The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
71
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sequence length |
232
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structure length |
232
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Chain Sequence |
RLVQLSRHSIAFPSPEGALREPNGLLALGGDLSPARLLMAYQRGIFPWFSPGDPILWWSPDPRAVLWPESLHISRSMKRFHKRSPYRVTMNYAFGQVIEGCASDREEGTWITRGVVEAYHRLHELGHAHSIEVWREDELVGGMYGVAQGTLFCGESMFSRMENASKTALLVFCEEFIGHGGKLIDCQVLNDHTASLGACEIPRRDYLNYLNQMRLGRLPNNFWVPRCLFSPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Protein-based peptide-bond formation by aminoacyl-tRNA protein transferase
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
Leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase
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| total genus |
71
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| structure length |
232
|
| sequence length |
232
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.2.6: Lysine/arginine leucyltransferase. |
| pdb deposition date | 2007-06-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03588 | Leu_Phe_trans | Leucyl/phenylalanyl-tRNA protein transferase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Leucyl-tRNA synthetase, domain 3 | Leucyl-tRNA synthetase, domain 3 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Aminopeptidase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Z3N A; 2DPS A; 2DPT A; 2Z3O A; 2Z3P A; 2Z3K A; 2CXA A; 2Z3L A; 2Z3M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LAM A; 3LD2 A; 4BIN A; 1CPS A; 3SJF A; 3FJU A; 4J3G A; 5D8N A; 5KTC A; 4PXB A; 4NXY A; 1V0C A; 1YX0 A; 3FVL A; 3R9F A; 5ELY A; 1P4N A; 4WWV A; 3NA6 A; 1M4L A; 3TOA A; 3SI1 A; 4NJR A; 4MFK A; 4UEE A; 2DEA A; 1KWM A; 4C2X A; 2DPT A; 2FXF A; 1S7L A; 5G20 A; 3D2M A; 4C7H A; 4O23 A; 2B5G B; 3PB4 X; 4L8A A; 1Q2Y A; 4LQG A; 3SJG A; 4AXV A; 4MHD A; 2BYT A; 2WPX A; 2GU2 A; 1IID A; 4ZX9 A; 5IX3 A; 1S3Z A; 3IEH A; 4KSF A; 3ISZ A; 1XMB A; 3GKR A; 3IC1 A; 4CRZ B; 1LAP A; 5A27 A; 4A31 A; 2NYQ A; 1QSN A; 4XPD C; 5CPA A; 2Q4Z A; 2ZW7 A; 3DLJ A; 3H8E A; 2EBJ A; 2KCW A; 3F0A A; 1R3N A; 1XIX A; 3RAM A; 3B35 A; 4B11 A; 3ZJ0 A; 3W6S A; 1Z5R A; 1B87 A; 1UFH A; 5EBV A; 1FY7 A; 2ZEG A; 1VHE A; 2OB0 A; 1HEE A; 1IB1 E; 1GYT A; 1PU9 A; 4TWE A; 3CPA A; 3TT2 A; 2Z3P A; 2FE7 A; 2O4H A; 3FMC A; 2REF A; 3QAH A; 4MCP A; 4P4D A; 2R1I A; 3JRU A; 1XOV A; 3H8G A; 5K8P A; 1ZG7 A; 2AFZ A; 5LYL A; 3NE7 A; 4OC4 A; 3RO0 A; 2ODF A; 2ANP A; 2V8G A; 2XEI A; 2ZXV A; 3GY9 A; 4MFQ A; 3WC7 A; 1ZLH A; 3D3S A; 1XFO A; 1XJO A; 4M6G A; 1OBH A; 4DJL A; 2G3A A; 4R7M A; 1IIC A; 3TC8 A; 3GIU A; 4UCN A; 5F48 A; 5GCN A; 1JWQ A; 2V8D A; 4CGP A; 3S6H A; 4A32 A; 5J8C A; 2HUZ A; 1MJA A; 1X12 A; 4MFP A; 4CAV A; 2OZG A; 3PP9 A; 2PJ1 A; 1S7K A; 4AB7 A; 1IGB A; 1Q2D A; 2PR1 A; 4F0X A; 3SJE A; 5F09 A; 5H84 A; 5AG4 A; 2ZEO A; 3NH8 A; 2OH1 A; 2YNE A; 3KKW A; 2O53 A; 3TFY A; 1QSR A; 2GFQ A; 1Z2L A; 2FS5 A; 1PUA A; 4B10 A; 2VI7 A; 4MY3 A; 3CDX A; 3IIB A; 4CAF A; 4CGO A; 2ABZ A; 5LRG A; 4KOT A; 1YR0 A; 4W9Y A; 4A33 A; 4CAX A; 5LYD A; 2PJ8 A; 3MRU A; 3G8W A; 3VWD A; 2PVV A; 2WUU A; 4OAD A; 1XBU A; 3A9L A; 4UCM A; 4JD6 A; 4CS0 B; 4CYO A; 3B3V A; 1CG2 A; 4AVA A; 1FT7 A; 2D4O A; 4ZYQ A; 1CX8 A; 4OC0 A; 4XPL A; 3RZA A; 4TNU A; 4A39 A; 3NE8 A; 1RTQ A; 4JYW A; 3LAC A; 4XNH B; 1QST A; 4FD5 A; 3CXQ A; 2PRQ A; 4KSI A; 4JLY A; 2J8M A; 2AFM A; 4P4I A; 3EXN A; 5AG5 A; 4KVO E; 4KS9 A; 1LOK A; 3H8F A; 4K30 A; 2ZEE A; 4RN7 A; 1M4I A; 3W6X A; 4CYP A; 2BOA A; 2JEW A; 3R9E A; 4P6Y A; 2DXQ A; 2Q43 A; 4BD9 A; 4YFJ A; 3BHX A; 2FVG A; 4GXH A; 4QC6 A; 2K5T A; 2V8V A; 3D66 A; 5K8N A; 4XPK A; 4QUS A; 2PC1 A; 3BJ7 A; 1R57 A; 4Y49 C; 4P4E A; 3H4Q A; 1GHE A; 1YLE A; 5JM6 A; 1QQ9 A; 3PBE A; 3G3S A; 1SQH A; 3KHX A; 4PSX A; 1Y9K A; 2EO8 A; 2PJB A; 1IOI A; 5G1Z A; 1A2Z A; 1ZLI A; 2GIV A; 2PJ0 A; 1LAN A; 4RUH A; 2AFU A; 2I00 A; 3B8G A; 2QEC A; 5FVJ A; 1S7F A; 4C7I A; 2VBQ A; 3TO9 A; 2J9A A; 2B4D B; 4MCS A; 4UWJ A; 2HQY A; 1Z8L A; 2YNC A; 3ISX A; 4EWT A; 4QBJ A; 2PSW A; 5DWN A; 4HKF A; 4F8Z A; 3NH5 A; 2POK A; 2QYV A; 1YSJ A; 2VZY A; 4NGP A; 2AFO A; 6CPA A; 4FBE A; 2Q51 A; 4ZY2 A; 4IUS A; 3CZX A; 3SXN A; 1EE3 P; 5J1Q A; 3BLN A; 3EC4 A; 3MN8 A; 3VAR A; 5JGF A; 4IF5 A; 2Q4Y A; 1ZG8 A; 1LRZ A; 3D67 A; 1MJB A; 2ZW5 A; 1DE4 C; 2PCU A; 2PJ4 A; 3E0K A; 3WR7 A; 2Q7S A; 4NFR A; 4CGL A; 1M1D A; 3QB8 A; 2VZZ A; 4KLW A; 4XNH C; 2Z10 A; 2Z3M A; 2B58 A; 4M85 A; 2XEJ A; 3PBB A; 5D29 A; 3TO7 A; 2Z3N A; 1ZO0 A; 4AG7 A; 1YRE A; 5LYI A; 1UWY A; 2B3U A; 1JQG A; 1L0C A; 3PB8 X; 2C27 A; 2Z3K A; 1S5K A; 2CTC A; 1Y0R A; 2XEF A; 2I3C A; 2YGW A; 3GB0 A; 3IU1 A; 3JTK A; 4AVB A; 2F5I A; 4B5P B; 7CPA A; 3FEE A; 5G21 A; 4UWI A; 2VQY A; 3PZJ A; 3JVN A; 2HC9 A; 2FIW A; 3KAS A; 4PXE A; 2G3T A; 3GLJ A; 3KZW A; 4JXR A; 4UF4 A; 2FIA A; 3IGR A; 1ZG9 A; 2WPW A; 1BOB A; 3MGD A; 1F57 A; 3FYN A; 4YGO A; 2AE6 A; 4IAV A; 2BL1 A; 4FAI A; 2CY2 A; 4Q7A A; 2ATR A; 4JXQ A; 2PJ2 A; 4EME A; 1I1D A; 3L2N A; 2CXA A; 2Z11 A; 1NMT A; 2DPS A; 4QVT A; 2V0C A; 1QSM A; 1AMP A; 2YND A; 3TCV A; 4NSQ A; 3S9L A; 4PPZ A; 4UEF A; 5C88 A; 4M6I A; 2RB7 A; 3IO1 A; 2OR4 A; 1R43 A; 2P6F A; 3DGV A; 3ZZI A; 4MBU A; 4Y49 B; 4H89 A; 4X3R A; 4HNX B; 5BWA B; 3CPX A; 4OLL A; 2V8H A; 4NF1 A; 2ZEM A; 1MK4 A; 4MHN A; 2Q44 A; 1YW6 A; 2JDD A; 3LWU A; 2IJZ A; 4MHP A; 4PQA A; 5LRJ A; 1TIQ A; 5H86 A; 4OME A; 5LRK A; 1CP7 A; 1RXT A; 4PSW A; 2O28 A; 4YWY A; 3SI0 A; 4E0A A; 2ZPA A; 2GLF A; 2ZEL A; 1VHO A; 1Y0Y A; 3FBU A; 5F47 A; 4H6Z A; 1OBR A; 4B12 A; 4DUK A; 1VGY A; 5C82 A; 2A4N A; 3FRM A; 2EUI A; 3F5B A; 4A95 A; 1Z4E A; 4NCZ A; 2C1C A; 2JBK A; 4MJ8 A; 4OC1 A; 1N71 A; 4R3L A; 4ZY1 A; 3C26 A; 2AFW A; 2OU2 A; 4MFJ A; 3EY5 A; 1HDU A; 1P0H A; 3D7H A; 2G9D A; 3FED A; 4MHY A; 1YME A; 2IMO A; 2P6G A; 3BJ8 A; 3D8P A; 4YRH A; 2CTB A; 2NMT A; 2RC4 A; 4A38 A; 5I0C A; 1U6M A; 4CGN A; 5ISV A; 4KOV A; 1OBC A; 1I21 A; 2Z0Z A; 3BI1 A; 4OID A; 1ARM A; 1LFW A; 4CYQ A; 3BI0 A; 2PJ5 A; 2HB6 A; 3P2H A; 4LUA A; 4M3S A; 3K9T A; 5F49 A; 1F2P A; 2GRE A; 2QJ8 A; 4P4F A; 2BEI A; 1BPM A; 4Q38 A; 2ZEH A; 4M6H A; 3SHP A; 4B13 A; 4F0Y A; 1AUG A; 3CXP A; 2FCK A; 1TKH A; 2B3V A; 3OWC A; 2NSM A; 3VWE A; 1QSO A; 1YVK A; 4F6A A; 4ONW A; 5JH9 A; 2P0W A; 1XRY A; 1Z8X A; 3S6K A; 3B3T A; 4OC2 A; 2JLM A; 1Y7E A; 4MXU A; 3S6G A; 3IWG A; 1XMT A; 1IYK A; 5DWM A; 4UCP A; 3K2K A; 5THW A; 3D68 A; 4GM5 A; 4IK2 A; 1Y9W A; 3I3G A; 4NJQ A; 3B2Y A; 4CAE A; 1CJW A; 4Q36 A; 4UBR A; 1QMU A; 4JJX A; 4ZX8 A; 2Q4V A; 2BUE A; 3JUW A; 3V8I A; 3HLP A; 4KOY A; 2B5G A; 2V0G A; 3LMS A; 5CNP A; 5E96 A; 3RYO A; 3S6F A; 3N5F A; 5HH1 A; 4K3N A; 4L89 A; 1CP6 A; 2G0B A; 2AJ6 A; 3FX6 A; 1IU8 A; 1TKJ A; 3D7G A; 4GS4 A; 4OKO A; 4UFV A; 2B4B A; 4HPS A; 3EO4 A; 2QML A; 4MCR A; 3PB6 X; 4NGN A; 4NGQ A; 1BAV A; 4AVC A; 4PK2 A; 3N7Z A; 4KZT A; 2OZU A; 4R57 A; 2PVW A; 3FH4 A; 2Z3O A; 3HUV A; 4X2T A; 4X5K A; 2PE3 A; 4H2K A; 1VHS A; 4FUU A; 1NE9 A; 3R95 A; 3PFO A; 2I79 A; 2EWB A; 1YK3 A; 4G1P A; 4CYN A; 1BPN A; 2Q7B A; 1VIX A; 4II9 A; 3FEC A; 2VXK A; 5AG7 A; 4U5Y A; 4ZY0 A; 1FNO A; 2PJA A; 3BXM A; 3CXS A; 3GUX A; 1TF9 A; 3P2F A; 3NH4 A; 3D7F A; 3PFE A; 2H5M A; 4HNW B; 3TOB A; 3W91 A; 2IL4 A; 5JPH A; 1Q7L A; 2ZW4 A; 3KQX A; 1LCP A; 1HDQ A; 1M4G A; 4KOS A; 2WZN A; 4C2Y A; 4MHZ A; 3UY5 A; 2CIJ A; 4ORF A; 4NGS A; 4ZGY B; 1YQE A; 2BSW A; 3D4U A; 2PDO A; 3QNV A; 4B14 A; 3TTH A; 3FB3 A; 1MJ9 A; 2QVP A; 3I9S A; 5DS0 A; 1YLO A; 2J8R A; 3IFE A; 1K4J A; 2FT0 A; 4F9U A; 1BO4 A; 1YVO A; 3NFZ A; 5EC4 A; 4H6U A; 3VH9 A; 1XEB A; 3IWE A; 1TXR A; 4EFD A; 4X8I A; 4EVY A; 1CM0 A; 3B7I A; 4FD7 A; 4P45 A; 3S9N A; 1CPX A; 4OIW A; 3TE4 A; 3D2P A; 3V38 A; 1KUY A; 3KHZ A; 4R9M A; 2PRB A; 3D7D A; 3DR6 A; 4F9V A; 4BBH A; 1VKC A; 2ZEP A; 4NGR A; 1KUV A; 2JBJ A; 4U9Y A; 5IV0 A; 1PCA A; 2C6P A; 3F8K A; 3KGQ A; 4MCQ A; 2PJ3 A; 5AGE A; 3TO6 A; 1NSA A; 4MI4 A; 1ELM P; 1Y7R A; 2ARH A; 4KLV A; 1DTD A; 4FD6 A; 4UIA A; 2FSR A; 4R8F A; 4A30 A; 3R96 A; 3CT9 A; 4UEZ A; 4FWU A; 4AG9 A; 4CPA A; 4NGT A; 2Q0Y A; 3S9M A; 4YU9 A; 2AFS A; 5HXD A; 2VEZ A; 4PXC A; 5LYF A; 1XF8 A; 5CBM A; 2F7V A; 3WC6 A; 2R7H A; 4KVM E; 4DYO A; 4KOW A; 2ZW6 A; 5HVF A; 4HNY B; 3WT4 A; 2R8V A; 4E2A A; 2CNT A; 2V77 A; 4JWP A; 3B3W A; 2JDC A; 4FD4 A; 1OZP A; 4KUB A; 1M4D A; 1IY7 A; 1IOF A; 4A94 A; 2BO9 A; 2XEG A; 3KQZ A; 4LX9 A; 2PJ7 A; 3TX8 A; 2DF5 A; 2PIZ A; 2PJ9 A; 4DNC A; 2P6E A; 1ELL P; 2JEV A; 4RI1 A; 4MMO A; 3V7Z A; 3PB7 X; 4KSA A; 4PV6 A; 1ON0 A; 4KOU A; 2AFX A; 3FF3 A; 4R3K A; 3T8W A; 4P44 A; 3B3C A; 3SXO A; 4C2Z A; 4KUA A; 1I12 A; 2CNM A; 2VL1 A; 3KI9 A; 2RFH A; 3IJ3 A; 4KOX A; 4ZBG A; 3DR8 A; 4CGM A; 3K9U A; 5IB0 A; 4C68 A; 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