NVZ A; 4UBC A; 3ZDC A; 3PW2 A; 2KJ8 A; 2VJ5 A; 1SL1 A; 2ESE A; 4MFC A; 2WF7 A; 1DGS A; 4YXJ A; 3GV5 B; 2ASD A; 4ELU A; 9ICV A; 2FPM A; 2MU2 A; 7ICU A; 5DG7 A; 3GIL A; 3PVX A; 2YML A; 3JPQ A; 1DOQ A; 1J97 A; 2LMR A; 3HT3 A; 1NK0 A; 2A3V A; 3BQ2 A; 4DQR A; 2V4R A; 5L9X A; 4QZI A; 3SMV A; 4P0P B; 3D6J A; 3L4P A; 2YMM A; 4US9 A; 4YP3 A; 5FP0 A; 4DQQ A; 1NK7 A; 5J0U A; 4O5C A; 3WK8 A; 4M6W B; 1JX4 A; 1FEZ A; 3ZDA A; 5KFU A; 1SKS A; 3GIK A; 3AQF A; 5KT3 A; 2JZB B; 5KFT A; 4RUC A; 5KG2 A; 2MA1 A; 1S9F A; 4UB1 A; 4FS1 A; 2ZJA A; 2W9B B; 2JEI A; 1ZQH A; 5ALT A; 5AKX A; 2UVR A; 4WJ3 B; 5KFH A; 2AHO B; 1HUO A; 2E3T A; 3QUQ A; 1DK2 A; 5J0Y A; 1WG8 A; 3BS5 A; 3KZI U; 2KMD A; 1KLN A; 2Y9U A; 4BXO B; 7ICO A; 2W9A A; 4M9N A; 3AQE A; 1B43 A; 3WU2 U; 5DGA A; 2ISP A; 5KFS A; 2XID A; 1T3N A; 5KFK A; 2EZY A; 1B0X A; 3OGU A; 1U45 A; 1K1Q A; 4NJ8 A; 3HWT A; 2CRX A; 2H3Q A; 3QUC A; 4XA5 A; 5CRX A; 3N7P D; 2W9M A; 1WCN A; 1TVA A; 2JMG A; 5KFR A; 4J9S A; 3M9N B; 3IP4 B; 3NGD A; 3H8M A; 8ICH A; 7ICF A; 8ICQ A; 2G08 A; 4ECR A; 5D4B A; 1UA1 A; 1ARO P; 1X6J A; 8ICX A; 1U49 A; 4BJQ A; 4F2S A; 4B9M A; 3C2M A; 1L7O A; 5CA7 A; 5BOL A; 2XY7 A; 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