The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
109
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sequence length |
291
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structure length |
291
|
Chain Sequence |
MPPITQQATVTAWLPQVDASQITGTISSLESFTNRFYTTTSGAQASDWIASEWQALSASLPNASVKQVSHSGYNQKSVVMTITGSEAPDEWIVIGGHLDSTIGSHTNEQSVAPGADDDASGIAAVTEVIRVLSENNFQPKRSIAFMAYAAEEVGLRGSQDLANQYKSEGKNVVSALQLDMTNYKGSAQDVVFITDYTDSNFTQYLTQLMDEYLPSLTYGFDTCGYACSDHASWHNAGYPAAMPFESKFNDYNPRIHTTQDTLANSDPTGSHAKKFTQLGLAYAIEMGSATG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Experimental evidence for a metallohydrolase mechanism in which the nucleophile is not delivered by a metal ion: EPR spectrokinetic and structural studies of aminopeptidase from Vibrio proteolyticus
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
Bacterial leucyl aminopeptidase
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| total genus |
109
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| structure length |
291
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| sequence length |
291
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| ec nomenclature |
ec
3.4.11.10: Bacterial leucyl aminopeptidase. |
| pdb deposition date | 2006-10-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04389 | Peptidase_M28 | Peptidase family M28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1H8L A; 5JGF A; 4LQG A; 4ZX9 A; 1YLO A; 1LAM A; 4OP4 A; 1Z2L A; 2C1C A; 3KHX A; 5K8N A; 3D67 A; 4F9V A; 4MCQ A; 4GM5 A; 3KQZ A; 3D66 A; 3SJX A; 4B6Z A; 4FAI A; 4OC2 A; 1QMU A; 4PXD A; 2HC9 A; 2CIJ A; 5LYI A; 3WT4 A; 3D4U A; 4NJR A; 3LMS A; 4PXE A; 3PRT A; 4ZY0 A; 4PQA A; 3SJF A; 2OOT A; 4MHP A; 1Q7L A; 2PJ3 A; 4O23 A; 4UEE A; 4ONW A; 3B3S A; 5HVH A; 5IB9 A; 4ZY2 A; 1UWY A; 4KSI A; 3I1U A; 4R6T A; 3L2N A; 3B3T A; 3MRU A; 1VIX A; 3D7F A; 5JM6 A; 3RZA A; 3GB0 A; 2AFO A; 3BXM A; 4OC3 A; 2ZEM A; 5LRK A; 3IWW A; 2EK8 A; 2XEJ A; 2WYR A; 2C6P A; 3RBU A; 3H8F A; 4RUH A; 1ARL A; 3QNV A; 1OBR A; 3D7H A; 2DEA A; 2ZED A; 3IC1 A; 4DUK A; 4NJQ A; 3SJE A; 3KL9 A; 3N5F A; 3B35 A; 3BHX A; 4EME A; 3NH8 A; 2PJ1 A; 3D7G A; 4NGM A; 4NGQ A; 4OKO A; 2ZEL A; 3K2K A; 2F7V A; 4PXB A; 1BPN A; 5HVF A; 1PYT B; 4ZI6 A; 4JZ0 A; 3JRU A; 3CPX A; 3VAT A; 1HEE A; 1XBU A; 4ZX8 A; 4F8Z A; 4OME A; 1F2P A; 4F9U A; 1DTD A; 1Z5R A; 2CTC A; 3B2Y A; 2QYV A; 4MXU A; 2PJ2 A; 3HUV A; 4TWE A; 4OID A; 3PFE A; 4WWV A; 4X2T A; 2QVP A; 3FMC A; 3FED A; 4P4D A; 2AFZ A; 1YW4 A; 1CG2 A; 4DYO A; 5D29 A; 3B3C A; 3PEI A; 4W9Y A; 2VL1 A; 4NGT A; 1XRY A; 2V8G A; 2PJ9 A; 7CPA A; 3TC8 A; 1IY7 A; 2I3C A; 1FNO A; 3NFZ A; 3H8G A; 2XEI A; 2ZEE A; 1ELL P; 4MHZ A; 3IO1 A; 1BLL E; 1CPS A; 4ZY1 A; 2PJC A; 2Q4Z A; 3FX6 A; 3V38 A; 3FF3 A; 2Q51 A; 6CPA A; 1R43 A; 1ZLH A; 2O4H A; 2PIY A; 2PJ4 A; 3B7I A; 4UEF A; 5I4M A; 4R8F A; 2PJA A; 2CTB A; 1XMB A; 1Z8L A; 3KAS A; 3KHZ A; 2BOA A; 3K9T A; 2FVG A; 4K3N A; 1Y0Y A; 3PB8 X; 1CP7 A; 4ZYQ A; 3TX8 A; 1TF9 A; 3KR4 A; 1HDU A; 4PPZ A; 1AYE A; 4NGS A; 2C6C A; 2Q43 A; 1ZG9 A; 1IGB A; 4R7M A; 4UIA A; 4MMO A; 5JH9 A; 4OC4 A; 3FJU A; 5LRJ A; 2HB6 A; 4PXC A; 5F09 A; 5LYD A; 3PB4 X; 4EWT A; 5J1Q A; 3CT9 A; 1PCA A; 3S9L A; 1ARM A; 2PVV A; 5LYF A; 1FT7 A; 1F2O A; 3WC5 A; 1LAP A; 4UIB A; 1CP6 A; 3S9N A; 4P4I A; 2BCO A; 3FEC A; 1LAN A; 2JBK A; 2PE3 A; 4R76 A; 1HDQ A; 3IEH A; 2ZEF A; 3FEE A; 2V8V A; 1YW6 A; 3V7Z A; 4MRI A; 2AFU A; 1AMP A; 3VAR A; 3MN8 A; 3RAM A; 2PVW A; 3KI9 A; 3PB7 X; 2ZEG A; 4NGN A; 1VHO A; 3NA6 A; 4NGP A; 1EE3 P; 2PIZ A; 2AFW A; 2OR4 A; 3PBE A; 2EK9 A; 3S9M A; 2ANP A; 2PJ6 A; 1BPM A; 3T8W A; 4FBE A; 3D68 A; 3DLJ A; 3GLJ A; 1XFO A; 4FUU A; 2ZEH A; 3KR5 A; 3BI1 A; 3ISZ A; 3B3V A; 3ISX A; 1CX8 A; 1ELM P; 1JQG A; 2V8D A; 4A39 A; 4Q7A A; 3HLP A; 1YSJ A; 2IMO A; 4IK2 A; 4YWY A; 1CPX A; 2ZOG A; 4P4J A; 4MHN A; 1XJO A; 2EWB A; 1QQ9 A; 2C6G A; 2XEG A; 2ZEO A; 2AFX A; 3D7D A; 3IFE A; 1Y0R A; 3LWU A; 3H8E A; 4P45 A; 1TKF A; 4H2K A; 3PFO A; 1VGY A; 2PJ0 A; 3SI1 A; 1TKJ A; 4P4B A; 5DS0 A; 5CPA A; 1ZG8 A; 2JBJ A; 2AFM A; 3NH4 A; 2BO9 A; 4X3R A; 3KQX A; 4P10 A; 1ZLI A; 4YU9 A; 3FVL A; 3FH4 A; 4A37 A; 4Z65 A; 2WZN A; 4CPA A; 3B3W A; 2IQ6 A; 2PJ5 A; 3IJ3 A; 2NYQ A; 2RFH A; 1LCP A; 1R3N A; 4MCS A; 4A94 A; 3WAB A; 4IAV A; 4DJL A; 2ZEN A; 2AFS A; 4NFR A; 1Y7E A; 3SJG A; 2QJ8 A; 3KZW A; 3CPA A; 4NGR A; 1BAV A; 4UF4 A; 1LOK A; 1GYT A; 4P4F A; 2ABZ A; 2CF4 A; 3DGV A; 4X8I A; 2NSM A; 3NH5 A; 4IHM A; 3IIB A; 4WJB A; 1KWM A; 5K8M A; 4A38 A; 5HXD A; 2GRE A; 8CPA A; 4OIW A; 1LFW A; 4MCP A; 3KGQ A; 2JEW A; 4OC5 A; 4MCR A; 1M4L A; 2J9A A; 5K8O A; 2PJB A; 5LYL A; 2GU2 A; 5THW A; 4BD9 A; 4P4E A; 2G9D A; 3PB9 X; 4OC0 A; 4AXV A; 5CBM A; 2POK A; 2V8H A; 1NSA A; 5HVG A; 4EFD A; 4FWU A; 3PB6 X; 3SI2 A; 3PBB A; 2O53 A; 1VHE A; 3CDX A; 3BI0 A; 4TNU A; 4P6Y A; 5LRG A; 1CBX A; 1TXR A; 3VH9 A; 5D8N A; 2GLF A; 2PJ8 A; 2PCU A; 1ZG7 A; 1YME A; 2GLJ A; 2PJ7 A; 2F8H A; 4UEZ A; 5K8P A; 3GUX A; 1RTQ A; 2V77 A; 1TF8 A; 4OC1 A; 3WC6 A; 1DE4 C; 2ZEP A; 2XEF A; 4P44 A; 1TKH A; 5ELY A; 4JYW A; 2IJZ A; 4MHY A; 2RB7 A; 3SI0 A; 1F57 A; 2PRQ A; 3WC7 A; 2ZOF A; 4G1P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YGW A; 1H8L A; 4KOR A; 3SXO A; 5JGF A; 1YVK A; 2Q4Y A; 4LQG A; 5A28 A; 4ZX9 A; 1YLO A; 1LAM A; 1Z9U A; 3I3G A; 2FXF A; 2Q0Y A; 4NF1 A; 4OP4 A; 1QSR A; 1Z2L A; 1RO5 A; 2C1C A; 3CXP A; 3VWD A; 2Z10 A; 3KHX A; 3P2H A; 3S6K A; 2CNT A; 5K8N A; 3D67 A; 5IB0 A; 2FE7 A; 3FYN A; 5DWN A; 3W91 A; 3SHP A; 4UFW A; 4E0A A; 5GCN A; 2F5I A; 4F9V A; 2JLM A; 4M85 A; 4XPK A; 4MCQ A; 4GM5 A; 3KQZ A; 3D66 A; 3S6F A; 3SJX A; 4LUA A; 4B6Z A; 1PUA A; 4GXH A; 4FAI A; 4OC2 A; 1QMU A; 2OU2 A; 4PXD A; 2HC9 A; 2CIJ A; 5LYI A; 4PV6 A; 3WT4 A; 3D4U A; 4UCM A; 2Z3L A; 4JXQ A; 4NJR A; 2OZH A; 2QML A; 2REE A; 3LMS A; 4PXE A; 4R87 A; 3PRT A; 3UY5 A; 4PQA A; 4ZY0 A; 3SJF A; 2OOT A; 1XE4 A; 4MY0 A; 4MHP A; 1Q7L A; 4A2Z A; 2PJ3 A; 4O23 A; 4UEE A; 5J8C A; 4ONW A; 1MJB A; 1QSN A; 3B3S A; 5HVH A; 2R1I A; 3RO0 A; 5IB9 A; 5H86 A; 3EXN A; 4MY3 A; 2BUE A; 1QST A; 2P0W A; 3A9L A; 2FT0 A; 1XMT A; 3S6G A; 3R9F A; 4ZY2 A; 4ORF A; 3QAY A; 4CAX A; 2GE3 A; 4C2X A; 2H5M A; 4NXY A; 4U5Y A; 2B5G B; 3TTH A; 3NE7 A; 1IYL A; 1UWY A; 4KSI A; 2ZW4 A; 3I1U A; 4R6T A; 1B6B A; 3L2N A; 3B3T A; 3DNS A; 5DWM A; 3GKR A; 3MRU A; 1VIX A; 3D7F A; 3EO4 A; 3R96 A; 5JM6 A; 3RZA A; 3B8G A; 2B4D B; 3GB0 A; 2OZG A; 2AFO A; 4PK3 A; 5G22 A; 2BL1 A; 3BXM A; 4OC3 A; 4KLW A; 2ZEM A; 4MFJ A; 3TOB A; 1P0H A; 2PR1 A; 5LRK A; 2R98 A; 3IWW A; 1YGH A; 2EK8 A; 2XEJ A; 2ZW7 A; 3TO6 A; 4UCP A; 4KOS A; 2WYR A; 4FD6 A; 3VWE A; 4B12 A; 2C6P A; 2ZXV A; 3H8F A; 3RBU A; 1SQH A; 4RUH A; 1ARL A; 5ISV A; 3QNV A; 4CAV A; 1MJA A; 1OBR A; 2K5T A; 2Q7B A; 3D7H A; 4BIN A; 1IOF A; 2DEA A; 4GS4 A; 4MI4 A; 4UCN A; 2ZED A; 3IC1 A; 3G8W A; 4DUK A; 3ZZI A; 1GHE A; 2PC1 A; 1M44 A; 4NJQ A; 3SJE A; 3KL9 A; 4HNY B; 2VXK A; 5JQ4 A; 5AG5 A; 2ARH A; 3N5F A; 4XNH B; 3B35 A; 3BHX A; 3D3S A; 4MHD A; 4QUS A; 4EME A; 3IU2 A; 3NH8 A; 2PJ1 A; 3DDD A; 3D7G A; 3TOA A; 4CYP A; 5KTA A; 4NGM A; 2CY2 A; 5E96 A; 5HMN A; 4NGQ A; 2B4B A; 4OKO A; 4B13 A; 4RN7 A; 4CGM A; 5G1Z A; 4R9M A; 2ZEL A; 3K2K A; 4YRH A; 2F7V A; 2QEC A; 1BPN A; 4J3G A; 1PYT B; 4PXB A; 3CXQ A; 4JZ0 A; 4QB9 A; 5HVF A; 3ZJ0 A; 4B5P A; 3V8I A; 2D4P A; 3CPX A; 3JRU A; 4Q36 A; 3VAT A; 1R57 A; 1HEE A; 4JLY A; 1XBU A; 2Z3M A; 1Y9W A; 4ZX8 A; 4F8Z A; 2GFQ A; 2R7H A; 4OME A; 1F2P A; 4XPL A; 1VHS A; 4F9U A; 1DTD A; 4UFX A; 1Z5R A; 2CTC A; 1IIC A; 5H84 A; 4AVC A; 3B2Y A; 4BMH A; 3EY5 A; 2Z3K A; 3I9S A; 5AG7 A; 2QYV A; 4MXU A; 2PJ2 A; 3HUV A; 4KOY A; 4TWE A; 4OID A; 2VEZ A; 3PFE A; 4WWV A; 4X2T A; 5BWA B; 5CNP A; 4MBU A; 4KVX A; 2QVP A; 5A27 A; 3FMC A; 4FD4 A; 1PU9 A; 3FED A; 4P4D A; 4YGO A; 2FIW A; 2AFZ A; 4KSF A; 2EUI A; 4AB7 A; 2VZY A; 1WK4 A; 1CG2 A; 1YW4 A; 1Z8W A; 2CXA A; 4DYO A; 1M4I A; 1Z4E A; 5D29 A; 5EBV A; 3FRM A; 5G21 A; 2DPS A; 4F6A A; 3B3C A; 3PEI A; 3PZJ A; 2G3T A; 2VL1 A; 4NGT A; 1XRY A; 4W9Y A; 4KOV A; 4A95 A; 2V8G A; 4ZGY B; 1BOB A; 2PRB A; 4JJX A; 1MK4 A; 2Z0Z A; 2PJ9 A; 4OAD A; 1YK3 A; 7CPA A; 3TC8 A; 5I0C A; 1IY7 A; 1NMT A; 4HPS A; 2I3C A; 4QVT A; 4B11 A; 4CAF A; 1FNO A; 2DF5 A; 3NFZ A; 3H8G A; 4C2Y A; 1X10 A; 2XEI A; 2ZEE A; 1ELL P; 5AG4 A; 1B87 A; 3DR8 A; 4MHZ A; 2J8M A; 3IO1 A; 4F0Y A; 4KLV A; 3FNC A; 1BLL E; 1CPS A; 1XOV A; 1Y7R A; 2VQY A; 3S6H A; 2PJC A; 4ZY1 A; 2Q4Z A; 4XPD B; 3OWC A; 3FX6 A; 3DR6 A; 2FS5 A; 2X7B A; 2Z11 A; 3V38 A; 3RYO A; 1M1D A; 3FF3 A; 4BBH A; 2Q51 A; 6CPA A; 1R43 A; 1ZLH A; 5J8F A; 2YNC C; 2O4H A; 2RC4 A; 1IYK A; 2PIY A; 3JUW A; 2PJ4 A; 3B7I A; 4H6U A; 4UEF A; 3PGP A; 5I4M A; 4KOT A; 4R8F A; 2ZPA A; 4A32 A; 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