The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
|
sequence length |
81
|
structure length |
81
|
Chain Sequence |
TFEEMALTTFMITKESYCKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the C-terminal cytoplasmic domain of non-structural protein 4 from mouse hepatitis virus A59.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA-directed RNA polymerase
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Murine hepatitis virus
|
| total genus |
28
|
| structure length |
81
|
| sequence length |
81
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2012-01-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VC8 A; 3GZF A; 3VCB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A3V A; 3KFU F; 4CGZ A; 4O3N A; 5ALF A; 4DFD A; 3AM9 A; 7ICE A; 3PNC A; 4C8L A; 2F44 A; 4ED6 A; 3IV6 A; 4DL4 A; 1JUD A; 2JEF A; 1SV0 A; 5KFN A; 4F4Y A; 4QZB A; 4YCX A; 2ES6 A; 3SR6 A; 3MGV A; 2OM6 A; 4U6P A; 5J2J A; 3F5A A; 2BQ3 A; 3QNM A; 5KT5 A; 4MHV A; 4NLN A; 5L1L A; 8ICP A; 1QCK A; 1SV4 A; 3MGH A; 2HSZ A; 5CA7 A; 1IIP A; 3MFH A; 3AU2 A; 3FM9 A; 3DV9 A; 5AKZ A; 1ZQR A; 3H40 A; 4RQ8 A; 2AGP A; 4F71 A; 1ZQE A; 1BPY A; 9ICP A; 2GOL A; 3WKE A; 1JX4 A; 7ICS A; 2P35 A; 2JEG A; 1N63 A; 5KG1 A; 4QZG A; 3ZD8 A; 2FLN A; 1Z00 B; 2C2R A; 1QLN A; 3EYZ A; 1N2X A; 3IDW A; 5J0W A; 3HW8 A; 2K89 A; 2OXO A; 4UB5 A; 3V7J A; 4RNN A; 1X66 A; 2F1I A; 2HBM A; 2MA1 A; 1KSP A; 3BZK A; 4R66 A; 5KFZ A; 2PI5 A; 1U45 A; 4R65 A; 4RUA A; 2JGA A; 5KFE A; 2ZIV B; 1UA1 A; 3RAQ A; 4RPZ A; 5AKY A; 1YT3 A; 2XI9 A; 2NYV A; 1F0M A; 3K1Z A; 4I2H A; 1ARO P; 4LZG A; 2HOI A; 1TAQ A; 4B9L A; 2KOB A; 1L5U A; 4NWI A; 1JIH A; 4Y2X A; 4KLO A; 4I2I A; 3OTQ A; 2VA8 A; 1SKR A; 3IRU A; 3HX0 A; 5KFO A; 4DL2 A; 4JWM A; 4DSE A; 3C5F A; 2ATL A; 1ZQP A; 5KFI A; 5CB1 A; 5J2A A; 2IMW P; 3L3F X; 7ICN A; 1S0M A; 2G08 A; 1ZQL A; 4ELT A; 1SIJ A; 2QB0 A; 4YVZ A; 1ZQU A; 3PO5 A; 5J0X A; 4EZ6 A; 3RJF A; 4KN7 A; 4P0P A; 2W9A A; 4E0D A; 1T3Q A; 5DBB A; 5AM5 A; 1RG6 A; 5B66 U; 4RNM A; 5K4L A; 2Z7J A; 2YX8 A; 5J0U A; 2YB1 A; 5AIC A; 4G9B A; 1ZOL A; 8ICS A; 4QJF B; 5KFK A; 4QWA A; 1RQL A; 3V6K A; 3NS1 A; 2W55 A; 1SZP A; 5HML A; 5ALO A; 5B5E U; 4DS4 A; 1A6S A; 9ICN A; 3M9M B; 4JV0 A; 4UBB A; 3KHL A; 5DLG A; 5DG8 A; 2I1Q A; 4KLU A; 1O08 A; 3H8S A; 2ZTD A; 4I2B A; 5AM4 A; 2K4H A; 2P6R A; 2DBY A; 2ZIW A; 4C0Z A; 4YR0 A; 4ECT A; 1F44 A; 1ED1 A; 4DL3 A; 5J2C A; 1N5X A; 7ICU A; 2KJ8 A; 2IHM A; 2H3F A; 3OJU A; 2KSO A; 1NJW A; 3OPX A; 1V85 A; 5DQH A; 2M0N A; 1XSN A; 2HHS A; 1ZQ1 C; 9ICW A; 2FLP A; 1OUQ A; 2VIX A; 4HYK A; 4J9O A; 5KL1 B; 4LVS A; 1UT5 A; 5A0L A; 1COK A; 2FLL A; 5KFV A; 1A76 A; 2BCQ A; 3BS5 A; 1Q46 A; 3I76 A; 3UXO A; 4K4G A; 3J81 j; 2KVC A; 7ICM A; 4QNL A; 3IHQ B; 4O3O A; 2I9G A; 2ZIX A; 3E58 A; 1S8O A; 1RZT A; 3RJJ A; 2ZXH A; 2W43 A; 4JB3 A; 5KT2 A; 4DQR A; 4JV1 A; 4ELU A; 5J2G A; 3AL0 B; 1Q8K A; 2ESE A; 4O3S A; 2YTU A; 2P6U A; 1TFR A; 5KFT A; 3LVV A; 4YN4 A; 4EEN A; 3MAB A; 1KFS A; 3R9K A; 1HEK A; 3SEI A; 4Y2Y A; 2EDU A; 2DQN B; 3RFA A; 5J8Y A; 4ECR A; 3GIL A; 4NLK A; 3KHG A; 4OJL A; 2A1J A; 1B43 A; 2JEI A; 2HVH A; 4DFJ A; 1ZQC A; 5J2B A; 1CI4 A; 2WF7 A; 1OW5 A; 2VA3 A; 1F5S A; 5KFC A; 5J0S A; 4NM2 A; 4KN4 A; 3C2K A; 1BPE A; 4AYB F; 4Q45 A; 4P4P A; 3RR8 A; 5EE1 A; 1D8B A; 4DWI A; 3WU2 U; 1BPX A; 5D46 A; 3QU7 A; 2QLT A; 4QZF A; 1QTM A; 1N61 A; 5EE3 A; 5HNK A; 4Y2S A; 3PR5 B; 2E1F A; 4C80 A; 3DDH A; 2HBL A; 5DLF A; 1J2N A; 1SL2 A; 1ZJM A; 3N97 B; 1S76 D; 1RXW A; 1XC9 A; 2ISO A; 1PVQ A; 2VJ5 A; 4DQQ A; 4DSF A; 5KFY A; 1ZQB A; 1JI7 A; 3JPR A; 4UAR A; 5IIO A; 4G3I A; 4CDG A; 2CRX A; 2FPK A; 2UVW A; 3D6J A; 4PZN A; 1PVP A; 4EBC A; 5AI9 A; 3SAF A; 1J2M A; 4F5P A; 2FJ6 A; 1XO0 A; 3CRX A; 1XO1 A; 4QZE A; 1KBU A; 5DQI A; 1D9F A; 4Z6D A; 4R64 A; 4Y2J A; 5CP2 A; 2BDP A; 8ICW A; 1AQ6 A; 2QKQ A; 2LM1 A; 2YML A; 4KLE A; 2KG5 A; 2A1A A; 1A77 A; 4QWC A; 2AHO B; 5AKI A; 2HW3 A; 3C1Z A; 5DBC A; 4OO1 J; 8ICB A; 1MN8 A; 5C0Y A; 1RYR A; 1KDH A; 1UCV A; 4I2J A; 2GLE A; 3E2E A; 4KLQ A; 2KZM A; 2W11 A; 2KFZ A; 1BVS A; 3H0L B; 1L8O A; 2W3R A; 2MRL A; 3KKA C; 4EBD A; 4CCH A; 4C7Y A; 4M9H A; 3VCB A; 1WYG A; 3BQ2 A; 2BZF A; 4NLZ A; 4PHE A; 3BQ1 A; 5ALK A; 4P4M A; 1JXL A; 3UPQ A; 2C28 A; 2W7O A; 1ZRM A; 4F8R A; 5AIA A; 5AI4 A; 4IC9 A; 1PK1 B; 2NV3 A; 4I29 A; 2MUT A; 9ICC A; 3RRH A; 4B9M A; 2NRW A; 2WB1 F; 4F3O A; 2W8K A; 3OSP A; 4ECS A; 1IV8 A; 5D49 A; 3WK8 A; 1LV5 A; 4O3Q A; 2BQR A; 4M9J A; 5T14 A; 1QH9 A; 2E8O A; 1FFV A; 5J2D A; 2GWS A; 5KG7 A; 5KFD A; 3PSI A; 3M9O B; 3PZP A; 1N5W A; 1XSL A; 7ICF A; 4ED1 A; 2HI0 A; 3ZDE A; 2BR0 A; 2WTF A; 4FFD A; 3PR4 A; 4RQ3 A; 3JPT A; 3N4M B; 3QUT A; 4UAZ A; 3QU2 A; 4IRD A; 3MR3 A; 4M6W B; 3ZDB A; 3AQE A; 4QWD A; 3C21 A; 4QZD A; 4UAV A; 1X40 A; 1T7P A; 2Q0Z X; 4B9V A; 3Q8M A; 1QQ5 A; 1HUZ A; 1TK8 A; 1KLN A; 2W54 A; 8ICO A; 1B22 A; 4C4T A; 5G5H A; 5ALV A; 2JZB A; 1ZD5 A; 3GIJ A; 3M8S A; 3FYH A; 5AHX A; 1BPZ A; 2PMZ F; 2LKY A; 4DS5 A; 7ICK A; 4F91 B; 4QW9 A; 4JV2 A; 2RDI A; 1V38 A; 5HR7 A; 1NKC A; 4TQR A; 4ECY A; 3HP6 A; 4ECU A; 1ZQG A; 4XA5 A; 2MAX A; 2IOH A; 1URJ A; 7ICT A; 2W3S A; 2B21 A; 1DK3 A; 2XGQ A; 3D2S A; 3RAX A; 4UAY A; 4J9S A; 4KLF A; 2EZX A; 1H38 A; 2XY7 A; 1L3S A; 2I5H A; 1IM4 A; 1ZQX A; 4OJ6 A; 3IM1 A; 3N7S C; 4UAS A; 2KIV A; 1NK6 A; 2F3N A; 2E8M A; 2HHQ A; 1GO3 F; 5FP0 A; 1ZQQ A; 1RYU A; 2F77 X; 2UVV A; 4ECV A; 1T94 A; 4O3R A; 9ICJ A; 1MQ3 A; 3EZ5 A; 9ICA A; 2XC9 A; 3WK9 A; 5EWG A; 3L4P A; 2Y9U A; 3ETL A; 4IRK A; 4C8N A; 3BJY A; 2PFP A; 3TAP A; 1S10 A; 9ICR A; 4I2G A; 8ICC A; 2KJ9 A; 2HHU A; 1S5L U; 2ASD A; 2BCU A; 2FMS A; 3SV4 A; 2YN4 A; 4EX6 A; 1QSL A; 4I2F A; 4ECW A; 2KP7 A; 5J29 A; 3PW5 A; 4RT3 A; 4MFA A; 4FZL A; 1DGS A; 3M6Z A; 3UXN A; 2PMZ C; 4YFK A; 1PVR A; 1TVA A; 3H7I A; 4GFJ A; 1K5O A; 7ICG A; 2DGZ A; 2XY5 A; 5HR6 A; 4PHP A; 2W9B B; 3OJS A; 3BZC A; 4B9S A; 3KTQ A; 3RB0 A; 3M9N B; 5J2K A; 1N60 A; 5HMM A; 5KAF U; 5ALN A; 3V6J A; 3LVW A; 8ICX A; 5J0O A; 4OJ5 A; 3C2M A; 1C7Y A; 2E1E A; 2ZJA A; 3HWT A; 4DLE A; 4RQ1 A; 2HHV A; 4B6J A; 4F5N A; 3ONN A; 3JPN A; 4XQ8 A; 4O9M A; 1ZD3 A; 4NLC A; 4Q8F A; 4I27 A; 2KTQ A; 3GZF A; 2HBK A; 2ASJ A; 4J9N A; 4ECX A; 2YB4 A; 2R8J A; 4J03 A; 3SQI A; 1XSP A; 4CRX A; 5CEH A; 3G6V A; 4B9N A; 2OHF A; 4UW9 A; 4C4R A; 4UQG A; 4UB4 A; 3RJI A; 4KLS A; 4J9L A; 3RBD A; 4HAI A; 4J9K A; 4DQI A; 3ALR A; 9ICV A; 2PFO A; 2H3I A; 3LWL A; 1FEZ A; 1RXV A; 1Q3U A; 2KEY A; 3CYM A; 1Z1V A; 2ZUD A; 2OEH A; 3UMG A; 4BWJ A; 4BXO B; 4K4H A; 8ICZ A; 4TUS A; 5CR0 A; 3E0F A; 2K8C B; 3H8M A; 4DOC A; 2J6S A; 3K75 D; 3MR5 A; 4MF2 A; 4CF3 A; 3TFS A; 4ED2 A; 3RR7 A; 2EH9 A; 2KE7 A; 1KTQ A; 3ISB A; 2V4Q A; 1KEJ A; 4YMN A; 3QZ7 A; 2KN7 A; 1ZD2 P; 4YP3 A; 2CN1 A; 3PV8 A; 1QQ7 A; 2E5S A; 1COO A; 5DB7 A; 4PL1 A; 1Z1B A; 4Z6E A; 1K1Q A; 4YMM A; 1NJY A; 3EPI A; 3OHB A; 2AGO A; 2PI4 A; 1QSS A; 4IQU A; 3IP4 B; 4GLX A; 4QZH A; 5AIB A; 5AM3 A; 2VAN A; 4TUR A; 2HHW A; 5L1M A; 4C7Z A; 2H3Z A; 3HT3 A; 2GH1 A; 2KFN A; 2G06 A; 2VJ4 A; 1ZQJ A; 4M04 A; 3EW9 A; 1VJ5 A; 3A0B U; 2YMP A; 4RT2 A; 2F76 X; 3C5G A; 4UB6 U; 3AMZ A; 5KFF A; 2G07 A; 4XUS A; 1BPD A; 5ALR A; 5ALX A; 1ZD4 A; 3WKC A; 4Q8E A; 2LPE A; 4JMU A; 5J2F A; 9ICB A; 3KKA A; 3Q8R B; 3WK5 A; 3VC8 A; 1SWW A; 3QXG A; 2AGQ A; 2G5H B; 8ICM A; 1S9F A; 4DSL A; 1HIW A; 1V97 A; 3ICX A; 3WK7 A; 3BQ0 A; 1N56 A; 1EXN A; 5ALD A; 5KTQ A; 1SL1 A; 3KHH A; 4ELV A; 4YR3 A; 3SV3 A; 2JH1 A; 3CNH A; 1JMS A; 1ZET A; 3ORY A; 1L7N A; 2WF5 A; 3LDA A; 3T79 A; 2OYY A; 1UA0 A; 4DF4 A; 5BOM A; 4GXK A; 4P0Q B; 3H4D A; 5GTI U; 4IQW A; 2CXY A; 3T5H A; 3IG5 A; 2DWQ A; 2R8G A; 4J9M A; 2ZIU B; 3LWM A; 1XU4 A; 4F2S A; 1X9M A; 7ICI A; 2WF6 A; 5DB6 A; 3RTV A; 1ZQK A; 4O5E A; 2M9N A; 3C28 A; 2ISP A; 1NK5 A; 3M7D A; 1SB3 C; 2W8L A; 3T5K A; 5KFU A; 4DOA A; 4EYI B; 3ED5 A; 3QYP A; 1DGJ A; 1LVH A; 4RQ6 A; 9ICK A; 1X6J A; 1L7O A; 1L3T A; 1SL0 A; 1U4B A; 5C5J A; 4KLH A; 3MDA A; 3MGI A; 1L7P A; 5KG6 A; 3FDS A; 1XNS A; 2NO4 A; 4YMO A; 2ASL A; 2KZZ A; 1TAM A; 3WKA A; 1X2I A; 2D8C A; 2KV2 A; 1N62 A; 3EPG A; 3PVX A; 1A0P A; 4QZ8 A; 4DFK A; 1KRP A; 4KLL A; 2K8A A; 2W9C B; 2FMQ A; 2G5I B; 4IR1 A; 2EZZ A; 3NGD A; 1ZJN A; 4R8U B; 2AJQ A; 4F4X A; 3T5J A; 4KMU A; 3GIM A; 5J2I A; 2R8K A; 5IIN A; 5KG0 A; 3QEA Z; 5AKL A; 5KFX A; 3NRW A; 3SI8 A; 3FC4 A; 4UB8 U; 3N7R C; 5AI5 A; 3AU6 A; 3UQ0 A; 2JR5 A; 4O5C A; 2XIC A; 4GIB A; 2BPC A; 3V7L A; 4DLG A; 4Y2V A; 3OGU A; 2KD1 A; 1CRX A; 1TKD A; 1MA7 A; 3TKA A; 1X6I A; 4NL9 C; 3RH6 A; 4P4O A; 2FDR A; 9ICQ A; 4O5K A; 4MFC A; 1KFT A; 3HRD D; 5F9N A; 3OHA A; 1L8L A; 1NK7 A; 3QU4 A; 1Z00 A; 2DKX A; 4DF8 A; 2YY6 A; 2BPF A; 2EAP A; 3ISC A; 2PKE A; 3SMV A; 1NK8 A; 3THV A; 4QZ9 A; 3PW7 A; 2P66 A; 3BQ7 A; 4EEY A; 2QB1 A; 3S6J A; 3GV5 B; 4PH5 A; 1CUK A; 9ICT A; 1NJX A; 5JU5 A; 5HHH A; 3H0M B; 1DOQ A; 8ICT A; 5TIS U; 1IXR A; 4NLG A; 5CWR A; 9ICF A; 1B4F A; 3M1Y A; 4F2R A; 2KK0 A; 3PO4 A; 3WK6 A; 4MEX A; 4KLI A; 3QUC A; 2VA2 A; 3NVW A; 4M9N A; 3JPO A; 2PXI A; 3GQC A; 4ICA A; 2W9M A; 4CE6 A; 4GXJ A; 3TAN A; 2V4R A; 3PX4 A; 3RJG A; 4ZOH C; 4YD2 A; 4QIW F; 4Y2T A; 3TAD C; 1JXE A; 1NZP A; 4Z6C A; 4MFF A; 1L7M A; 2IHN A; 4DL6 A; 2D6F C; 4DQS A; 4RPX A; 5GTH U; 1JAL A; 2DF4 B; 5ALH A; 5ALT A; 5KG5 A; 5KFR A; 3ISD A; 1DRG A; 4RQ2 A; 1ZYQ A; 2QB0 B; 3UQ2 A; 1XWL A; 1WCN A; 3QX7 A; 1NKE A; 5DKW A; 5EOZ A; 4P0P B; 3TFR A; 3PX6 A; 2KMD A; 4NXZ A; 1YZ6 A; 2R8H A; 2BCR A; 2W7P A; 3QZ8 A; 1KW4 A; 4B9U A; 4MEY A; 4YR2 A; 3SAH A; 3F5E A; 1PUZ A; 5AKJ A; 4GC6 A; 3HJE A; 8ICK A; 1NOM A; 8ICJ A; 5KG4 A; 4RQM A; 1JRO A; 5AKG A; 2BPG A; 4PHA A; 5KFS A; 3RB6 A; 1U47 A; 3IG8 A; 1ZQA A; 8ICE A; 7ICH A; 2YQE A; 4KMO B; 5IIK A; 4QZI A; 3TI0 A; 1KKX A; 3GV7 B; 2ZIW B; 3MDC A; 2E8N A; 3SD7 A; 1T3N A; 4QIW C; 3HKZ C; 2UVU A; 3UMB A; 4M47 A; 4F4Z A; 4KX3 A; 3D2N A; 4OJO A; 5EE9 A; 4DL7 A; 4QZA A; 4I28 A; 5DG9 A; 2KSO B; 2XGP A; 1SWV A; 2DUY A; 4F93 B; 2XID A; 5BPC A; 3C1Y A; 4M9G A; 1U49 A; 1NJZ A; 1S0V A; 7ICO A; 7ICV A; 3M8R A; 3B0X A; 1N48 A; 3TAR A; 2K8B B; 4UB3 A; 2RQ5 A; 1C20 A; 2Y0S F; 4O0I A; 3BS5 B; 2DKZ A; 3HIL A; 4QW8 A; 4DQP A; 4B9T A; 4J9Q A; 5L1K A; 3V7K A; 4RQ4 A; 4RPY A; 2I6X A; 3GII A; 2DFL A; 3GDX A; 1DK2 A; 5KFH A; 2ZIX B; 2HBJ A; 1M6Y A; 2BDU A; 2XO7 A; 1K1S A; 3AUO A; 4RQ7 A; 8ICG A; 1ZXI A; 5DG7 A; 4P2H A; 3N7P D; 3T3F A; 2JV3 A; 9ICI A; 4ED7 A; 3AEV A; 4USA A; 4IRC A; 2R8I A; 9ICX A; 2LHT A; 1KQQ A; 1UPH A; 3FAH A; 3PSP A; 1BNO A; 3K4G A; 3F2D A; 3ZDD A; 4Z6F A; 2OH2 A; 1J97 A; 2W04 A; 2A1J B; 1XS9 D; 4A8E A; 1ZQN A; 2CPR A; 4EZ9 A; 1WWV A; 5KFM A; 8ICA A; 1ZQS A; 2KKV A; 5ALW A; 3H8W A; 3A0H U; 4C8M A; 3NUQ A; 1RPL A; 2RDJ A; 4XRH A; 2C2E A; 2EAO A; 2KVS A; 4LZD A; 4UAW A; 2ZUB A; 4F72 A; 1X42 A; 3JPS A; 5ALE A; 5HHI A; 2K4P A; 5KFQ A; 1QSY A; 2Y0S C; 3QUQ A; 4TUQ A; 4KX5 A; 1RYS A; 3MC1 A; 2FI1 A; 1LKY A; 1PK3 A; 3PY8 A; 2XY6 A; 3PW4 A; 1ZQD A; 4ZH4 A; 5J0Q A; 3H0R B; 1FIQ A; 5AKE A; 3EUB 2; 4Q44 A; 2F1J A; 3NRZ A; 5E79 U; 2GO7 A; 1NK0 A; 4M9L A; 4NY8 A; 1D8L A; 5EWF A; 3KZI U; 1Y88 A; 3NVY A; 2HCF A; 3PX0 A; 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