The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
179
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sequence length |
519
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structure length |
519
|
Chain Sequence |
ASEVPQVVSLDPTSIPIEYNTPIHDIKVQVYDIKGGCNVEEGLTIFLVNNPGKENGPVKISSKVNDKQVSEFLKDENMEKFNVKLGTSKHFYMFNDNKNSVAVGYVGCGSVADLSEADMKRVVLSLVTMLHDNKLSKLTVVFEINVDKNLFRFFLETLFYEYMTDERFKSTDKNVNMEYIKHLGVYINNADTYKEEVEKARVYYFGTYYASQLIAAPSNYCNPVSLSNAAVELAQKLNLEYKILGVKELEELKMGAYLSVGKGSMYPNKFIHLTYKSKGDVKKKIALVGKGITFDSGGYNLKAAPGSMIDLMKFDMSGCAAVLGCAYCVGTLKPENVEIHFLSAVCENMVSKNSYRPGDIITASNGKTIEVGNTDAEGRLTLADALVYAEKLGVDYIVDIATLTGAMLYSLGTSYAGVFGNNEELINKILQSSKTSNEPVWWLPIINEYRATLNSKYADINQISSSVKASSIVASLFLKEFVQNTAWAHIDIAGVSWNFKARKPKGFGVRLLTEFVLND
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Synthesis and Structure-Activity Relationships of Phosphonic Arginine Mimetics as Inhibitors of the M1 and M17 Aminopeptidases from Plasmodium falciparum.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
M17 leucyl aminopeptidase
|
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Plasmodium falciparum 3d7
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| total genus |
179
|
| structure length |
519
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| sequence length |
519
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00883 | Peptidase_M17 | Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 | Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2I3C A; 3IWW A; 4FBE A; 3NFZ A; 4OIW A; 2ZED A; 2X47 A; 4OC3 A; 2ZOG A; 5J1Q A; 4ZI6 A; 3SJG A; 1ELM P; 1RTQ A; 2PJA A; 3T8W A; 2V77 A; 4UF4 A; 2F8H A; 3WC5 A; 3IIB A; 1IY7 A; 3S9N A; 3D7D A; 2PJC A; 1VGY A; 1ZG7 A; 5HVF A; 2F7V A; 3KI9 A; 2G9D A; 1XJO A; 1Y0Y A; 3KAS A; 4P45 A; 4OC2 A; 4K0C A; 4TWE A; 1HDQ A; 4JGK A; 2V8G A; 4EFD A; 2JBK A; 3RZA A; 3SIG A; 3I1U A; 2QVP A; 3KL9 A; 4MHZ A; 1TF8 A; 3BHX A; 4NGM A; 1XFO A; 2AFZ A; 5THW A; 3PFO A; 1IGB A; 4Q7A A; 5FSX A; 1ZLH A; 2XEG A; 3V2B A; 3H8E A; 3D7H A; 4R7M A; 5CBM A; 1YME A; 3V45 A; 3FEE A; 3PB9 X; 2PJ9 A; 5HXD A; 2PJ5 A; 4NGN A; 2VRI A; 4MHY A; 3N5F A; 2AFC A; 3JZT A; 2ZEL A; 1XRY A; 1F2O A; 4D86 A; 4TNU A; 1ARM A; 4MMO A; 3FED A; 2Q43 A; 3D7F A; 1ZLI A; 1ARL A; 3SJX A; 2GRE A; 2CF4 A; 4WJB A; 5HOL A; 2L8R A; 2BFQ A; 5AIL A; 4NGS A; 3SI1 A; 2EWB A; 4R8F A; 2ABZ A; 1CPX A; 5F09 A; 1NJR A; 3DLJ A; 4FWU A; 4P4D A; 3IC1 A; 4FAI A; 4YU9 A; 2PJ0 A; 3TC8 A; 3WT4 A; 1TXR A; 1CP6 A; 2J9A A; 2ACF A; 2ZEO A; 3PB4 X; 4A94 A; 3SI2 A; 3IID A; 4NJR A; 2BO9 A; 4KSI A; 3CT9 A; 5LYF A; 3D7G A; 1CG2 A; 1ELL P; 2DX6 A; 3H8G A; 5K8M A; 3QNV A; 4P4B A; 2O53 A; 3VAR A; 4G1P A; 3EWQ A; 4JLL A; 4TU0 A; 3KR4 A; 2CTC A; 3NA6 A; 1QQ9 A; 3B35 A; 3SII A; 2JBJ A; 3PEI A; 2BCO A; 2ZEF A; 5FSZ A; 1BAV A; 4H2K A; 1VIX A; 3BI0 A; 3CPX A; 5LYD A; 3CPA A; 2V8H A; 4EWT A; 3GPG A; 2AFX A; 1TKF A; 2EK8 A; 4B6Z A; 4PXB A; 4IAV A; 2VL1 A; 2XD7 A; 1GYT A; 2FXK A; 1LAP A; 5JH9 A; 3EWP A; 4IHM A; 4P10 A; 1ZR3 A; 3CDX A; 2PJ1 A; 5FSU A; 1Z8L A; 4JYW A; 3WAB A; 1FNO A; 4OC0 A; 4F9V A; 3PRT A; 5HVG A; 3GUX A; 3D66 A; 5I4M A; 1JQG A; 3HUV A; 4PXE A; 4F8Z A; 2ZEG A; 1LCP A; 2HC9 A; 2CTB A; 7CPA A; 1YLO A; 3VH9 A; 2EEE A; 4P6Y A; 4LQG A; 3LWU A; 5LYI A; 4IK2 A; 5LRK A; 2PVV A; 1VHU A; 3IO1 A; 3EW5 A; 4A39 A; 5K8P A; 3TX8 A; 3PB6 X; 4OC5 A; 3L2N A; 3LMS A; 1NSA A; 3GPO A; 4P44 A; 3D68 A; 3KR5 A; 2AFM A; 3B3W A; 4BD9 A; 3KHZ A; 1LFW A; 5K8O A; 3JRU A; 3FJU A; 2ZEP A; 3PBB A; 4EME A; 2GU2 A; 2RFH A; 2WZN A; 1H8L A; 4MCQ A; 2C6C A; 5LRG A; 4X8I A; 4J5Q A; 2LGR A; 1BLL E; 3SIH A; 1TF9 A; 4K3N A; 4J5R A; 4ONW A; 2PE3 A; 3K2K A; 5ELY A; 5CB5 A; 1BPM A; 1M4L A; 3VAT A; 2BOA A; 3KQX A; 2QYV A; 4OC1 A; 3EKE A; 1SPV A; 4JCA A; 2C1C A; 1YW4 A; 4UEZ A; 4GUA A; 3EWR A; 4PXD A; 3IEH A; 2FVG A; 5LRJ A; 5CB3 A; 1VHE A; 4ETJ A; 2PIZ A; 3RBU A; 4MCS A; 4UIA A; 3B3T A; 2ANP A; 4JVV A; 3ISX A; 4MHP A; 3IJ3 A; 1Z5R A; 3V38 A; 1ZG9 A; 4R76 A; 2PJ4 A; 3PB7 X; 4A37 A; 5CPA A; 4R6T A; 3EJF A; 1AYE A; 1CBX A; 4MCR A; 2POK A; 4ESS A; 4ABK A; 3FX6 A; 2WYR A; 2NYQ A; 3GQE A; 4ZY1 A; 3IIF A; 4OKO A; 5DS0 A; 1Y0R A; 3PBE A; 2QJ8 A; 4P4I A; 4GM5 A; 4PQA A; 4ZYQ A; 4CPA A; 1Y7E A; 3KHX A; 4MXU A; 1HDU A; 2IJZ A; 4KYB A; 2GLF A; 4RUH A; 4ETK A; 2V8V A; 1F57 A; 4FUU A; 4PPZ A; 4ZX8 A; 4DYO A; 3K9T A; 4NJQ A; 4MHN A; 5HVH A; 2FAV A; 5D8N A; 3B2Y A; 4Z65 A; 3H8F A; 4AXV A; 1HEE A; 5FSV A; 2DEA A; 3BI1 A; 1ZR5 A; 4W9Y A; 3FMC A; 2C6P A; 3PFE A; 5E3B A; 3BXM A; 2PCU A; 4IQY A; 2XEF A; 2PJB A; 2PJ7 A; 1R3N A; 3B3S A; 3GPQ A; 1BPN A; 3NH4 A; 2ZOF A; 4NGP A; 4GVV A; 3GLJ A; 1ZG8 A; 4DJL A; 4P4J A; 2C6G A; 2PRQ A; 3ISZ A; 4UEF A; 1DE4 C; 1TKJ A; 2V8D A; 1XMB A; 3ETI A; 3IFE A; 5K8N A; 3KZW A; 4ZY0 A; 3Q6Z A; 2RB7 A; 4UIB A; 4OID A; 5DUS A; 4GVW A; 3VFQ A; 3GQO A; 3KQZ A; 2OOT A; 2ZEH A; 3MRU A; 2HB6 A; 1R43 A; 2AFW A; 4OME A; 1LAM A; 1XBU A; 2JEW A; 3WC7 A; 1VHO A; 3KGQ A; 4OC4 A; 2PIY A; 3S9M A; 4OP4 A; 2BFR A; 2GLJ A; 4J4Z A; 3WC6 A; 1DTD A; 6CPA A; 2AFS A; 2PJ3 A; 1UWY A; 4UML A; 1CPS A; 2PJ8 A; 3B3V A; 2ZEN A; 3FEC A; 3HLP A; 3PB8 X; 4F9U A; 4ABL A; 1KWM A; 5JM6 A; 1PCA A; 2IMO A; 2XEI A; 4DUK A; 4WWV A; 2AFU A; 3DGV A; 1OBR A; 5LYL A; 3Q71 A; 4JZ0 A; 3S9L A; 2AFO A; 3MN8 A; 1LOK A; 5D29 A; 2FG1 A; 2CIJ A; 3FH4 A; 2EK9 A; 1TY8 A; 1YD9 A; 4J5S A; 3FF3 A; 1TKH A; 5HIH A; 2ZEE A; 5IB9 A; 4NGT A; 3SJF A; 2PJ6 A; 1Z2L A; 4X3R A; 2OR4 A; 4MCP A; 1CX8 A; 2NSM A; 1F2P A; 1HJZ A; 1FT7 A; 3FVL A; 2PJ2 A; 2O4H A; 1AMP A; 3GB0 A; 8CPA A; 3EJG A; 2Q4Z A; 3B3C A; 1EE3 P; 2Q51 A; 3V7Z A; 3SI0 A; 1CP7 A; 4P4F A; 3EWO A; 3NH5 A; 3RAM A; 4NGR A; 4ZY2 A; 4NGQ A; 5FSY A; 1YW6 A; 4O23 A; 3SJE A; 3B7I A; 2ZEM A; 1YSJ A; 4X2T A; 1LAN A; 2IQ6 A; 4UEE A; 4ZX9 A; 3SIJ A; 4A38 A; 2PVW A; 1PYT B; 3NH8 A; 4PXC A; 4MRI A; 5CMS A; 1QMU A; 1Q7L A; 4NFR A; 1TXZ A; 4P4E A; 3D4U A; 5JGF A; 4YWY A; 3D67 A; 2XEJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2I3C A; 3IWW A; 4FBE A; 3NFZ A; 4OIW A; 2ZED A; 2X47 A; 4OC3 A; 2ZOG A; 3B8G A; 4XPD B; 4ZI6 A; 3SJG A; 5J1Q A; 5C88 A; 5IB0 A; 2R8V A; 1ELM P; 1RTQ A; 2PJA A; 3T8W A; 2V77 A; 4UF4 A; 2CNT A; 2F8H A; 2REE A; 4MY3 A; 4BMH A; 3WC5 A; 3TO7 A; 3IIB A; 4JWP A; 1IY7 A; 1SQH A; 3S9N A; 1OZP A; 3D7D A; 2PJC A; 1CJW A; 1VGY A; 1ZG7 A; 5HVF A; 2F7V A; 3KI9 A; 2G9D A; 1XJO A; 1Y0Y A; 4ORF A; 1P0H A; 4CAV A; 2QML A; 2ZXV A; 3KAS A; 4P45 A; 3EXN A; 4B13 A; 2FT0 A; 4OC2 A; 4K0C A; 4R3K A; 2JDD A; 4TWE A; 1HDQ A; 3BJ8 A; 1XE4 A; 4JGK A; 4DNC A; 2V8G A; 4X5K A; 5F46 A; 4EFD A; 5JPH A; 2JBK A; 3DR8 A; 3FYN A; 3RZA A; 3SIG A; 3I1U A; 2QVP A; 2EVN A; 2J8N A; 3KL9 A; 4MHZ A; 4MFQ A; 1TF8 A; 4FD6 A; 2OU2 A; 3BHX A; 3FXT A; 4NGM A; 1XFO A; 2AFZ A; 4PV6 A; 4C2Y A; 1I12 A; 2HUZ A; 5THW A; 3PFO A; 3DNS A; 4UFV A; 1NSL A; 1IGB A; 1YK3 A; 3W91 A; 2YGW A; 3ZZI A; 4B5P A; 4Q7A A; 1UFH A; 1ZLH A; 5FSX A; 2GE3 A; 2XEG A; 3V2B A; 4FD5 A; 3H8E A; 1L0C A; 4CGP A; 1KUV A; 3D7H A; 3LAC A; 4MFK A; 4R7M A; 5J8C A; 5J8F A; 4E0A A; 3F8K A; 1MK4 A; 4GS4 A; 5DWM A; 4Y49 C; 5CBM A; 1YME A; 5C82 A; 3V45 A; 1IIC A; 4EVY A; 1QSR A; 3DDD A; 3FEE A; 2Q44 A; 3PB9 X; 3JVN A; 5GCN A; 3BLN A; 2PJ9 A; 5HXD A; 1A2Z A; 2PJ5 A; 2FIA A; 4NGN A; 2VRI A; 3CXP A; 4AG7 A; 1FY7 A; 4FD4 A; 2Z3P A; 4MHY A; 1RXT A; 3F5B A; 3N5F A; 2AFC A; 3JZT A; 2ZEL A; 1BO4 A; 1XRY A; 1F2O A; 4D86 A; 1ON0 A; 3R9F A; 4TNU A; 1ARM A; 2OZG A; 4MMO A; 1S3Z A; 1K4J A; 3SHP A; 1S7F A; 3FED A; 2Q43 A; 5G21 A; 1S5K A; 1ZLI A; 3D7F A; 3RO0 A; 4M6I A; 1ARL A; 3SJX A; 2GRE A; 2CF4 A; 4WJB A; 2F5I A; 5HOL A; 4HNX B; 2L8R A; 2BFQ A; 5AIL A; 1Y7R A; 4HPS A; 4NGS A; 3SI1 A; 2EWB A; 4R8F A; 2RC4 A; 4MY0 A; 5EBV A; 3TCV A; 3TO6 A; 2ABZ A; 4BIN A; 1CPX A; 4F0Y A; 5F09 A; 1Y9W A; 4OAE A; 1NJR A; 3DLJ A; 4FWU A; 4P4D A; 3IC1 A; 1I1D A; 1YGH A; 4FAI A; 4YU9 A; 2PJ0 A; 3TC8 A; 4Q36 A; 2YNE A; 3WT4 A; 1TXR A; 1B87 A; 1CP6 A; 4QC6 A; 2J9A A; 2ACF A; 3W6X A; 2ZEO A; 3PB4 X; 1NE9 A; 4J3G A; 4A94 A; 3SI2 A; 4R87 A; 3IID A; 4NJR A; 4R57 A; 4AVB A; 2BO9 A; 4UBR A; 4KSI A; 3CT9 A; 2JDC A; 2PR8 A; 2Z11 A; 5LYF A; 3PGP A; 4MI4 A; 3D7G A; 1Q2D A; 1M4G A; 1Z4E A; 3IU1 A; 2H5M A; 1CG2 A; 1ELL P; 2Z10 A; 2DX6 A; 3H8G A; 4C68 A; 2JZF A; 4MFL A; 4A32 A; 4M3S A; 5JQ4 A; 4I49 A; 4CRY B; 4PSX A; 2QEC A; 5K8M A; 3QNV A; 4H6Z A; 2Z0Z A; 4P4B A; 2O53 A; 2PC1 A; 4NXY A; 3VAR A; 4G1P A; 4UA3 A; 3EWQ A; 4JLL A; 1PU9 A; 4TU0 A; 4MBU A; 4QVT A; 3KR4 A; 3WR7 A; 2CTC A; 3A9L A; 3NA6 A; 1BOB A; 1QQ9 A; 3B35 A; 2B3V A; 3SII A; 1Q2C A; 3PEI A; 2BCO A; 2JBJ A; 2ZEF A; 5FSZ A; 3GIU A; 1BAV A; 4LQ6 A; 4H2K A; 2EUI A; 1VIX A; 3BI0 A; 2Q0Y A; 3CPX A; 5LYD A; 3GKR A; 3V8I A; 3CPA A; 2V8H A; 4EWT A; 3GPG A; 2AFX A; 1TKF A; 2EK8 A; 2Z3K A; 2ZW5 A; 3NE8 A; 4JLY A; 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