The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
97
|
structure length |
97
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Chain Sequence |
ELVNVVDEKLGTAYGEKIDLNNTNIAAFIQYRGLYPTLAKLIVKNAPYESVEDVLNIPGLTERQKQILRENLEHFTVTEVETALVEGGDRYNNGLYK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of photosystem II and substrate binding at room temperature.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
|
| total genus |
28
|
| structure length |
97
|
| sequence length |
97
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| chains with identical sequence |
u
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| U | PF06514 | PsbU | Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Photosystem II 12 kDa extrinsic protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4UB6 U; 3A0B U; 5GTH U; 5B5E U; 4PJ0 U; 5H2F U; 3KZI U; 5GTI U; 5KAF U; 4IL6 U; 4UB8 U; 5B66 U; 2DUY A; 5TIS U; 1S5L U; 5KAI U; 3WU2 U; 5E79 U; 3A0H U; 2AXT U; #chains in the Genus database with same CATH topology 4RQ0 A; 2ZJ5 A; 4QZG A; 1MC8 A; 9ICL A; 4ECU A; 7ICF A; 4NLC A; 3LDA A; 4NM1 A; 1SV0 A; 4Q45 A; 1QTM A; 2JZB A; 4F3O A; 4C4S A; 4DFM A; 8ICW A; 2LHT A; 1HEK A; 4O3P A; 2ISP A; 4I2G A; 1NZB A; 2AQ4 A; 5ALY A; 5KFG A; 3GIJ A; 2BDU A; 5H2F U; 2JV3 A; 3V6K A; 1UA1 A; 5AKZ A; 5J0S A; 2H3Q A; 2FLP A; 5KG4 A; 5AKX A; 4QZA A; 3KHH A; 1RXW A; 4OJL A; 4CNQ A; 1O03 A; 3M7D A; 1RYS A; 3PW0 A; 5L1M A; 1SB3 C; 4ED2 A; 4JWM A; 1ZQL A; 3GII A; 5HR7 A; 4F4Z A; 4P0Q A; 3D2Q A; 2JHD A; 1FFV A; 3UM9 A; 2RDI A; 3TFS A; 1Q8K A; 1FEZ A; 5AM0 A; 4Q8F A; 1SV0 C; 2HHW A; 4DEZ A; 5DBC A; 5DB9 A; 5CA7 A; 7ICQ A; 5ALE A; 5KFP A; 5KFK A; 2R8G A; 1X42 A; 3IM1 A; 5ALG A; 2F76 X; 2R8H A; 4F5N A; 4KIT B; 2RLT A; 2ZIV A; 1T4G A; 4O3M A; 5KFR A; 5KFQ A; 1T3Q A; 1J2N A; 3EPI A; 2FLL A; 3AL0 B; 2W9A A; 1JX4 A; 1JMS A; 4UB8 U; 1ZQB A; 3K1Z A; 5HNK A; 3V72 A; 1ZQX A; 3GFK B; 3TKA A; 1YZ7 A; 3ISB A; 4O3N A; 3H40 A; 4O3O A; 2NRW A; 3TFR A; 4JWN A; 4R8U B; 1Q3V A; 1ZQW A; 3OGU A; 4GFJ A; 5AIA A; 3LWL A; 4QZB A; 4RPZ A; 3JPQ A; 5AM1 A; 2JZB B; 1BGX T; 2GWS A; 1ZQM A; 3TAQ A; 3ZDD A; 5DLF A; 1K1Q A; 9ICS A; 4NY8 A; 1BVS A; 2K4P A; 2PI5 A; 1L3S A; 1KFS A; 5L1L A; 4ECR A; 7ICP A; 1L3T A; 3K4G A; 4PHE A; 4KLG A; 4I2F A; 3R9K A; 3T3F A; 4DO9 A; 3UXP A; 2DFL A; 2A19 A; 1VDV A; 2F8K A; 2ZUC A; 4OD0 A; 4QZ8 A; 2F1I A; 3TAD A; 5J0W A; 2HI0 A; 3PX4 A; 4P0Q B; 4Y2X A; 1XSP A; 1U9L A; 3K75 D; 1T8E A; 3RRG A; 1MN8 A; 2LKY A; 4BJQ A; 1Z1B A; 4F5O A; 2O6K A; 1NJX A; 5KFJ A; 4ECQ A; 4DSF A; 3MDC A; 4F4Y A; 3KFU F; 2HHU A; 9ICP A; 3WKA A; 2WF6 A; 4KLE A; 1O08 A; 1S97 A; 1UHU A; 1ZQF A; 1KFD A; 4NV0 A; 5JTI A; 3TAR A; 3ZDE A; 2ZIV B; 2ZUB A; 4NL9 C; 1SXD A; 8ICB A; 3RJI A; 4FS1 A; 4U6P A; 2JGA A; 4YCX A; 3ZDB A; 2QAR A; 8ICC A; 5ALQ A; 1A0P A; 3SQI A; 5KFI A; 5ALT A; 4MFA A; 3PX6 A; 2AQ0 A; 1HUO A; 2RP5 A; 3LVV A; 4DF4 A; 3M6K A; 1ZJM A; 4UBB A; 3GV8 B; 8ICJ A; 4KMU A; 4UAZ A; 4GIB A; 4QZI A; 2HHT A; 2UVV A; 3QUT A; 2KEY A; 3AM9 A; 5AK6 A; 1B43 A; 4DSJ A; 5KFF A; 5J0Q A; 5BOM A; 4KLO A; 2RHF A; 1TK0 A; 3QNM A; 2HOF A; 4FZN A; 1V97 A; 1S0M A; 2ES6 A; 2KZZ A; 3DV9 A; 4JV0 A; 1MQ3 A; 3QX7 A; 4KN7 A; 9ICU A; 1U45 A; 1ZQK A; 3F5E A; 8ICL A; 5ALK A; 2C28 A; 1IIP A; 4IS7 A; 9ICF A; 5F3X B; 4M9J A; 5KT2 A; 2IA6 A; 3PW5 A; 4FZM A; 4BDP A; 4TUS A; 2HVI A; 2D8C A; 1NI3 A; 3IV6 A; 2BR0 A; 5DQI A; 1TAQ A; 4PHD A; 9ICK A; 4IL6 U; 4OJO A; 1N61 A; 2QB0 A; 3HP6 A; 9ICR A; 4RQ5 A; 4DL7 A; 4J9P A; 2ZUD A; 2EAP A; 1CEZ A; 3NRZ A; 2XCP A; 3H0R B; 1BNP A; 4TUR A; 4O5C A; 1CRX A; 3ALR A; 5GTH U; 1N62 A; 5IIL A; 1KTQ A; 2E5S A; 4ZH4 A; 3UXO A; 2WFA A; 5KFW A; 3ZDA A; 2JXJ A; 3L3F X; 5ALD A; 1JI7 A; 3JPR A; 2QAR B; 4P0P A; 3H8S A; 2ZJA A; 3DDH A; 3WKD A; 8ICH A; 5ALP A; 1OUQ A; 7ICM A; 3UQ0 A; 1SL1 A; 4ECS A; 1JIH A; 4RU9 A; 3C5G A; 4LVS A; 3M8S A; 3QZ7 A; 4NLZ A; 4E0D A; 1J2M A; 4RPY A; 3TI0 A; 4KLL A; 1LKY A; 4EBE A; 5AK3 A; 1S10 A; 2ESE A; 1XSL A; 1XO0 A; 1L7N A; 4XRH A; 4YVZ A; 5J2F A; 4R63 A; 3PW2 A; 5ALX A; 2WTF A; 1JRP A; 5ALR A; 2UVW A; 1UCV A; 4M2Y A; 4NLK A; 4DL3 A; 3MC1 A; 5TZV A; 2DQN B; 3JPS A; 2A1J A; 4NJ8 A; 3MR2 A; 4B6J A; 4WJ3 B; 2M9N A; 3O0F A; 2BQU A; 2E8N A; 1X9X A; 2J6U A; 4DS5 A; 4Y2R A; 5J2G A; 3WK4 A; 2HCF A; 3WKB A; 5K4L A; 1LVH A; 2VJ4 A; 4QW9 A; 4GXI A; 4MHV A; 2F3N A; 2PKE A; 3H4B A; 5DDM A; 1NK5 A; 3BQ7 A; 7ICR A; 3TAP A; 4QZ9 A; 2A1A A; 5ALI A; 4KTQ A; 4PHA A; 3I28 A; 2PI4 A; 1U47 A; 3FM9 A; 4CE6 A; 2QLT A; 2W55 A; 3IHQ B; 5IIM A; 4B9S A; 1AQ6 A; 5B5E U; 5IIN A; 3QEA Z; 4Y2U A; 5D49 A; 2WF5 A; 1PVP A; 2PFQ A; 3NS1 A; 2OH2 A; 5G5G A; 2FJ6 A; 3ORY A; 2FPL A; 3QU5 A; 1NK9 A; 2W3S A; 2OXO A; 1X2I A; 4F8R A; 1ZQP A; 2XY7 A; 3GIK A; 3Q8R B; 1IG6 A; 2GOL A; 5J2A A; 5ALJ A; 3M9O B; 1SZH A; 8ICZ A; 2XGP A; 1S0V A; 4TQS A; 4C8N A; 2E8P A; 5DG9 A; 4FO6 A; 5KG3 A; 2FDR A; 3V7L A; 4TUP A; 2W3R A; 4EBD A; 5AI6 A; 4ECX A; 5AM3 A; 1X9W A; 1RXV A; 3UMB A; 5ALO A; 8ICN A; 1KQQ A; 2VA8 A; 2P66 A; 4QIW F; 2JEI A; 2KK0 A; 4M9L A; 1Z19 A; 2R8J A; 4BGD A; 1JAL A; 5CWR A; 3OJU A; 1DXS A; 5KFU A; 5J8Y A; 2Y9U A; 1SKR A; 2B0C A; 4UAR A; 5AIB A; 2A1J B; 2FE9 A; 3SEN A; 3PZP A; 1H38 A; 3S6J A; 1KDH A; 2LM4 A; 2ASJ A; 3HKZ F; 1SWW A; 8ICX A; 3BZK A; 3FYH A; 2JH1 A; 2YB4 A; 2G06 A; 3NRW A; 2KTQ A; 4UAU A; 2D3D A; 2PFO A; 5DGB A; 3C23 A; 4RPX A; 5CP2 A; 3SYZ A; 4DQI A; 3ZD8 A; 2HBL A; 4RQ1 A; 3JPP A; 1XU4 A; 3M8R A; 4B9V A; 4NLN A; 5DLG A; 4O9M A; 1QH9 A; 2I1Q A; 2K8B B; 4YMO A; 3A0B U; 1ZD4 A; 1URJ A; 1ZQE A; 5CR0 A; 1KBU A; 3V7J A; 5J8Y C; 2C22 A; 3KHR A; 3T5H A; 4YXJ A; 3PMN A; 3H7I A; 3G6X A; 5KFD A; 9ICO A; 9ICV A; 5DB7 A; 1ZQT A; 2NO4 A; 3JPO A; 4YD1 A; 5KNI A; 4I2B A; 3KHL A; 4JV1 A; 3HPO A; 5CHG A; 4R64 A; 3IDW A; 5EWG A; 5AKL A; 2WHE A; 5KFL A; 2AH5 A; 3BDP A; 2NRX A; 2KSO A; 1L7M A; 2MAX A; 4Z6D A; 3QU4 A; 3B9J A; 5KG2 A; 4I27 A; 4DL4 A; 5ALN A; 3M9N B; 3EUB 2; 5KG6 A; 2KJ9 A; 3M6Z A; 4U7C A; 1XO1 A; 4UAY A; 3ETL A; 5KT3 A; 3RJJ A; 5AKG A; 1RDF A; 1KKX A; 1HJP A; 1NKB A; 2KNJ A; 2KFZ A; 3CP8 A; 9ICN A; 3H0M B; 2Z7J A; 4QWD A; 3G6V A; 1T7P A; 2WF8 A; 2AHO B; 3UXN A; 8ICY A; 2N1R A; 4IRD A; 1ZQN A; 2BCV A; 3UPQ A; 3WKC A; 5ALM A; 4YMM A; 1ZRN A; 2P35 A; 2LI6 A; 2V9W A; 1QSS A; 2MSN A; 8ICM A; 2DWQ A; 2OEH A; 1NKE A; 1RM6 C; 3C21 A; 5AK4 A; 5AK5 A; 3T5L A; 1VJ5 A; 3C2K A; 4EBC A; 2G07 A; 1N5W A; 4KLF A; 2F1J A; 4TUQ A; 2KVS A; 3MR3 A; 2XY5 A; 3KZX A; 2LYH A; 5F9L A; 2KIW A; 2KE7 A; 2W43 A; 7ICG A; 1KRP A; 1TAU A; 8ICE A; 2FI1 A; 2AXT U; 4LZG A; 4F92 B; 4MFF A; 4KLQ A; 3N28 A; 1NK8 A; 5EWE A; 4DQP A; 2BHN A; 2E1E A; 2E8M A; 5IIJ A; 3L4P A; 3NTU A; 3QUQ A; 2HVH A; 2JRZ A; 2W54 A; 4YR3 A; 1F0M A; 5KT5 A; 4K4I A; 3F2B A; 4YN4 A; 1Q46 A; 5AKI A; 2K8C B; 5J29 A; 1BPZ A; 3LYS A; 2KSO B; 3V7K A; 1U48 A; 2ISO A; 4M04 A; 4DFP A; 3N4M B; 2VA3 A; 3J81 j; 3H0L B; 5J2J A; 2HHQ A; 3GU3 A; 5KFX A; 2AGO A; 4F50 A; 3PV8 A; 5AI9 A; 4Q8E A; 3WK8 A; 4JB3 A; 7ICU A; 5DB8 A; 1TE2 A; 4DFJ A; 3GZF A; 4B9T A; 3KHG A; 4QZH A; 3AU6 A; 4KLU A; 5J2K A; 1BPX A; 2BDP A; 4DOA A; 5IIO A; 2W8K A; 5D46 A; 3NUQ A; 7ICT A; 3SR6 A; 4JMU A; 4O3Q A; 3SAG A; 2W8L A; 1PVQ A; 1ZQJ A; 3SZ2 A; 1X66 A; 2OCE A; 4GXK A; 3A0H U; 1BPY A; 2VJ5 A; 5C5J A; 4J9S A; 1ZQG A; 4LJX A; 4Y2V A; 3HT3 A; 2HOI A; 1TV9 A; 7ICO A; 2K4E A; 5KFH A; 3RB0 A; 4I2H A; 4DF8 A; 2ZTD A; 2FPM A; 2KIC A; 4M9G A; 4CRX A; 3BQT A; 2EZY A; 3KKA A; 2KZM A; 4O0I A; 2GH1 A; 2I6X A; 3RB3 A; 4PJ0 U; 2YN4 A; 2NV3 A; 2C2E A; 3RFA A; 3C28 A; 1PK1 A; 2XO7 A; 1Z4N A; 4NM2 A; 1M6Y A; 3GIM A; 2C2D A; 7ICE A; 8ICK A; 1QSL A; 4ECZ A; 1WYG A; 2RDJ A; 1N56 A; 3C2M A; 4EEK A; 2LMR A; 4MEX A; 4XA5 A; 1QQ5 A; 3PX0 A; 4FE3 A; 2EAM A; 4US8 A; 4ELU A; 5KFM A; 5ALW A; 1L7O A; 3AEV A; 3EPG A; 4C80 A; 4DLE A; 1PZN A; 5FP0 A; 1WWV A; 3MR5 A; 1UT8 A; 2JEG A; 1TK8 A; 4P4O A; 4Q44 A; 1ZRM A; 5HHI A; 1ZET A; 3AN1 A; 5DQG A; 5L1J A; 3TAD C; 2MUT B; 1ZQU A; 3RH5 A; 5DBB A; 3THV A; 1P7D A; 1KLN A; 4RQ6 A; 2J6S A; 4KLJ A; 3RAQ A; 4BX9 C; 3KD3 A; 4ICA A; 2BCS A; 2DGZ A; 5J0R A; 2W03 A; 1UPH A; 5HMM A; 1NK6 A; 3PML A; 2F44 A; 1SKW A; 1ZD3 A; 4ED1 A; 2KZ3 A; 2B6G A; 1Z1V A; 1ZQI A; 4G9B A; 1TKD A; 2FMS A; 4KLM A; 2KJ8 A; 3BQ2 A; 2W9C A; 3BS5 B; 1SKS A; 4I2E A; 4MEY A; 1ZQH A; 3AU2 A; 1D8L A; 5AM2 A; 4ECW A; 3H8J A; 5AI4 A; 3C29 A; 3OSP A; 1EXN A; 2WB1 C; 1B22 A; 2VA2 A; 4RQ4 A; 4YQW A; 3PST A; 2P6R A; 8ICF A; 4DCC A; 5J0P A; 3KTQ A; 2KOB A; 5L9X A; 3QU7 A; 2JEJ A; 2W7P A; 3SAH A; 3RR7 A; 3B0Y A; 9ICJ A; 2BPG A; 1S0O A; 1PK1 B; 3BS7 A; 4CF5 A; 1N63 A; 4ZOH C; 4DQQ A; 2ZIU B; 1ZQZ A; 2H3Z A; 2E1F A; 4DS4 A; 8ICO A; 7ICK A; 5KFC A; 4IR1 A; 1OW5 A; 3NVY A; 4M0A A; 1D8B A; 5A0L A; 4KLT A; 1PK3 A; 2HHX A; 4UB4 A; 2YMP A; 3SMV A; 4DL2 A; 1WCN A; 4EEN A; 4RNN A; 1X9M A; 5CJ7 A; 2Y0S C; 1RYR A; 2CN1 A; 3NGD A; 2E3T A; 4K4H A; 4FBT A; 3GQC A; 3IRU A; 1NJZ A; 3RJF A; 3RJK A; 4IQW A; 2Y9T A; 1RQN A; 3MFH A; 5KT7 A; 3FDS A; 2ASL A; 4QZD A; 4RQN A; 7ICH A; 4O3R A; 3EYZ A; 2ODG A; 3MAB A; 2PMZ C; 2YX8 A; 4B9L A; 2ZIX B; 5DQH A; 1K1S A; 1ZQD A; 3IG5 A; 2IHM A; 3NVV A; 3C1Y A; 1JUD A; 2LBO A; 2FPK A; 2MA1 A; 1NK7 A; 5AI0 A; 8ICR A; 4PGX A; 4F2R A; 3ISC A; 3HKZ C; 4UAW A; 4R66 A; 1BNO A; 2W9C B; 2P6U A; 2GLE A; 2Y1J A; 4F91 B; 5J2B A; 3Q8S B; 4F4K A; 5KG7 A; 1A6S A; 5AKH A; 3H4D A; 1DOQ A; 4F2S A; 2BZF A; 3TQ1 A; 1V38 A; 3UMC A; 2FMP A; 5CEH A; 2XID A; 5ALU A; 4ELT A; 4DOC A; 3MFI A; 3ZD9 A; 4PPX A; 1N5X A; 5BOL A; 9ICE A; 5J2I A; 4O3S A; 4GC6 A; 8ICT A; 1UQV A; 5KFN A; 5KG5 A; 4QNL A; 3EW9 A; 2JEF A; 5KAI U; 1C20 A; 2YMQ A; 5KT6 A; 4ECY A; 1VLB A; 7ICS A; 5CRX A; 4UBC A; 2UVR A; 4Q43 A; 1QLN A; 3RH4 A; 2BKE A; 4DSL A; 5EE0 A; 4CGZ A; 3OPX A; 4G3I A; 2BPF A; 4R65 A; 4OCZ A; 3QU9 A; 4UB3 A; 3C1Z A; 2EDU A; 1TK5 A; 4UW9 A; 3PR4 A; 2QB1 A; 4UAV A; 4YMN A; 3VC8 A; 5J2C A; 1L5U A; 1NK0 A; 1S8O A; 1LV5 A; 2YML A; 2DL0 A; 3RBE A; 2G5I B; 3KZI U; 1KN5 A; 2HBJ A; 1B4F A; 3QXG A; 4Z6C A; 1ZJN A; 3PSP A; 2KKV A; 1KSP A; 2KG5 A; 3V6H A; 4O5K A; 4I2D A; 2QKQ A; 2F8L A; 3ONN A; 2G0A A; 3QZ8 A; 2HHV A; 1SL2 A; 9ICT A; 1WG8 A; 3UQ2 A; 3WK9 A; 1JXE A; 2XCA A; 4Y2Y A; 1S9F A; 4JV2 A; 1ZQC A; 1JXL A; 3DEE A; 1CI4 A; 2WF7 A; 5ALL A; 4CDG A; 4KLH A; 2BGW A; 5ALS A; 2LYA A; 1SV4 A; 2DUY A; 3C5F A; 4JUZ A; 5TIS U; 2F2A B; 3C2L A; 4Y2Q A; 4KLD A; 2IOH A; 5KG1 A; 1F44 A; 4M6W A; 3E0F A; 2KD1 A; 2XI9 A; 3QE9 Y; 1DGS A; 4UB5 A; 5DG8 A; 1XS9 D; 1ARO P; 4X5V A; 1ZD5 A; 4RT2 A; 1NNL A; 9ICX A; 5DDY A; 2YB1 A; 8ICS A; 2HOQ A; 5DGA A; 3WK5 A; 4IQV A; 4DSI A; 2IBK A; 2BCQ A; 5HHH A; 5JU5 A; 4YR0 A; 1U4B A; 4C8M A; 3LWM A; 3MGI A; 3QUC A; 4F5R A; 3GDX A; 2KMD A; 2RRD A; 4Y2T A; 2AU0 A; 4UB2 A; 4KMO B; 5J0O A; 5KFO A; 2BCR A; 3T5J A; 2OHF A; 3RJG A; 2FMQ A; 5IIK A; 3WKE A; 3AQF A; 3RJH A; 2L5Y A; 2G08 A; 1RPL A; 4F71 A; 2NRZ A; 2RQ5 A; 2R8K A; 4HYK A; 4IQU A; 4RQM A; 3T5K A; 4PZN A; 4O5E A; 4Y2S A; 5GTI U; 5J0X A; 1X9S A; 4IQT A; 2EZZ A; 4FZL A; 1QQ7 A; 1HIW A; 3U26 A; 3WK7 A; 2OM6 A; 1X40 A; 1RYU A; 3FAH A; 2XVT A; 3MGV A; 5ALV A; 2NYV A; 2Q4T A; 8ICQ A; 1XSN A; 2W11 A; 5J0T A; 4EYH B; 4PL2 A; 3GIL A; 1N2X A; 1FO4 A; 4RQ7 A; 4PHP A; 5KFE A; 8ICV A; 4GC7 A; 2LYB A; 4EX7 A; 5AIC A; 3RAX A; 3UMG A; 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