The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
|
sequence length |
89
|
structure length |
89
|
Chain Sequence |
STFEEMALTTFMITKESYSKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTASVTTSFL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the C-terminal cytoplasmic domain of non-structural protein 4 from mouse hepatitis virus A59.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA-directed RNA polymerase
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Murine hepatitis virus
|
| total genus |
27
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| structure length |
89
|
| sequence length |
89
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2012-01-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VCB A; 3GZF A; 3VC8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZQY A; 2E5S A; 5ALT A; 2GLE A; 2E8N A; 4Z6D A; 2ODG A; 3FAH A; 4UAZ A; 8ICP A; 1Z00 A; 5CWR A; 4MFA A; 3U26 A; 2F1H A; 2KHV A; 4Z6C A; 3GV5 B; 4M6W A; 2UVU A; 2AGQ A; 1YZ7 A; 3LWM A; 5J0U A; 7ICI A; 2ZUD A; 5EWF A; 3HRD D; 1DK3 A; 5KTQ A; 3I1Y A; 4FZM A; 1SKS A; 1RQN A; 4MF8 A; 1X6I A; 2W8L A; 3TFR A; 3WKE A; 1IG6 A; 2ASJ A; 3OHA A; 4NWI A; 3TAD C; 3SV4 A; 2KN7 A; 4DOC A; 3V7L A; 5HNK A; 1ZQP A; 5CA7 A; 1WUD A; 1Z19 A; 4KLM A; 2W9B A; 4DL5 A; 2AQ0 A; 3Q8M A; 2F44 A; 2BCU A; 5EE3 A; 2OWO A; 2RHF A; 1XO0 A; 4ED8 A; 2BQU A; 1SGG A; 2A1A A; 2E1F A; 2XC9 A; 1T4G A; 4QNL A; 3RBD A; 3QEA Z; 4Y2V A; 1X9M A; 1QSY A; 2JZB A; 2ESE A; 1ZJM A; 4YMN A; 8ICU A; 3IG8 A; 4KIT B; 1NK9 A; 1BGX T; 2AQ4 A; 2A3V A; 1BPB A; 2GH1 A; 1N61 A; 3GZF A; 4P0Q B; 1NJX A; 1SZH A; 1K1Q A; 3NGD A; 1SV4 A; 1ZQQ A; 3SEN A; 5KFJ A; 1ZQV A; 2NRT A; 3UMC A; 4TUP A; 3JPQ A; 4NXZ A; 5KT6 A; 4P0Q A; 4GXK A; 2KK0 A; 5DDM A; 5DB9 A; 2HOI A; 4BXO A; 3MAB A; 4Y2J A; 4BUG A; 2BPC A; 1BPD A; 5KFC A; 4EEN A; 5F9N A; 3C2M A; 2G08 A; 1FFV A; 3J81 j; 3T5J A; 3LK9 A; 5DG9 A; 1L8O A; 4IC9 A; 4OJL A; 3F2B A; 2W3S A; 4O9M A; 4Z6F A; 4AP9 A; 5GTH U; 5G5H A; 4QZE A; 1C20 A; 2AJQ A; 1RYR A; 3H0M B; 3I76 A; 1ZQR A; 3FM9 A; 2BPF A; 2DQN B; 4HYK A; 1U47 A; 2IHN A; 4F4X A; 2Y0S F; 4NM1 A; 1MC8 A; 3NVW A; 4G3I A; 2I1Q A; 3ETR A; 5IIK A; 3PW5 A; 2XCP A; 1C7Y A; 9ICT A; 1ZQF A; 4EBD A; 4YN4 A; 3F2D A; 1SIJ A; 5JUM A; 3EWA A; 4AYB C; 4RQ3 A; 1KQQ A; 3V6K A; 4XRH A; 2PMZ C; 2ASL A; 3EYZ A; 2KKV A; 4ED2 A; 5AI8 A; 3H40 A; 4EZ6 A; 3JPT A; 4F92 B; 9ICS A; 5J0T A; 2WF9 A; 4KLU A; 5KG1 A; 2MUT B; 4F50 A; 1LB2 B; 3LVV A; 2PKE A; 3H8M A; 1QSL A; 4QWC A; 4O5E A; 4BJQ A; 1TE2 A; 1U9L A; 5CP2 A; 4R8U B; 1SKR A; 5ALW A; 3H8S A; 1XS9 D; 5ALX A; 1UT5 A; 3C1Y A; 2DF4 B; 4GLX A; 4B9L A; 4R8U A; 4KLH A; 3HWT A; 2YMP A; 3NVY A; 1NNL A; 2KIV A; 4QW8 A; 3RTV A; 5KFK A; 2ZIU B; 3C5F A; 5AI5 A; 7ICN A; 7ICT A; 3GQC A; 4P4O A; 4KN4 A; 1JAL A; 1LV5 A; 5J2D A; 2ZIV B; 3FC4 A; 4Z6E A; 4DL6 A; 4DOB A; 1HUZ A; 3BZK A; 4ECX A; 2DKZ A; 3TAQ A; 2LM1 A; 3EZ5 A; 4J9L A; 3GIK A; 2WFA A; 1KLN A; 2ZTE A; 1ZQT A; 1ZQX A; 2A19 A; 5KG4 A; 2I5H A; 3IG5 A; 5DQG A; 1ZQS A; 2NYV A; 4CGZ A; 5KFW A; 7ICO A; 2OM6 A; 3AUO A; 1A6S A; 2AGO A; 1U45 A; 1X42 A; 1S0M A; 4PGQ A; 2HHT A; 2YML A; 1QTM A; 5KFO A; 3AU6 A; 2AGP A; 1ZQW A; 1XO1 A; 4E0D A; 4OD0 A; 2H3Z A; 5III A; 1Z1B A; 5KFI A; 3CP8 A; 1KKX A; 3T5H A; 2N1R A; 5HHH A; 4KX5 A; 5L9X A; 5J2E A; 5HMM A; 5IIJ A; 4F93 B; 2H3V A; 3O0F A; 1X6J A; 3QNM A; 5KG7 A; 1T7P A; 1A76 A; 3ZD9 A; 3R9K A; 3UMB A; 3OSP A; 4O5C A; 3IV6 A; 1HUO A; 5JTI A; 3M9M B; 3HIL A; 4O3N A; 5KFA A; 1TK0 A; 1JMS A; 4P4P A; 2HW3 A; 1Q3V A; 1ZQK A; 3KKA A; 2WAQ C; 2LYH A; 2ZUC A; 4QJF B; 2JH7 A; 4F8R A; 2K8B B; 4YR2 A; 9ICV A; 4I2H A; 2FE9 A; 2LYB A; 5ALI A; 2DL0 A; 3PX4 A; 5AKL A; 4KX3 A; 4UQG A; 2W11 A; 4YD1 A; 5KFV A; 2GO7 A; 5B5E U; 1RYS A; 4IR9 A; 3AQE A; 4DCC A; 4ED3 A; 1O03 A; 3QU9 A; 2JEG A; 5J2H A; 3QE9 Y; 2PI5 A; 4A8E A; 4F5P A; 4KLG A; 4O3M A; 5KG5 A; 4QIW F; 4ECW A; 1K1S A; 1QCK A; 5KFL A; 1NK7 A; 4B9U A; 4I2B A; 2XID A; 2XY5 A; 4QW9 A; 4CF4 A; 4J9Q A; 2BDP A; 2KE7 A; 2IOF A; 3V6H A; 2JEI A; 4NM2 A; 4KLE A; 2LYA A; 2JEF A; 3DDH A; 3QU7 A; 2HOF A; 2LM4 A; 4KLF A; 3SAH A; 1S8O A; 2BCR A; 4Q45 A; 5JU5 A; 4DL7 A; 1TK8 A; 5DLG A; 2HI0 A; 1ZD4 A; 4ED0 A; 1NK6 A; 2LPE A; 2GWS A; 2R8J A; 2YTU A; 4FFD A; 1ZQO A; 4F4K A; 2J6U A; 2DFL A; 4DQR A; 3BS5 A; 3MFH A; 4Y2S A; 9ICG A; 2YB4 A; 2KG5 A; 3TAC B; 2W55 A; 1N56 A; 2BCS A; 5AHX A; 4UBC A; 3BQT A; 1KTQ A; 3LYS A; 2EQY A; 5AI4 A; 4CDG A; 2BHN A; 3BQ1 A; 3MGI A; 4MF2 A; 5ALQ A; 3M8R A; 4I2D A; 3ZDE A; 4YQW A; 2OEH A; 4I2G A; 2M0N A; 1ZQZ A; 4Q43 A; 1WWU A; 3WU2 U; 4KLJ A; 4PL1 A; 3PSF A; 2EAM A; 4KTQ A; 3RJH A; 1U49 A; 7ICE A; 4OO1 J; 3PML A; 4KLL A; 3RH4 A; 5GTI U; 1NK8 A; 1NJW A; 5HR7 A; 5DB7 A; 5AIA A; 4C8K A; 1V85 A; 2XGQ A; 5C0Y A; 1YT3 A; 3BDP A; 1SKW A; 1S97 A; 3B9J A; 1N48 A; 3AU2 A; 4NLN A; 3M6K A; 2HBM A; 1Q8K A; 1URJ A; 3QX7 A; 4C4T A; 1B0X A; 1LKY B; 2HBL A; 8ICL A; 9ICA A; 3V7K A; 4DFM A; 1FEZ A; 2FPM A; 5J0R A; 5DB6 A; 4I27 A; 5DDY A; 4NY8 A; 2KJ9 A; 1UA0 A; 5D46 A; 1B22 A; 3DV9 A; 3Q8P B; 4US9 A; 4XA5 A; 1B43 A; 3HW8 A; 4YMM A; 3KKA C; 2KVC A; 3ORY A; 8ICV A; 3LVW A; 4FS2 A; 3RAQ A; 3BQ0 A; 2P6U A; 4Y2U A; 2EZX A; 2C2E A; 2F8L A; 3WK4 A; 1L3U A; 5ALJ A; 3BQ7 A; 5AKG A; 3WKB A; 3I28 A; 3T3F A; 4CE6 A; 5L1M A; 5AKK A; 4XUS A; 3AMZ A; 3D2Q A; 4C8M A; 5TZV A; 2G0A A; 7ICG A; 4OJ6 A; 1ED1 A; 2QAR B; 1J2M A; 2W3R A; 2W04 A; 2IHM A; 2KNJ A; 2F3N A; 1PK3 A; 2AHO B; 4KLD A; 4PPX A; 1U4B A; 1UA1 A; 9ICH A; 1CEZ A; 2I6X A; 4B9N A; 2JMG A; 2JRZ A; 1KEJ A; 2B6G A; 4C4R A; 2ZTC A; 2R8K A; 1BPZ A; 2HOQ A; 4PGY A; 9ICF A; 3GDX A; 4K4G A; 3ONN A; 1COO A; 2A1J B; 2IOF K; 5ALD A; 3N97 B; 4TUR A; 4ELU A; 1OXJ A; 3WK7 A; 5BOL A; 4Q8E A; 2C22 A; 5EE1 A; 8ICB A; 2ZJ5 A; 4M9N A; 2HHU A; 2OCE A; 8ICF A; 1ZRN A; 2EAN A; 5CHG A; 2RLT A; 2VJ4 A; 4UB8 U; 3TAN A; 3NVZ A; 3ZDD A; 5K4L A; 2Y0S C; 4Q44 A; 1GO3 F; 2FLL A; 4IQW A; 2ISO A; 1S9F A; 4IR1 A; 3QUQ A; 1PUZ A; 4M6W B; 1ZXI A; 4KMU A; 3V72 A; 4DSK A; 1IM4 A; 3ZI4 A; 1Q46 A; 2E8M A; 1KN5 A; 2K8C B; 5J2B A; 4DSL A; 1FFU A; 3L4P A; 5EE9 A; 5J29 A; 3MDA A; 1NKE A; 2FLN A; 1SL1 A; 2HBK A; 1Y88 A; 3H4D A; 5AI6 A; 1BPX A; 1XNS A; 2KZM A; 3RB0 A; 2HCF A; 3ZDB A; 5AKI A; 1EXN A; 4PZN A; 3GFK B; 3ZD8 A; 3KZI U; 3PO5 A; 1Z4O A; 3RJI A; 3RH6 A; 3M7D A; 2W9B B; 3IHQ B; 4JV0 A; 3B0X A; 2Y9U A; 1NKB A; 1ZQU A; 3OJS A; 3HX0 A; 5KFH A; 2CRX A; 3JPO A; 2BQ3 A; 5DG7 A; 2G06 A; 4JMU A; 1Z1V A; 1V97 A; 1L7M A; 4KLQ A; 1SV0 A; 1BVS A; 5AM1 A; 3MGH A; 1O08 A; 2JZB B; 2RDI A; 2MAX A; 3EPI A; 1J97 A; 2ES6 A; 1N5W A; 2NO4 A; 5J2K A; 5A0L A; 2HHQ A; 2G5H B; 3THV A; 2RP5 A; 1KFT A; 1ECW A; 1QSS A; 5DLF A; 4IRD A; 4ECQ A; 3JPP A; 1TAU A; 8ICG A; 4EX6 A; 4R65 A; 5KFT A; 5KT7 A; 2W43 A; 4EYI B; 5ALS A; 2R8H A; 1ZQ1 C; 2XY6 A; 2Z7J A; 4ICA A; 3MR2 A; 4CCH A; 2BDU A; 3WKC A; 4UAR A; 2P6R A; 4BXO B; 2DBY A; 4K4H A; 5DBB A; 1QLN A; 1QQ7 A; 5AM4 A; 5J2J A; 3IDW A; 3SAG A; 2LBO A; 2DWQ A; 4ECR A; 1F5S A; 5F9L A; 5IIM A; 2LI6 A; 2KP7 A; 2ZIW A; 3TKA A; 1NZB A; 3FYH A; 4F5Q A; 3HKZ F; 5KFE A; 4RT2 A; 2XIC A; 4O3O A; 1RPL A; 1UPH A; 3PW2 A; 2CPR A; 3K4G A; 4UAV A; 4Y2Q A; 3PMN A; 2CN1 A; 2KZ3 A; 1DGS A; 2K89 A; 5EOZ A; 2XCA A; 3D2S A; 2F2A B; 4R64 A; 8ICM A; 3M9N B; 1OW5 A; 4I2F A; 9ICW A; 2ZG6 A; 5ALY A; 2G5I B; 4ED1 A; 4RNN A; 4JB3 A; 4MFC A; 3KHR A; 2QB0 B; 2VA3 A; 4PHE A; 3IM1 A; 1ZD3 A; 2F1I A; 1F44 A; 1SXD A; 4DF4 A; 2QB0 A; 2AU0 A; 4UB6 U; 1TVA A; 4ZOH C; 4NLC A; 5J0P A; 3QXG A; 3PO4 A; 4DFJ A; 1IIP A; 3FDS A; 4C8L A; 4DFD A; 4F5R A; 4UAT A; 4CF3 A; 4NLZ A; 4QIW C; 4FS1 A; 8ICN A; 1NJY A; 2HVI A; 5ALM A; 1JXE A; 1L7P A; 4QZD A; 2ALZ A; 4LZG A; 1AQ6 A; 5DQH A; 1JX4 A; 2ZJ8 A; 5KFX A; 2RDJ A; 5ALG A; 3N7S C; 1ZQB A; 4RQM A; 1BNO A; 5EWE A; 1RDF A; 1HJP A; 4IRC A; 5J2C A; 3C2K A; 2JHD A; 1ZD2 P; 2HSZ A; 7ICM A; 4IQT A; 1DRG A; 3L3F X; 1KW4 A; 5DGA A; 2QB1 A; 3PX6 A; 1DK2 A; 4UAS A; 4PGX A; 1SV0 C; 7ICQ A; 3RRH A; 3UXP A; 3PNC A; 1JUD A; 5AKJ A; 4B6J A; 3IRU A; 2KOB A; 5G5G A; 9ICB A; 4F3O A; 1L3V A; 4JWM A; 3SI8 A; 4C7Z A; 3C1Z A; 4MFF A; 4O5K A; 5CEH A; 4ACO A; 5DG8 A; 5F3X B; 2W9M A; 9ICI A; 3NUQ A; 5BPC A; 2PI4 A; 3SYZ A; 5AM5 A; 3RJJ A; 4DSE A; 2R8I A; 1XSN A; 5EWG A; 3GV7 B; 1H38 A; 3OPX A; 3HJE A; 2LHT A; 4RZR A; 2KIC A; 3IP4 B; 1S76 D; 2YY6 A; 1XWL A; 3JPR A; 4B9M A; 7ICU A; 1XSP A; 4GC7 A; 4IQU A; 2BGW A; 2KJ8 A; 4FZN A; 3OGU A; 2KFN A; 4FZL A; 5KG2 A; 4M9J A; 2BPG A; 5ALH A; 4RNO A; 4QZF A; 4DLG A; 2HHS A; 1L8L A; 3WKA A; 3C28 A; 3C29 A; 1SZP A; 3C2L A; 2WF6 A; 1SWV A; 2W7O A; 2FLP A; 4FBT A; 1ZQJ A; 1XSL A; 4DLE A; 2VA8 A; 2PMZ F; 5L1L A; 3WK9 A; 2KHQ A; 1HEK A; 1NJZ A; 1SXE A; 1QQ6 A; 2VKQ A; 2FMS A; 1JI7 A; 1KSP A; 2L5Y A; 4DL3 A; 4Y2R A; 1X2I A; 2UVR A; 4TQS A; 4QZG A; 3RB4 A; 1LVH A; 8ICH A; 1V9P A; 4RQ4 A; 4QZ9 A; 4KMO B; 4C8N A; 9ICP A; 2H3I A; 5AK3 A; 4QZ8 A; 2AH5 A; 3RRG A; 5KFZ A; 1FIQ A; 2EZZ A; 1YZ6 A; 3KBB A; 1ZQN A; 4RPY A; 1MQ2 A; 7ICK A; 1IXR A; 2HHX A; 3KFU F; 1UCV A; 5KFY A; 4RQ1 A; 3WKD A; 3QU5 A; 5IIO A; 3BS5 B; 4NJ8 A; 2HHW A; 4RPZ A; 3GII A; 1PVQ A; 3WK5 A; 1L5U A; 2XO7 A; 1Z4N A; 4PH5 A; 4YP3 A; 4YR0 A; 4CF5 A; 3T5L A; 1SB3 C; 3QUC A; 5ALO A; 2FPK A; 3SZ2 A; 4F5O A; 5ALZ A; 1S5L U; 1UHU A; 1T3Q A; 4DQS A; 3GIJ A; 4I2J A; 1PK1 A; 2G07 A; 4JV2 A; 2V4R A; 5ALK A; 1JN3 A; 1N2X A; 4EBE A; 5DQI A; 8ICW A; 4QWA A; 3Q8K A; 2JR5 A; 4F4Z A; 3RB3 A; 3G6Y A; 1D8B A; 4RUA A; 3NAS A; 2BCV A; 4YR3 A; 4UAU A; 2FDR A; 4DL2 A; 3PW4 A; 4P0P A; 3Q8L A; 5AKE A; 3QUB A; 8ICS A; 1DOQ A; 3EW9 A; 4F5N A; 2KTQ A; 4DF8 A; 4IRK A; 4DOA A; 3Q8Q B; 4P2H A; 1COK A; 4LVS A; 1NK0 A; 4M9L A; 1L7N A; 4RNM A; 3UPQ A; 5ALF A; 1SL2 A; 4MEY A; 4C7Y A; 3AL0 B; 2QLT A; 3F5E A; 5CJ7 A; 4DWI A; 9ICL A; 3GU3 A; 3M9O B; 1X9X A; 4EZ9 A; 4QZH A; 2WAQ F; 5L1J A; 3M1Y A; 4DFK A; 2LMR A; 5KT5 A; 2KEY A; 2WB1 F; 4EEK A; 3Q8S B; 3RJG A; 4PL2 A; 5J2A A; 3MFI A; 2K4P A; 1BPY A; 2HMX A; 2K4I A; 9ICJ A; 3TAR A; 1RXW A; 3V6J A; 3ICX A; 2GOL A; 3QUT A; 2XVT A; 2QKQ A; 5KFD A; 4KLT A; 5J0O A; 5HHI A; 3AEV A; 5AM3 A; 3NTU A; 4BWM A; 2ATL A; 5HML A; 4ECT A; 3EUB 2; 5H2F U; 3SV3 A; 4CRX A; 3CRX A; 1NOM A; 5AIC A; 3QU2 A; 2Y9T A; 1Z3E B; 2E8P A; 1X9S A; 4M04 A; 5L1I A; 2OXO A; 1L3T A; 5B66 U; 3KD3 A; 4YG2 A; 2Y1J A; 1TKD A; 1XC9 A; 2H3Q A; 1QH9 A; 3ALR A; 4JUZ A; 9ICU A; 3D2N A; 4BWJ A; 2JH1 A; 1TFR A; 5EE0 A; 4FBU A; 3NRW A; 3GIL A; 2IMW P; 4I2A A; 3C5G A; 1L3S A; 1X66 A; 4F91 B; 2OHF A; 4FE3 A; 4IL6 U; 4YCX A; 7ICJ A; 4C0Z A; 4US8 A; 5J2G A; 1MN8 A; 1S0N A; 3AQF A; 4EX7 A; 4Y2P A; 4J03 A; 4JWN A; 5KL1 B; 4DQQ A; 2KFZ A; 4OJO A; 3SR6 A; 2MA1 A; 4ELT A; 1ZQA A; 3SEI A; 2KZZ A; 2KD1 A; 2DPJ A; 8ICE A; 4ECY A; 1S10 A; 3WK8 A; 2KSO B; 3C23 A; 1UT8 A; 4WJ3 B; 4RQ8 A; 2RQ5 A; 2MU2 A; 4RQN A; 3AM9 A; 2BZF A; 5KG0 A; 2XY7 A; 5CR0 A; 4GXJ A; 2KSO A; 9ICQ A; 4Q8F A; 2BCQ A; 2K4E A; 1RM6 C; 4JK1 A; 3EPG A; 3IN5 A; 4GC6 A; 1KRP A; 1T3N A; 5KT3 A; 1PVP A; 2R8G A; 2W9C A; 8ICT A; 3RFA A; 3GV8 B; 5AKH A; 4RPX A; 2WF7 A; 3RH5 A; 3BS7 A; 4RQ6 A; 2K60 A; 3NVV A; 4YVZ A; 9ICN A; 3PST A; 4EEL A; 3KHG A; 1Q3U A; 4O3P A; 2EZY A; 5DBC A; 2D6F C; 4B9T A; 5ALE A; 3TAP A; 8ICZ A; 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