The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
97
|
structure length |
97
|
Chain Sequence |
ELVNVVDEKLGTAYGEKIDLNNTNIAAFIQYRGLYPTLAKLIVKNAPYESVEDVLNIPGLTERQKQILRENLEHFTVTEVETALVEGGDRYNNGLYK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of photosystem II and substrate binding at room temperature.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
|
| total genus |
28
|
| structure length |
97
|
| sequence length |
97
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| chains with identical sequence |
u
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| U | PF06514 | PsbU | Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Photosystem II 12 kDa extrinsic protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4UB6 U; 3WU2 U; 5B5E U; 5E79 U; 5GTI U; 4IL6 U; 2AXT U; 5GTH U; 2DUY A; 5TIS U; 4PJ0 U; 5H2F U; 5KAF U; 3KZI U; 5KAI U; 3A0B U; 1S5L U; 5B66 U; 3A0H U; 4UB8 U; #chains in the Genus database with same CATH topology 4Y2P A; 4QIW C; 4UAT A; 3TQ1 A; 5KFC A; 5ALY A; 5HHH A; 4LZD A; 4O5C A; 1BGX T; 2W7P A; 2YMP A; 4ECU A; 2RRD A; 1D9F A; 1NJX A; 2ISO A; 1ZJN A; 3K75 D; 3Q8S B; 2ZXI A; 8ICK A; 2JZB A; 3WK8 A; 3A0H U; 1B43 A; 1BNP A; 2W9C B; 2WF7 A; 1ARO P; 4J03 A; 4ECW A; 3FM9 A; 1TV9 A; 3RJG A; 3PZP A; 2IA6 A; 8ICP A; 9ICX A; 1ZD2 P; 5J0W A; 3NVZ A; 2KIC A; 2BDP A; 4IS7 A; 4KIT B; 5DGA A; 4I2H A; 3C2K A; 3CNH A; 2JV3 A; 9ICB A; 5CRX A; 2PFO A; 4XQ8 A; 4MFA A; 4ECR A; 3N4M B; 4PL2 A; 4PHA A; 4Y2T A; 1MC8 A; 1YT3 A; 2MU2 A; 3AU2 A; 3TI0 A; 3PO5 A; 8ICM A; 2MA1 A; 4HYK A; 5F9L A; 1SKR A; 5AI5 A; 5AI9 A; 3RJF A; 2A3V A; 1RZT A; 3UQ0 A; 2N1R A; 4PGX A; 4YFK A; 2R8G A; 1EXN A; 2KD1 A; 3TAN A; 4PZN A; 4NLG A; 1U49 A; 5KT6 A; 2BKE A; 1ZQO A; 3HPO A; 4J9N A; 2LHT A; 4MF2 A; 1Z00 B; 4QZ8 A; 3QZ7 A; 2RDI A; 4IQU A; 7ICS A; 1UQV A; 5KFD A; 7ICG A; 2ZTC A; 2F2A B; 1DGJ A; 4ED8 A; 4ELU A; 2HMX A; 5GTH U; 4DS4 A; 2CRX A; 8ICR A; 2JH7 A; 1C7Y A; 2Q4T A; 3RB0 A; 5L1L A; 1RM6 C; 5J0Y A; 1WCL A; 4FBU A; 4ED0 A; 1BVS A; 2A19 A; 1ZQF A; 2CPR A; 3PSF A; 4TUR A; 4J9R A; 2QB0 A; 2C2R A; 2K89 A; 4ECV A; 5JU5 A; 2HHU A; 3WK7 A; 4QZI A; 3TFS A; 3SD7 A; 1XC9 A; 1NK4 A; 3K4G A; 1D9D A; 1V97 A; 2BQU A; 3TAC B; 1ZQV A; 1CEZ A; 1F44 A; 2EZZ A; 4PHE A; 2OWO A; 3H0L B; 2J6T A; 2XCP A; 2XY7 A; 2AQ4 A; 4K4I A; 2XIC A; 2NO4 A; 5ALE A; 4GC6 A; 3V6J A; 5J0R A; 2AU0 A; 4O3R A; 4MFF A; 3T5L A; 1F0M A; 5ALQ A; 3K1Z A; 2QLT A; 7ICK A; 8ICH A; 1ZRN A; 2OYY A; 4AP9 A; 4TUQ A; 3ORY A; 1KFT A; 4NM2 A; 4UB5 A; 2HI0 A; 3MAB A; 3FDS A; 4DO9 A; 2GH1 A; 4F91 B; 3QYP A; 9ICL A; 3O0F A; 3LVW A; 3MR2 A; 1DOQ A; 1KDH A; 1K1S A; 2WTF A; 5J0U A; 3H0M B; 1ZQZ A; 2CN1 A; 3RB4 A; 5CEH A; 4ED6 A; 4US9 A; 2VJ4 A; 2RLT A; 2WF9 A; 4ELT A; 2BPC A; 4RPZ A; 4PHP A; 2E5S A; 5KFH A; 4C4T A; 2GOL A; 5AM4 A; 2K4P A; 2K8C B; 2MRL A; 4EBC A; 3JPS A; 2JH1 A; 3N7S C; 3M9O B; 2HHV A; 3PST A; 4DWI A; 8ICT A; 1SZH A; 4RNM A; 2WF6 A; 2AQ0 A; 4XRH A; 1ZQH A; 1S77 D; 2XO7 A; 3KHG A; 4RT3 A; 4RUC A; 2YB1 A; 4BWJ A; 4DL2 A; 1ZQD A; 5F9N A; 5J2J A; 1SV0 A; 2YB4 A; 1S5L U; 4TQR A; 2JMG A; 2V4Q A; 2KZ3 A; 5AK3 A; 4P0P A; 4QZE A; 9ICT A; 1SXD A; 5KG5 A; 3GZF A; 5C0Y A; 3WKE A; 3AL0 B; 1L7O A; 2KNJ A; 3ZI4 A; 1ZRM A; 4F4W A; 2AGO A; 4ECY A; 3WKC A; 3PML A; 5AK6 A; 4ECX A; 1XU4 A; 2ZIX A; 1RYS A; 1X42 A; 4RUA A; 4J9P A; 3KBB A; 4BJQ A; 1XS9 D; 3TAD A; 4ELV A; 3SR6 A; 2G07 A; 2GWS A; 1UPH A; 1BPE A; 2JGA A; 2W43 A; 4O5K A; 1ZD4 A; 3BQ1 A; 7ICO A; 2K4I A; 5EE1 A; 4BXO A; 5JRT A; 3MDA A; 2IOF K; 2LYH A; 3JPT A; 3C28 A; 2HVI A; 3F5A A; 5BOM A; 1NK5 A; 1NKC A; 2ZUC A; 2DFL A; 5AM5 A; 2BCS A; 3KD3 A; 4P0P B; 2W8L A; 3TAP A; 2QAR A; 3WKB A; 4XUS A; 5KT3 A; 4KLO A; 3M7D A; 3RJH A; 2A1J B; 1L8L A; 3C23 A; 1XNS A; 9ICG A; 4J9L A; 1S0N A; 4I28 A; 1KTQ A; 1N56 A; 3PVX A; 2XC9 A; 2HOF A; 4DLE A; 3H8J A; 2ZIX B; 2VKQ A; 3EUB 2; 1NZP A; 4OCZ A; 5J29 A; 1T8E A; 4O5E A; 9ICR A; 4QZH A; 5J2K A; 3PR5 B; 4UB2 A; 3PW2 A; 3QUT A; 5D49 A; 4F2S A; 5CHG A; 3MGH A; 3N97 B; 3R9K A; 5ALT A; 2LBO A; 3Q8Q B; 1IIP A; 5J2I A; 3AEV A; 5KG6 A; 3WK6 A; 4KMO B; 4RQ0 A; 4UB4 A; 2KOB A; 2QAR B; 5D4B A; 1TK5 A; 1F5S A; 1TAM A; 5ALS A; 1YZ7 A; 4C8K A; 4NV0 A; 1Q46 A; 2WAQ F; 4NL9 A; 7ICR A; 2ZJA A; 4U7C A; 7ICF A; 2F3N A; 3RH4 A; 4O3N A; 2C22 A; 3GII A; 2R8K A; 5KFO A; 3GDX A; 2E1E A; 2JEG A; 3AQE A; 4B9M A; 2HBL A; 4R8U B; 4CCH A; 4QWE A; 4CRX A; 3E2E A; 1KEJ A; 4HAI A; 3RF9 A; 3B0X A; 4JB3 A; 2KKP A; 4UB8 U; 4F3O A; 2KEY A; 4Y2V A; 2IHN A; 5KG3 A; 3IV6 A; 1ZET A; 1J97 A; 5HR7 A; 4M04 A; 4GXJ A; 2H5X A; 3H7I A; 3UXO A; 4P0Q A; 3TAQ A; 3G6Y A; 2NRZ A; 1ZD3 A; 4DFJ A; 4DOA A; 2HHX A; 4NXZ A; 2KIW A; 2KSO A; 5AKH A; 2HBK A; 5FP0 A; 1URJ A; 5IIL A; 4LVS A; 4M47 A; 3E58 A; 1UT5 A; 5ALP A; 1BPX A; 4DS5 A; 5ALO A; 1JN3 A; 1SKS A; 2HVH A; 2W9M A; 4QZC A; 1TKD A; 3MBY A; 1O08 A; 3F53 A; 5KFU A; 5J0P A; 3K1R B; 2PFQ A; 4C80 A; 1C20 A; 4X5V A; 3B0Y A; 4QW8 A; 2H3V A; 4EYH B; 5TIS U; 3CRX A; 3V7J A; 5EWF A; 4KLD A; 5KFK A; 1ZQQ A; 3JPQ A; 3QU7 A; 2YN4 A; 1SB3 C; 1KW4 A; 3NAS A; 2H3Z A; 4F4Z A; 4B9V A; 3PW0 A; 3C1Y A; 5HHI A; 2L5Y A; 3GV7 B; 1H38 A; 2AJQ A; 4KLG A; 4F92 B; 4M9N A; 3BS5 A; 9ICC A; 2H3F A; 1TK0 A; 2BCR A; 1ZD5 A; 3KKA C; 2OH2 A; 3QU2 A; 4QWC A; 5DB7 A; 1N2X A; 2DBY A; 1ZQ1 C; 3RFA A; 5KG7 A; 3OGU A; 3V6H A; 4EEL A; 4UAZ A; 4P4O A; 9ICH A; 5KG4 A; 2XY5 A; 1SV0 C; 2LYB A; 4RQ1 A; 3PSP A; 1YZ6 A; 4M9H A; 2Y9U A; 3M8R A; 1UA0 A; 2FLP A; 2ALZ A; 1LKY A; 4UQG A; 2H3Q A; 5KFI A; 2P6U A; 1QQ7 A; 2JRZ A; 5AKJ A; 2PI4 A; 2R8I A; 4C7Z A; 3Q8M A; 5J8Y A; 1SXE A; 3IG5 A; 5EE9 A; 4IL6 U; 2K8A A; 7ICI A; 3Q8L A; 1A76 A; 2KHQ A; 2HHW A; 5AI4 A; 1QSS A; 5CR0 A; 5H2F U; 1U47 A; 4KX3 A; 2PKE A; 5AK4 A; 2BQR A; 4UBC A; 2F1I A; 2BCQ A; 2W9C A; 3BS5 B; 1DK2 A; 3V72 A; 2HSZ A; 3C2M A; 1Z4N A; 3TAD C; 5DBC A; 5ALW A; 4EBD A; 1N61 A; 1X9M A; 5ALN A; 3QU9 A; 1RYU A; 1DRG A; 2ZTD A; 3E0F A; 5ALF A; 4P2H A; 4RNO A; 1LKY B; 4ECS A; 4UB6 U; 4RQ4 A; 1FIQ A; 4JUZ A; 2WB1 F; 1U48 A; 3MDC A; 1ECW A; 2P35 A; 2BCU A; 3WKD A; 1Z4O A; 3NRW A; 2DPJ A; 2EDU A; 3ED5 A; 4DSL A; 3ZDA A; 1SZP A; 2WFA A; 2BPF A; 5KG0 A; 3JPN A; 1Q3V A; 2IBK A; 2F8K A; 1ZQS A; 4Y2S A; 3CYM A; 3NVV A; 1SL1 A; 4RQ3 A; 1U45 A; 9ICO A; 4KLT A; 2EAM A; 4ICA A; 1X9S A; 1LV5 A; 3SAG A; 5KFA A; 4G9B A; 4OJO A; 1MSW D; 1ZXI A; 3SEI A; 1Z3E B; 1S0M A; 4KTQ A; 1Z00 A; 4DL7 A; 1COO A; 1Y88 A; 1BNO A; 4GXK A; 1ZQB A; 1SL2 A; 5DQH A; 4UAV A; 1N5X A; 3RBD A; 2B0C A; 4TUS A; 1D8Y A; 2HHT A; 5AKK A; 3OSN A; 2D3D A; 3HIL A; 4KN4 A; 4C8M A; 1OW5 A; 3JPO A; 4EZ9 A; 4JWM A; 4KLI A; 1JAL A; 2E3T A; 3I28 A; 1UCV A; 1T3Q A; 1X6J A; 3ISC A; 2QKQ A; 3LYS A; 5EOZ A; 3ICX A; 3MGV A; 4NL9 C; 2ZIW B; 4NLB A; 1KKX A; 4MFC A; 4F71 A; 3QNM A; 4CF4 A; 4I2E A; 3ISB A; 5HR6 A; 1HJP A; 1QLN A; 4QZF A; 1S97 A; 1T3N A; 4Y2X A; 5KAF U; 4M9L A; 4DQS A; 1QSY A; 2FLL A; 1ZQG A; 3OJU A; 1SWV A; 4Z6F A; 4RT2 A; 7ICE A; 5B5E U; 1CRX A; 2FPK A; 3C5F A; 9ICJ A; 2E8P A; 1KN5 A; 3RB3 A; 2W03 A; 5AKG A; 3LVV A; 4KLF A; 3PW5 A; 4U6P A; 5L1K A; 4B9U A; 1SGG A; 5BPC A; 2KZM A; 4Z6C A; 8ICL A; 1IXR A; 4J9O A; 2RQ5 A; 2MSN A; 8ICF A; 4OJ6 A; 2JEI A; 1S9F A; 2W54 A; 4DQI A; 3AM9 A; 3V7K A; 4KLS A; 1B0X A; 4BWM A; 4YMN A; 3M1Y A; 9ICM A; 4TUP A; 3GV8 B; 3NTU A; 4CF5 A; 5ALR A; 3S6J A; 1GO3 F; 2M9N A; 3RH6 A; 5A0L A; 3ZDC A; 4I2D A; 9ICE A; 3H0R B; 3U26 A; 3T5H A; 3F2C A; 2ASD A; 1MN8 A; 3DDH A; 4A8E A; 4KN7 A; 4FFD A; 5J0S A; 2AXT U; 5ALU A; 5DBA A; 2PI5 A; 1ZOL A; 5DG8 A; 2WB1 C; 5HMM A; 3H4D A; 4WJ3 B; 2KG5 A; 4G3I A; 4DF4 A; 1ED1 A; 3H8S A; 3RAQ A; 4K4H A; 1XO0 A; 5KFV A; 3WK9 A; 3HKZ F; 1Q3U A; 3AU6 A; 2VA2 A; 4O3S A; 1ZQA A; 2UVV A; 2PXI A; 5CWR A; 4YCX A; 4IQT A; 1ZQX A; 1JMS A; 2ZJ5 A; 3CW2 C; 5J0X A; 4F5P A; 1S10 A; 2ODG A; 2RDJ A; 4UAR A; 1RXW A; 1L7N A; 1WUD A; 4DFD A; 1NJW A; 4O3M A; 4GIB A; 5J8Y C; 4CE6 A; 1WCN A; 1JRP A; 5AKZ A; 3RH5 A; 4NJ8 A; 3KKA A; 5EWE A; 3NGD A; 2F8L A; 3ALR A; 4NLN A; 3Q8K A; 5KFQ A; 2MUT B; 3H8M A; 3LDA A; 5AHX A; 4DQP A; 3M9M B; 2NRV A; 5HML A; 1XWL A; 5ALM A; 2EZY A; 5AI0 A; 5CB1 A; 3EPI A; 2KJ8 A; 2Z7J A; 3RRH A; 9ICQ A; 1PUZ A; 2JXJ A; 2OM6 A; 4UW9 A; 2XCA A; 1QCK A; 8ICW A; 3RJI A; 4OJL A; 2ZXH A; 2F1H A; 2RP5 A; 4I2G A; 1NK9 A; 2DUY A; 2ASJ A; 4IQW A; 7ICH A; 1J2M A; 2VA8 A; 4P4M A; 2OEH A; 2OCE A; 4ECT A; 4NM1 A; 5KFT A; 2ZUB A; 2W55 A; 3SMV A; 3M9N B; 2A1J A; 5AKY A; 1MQ3 A; 4C8L A; 5B66 U; 4PZO A; 4USA A; 4XA5 A; 1IV8 A; 2LYA A; 3FAH A; 2C28 A; 4I2B A; 3F2B A; 3T3F A; 3QU5 A; 5J2H A; 4JV0 A; 5KNI A; 5AKI A; 2G5H B; 4FZL A; 2FMQ A; 3MFI A; 4RPX A; 4GLX A; 4IR1 A; 4ECQ A; 2A1A A; 5KT2 A; 3SI8 A; 2FPL A; 3PV8 A; 5KAI U; 4RQM A; 2W9A A; 2VAN A; 4QWD A; 3QU4 A; 1T94 A; 3RJJ A; 3HJE A; 5E79 U; 4QJF B; 3AN1 A; 5KG1 A; 5ALL A; 3IN5 A; 2K4E A; 2J6U A; 5AKX A; 2EZX A; 3GIJ A; 9ICU A; 2DL0 A; 1ZQM A; 1BPZ A; 5IIO A; 7ICT A; 3H4B A; 8ICG A; 2HDO A; 5JTI A; 4FBT A; 1QQ6 A; 3ISD A; 1TK8 A; 3KHL A; 4J9K A; 2FI1 A; 2FPM A; 4KLJ A; 2W3S A; 1DGS A; 2VA3 A; 4F5Q A; 1X40 A; 4KLH A; 1WWU A; 4UB3 A; 4FE3 A; 3NS1 A; 4GXI A; 4NWI A; 8ICQ A; 1JI7 A; 5EE3 A; 2LPE A; 4R8U A; 3D6J A; 5KFL A; 1Q8K A; 4ED2 A; 2H3I A; 4EEY A; 4DQR A; 3TFR A; 1CI4 A; 5KT5 A; 3G6X A; 3OHB A; 9ICP A; 4YD2 A; 3SAF A; 5KTQ A; 3RBE A; 3HKZ C; 2CXY A; 4JMU A; 5KL8 B; 1KFD A; 3KOO A; 1L3S A; 2KFN A; 2KE7 A; 1WWV A; 5IIM A; 5D46 A; 2JHD A; 2WF8 A; 4LJX A; 4BDP A; 1T7P A; 1QSL A; 4DOC A; 2ZIU B; 3EWA A; 3PR4 A; 3HX0 A; 4Y2J A; 4IRK A; 1BPY A; 1ZQW A; 2DF4 B; 1JUD A; 1ZQJ A; 4Y2U A; 3QUC A; 4B6J A; 3KZX A; 5JUM A; 4F5R A; 3PY8 A; 2FLN A; 3OPX A; 2F77 X; 4Y2Y A; 2B6G A; 3SEN A; 3H40 A; 2K60 A; 1XSN A; 3RJK A; 3HW8 A; 5ALI A; 3LWL A; 4I2C A; 4M6W B; 3AUO A; 4TQS A; 4FS2 A; 5KFZ A; 3SV3 A; 4R65 A; 2KHV A; 5GTI U; 3SQI A; 4DFP A; 3C21 A; 4I29 A; 4YR0 A; 1AQ6 A; 2PFP A; 1L6N A; 2YMM A; 5J2F A; 4GC7 A; 4DL4 A; 1LVH A; 3D2N A; 4I2I A; 3SAH A; 4QZG A; 4RQ2 A; 3RTV A; 1PZN A; 1L5U A; 3AQF A; 5AM3 A; 3M6K A; 3PW4 A; 1PVR A; 3D2S A; 4DF8 A; 1V9P A; 1NNL A; 4C7Y A; 3GV5 B; 8ICS A; 4US8 A; 3FYH A; 5DB9 A; 4QZB A; 3KFU F; 4B9T A; 3SZ2 A; 2IOF A; 2NRT A; 1QH9 A; 2FMS A; 1N5W A; 4CDG A; 4CNQ A; 4Q44 A; 5C5J A; 3EPG A; 1B4F A; 1ZQP A; 8ICI A; 3N7P D; 2NRW A; 1PK1 A; 2KVC A; 2W3R A; 3PO4 A; 5AIA A; 2BCV A; 2BDU A; 2KIV A; 5ALV A; 1Z1V A; 4Q8F A; 2BR0 A; 1XO1 A; 3QUQ A; 3ZDB A; 1N63 A; 2Y0S C; 7ICU A; 1TAQ A; 4B9L A; 4YVZ A; 9ICF A; 2PMZ F; 3J81 j; 2JEJ A; 3RR8 A; 3SV4 A; 4DQQ A; 1X9X A; 9ICS A; 4I2A A; 1U4B A; 3Q8R B; 5ALZ A; 5KFP A; 2XY6 A; 1RXV A; 9ICK A; 4RQN A; 8ICO A; 3M8S A; 3QX7 A; 2FDR A; 3T5K A; 2IMW P; 3GIL A; 1ZQY A; 5EWG A; 2ISP A; 4QZD A; 1A77 A; 3PNC A; 2G09 A; 3I76 A; 4C0Z A; 4PPX A; 4OJP A; 3IM1 A; 3NUQ A; 2XGQ A; 2I5H A; 3CP8 A; 9ICV A; 1PK1 B; 3LWM A; 2YMQ A; 1SV4 A; 4I27 A; 1NK7 A; 4YMO A; 5ALD A; 4F4X A; 3UM9 A; 2XVT A; 4BX9 C; 1V85 A; 4NY8 A; 2Y1J A; 2DKZ A; 3KZI U; 5AKE A; 5KFY A; 3BQ7 A; 2KMD A; 2V4R A; 2PFN A; 2D8C A; 1ZQL A; 3B9J A; 1A0P A; 3PX6 A; 5L9X A; 4MHV A; 1VJ5 A; 4YXJ A; 3GIK A; 3QEA Z; 1NI3 A; 3BZC A; 1KFS A; 4KLM A; 4DSI A; 2AGQ A; 4RQ6 A; 8ICV A; 8ICA A; 5TZV A; 4O0I A; 3EZ5 A; 1RG6 A; 4EEK A; 4FS1 A; 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