The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
79
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sequence length |
207
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structure length |
207
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Chain Sequence |
TDTYPNIEALENAETVGVAYNIEVKRQNPSMIYFSPHAGGIEVGTTELIYRVVELTGGSLYLFQGLLPSGNSRLHVTSTHFDEPMAVCMLSKHTDAVSFHGYKDDYNKNTLVGGLNTELRNLIVSKLNSKGIAAEVATDRFTATDPDNIVNRCASGKGVQLEISSAQRRAFFQNNDWSKANRGNVTQEFLDYAEAIKEAEAEYYGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Poly-gamma-glutamate hydrolase
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| publication title |
Crystal structure of bacteriophage PhiNIT1 zinc peptidase PghP that hydrolyzes gamma-glutamyl linkage of bacterial poly-gamma-glutamate
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Bacillus phage phinit1
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| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
79
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| structure length |
207
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| sequence length |
207
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-10-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05908 | Gamma_PGA_hydro | Poly-gamma-glutamate hydrolase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Aminopeptidase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3A9L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3IIB A; 1Z8L A; 3NH5 A; 4AVA A; 1QMU A; 5D29 A; 2AFX A; 1QSN A; 4UA3 A; 4UFV A; 2Q7B A; 4UFW A; 5J8C A; 3IEH A; 4L89 A; 5AGE A; 3EC4 A; 4ONW A; 4TWE A; 1MJ9 A; 5HXD A; 4A94 A; 4KOV A; 2ZEM A; 2R8V A; 5THW A; 4MHD A; 1LCP A; 2Z3O A; 1M4I A; 3NFZ A; 4NFR A; 2EK9 A; 5K8P A; 4OC5 A; 1IOF A; 1IGB A; 5JQ4 A; 1PCA A; 3IFE A; 1SQH A; 4MFZ A; 4U9Y A; 3QAY A; 3KQX A; 2C6C A; 1KUX A; 4CAE A; 1IIC A; 1R3N A; 3B3T A; 3DGV A; 1BPM A; 1Z8W A; 4MFL A; 4AG7 A; 2CTC A; 2FIW A; 3LWU A; 4OC3 A; 4P4F A; 4X8I A; 2ZOF A; 4R7M A; 3MRU A; 4MY0 A; 2OZG A; 2DPS A; 3S6H A; 2I3C A; 3S9L A; 4Y49 B; 3TX8 A; 2AJ6 A; 4A95 A; 3MN8 A; 2Q43 A; 2FXF A; 4O23 A; 1WK4 A; 2Y0M A; 3N7Z A; 3SI1 A; 3H8E A; 2PJ1 A; 3VWE A; 4B14 A; 1BPN A; 3DR8 A; 3S9M A; 2P0W A; 4J3G A; 2BO9 A; 3DSB A; 3H8G A; 3FH4 A; 5HVF A; 1KUV A; 2FT0 A; 4C68 A; 2CXA A; 5F48 A; 1IY7 A; 2FIA A; 2WYR A; 1XE4 A; 4KUA A; 1IOI A; 3NA6 A; 1S3Z A; 4C2X A; 1YW4 A; 3FXT A; 1YW6 A; 2GLJ A; 3V7Z A; 4CGP A; 6CPA A; 5K8O A; 1NSA A; 1S7F A; 3TOA A; 1CBX A; 4CAW A; 1JWQ A; 3LD2 A; 1QQ9 A; 4ZX8 A; 1S60 A; 3FB3 A; 4ZX9 A; 4HNY B; 3SJG A; 4MMO A; 5LYF A; 3KI9 A; 3ZZI A; 2ZEF A; 5ISV A; 1X10 A; 4P4D A; 1M4G A; 2V8H A; 1M44 A; 4FBE A; 1YR0 A; 3FIX A; 3GIU A; 3S6F A; 3RNZ A; 3W6S A; 4KOU A; 2KCW A; 3FED A; 3PBB A; 1ZLI A; 3BHX A; 4H6U A; 2J8M A; 4NGN A; 5F47 A; 4IAV A; 2Q0Y A; 4OC0 A; 2EUI A; 4B5P A; 3IWG A; 1RXT A; 3LMS A; 4MHN A; 3D7H A; 4XNH B; 5KTD A; 1TF9 A; 2PJ2 A; 2V8D A; 4MCP A; 4CYO A; 4RS2 A; 3S9N A; 2PJ4 A; 2P6F A; 1B6B A; 4YU9 A; 1MK4 A; 2PQ8 A; 4UF4 A; 4KSF A; 3NE8 A; 4P4E A; 3JUW A; 4LUA A; 4QVT A; 2PVV A; 4EME A; 5G22 A; 3PP9 A; 4X5K A; 4P44 A; 1OZP A; 5AG6 A; 2Q04 A; 4OME A; 4PSW A; 5EMI A; 4HNX B; 2V77 A; 4MHY A; 2Z10 A; 3KL9 A; 2RB7 A; 4FD4 A; 2FE7 A; 4NJR A; 2Z3L A; 3R95 A; 3FX6 A; 1BO4 A; 4CAF A; 4PXC A; 4CGO A; 3SI0 A; 2WSA A; 1ARM A; 4P10 A; 5D8N A; 3SJX A; 2HUZ A; 2G9D A; 5F09 A; 3D3S A; 4UEZ A; 3KHZ A; 1Q2D A; 1PUA A; 2B5G A; 1WWZ A; 4ZYQ A; 3LOD A; 3I1U A; 4NJQ A; 4EWT A; 2B3U A; 2RFH A; 3GY9 A; 1RTQ A; 3D67 A; 4C7H A; 1NE9 A; 2B3V A; 4GS4 A; 4CGN A; 3F5B A; 2O28 A; 2R1I A; 1QSM A; 3FYN A; 4JLY A; 3DNS A; 5LYL A; 2G3A A; 2YNC A; 4FUU A; 3WC6 A; 4XPD C; 3TO7 A; 3D4U A; 5AG7 A; 1P0H A; 2YND A; 3FMC A; 4LQ6 A; 1XFO A; 2OR4 A; 2X7B A; 4HKF A; 1EE3 P; 2EK8 A; 2AFS A; 2J8R A; 4ZI6 A; 1M4L A; 2QIR A; 4C7I A; 3ISZ A; 1ZO0 A; 3PGP A; 3WC7 A; 3WAB A; 2NYQ A; 3H5Z A; 3CXP A; 3CZX A; 1ZG9 A; 3R9E A; 3JTK A; 4HPS A; 1PYT B; 3D2P A; 4QC6 A; 3R9F A; 4IHM A; 1A2Z A; 2ANP A; 3B3S A; 4KLV A; 4UWJ A; 3R96 A; 5A27 A; 2QVP A; 4E2A A; 2VL1 A; 5CPA A; 3D66 A; 2B58 A; 1YRE A; 1Q2Y A; 4AG9 A; 4CS0 B; 1ELL P; 4M6H A; 3KR5 A; 3KZW A; 1XBU A; 4NGS A; 4JZ0 A; 3PFE A; 4OC2 A; 4CPA A; 4KOS A; 2PE3 A; 4KSI A; 1YLO A; 3FVL A; 2ZEL A; 1PU9 A; 3HLP A; 3WR7 A; 4UIB A; 2C6G A; 2PJ5 A; 5DWM A; 2CF4 A; 3FRM A; 2ZEG A; 2ODF A; 2VQY A; 3SXN A; 2AFW A; 4JD6 A; 2PJC A; 5A28 A; 1YVO A; 5IB0 A; 2GLF A; 4B10 A; 2JEW A; 4A31 A; 1XMB A; 4IF5 A; 3B3W A; 4KLW A; 2YNE A; 3TC8 A; 3PB7 X; 3KHX A; 4KS9 A; 1ZG8 A; 2CNT A; 1GYT A; 4DJL A; 1CPX A; 1TKH A; 1P4N A; 2Q4Y A; 5I0C A; 1XEB A; 2Q51 A; 1ZLH A; 2PRB A; 3K2K A; 4PSX A; 4UWI A; 2R98 A; 4B11 A; 4R3L A; 3VH9 A; 2C6P A; 4BMH A; 1IYL A; 1BLL E; 3NE7 A; 1YME A; 2FCK A; 4B5P B; 2GIV A; 2POK A; 2EVN A; 2GAN A; 2OU2 A; 3I3G A; 3G3S A; 2PJ6 A; 2NMT A; 3FF3 A; 4UFX A; 3TO6 A; 2ZW4 A; 1VHO A; 1YVK A; 3VAR A; 2Z3N A; 4DUK A; 4FD6 A; 4R76 A; 4AVB A; 1KWM A; 5ELY A; 1I12 A; 4W9Y A; 4F0X A; 3H4Q A; 3IJ3 A; 3NH4 A; 4MHZ A; 4ZBG A; 2BL1 A; 5FVJ A; 2F7V A; 2YGW A; 4U9Z A; 2AFM A; 5LRG A; 2NSM A; 4I49 A; 4Y49 C; 4A38 A; 4KSA A; 4CAV A; 4KVX A; 4RUH A; 5G20 A; 4B12 A; 3SJF A; 5IX3 A; 4YGO A; 4F8Z A; 4E0A A; 1QSO A; 3V8I A; 4BIN A; 4MBU A; 2ZW6 A; 4E8O A; 2R7H A; 4RI1 A; 4AB7 A; 2B4B A; 3QAH A; 4H89 A; 2WUU A; 4R9M A; 8CPA A; 1CP6 A; 2IQ6 A; 4PXD A; 3F8K A; 3HUV A; 4NF1 A; 3W6X A; 1R57 A; 4BBH A; 2DPT A; 4KZT A; 2ARH A; 2Q44 A; 2PC1 A; 2PDO A; 4KOY A; 4UIA A; 2VI7 A; 3KAS A; 2REE A; 5H84 A; 4Q7A A; 2JEV A; 2PR1 A; 5HVG A; 4M85 A; 4M6I A; 4OC1 A; 4DYO A; 2PVW A; 4CYQ A; 3W91 A; 1TF8 A; 1XMT A; 1FT7 A; 3PEI A; 1NSL A; 2Z3M A; 2D4O A; 2JBK A; 2XEF A; 5DWN A; 2AFU A; 2FL4 A; 4KOX A; 1XIX A; 2HB6 A; 3B35 A; 5EBV A; 1BAV A; 1QSR A; 4CGM A; 3ISX A; 4YWY A; 2PCU A; 4NGM A; 3T90 A; 5KTC A; 4PQA A; 4MJ8 A; 1CP7 A; 2WZN A; 4OKO A; 3BLN A; 4IUS A; 4NGT A; 1RO5 A; 5E96 A; 2GRE A; 5I4M A; 1UFH A; 4XNH C; 3SI2 A; 2CIJ A; 2GU2 A; 4X3R A; 2CTB A; 2ZED A; 3S6G A; 3TE4 A; 2PJA A; 1YLE A; 5K8M A; 2EWB A; 1LAM A; 3IC1 A; 4KVO E; 2QEC A; 3B3V A; 4CRZ B; 4XPL A; 3L2N A; 1X12 A; 1F57 A; 1I21 A; 2VEZ A; 4EVY A; 2ZEO A; 1UWY A; 4H2K A; 2AE6 A; 5IV0 A; 4X2T A; 2OOT A; 2G0B A; 3DR6 A; 4MFP A; 1IID A; 2F5I A; 5AG4 A; 4KOT A; 4LQG A; 3FNC A; 4OP4 A; 1ELM P; 4OID A; 4CAX A; 3KKW A; 2GFQ A; 4MFK A; 1Z4R A; 4ZY1 A; 3D8P A; 1TKJ A; 3E0K A; 4KOR A; 4A2Z A; 2O53 A; 3QNV A; 4OIW A; 2ZEP A; 3BI1 A; 2P6G A; 2ZEE A; 3D2M A; 1VIX A; 2G3T A; 4MCS A; 4F6A A; 4NEX A; 2XEI A; 3DLJ A; 4OAD A; 1F2P A; 4JYW A; 1IU8 A; 4F9U A; 5EC4 A; 4R8F A; 3RO0 A; 4NSQ A; 3K9U A; 1FNO A; 2ZEN A; 3IGR A; 4IK2 A; 2AFO A; 3IU2 A; 2V8G A; 5HH1 A; 4ZGY B; 5BWA B; 2OZU A; 1CPS A; 2DF5 A; 3RYO A; 4TNU A; 1Z4E A; 2IMO A; 2J8N A; 5KTA A; 2FS5 A; 1H8L A; 1AUG A; 1KZF A; 4CYP A; 2FVG A; 5CNP A; 1M4D A; 2HQY A; 4PV6 A; 4R87 A; 4UEE A; 1LAP A; 4UCN A; 4K30 A; 4LX9 A; 2BSW A; 3GKR A; 4M6G A; 4P4J A; 1ON0 A; 2ZPA A; 2DXQ A; 3FEE A; 1S7N A; 2Z11 A; 1DE4 C; 3PBE A; 5LYI A; 3GYA A; 4Q36 A; 4MRI A; 4MFJ A; 1V0C A; 3IU1 A; 2V8V A; 3TO9 A; 4F9V A; 2ZW7 A; 3UY5 A; 5JM6 A; 4QBJ A; 1LAN A; 1S7L A; 4MCQ A; 1ARL A; 3KQZ A; 3R1K A; 1Y7R A; 2P6E A; 2Q4V A; 1TIQ A; 2WPW A; 4CGL A; 4OLL A; 3PB4 X; 1XJO A; 5G21 A; 5K8N A; 4FD7 A; 3S6K A; 4MHP A; 1BOB A; 1Y9W A; 1IYK A; 4M3S A; 4PPZ A; 4UEF A; 5DS0 A; 2D4P A; 3CXQ A; 1AYE A; 2PJ8 A; 3TFY A; 4MI4 A; 3VWD A; 4K3N A; 3PZJ A; 5LRK A; 3I9S A; 1KUY A; 3GUX A; 4P4B A; 4P4I A; 4L8A A; 5JGF A; 4AXV A; 4JXR A; 3PB9 X; 1HEE A; 2AFZ A; 2C27 A; 1CM0 A; 2PJB A; 2PSW A; 1VKC A; 2HC9 A; 4Q38 A; 4UBR A; 1YSJ A; 1AMP A; 3IWE A; 1R43 A; 5HVH A; 5JPH A; 3V38 A; 1S7K A; 3GLJ A; 5C88 A; 3WT4 A; 3F0A A; 1HDU A; 2B4D A; 1ZG7 A; 4G1P A; 4UCP A; 1Y9K A; 1JQG A; 1LRZ A; 1VGY A; 2IL4 A; 2XEG A; 1TXR A; 3PB6 X; 3PFO A; 2PIZ A; 2Z0Z A; 4MXU A; 4CYN A; 3EY5 A; 1Z9U A; 4YFJ A; 1CX8 A; 2EBJ A; 2BOA A; 4MCR A; 1IB1 E; 2OH1 A; 2PJ3 A; 4NCZ A; 4NXY A; 4QUS A; 4CRY B; 4KOW A; 1U6M A; 3IO1 A; 4Z65 A; 4QB9 A; 4H6Z A; 4XPK A; 1GHE A; 2VZZ A; 4NGP A; 1YX0 A; 3CT9 A; 3KR4 A; 2RC4 A; 4NGQ A; 3T8W A; 2PIY A; 3SJE A; 2B5G B; 5F49 A; 5AG5 A; 3FEC A; 3MGD A; 2JLM A; 5F46 A; 4AVC A; 3GB0 A; 3IWW A; 4BD9 A; 2O4H A; 4YRH A; 1NMT A; 3P2F A; 3WC5 A; 1YQE A; 2QML A; 1OBR A; 1YGH A; 2CNM A; 3TCV A; 3CDX A; 2H5M A; 4MY3 A; 5H86 A; 2PJ9 A; 4PXB A; 1I1D A; 2BUE A; 3KGQ A; 5IB9 A; 3VAT A; 1XRY A; 1Z5R A; 3DDD A; 1N71 A; 4R3K A; 4RN7 A; 4HNW B; 4JXQ A; 1Z8T A; 4U5Y A; 4UCM A; 3FJU A; 2QJ8 A; 3G8W A; 2BEI A; 5LYD A; 4OC4 A; 4A37 A; 4JJX A; 1Y0Y A; 4P6Y A; 4B5O A; 3N5F A; 4FD5 A; 3ZJ0 A; 1Y0R A; 1CJW A; 1VHS A; 3SXO A; 2CY2 A; 2Q7S A; 1Z8X A; 2YNC C; 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1XOV A; 4P45 A; 2ABZ A; 4WJB A; 4JWP A; 2Q4Z A; 3B7I A; 2A4N A; 3EO4 A; 3B8G A; 4A30 A; 3B3C A; 2ZW5 A; 4FWU A; 1CG2 A; 3PRT A; 2PRQ A; 3JVN A; 1MJA A; 3RBU A; 2DEA A; 2B4D B; 4ORF A; 2REF A; 4MFQ A; 1L0C A; 2VXK A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4AVA A; 4UA3 A; 1QSN A; 4UFV A; 2Q7B A; 4UFW A; 5J8C A; 5AGE A; 4L89 A; 3EC4 A; 1MJ9 A; 4KOV A; 2R8V A; 4MHD A; 2Z3O A; 1M4I A; 5JQ4 A; 4MFZ A; 1SQH A; 4U9Y A; 1KUX A; 4CAE A; 1IIC A; 4MFL A; 4AG7 A; 2FIW A; 4MY0 A; 2OZG A; 2DPS A; 3S6H A; 4Y49 B; 2AJ6 A; 4A95 A; 2FXF A; 1WK4 A; 2Y0M A; 3N7Z A; 3VWE A; 4B14 A; 3DR8 A; 2P0W A; 4J3G A; 3DSB A; 4C68 A; 1KUV A; 2FT0 A; 2CXA A; 5F48 A; 2FIA A; 1XE4 A; 4KUA A; 1S3Z A; 4C2X A; 3FXT A; 4CGP A; 1S7F A; 3TOA A; 4CAW A; 3LD2 A; 1S60 A; 3FB3 A; 4HNY B; 3ZZI A; 5ISV A; 1M4G A; 1M44 A; 1YR0 A; 3FIX A; 3S6F A; 3W6S A; 4KOU A; 2KCW A; 4H6U A; 2J8M A; 5F47 A; 2Q0Y A; 2EUI A; 4B5P A; 3IWG A; 1RXT A; 4XNH B; 5KTD A; 4CYO A; 4RS2 A; 2P6F A; 1B6B A; 1MK4 A; 2PQ8 A; 4KSF A; 4QVT A; 3JUW A; 4LUA A; 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