The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
109
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sequence length |
326
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structure length |
324
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Chain Sequence |
LKWPRDLRPLAHHDLLYMGQIEDRGDFNATLRNFLVPRVVGSQKHREVREFIVRSLKDLDWDVEEDCFDGQTPHGIKPFCNVIATLNPSACHRLVLACHYDSLLHKEGTFIGATDSAVPCAQLLYLARSLNGKLQNQKTRGDGLTLQLVFFDGEEAFERWSSHDSLYGSRHLAQKWHEDRTSAERLESCLERSEIANQIDRMEVMVLLDLLGAENPRFYSYFGETQPVYRRLVNIESRLNDAGLMELPRRRRRTNYFSNSSTVGFIEDDHIPFLKRSVPIVHIIPSPFPDVWHTLDDNEQNLHHPTISNLNKIFKAFVSEYLQL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional analyses of a glutaminyl cyclase from Ixodes scapularis reveal metal-independent catalysis and inhibitor binding.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Ixodes scapularis
|
| molecule keywords |
Glutaminyl cyclase, putative
|
| total genus |
109
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| structure length |
324
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| sequence length |
326
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.5: Glutaminyl-peptide cyclotransferase. |
| pdb deposition date | 2013-08-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04389 | Peptidase_M28 | Peptidase family M28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Q43 A; 3SJF A; 4FAI A; 1VIX A; 1PYT B; 4MHN A; 4OC2 A; 1EE3 P; 1VHE A; 3V7Z A; 1ARL A; 4ZY2 A; 2ABZ A; 3SJX A; 3JRU A; 3HLP A; 3K2K A; 4MHP A; 4UEZ A; 2HC9 A; 4UF4 A; 5JGF A; 2AFM A; 1CPX A; 1XJO A; 1LAM A; 3KAS A; 3CPX A; 1Y0Y A; 2GRE A; 2XEJ A; 3NH4 A; 3KQZ A; 4BD9 A; 3KQX A; 1TKJ A; 4OP4 A; 1OBR A; 2WYR A; 2F7V A; 4IK2 A; 2ZEF A; 4R6T A; 1TKH A; 3BI1 A; 1R3N A; 4NGN A; 2ZEM A; 4P44 A; 4P4F A; 4R7M A; 4NFR A; 3VAT A; 5F09 A; 3D7H A; 3B3T A; 4OC4 A; 3RZA A; 2ZEG A; 2QYV A; 1AYE A; 5D29 A; 2ZEH A; 5IB9 A; 4P4D A; 4P6Y A; 3D67 A; 3IJ3 A; 2V8D A; 4DJL A; 3LMS A; 5CPA A; 2PE3 A; 2PJ2 A; 3FVL A; 4MMO A; 4Z65 A; 3PFE A; 4OIW A; 4FWU A; 2EK9 A; 3ISX A; 4IHM A; 1ELM P; 4UIB A; 4EFD A; 3WC6 A; 1TKF A; 3FX6 A; 1Q7L A; 3PB8 X; 3IO1 A; 2PIY A; 2GLF A; 3TX8 A; 3PBE A; 3SI0 A; 4OME A; 3D7F A; 2XEF A; 3D66 A; 4FUU A; 4OID A; 2O53 A; 2PJ1 A; 3I1U A; 2WZN A; 2PJ5 A; 4WJB A; 3SJE A; 2AFW A; 4R76 A; 2QVP A; 3FED A; 1ZG7 A; 2VL1 A; 3KHX A; 3WAB A; 1LFW A; 3RBU A; 5I4M A; 3PB7 X; 5LYL A; 5LYF A; 2NYQ A; 1QQ9 A; 5LRG A; 2PIZ A; 2HB6 A; 2OOT A; 2V8H A; 4NGS A; 2O4H A; 1VGY A; 3IFE A; 5HVG A; 3QNV A; 4NJQ A; 3WC5 A; 1TXR A; 1YW4 A; 5THW A; 3PRT A; 3CPA A; 1IGB A; 1Y0R A; 1Z5R A; 1CPS A; 3FH4 A; 2ZOF A; 3MN8 A; 5JM6 A; 2I3C A; 2RB7 A; 5HXD A; 1YLO A; 4CPA A; 2PJ3 A; 5ELY A; 3SJG A; 1DTD A; 4G1P A; 1ARM A; 4MCP A; 3L2N A; 4P10 A; 3B3W A; 2PJ8 A; 4PQA A; 5JH9 A; 3PEI A; 3BI0 A; 3KR4 A; 4NGT A; 4OC0 A; 4PXD A; 4WWV A; 3B2Y A; 3IIB A; 2PJ4 A; 4ONW A; 4LQG A; 3N5F A; 3B3S A; 1FT7 A; 3DLJ A; 2V8G A; 3PB6 X; 3T8W A; 4OC3 A; 4A37 A; 5LRK A; 4P4I A; 2PJ0 A; 1YW6 A; 2AFS A; 2PJC A; 4TNU A; 4W9Y A; 1YSJ A; 4ZI6 A; 2C6P A; 4ZX8 A; 3S9M A; 7CPA A; 2RFH A; 2IQ6 A; 2FVG A; 2PJA A; 4ZYQ A; 1QMU A; 4P45 A; 3SI2 A; 5J1Q A; 3FEC A; 5K8N A; 1M4L A; 2IMO A; 1YME A; 4F8Z A; 3S9N A; 1XRY A; 2DEA A; 2JBJ A; 1CX8 A; 4YWY A; 1HDQ A; 2JEW A; 1R43 A; 1CP6 A; 1F2P A; 2PVW A; 2QJ8 A; 1UWY A; 4P4B A; 4MCQ A; 4YU9 A; 5HVH A; 3B7I A; 3D4U A; 3GLJ A; 1H8L A; 2GU2 A; 1ELL P; 5CBM A; 1JQG A; 2ZEO A; 4EME A; 2CIJ A; 4OC5 A; 4UIA A; 2IJZ A; 2C1C A; 3KI9 A; 1HDU A; 3KL9 A; 1TF9 A; 1CBX A; 1XBU A; 4OKO A; 3VH9 A; 4PPZ A; 2ZED A; 3B35 A; 3HUV A; 2PCU A; 5LRJ A; 1Z8L A; 4PXC A; 1XFO A; 4F9U A; 2ANP A; 2ZOG A; 4B6Z A; 4UEF A; 1BLL E; 1Z2L A; 4OC1 A; 3PB9 X; 2AFX A; 2CF4 A; 2PVV A; 4MHY A; 4RUH A; 2PJ9 A; 3PBB A; 2G9D A; 5K8O A; 1PCA A; 3GUX A; 3NA6 A; 4KSI A; 1XMB A; 2XEG A; 4P4E A; 2Q4Z A; 1RTQ A; 4ZY0 A; 4MXU A; 3S9L A; 4A94 A; 4UEE A; 3SI1 A; 1LOK A; 2Q51 A; 4MCS A; 5DS0 A; 4A39 A; 1ZG9 A; 3BXM A; 2V8V A; 2EWB A; 3FJU A; 4PXE A; 3TC8 A; 3FEE A; 1VHO A; 1Y7E A; 1CP7 A; 2ZEN A; 4X8I A; 2CTC A; 2J9A A; 1HEE A; 2JBK A; 1BAV A; 4FBE A; 2BOA A; 2PRQ A; 2AFO A; 3D68 A; 4NJR A; 4NGQ A; 2ZEL A; 3WC7 A; 1GYT A; 2F8H A; 4H2K A; 4MCR A; 2PJB A; 4JYW A; 2BCO A; 4R8F A; 1IY7 A; 3VAR A; 5LYI A; 2XEI A; 5D8N A; 3CDX A; 2EK8 A; 2PJ7 A; 2ZEE A; 1F57 A; 4AXV A; 3KZW A; 4NGR A; 3B3V A; 4MRI A; 4NGM A; 5K8M A; 1LAP A; 2POK A; 1CG2 A; 3MRU A; 4NGP A; 2C6G A; 1BPM A; 4Q7A A; 4ZX9 A; 3PB4 X; 1NSA A; 3IC1 A; 4A38 A; 5HVF A; 3BHX A; 1BPN A; 3LWU A; 4MHZ A; 1ZG8 A; 3ISZ A; 3K9T A; 1LAN A; 1ZLH A; 1TF8 A; 4JZ0 A; 3NFZ A; 4IAV A; 3H8E A; 4EWT A; 4ZY1 A; 3FMC A; 1DE4 C; 1AMP A; 3NH8 A; 2GLJ A; 2BO9 A; 3H8F A; 3KR5 A; 3KGQ A; 4O23 A; 3CT9 A; 3GB0 A; 6CPA A; 1ZLI A; 8CPA A; 3PFO A; 2AFU A; 4F9V A; 4DUK A; 2OR4 A; 1FNO A; 3D7G A; 3B3C A; 4DYO A; 5LYD A; 4PXB A; 3IEH A; 2C6C A; 3WT4 A; 4X3R A; 4TWE A; 4GM5 A; 3D7D A; 4P4J A; 3NH5 A; 4K3N A; 1LCP A; 2NSM A; 2V77 A; 2CTB A; 3V38 A; 3RAM A; 3FF3 A; 3DGV A; 1F2O A; 5K8P A; 1KWM A; 2PJ6 A; 2AFZ A; 2ZEP A; 3H8G A; 4X2T A; 3IWW A; 3KHZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Q43 A; 3JUW A; 3SJF A; 4FAI A; 1VIX A; 1PYT B; 4MHN A; 3D8P A; 4OC2 A; 1EE3 P; 2H5M A; 1VHE A; 3V7Z A; 4B5O A; 1S60 A; 3GY9 A; 3LD2 A; 3EY5 A; 1ARL A; 1M1D A; 4ZY2 A; 2ABZ A; 4KOV A; 3SJX A; 1Z9U A; 3JRU A; 3HLP A; 4UBR A; 3K2K A; 4Y49 B; 4MHP A; 3GIU A; 4UEZ A; 2HC9 A; 1Y9W A; 4KZT A; 1X12 A; 2Z3K A; 4UFW A; 4M6I A; 2FSR A; 4CGP A; 3FNC A; 2K5T A; 2ZW4 A; 2PQ8 A; 4UF4 A; 2FE7 A; 4X5K A; 2AFM A; 1CPX A; 2GAN A; 5JGF A; 1XJO A; 2OB0 A; 2YGW A; 1LAM A; 1Z4E A; 2NMT A; 3CPX A; 3KAS A; 2EO8 A; 4JWP A; 4R87 A; 3DR8 A; 1Y0Y A; 2GRE A; 2HV2 A; 3QAY A; 4PSX A; 2XEJ A; 1K4J A; 2JDC A; 3KQZ A; 3NH4 A; 1XMT A; 4A2Z A; 2Z3N A; 4BD9 A; 4H89 A; 3KQX A; 1TKJ A; 4UWJ A; 5EC4 A; 1CM0 A; 2Q44 A; 4OP4 A; 4UA3 A; 1OBR A; 3TO6 A; 2WYR A; 3PZJ A; 1IIC A; 2F7V A; 4CAV A; 4IK2 A; 2ZEF A; 1XIX A; 1NE9 A; 4KS9 A; 4R6T A; 3D2M A; 2DXQ A; 1B87 A; 1TKH A; 2RC4 A; 3BI1 A; 5G21 A; 1R3N A; 4C68 A; 4NGN A; 1ON0 A; 3EC4 A; 3LOD A; 2ZEM A; 1VHS A; 4P44 A; 4P4F A; 4JD6 A; 1X10 A; 4KUA A; 4R7M A; 3EO4 A; 5AG6 A; 1AUG A; 2D4O A; 4NFR A; 1YR0 A; 4HNW B; 3VAT A; 5F09 A; 2A4N A; 1XOV A; 3D7H A; 3B3T A; 2Z3L A; 1YLE A; 4OC4 A; 2B3V A; 1YX0 A; 3JTK A; 4DNC A; 3RZA A; 1YVO A; 2ZEG A; 2QYV A; 4RS2 A; 4KLW A; 5G1Z A; 1AYE A; 2ZW7 A; 2I00 A; 2ZEH A; 5D29 A; 4AB7 A; 4P4D A; 5IB9 A; 4HPS A; 4P6Y A; 3D67 A; 4FD5 A; 2JLM A; 4UCP A; 5CNP A; 1BOB A; 3GYA A; 4R9M A; 4B5P B; 3IJ3 A; 3TE4 A; 1XE4 A; 3TOB A; 2V8D A; 4DJL A; 4A95 A; 5A27 A; 3LMS A; 1M4D A; 4B13 A; 4UWI A; 3OWC A; 5CPA A; 2PE3 A; 4Q36 A; 4RN7 A; 1Q2D A; 2PJ2 A; 4OLL A; 3TFY A; 3FVL A; 3F0A A; 2GFQ A; 4CGM A; 4MMO A; 4Z65 A; 5JQ4 A; 3PFE A; 4OIW A; 3A9L A; 2ATR A; 1Y9K A; 4E2A A; 4FWU A; 2R98 A; 5F46 A; 2EK9 A; 1S7L A; 3ISX A; 3VWD A; 1RXT A; 3IWG A; 3DDD A; 1R57 A; 4KSA A; 3C26 A; 4IUS A; 1V0C A; 2FIA A; 4IHM A; 1ELM P; 4UIB A; 4QUS A; 4GXH A; 5F48 A; 4R57 A; 5AG7 A; 4EFD A; 2WUU A; 1TKF A; 1XF8 A; 3FX6 A; 3WC6 A; 5C82 A; 1Q7L A; 1J4J A; 1LRZ A; 2REE A; 2PC1 A; 5EMI A; 3PB8 X; 1OZP A; 3IO1 A; 1U6M A; 2PIY A; 2GLF A; 3TX8 A; 3PBE A; 2EVN A; 1B6B A; 4OME A; 3SI0 A; 4UCM A; 4E0A A; 2Q4V A; 4PK3 A; 3D7F A; 3S6F A; 2XEF A; 4PSW A; 3D66 A; 5HMN A; 3TOA A; 4FUU A; 2Q04 A; 4OID A; 3QAH A; 4ORF A; 2J8M A; 4YRH A; 5JPH A; 4OAE A; 2O53 A; 4KOY A; 2P6F A; 2QML A; 2PJ1 A; 2VXK A; 5KTD A; 3I1U A; 2WZN A; 4MFP A; 2F5I A; 2OU2 A; 2PJ5 A; 4WJB A; 3SJE A; 2BL1 A; 2AFW A; 1IB1 E; 4R76 A; 2QVP A; 5C88 A; 3FED A; 1ZG7 A; 1QSR A; 5H84 A; 4B11 A; 2YND A; 2CNT A; 2PRB A; 2VL1 A; 3KHX A; 4PK2 A; 1LFW A; 2B5G A; 3RBU A; 3WAB A; 5I4M A; 3FRM A; 4GS4 A; 2VBQ A; 3PB7 X; 5LYL A; 5LYF A; 2NYQ A; 1QQ9 A; 5AG5 A; 3TO9 A; 4CAX A; 5J8F A; 4ZBG A; 2HUZ A; 3FYN A; 2PIZ A; 2Z3P A; 2HB6 A; 5LRG A; 2V8H A; 4NGS A; 2OOT A; 5KTA A; 2O4H A; 1VGY A; 2I79 A; 3IFE A; 5HVG A; 3QNV A; 4NJQ A; 3WC5 A; 5AGE A; 3NE7 A; 2PR8 A; 5F49 A; 1TXR A; 1YW4 A; 4JXQ A; 3FBU A; 3PRT A; 5THW A; 4YFJ A; 1KUV A; 3CPA A; 4NXY A; 1M4G A; 3T9Y A; 3P2F A; 4NCZ A; 2CNS A; 4EVY A; 1IGB A; 1IOI A; 4C2Z A; 1Y0R A; 1S7F A; 3R9F A; 2D4P A; 1Z5R A; 1YGH A; 1CPS A; 1MJA A; 4AVA A; 4C2Y A; 3FH4 A; 4PV6 A; 1YRE A; 3S6G A; 2ZOF A; 3I9S A; 4JJX A; 2FCK A; 3MN8 A; 5JM6 A; 4II9 A; 4A30 A; 2ODF A; 3G3S A; 2I3C A; 2RB7 A; 5HXD A; 1YLO A; 1NSL A; 4CPA A; 1GHE A; 2PJ3 A; 5ELY A; 3SJG A; 1XEB A; 1DTD A; 4KUB A; 4G1P A; 1ARM A; 2OH1 A; 4MCP A; 4ONU A; 2EUI A; 3L2N A; 4P10 A; 3B3W A; 2PJ8 A; 4PQA A; 5JH9 A; 3PEI A; 1P0H A; 3P2H A; 4A32 A; 3BI0 A; 4MFL A; 2BUE A; 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