The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
|
sequence length |
89
|
structure length |
89
|
Chain Sequence |
STFEEMALTTFMITKESYSKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTASVTTSFL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the C-terminal cytoplasmic domain of non-structural protein 4 from mouse hepatitis virus A59.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Murine hepatitis virus
|
| molecule keywords |
RNA-directed RNA polymerase
|
| total genus |
27
|
| structure length |
89
|
| sequence length |
89
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2012-01-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3GZF A; 3VC8 A; 3VCB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4UQG A; 4KMU A; 4RQM A; 3TAQ A; 1P7D A; 4C7Y A; 4UAT A; 1A77 A; 7ICO A; 2F8K A; 3UPQ A; 3QE9 Y; 5HML A; 5G5H A; 1IM4 A; 2HOI A; 2YN4 A; 2Y1I A; 2Y9T A; 2KMD A; 2BHN A; 4F4Y A; 4AP9 A; 1QQ5 A; 4KLS A; 4BXO A; 2ODG A; 1MSW D; 2AHO B; 2W04 A; 1OXJ A; 4B6J A; 4B9M A; 3SV3 A; 4TUQ A; 1KQQ A; 5B66 U; 3V7J A; 3PX4 A; 2GWS A; 4F4X A; 2DPI A; 1NJY A; 4O5K A; 8ICO A; 5J2A A; 5J0Y A; 2HHX A; 3A0H U; 1RYU A; 2PMZ F; 3PX0 A; 2BPC A; 1RPL A; 7ICP A; 1HUO A; 3BS5 B; 4IS7 A; 2F3N A; 2I5H A; 5J0O A; 4UB6 U; 5ALW A; 2DGZ A; 3OHB A; 2JEI A; 4DSK A; 2KFN A; 3HIL A; 3D6J A; 4HAI A; 3SD7 A; 5KTQ A; 5IIJ A; 5J2D A; 4RQ5 A; 2F2A B; 2O6K A; 5KNI A; 1ZQF A; 4M04 A; 3RR8 A; 2DF4 B; 2WFA A; 1UHU A; 3H8M A; 2AQ4 A; 5KFQ A; 1L6N A; 3RB6 A; 4JB3 A; 1FO4 A; 2K89 A; 3ED5 A; 1K1S A; 4QZ9 A; 2MA1 A; 4O5C A; 2XID A; 4I2B A; 3CRX A; 2EAO A; 2DUY A; 4C0Z A; 1B4F A; 4F93 B; 2HOQ A; 3V6J A; 1KFS A; 1VDV A; 2DKX A; 4ED8 A; 3HX0 A; 3HW8 A; 5KT5 A; 2BQ3 A; 1X9M A; 3QZ7 A; 4ECZ A; 2DPJ A; 5JUM A; 4EEN A; 4DEZ A; 2G06 A; 5HR7 A; 3MGI A; 8ICW A; 5DGA A; 4C4T A; 2W55 A; 5JRT A; 5L1K A; 2D8C A; 2ES6 A; 5J2G A; 4U7C A; 4RQ3 A; 2KZ3 A; 4KTQ A; 3UQ2 A; 1CUK A; 4Y2T A; 4P4M A; 3O0F A; 1U9L A; 2E5S A; 9ICK A; 5F3X B; 4ECU A; 1NJX A; 1SXD A; 4M9G A; 5J0X A; 3M9O B; 5KL1 B; 5ALN A; 2KEY A; 3SR6 A; 2DWQ A; 3L5K A; 3TAC B; 2HHT A; 2HHW A; 2KZZ A; 2BQU A; 4RUC A; 2WTF A; 8ICT A; 1VJ5 A; 2KKV A; 3VC8 A; 2XCA A; 5CR0 A; 5AK3 A; 2Y1J A; 4C80 A; 5DB7 A; 5ALL A; 4O3O A; 3KOO A; 8ICH A; 3B9J A; 1S0V A; 5KFH A; 3C1Y A; 2W8K A; 3Q8R B; 2YMP A; 1RM6 C; 4DOB A; 3JPP A; 1SKR A; 4RNM A; 1X9W A; 1DOQ A; 1JIH A; 1JRO A; 1L5U A; 3MAB A; 2ZJ8 A; 4I2I A; 1ZOL A; 1T3N A; 1PVP A; 5KFW A; 4P4O A; 3IG8 A; 3PSP A; 3KTQ A; 1KFT A; 3PR5 B; 5A0L A; 3C21 A; 4BJQ A; 4PJ0 U; 8ICP A; 5TZV A; 2LYA A; 4BXO B; 2JH7 A; 2VAN A; 3PY8 A; 1U48 A; 5AI0 A; 2E8O A; 4RPX A; 1ZQZ A; 2ZXI A; 4IQU A; 1Y88 A; 2KSO B; 1ZD3 A; 2LBO A; 2HHU A; 2ZUD A; 4DQQ A; 2K4E A; 3CYM A; 3QXG A; 4R66 A; 2EAP A; 3Q8K A; 5K4L A; 5L1M A; 2GLE A; 3QU7 A; 2MRL A; 2ZTD A; 3AQE A; 4B9N A; 2ALZ A; 3NVZ A; 5EE0 A; 3NRZ A; 5AI8 A; 1KFD A; 3T5H A; 2Q0Z X; 2HHS A; 5KFS A; 8ICK A; 4GFJ A; 5AHX A; 4BUG A; 4OJ6 A; 2KIV A; 5F9L A; 5KFC A; 4PGQ A; 2NRT A; 5J0W A; 4JV0 A; 4FZN A; 2H3V A; 5DBA A; 4TUR A; 1DGJ A; 3ZD9 A; 5AKH A; 1ZQV A; 3S6J A; 2NRZ A; 1SV0 A; 1URJ A; 1ZQI A; 1N60 A; 3KD3 A; 1ZQC A; 1ZQM A; 2FPL A; 5E79 U; 5KG3 A; 3NRW A; 2G09 A; 4J9S A; 1X40 A; 4O9M A; 3SAG A; 4TUP A; 1QTM A; 2PFN A; 1KDH A; 4I28 A; 4XRH A; 2W7O A; 1PK3 A; 1XO0 A; 5KG7 A; 3IRU A; 4UAZ A; 5AKL A; 5AKJ A; 3WK5 A; 3F2C A; 1BPZ A; 7ICK A; 9ICE A; 4QIW C; 1ARO P; 4DF8 A; 1L7O A; 4OJO A; 5H2F U; 3M8R A; 4TQR A; 3M1Y A; 4RQ7 A; 2YB4 A; 1C7Y A; 2KTQ A; 3TAR A; 2W9B B; 3NS1 A; 3OSN A; 2WB1 C; 1N48 A; 2K60 A; 1ZQ1 C; 2C2E A; 4CNQ A; 4MFA A; 3Q8L A; 3GV7 B; 3E0F A; 4JK1 A; 3V6H A; 3L3F X; 4DFD A; 3SEN A; 2NRX A; 2K4P A; 3GV8 B; 5EE1 A; 4TQS A; 8ICQ A; 3IHQ B; 1V9P A; 4EX6 A; 3KZX A; 2KNJ A; 3H0L B; 4GXK A; 8ICS A; 4ZOH C; 5KFZ A; 1PUZ A; 2EZZ A; 2FMP A; 3QUB A; 4UB1 A; 2KOB A; 2LM4 A; 3QU9 A; 2YMQ A; 4F8R A; 4TUS A; 3ZDB A; 4IL6 U; 2QB0 A; 4RQ6 A; 3RAQ A; 5AI4 A; 4I2J A; 2FLN A; 1TAU A; 1Z1B A; 4J9M A; 1JX4 A; 5IIM A; 4I2G A; 4PZO A; 3EZ5 A; 2ESE A; 2E1E A; 3NVV A; 4B9L A; 4B9U A; 2WAQ C; 3PVX A; 8ICC A; 2KE7 A; 2LHT A; 7ICV A; 5DGB A; 1NKC A; 3D2N A; 3WKE A; 1Q8K A; 2IOF A; 1ZD2 P; 2BQR A; 4PL2 A; 2JH1 A; 3ORY A; 1FIQ A; 2E8P A; 1ZQG A; 1Q46 A; 1S77 D; 3GIM A; 1Z4N A; 2BR0 A; 4GIB A; 3KHG A; 4UW9 A; 3K75 D; 4KMO B; 4Y2J A; 3TAD C; 2I6X A; 4J03 A; 4FBT A; 1N5X A; 4DL7 A; 3C2M A; 4CF3 A; 4IRD A; 5HHH A; 4MEX A; 3J81 j; 5ALK A; 4DQI A; 2G07 A; 2XGP A; 5DG8 A; 4PHD A; 3I28 A; 5KG0 A; 5J2B A; 4EEK A; 4JWM A; 2F1I A; 1ZQH A; 4ELT A; 3RH4 A; 2BPG A; 3H40 A; 2G0A A; 3L4P A; 1XSN A; 1ZQY A; 4UB5 A; 4JUZ A; 1TAM A; 2WHE A; 4QNL A; 2KJ9 A; 1YZ7 A; 2H3I A; 4C4S A; 1Z1V A; 3LWM A; 4X5V A; 5AKK A; 3Q8M A; 5J8Y C; 3GU3 A; 3MGV A; 3CP8 A; 2E8N A; 2V4R A; 3GDX A; 3ZD8 A; 3SZ2 A; 2V9W A; 4O3N A; 1PVQ A; 1ZJN A; 4DL2 A; 1L3V A; 2MU2 A; 2OYY A; 1NKE A; 4DFK A; 1N5W A; 5AI6 A; 5AM3 A; 2K8A A; 7ICM A; 1TE2 A; 3ZDC A; 2G5H B; 3BQ2 A; 4NLK A; 4J9Q A; 3FDS A; 3BQ7 A; 2VKQ A; 2FE9 A; 3PNC A; 3ISD A; 1OW5 A; 1DXS A; 2HW3 A; 9ICM A; 1IG6 A; 4DS5 A; 2N1R A; 4XA5 A; 2RP5 A; 3C23 A; 2WF5 A; 4DSL A; 4M6W B; 1TK0 A; 3UXP A; 3V6K A; 1KN5 A; 2XIC A; 2KP7 A; 1ZYQ A; 4KX3 A; 2AU0 A; 2B0C A; 2PI5 A; 4EBC A; 1NK0 A; 1UA1 A; 4YMO A; 1SZH A; 4E0D A; 1C20 A; 2MAX A; 4JV1 A; 4DOC A; 4YN4 A; 4YD1 A; 5CP2 A; 4YR0 A; 2JEG A; 1Z4O A; 4QZF A; 2NV3 A; 2A1J B; 2OM6 A; 2OEH A; 4GC6 A; 5ALD A; 5AM2 A; 5CWR A; 3JPQ A; 3PV8 A; 1NK4 A; 2I9G A; 2NYV A; 3F5A A; 3QUT A; 4DLG A; 4Z6C A; 4NM1 A; 1L8L A; 3IP4 B; 4GXI A; 4FBU A; 5BOM A; 5AKX A; 1J2N A; 1D8L A; 1S9F A; 3D2S A; 4EZ6 A; 1OUQ A; 4P4P A; 4DQS A; 1WWU A; 3FC4 A; 4QZB A; 3C28 A; 1S0N A; 1WYG A; 4GLX A; 3PST A; 2QAR A; 5ALQ A; 3B0Y A; 2AGO A; 2DL0 A; 3PW4 A; 5ALH A; 4ED3 A; 2NO5 A; 3PR4 A; 2FJ6 A; 2KSO A; 4LZD A; 7ICE A; 4Q8F A; 2KFZ A; 3H4B A; 1SWW A; 2FDR A; 8ICY A; 2QKQ A; 4DFM A; 1UT5 A; 2RDJ A; 4F71 A; 3NVW A; 4ZH4 A; 3HJE A; 1NK6 A; 4C8L A; 2WF8 A; 4RT3 A; 3JPT A; 3N4M B; 3RFA A; 2UVR A; 2VJ4 A; 1QQ6 A; 2FMQ A; 3K4G A; 3EW9 A; 3RJJ A; 1BVS A; 3HWT A; 4F2S A; 1QCK A; 2JMG A; 1PVR A; 3TAP A; 2R18 A; 1WCL A; 5III A; 2OWO A; 5J2J A; 2BKE A; 2BGW A; 5J2E A; 2J6S A; 4PH5 A; 1BPD A; 3N7R C; 4QZH A; 4KLL A; 2XY5 A; 1ZQA A; 1LKY A; 2VA2 A; 2KZM A; 5AM1 A; 5ALS A; 4ED6 A; 3ISC A; 4QJF B; 3C5G A; 5KT2 A; 2W7P A; 4P0Q B; 3QX7 A; 2P66 A; 4CE6 A; 3FAH A; 3Q8S B; 2YQE A; 2ZIV B; 3HT3 A; 2DKZ A; 5AM5 A; 3ETL A; 4O5E A; 4P2H A; 3MFH A; 3OJU A; 2K4H A; 1NJZ A; 3UM9 A; 2HBM A; 2ZIW A; 3KBB A; 1ZQJ A; 5AKY A; 4BWJ A; 2BCV A; 2EZX A; 4QWA A; 1N2X A; 4F5Q A; 4KLE A; 2A19 A; 5IIN A; 1HIW A; 3NVY A; 3GII A; 2F77 X; 1HJP A; 2GO7 A; 4NLG A; 1FEZ A; 1MN8 A; 2CRX A; 3GZF A; 2AQ0 A; 1ZET A; 2BPF A; 4F91 B; 4OJL A; 4F4W A; 8ICM A; 2H3F A; 1Z19 A; 1Q3U A; 3IG5 A; 2W9A A; 1D9F A; 2PFP A; 1AQ6 A; 4UB2 A; 2OCE A; 4U6P A; 3F2D A; 9ICN A; 1D8B A; 3TAN A; 1SZP A; 2W9B A; 2VA3 A; 3V7L A; 3QU4 A; 2R8I A; 7ICT A; 3TAD A; 1ZQW A; 5AK4 A; 5ALR A; 5J0U A; 1TV9 A; 3QU5 A; 2WB1 F; 4YR3 A; 4OJP A; 4RPY A; 2XGQ A; 1XC9 A; 4M9N A; 1JI7 A; 4RU9 A; 2P6R A; 1NOM A; 2W43 A; 3PW5 A; 5J29 A; 4NLZ A; 1Z3E B; 5AIC A; 2MSN A; 1X6J A; 1SKW A; 5ALG A; 3BS7 A; 4YVZ A; 1EXN A; 3G6Y A; 2IOH A; 3PO5 A; 1L3U A; 3M6Z A; 2BCR A; 3IM1 A; 2YMM A; 3DV9 A; 3K1Z A; 2AGQ A; 4A8E A; 1IIP A; 2F1J A; 4CF4 A; 3N7P D; 3ONN A; 5ALX A; 4NWI A; 2HI0 A; 3DEE A; 2KVC A; 2VA8 A; 3BJY A; 1JXL A; 3QYP A; 4CDG A; 2OH2 A; 3LVW A; 5J8Y A; 3IV6 A; 3NGD A; 5KFE A; 3F2B A; 3RF9 A; 3RH5 A; 3EPI A; 4F92 B; 1S97 A; 5KFO A; 1ZRM A; 2WAQ F; 8ICV A; 5DBC A; 2QAR B; 9ICS A; 3WKD A; 2VIX A; 3WK6 A; 1MA7 A; 2KV2 A; 4MEY A; 4US8 A; 1SKS A; 3UXN A; 3MDC A; 2HDO A; 2XCP A; 4K4H A; 4C8K A; 3TQ1 A; 1NK5 A; 4KLD A; 3FYH A; 4PHP A; 2VJ5 A; 3M6K A; 1XSL A; 5IIO A; 3PMN A; 5EWE A; 5ALI A; 5EE9 A; 1O03 A; 5KFK A; 1RXV A; 4P0P A; 3NAS A; 4O3Q A; 3JPO A; 1S76 D; 8ICF A; 2J6T A; 3WKA A; 2MUT A; 3QZ8 A; 1VLB A; 2AGP A; 3UXO A; 3EYZ A; 2IBK A; 3NTU A; 2JEF A; 2UVV A; 4R8U B; 5HP4 A; 4NL9 C; 4DFP A; 1UQV A; 1LKY B; 2G08 A; 5EOZ A; 4MFC A; 5KG1 A; 2LPE A; 5ALE A; 2A3V A; 4CGZ A; 1UT8 A; 1Q3V A; 2JR5 A; 1SWV A; 2IA6 A; 3RB3 A; 4KX5 A; 3ZI4 A; 3H0R B; 1TKD A; 5KFR A; 8ICN A; 2M0N A; 4RQ1 A; 4DOA A; 2ZIW B; 4IRK A; 4F4Z A; 4WJ3 B; 8ICX A; 4NV0 A; 1ZD4 A; 3ZDD A; 3M9N B; 1S10 A; 2ZXH A; 3WK7 A; 2GOL A; 3OTQ A; 2JXJ A; 2HOF A; 3SV4 A; 2HHV A; 1UA0 A; 3MGH A; 3HRD D; 5J2K A; 4KLT A; 9ICR A; 1SB3 C; 3RBD A; 5KFV A; 1XSP A; 5DQG A; 3G6V A; 3C2L A; 5EWG A; 2XC9 A; 2BDU A; 3BDP A; 4US9 A; 3BQ1 A; 4RQ8 A; 4RNN A; 8ICL A; 5DDM A; 1KEJ A; 1ZQD A; 3PSI A; 3H8J A; 4GXJ A; 4AYB C; 3I1Y A; 5KG5 A; 1PK1 A; 4ICA A; 2F8L A; 4M6W A; 3GQC A; 2CN1 A; 7ICN A; 2QLT A; 5CA7 A; 3M8S A; 2CXY A; 3EWA A; 5HR6 A; 4YP3 A; 1N56 A; 3IDW A; 1QSY A; 2WF7 A; 2ZTC A; 4XQ8 A; 1ZJM A; 5D4B A; 1XU4 A; 2H3Q A; 5AI9 A; 5KT3 A; 1ZQP A; 3PZP A; 3ZDE A; 1BPE A; 2YB1 A; 1X9S A; 1N62 A; 4LZG A; 5AM4 A; 4NM2 A; 3E58 A; 2XY7 A; 5DDY A; 1RXW A; 5AKZ A; 2Z7J A; 3SI8 A; 4I2H A; 2A1J A; 3OJS A; 4NLN A; 3QU2 A; 3PW0 A; 2K4I A; 1A76 A; 1JMS A; 2Y0S F; 4YG2 A; 1ZQO A; 4K4G A; 1DRG A; 4QZC A; 2ZJA A; 4RNO A; 9ICT A; 3EPG A; 1A6S A; 3K1R B; 4DSE A; 5ALF A; 2DBY A; 1DGS A; 3PW2 A; 4DFJ A; 3TFR A; 5KT7 A; 3TKA A; 2I1Q A; 1K5O A; 4PL1 A; 1CRX A; 3M7D A; 2D3D A; 2HHQ A; 4QWE A; 4I2C A; 1ZD5 A; 4P0P B; 2PXI A; 5KG6 A; 2HVH A; 2JHD A; 2PKE A; 2ZIU A; 4Y2X A; 3H7I A; 2MUT B; 5AK5 A; 1KW4 A; 4Y2R A; 1H38 A; 2E3T A; 2AXT U; 1V97 A; 4FZM A; 5DKW A; 1SGG A; 5KFI A; 4QZA A; 2UVW A; 1L7N A; 1RYS A; 3RRH A; 4Z6E A; 4QWD A; 4Y2U A; 7ICF A; 2F1H A; 2HBJ A; 4R65 A; 4KN4 A; 4IC9 A; 4C8M A; 4B9V A; 2YTU A; 4P0Q A; 5D46 A; 3AEV A; 5KG4 A; 4KLQ A; 4EBD A; 9ICQ A; 2H3Z A; 1T4G A; 4K4I A; 2ZIV A; 2HBK A; 2J6U A; 2DQN B; 3MR5 A; 4I29 A; 1TK5 A; 4FO6 A; 4EEY A; 2KJ8 A; 9ICC A; 4UB3 A; 1NK7 A; 3PSF A; 4RQ2 A; 3C2K A; 3A0B U; 4DF4 A; 1QH9 A; 3RBE A; 2KHV A; 2JEJ A; 5JTI A; 1TAQ A; 3QEB Z; 3UMG A; 9ICH A; 3FM9 A; 3JPS A; 1RQN A; 4KLG A; 3ISB A; 2BCS A; 4BDP A; 4FE3 A; 4C4R A; 3OGU A; 9ICA A; 4NY8 A; 3T3F A; 2GH1 A; 1JN3 A; 3MBY A; 8ICB A; 4KLO A; 2F76 X; 3HP6 A; 1PK1 B; 1ZQK A; 1ZQT A; 3RJI A; 1COO A; 4ECT A; 4PHA A; 2W03 A; 8ICZ A; 4O0I A; 5CRX A; 5KAF U; 4M0A A; 4B9T A; 2EZY A; 4YCX A; 3HKZ C; 1ZQR A; 8ICA A; 2NO4 A; 2ZTE A; 3RB4 A; 2XVT A; 5KFG A; 1SV4 A; 1TK8 A; 8ICG A; 4BX9 C; 3MC1 A; 2JGA A; 3PX6 A; 3WKB A; 5HNK A; 4ECS A; 3H4D A; 1QSL A; 4F2R A; 4IRC A; 8ICU A; 4I27 A; 4G3I A; 4RZR A; 2OHF A; 1B22 A; 4YR2 A; 3RJG A; 3RB0 A; 8ICE A; 4DCC A; 3KZI U; 5KFU A; 3SYZ A; 4NXZ A; 4NL9 A; 7ICS A; 2ZIX B; 3KHR A; 3H0M B; 3GIL A; 9ICX A; 4Y2V A; 4OJ5 A; 5L1L A; 3AU2 A; 1YZ6 A; 2W11 A; 3THV A; 4ECY A; 1ZQB A; 9ICG A; 1YT3 A; 3C5F A; 4Z6D A; 1MC8 A; 5DB6 A; 1ZRN A; 4CRX A; 1XS9 D; 4G9B A; 2NRW A; 5ALM A; 5DBB A; 2ZG6 A; 1GO3 F; 4RPZ A; 1WUD A; 4IR1 A; 1NNL A; 2C2R A; 3SMV A; 2IMW P; 2RQ5 A; 5EE3 A; 5J0Q A; 3CW2 C; 1HEK A; 4PPX A; 1T8E A; 9ICV A; 2ZIU B; 9ICO A; 5DQI A; 4GC7 A; 2B21 A; 1L3T A; 1ZQX A; 3WK9 A; 2FPK A; 2KKP A; 5KFY A; 2PFO A; 5BPC A; 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