The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
116
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sequence length |
291
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structure length |
291
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Chain Sequence |
MPPITQQATVTAWLPQVDASQITGTISSLESFTNRFYTTTSGAQASDWIASEWQALSASLPNASVKQVSHSGYNQKSVVMTITGSEAPDEWIVIGGHLDSTIGSHTNEQSVAPGADDDASGIAAVTEVIRVLSENNFQPKRSIAFMAYAAEEVGLRGSQDLANQYKSEGKNVVSALQLDMTNYKGSAQDVVFITDYTDSNFTQYLTQLMDEYLPSLTYGFDTCGYACSDHASWHNAGYPAAMPFESKFNDYNPRIHTTQDTLANSDPTGSHAKKFTQLGLAYAIEMGSATG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray crystallographic characterization of the Co(II)-substituted Tris-bound form of the aminopeptidase from Aeromonas proteolytica.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Bacterial leucyl aminopeptidase
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Vibrio proteolyticus
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| total genus |
116
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| structure length |
291
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| sequence length |
291
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| ec nomenclature |
ec
3.4.11.10: Bacterial leucyl aminopeptidase. |
| pdb deposition date | 2007-05-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04389 | Peptidase_M28 | Peptidase family M28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4Q7A A; 3FED A; 1ZG7 A; 3GB0 A; 1NSA A; 4NGS A; 5IB9 A; 1XFO A; 1ZG8 A; 3IIB A; 4NJQ A; 1Z2L A; 1BAV A; 4WWV A; 4DUK A; 4DJL A; 4Z65 A; 5CBM A; 3PFE A; 1YW4 A; 3SI0 A; 1VGY A; 3FJU A; 3KHZ A; 5K8O A; 3FX6 A; 3IFE A; 2AFW A; 4MCS A; 4OC1 A; 1BLL E; 2OR4 A; 3B3T A; 3B2Y A; 4NJR A; 7CPA A; 1R43 A; 2JBJ A; 2GU2 A; 5K8P A; 2O4H A; 3WC5 A; 3BI0 A; 2NYQ A; 2JBK A; 2AFZ A; 3V38 A; 4ZYQ A; 5I4M A; 4MRI A; 1F2P A; 3D4U A; 4PQA A; 1ARM A; 4ZX8 A; 2Q43 A; 2PCU A; 4F9V A; 2DEA A; 4EME A; 4A37 A; 3TC8 A; 1ZG9 A; 1ZLH A; 5K8N A; 2Q4Z A; 1CBX A; 3HLP A; 4NGM A; 1JQG A; 2ANP A; 1VIX A; 1F57 A; 2EWB A; 4ZY1 A; 3NH8 A; 4FUU A; 1Q7L A; 4PPZ A; 1YSJ A; 1EE3 P; 1OBR A; 3B3V A; 3SI1 A; 3SJG A; 4UEF A; 4CPA A; 1FT7 A; 3I1U A; 4H2K A; 2J9A A; 5HVG A; 3D7F A; 2PJB A; 1TKH A; 2VL1 A; 3WC7 A; 2CIJ A; 1H8L A; 4MHN A; 3D66 A; 3DGV A; 3RAM A; 4P6Y A; 2O53 A; 1LOK A; 2I3C A; 4MCR A; 5D29 A; 1ZLI A; 2V8D A; 2FVG A; 2QYV A; 2PVV A; 4A38 A; 4A94 A; 1DE4 C; 2XEG A; 4OME A; 3WT4 A; 3B3S A; 1F2O A; 4OIW A; 4TNU A; 1AMP A; 4ZY2 A; 5D8N A; 2WZN A; 5LYL A; 2ZEF A; 4P4B A; 4R8F A; 3S9L A; 2ZEL A; 4W9Y A; 4ZY0 A; 3BHX A; 3SJF A; 3KGQ A; 4X8I A; 4MMO A; 4B6Z A; 2C6C A; 3N5F A; 3KQZ A; 1ARL A; 4NGR A; 2AFO A; 5DS0 A; 3KQX A; 3IWW A; 4RUH A; 3VAT A; 3FMC A; 3IC1 A; 5HVF A; 1QQ9 A; 3D68 A; 2V8V A; 1GYT A; 5LRG A; 2GLJ A; 3T8W A; 5HXD A; 2POK A; 4X2T A; 1LAM A; 3CDX A; 3BXM A; 2F8H A; 2EK8 A; 1IY7 A; 2GRE A; 4FBE A; 5LRJ A; 1XMB A; 4ONW A; 4OC2 A; 2ZED A; 3PB7 X; 3FEC A; 3S9N A; 5JGF A; 2CTB A; 1Z5R A; 2ZOG A; 4ZX9 A; 2WYR A; 4NGP A; 1PYT B; 2ZEG A; 4UIA A; 2PJ9 A; 1CP6 A; 1CG2 A; 1VHE A; 4EWT A; 4G1P A; 3S9M A; 2AFM A; 1CPS A; 4UF4 A; 3NFZ A; 3PBB A; 2JEW A; 2C6P A; 3SJE A; 5JH9 A; 4NFR A; 3NA6 A; 4P45 A; 3D7D A; 4A39 A; 5LYD A; 2AFS A; 5ELY A; 4BD9 A; 1PCA A; 3KR4 A; 2GLF A; 4IAV A; 1HDQ A; 4OC5 A; 3B3C A; 2F7V A; 3IJ3 A; 1YLO A; 5LYF A; 2C1C A; 3FVL A; 3FH4 A; 4F9U A; 1XJO A; 2PJ0 A; 3H8F A; 3QNV A; 2OOT A; 4JYW A; 1RTQ A; 1Y0R A; 1YME A; 8CPA A; 4O23 A; 1R3N A; 1LAP A; 2ZOF A; 4JZ0 A; 3H8G A; 3PB9 X; 3PB8 X; 2PJ3 A; 3KL9 A; 1TF8 A; 3NH5 A; 1Y0Y A; 4OC4 A; 1Z8L A; 4NGT A; 3TX8 A; 2IJZ A; 2PRQ A; 2AFX A; 2G9D A; 3GUX A; 4P10 A; 3IO1 A; 2RB7 A; 1TKF A; 4PXD A; 3V7Z A; 3PFO A; 3PB6 X; 4FWU A; 4MCP A; 3RBU A; 4MHZ A; 4OC3 A; 3LMS A; 2PJA A; 4IHM A; 1UWY A; 3H8E A; 1CPX A; 5CPA A; 1LAN A; 3FF3 A; 4PXB A; 2ZEM A; 3JRU A; 4FAI A; 3MN8 A; 4F8Z A; 5THW A; 5LYI A; 3CPA A; 4YU9 A; 2C6G A; 4R6T A; 4R7M A; 4R76 A; 1AYE A; 4PXC A; 4NGN A; 4DYO A; 3SI2 A; 2PJ8 A; 4P4D A; 4P4F A; 4OC0 A; 2BO9 A; 1DTD A; 2PJ6 A; 3PRT A; 1ELM P; 3LWU A; 5K8M A; 3VAR A; 3KZW A; 4IK2 A; 2PIZ A; 2V77 A; 4UIB A; 2ZEP A; 3CPX A; 2PJ1 A; 3ISX A; 4KSI A; 3KI9 A; 2ZEE A; 4YWY A; 4OID A; 3DLJ A; 4MHP A; 4UEE A; 3PB4 X; 2CTC A; 2PJ2 A; 3PBE A; 4ZI6 A; 4LQG A; 4NGQ A; 2EK9 A; 4P44 A; 5HVH A; 3D67 A; 6CPA A; 1CP7 A; 4TWE A; 1XBU A; 3B7I A; 3WAB A; 2ZEN A; 1TXR A; 2QVP A; 2ABZ A; 3KHX A; 3PEI A; 4GM5 A; 2PJ4 A; 3L2N A; 3BI1 A; 2QJ8 A; 1TF9 A; 1TKJ A; 1HEE A; 4P4E A; 3K2K A; 2PJ7 A; 2XEI A; 1BPM A; 4WJB A; 4P4J A; 3NH4 A; 2V8G A; 4OKO A; 2BCO A; 3CT9 A; 3IEH A; 5F09 A; 3SJX A; 3HUV A; 3B35 A; 2XEJ A; 2BOA A; 4AXV A; 2RFH A; 3KR5 A; 3D7G A; 4UEZ A; 1BPN A; 3K9T A; 2PJ5 A; 4OP4 A; 3D7H A; 4K3N A; 4PXE A; 4P4I A; 1LCP A; 2PE3 A; 1VHO A; 2AFU A; 3VH9 A; 1YW6 A; 1Y7E A; 1QMU A; 3ISZ A; 3B3W A; 2XEF A; 1IGB A; 2IQ6 A; 4MCQ A; 2PIY A; 2HB6 A; 1ELL P; 2ZEH A; 2CF4 A; 1XRY A; 2HC9 A; 3FEE A; 2PJC A; 1FNO A; 2ZEO A; 2PVW A; 3WC6 A; 4MHY A; 2Q51 A; 3RZA A; 5J1Q A; 1KWM A; 1M4L A; 3KAS A; 2V8H A; 2NSM A; 1LFW A; 4MXU A; 4X3R A; 4EFD A; 5LRK A; 3GLJ A; 1CX8 A; 5JM6 A; 2IMO A; 1HDU A; 3MRU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KOR A; 2Q7B A; 3QAY A; 4Q7A A; 1YX0 A; 5BWA B; 2VI7 A; 3FED A; 4KUB A; 5AG5 A; 4OAE A; 1VKC A; 5KTA A; 1ZG7 A; 3GB0 A; 4KUA A; 2VQY A; 2Z11 A; 1Y9W A; 3IWG A; 2R98 A; 1NSA A; 4B11 A; 3K9U A; 4MFZ A; 2PC1 A; 4NGS A; 5IB9 A; 1XFO A; 1ZG8 A; 3IIB A; 4NJQ A; 1Z2L A; 2REE A; 4R9M A; 4CS0 B; 1BAV A; 3I9S A; 3FIX A; 4WWV A; 4JXQ A; 4DUK A; 4DJL A; 4YGO A; 4Z65 A; 5CBM A; 3PFE A; 2YNE A; 1NE9 A; 1YW4 A; 3SI0 A; 1VGY A; 3FJU A; 3KHZ A; 3FBU A; 3FX6 A; 4PSX A; 3IFE A; 5K8O A; 2AFW A; 4MCS A; 2P6G A; 4NEX A; 4F0Y A; 4OC1 A; 1BLL E; 2OR4 A; 1Z8X A; 3EY5 A; 1I1D A; 3B2Y A; 3B3T A; 4NJR A; 1VHS A; 2PDO A; 7CPA A; 3VWD A; 1R43 A; 1XMT A; 3TT2 A; 2JBJ A; 1MJ9 A; 2GU2 A; 5K8P A; 2O4H A; 3WC5 A; 3BI0 A; 2X7B A; 2NYQ A; 1ON0 A; 4FD6 A; 2JBK A; 2AFZ A; 2Z3O A; 3V38 A; 4B5P B; 4ZYQ A; 5I4M A; 1WK4 A; 2CNT A; 4M3S A; 4MRI A; 3G3S A; 1F2P A; 1YGH A; 2FE7 A; 3D4U A; 3LD2 A; 4PQA A; 1ARM A; 4ZX8 A; 1A2Z A; 1M4D A; 4CAE A; 2Q43 A; 1YLE A; 2WSA A; 2RC4 A; 2PCU A; 1AUG A; 4F9V A; 4ZGY B; 2DEA A; 3FYN A; 2DF5 A; 1WWZ A; 2FL4 A; 4EME A; 2CNM A; 4M6I A; 2B3V A; 4CGL A; 2D4P A; 2FXF A; 4A37 A; 3TC8 A; 1ZG9 A; 1OZP A; 1ZLH A; 4MFL A; 1B87 A; 5K8N A; 2Q4Z A; 1CBX A; 2ATR A; 3HLP A; 3N7Z A; 2ODF A; 4NGM A; 2QEC A; 1JQG A; 2ANP A; 5GCN A; 2NMT A; 4B13 A; 3DDD A; 1VIX A; 3FRM A; 1F57 A; 1YRE A; 2EWB A; 4CYQ A; 4ZY1 A; 3NH8 A; 4HPS A; 2B4D B; 4H89 A; 4FUU A; 1Q7L A; 3KKW A; 4PPZ A; 1Z4E A; 1YVO A; 1EE3 P; 1OBR A; 1YSJ A; 3B3V A; 3SI1 A; 1RO5 A; 2I00 A; 4MY0 A; 3SJG A; 4UEF A; 4CPA A; 4MFK A; 4A2Z A; 1FT7 A; 3I1U A; 4H2K A; 2J9A A; 5HVG A; 3D7F A; 2PJB A; 1TKH A; 4CYN A; 2VL1 A; 4MBU A; 2CIJ A; 3WC7 A; 2B58 A; 2ZPA A; 1I12 A; 1H8L A; 3PP9 A; 1YK3 A; 4CGO A; 3D3S A; 2EUI A; 2Q4Y A; 5G21 A; 3TO9 A; 4MHN A; 3D66 A; 4PV6 A; 2OZH A; 2R1I A; 3DGV A; 3G8W A; 4OLL A; 3RAM A; 2K5T A; 4P6Y A; 4B14 A; 2FIW A; 4QBJ A; 1Q2Y A; 2O53 A; 5DWM A; 1M4I A; 1Z8W A; 1LOK A; 2I3C A; 5I0C A; 4NF1 A; 2B4B A; 4MCR A; 5D29 A; 1ZLI A; 1IB1 E; 5IV0 A; 4CYP A; 1FY7 A; 2V8D A; 3I3G A; 3IGR A; 1YQE A; 1XE4 A; 2AE6 A; 2FVG A; 2HV2 A; 2PSW A; 2ZW5 A; 3BLN A; 2QYV A; 4KZT A; 2PVV A; 5A27 A; 4RS2 A; 4A38 A; 1DE4 C; 4R57 A; 2XEG A; 4OME A; 3WT4 A; 4A94 A; 4KS9 A; 4A31 A; 4I49 A; 4CAX A; 3W6X A; 1B6B A; 2OU2 A; 4YRH A; 2PR1 A; 3P2H A; 3TE4 A; 2G0B A; 3B3S A; 1F2O A; 2OB0 A; 1ZO0 A; 5H86 A; 2OZG A; 4UA3 A; 4IUS A; 4BBH A; 2VEZ A; 4B10 A; 4UWI A; 4CYO A; 4OIW A; 4TNU A; 3TFY A; 4J3G A; 3QB8 A; 1AMP A; 3F8K A; 4XPL A; 4ZY2 A; 4HNY B; 5D8N A; 2JEV A; 2WZN A; 5A28 A; 5LYL A; 2Q0Y A; 5AG4 A; 1M1D A; 2ZEF A; 2JDD A; 4P4B A; 2B4D A; 4R8F A; 1M44 A; 1TIQ A; 5FVJ A; 3S9L A; 4IF5 A; 2CY2 A; 2ZEL A; 4W9Y A; 4ZY0 A; 3FB3 A; 3BHX A; 3SJF A; 3KGQ A; 4UFV A; 4MMO A; 4KLW A; 4X8I A; 4B6Z A; 2BSW A; 4GS4 A; 2C6C A; 2FSR A; 3N5F A; 3KQZ A; 1ARL A; 2BL1 A; 1U6M A; 2AFO A; 4NGR A; 5DS0 A; 1Q2D A; 3KQX A; 3IWW A; 4QB9 A; 1N71 A; 4UFX A; 4B12 A; 4C2Y A; 4RUH A; 4RI1 A; 3VAT A; 3FMC A; 3LOD A; 4E0A A; 3CXS A; 2B5G B; 4JJX A; 3IC1 A; 4M6H A; 1QQ9 A; 5HVF A; 3D68 A; 2O28 A; 2V8V A; 1GYT A; 3S6G A; 4QVT A; 5LRG A; 3T90 A; 1KUV A; 2GLJ A; 3T8W A; 2QIR A; 4FD5 A; 2GAN A; 1S5K A; 3C26 A; 5HXD A; 3BJ8 A; 3VWE A; 2POK A; 4AVC A; 2R8V A; 4X2T A; 1PU9 A; 1LAM A; 3CDX A; 4C68 A; 4JD6 A; 1S7F A; 2FIA A; 2DPT A; 3S6F A; 3BXM A; 2F8H A; 2EK8 A; 1MK4 A; 1IY7 A; 2GRE A; 4FBE A; 5LRJ A; 1NSL A; 1XMB A; 4ONW A; 4OC2 A; 2ZED A; 4LX9 A; 1IYL A; 3PB7 X; 3FEC A; 2OZU A; 3ZZI A; 3S9N A; 2PQ8 A; 3DR6 A; 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