The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
|
sequence length |
89
|
structure length |
89
|
Chain Sequence |
STFEEMALTTFMITKESYSKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTASVTTSFL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the C-terminal cytoplasmic domain of non-structural protein 4 from mouse hepatitis virus A59.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA-directed RNA polymerase
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Murine hepatitis virus
|
| total genus |
27
|
| structure length |
89
|
| sequence length |
89
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2012-01-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VCB A; 3VC8 A; 3GZF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4UB4 A; 3RJE A; 2KSO B; 4PZO A; 3L4P A; 7ICG A; 3MDA A; 8ICT A; 3PW2 A; 3RAX A; 4KMO B; 1N2X A; 2JZB B; 4O3M A; 2KTQ A; 3HIL A; 5HR7 A; 2AQ0 A; 3H4D A; 2K4H A; 2JHD A; 5KFW A; 8ICZ A; 9ICP A; 2ASL A; 4FZM A; 7ICM A; 4O3P A; 4KN7 A; 1KFT A; 3T5K A; 4M6W B; 5DBB A; 1NK4 A; 3RJI A; 3DV9 A; 2I1Q A; 5ALD A; 2EAM A; 1ZET A; 5JRT A; 4NJ8 A; 3RFA A; 5HHH A; 1A77 A; 4U7C A; 4R64 A; 1ZQO A; 4JWM A; 9ICH A; 2OHF A; 5KG5 A; 1ZYQ A; 4R63 A; 1SL0 A; 5J0W A; 4YD2 A; 2XID A; 3JPR A; 4DL6 A; 4RUC A; 5KFO A; 4O3O A; 2Y9U A; 2W9C B; 2VJ4 A; 3HWT A; 4P4M A; 2GLE A; 3ALR A; 9ICA A; 2LBO A; 3QU4 A; 4OJL A; 2DPI A; 4QZE A; 3ZD9 A; 2H3F A; 1L8L A; 4M04 A; 5KFE A; 7ICT A; 3G6V A; 2ZIW B; 1L7O A; 2YMP A; 4R65 A; 4F71 A; 2QLT A; 1X40 A; 3MR6 A; 5J0T A; 2MUT B; 1NZB A; 1S77 D; 3M8R A; 5EWF A; 2QB1 A; 3C1Z A; 3TQ1 A; 1XU4 A; 5J0U A; 3M9O B; 4Y2S A; 2VA2 A; 2YML A; 2E1F A; 3LWM A; 2IOH A; 5DBA A; 3F5A A; 9ICL A; 2ISP A; 2JEI A; 3C1Y A; 3K1Z A; 3S6J A; 4BXO B; 1JI7 A; 1KFS A; 3EYZ A; 3GV7 B; 1B0X A; 4P0Q B; 3OSN A; 2EQY A; 2KJ8 A; 3PX6 A; 3BZK A; 1T7P A; 2OYY A; 3C21 A; 4NWI A; 5GTI U; 2N1R A; 3KBB A; 2LYB A; 4P0P B; 4MEY A; 2ESE A; 5HHI A; 2FJ6 A; 2BDU A; 1N63 A; 2DGZ A; 2B6G A; 4YCX A; 2B21 A; 2NRV A; 2FMQ A; 2BCQ A; 2XCP A; 3QU7 A; 4QIW F; 2LKY A; 3FC4 A; 3AL0 B; 3QU2 A; 7ICU A; 2HCF A; 2DWQ A; 1X9M A; 5J2K A; 2W54 A; 4DF8 A; 9ICM A; 1SV4 A; 3MGV A; 2BDP A; 4CNQ A; 1L7N A; 4C8L A; 1RYS A; 3PNC A; 1ZQB A; 2C2D A; 4KLU A; 1PK1 B; 5G5G A; 2ZXI A; 4ED2 A; 5AKI A; 3MR3 A; 1URJ A; 5CHG A; 5EE9 A; 2EZX A; 5TZV A; 8ICC A; 2HDO A; 1QSL A; 2WF7 A; 5E79 U; 2BCR A; 4ECU A; 4YFK A; 3IM1 A; 3KD3 A; 3BQ7 A; 2DKX A; 4I2J A; 1ED1 A; 4KLM A; 3NVV A; 1ZQS A; 4F50 A; 5EWG A; 1ZQJ A; 2KSO A; 1DRG A; 1S9F A; 3HKZ C; 5AK3 A; 2KVS A; 3AUO A; 4F5N A; 2DBY A; 3KKA A; 2WFA A; 2F1J A; 2JZB A; 1Q3V A; 4UAY A; 4DFJ A; 2BPF A; 2A1J B; 1M6Y A; 5ALH A; 3TAQ A; 3PX4 A; 1AQ6 A; 1X6J A; 3EW9 A; 5KFF A; 2HHV A; 4Y2Q A; 4M6W A; 1N5W A; 1K1S A; 1KEJ A; 4ED0 A; 2VIX A; 3BQ2 A; 1KQQ A; 2KD1 A; 2C28 A; 3PVX A; 2A3V A; 4R8U B; 1SZH A; 3V6H A; 4C0Z A; 2E5S A; 4KMU A; 5ALP A; 3MR2 A; 2KMD A; 4C7Y A; 5KFS A; 5CP2 A; 4RQ6 A; 1N62 A; 5KT3 A; 5ALW A; 1QTM A; 7ICS A; 1VLB A; 5ALU A; 3T79 A; 3RB6 A; 4F72 A; 4UBB A; 2HBL A; 9ICX A; 4I2G A; 4Y2P A; 4JV2 A; 5ALR A; 4IC9 A; 4F4X A; 1MQ3 A; 4NXZ A; 1ZQH A; 1KW4 A; 4M2Y A; 4UB1 A; 5KT7 A; 4K4G A; 4NM1 A; 7ICQ A; 2ZIW A; 4KX5 A; 3NAS A; 3ZD8 A; 3WKB A; 4J9O A; 1Z4N A; 2MUT A; 3N4M B; 1S0M A; 1BPY A; 4UW9 A; 4F4K A; 2DF4 B; 4FS1 A; 4ZOH C; 4UAR A; 3HW8 A; 4Y2T A; 2NRZ A; 1NK9 A; 2ODG A; 4YXJ A; 3TKA A; 4C8K A; 5KFX A; 5AM0 A; 3PV8 A; 4BXO A; 4M9N A; 5ALS A; 5BOL A; 3HX0 A; 4MEX A; 3FDS A; 2Y1I A; 3CW2 C; 4P0Q A; 4M9L A; 4JV1 A; 4TUS A; 3TI0 A; 4NV0 A; 2YMM A; 5B5E U; 4DQI A; 4FFD A; 4P0P A; 4Z6C A; 2RLT A; 4GXJ A; 1TE2 A; 2YN4 A; 4RQM A; 2LI6 A; 3BZC A; 4F2S A; 4DOA A; 5KFJ A; 4IQV A; 2ALZ A; 5AIC A; 3RRH A; 2VA8 A; 2W03 A; 3C2L A; 2XC9 A; 3SAF A; 7ICP A; 5J29 A; 3UQ0 A; 4ELU A; 1UQV A; 2JEF A; 2PFQ A; 3A0H U; 1BPD A; 2EH9 A; 1TK5 A; 3KKA C; 2CPR A; 3O0F A; 5DG7 A; 4QWE A; 4MFC A; 7ICI A; 4F5O A; 3F5E A; 4IR1 A; 5J0P A; 5KG6 A; 1KTQ A; 5ALO A; 2DUY A; 3QNM A; 1SXE A; 3NVZ A; 4UB6 U; 4I2B A; 3PSF A; 1DGS A; 1XNS A; 4IL6 U; 4EBC A; 5KFR A; 1PK1 A; 5AM4 A; 5J2D A; 3JPT A; 2M9N A; 1NI3 A; 2K4P A; 4RPZ A; 3NUQ A; 2PMZ F; 3SAH A; 5HMM A; 3C5F A; 2IHM A; 2W9B B; 2KKP A; 7ICV A; 4C4S A; 2KZM A; 3GQC A; 3C5G A; 5J0R A; 1ZQY A; 4DQR A; 2BPC A; 2K4E A; 2ZUB A; 1PVR A; 5KFK A; 3QYP A; 5J2G A; 4NLN A; 5HNK A; 5JUM A; 4TQS A; 4DSE A; 1L5U A; 4KLD A; 4MF8 A; 5DLF A; 3K75 D; 1QCK A; 4PGX A; 3TFS A; 1F0M A; 1L3S A; 3IV6 A; 3JPQ A; 3BQ1 A; 3PW7 A; 5AK6 A; 2RQ5 A; 2DQN B; 4EYI B; 2OH2 A; 8ICR A; 2A1J A; 1KSP A; 3RJF A; 1YZ6 A; 4J03 A; 3MFI A; 1S5L U; 1Z19 A; 3PO4 A; 4XRH A; 2LMR A; 1Z00 A; 3CNH A; 3QZ7 A; 4C7Z A; 4KLH A; 2EAO A; 3RH5 A; 3UM9 A; 8ICI A; 3I76 A; 1H38 A; 4O5E A; 3H8W A; 3KZX A; 1Z1V A; 4J9N A; 2Q4T A; 3GV5 B; 5AM1 A; 5KFU A; 1ZQT A; 3TAN A; 1S0O A; 3RJJ A; 2J6U A; 4AYB C; 4C8M A; 3WKA A; 2ASJ A; 4IRD A; 2WTF A; 2UVU A; 2AHO B; 2KZ3 A; 4CCH A; 4CF4 A; 5AKY A; 2DFL A; 5DLG A; 5III A; 2AGQ A; 4UB3 A; 4KN4 A; 1JIH A; 4RNO A; 1ZQM A; 4JK1 A; 1XO1 A; 4OCZ A; 1Q3U A; 4K4I A; 4RPY A; 2BKE A; 5AIB A; 1K5O A; 3SV4 A; 4Y2Y A; 3C29 A; 4DFP A; 4M9J A; 1JRP A; 4DSL A; 2R8I A; 1VDV A; 2ZIV B; 4B9U A; 1MQ2 A; 3UMG A; 1RQL A; 1ZQK A; 3H40 A; 1ZD5 A; 1ZQV A; 5ALN A; 1B22 A; 5AIA A; 2OWO A; 1RG6 A; 1L8O A; 2YQE A; 4Q45 A; 2GWS A; 3JPN A; 3T5L A; 3PR4 A; 3V6J A; 7ICK A; 2FMP A; 4DL4 A; 2HOQ A; 4QZC A; 5KFC A; 2CXY A; 4G9B A; 5DKW A; 4DL2 A; 4Y2R A; 3EUB 2; 2ZXH A; 4PZN A; 5KFL A; 4RT3 A; 1ZJM A; 5IIN A; 4KIT B; 3H0R B; 1SV0 C; 3ZDB A; 4DO9 A; 2V4Q A; 4ECX A; 4DQS A; 7ICH A; 5AKX A; 2HMX A; 2E1E A; 4DL5 A; 4DQP A; 3QEA Z; 3OSP A; 5DB8 A; 1T94 A; 3RJH A; 5ALQ A; 2H3V A; 5ALY A; 3MGH A; 3RF9 A; 1CRX A; 3MR5 A; 5KFD A; 4F5P A; 1ZQQ A; 4ECS A; 4Q43 A; 4QZF A; 2F8L A; 4BWJ A; 1NKC A; 1SXD A; 1V85 A; 3QX7 A; 3SV3 A; 1F44 A; 3QEB Z; 9ICE A; 8ICG A; 3H8M A; 4MHV A; 2A19 A; 5CRX A; 4FO6 A; 9ICK A; 8ICY A; 3PSP A; 3BQ0 A; 1WYG A; 5AM3 A; 5J0S A; 1DGJ A; 5BOM A; 1O03 A; 5KG1 A; 2E3T A; 3IP4 B; 5KFQ A; 2G5I B; 1XS9 D; 1NK6 A; 2HOI A; 3CYM A; 4RQ1 A; 5AI5 A; 4EX7 A; 4UAV A; 4ED7 A; 2Q0Z X; 1Z1B A; 1DOQ A; 5KAF U; 3BDP A; 3I28 A; 2E8O A; 5EWE A; 4KLI A; 5AHX A; 3PX0 A; 5EE1 A; 2W9B A; 2JEJ A; 2K4I A; 3M8S A; 2JGA A; 5JU5 A; 2DKZ A; 3KHG A; 4BWM A; 1B43 A; 2F1H A; 2HHW A; 1SWW A; 2AQ4 A; 2CN1 A; 3HP6 A; 5HR6 A; 1NOM A; 3L3F X; 3F2D A; 7ICE A; 2D6F C; 5DB6 A; 4UBC A; 2PFP A; 4Z6F A; 1NKE A; 1BGX T; 1C20 A; 5L1I A; 2FLL A; 4YR0 A; 4BJQ A; 3H7I A; 4DSF A; 1RYU A; 4US8 A; 3UXP A; 1TAU A; 1HUZ A; 4CGZ A; 4OJP A; 1ZQG A; 1TVA A; 1NK8 A; 4RUA A; 1D9D A; 4FZL A; 4QWC A; 3TAP A; 2H3Q A; 3Q8R B; 1U47 A; 5GTH U; 8ICH A; 3BJY A; 2WF9 A; 5IIK A; 1QSY A; 4C8O A; 4USA A; 3GV8 B; 1L3V A; 4O9M A; 1C7Y A; 3M9N B; 5KT6 A; 5KFH A; 3ISD A; 2OM6 A; 1ZRM A; 4NLC A; 3SQI A; 4EEL A; 2KHQ A; 5EE3 A; 3AU6 A; 4J9P A; 2W8L A; 1IM4 A; 5DGA A; 1SZP A; 2ZJ8 A; 5ALZ A; 1BNO A; 2EDU A; 2W43 A; 2UVV A; 4QW9 A; 1XSN A; 4FE3 A; 2KP7 A; 4M9H A; 5F9L A; 9ICW A; 4NLG A; 4B9N A; 4EZ6 A; 4PJ0 U; 4FBT A; 1LKY A; 2NO5 A; 4QZD A; 2K60 A; 5AI6 A; 4JMU A; 4Q44 A; 8ICW A; 2ZIV A; 4J9R A; 2OXO A; 2KKV A; 4ECW A; 5ALT A; 2J6S A; 4I27 A; 1KL9 A; 1T3N A; 4O3N A; 4EEK A; 5D46 A; 4B9S A; 2XVT A; 1JXE A; 4TUR A; 2QB0 B; 2ISO A; 2RRD A; 2ASD A; 1NZP A; 3RR7 A; 4B9T A; 1KFD A; 2FE9 A; 1QQ5 A; 2W7O A; 3KTQ A; 4QWA A; 5ALF A; 2AU0 A; 2D3D A; 3GIJ A; 3C23 A; 4O5C A; 1U48 A; 2WF5 A; 1UHU A; 4EZ9 A; 1WWV A; 2ZUD A; 1Q8K A; 2LYH A; 5KG3 A; 4CDG A; 1RXW A; 4F5Q A; 5DB9 A; 4YR2 A; 9ICI A; 3MAB A; 2KNJ A; 4GC7 A; 1RDF A; 4UAU A; 4Y2U A; 2ES6 A; 5F9N A; 4HYK A; 2I9G A; 3ICX A; 2K8C B; 5AI9 A; 5ALK A; 3PW0 A; 3AU2 A; 3UPQ A; 3C2K A; 2KFZ A; 1WCL A; 3RRG A; 3NVW A; 4C4T A; 4C4R A; 4ECV A; 9ICO A; 1Z00 B; 3E58 A; 1KLN A; 1SKW A; 2L5Y A; 2KK0 A; 2IHN A; 2KIC A; 1JMS A; 3QXG A; 4RQ8 A; 7ICN A; 2MSN A; 2NRT A; 2OCE A; 4M0A A; 4EBD A; 1T3Q A; 4YQW A; 4YN4 A; 2EAP A; 1ZQA A; 2KV2 A; 4EX6 A; 2G06 A; 4AP9 A; 1L3U A; 4RQ5 A; 3N7S C; 3J81 j; 3B9J A; 1D8L A; 2RDI A; 1DXS A; 1NK0 A; 4UQG A; 4DQQ A; 4GFJ A; 2G07 A; 4F4W A; 1TK0 A; 3ZI4 A; 1Y88 A; 2F76 X; 9ICN A; 1D8Y A; 4QWB A; 2KG5 A; 1IG6 A; 3PMN A; 2HHX A; 5KG4 A; 5ALG A; 3WK4 A; 1X9S A; 1IIP A; 1L7M A; 3Q8Q B; 2WF8 A; 3N97 B; 2PI4 A; 1SKS A; 4C80 A; 2FLP A; 2BCV A; 1SGG A; 1RXV A; 2HVI A; 3KFU F; 3UQ2 A; 1HJP A; 1KN5 A; 3IN5 A; 1DK2 A; 4O0I A; 1HEK A; 4X5V A; 3N7R C; 1ZQP A; 2IOF K; 4MFF A; 7ICR A; 1XO0 A; 1ZQI A; 4PHA A; 1JRO A; 1RYR A; 3NS1 A; 3VCB A; 4NM2 A; 2HW3 A; 3UMB A; 5AKJ A; 4F3O A; 4GIB A; 5KFN A; 3H4B A; 3IG8 A; 1Q46 A; 4I2I A; 5KFB A; 7ICO A; 1NJX A; 3WK5 A; 4F93 B; 1U49 A; 2R8G A; 4DWI A; 1ZD2 P; 7ICL A; 4QJF B; 4F92 B; 4ELT A; 4F91 B; 3KZI U; 3PW5 A; 1X9X A; 2F44 A; 3AN1 A; 2XIC A; 3PST A; 4B9L A; 3T5J A; 2LPE A; 1BPB A; 3AEV A; 2HHT A; 2HBK A; 4DFD A; 4BX9 C; 1A76 A; 5A0L A; 4KLE A; 4P4O A; 1FIQ A; 2I6X A; 5AKE A; 3Q8S B; 2PFN A; 4DSJ A; 4OD0 A; 2KE7 A; 2R8J A; 3WKE A; 3ZDD A; 3ETL A; 4KLJ A; 4FBU A; 3PML A; 1PZN A; 5HML A; 3WK7 A; 1MA7 A; 2WB1 C; 3NRZ A; 4PH5 A; 4O3S A; 3GIK A; 3C28 A; 2K8A A; 3ISC A; 2QB0 A; 4RQ4 A; 1NJZ A; 2PKE A; 4KLO A; 1SV0 A; 3LK9 A; 2XGP A; 1BNP A; 4RT2 A; 2ZJ5 A; 2F3N A; 2FDR A; 4IQW A; 1TAQ A; 3B0X A; 9ICU A; 4BUG A; 3GIM A; 2QAR B; 1EXN A; 2HBM A; 2F1I A; 2O6K A; 4TUQ A; 3D2N A; 5DG8 A; 9ICC A; 4JB3 A; 4OO1 J; 4UB5 A; 5G5H A; 4DL3 A; 4DSI A; 4QZH A; 4QZA A; 5KT5 A; 2MU2 A; 3TAD C; 3PZP A; 3PO5 A; 4ICA A; 3BS5 B; 4ED1 A; 3Q8P B; 2KIW A; 4RQ3 A; 1O08 A; 5B66 U; 1LV5 A; 5J0Y A; 2P66 A; 4YMN A; 2XY6 A; 3LVW A; 4IS7 A; 9ICV A; 5AK4 A; 5KT2 A; 5DGB A; 1X6I A; 3PY8 A; 3IDW A; 5IIO A; 4PL1 A; 3KHR A; 8ICS A; 4DSK A; 2YY6 A; 4B9V A; 1VJ5 A; 3RBE A; 2W8K A; 4DCC A; 4JWN A; 2NRW A; 3SD7 A; 1ZQD A; 2BR0 A; 9ICJ A; 2HHU A; 4J9K A; 5CJ7 A; 5AKG A; 2RP5 A; 2VKQ A; 2AGO A; 4QZI A; 3HKZ F; 5J8Y C; 2BCS A; 9ICT A; 4CRX A; 5JTI A; 4NL9 A; 8ICK A; 3HT3 A; 2KEY A; 1LKY B; 3LYS A; 2NO4 A; 4ED3 A; 4KLL A; 5IIM A; 1XC9 A; 3JPO A; 1COO A; 2B0C A; 3WK8 A; 4XQ8 A; 3H8J A; 1KKX A; 2KJ9 A; 2E8N A; 3H0M B; 4IRC A; 4WJ3 B; 2DPJ A; 4F5R A; 5L1K A; 5DB7 A; 1ZD4 A; 1ZQF A; 4QWD A; 1J2N A; 4EYH B; 1MN8 A; 4BGD A; 1ZRN A; 1UT5 A; 3NGD A; 1ZQZ A; 1YT3 A; 1JN3 A; 2AXT U; 2LYA A; 3FAH A; 2K8B B; 1TAM A; 4QZB A; 2DL0 A; 3SEN A; 3MGI A; 2P6U A; 5D4B A; 2G5H B; 4CF3 A; 3D6J A; 4UB2 A; 5DQH A; 5J2A A; 3M6K A; 2MA1 A; 3GFK B; 1N5X A; 5IIJ A; 1HIW A; 1X9W A; 5ALE A; 1X66 A; 8ICN A; 5BPC A; 4O3R A; 1ZD3 A; 4J9S A; 2R8K A; 4UAS A; 3KOO A; 4U6P A; 2W3R A; 1QH9 A; 5KFA A; 2BQ3 A; 3ZDC A; 4I29 A; 4M9G A; 4I2C A; 2HVH A; 3EZ5 A; 8ICE A; 4G3I A; 2HHS A; 4YD1 A; 2XCA A; 5CWR A; 3V7J A; 3N7P D; 5ALI A; 3ZDE A; 4PL2 A; 3V7K A; 2W3S A; 3OHB A; 3EPG A; 3RB3 A; 1PUZ A; 1A0P A; 4RNN A; 2VAN A; 5J0X A; 4RNM A; 3B0Y A; 4Y2V A; 3HJE A; 1MSW D; 4QZG A; 2XY5 A; 9ICS A; 1A6S A; 1SB3 C; 3PW4 A; 8ICU A; 1ECW A; 4FZN A; 2C22 A; 1QQ6 A; 4QZ9 A; 3SZ2 A; 3E2E A; 3OTQ A; 8ICF A; 9ICB A; 1HUO A; 4IQU A; 2YTU A; 4I2D A; 3WKC A; 5DQI A; 4DFK A; 2Y0S C; 3FYH A; 4XA5 A; 2Y1J A; 1SL1 A; 3WK6 A; 3WU2 U; 3Q8K A; 9ICF A; 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