The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
237
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sequence length |
610
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structure length |
610
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Chain Sequence |
LVYDAEFVGSEREFEEERETFLKGVKAYDGVLATRYLMERSSSAKNDEELLELHQNFILLTGSYACSIDPTEDRYQNVIVRGVNFDERVQRLSTGGSPARYAIVYRRGWRAIAKALDIDEEDVPAIEVRAVKRNPLQPALYRILVRYGRVDLMPVTVDEVPPEMAGEFERLIERYDVPIDEKEERILEILRENPWTPHDEIARRLGLSVSEVEGEKDPESSGIYSLWSRVVVNIEYDERTAKRHVKRRDRLLEELYEHLEELSERYLRHPLTRRWIVEHKRDIMRRYLEQRIVECALKLQDRYGIREDVALCLARAFDGSISMIATTPYRTLKDVCPDLTLEEAKSVNRTLATLIDEHGLSPDAADELIEHFESIAGILATDLEEIERMYEEGRLSEEAYRAAVEIQLAELTKKEGVGRKTAERLLRAFGNPERVKQLAREFEIEKLASVEGVGERVLRSLVPGYASLISIRGIDRERAERLLKKYGGYSKVREAGVEELREDGLTDAQIRELKGLKTLESIVGDLEKADELKRKYGSASAVRRLPVEELRELGFSDDEIAEIKGIPKKLREAFDLETAAELYERYGSLKEIGRRLSYDDLLELGATPKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification of one of the apurinic/apyrimidinic lyase active sites of topoisomerase V by structural and functional studies.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Topoisomerase V
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| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Methanopyrus kandleri av19
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| total genus |
237
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| structure length |
610
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| sequence length |
610
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13412 | HTH_24 | Winged helix-turn-helix DNA-binding |
| A | PF14520 | HHH_5 | Helix-hairpin-helix domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3M6Z A; 4GFJ A; 3M6K A; 3M7D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2I6X A; 4QZ9 A; 7ICK A; 5KFE A; 3Q8K A; 5CHG A; 4R8U B; 4OO1 J; 7ICF A; 4XRH A; 3T5H A; 3PZP A; 2R8I A; 9ICL A; 4FBU A; 2F8L A; 4DLE A; 1SB3 C; 4JWM A; 1BVS A; 4DSK A; 3TFR A; 3I28 A; 8ICV A; 4NLN A; 3IRU A; 2BCR A; 5DLG A; 2FMP A; 2ZJ5 A; 5AIA A; 2XID A; 4DL4 A; 1B22 A; 4YXJ A; 2JR5 A; 5L1K A; 2EDU A; 4DL7 A; 3N7R C; 2VJ5 A; 3WKB A; 3NVZ A; 7ICS A; 4FZM A; 2LYB A; 2LBO A; 2W54 A; 3M6Z A; 8ICF A; 2BCV A; 5HNK A; 1WCN A; 5ALG A; 5F9L A; 2O6K A; 5AKX A; 3UQ0 A; 5CRX A; 3RJE A; 1ZJM A; 2N1R A; 4HYK A; 4ED8 A; 2KHQ A; 3WK4 A; 3D2S A; 7ICJ A; 5ALY A; 2YB4 A; 2XIC A; 4I2J A; 3AL0 B; 5ALK A; 2JH7 A; 2KJ8 A; 4EEY A; 1UA0 A; 3PNC A; 9ICM A; 5J2F A; 1UA1 A; 4NLZ A; 4ED1 A; 3JPN A; 7ICP A; 4C7Y A; 2DFL A; 5KG3 A; 4O3S A; 3PSI A; 2A19 A; 3BS5 A; 4PGQ A; 2KTQ A; 2BQ3 A; 3D2N A; 4JWN A; 1SV0 A; 2XC9 A; 3GV7 B; 1L3U A; 1UQV A; 5DDM A; 3PO4 A; 4I28 A; 1TV9 A; 9ICW A; 1MQ3 A; 3IHQ B; 3RRH A; 1S9F A; 4QZA A; 2MU2 A; 4I2I A; 3OSP A; 3NTU A; 2HBM A; 4J9P A; 1JXL A; 2F1J A; 2ZIU A; 1Z00 B; 1N60 A; 2DKZ A; 2F8K A; 5J2E A; 2HHW A; 3V6H A; 5TIS U; 8ICR A; 1ZD5 A; 5KFA A; 2LHT A; 2KVC A; 2JEI A; 2ZTE A; 3T5L A; 2C2D A; 1ZQS A; 2HOF A; 1HEK A; 2K4I A; 3ZDB A; 1BPD A; 1QSS A; 3M8R A; 1TK0 A; 3VC8 A; 5KFD A; 2E3T A; 1Z3E B; 2DPI A; 2YY6 A; 1JMS A; 2ISP A; 1MQ2 A; 1PK1 B; 1XS9 D; 5AIB A; 2MAX A; 2MSN A; 2WF6 A; 5AKE A; 2A1A A; 3H40 A; 3GIK A; 1ED1 A; 2NV3 A; 4F4Z A; 5KFX A; 4DSJ A; 4K4G A; 2IBK A; 3PSF A; 1JI7 A; 2A1J A; 1RYS A; 5CP2 A; 4DOA A; 5ALE A; 2QKQ A; 3AM9 A; 4B9M A; 3N97 B; 1X66 A; 1URJ A; 4UB3 A; 5AKY A; 3EYZ A; 3Q8L A; 1JAL A; 1NK6 A; 2JMG A; 4ZH4 A; 2EZZ A; 4IS7 A; 4MFF A; 4PHP A; 2HCF A; 3E0F A; 2ZXI A; 1Q3U A; 3JPT A; 3RB3 A; 5ALL A; 5GTI U; 2BCQ A; 4US8 A; 3MC1 A; 3KHR A; 2R8J A; 3QU5 A; 3TAD A; 4M6W A; 9ICA A; 2LKY A; 3NVV A; 1PUZ A; 1DRG A; 2HBL A; 4MEY A; 2LM4 A; 2DUY A; 2AQ4 A; 1T3N A; 3RB4 A; 2H5X A; 4IQW A; 4DL2 A; 5AKG A; 1DK3 A; 5L1I A; 8ICO A; 2WAQ C; 4DFP A; 4F5P A; 3H7I A; 4EZ6 A; 3UQ2 A; 2K4E A; 5AI8 A; 3ORY A; 4CE6 A; 4UAZ A; 4QZI A; 3NAS A; 4UAT A; 2FMS A; 1B4F A; 3CYM A; 4EX6 A; 2AGO A; 4QZH A; 3MGH A; 2B21 A; 3EUB 2; 2D6F C; 3LWL A; 1CUK A; 4IRD A; 7ICQ A; 2PKE A; 3C29 A; 1O03 A; 3RJG A; 5B66 U; 3A0H U; 3Q8R B; 4UAW A; 2R8H A; 3UPQ A; 4EBC A; 3PX0 A; 1X9X A; 2E1F A; 9ICE A; 4PGY A; 2HVI A; 3QUQ A; 5J2A A; 4EEN A; 4Z6C A; 5KFS A; 3EW9 A; 3D2Q A; 3AMZ A; 1ZQU A; 4OJ6 A; 4IQV A; 3MGV A; 1TK5 A; 4KMU A; 2Y1J A; 1NK5 A; 5DB8 A; 3MR2 A; 2KSO A; 3AU6 A; 4ACO A; 2L5Y A; 2JEJ A; 1DOQ A; 2HHS A; 1MSW D; 1T7P A; 4G9B A; 5L1L A; 3C23 A; 5KT5 A; 3AQF A; 4F5N A; 1BPE A; 3TQ1 A; 1V38 A; 1ZQA A; 2ZIX A; 3GFK B; 4LJX A; 1L8O A; 3PR5 B; 3R9K A; 1ZJN A; 3KZX A; 4M9H A; 3Q8Q B; 1O08 A; 2E8N A; 1FEZ A; 1QH9 A; 3JPS A; 4J9K A; 4YD2 A; 1ZQQ A; 2KV2 A; 4NM2 A; 1WWV A; 2VAN A; 4PZO A; 4QWC A; 3ZDA A; 4C8O A; 1ZRM A; 2XCA A; 4RNM A; 3PX4 A; 3K1Z A; 2G5I B; 2JH1 A; 2K8A A; 3HP6 A; 3M8S A; 4Q43 A; 1F5S A; 2NRW A; 4BUG A; 4BXO A; 3ZDD A; 1J97 A; 8ICS A; 3Q8M A; 9ICH A; 2KIC A; 4F4X A; 1T94 A; 5T14 A; 4K4I A; 1ZD4 A; 3PSP A; 1SL2 A; 3BS7 A; 3LVW A; 1N63 A; 3K4G A; 2DF4 B; 5L1J A; 3H0M B; 2KZ3 A; 2K60 A; 2PFP A; 1IM4 A; 3PW7 A; 5AM4 A; 2HI0 A; 3UXO A; 4DO9 A; 4KLQ A; 2FPK A; 1ZOL A; 2WHE A; 3F2B A; 4M0A A; 7ICG A; 3KBB A; 1NOM A; 4YN4 A; 5CEH A; 4F4Y A; 4BX9 C; 4QZC A; 1QSY A; 4P2H A; 9ICQ A; 3SI8 A; 2XY7 A; 2CXY A; 4Y2Y A; 4DQP A; 1CEZ A; 1TAM A; 4Y2T A; 3MR3 A; 2VA2 A; 2AGP A; 4TQR A; 1X40 A; 4J03 A; 1NK9 A; 5DKW A; 9ICF A; 5BPC A; 5J2H A; 2EH9 A; 4DFK A; 1H38 A; 5EWF A; 2E8O A; 4Q45 A; 2J6U A; 1NJW A; 2I1Q A; 1NKE A; 9ICX A; 3KOO A; 4FFD A; 1UPH A; 3RJK A; 4QJF B; 2K8C B; 3GII A; 5DQI A; 3HJE A; 2IA6 A; 4RNO A; 3NUQ A; 4UW9 A; 3OTQ A; 4DLG A; 3HIL A; 4IR9 A; 4J9Q A; 4I2E A; 4EBE A; 3TKA A; 3G6X A; 3T3F A; 2BR0 A; 3BQ0 A; 2ATL A; 2KVS A; 4ECX A; 1SL0 A; 5AM2 A; 2HHU A; 5KFW A; 4O3Q A; 4R8U A; 4RQ2 A; 3KD3 A; 4YFK A; 1N62 A; 1NI3 A; 2Y0S C; 7ICL A; 1JUD A; 3QNM A; 1TAQ A; 3SAF A; 3KHL A; 1ZQ1 C; 1WCL A; 5CJ7 A; 4JV2 A; 4EEK A; 4KMO B; 5J8Y A; 4I27 A; 1T8E A; 2PFO A; 3KKA A; 1JXE A; 2EAM A; 3MDA A; 7ICI A; 5AK4 A; 4DOB A; 1COK A; 3VCB A; 3F2D A; 5KT6 A; 2KFZ A; 4QZF A; 1UHU A; 3NRZ A; 4GIB A; 1ZQE A; 4C4T A; 4R63 A; 1X9M A; 4Q8E A; 3TAN A; 4YMN A; 3WK6 A; 4F5Q A; 2FE9 A; 3QXG A; 3M9N B; 4KN7 A; 3AN1 A; 5EE0 A; 4F71 A; 4QZ8 A; 3GZF A; 1S10 A; 4FS2 A; 4KLM A; 3C2M A; 1ZQM A; 4U7C A; 1XC9 A; 4LZD A; 4OJL A; 1ZET A; 2K8B B; 1ZQC A; 4QNL A; 3V7K A; 8ICM A; 2V4R A; 8ICA A; 5AI0 A; 9ICN A; 1UT8 A; 3MR5 A; 3DEE A; 1N2X A; 1S0M A; 2YML A; 1ZQW A; 2BKE A; 4CGZ A; 3BDP A; 3L4P A; 1LKY B; 5J2C A; 5D46 A; 2HHQ A; 1JIH A; 2DWQ A; 1U4B A; 3RR7 A; 5B5E U; 4NL9 C; 4DF4 A; 2P6R A; 2HOQ A; 5DG9 A; 2JEG A; 1QCK A; 3PVX A; 4QZD A; 2BQR A; 4PHA A; 4M9N A; 2DPJ A; 2QB0 B; 3L3F X; 4KX5 A; 4P0Q B; 1RZT A; 2BDP A; 1RG6 A; 1PVR A; 4Y2V A; 2W9A A; 1Z00 A; 3OHB A; 4IQU A; 2F44 A; 2JHD A; 4DS5 A; 4GXK A; 3K1R B; 5ALI A; 4I29 A; 2G08 A; 3HRD D; 4J9R A; 2FLL A; 2AH5 A; 3TI0 A; 4QZB A; 2ES6 A; 1YT3 A; 5K4L A; 5DB9 A; 1NZB A; 4UB5 A; 4J9O A; 1PK1 A; 3S6J A; 2HVH A; 3C1Y A; 4X5V A; 4F72 A; 2B0C A; 4F4W A; 2W11 A; 2YTU A; 3KTQ A; 1N61 A; 5EWE A; 3PX6 A; 1TK8 A; 1P7D A; 9ICC A; 2MUT B; 5DQG A; 5J2I A; 4P4M A; 5ALW A; 1N5W A; 4CNQ A; 5IIO A; 1Q3V A; 2IOF K; 1S97 A; 1U48 A; 1ZD2 P; 2EAN A; 4J9N A; 4PL1 A; 4FO6 A; 3ZDC A; 2R18 A; 4I2A A; 3QU2 A; 2IHN A; 3SMV A; 8ICC A; 2H3V A; 3ISD A; 5KFH A; 3PV8 A; 3RB0 A; 3SEI A; 5CWR A; 3PY8 A; 2RDI A; 4AP9 A; 3UMC A; 1Y88 A; 1COO A; 1KFS A; 1S8O A; 1SKS A; 5KT4 A; 1NK0 A; 4R66 A; 1SV0 C; 1LVH A; 1SXE A; 2W55 A; 3CRX A; 4KLS A; 4YR0 A; 4UAY A; 4F8R A; 3SV4 A; 3PW0 A; 2MRL A; 3RAQ A; 4DFD A; 4O3O A; 4ECQ A; 4CRX A; 4KLD A; 4ED0 A; 1RXW A; 5EE9 A; 4FZL A; 5KG2 A; 2KFN A; 1QQ7 A; 3PO5 A; 2VIX A; 4DSL A; 4G3I A; 5KFO A; 9ICV A; 4XQ8 A; 4TUQ A; 1ZYQ A; 3GDX A; 4YCX A; 3EZ5 A; 4J9L A; 4UB8 U; 4M9L A; 1K1S A; 1PK3 A; 2W8L A; 4F2R A; 5AI4 A; 4GC7 A; 3BJY A; 3H8J A; 3WKD A; 5KFQ A; 3KHH A; 4K4H A; 4C8L A; 1L7N A; 2FLP A; 1VDV A; 5DBC A; 4OJ5 A; 3DDH A; 4KLH A; 1N48 A; 3GIL A; 3RH4 A; 2OWO A; 3AEV A; 5J2J A; 5KG0 A; 2AQ0 A; 3H4B A; 1RYR A; 3RFA A; 5CB1 A; 1ZQF A; 4NJ8 A; 4NXZ A; 4BDP A; 3B0X A; 2Y9T A; 1SZH A; 5IIJ A; 9ICG A; 3PW2 A; 4RUA A; 1ZQT A; 2KKP A; 3E2E A; 2F2A B; 5KT7 A; 3RBD A; 1SKW A; 3ZDE A; 3TAR A; 1FIQ A; 1HUZ A; 2BQU A; 5D4B A; 2ZIV B; 4CCH A; 1AQ6 A; 1BPB A; 2UVV A; 1A6S A; 5J0R A; 5ALM A; 8ICW A; 4O3P A; 4UAS A; 3TAQ A; 2HSZ A; 1L7M A; 4GXJ A; 5AM3 A; 3H8S A; 5KFM A; 2OXO A; 9ICB A; 2BGW A; 3RJH A; 4KX3 A; 2V9W A; 4RQ6 A; 3HWT A; 5ALH A; 4ICA A; 3TAD C; 3BS5 B; 3N4M B; 1D8L A; 1HIW A; 4F5R A; 2K89 A; 4ED2 A; 4UBC A; 5D49 A; 8ICG A; 3QUC A; 4QW8 A; 2EZY A; 3IDW A; 5KT2 A; 4DFM A; 1KFT A; 3BZC A; 4P4P A; 1SIJ A; 1V9P A; 3WK8 A; 4ZOH C; 2B6G A; 4I2B A; 4J9M A; 4TUP A; 5A0L A; 2E5S A; 2ASJ A; 5HHI A; 2LMR A; 4CDG A; 4RUC A; 4PPX A; 2KZZ A; 2ZIW B; 1F44 A; 5DBA A; 4PH5 A; 1EXN A; 4RT3 A; 2LYH A; 5KAI U; 1MA7 A; 9ICO A; 3RB6 A; 4EYH B; 1S5L U; 1X6I A; 4UBB A; 7ICV A; 1YZ7 A; 4B9T A; 1NKC A; 4F50 A; 3DV9 A; 3SYZ A; 1MC8 A; 3NRW A; 2YN4 A; 5KFV A; 4I2F A; 5G5G A; 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