The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
111
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sequence length |
291
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structure length |
291
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Chain Sequence |
MPPITQQATVTAWLPQVDASQITGTISSLESFTNRFYTTTSGAQASDWIASEWQALSASLPNASVKQVSHSGYNQKSVVMTITGSEAPDEWIVIGGHLDSTIGSHTNEQSVAPGADDDASGIAAVTEVIRVLSENNFQPKRSIAFMAYAAEEVGLRGSQDLANQYKSEGKNVVSALQLDMTNYKGSAQDVVFITDYTDSNFTQYLTQLMDEYLPSLTYGFDTCGYACSDHASWHNAGYPAAMPFESKFNDYNPRIHTTQDTLANSDPTGSHAKKFTQLGLAYAIEMGSATG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Substrate recognition by the leucine aminopeptidase from Vibrio proteolyticus
rcsb |
| molecule keywords |
Aminopeptidase
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| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
111
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| structure length |
291
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| sequence length |
291
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| ec nomenclature |
ec
3.4.11.10: Bacterial leucyl aminopeptidase. |
| pdb deposition date | 2006-11-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04389 | Peptidase_M28 | Peptidase family M28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3D7G A; 4OC3 A; 3FJU A; 3KR5 A; 4FBE A; 3FX6 A; 4NGR A; 3GUX A; 3HUV A; 4UEF A; 5LYI A; 2C1C A; 2EK9 A; 2XEF A; 3KHZ A; 2BOA A; 4W9Y A; 5HVG A; 4IK2 A; 4OID A; 4MHP A; 1VHE A; 2AFZ A; 1XBU A; 6CPA A; 4P4E A; 2V77 A; 4TNU A; 4NGS A; 3VH9 A; 3FMC A; 2V8D A; 1TF8 A; 2PE3 A; 3S9L A; 3ISX A; 2GU2 A; 4K3N A; 4NGN A; 1LCP A; 1XFO A; 1F2P A; 2POK A; 2NYQ A; 4P45 A; 3KR4 A; 3D67 A; 4UIB A; 3CPX A; 2IMO A; 1AMP A; 2PJ7 A; 4P10 A; 4R7M A; 3I1U A; 4MMO A; 2C6P A; 2F8H A; 3PFO A; 5LYF A; 2JBK A; 2XEJ A; 3K2K A; 4PXD A; 5DS0 A; 2Q4Z A; 1LAM A; 4F9U A; 3HLP A; 4OC4 A; 3DGV A; 4X2T A; 3B3T A; 2BCO A; 3WC5 A; 2CTC A; 2AFW A; 2ZEE A; 3B3V A; 2O4H A; 4OME A; 5F09 A; 4P6Y A; 3FED A; 1ZG8 A; 4UEZ A; 2JEW A; 3D7H A; 3PB9 X; 1YW6 A; 8CPA A; 4CPA A; 1CPX A; 4OC5 A; 5CPA A; 2NSM A; 1LAP A; 3B2Y A; 3IC1 A; 5LRG A; 3L2N A; 4Q7A A; 1JQG A; 3IO1 A; 2OR4 A; 3RBU A; 1ZLH A; 3T8W A; 3KI9 A; 1HDU A; 4O23 A; 1BPM A; 4PPZ A; 3WT4 A; 4YU9 A; 4P4F A; 4ONW A; 4MHZ A; 2V8H A; 2QVP A; 3NH8 A; 3WAB A; 2FVG A; 3SJF A; 1Y0R A; 3PB8 X; 1RTQ A; 1F57 A; 2ZEP A; 2F7V A; 1QQ9 A; 4NFR A; 4NJR A; 3PFE A; 2JBJ A; 1VIX A; 3LMS A; 2PVV A; 3BI1 A; 2EK8 A; 1Z5R A; 2C6G A; 3IWW A; 2ZED A; 3CT9 A; 3MN8 A; 5K8N A; 2J9A A; 1UWY A; 2OOT A; 5K8P A; 3MRU A; 1ZG7 A; 2O53 A; 3KQX A; 3LWU A; 1M4L A; 4MHY A; 4MCS A; 1Y7E A; 4P4I A; 3FEE A; 4ZY0 A; 1YME A; 4IAV A; 1CPS A; 4MCR A; 5JH9 A; 4R6T A; 5IB9 A; 2Q43 A; 2RB7 A; 4Z65 A; 2AFU A; 2ANP A; 2IJZ A; 1ARL A; 4ZI6 A; 3IFE A; 2BO9 A; 1IGB A; 5ELY A; 3PBB A; 5D8N A; 3QNV A; 4NGQ A; 1TKJ A; 1EE3 P; 3D68 A; 1YW4 A; 2PJ2 A; 2PJB A; 4OC0 A; 4DUK A; 3K9T A; 4FUU A; 3WC7 A; 1VHO A; 5HVH A; 2PJ6 A; 4UF4 A; 2PVW A; 5HXD A; 3BI0 A; 3B3C A; 4NGM A; 1ARM A; 4OP4 A; 2WYR A; 2QYV A; 3SI0 A; 2AFX A; 2HB6 A; 3TC8 A; 2C6C A; 5K8O A; 3N5F A; 5LYL A; 4F8Z A; 3NH5 A; 1R43 A; 2PJ0 A; 3B3W A; 5JM6 A; 2PJ1 A; 2ZEO A; 3SJX A; 1ZLI A; 1XJO A; 4A94 A; 3D66 A; 5K8M A; 2RFH A; 4GM5 A; 2XEG A; 1DTD A; 5D29 A; 3PRT A; 3D7F A; 4NGT A; 1CP7 A; 4DYO A; 2ZEL A; 2ZOG A; 3PEI A; 3SI1 A; 4P4B A; 3FEC A; 3KHX A; 3KGQ A; 3GB0 A; 4OKO A; 4UEE A; 4P4D A; 2DEA A; 3PBE A; 5LRJ A; 4WJB A; 3CDX A; 3S9M A; 1FNO A; 2CIJ A; 1LOK A; 7CPA A; 2GLJ A; 3H8G A; 3V7Z A; 3DLJ A; 1GYT A; 4R8F A; 3IEH A; 4ZX8 A; 1ELM P; 1PCA A; 3B35 A; 4OIW A; 1LAN A; 4ZYQ A; 4NJQ A; 4MCQ A; 2AFO A; 1HDQ A; 3D7D A; 3B3S A; 1CP6 A; 3H8F A; 2I3C A; 1Y0Y A; 2XEI A; 2GRE A; 3JRU A; 1CBX A; 1ELL P; 1BPN A; 4A38 A; 4P44 A; 2ZEH A; 3FF3 A; 1YSJ A; 3SJE A; 2PJ4 A; 4R76 A; 4DJL A; 3FVL A; 1AYE A; 5HVF A; 1FT7 A; 2CTB A; 2PIZ A; 4NGP A; 2PJA A; 3WC6 A; 1KWM A; 3RZA A; 2EWB A; 1DE4 C; 1YLO A; 3FH4 A; 5LYD A; 4KSI A; 3SI2 A; 4ZY1 A; 4MCP A; 1ZG9 A; 1QMU A; 4X3R A; 3RAM A; 2PCU A; 1CX8 A; 1LFW A; 3PB7 X; 3B7I A; 5CBM A; 2G9D A; 3VAT A; 3IJ3 A; 5THW A; 2QJ8 A; 2V8G A; 1TKF A; 3BXM A; 4MXU A; 1TF9 A; 2PRQ A; 1CG2 A; 4OC1 A; 5LRK A; 3KL9 A; 1PYT B; 4PQA A; 1H8L A; 2WZN A; 4FWU A; 3KQZ A; 2PIY A; 1Z2L A; 2PJ5 A; 2ABZ A; 4MHN A; 4FAI A; 1BLL E; 1OBR A; 4WWV A; 3NH4 A; 2HC9 A; 3ISZ A; 1F2O A; 2VL1 A; 3H8E A; 1HEE A; 3KZW A; 5I4M A; 1BAV A; 1VGY A; 3PB4 X; 3BHX A; 3SJG A; 4MRI A; 4ZX9 A; 2ZEM A; 4EWT A; 5JGF A; 1IY7 A; 4UIA A; 2CF4 A; 4A37 A; 2ZEN A; 2PJ8 A; 4B6Z A; 4BD9 A; 2V8V A; 4EFD A; 4EME A; 3GLJ A; 4JYW A; 4JZ0 A; 4PXB A; 2PJ9 A; 4P4J A; 4IHM A; 1TKH A; 4OC2 A; 4H2K A; 4G1P A; 4PXE A; 4AXV A; 2ZEG A; 2IQ6 A; 3D4U A; 2ZOF A; 2PJC A; 3CPA A; 2AFS A; 5J1Q A; 1R3N A; 1XRY A; 1TXR A; 2GLF A; 3VAR A; 1XMB A; 4F9V A; 2AFM A; 2ZEF A; 3PB6 X; 4RUH A; 1Z8L A; 3IIB A; 4ZY2 A; 4TWE A; 1Q7L A; 4LQG A; 4X8I A; 1NSA A; 4PXC A; 3TX8 A; 3S9N A; 3NFZ A; 2Q51 A; 2PJ3 A; 3KAS A; 3NA6 A; 4YWY A; 3V38 A; 4A39 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3D7G A; 3D8P A; 3FIX A; 4OC3 A; 3FJU A; 4CRZ B; 3KR5 A; 4FBE A; 3FX6 A; 4NGR A; 3GUX A; 3G8W A; 5H84 A; 3HUV A; 4UEF A; 4KOX A; 5LYI A; 4R87 A; 2C1C A; 5IX3 A; 1OZP A; 2EK9 A; 4HNX B; 4MFL A; 2XEF A; 4KLV A; 4CYN A; 3KHZ A; 3PP9 A; 4CAX A; 2BOA A; 1M44 A; 1QSO A; 2VEZ A; 4RN7 A; 4W9Y A; 5HVG A; 3TE4 A; 4CAV A; 4IK2 A; 4OID A; 2JLM A; 4PK2 A; 4MHP A; 1VHE A; 2AFZ A; 4M6H A; 4KSF A; 1XBU A; 5F46 A; 6CPA A; 4B5P B; 4P4E A; 4OAD A; 2V77 A; 2VQY A; 4TNU A; 1PU9 A; 2FIW A; 2X7B A; 3FNC A; 4NGS A; 5EBV A; 3VH9 A; 3DNS A; 3FMC A; 2P0W A; 2V8D A; 1TF8 A; 1ZO0 A; 2PE3 A; 4R3L A; 3S9L A; 3W91 A; 3ISX A; 2GU2 A; 4UFW A; 3LAC A; 4K3N A; 1IU8 A; 4NGN A; 3BJ8 A; 1LCP A; 1XFO A; 2PDO A; 1F2P A; 2POK A; 2NYQ A; 1MJB A; 2B4B A; 4P45 A; 4E8O A; 5KTA A; 4KZT A; 4LQ6 A; 3KR4 A; 4AG7 A; 3D67 A; 3E0K A; 4UIB A; 3CPX A; 2FS5 A; 2J8N A; 2IMO A; 3RNZ A; 5JPH A; 1AMP A; 2PJ7 A; 3F0A A; 1KZF A; 2WUU A; 4P10 A; 4R7M A; 3I1U A; 1Y7R A; 5BWA B; 4MMO A; 2C6P A; 2F8H A; 3PFO A; 5LYF A; 2JDD A; 2JBK A; 2XEJ A; 3K2K A; 2VXK A; 4CS0 B; 4PXD A; 3JTK A; 5DS0 A; 3TFY A; 3CXQ A; 4CYO A; 2Q4Z A; 1LAM A; 4FD7 A; 4PV6 A; 4F9U A; 1YQE A; 2Z3O A; 3HLP A; 3D2M A; 4OC4 A; 3V8I A; 1JWQ A; 4PSW A; 3DGV A; 4X2T A; 4EVY A; 3B3T A; 5G22 A; 2ARH A; 2BCO A; 4CGL A; 1B6B A; 4Q38 A; 1YLE A; 4KS9 A; 5G20 A; 2CTC A; 3WC5 A; 1YVO A; 2AFW A; 2ZEE A; 3B3V A; 2O4H A; 3EFA A; 3QB8 A; 1M4G A; 4OME A; 5F09 A; 4P6Y A; 4A31 A; 3FED A; 1ZG8 A; 3JVN A; 4UEZ A; 4A33 A; 3RO0 A; 4JD6 A; 1LRZ A; 2JEW A; 2QML A; 3DR6 A; 3D7H A; 3PB9 X; 1YW6 A; 2ZW6 A; 3ZJ0 A; 1P4N A; 2FE7 A; 5F48 A; 1S3Z A; 8CPA A; 4YRH A; 4PK3 A; 2Q4V A; 3R9F A; 1S7L A; 3NE8 A; 4M85 A; 3W6X A; 4CPA A; 1CPX A; 4OC5 A; 5CPA A; 4B12 A; 4MFK A; 2FIA A; 2O28 A; 5DWM A; 2NSM A; 1MJA A; 1LAP A; 3W6S A; 4AB7 A; 3B2Y A; 4E0A A; 4XNH C; 1L0C A; 5IB0 A; 3IC1 A; 5AG5 A; 4KOT A; 3IGR A; 3L2N A; 4Q7A A; 5LRG A; 3S6K A; 1KUV A; 4MFZ A; 5AG7 A; 1JQG A; 3IO1 A; 4U5Y A; 3DR8 A; 2OR4 A; 3RBU A; 4RS2 A; 1ZLH A; 4UA3 A; 3T8W A; 2CY2 A; 3KI9 A; 4C2Y A; 1HDU A; 4O23 A; 1BOB A; 1NE9 A; 1XF8 A; 2DPS A; 4FD6 A; 3EC4 A; 1BPM A; 4PSX A; 4PPZ A; 4UCM A; 2K5T A; 2B58 A; 3WT4 A; 2J8R A; 2R7H A; 4YU9 A; 4M6I A; 4FD4 A; 2JEV A; 4P4F A; 4ONW A; 4MHZ A; 2WSA A; 1N71 A; 2Q4Y A; 2V8H A; 3D2P A; 3KKW A; 4BIN A; 2B3V A; 2QVP A; 3NH8 A; 4XPK A; 3WAB A; 2FVG A; 3SJF A; 4B10 A; 1Y0R A; 3PB8 X; 1RTQ A; 4QUS A; 1F57 A; 4UCN A; 2ZEP A; 2YNE A; 2BEI A; 2F7V A; 1QQ9 A; 3DSB A; 4L8A A; 2GIV A; 2PQ8 A; 4NFR A; 3G3S A; 4JWP A; 4NJR A; 4U9Z A; 4AVA A; 3MGD A; 3PFE A; 4JXR A; 2JBJ A; 1IB1 E; 1P0H A; 1VIX A; 3LMS A; 2PVV A; 2Z10 A; 3BI1 A; 4HNY B; 4MJ8 A; 4C2Z A; 2CNS A; 2EK8 A; 2I79 A; 5C88 A; 1Z8T A; 1Z5R A; 3B8G A; 5F47 A; 2C6G A; 2YNC A; 3IWW A; 2VZY A; 2ZED A; 3CT9 A; 3MN8 A; 5KTC A; 5K8N A; 2J9A A; 2NMT A; 3IU2 A; 1UWY A; 2OOT A; 5K8P A; 3MRU A; 2OH1 A; 2J8M A; 5G1Z A; 1ZG7 A; 2O53 A; 3KQX A; 4LX9 A; 3BJ7 A; 1M4L A; 1MJ9 A; 2P6G A; 3LWU A; 4MHY A; 4MCS A; 2Z3N A; 5AGE A; 3VWE A; 2A4N A; 4UWJ A; 4CAE A; 1M1D A; 4CGN A; 1Y7E A; 4JLY A; 3IWG A; 4P4I A; 1PUA A; 3FEE A; 4U9Y A; 1YME A; 4ZY0 A; 4IAV A; 3EO4 A; 1CPS A; 4MCR A; 5JH9 A; 3LOD A; 4R6T A; 3T9Y A; 5IB9 A; 2Q43 A; 2RB7 A; 3S6G A; 4Z65 A; 2AFU A; 2ANP A; 2IJZ A; 1ARL A; 2YNC C; 2FXF A; 4ZI6 A; 4KVO E; 5G21 A; 3IFE A; 3WR7 A; 2BO9 A; 4UBR A; 4ONU A; 2QIR A; 4KUA A; 2DPT A; 4E2A A; 3R9E A; 1IYK A; 1YR0 A; 1IGB A; 2D4P A; 5ELY A; 3PBB A; 4H6Z A; 3QNV A; 5D8N A; 3P2F A; 4NGQ A; 1TKJ A; 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2ZEL A; 4MI4 A; 1XMT A; 2ZOG A; 4KOW A; 2ZXV A; 3PEI A; 4CGM A; 5C82 A; 3I3G A; 2BL1 A; 3SHP A; 3SI1 A; 4X5K A; 4R9M A; 4AVB A; 4P4B A; 3FEC A; 3KHX A; 3KGQ A; 3GB0 A; 4HKF A; 4F0Y A; 2AE6 A; 2FCK A; 3N7Z A; 4OKO A; 4UEE A; 4P4D A; 3QAY A; 2DEA A; 3PBE A; 5LRJ A; 5IV0 A; 4KUB A; 3SXN A; 1QST A; 2VI7 A; 1Z8W A; 1YK3 A; 4DJL A; 4MBU A; 4IUS A; 4WJB A; 3CDX A; 3S9M A; 1FNO A; 2CIJ A; 3S6H A; 5A28 A; 1LOK A; 4C68 A; 7CPA A; 2GLJ A; 3H8G A; 3V7Z A; 4MFQ A; 3DLJ A; 1GYT A; 2EBJ A; 4R8F A; 3IEH A; 4ZX8 A; 1ELM P; 1PCA A; 3B35 A; 1IYL A; 4OIW A; 4K30 A; 1LAN A; 1YX0 A; 4ZYQ A; 4NJQ A; 4II9 A; 4MCQ A; 2FL4 A; 2AFO A; 3OWC A; 3K9U A; 1HDQ A; 3R1K A; 3D7D A; 3TT2 A; 3B3S A; 1CP6 A; 3H8F A; 2I3C A; 1Y0Y A; 3SXO A; 2BUE A; 3TOB A; 2XEI A; 4B11 A; 2GRE A; 1IOF A; 2H5M A; 2PR1 A; 3JRU A; 2DXQ A; 1CBX A; 4KOY A; 1ELL P; 3JUW A; 1BPN A; 4HPS A; 4CRY B; 3DDD A; 4A38 A; 4P44 A; 2ZEH A; 1R57 A; 3FF3 A; 4NXY A; 1YSJ A; 4Y49 C; 3GY9 A; 2IL4 A; 2PJ4 A; 1Y9K A; 3FVL A; 1AYE A; 4R76 A; 4RI1 A; 4XPD C; 3SJE A; 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