The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
|
sequence length |
89
|
structure length |
89
|
Chain Sequence |
STFEEMALTTFMITKESYSKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTASVTTSFL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the C-terminal cytoplasmic domain of non-structural protein 4 from mouse hepatitis virus A59.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Murine hepatitis virus
|
| molecule keywords |
RNA-directed RNA polymerase
|
| total genus |
27
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| structure length |
89
|
| sequence length |
89
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2012-01-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3GZF A; 3VC8 A; 3VCB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ECZ A; 2DBY A; 4P4O A; 1KLN A; 4F5R A; 2WFA A; 1P7D A; 2F3N A; 5CA7 A; 2JZB A; 3PW5 A; 4TQR A; 4O5E A; 1NJX A; 3AQF A; 4I2H A; 1SZH A; 3QZ7 A; 3KHG A; 2HOI A; 9ICX A; 1NKE A; 2BCQ A; 5HMM A; 1HUO A; 3N7R C; 1Q8K A; 4F72 A; 4UQG A; 4J9S A; 3CRX A; 5ALG A; 2E5S A; 2JH1 A; 1FFU A; 2W7P A; 4QJF B; 1ZYQ A; 3OHB A; 1TE2 A; 4CF4 A; 2IBK A; 3DV9 A; 4MHV A; 2P6R A; 4BGD A; 5HHH A; 3TI0 A; 1NK0 A; 3T5J A; 2ZIU B; 3KZI U; 3LVW A; 4QZA A; 2DUY A; 2V4R A; 3ZD9 A; 4RQ0 A; 5IIL A; 3SAF A; 3BQ7 A; 3ZDB A; 4QZH A; 9ICQ A; 2W11 A; 4US8 A; 4F4Z A; 4DL7 A; 4F4W A; 1FFV A; 1HJP A; 5J2K A; 2XCA A; 4HYK A; 1AQ6 A; 7ICS A; 2WF9 A; 2MRL A; 1Z19 A; 2A3V A; 3BS5 B; 4UBB A; 4KLT A; 2WF5 A; 4DQS A; 3M1Y A; 2F1J A; 4GFJ A; 1HUZ A; 5J2E A; 1VLB A; 2ZG6 A; 3V6H A; 5AKL A; 2H3V A; 2YX8 A; 5J2D A; 4J9M A; 4YVZ A; 5J2J A; 5KG4 A; 3S6J A; 3T5K A; 5J0R A; 2KV2 A; 1SWW A; 2FPL A; 2Y1I A; 5AKI A; 3V7L A; 1SKW A; 3KHH A; 3OSP A; 1JXL A; 4KLQ A; 2FMS A; 3KTQ A; 4KN7 A; 4Q43 A; 2ASL A; 5CRX A; 8ICU A; 4DL3 A; 3GQC A; 1X9S A; 2H3I A; 3SAH A; 2BPG A; 4UB4 A; 1L3T A; 8ICH A; 2HBJ A; 1V9P A; 2HHW A; 2DF4 B; 4PZN A; 4BDP A; 4DFP A; 4I2F A; 5ALN A; 3K1R B; 2V9W A; 3V6K A; 3V72 A; 3WK5 A; 4J9K A; 1PVR A; 2YMQ A; 1S0M A; 1RYS A; 2GO7 A; 2LYH A; 1K1S A; 5EWE A; 1L7O A; 4JMU A; 5D49 A; 5DDY A; 4F5Q A; 2VJ5 A; 5DG8 A; 2MAX A; 3E58 A; 2PFQ A; 2ZJA A; 5III A; 4TUR A; 4GXI A; 5EE3 A; 5KG6 A; 4G9B A; 1DK2 A; 3RAQ A; 1ZQX A; 2HVI A; 2KJ9 A; 2MUT B; 3FYH A; 1SL2 A; 3CW2 C; 4R8U B; 4TUP A; 2FDR A; 4F71 A; 2W9B A; 3UM9 A; 4RU9 A; 3SV3 A; 2KG5 A; 1GO3 F; 2LKY A; 4FS2 A; 1L8O A; 4QZE A; 2HOF A; 4F2S A; 3ZDC A; 1ZQW A; 4NLK A; 1JXE A; 3ZD8 A; 2AQ0 A; 5KFQ A; 3M8R A; 4DSJ A; 4F5O A; 3JPQ A; 4FFD A; 3ISC A; 5KAF U; 3D2Q A; 2HW3 A; 4RQ5 A; 4DL6 A; 5ALY A; 2DWQ A; 5DG9 A; 3PVX A; 3C28 A; 5J2H A; 3NS1 A; 9ICU A; 3QUQ A; 1CEZ A; 2W3R A; 4PHE A; 2KEY A; 4UB3 A; 2KK0 A; 1ZQP A; 3SQI A; 5KFY A; 2UVR A; 4P0P A; 7ICT A; 4M9G A; 1S0N A; 2E8M A; 3PST A; 2P6U A; 3SAG A; 1B4F A; 3NGD A; 5AI9 A; 2ZTC A; 4NM2 A; 2WHE A; 4ECT A; 4OO1 J; 3EUB 2; 1L3V A; 1SV0 A; 3MR2 A; 3VC8 A; 5KNI A; 1T8E A; 3N97 B; 4M2Y A; 1N5X A; 4C4R A; 3H8W A; 1Z4O A; 4UB1 A; 2OCE A; 4YXM A; 4R65 A; 1RQL A; 2NO5 A; 3R9K A; 3SEI A; 2BQ3 A; 4CNQ A; 4IQV A; 5HML A; 7ICU A; 4M04 A; 4JWN A; 2W55 A; 5G5H A; 1L3U A; 4YP3 A; 4M9N A; 2FI1 A; 5AKZ A; 5KG3 A; 2YMP A; 3RB0 A; 2W54 A; 4EYH B; 2YQE A; 3KOO A; 1O08 A; 1KL9 A; 4O3S A; 1SL0 A; 1NOM A; 2DKX A; 3SD7 A; 4CF3 A; 2J6U A; 4F8R A; 1JI7 A; 1SZP A; 2JEF A; 2HHT A; 4O3N A; 5DKW A; 5F3X B; 2R8J A; 1NJZ A; 9ICS A; 5ALD A; 4LZG A; 1Z3E B; 5E79 U; 1DGS A; 1XSN A; 4O5K A; 9ICG A; 4TQS A; 3FDS A; 1ZQK A; 4E0D A; 2BQR A; 5ALT A; 2F76 X; 2CPR A; 1UT5 A; 1YZ7 A; 4GC7 A; 3TQ1 A; 3THV A; 2K4E A; 3MDC A; 2WF6 A; 1ZQY A; 3NTU A; 2LM4 A; 4J9Q A; 7ICF A; 1NJY A; 3AQE A; 4XQ8 A; 5J0P A; 4F4K A; 2ZIV A; 5J0X A; 2C28 A; 5AK3 A; 2IA6 A; 5KFZ A; 3B0Y A; 2HVH A; 3MGI A; 4Y2T A; 1UQV A; 4QNL A; 4QW8 A; 3RJF A; 3Q8K A; 3IG5 A; 3EWA A; 4J03 A; 2KN7 A; 8ICS A; 2KZZ A; 1BVS A; 4I2C A; 1ZQL A; 5KFE A; 1ZJM A; 2HMX A; 3PSF A; 4DSI A; 4IQU A; 4DCC A; 3U26 A; 5AIC A; 3IHQ B; 3ALR A; 3QU7 A; 5KFP A; 3BQ0 A; 5HR7 A; 1ZQ1 C; 4Z6F A; 2F2A B; 5KL1 B; 4PL2 A; 4RNM A; 3LDA A; 1RXW A; 2IOF A; 1ZD2 P; 2KD1 A; 4O3M A; 2BDU A; 5KT3 A; 4CCH A; 5AM0 A; 1KDH A; 1ZD4 A; 3PY8 A; 4ED0 A; 1PK1 A; 2C2R A; 2EZX A; 2KE7 A; 2AGP A; 2K4I A; 2PI5 A; 1L6N A; 8ICA A; 3H0R B; 1X9X A; 1HEK A; 2BKE A; 3ZDD A; 4KMU A; 4NLG A; 3RAX A; 4RUC A; 1XSP A; 3ED5 A; 1RG6 A; 3AM9 A; 1NKC A; 4PPX A; 3T79 A; 4O3R A; 2XVT A; 5KFX A; 3HX0 A; 3ORY A; 1D8B A; 5DQH A; 4IR9 A; 1X6J A; 5HR6 A; 2R18 A; 4USA A; 4DLG A; 3V7K A; 3H4B A; 2D8C A; 3RB6 A; 3AUO A; 4I28 A; 4LJX A; 2KSO A; 4RQ1 A; 5KFG A; 1J2M A; 5KG5 A; 1WUD A; 5CJ7 A; 1MSW D; 1J2N A; 5A0L A; 3ICX A; 2W9C B; 4KLO A; 1L7M A; 4NLZ A; 1J97 A; 2YTU A; 5ALH A; 2PI4 A; 2LM1 A; 3SMV A; 4F91 B; 5KT2 A; 1KTQ A; 1SV4 A; 1RZT A; 2G08 A; 2F77 X; 4FZL A; 1FEZ A; 4DO9 A; 2NRW A; 2JH7 A; 4NLN A; 1CI4 A; 1RYU A; 1QSY A; 2AXT U; 5GTH U; 2Y0S F; 2XY5 A; 1L7P A; 1ZQG A; 3B0X A; 5J0S A; 5CEH A; 4EBE A; 5L1M A; 3GDX A; 7ICO A; 2RHF A; 3MR6 A; 2WAQ C; 5JTI A; 2ASD A; 3GV7 B; 2CRX A; 4K4H A; 4FS1 A; 4MEY A; 4EX7 A; 1ZQN A; 3IRU A; 1TAU A; 1MC8 A; 4IQT A; 2K4P A; 4BUG A; 3CNH A; 4UB8 U; 2HSZ A; 5J29 A; 5DGA A; 2ODG A; 2K4H A; 3TAD A; 4UB6 U; 3PML A; 3FC4 A; 1SL1 A; 4P0P B; 5AI4 A; 5J2F A; 4YD2 A; 1SXE A; 1DXS A; 8ICY A; 4P0Q A; 5ALX A; 4Y2Q A; 2PMZ C; 3QEA Z; 1LKY B; 1NK6 A; 3C2K A; 4P2H A; 2J6T A; 3OHA A; 3KD3 A; 4ECU A; 2EDU A; 3ZDA A; 1CRX A; 3AN1 A; 4JUZ A; 2W9A A; 1X2I A; 2PXI A; 1BNO A; 4I29 A; 7ICP A; 5KFC A; 3WKB A; 3C5G A; 3IM1 A; 5KFM A; 1TK0 A; 3OJU A; 3HKZ F; 9ICW A; 4JWM A; 4F93 B; 5J8Y A; 1ZQA A; 4PHD A; 4UBC A; 4DFK A; 4EEY A; 4B9T A; 1S76 D; 3H8J A; 5TIS U; 4XRH A; 4A8E A; 1U48 A; 4RQ4 A; 3GII A; 1UA1 A; 2M0N A; 1QH9 A; 5BPC A; 3C29 A; 2NRV A; 1QTM A; 1QSS A; 2ZIX A; 1ZQM A; 3IV6 A; 5AKJ A; 5CB1 A; 1TK5 A; 4RUA A; 4YMM A; 3BZK A; 2VA3 A; 5J2B A; 5KFJ A; 2E8N A; 4HAI A; 5B66 U; 4ACO A; 2ZIV B; 8ICQ A; 2WB1 C; 1S0O A; 4I2D A; 1K1Q A; 1SV0 C; 4JV0 A; 2BCV A; 2BCR A; 2BDP A; 4CF5 A; 2AGO A; 8ICI A; 5AKH A; 3AL0 B; 4B6J A; 4UAV A; 1T3Q A; 1S10 A; 1C20 A; 3Q8R B; 1L7N A; 1T94 A; 5EE0 A; 4UAR A; 5KT4 A; 2UVV A; 2KJ8 A; 4B9S A; 2H5X A; 5ALO A; 4YXJ A; 3RRG A; 1D8Y A; 1JAL A; 1MA7 A; 3C1Y A; 1JN3 A; 1UA0 A; 2LHT A; 3L3F X; 2JRZ A; 4TUS A; 4R63 A; 1BPY A; 4NL9 A; 4QIW C; 3UMG A; 4UAU A; 3IP4 B; 9ICV A; 1N62 A; 3H7I A; 9ICT A; 1PVQ A; 4C80 A; 4FBT A; 2YB1 A; 5ALU A; 1V38 A; 4Y2U A; 1S77 D; 4IRK A; 4YR3 A; 3PX4 A; 3T5L A; 1PK1 B; 4DSK A; 2ZIW A; 2BCU A; 5DLG A; 3TKA A; 1OUQ A; 8ICG A; 5KFA A; 1DK3 A; 1XNS A; 4RQ6 A; 2WTF A; 5KFI A; 1U9L A; 1URJ A; 3M9M B; 1ZQH A; 3GIL A; 3PR5 B; 4DSF A; 3K75 D; 1Z1B A; 4DS4 A; 4FBU A; 3SEN A; 2XIC A; 1UCV A; 1WCN A; 3C23 A; 3RB4 A; 3RB3 A; 4KLG A; 5DQI A; 4QWB A; 4EYI B; 2KVS A; 1TKD A; 1COK A; 2F1I A; 3WKD A; 4DS5 A; 4YFK A; 4F5N A; 1SXD A; 2NRZ A; 1N48 A; 3H40 A; 1FIQ A; 3TAQ A; 1SKS A; 2R8I A; 3Q8M A; 7ICL A; 3OTQ A; 2WF8 A; 2ZUD A; 1RPL A; 4OJ6 A; 1ZQI A; 4C8M A; 4Y2R A; 2DL0 A; 2R8H A; 1XO0 A; 2RP5 A; 2ISO A; 3D6J A; 5DQG A; 1YZ6 A; 2CN1 A; 4EZ9 A; 8ICR A; 3KKA A; 4CGZ A; 4QWC A; 2HBK A; 2E1F A; 2DPJ A; 4YMN A; 5ALF A; 2JMG A; 1JUD A; 1A0P A; 1F5S A; 1ZQS A; 9ICP A; 3SV4 A; 1IXR A; 1ZQC A; 2K8A A; 2QAR B; 5J0Y A; 2MSN A; 9ICO A; 4RNN A; 3MR3 A; 5DLF A; 4KLE A; 5KTQ A; 3RJJ A; 1KN5 A; 5JRT A; 3IN5 A; 3QNM A; 4ECV A; 1Q3V A; 5C0Y A; 1ZQF A; 4OJO A; 1A77 A; 1XC9 A; 3WK4 A; 4NM1 A; 3UPQ A; 4ELV A; 5CHG A; 1D9D A; 3M9O B; 5KFS A; 4ECX A; 1VDV A; 5HNK A; 2G07 A; 4EEL A; 4M0A A; 2E3T A; 2BCS A; 4J9N A; 1ZQU A; 2DPI A; 4Z6D A; 1ZQJ A; 4QWE A; 5EE9 A; 2EQY A; 3N7P D; 1ZQD A; 5IIK A; 2H3F A; 2AU0 A; 2KFZ A; 2RDJ A; 3PNC A; 4BJQ A; 1KKX A; 5DBA A; 4KLI A; 4DQR A; 2HCF A; 5H2F U; 3PR4 A; 1L3S A; 3AU2 A; 1KFD A; 2LBO A; 4Y2S A; 4UW9 A; 3PMN A; 3PX0 A; 2HDO A; 3UMB A; 4O3Q A; 4B9V A; 3Q8Q B; 4DQQ A; 1ZET A; 1ZD5 A; 2BGW A; 3TAD C; 1XSL A; 1CUK A; 2QLT A; 2J6S A; 7ICQ A; 4AYB C; 4I2B A; 1N60 A; 3KZX A; 5AK6 A; 1ZOL A; 1RYR A; 3A0H U; 1WWV A; 3KHR A; 1ZQQ A; 5IIN A; 4WJ3 B; 4KLS A; 2I6X A; 1KQQ A; 2JZB B; 5TZV A; 3RRH A; 4J9O A; 4PH5 A; 2BZF A; 5DG7 A; 4QZ8 A; 4JV2 A; 2Z7J A; 5J0U A; 7ICJ A; 4YR2 A; 5KFF A; 2FE9 A; 5KFH A; 1WCL A; 3AMZ A; 4DL2 A; 5J2I A; 4CRX A; 3QUT A; 2I1Q A; 5DGB A; 4NWI A; 3UQ2 A; 3ONN A; 2ISP A; 5KT5 A; 4LVS A; 3HW8 A; 3TAN A; 8ICL A; 2FLL A; 4F50 A; 2Q4T A; 4UAW A; 4U7C A; 4KLF A; 4FZN A; 2E8O A; 2M9N A; 2OEH A; 5KFD A; 2XID A; 2R8K A; 5AHX A; 5KG7 A; 2EZY A; 4ED8 A; 3VCB A; 2ZTD A; 1FO4 A; 4DWI A; 1U47 A; 2Q0Z X; 4NLC A; 1QCK A; 1BGX T; 5AI5 A; 4F5P A; 3D2S A; 4Y2J A; 4DF4 A; 2JHD A; 1IV8 A; 3F53 A; 2LI6 A; 4KX5 A; 5ALS A; 1ARO P; 9ICC A; 2WF7 A; 4ECR A; 4O9M A; 2XY6 A; 2RDI A; 3BQ1 A; 1N2X A; 5EOZ A; 1H38 A; 5JUM A; 4ECS A; 1A76 A; 2B0C A; 2P35 A; 3RJG A; 1PK3 A; 2FMQ A; 3A0B U; 3I1Y A; 1KEJ A; 3ZDE A; 2ZIU A; 2EZZ A; 4KLM A; 1U49 A; 3MBY A; 5KFU A; 3WKA A; 3RH6 A; 3H4D A; 5AI0 A; 3D2N A; 3MAB A; 2I5H A; 3RFA A; 5KFV A; 4RZR A; 4C4T A; 1SWV A; 2NRT A; 1T4G A; 1SKR A; 1F44 A; 4NJ8 A; 1ZQV A; 2ATL A; 3CP8 A; 1SIJ A; 3KBB A; 5KT7 A; 1DGJ A; 2HHU A; 3QUB A; 5D46 A; 4ED3 A; 1KSP A; 3QX7 A; 5AK5 A; 3BQT A; 1RQN A; 3WK7 A; 3F2C A; 1EXN A; 3ETR A; 1XWL A; 5L1L A; 7ICN A; 3SI8 A; 5GTI U; 3WU2 U; 1VJ5 A; 4M9H A; 3BJY A; 2VKQ A; 1T3N A; 2E8P A; 1X9M A; 1WYG A; 3MC1 A; 3GV8 B; 2XO7 A; 1BNP A; 5C5J A; 4EEK A; 5HHI A; 7ICR A; 2ES6 A; 5ALJ A; 4CDG A; 2YMM A; 2OWO A; 3RH4 A; 4OCZ A; 2W9B B; 5AK4 A; 3G6Y A; 5F9L A; 1KRP A; 2HHX A; 5KG0 A; 2N1R A; 3EPI A; 3E0F A; 3I76 A; 1RXV A; 4M6W A; 1NKB A; 2QKQ A; 2R8G A; 3N28 A; 2W03 A; 5DB8 A; 3M8S A; 1X66 A; 1X42 A; 3KKA C; 3RBE A; 2W04 A; 3PSP A; 1PZN A; 8ICW A; 3PW4 A; 1UHU A; 4IRC A; 3RJE A; 3DEE A; 2Y1J A; 3T5H A; 3RH5 A; 3L5K A; 1N63 A; 1L8L A; 3PO4 A; 3IDW A; 3UXN A; 1QSL A; 4C7Y A; 4IR1 A; 5AM2 A; 3C1Z A; 5ALV A; 3K4G A; 2Y9U A; 1MN8 A; 1N56 A; 4MF2 A; 2HBM A; 1SB3 C; 2KVC A; 2C2E A; 1NNL A; 4NXZ A; 4UAY A; 3AU6 A; 2DKZ A; 1YT3 A; 1QQ5 A; 2GH1 A; 3CYM A; 3K1Z A; 2MU2 A; 3OGU A; 2W9M A; 5AM1 A; 2AQ4 A; 2DGZ A; 4ECQ A; 1NK5 A; 8ICM A; 2VAN A; 5DBB A; 2QB0 A; 9ICN A; 3IG8 A; 2AJQ A; 5ALL A; 4BWJ A; 2IOF K; 3RF9 A; 3RTV A; 3N4M B; 1U45 A; 3PO5 A; 5J0W A; 2K89 A; 4C8O A; 3EW9 A; 4PZO A; 5L9X A; 2KKP A; 1MQ3 A; 2YB4 A; 1PVP A; 4QZG A; 4J9R A; 5L1K A; 4IS7 A; 5KG2 A; 2PFN A; 2JEI A; 8ICZ A; 2I9G A; 3TFS A; 3BS7 A; 3NRZ A; 3WK6 A; 1KW4 A; 4PJ0 U; 1LB2 B; 5FP0 A; 5F9N A; 8ICJ A; 3QU5 A; 1S5L U; 5AI6 A; 4EZ6 A; 1S0V A; 2LYB A; 3JPO A; 5HP4 A; 7ICG A; 4PGQ A; 2KP7 A; 4KX3 A; 4PL1 A; 1UT8 A; 1BPD A; 2KKV A; 4TUQ A; 1ZQR A; 1DRG A; 3KHL A; 5DBC A; 5KG1 A; 2ASJ A; 2PFO A; 4G3I A; 4QZD A; 4I27 A; 4P4P A; 4RT3 A; 3HRD D; 3L4P A; 2GLE A; 4DF8 A; 2A1A A; 2G06 A; 3HPO A; 3OJS A; 4DEZ A; 5IIM A; 1Q3U A; 4RQ2 A; 4GXK A; 3QEB Z; 4PGX A; 2QB1 A; 3QZ8 A; 1XO1 A; 4QZ9 A; 4IQW A; 2JXJ A; 2A1J A; 2ESE A; 5ALK A; 4RNO A; 1U4B A; 8ICB A; 3I28 A; 2XCP A; 2BPC A; 1ZQB A; 4DLE A; 3GV5 B; 3JPP A; 1UPH A; 2LMR A; 1B43 A; 1NK9 A; 1WWU A; 2JGA A; 1NJW A; 2HHS A; 4XA5 A; 4DQP A; 1TAQ A; 3ETL A; 3QU4 A; 4JB3 A; 4ECY A; 9ICH A; 3ISD A; 2W43 A; 1DOQ A; 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