The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
96
|
structure length |
96
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Chain Sequence |
GLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDKLYTPPTVSVNSTL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the C-terminal domain of nsp4 from feline coronavirus
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Feline coronavirus
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| molecule keywords |
Replicase polyprotein 1ab
|
| total genus |
27
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| structure length |
96
|
| sequence length |
96
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2009-04-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VCB A; 3GZF A; 3VC8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VKQ A; 3TAR A; 4MHV A; 9ICE A; 5ALN A; 2G0A A; 3K1R B; 2A1J B; 2K60 A; 1A77 A; 4PGY A; 1ZQP A; 2ZG6 A; 1CUK A; 5ALX A; 2R18 A; 3GIL A; 3C1Z A; 2DF4 B; 3DV9 A; 5AKX A; 4UAT A; 4F2S A; 2QB0 B; 1NJY A; 3C5G A; 7ICM A; 1XNS A; 3ALR A; 3H0M B; 3IM1 A; 3ZD8 A; 3KHR A; 3OHA A; 5KT4 A; 4RQ4 A; 1X6I A; 2KOB A; 4XUS A; 1ZQI A; 5J0U A; 4KLS A; 2F3N A; 4Y2R A; 3HW8 A; 3S6J A; 3DEE A; 4C4R A; 1PVQ A; 2AH5 A; 1ZQD A; 3NRW A; 3BS7 A; 3EZ5 A; 3B0Y A; 5ALM A; 3RR8 A; 1NK6 A; 3V6J A; 1ZQZ A; 1XO1 A; 1LB2 B; 3RAQ A; 1F0M A; 4QZB A; 5HHI A; 5J2I A; 1BGX T; 9ICP A; 3LWM A; 4Z6E A; 3TFS A; 3V6K A; 3FDS A; 4IQV A; 4Y2S A; 2XCP A; 4ED3 A; 1XSL A; 3U26 A; 3M7D A; 1SL0 A; 4EBC A; 1ZQX A; 3CNH A; 3AQF A; 1QSS A; 2R8K A; 3KHG A; 1A0P A; 1ZQA A; 3BZC A; 4O3Q A; 4YR0 A; 3FYH A; 1NZP A; 2AXT U; 1RQN A; 3PX6 A; 1SB3 C; 4Y2X A; 4TQS A; 2ZJA A; 3H0R B; 5AKE A; 2F1H A; 2Q0Z X; 4MF8 A; 1X9S A; 2G5H B; 9ICR A; 5AM3 A; 5GTH U; 2EZX A; 4DQS A; 2ZXI A; 1S0M A; 1NNL A; 5KFV A; 2W04 A; 2WTF A; 2BCV A; 3QU2 A; 4AYB C; 3AU6 A; 1N63 A; 3QZ8 A; 3PO4 A; 1V85 A; 8ICI A; 4R66 A; 3M1Y A; 3TAP A; 1N60 A; 2O6K A; 3ZI4 A; 4OJ6 A; 4UAV A; 4RQ7 A; 2KP7 A; 4FZN A; 1XWL A; 2RLT A; 4ECX A; 4KLT A; 4ECZ A; 3QX7 A; 5AK4 A; 2VAN A; 5J2K A; 3OJS A; 4M9G A; 5JTI A; 3NRZ A; 3UXN A; 4R63 A; 3RJI A; 2ASD A; 2AQ4 A; 3JPN A; 4NM2 A; 1Q3V A; 5L1M A; 4ELT A; 1L3V A; 3NVW A; 4PGX A; 1NK4 A; 4DL3 A; 2F76 X; 2WF8 A; 4J9L A; 5JUM A; 1SL2 A; 3UPQ A; 3ISD A; 4OJ5 A; 1Z00 B; 4KN7 A; 5EE9 A; 3SV3 A; 5ALY A; 3B0X A; 3H8S A; 5D46 A; 4O3M A; 4DLG A; 4DL6 A; 7ICL A; 4KTQ A; 1ZQU A; 1Q46 A; 2LI6 A; 4P0Q A; 5ALW A; 1KTQ A; 5J2J A; 4XQ8 A; 1Z4N A; 3BQ7 A; 8ICM A; 3WK5 A; 4R8U A; 4M6W A; 4I2G A; 5B66 U; 5DQH A; 3GII A; 2BQU A; 1DXS A; 3E58 A; 4X5V A; 5IIK A; 2UVR A; 2E8N A; 3GQC A; 2WF9 A; 1T8E A; 3RB4 A; 1GO3 F; 3UMC A; 4C80 A; 1TVA A; 4IRD A; 3A0B U; 2HVH A; 3N7P D; 3MC1 A; 3PNC A; 3CW2 C; 4QZ9 A; 4BWJ A; 5KFN A; 2XY5 A; 4CDG A; 4PH5 A; 4Z6D A; 2PFQ A; 4LZG A; 5L1J A; 3CRX A; 5AI5 A; 4FBT A; 2KEY A; 3ZDD A; 4QWA A; 5DG7 A; 4YXM A; 3MDC A; 3AU2 A; 4Y2J A; 3HWT A; 1RYS A; 2JHD A; 3MGV A; 4F4W A; 4IRK A; 5J8Y A; 4J9K A; 4C7Z A; 2BGW A; 3C2M A; 1COO A; 5K4L A; 4IS7 A; 2EAN A; 2H3Q A; 2NRV A; 2HBM A; 5AIB A; 5DQG A; 3THV A; 1TV9 A; 8ICT A; 2DBY A; 5J2H A; 4PHD A; 3RH6 A; 1D9D A; 8ICV A; 3AN1 A; 3E2E A; 3BJY A; 2MA1 A; 4M0A A; 4F8R A; 2GOL A; 4OJO A; 5ALR A; 4RNO A; 2I5H A; 2KIW A; 3Q8L A; 5ALD A; 3RB3 A; 4BDP A; 3PMN A; 2FPM A; 2BDP A; 2JRZ A; 4M2Y A; 3QUB A; 4J9S A; 4UAS A; 1PK3 A; 2VJ5 A; 4EEL A; 3IG5 A; 5T14 A; 2V9W A; 5KFB A; 3WU2 U; 1PVP A; 2KZZ A; 5KL8 B; 2FLN A; 2J6U A; 4P2H A; 2EAP A; 8ICF A; 4UW9 A; 5AI8 A; 2BKE A; 3OPX A; 3RJK A; 2HDO A; 2WAQ C; 2OM6 A; 2D8C A; 4ECR A; 1ZXI A; 3V6H A; 2J6S A; 1S77 D; 5KFF A; 1ZYQ A; 4RQM A; 3H7I A; 5ALE A; 1JXE A; 4UB8 U; 4ECU A; 1F44 A; 5IIJ A; 5E79 U; 4FS2 A; 2WB1 F; 2B6G A; 3M9M B; 2D3D A; 1T3N A; 2NRW A; 4DL4 A; 1NJW A; 9ICA A; 2ZIU A; 1FIQ A; 3BZK A; 5ALS A; 4B9U A; 3RF9 A; 5C5J A; 3QEA Z; 4F92 B; 2V4Q A; 5CR0 A; 4PJ0 U; 1ZQQ A; 2KKV A; 3MR5 A; 4EYI B; 1ZQN A; 3RJE A; 3MDA A; 7ICN A; 8ICJ A; 1LKY B; 1XS9 D; 2MUT A; 1NOM A; 2R8I A; 2NRT A; 2OXO A; 5AKY A; 1A6S A; 5AI0 A; 4YXJ A; 2P35 A; 3NGD A; 1N62 A; 4Y2Y A; 2F8L A; 3I76 A; 4DFM A; 2QAR A; 3LWL A; 2XY7 A; 5ALV A; 1HIW A; 2JMG A; 3QEB Z; 3RBE A; 8ICK A; 4NLB A; 2XC9 A; 2QKQ A; 4CE6 A; 4DWI A; 5AKL A; 5DLF A; 1IIP A; 4RPX A; 4OD0 A; 3PX0 A; 5AKH A; 1MA7 A; 4KN4 A; 3C5F A; 8ICL A; 2KJ9 A; 1JRO A; 9ICN A; 3KFU F; 2JEF A; 1O08 A; 1MC8 A; 5AKG A; 4F4K A; 1Q8K A; 3SD7 A; 2BHN A; 1CEZ A; 3C21 A; 3RH5 A; 3F5A A; 2K4I A; 1YZ7 A; 5KFU A; 1ZQT A; 2Y9T A; 1VDV A; 3RJH A; 1NK8 A; 3LK9 A; 2R8H A; 4RU9 A; 1TFR A; 3L3F X; 1TK0 A; 3M6Z A; 2HMX A; 4UBB A; 2YY6 A; 2UVW A; 2XY6 A; 4YCX A; 2G08 A; 4TUQ A; 4EX6 A; 5ALK A; 4GC7 A; 4Q8F A; 4QZG A; 4C4S A; 5ALH A; 4DSE A; 2W3S A; 4O3S A; 5AM2 A; 2YB4 A; 3RTV A; 2CXY A; 2HI0 A; 3TAD A; 4QZC A; 4QIW F; 3M8R A; 2R8G A; 2KHV A; 3D6J A; 3RBD A; 2AU0 A; 4BXO B; 3C29 A; 1J97 A; 5ALO A; 4PHP A; 4Y2V A; 5KFY A; 4ACO A; 3JPO A; 5GTI U; 3E0F A; 4UQG A; 1RPL A; 2P6U A; 1B4F A; 3IHQ B; 4QZH A; 2KSO B; 1C20 A; 1T94 A; 2C2E A; 2ES6 A; 4J9Q A; 2EZY A; 4IQU A; 2G06 A; 5KFA A; 2C28 A; 1JRP A; 2W9C B; 3G6V A; 5KFZ A; 3AM9 A; 3UM9 A; 4KLI A; 4C8K A; 3N4M B; 3SMV A; 2JEG A; 1QQ5 A; 2DFL A; 7ICJ A; 2NYV A; 9ICB A; 4ECY A; 2H3F A; 1Z19 A; 9ICK A; 5F3X B; 4BXO A; 5CA7 A; 3PW0 A; 1IV8 A; 1U49 A; 5JU5 A; 3SAG A; 2G09 A; 2RHF A; 1COK A; 4PGQ A; 3GZF A; 3BDP A; 4JB3 A; 4ICA A; 3SAF A; 7ICF A; 2LYH A; 2MAX A; 4ED1 A; 1NI3 A; 4TUS A; 3PV8 A; 2OHF A; 2YMP A; 4I2H A; 3ZDB A; 5KG3 A; 1JI7 A; 4LJX A; 5KFI A; 2Y0S C; 2HOI A; 1ZQL A; 4UB2 A; 4QWD A; 2IMW P; 2HHW A; 4DO9 A; 4PL2 A; 3SZ2 A; 3MGI A; 4RNM A; 3HKZ F; 3RFA A; 1DK3 A; 3K4G A; 3HJE A; 2ESE A; 2EAM A; 4DFP A; 4FO6 A; 2AGQ A; 2KZ3 A; 2WF5 A; 1KSP A; 4F71 A; 2IOH A; 5KNI A; 2HHU A; 1X9X A; 4O3N A; 3IN5 A; 1WUD A; 5FP0 A; 8ICW A; 5DLG A; 4USA A; 4CRX A; 2E8M A; 1ZJN A; 2DWQ A; 2PKE A; 3UQ2 A; 3KZI U; 4DFK A; 3PY8 A; 1VJ5 A; 1XO0 A; 3MR6 A; 4PZO A; 1ZQG A; 5DG8 A; 3C23 A; 1ZJM A; 4B9L A; 1XSN A; 1PK1 B; 4KMO B; 1EXN A; 1TK5 A; 3F5E A; 4CF5 A; 5ALZ A; 1S0V A; 1ZD3 A; 2B21 A; 3G6Y A; 2YQE A; 2KK0 A; 5AM4 A; 2QLT A; 5D4B A; 5DB8 A; 4LVS A; 1S9F A; 5EE1 A; 1TK8 A; 4DQI A; 2A1J A; 3T79 A; 9ICS A; 5J0O A; 1BPZ A; 5F9N A; 1UHU A; 4RQ6 A; 7ICI A; 2FDR A; 2CN1 A; 5L1L A; 3UMB A; 4I27 A; 4F5Q A; 5L9X A; 1L7O A; 2FMQ A; 5DDM A; 4I28 A; 4KIT B; 3L4P A; 5KFE A; 2QB0 A; 1T3Q A; 4F93 B; 2ISP A; 4QJF B; 1JMS A; 1TKD A; 4AP9 A; 2XGQ A; 5BPC A; 3T3F A; 4M9H A; 1L7N A; 1ZRM A; 2HHX A; 1PK1 A; 4YP3 A; 3QYP A; 5HML A; 3WK7 A; 5AK3 A; 1Q3U A; 1ZQR A; 4DCC A; 4YN4 A; 3TI0 A; 5J2B A; 1X42 A; 2GLE A; 3QU9 A; 4YFK A; 2ZJ5 A; 1M6Y A; 2C2D A; 4QNL A; 2KKP A; 3AUO A; 4RNN A; 4CCH A; 2W9A A; 1WYG A; 3VC8 A; 5CEH A; 1RXV A; 4DL7 A; 1S0O A; 4GFJ A; 3PW7 A; 4EX7 A; 1NK5 A; 5CRX A; 1JX4 A; 3MR3 A; 9ICV A; 3LVW A; 3UXP A; 1OXJ A; 3LDA A; 3LVV A; 1BNP A; 8ICX A; 4CF4 A; 2WF7 A; 3JPT A; 2F2A B; 5J0T A; 8ICP A; 9ICG A; 3Q8R B; 2NRZ A; 1NKC A; 3MAB A; 3PSI A; 1KLN A; 2RQ5 A; 1ECW A; 2EH9 A; 5JRT A; 4DS5 A; 2OYY A; 4RUA A; 2F44 A; 1FO4 A; 1ZD5 A; 4UAZ A; 2I9G A; 2DL0 A; 1KDH A; 2LHT A; 3HRD D; 5J2A A; 5DB6 A; 4XRH A; 4JWN A; 1KN5 A; 3PW4 A; 1C7Y A; 5AHX A; 1KFS A; 2FI1 A; 1RZT A; 1IM4 A; 4QWE A; 4Q8E A; 4O3P A; 3QNM A; 4FZL A; 4I2F A; 4DOA A; 1L5U A; 1HUO A; 5J0W A; 4C8N A; 8ICN A; 5CB1 A; 4QWB A; 5D49 A; 4UAW A; 1K1Q A; 8ICR A; 4IL6 U; 1RG6 A; 2E1E A; 7ICE A; 4F5R A; 3SYZ A; 8ICA A; 5KT6 A; 7ICP A; 4Q43 A; 2ZIW B; 2NO5 A; 4KLG A; 4PZN A; 5KFQ A; 2KFZ A; 2G07 A; 2A19 A; 3HIL A; 5DDY A; 5ALL A; 2IA6 A; 2W9B B; 1X9M A; 2OEH A; 8ICC A; 2ZUB A; 2KV2 A; 2KNJ A; 4B9S A; 3L5K A; 1AQ6 A; 1KW4 A; 5AI9 A; 1Z00 A; 3H8W A; 5KG1 A; 4KLQ A; 1Z4O A; 2DQN B; 5J29 A; 1NJX A; 2LYA A; 5AI4 A; 3MR2 A; 8ICU A; 4UB4 A; 5BOL A; 1SV0 A; 3QE9 Y; 5J2G A; 3PW2 A; 3WK9 A; 2KVS A; 5KL1 B; 1BPD A; 5AK6 A; 4AYB F; 5DGB A; 4EBD A; 2LPE A; 4GXI A; 1L3S A; 7ICR A; 2H5X A; 4DEZ A; 4RT2 A; 4DSJ A; 4B9V A; 2VA2 A; 3M9O B; 3TFR A; 3Q8P B; 3EPG A; 5BOM A; 4JV2 A; 3DDH A; 5EE0 A; 4RQ3 A; 2H3I A; 4FFD A; 2K89 A; 4QZ8 A; 4BJQ A; 2G5I B; 1U4B A; 2E8P A; 2XCA A; 3M9N B; 4KLE A; 4ED7 A; 1NZB A; 9ICQ A; 3NUQ A; 4YMO A; 4JV1 A; 4ECT A; 4HYK A; 2W9B A; 1S10 A; 3BQ2 A; 2JZB B; 1B0X A; 3H8M A; 4NWI A; 3BS5 B; 5L1K A; 1DOQ A; 2P6R A; 1TAU A; 5KG7 A; 2NO4 A; 4R65 A; 4NLK A; 2H3Z A; 9ICF A; 2FLP A; 2BZF A; 2FPL A; 3D2N A; 4DQQ A; 1DRG A; 4OCZ A; 3ZDC A; 2KG5 A; 3QUT A; 4ED2 A; 1N61 A; 2HOQ A; 3K1Z A; 1QLN A; 5KFO A; 4DFD A; 3H0L B; 2IHM A; 5C0Y A; 2RRD A; 1KKX A; 4ECW A; 1N2X A; 1A76 A; 4UAU A; 5KFS A; 4EBE A; 5HNK A; 3D2Q A; 2BPC A; 1ZQC A; 4I2J A; 5AM5 A; 4DQP A; 5TIS U; 2EAO A; 4OJP A; 2ZUC A; 1DGJ A; 3C1Y A; 4B9N A; 5ALQ A; 3G6X A; 1V9P A; 1L7P A; 4EZ9 A; 2K8C B; 5A0L A; 4KLJ A; 1HUZ A; 4NM1 A; 3BQ0 A; 1ZQ1 C; 2MRL A; 3KD3 A; 3MBY A; 4QW8 A; 3WK8 A; 5DBC A; 2WF6 A; 3TAC B; 2ODG A; 4J9N A; 5ALU A; 3OTQ A; 4I2I A; 5EE3 A; 2NV3 A; 4F4X A; 2PI5 A; 5AM0 A; 4ELU A; 4IRC A; 4O3O A; 2W55 A; 2ASJ A; 2JEI A; 3TKA A; 2LM1 A; 8ICY A; 2CRX A; 1K1S A; 5KFW A; 2KVC A; 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4K4I A; 4RUC A; 4DSL A; 1QQ6 A; 1X6J A; 1FFU A; 1KFT A; 2VJ4 A; 2ZIX B; 4Z6C A; 3GIJ A; 4NLG A; 4NL9 A; 2Q4T A; 3V7L A; 3N7R C; 2JH7 A; 7ICT A; 3H40 A; 2ZJ8 A; 3PVX A; 5ALI A; 4BWM A; 4KX5 A; 5AK5 A; 9ICH A; 2YB1 A; 3WKB A; 5CP2 A; 3KHL A; 4US9 A; 4P0P B; 5F9L A; 3QU7 A; 5ALJ A; 2OWO A; 2KSO A; 1SGG A; 4M04 A; 5CWR A; 3WK4 A; 1CRX A; 1WCN A; 3RR7 A; 4QZF A; 1ED1 A; 3WKE A; 3OHB A; 4IQW A; 3QU5 A; 1UPH A; 3GU3 A; 8ICB A; 5DKW A; 2W43 A; 3SEN A; 1L8O A; 2UVV A; 2W9C A; 5J2F A; 2NRX A; 4YQW A; 1YT3 A; 2EZZ A; 4K4H A; 4QZD A; 4F5O A; 3RRG A; 2ZIX A; 3AMZ A; 2HHV A; 1SWV A; 2YMM A; 3KKA A; 2IOF A; 1Z1B A; 2KE7 A; 4DLE A; 4Y2Q A; 3ONN A; 5KFT A; 4KLO A; 4O5C A; 2BR0 A; 4F4Y A; 4KLU A; 2DKX A; 3RB0 A; 1S5L U; 3HP6 A; 4P0P A; 3ORY A; 1ZQS A; 2W54 A; 9ICL A; 1BPB A; 2YMQ A; 1UA0 A; 4UB1 A; 4P4P A; 4P4O A; 1SXE A; 2LKY A; 1V38 A; 3MGH A; 1SKR A; 5ALT A; 3F2C A; 4GXJ A; 1XC9 A; 2BCS A; 3KHH A; 4JMU A; 2PI4 A; 3T5H A; 4JV0 A; 4A8E A; 3Q8Q B; 1KBU A; 4PL1 A; 4O9M A; 3PZP A; 9ICO A; 2W7O A; 1ZQV A; 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