The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
178
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sequence length |
519
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structure length |
519
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Chain Sequence |
ASEVPQVVSLDPTSIPIEYNTPIHDIKVQVYDIKGGCNVEEGLTIFLVNNPGKENGPVKISSKVNDKQVSEFLKDENMEKFNVKLGTSKHFYMFNDNKNSVAVGYVGCGSVADLSEADMKRVVLSLVTMLHDNKLSKLTVVFEINVDKNLFRFFLETLFYEYMTDERFKSTDKNVNMEYIKHLGVYINNADTYKEEVEKARVYYFGTYYASQLIAAPSNYCNPVSLSNAAVELAQKLNLEYKILGVKELEELKMGAYLSVGKGSMYPNKFIHLTYKSKGDVKKKIALVGKGITFDSGGYNLKAAPGSMIDLMKFDMSGCAAVLGCAYCVGTLKPENVEIHFLSAVCENMVSKNSYRPGDIITASNGKTIEVGNTDAEGRLTLADALVYAEKLGVDYIVDIATLTGAMLYSLGTSYAGVFGNNEELINKILQSSKTSNEPVWWLPIINEYRATLNSKYADINQISSSVKASSIVASLFLKEFVQNTAWAHIDIAGVSWNFKARKPKGFGVRLLTEFVLND
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Bestatin-based chemical biology strategy reveals distinct roles for malaria M1- and M17-family aminopeptidases
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
M17 leucyl aminopeptidase
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| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
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| source organism |
Plasmodium falciparum
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| total genus |
178
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| structure length |
519
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| sequence length |
519
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00883 | Peptidase_M17 | Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 | Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3WC7 A; 4NGQ A; 2DX6 A; 4OID A; 1CP7 A; 2Q51 A; 4ZX8 A; 2POK A; 3MRU A; 3SJF A; 8CPA A; 2CTB A; 2Q43 A; 2CTC A; 4H2K A; 5DS0 A; 4MXU A; 4OME A; 3T8W A; 1NSA A; 3PBE A; 4A39 A; 2I3C A; 2XEJ A; 2JBK A; 3SI1 A; 2EWB A; 3SIH A; 5HVF A; 1AYE A; 2XEI A; 3B3W A; 3PFE A; 4FUU A; 2EK8 A; 1EE3 P; 3FH4 A; 1FT7 A; 2AFZ A; 4PQA A; 5FSX A; 4UEZ A; 3CPA A; 2ZOF A; 5LRG A; 5IB9 A; 3WT4 A; 4YWY A; 1YLO A; 4EME A; 1XFO A; 1PCA A; 2FAV A; 5K8N A; 4EFD A; 3EW5 A; 3LWU A; 4UF4 A; 1YD9 A; 2F8H A; 2ZEH A; 4Q7A A; 4JVV A; 1HJZ A; 1VHO A; 4J5S A; 3EJG A; 2LGR A; 4JLL A; 3GPQ A; 3SII A; 4MHN A; 1CPS A; 2PVW A; 5CMS A; 4K3N A; 2RB7 A; 1Q7L A; 1CPX A; 1ZG8 A; 3B3S A; 4TWE A; 5JM6 A; 4OC0 A; 1ELM P; 4P4B A; 2C1C A; 3IIB A; 1SPV A; 3TX8 A; 3S9M A; 4OC2 A; 2C6G A; 5K8P A; 3NH4 A; 3K9T A; 4D86 A; 4IHM A; 4A94 A; 4ZY0 A; 3EWR A; 3K2K A; 1CG2 A; 3PB9 X; 4ETK A; 2IMO A; 4NGN A; 5LYL A; 6CPA A; 1GYT A; 3KI9 A; 3SJG A; 3IFE A; 1ZG7 A; 5HXD A; 2DEA A; 1Y0Y A; 1DTD A; 1BPN A; 3ETI A; 3QNV A; 3L2N A; 2XD7 A; 1JQG A; 1XRY A; 4BD9 A; 3IC1 A; 3JZT A; 5LYD A; 4P4I A; 4JCA A; 1TXR A; 3FED A; 1VIX A; 3RBU A; 2NYQ A; 4X8I A; 1ARM A; 1F2O A; 2QJ8 A; 4OC5 A; 2ZOG A; 3V38 A; 4ETJ A; 2PJ0 A; 4MCQ A; 5LRJ A; 1VHE A; 1IGB A; 3ISZ A; 3D7F A; 1H8L A; 2JEW A; 5THW A; 1DE4 C; 2PJ1 A; 3PB8 X; 2V8H A; 2FG1 A; 1Y0R A; 3D66 A; 1Z2L A; 5LYF A; 2NSM A; 2JBJ A; 3FVL A; 4P4F A; 1Z5R A; 4GUA A; 3NH8 A; 3PRT A; 2PIZ A; 4OC4 A; 4P4E A; 2EEE A; 5HVG A; 1LFW A; 5HIH A; 3KR5 A; 4JZ0 A; 4R7M A; 3BXM A; 4JGK A; 1Y7E A; 4NGM A; 4UIA A; 1F57 A; 1LAN A; 4IQY A; 4FWU A; 2PJ6 A; 2HC9 A; 4R6T A; 3S9N A; 4NFR A; 3EWP A; 4NJR A; 2AFX A; 3EWQ A; 3KGQ A; 4UIB A; 1VHU A; 5CB5 A; 4R76 A; 4NGR A; 1YW4 A; 4NJQ A; 2ZEG A; 1R43 A; 4JYW A; 4EWT A; 1BAV A; 4UML A; 1IY7 A; 4TU0 A; 3KZW A; 3IIF A; 3SIJ A; 5CBM A; 1Z8L A; 7CPA A; 3Q6Z A; 2QVP A; 4GVV A; 2WZN A; 5CPA A; 3FEE A; 3H8G A; 4J5R A; 2PJ7 A; 3VAR A; 3KAS A; 4DYO A; 4MHY A; 1CP6 A; 3BI1 A; 1CX8 A; 2C6C A; 2EK9 A; 2BOA A; 2IJZ A; 5D29 A; 4Z65 A; 1HEE A; 3FEC A; 3GPG A; 1RTQ A; 3FMC A; 4OC3 A; 2VRI A; 5FSY A; 4R8F A; 3DGV A; 2ACF A; 1QMU A; 2BO9 A; 3FJU A; 5I4M A; 3EWO A; 3SI2 A; 1HDU A; 4PXC A; 3TC8 A; 2PE3 A; 1NJR A; 2ZEP A; 1R3N A; 3GPO A; 5DUS A; 4PXE A; 2PJA A; 3IEH A; 2CIJ A; 1BPM A; 1FNO A; 4P4D A; 4G1P A; 5F09 A; 2V77 A; 3D68 A; 1PYT B; 2C6P A; 1TF8 A; 3S9L A; 3B35 A; 2AFO A; 4K0C A; 2ZEL A; 3D67 A; 3PB4 X; 1XBU A; 4B6Z A; 5J1Q A; 3CDX A; 4ABL A; 1AMP A; 2PVV A; 5LYI A; 3IWW A; 4GM5 A; 4F9U A; 3EKE A; 5CB3 A; 2ANP A; 4A38 A; 2PJ4 A; 5FSZ A; 2QYV A; 2FXK A; 1BLL E; 5AIL A; 1TY8 A; 1ZLH A; 2AFU A; 3NFZ A; 1CBX A; 4LQG A; 4ZYQ A; 2CF4 A; 3D7G A; 4A37 A; 4IK2 A; 3KHZ A; 1LAM A; 4OC1 A; 3IO1 A; 4PXB A; 3DLJ A; 4FBE A; 4MHZ A; 4MCS A; 5HVH A; 1TKJ A; 5HOL A; 4MRI A; 3I1U A; 1LOK A; 4X2T A; 3NA6 A; 3KQX A; 2PJC A; 3SI0 A; 4P6Y A; 3PFO A; 5JGF A; 3WC5 A; 2ZEM A; 5D8N A; 4P45 A; 2FVG A; 3KQZ A; 2BCO A; 3WC6 A; 1HDQ A; 2G9D A; 1TXZ A; 3SJE A; 2ZED A; 2O53 A; 3RZA A; 2L8R A; 2J9A A; 2PJ9 A; 2AFC A; 2X47 A; 2AFS A; 2VL1 A; 4AXV A; 3EJF A; 1ARL A; 2PJB A; 3VAT A; 2GLJ A; 2OOT A; 4W9Y A; 4DUK A; 2ABZ A; 3B2Y A; 4KYB A; 4MCP A; 4KSI A; 1UWY A; 1XJO A; 3WAB A; 4ESS A; 3B3C A; 3PB6 X; 4GVW A; 4MMO A; 1KWM A; 3HLP A; 4MCR A; 1XMB A; 3H8F A; 3GUX A; 4IAV A; 2O4H A; 3CT9 A; 2PJ3 A; 5LRK A; 2WYR A; 3HUV A; 3IID A; 2AFW A; 2PJ2 A; 4J4Z A; 5JH9 A; 4UEF A; 4RUH A; 3GLJ A; 4MHP A; 4P4J A; 5E3B A; 4FAI A; 3Q71 A; 3JRU A; 3SIG A; 3D4U A; 1TF9 A; 4X3R A; 3GB0 A; 3B3V A; 1ZLI A; 3VFQ A; 3IJ3 A; 1ZG9 A; 3KL9 A; 2ZEE A; 3ISX A; 2GU2 A; 4NGS A; 4O23 A; 3LMS A; 3B3T A; 4CPA A; 3PEI A; 1YSJ A; 2HB6 A; 1LCP A; 5FSU A; 4WWV A; 2V8D A; 3VH9 A; 3V45 A; 1ZR3 A; 3PBB A; 2V8G A; 4UEE A; 4PPZ A; 4ABK A; 2PCU A; 5K8O A; 2BFR A; 2PJ8 A; 4OKO A; 5ELY A; 3GQO A; 4OIW A; 1YME A; 3NH5 A; 5FSV A; 3FF3 A; 4WJB A; 2GRE A; 4F9V A; 4F8Z A; 2XEF A; 4PXD A; 3CPX A; 3MN8 A; 2OR4 A; 1QQ9 A; 2PJ5 A; 4NGP A; 2Q4Z A; 1TKH A; 3PB7 X; 1M4L A; 2BFQ A; 1ELL P; 2RFH A; 4ONW A; 4OP4 A; 3KR4 A; 2ZEO A; 2F7V A; 2GLF A; 3KHX A; 4J5Q A; 2V8V A; 2PRQ A; 4ZI6 A; 4ZY2 A; 3BI0 A; 4YU9 A; 4DJL A; 3D7H A; 3RAM A; 1VGY A; 3D7D A; 2ZEF A; 4ZX9 A; 2XEG A; 1TKF A; 3H8E A; 4NGT A; 1LAP A; 1F2P A; 3FX6 A; 2ZEN A; 1ZR5 A; 5K8M A; 3GQE A; 3SJX A; 2AFM A; 4ZY1 A; 3B7I A; 3V7Z A; 2IQ6 A; 2PIY A; 1YW6 A; 4P10 A; 3V2B A; 4P44 A; 3BHX A; 4TNU A; 3N5F A; 1OBR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3WC7 A; 4NGQ A; 2CNT A; 3W6X A; 3TE4 A; 2DX6 A; 4OID A; 1S5K A; 2G0B A; 3GYA A; 1CP7 A; 3P2F A; 5H86 A; 2Q51 A; 4ZX8 A; 2ATR A; 2JEV A; 2POK A; 4R87 A; 1KZF A; 3MRU A; 1NE9 A; 5AG6 A; 3SJF A; 3UY5 A; 5BWA B; 8CPA A; 2CTB A; 3JUW A; 3S6H A; 2R8V A; 1WWZ A; 2Q43 A; 4XNH B; 2CTC A; 4H2K A; 5DS0 A; 4KVM E; 4MXU A; 4OME A; 3T8W A; 1NSA A; 2Q4V A; 3PBE A; 4A39 A; 2I3C A; 1I12 A; 3FIX A; 2XEJ A; 1IB1 E; 2JBK A; 3SI1 A; 3W6S A; 2EWB A; 4MFQ A; 3SIH A; 1AUG A; 4CAW A; 5HVF A; 3R95 A; 4CGM A; 1AYE A; 2REF A; 2XEI A; 5F46 A; 3B3W A; 5HMN A; 3PFE A; 2VBQ A; 4F0X A; 4FUU A; 2EK8 A; 1EE3 P; 3FH4 A; 3NE8 A; 4GXH A; 1FT7 A; 4CAV A; 2AFZ A; 3IGR A; 4PQA A; 5FSX A; 2FL4 A; 4JWP A; 5AG5 A; 4B10 A; 1XIX A; 3ZZI A; 4UEZ A; 4C2Z A; 3CPA A; 2ZOF A; 1Q2Y A; 4R57 A; 2FSR A; 4YWY A; 1S7L A; 1YLO A; 3CXQ A; 5LRG A; 3S6F A; 3WT4 A; 1XFO A; 4RN7 A; 1PCA A; 4EME A; 2FAV A; 1ON0 A; 1IYK A; 2OZH A; 2R98 A; 1P4N A; 5K8N A; 4CYN A; 4NEX A; 4EFD A; 4AG9 A; 4II9 A; 2A4N A; 3EW5 A; 2NMT A; 2PR1 A; 3LWU A; 4R9M A; 4QVT A; 4UF4 A; 1X12 A; 2GE3 A; 5F47 A; 4CYQ A; 1YD9 A; 4NSQ A; 3R96 A; 2F8H A; 2ZEH A; 1MJ9 A; 3CXP A; 2WPX A; 4Q7A A; 5J8F A; 4JVV A; 1HJZ A; 1NMT A; 1VHO A; 4J5S A; 3EJG A; 1XF8 A; 2LGR A; 4JLL A; 3GPQ A; 1ZO0 A; 3IWE A; 3RO0 A; 4C7H A; 3SII A; 1YRE A; 4L89 A; 4MHN A; 4B5P B; 1CPS A; 2PVW A; 2B4D B; 5CMS A; 4K3N A; 2RB7 A; 1Q7L A; 2Q0Y A; 1CPX A; 5IV0 A; 4PV6 A; 1ZG8 A; 3B3S A; 3JVN A; 4TWE A; 5JM6 A; 4OC0 A; 1ELM P; 4EVY A; 3DNS A; 4KZT A; 3FRM A; 4P4B A; 2C1C A; 4UCN A; 3IIB A; 1SPV A; 4B11 A; 3TX8 A; 1B87 A; 3DR6 A; 3S9M A; 1NSL A; 5KTC A; 4OC2 A; 2C6G A; 5K8P A; 2YNC C; 3NH4 A; 3W91 A; 3K9T A; 4B14 A; 4D86 A; 2CXA A; 3OWC A; 4ZY0 A; 1FY7 A; 4IHM A; 4MFP A; 3EWR A; 3K2K A; 4U9Y A; 1CG2 A; 2DXQ A; 4ETK A; 2IMO A; 2PRB A; 3PB9 X; 4KOY A; 4NGN A; 4Q38 A; 4A30 A; 1IID A; 4ONU A; 4FD5 A; 5JPH A; 2ZW5 A; 5LYL A; 1Z4R A; 6CPA A; 1GYT A; 2IL4 A; 2OZU A; 3EC4 A; 3KI9 A; 3SJG A; 3IFE A; 1ZG7 A; 4K30 A; 2DEA A; 1Y0Y A; 1IIC A; 3TO7 A; 5HXD A; 3H5Z A; 1IOI A; 3T9Y A; 1DTD A; 2ODF A; 4E8O A; 1BPN A; 1I21 A; 2PR8 A; 3ETI A; 3QAY A; 4RI1 A; 3QNV A; 3L2N A; 2XD7 A; 1JQG A; 1QSN A; 4JXQ A; 4OAD A; 1XRY A; 2VQY A; 4BD9 A; 3IC1 A; 3JZT A; 2EBJ A; 5LYD A; 4P4I A; 4AG7 A; 5IX3 A; 4JCA A; 1IYL A; 3FB3 A; 1TXR A; 4JJX A; 2OB0 A; 4MY0 A; 4YRH A; 3FED A; 1VIX A; 3G3S A; 4CGL A; 5J8C A; 4A94 A; 1Q2C A; 3RBU A; 5JQ4 A; 2NYQ A; 1S7F A; 4X8I A; 1YR0 A; 4CRY B; 4F6A A; 1ARM A; 1F2O A; 2QJ8 A; 4OC5 A; 2ZOG A; 4RS2 A; 4Y49 C; 3V38 A; 4ETJ A; 1L0C A; 2PJ0 A; 4KUB A; 4MCQ A; 4C2Y A; 5LRJ A; 1VHE A; 1OZP A; 1IGB A; 2F5I A; 3ISZ A; 4U5Y A; 4KUA A; 1CM0 A; 1H8L A; 3D7F A; 5AG7 A; 2JEW A; 4A95 A; 4CGO A; 5THW A; 1DE4 C; 2PJ1 A; 3PB8 X; 2B5G A; 2V8H A; 2FG1 A; 1Y0R A; 2Q44 A; 2YNC A; 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