The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
155
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sequence length |
570
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structure length |
474
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Chain Sequence |
YVDKKAREYAQDALKFIQRSGSNFLACKNLKERLENNGFINLSEGETWNLNKNEGYVLCKENRNICGFFVGKNFNIDTGSILISIGHIDSCALKISPNNNVIKKKIHQINVECYGSGLWHTWFDRSLGLSGQVLYKKGNKLVEKLIQINKSVLFLPSLAIHLQNRFSVKINYENHIKPIISTTLFNQLNKCKINTDNSYPLLYLLSKELNCKEEDILDFELCLMDTQEPCFTGVYEEFIEGARFDNLLGSFCVFEGFIELVNSIKNHNDNIHNNLYISIGYDHEEIGSLSEVGARSYCTKNFIDRIISSVFKKEIHEKNLSVQEIYGNLVNRSFILNVDMAHCSHPNYPETVQDNHQLFFHEGIAIKYNTNKNYVTSPLHASLIKRTFELYYNKYKQQIKYQNFMVKNDTPCGSTVGSMVAANLSMPGIDIGIPQLAMHSIREIAAVHDVFFLIKGVFAFYTYYNQVLSTCVHD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
M18 aspartyl aminopeptidase
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| publication title |
X-ray crystal structure and specificity of the Plasmodium falciparum malaria aminopeptidase PfM18AAP.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Plasmodium falciparum 3d7
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| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
155
|
| structure length |
474
|
| sequence length |
570
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
3.4.11.21: Aspartyl aminopeptidase. |
| pdb deposition date | 2012-04-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02127 | Peptidase_M18 | Aminopeptidase I zinc metalloprotease (M18) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Aminopeptidase i, Domain 2 | Aminopeptidase i, Domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1CX8 A; 7CPA A; 3FED A; 3PB9 X; 1TKH A; 6CPA A; 4ZI6 A; 4NGS A; 3FVL A; 2ZEL A; 1F2P A; 4OC0 A; 4A38 A; 2ZEP A; 4F9U A; 1CPS A; 3RZA A; 4X3R A; 3D66 A; 2AFM A; 1NSA A; 3H8F A; 2ZEF A; 3TX8 A; 3CPA A; 4OME A; 3HLP A; 2Q4Z A; 3PFE A; 4MCP A; 5D8N A; 1IGB A; 3T8W A; 3KAS A; 4BD9 A; 2V8V A; 2ZEO A; 4MMO A; 2ZOF A; 2AFS A; 4NFR A; 1TKF A; 3KGQ A; 2IQ6 A; 5LRK A; 4X2T A; 3ISZ A; 4CPA A; 5K8N A; 1LCP A; 4Z65 A; 4WWV A; 2CIJ A; 4PPZ A; 4WJB A; 1ARM A; 1AYE A; 1HEE A; 2V8G A; 5CBM A; 1YLO A; 4NGR A; 5K8O A; 2PIY A; 2ZEN A; 3V38 A; 1UWY A; 2PJ2 A; 2PCU A; 3TC8 A; 4UEE A; 4MHY A; 3FEC A; 3LMS A; 1LAM A; 3IO1 A; 2PVV A; 3FMC A; 1R3N A; 2XEG A; 3PBE A; 3GLJ A; 1ZG9 A; 4A37 A; 4YWY A; 3PBB A; 4NJQ A; 2ZEE A; 3SJX A; 1ELM P; 2QYV A; 3H8G A; 4EWT A; 1H8L A; 3ISX A; 4IK2 A; 4P4I A; 2AFZ A; 2DEA A; 3D4U A; 4KSI A; 2V8H A; 3IWW A; 1OBR A; 4OC1 A; 4PXE A; 5LYD A; 1DTD A; 4AXV A; 4P4J A; 4R8F A; 4NGN A; 3S9M A; 4OID A; 2EWB A; 1ZG7 A; 2PJ8 A; 2PJ1 A; 1VHO A; 3NH8 A; 3BI1 A; 4R7M A; 5JH9 A; 2ZOG A; 1TF8 A; 5K8M A; 5LRJ A; 1HDQ A; 1TKJ A; 4UIB A; 1BLL E; 3WT4 A; 3PB7 X; 2PRQ A; 4O23 A; 4A39 A; 5F09 A; 4ZYQ A; 2ZED A; 4R6T A; 4MCS A; 1VGY A; 2C6C A; 1FT7 A; 4UF4 A; 4UIA A; 1XMB A; 2PIZ A; 1ZLH A; 3KQX A; 1ZG8 A; 2VL1 A; 5K8P A; 4ZX9 A; 2C1C A; 3S9L A; 2I3C A; 5JM6 A; 1QMU A; 2FVG A; 2GLJ A; 1FNO A; 4MCQ A; 1YME A; 2POK A; 4FWU A; 2HB6 A; 1XRY A; 3KI9 A; 4ZY1 A; 1Y0R A; 3CT9 A; 3PB4 X; 1Y7E A; 1PYT B; 4PXD A; 2AFX A; 3IIB A; 1CG2 A; 4OP4 A; 1Y0Y A; 4MRI A; 1RTQ A; 1VHE A; 2BO9 A; 2HC9 A; 4YU9 A; 1JQG A; 3NFZ A; 4F8Z A; 3B2Y A; 3MRU A; 1Z2L A; 2PJ0 A; 3NH4 A; 3RAM A; 3VAR A; 2JBK A; 2PJ5 A; 3RBU A; 1F2O A; 2EK9 A; 4ONW A; 2GRE A; 1QQ9 A; 3B3C A; 2PJ3 A; 2PJ9 A; 3WC5 A; 1Z8L A; 2CF4 A; 2PJC A; 2BOA A; 3PFO A; 4MCR A; 4PXC A; 1CBX A; 4UEZ A; 3KZW A; 4MHZ A; 1AMP A; 4TWE A; 3DLJ A; 1ARL A; 2ZEH A; 4DJL A; 5LYL A; 3N5F A; 3PEI A; 4TNU A; 4JZ0 A; 3CDX A; 4OC3 A; 1Z5R A; 2J9A A; 3IC1 A; 1CP6 A; 3SI2 A; 2QVP A; 3BXM A; 3IFE A; 4PXB A; 2G9D A; 3D7G A; 2O53 A; 4P4E A; 4MHP A; 5LYF A; 2AFO A; 2Q51 A; 4MHN A; 3SJG A; 3NA6 A; 1LAN A; 3DGV A; 1KWM A; 2PJ7 A; 3FH4 A; 1TXR A; 3FEE A; 4P44 A; 4ZY0 A; 2C6G A; 2RB7 A; 1ZLI A; 1BPN A; 5HVG A; 5HXD A; 1CPX A; 2AFU A; 1DE4 C; 2IJZ A; 4IAV A; 5I4M A; 4P6Y A; 2XEI A; 3IEH A; 5J1Q A; 2GU2 A; 1PCA A; 4OC5 A; 3LWU A; 2F8H A; 4ZX8 A; 2AFW A; 2PVW A; 4F9V A; 4RUH A; 3KHX A; 1LOK A; 2OR4 A; 3SI0 A; 4FAI A; 3SJE A; 3WC7 A; 1LAP A; 3B3S A; 1GYT A; 2ZEM A; 2ABZ A; 1Q7L A; 5DS0 A; 4FUU A; 4NGP A; 3SI1 A; 4EME A; 2IMO A; 2CTC A; 4G1P A; 3V7Z A; 1YW4 A; 3JRU A; 1YW6 A; 3D7D A; 4X8I A; 3FX6 A; 3B7I A; 4K3N A; 4Q7A A; 4NGM A; 1BPM A; 4R76 A; 3D67 A; 2PJ6 A; 2OOT A; 2XEF A; 2V8D A; 2PJ4 A; 3S9N A; 3K2K A; 1M4L A; 4OC4 A; 4OIW A; 4B6Z A; 4OC2 A; 2QJ8 A; 4EFD A; 3H8E A; 3FJU A; 2PJB A; 3VH9 A; 1YSJ A; 3VAT A; 3KR4 A; 2RFH A; 4NJR A; 3BI0 A; 3KL9 A; 3PB8 X; 3B3V A; 3NH5 A; 1F57 A; 2V77 A; 4FBE A; 2O4H A; 4P4D A; 4JYW A; 4NGT A; 2EK8 A; 3GB0 A; 3HUV A; 2NYQ A; 2CTB A; 2WYR A; 1BAV A; 3L2N A; 5JGF A; 2ANP A; 1TF9 A; 4LQG A; 4ZY2 A; 4PQA A; 5HVH A; 3I1U A; 1CP7 A; 2GLF A; 3B3W A; 4GM5 A; 3QNV A; 3K9T A; 4P4B A; 8CPA A; 4UEF A; 2JEW A; 5D29 A; 2ZEG A; 4A94 A; 5IB9 A; 1HDU A; 3KR5 A; 3B35 A; 4IHM A; 3CPX A; 3IJ3 A; 5THW A; 1XFO A; 3PB6 X; 3KQZ A; 4NGQ A; 5LYI A; 4W9Y A; 2NSM A; 3D7F A; 3GUX A; 2WZN A; 3WC6 A; 1VIX A; 2JBJ A; 3KHZ A; 2C6P A; 4H2K A; 4MXU A; 3MN8 A; 1LFW A; 1R43 A; 3FF3 A; 4P45 A; 5CPA A; 5LRG A; 4P4F A; 1IY7 A; 3SJF A; 1EE3 P; 3PRT A; 2BCO A; 2F7V A; 2Q43 A; 2PJA A; 5ELY A; 1ELL P; 1XBU A; 1XJO A; 4P10 A; 4DYO A; 3BHX A; 5HVF A; 3D7H A; 3WAB A; 2PE3 A; 3B3T A; 4DUK A; 2XEJ A; 4OKO A; 3D68 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3R9G A; 4XPD B; 1I12 A; 4KVX A; 1CX8 A; 3CXP A; 4AG9 A; 4OAD A; 1K4J A; 5G22 A; 3S6G A; 4A95 A; 4KOW A; 4PSX A; 1NMT A; 7CPA A; 3FED A; 4H89 A; 3PB9 X; 1TKH A; 6CPA A; 3DR6 A; 4ZI6 A; 1PU9 A; 2FSR A; 2B3U A; 3IGR A; 3LOD A; 4NGS A; 3FVL A; 2ZEL A; 1OZP A; 2BSW A; 1F2P A; 4OC0 A; 1QSN A; 2P6G A; 4A38 A; 2ZEP A; 1R57 A; 4ORF A; 4F9U A; 2Z3L A; 2OZH A; 4FD6 A; 3FRM A; 1XMT A; 1CPS A; 2EVN A; 3RZA A; 5AGE A; 4X3R A; 3D66 A; 4YGO A; 3W6X A; 2AFM A; 1NSA A; 2BEI A; 4KOS A; 3H8F A; 3T9Y A; 2ZEF A; 4A31 A; 3TX8 A; 3CPA A; 4OME A; 3HLP A; 2Q4Z A; 2G0B A; 3PFE A; 4KZT A; 4MCP A; 2B4B A; 5D8N A; 1IGB A; 5F48 A; 3T8W A; 4A33 A; 3KAS A; 4BD9 A; 2V8V A; 2ZEO A; 3TO6 A; 4MMO A; 3LD2 A; 3UY5 A; 2ZOF A; 4CRY B; 2AFS A; 1XOV A; 2B58 A; 1TKF A; 3KGQ A; 4NFR A; 4B10 A; 2IQ6 A; 1J4J A; 2VBQ A; 5LRK A; 2EUI A; 3JVN A; 2NMT A; 3I9S A; 4X2T A; 1Z8X A; 1IID A; 2CNM A; 4U9Y A; 2Q4Y A; 1YK3 A; 2REF A; 3ISZ A; 4QB9 A; 4CPA A; 4J3G A; 5K8N A; 1LCP A; 1MJB A; 1AUG A; 4Z65 A; 1BOB A; 4MI4 A; 4X5K A; 2OU2 A; 4WWV A; 2CIJ A; 4PPZ A; 5DWN A; 4WJB A; 1ARM A; 1FY7 A; 2X7B A; 1AYE A; 3GKR A; 4YRH A; 1HEE A; 3EXN A; 2PC1 A; 2V8G A; 4MFP A; 5CBM A; 2ZPA A; 4UFV A; 4PK2 A; 1YVK A; 1YLO A; 2PR1 A; 2GE3 A; 4NGR A; 5K8O A; 2DPS A; 1PUA A; 4NCZ A; 2PIY A; 2ZEN A; 3V38 A; 2Q0Y A; 4CAE A; 1UWY A; 4F0X A; 1QSM A; 2PJ2 A; 2PCU A; 3NE7 A; 3TC8 A; 2KCW A; 4UEE A; 1GHE A; 4MHY A; 3FEC A; 1Z9U A; 3LMS A; 1LAM A; 4QVT A; 4B5P B; 4R57 A; 5HH1 A; 3F8K A; 4FD4 A; 3DSB A; 4KS9 A; 3IO1 A; 1YRE A; 1M4I A; 1UFH A; 2D4P A; 2PVV A; 2QIR A; 3FMC A; 1R3N A; 4ZBG A; 2XEG A; 3PBE A; 3GLJ A; 1ZG9 A; 2Z11 A; 4A37 A; 5C88 A; 3EY5 A; 1TIQ A; 4JD6 A; 1CM0 A; 3K9U A; 3PBB A; 2VI7 A; 4YWY A; 4NJQ A; 2ZEE A; 3ZZI A; 1A2Z A; 3SJX A; 4HPS A; 1ELM P; 2QYV A; 3H8G A; 4CGM A; 4EWT A; 1H8L A; 1Z8T A; 2H5M A; 3ISX A; 2DEA A; 1IU8 A; 2AFZ A; 3D4U A; 4IK2 A; 4P4I A; 4UA3 A; 4KSI A; 5IB0 A; 1IIC A; 2V8H A; 5H86 A; 3IWW A; 4XNH B; 4DNC A; 5FVJ A; 1OBR A; 4OC1 A; 4PXE A; 5LYD A; 2RC4 A; 4E8O A; 1DTD A; 2FCK A; 4ONU A; 4AVB A; 2CNT A; 4P4J A; 1IB1 E; 2CNS A; 4AXV A; 2P0W A; 3ZJ0 A; 4R8F A; 4NGN A; 4KOY A; 1ZO0 A; 3S9M A; 4OID A; 2Z3M A; 4KOV A; 2EWB A; 3RNZ A; 3BLN A; 5A28 A; 3D2M A; 1ZG7 A; 2DF5 A; 3GY9 A; 2PJ8 A; 4NEX A; 4UWI A; 4RN7 A; 5CNP A; 2PJ1 A; 3CXS A; 3R1K A; 1YR0 A; 1VHO A; 2AE6 A; 3NH8 A; 3BI1 A; 2R7H A; 4M3S A; 4R7M A; 3EFA A; 5JH9 A; 2FXF A; 2WPX A; 2ZOG A; 3JUW A; 1X10 A; 1TF8 A; 5K8M A; 2YNE A; 2FT0 A; 4JXR A; 5LRJ A; 1HDQ A; 1TKJ A; 4UIB A; 1BLL E; 2J8M A; 3WT4 A; 3IU2 A; 2DXQ A; 2PRQ A; 3PB7 X; 4O23 A; 4A39 A; 5F09 A; 4ZYQ A; 2ZED A; 4R6T A; 1B87 A; 4MCS A; 1VGY A; 4R87 A; 1XF8 A; 2Q7B A; 5DWM A; 2C6C A; 1S7N A; 1FT7 A; 4UF4 A; 3TO9 A; 4UIA A; 1XMB A; 4CGL A; 4U5Y A; 4F6A A; 2PIZ A; 1ZLH A; 4MFQ A; 3KQX A; 1ZG8 A; 2VL1 A; 5K8P A; 4ZX9 A; 2C1C A; 2PSW A; 3S9L A; 2GFQ A; 2I3C A; 5J8F A; 5JM6 A; 5EC4 A; 1QMU A; 2FVG A; 2GLJ A; 3FIX A; 1FNO A; 4BMH A; 4MCQ A; 1B6B A; 4JJX A; 1YME A; 2POK A; 4FWU A; 2HB6 A; 1RO5 A; 1XRY A; 1V0C A; 3KI9 A; 1CJW A; 1YQE A; 4UBR A; 4ZY1 A; 4BBH A; 1IOI A; 1Y0R A; 3CT9 A; 3PB4 X; 1NE9 A; 1VHS A; 1Y7E A; 3PGP A; 1PYT B; 4PXD A; 2Z3K A; 2AFX A; 2K5T A; 3IIB A; 1CG2 A; 3E0K A; 3GYA A; 4CAF A; 4OP4 A; 2R1I A; 1Y0Y A; 4JWP A; 3P2H A; 4UCP A; 4MRI A; 1RTQ A; 2FE7 A; 2IL4 A; 1VHE A; 1Y9W A; 2BO9 A; 2HC9 A; 3FBU A; 4RS2 A; 5AG4 A; 1S7F A; 1SQH A; 4YU9 A; 1JQG A; 3NFZ A; 2G3T A; 2FS5 A; 2VQY A; 3N7Z A; 3F5B A; 1M1D A; 4MY3 A; 4F8Z A; 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