The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
98
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sequence length |
265
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structure length |
265
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Chain Sequence |
TDSPVLALAKELISRQSVTPADAGCQDLMIERLKALGFEIESMVFEDTTNFWARRGTQSPLFVFAGHTDVVPAGPLSQWHTPPFEPTVIDGFLHGRGAADMKGSLACMIVAVERFIAEHPDHQGSIGFLITSDEEGPFINGTVRVVETLMARNELIDMCIVGEPSSTLAVGDVVKNGRRGGGFLTDTGELLAAVVAAVEEVNHQAPALLTTGGTSDGRFIAQMGAQVVELGPVNATIHKVNECVRIADLEKLTDMYQKTLNHLLG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Vibrio cholerae o1 biovar el tor
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| publication title |
The Dimerization Domain in DapE Enzymes Is required for Catalysis.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
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| total genus |
98
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| structure length |
265
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| sequence length |
265
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.5.1.18: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase. |
| pdb deposition date | 2014-01-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01546 | Peptidase_M20 | Peptidase family M20/M25/M40 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AFX A; 3B2Y A; 3K9T A; 3SJX A; 2EK8 A; 4MCP A; 2HB6 A; 4MCQ A; 1F2P A; 3KR4 A; 1BPM A; 4P45 A; 4A94 A; 4F9V A; 3RZA A; 1CX8 A; 2PE3 A; 1ZLI A; 3KHX A; 3NH4 A; 3QNV A; 1YW6 A; 3D4U A; 2PJ6 A; 3SJF A; 5LYL A; 6CPA A; 1Y0Y A; 2O53 A; 2F7V A; 2V8G A; 4NGR A; 1LAP A; 4MMO A; 4ZX8 A; 2C6G A; 2PJC A; 2O4H A; 3FF3 A; 4ZX9 A; 1TF8 A; 1QMU A; 3KQZ A; 3KL9 A; 4PXB A; 1GYT A; 1FNO A; 3DLJ A; 3B3W A; 2GRE A; 4YWY A; 2Q4Z A; 2GLJ A; 4EFD A; 5LRG A; 2ZEN A; 4ZY2 A; 3FX6 A; 2PIY A; 1Z2L A; 3V38 A; 4PXE A; 3SI1 A; 5K8M A; 5LYF A; 3FMC A; 5DS0 A; 3BXM A; 4OC0 A; 4OP4 A; 4AXV A; 5THW A; 5HVH A; 2POK A; 2PJ5 A; 1PYT B; 3LWU A; 3FED A; 4G1P A; 3BI1 A; 1CG2 A; 5D8N A; 3PB9 X; 4X3R A; 2FVG A; 4ZY0 A; 4DYO A; 1CP6 A; 4UEZ A; 2AFU A; 1JQG A; 3IC1 A; 1TKJ A; 2Q43 A; 4IHM A; 1Y7E A; 2C6C A; 3IEH A; 4OC5 A; 4A37 A; 3IWW A; 4OC1 A; 3SJE A; 5I4M A; 4F9U A; 1YLO A; 2BO9 A; 2ZEH A; 2VL1 A; 2RB7 A; 2IMO A; 3PBB A; 4RUH A; 2ZEO A; 3TC8 A; 4ZY1 A; 1IY7 A; 3SJG A; 3WC5 A; 4PXC A; 2PJA A; 1HDU A; 2G9D A; 3MRU A; 3K2K A; 1CBX A; 2NSM A; 4P4B A; 4OME A; 4FBE A; 2IQ6 A; 2PJ9 A; 3KAS A; 1EE3 P; 3H8G A; 2ZEF A; 2AFW A; 3FVL A; 2GLF A; 2V8H A; 2V8V A; 3KQX A; 2C6P A; 4GM5 A; 3IIB A; 4JYW A; 3WT4 A; 4WJB A; 4R6T A; 3VAT A; 2QJ8 A; 3KHZ A; 1ZG9 A; 3PB4 X; 4ONW A; 4PXD A; 3PRT A; 4MCR A; 2C1C A; 4MHN A; 1LCP A; 4P4F A; 4Z65 A; 3RAM A; 2F8H A; 5D29 A; 2AFO A; 4EWT A; 1PCA A; 2HC9 A; 4OC4 A; 4MHP A; 5F09 A; 4F8Z A; 4NGT A; 3WC6 A; 1Z8L A; 4MHY A; 5JGF A; 1YME A; 3CDX A; 3S9M A; 3VAR A; 3CT9 A; 1Y0R A; 4NGQ A; 3HUV A; 4R7M A; 5K8P A; 3I1U A; 4H2K A; 2PJ3 A; 4OIW A; 1F57 A; 3IFE A; 2ZEE A; 4TNU A; 3RBU A; 2ZEP A; 5LRK A; 1ZG7 A; 4P4J A; 2PJ2 A; 3GLJ A; 2BOA A; 2WZN A; 3H8F A; 8CPA A; 4KSI A; 4A39 A; 5LYI A; 4BD9 A; 2AFM A; 3KI9 A; 4UIA A; 4OC2 A; 1VIX A; 4WWV A; 3N5F A; 2Q51 A; 1F2O A; 1BAV A; 1XBU A; 3GB0 A; 3ISZ A; 3PEI A; 3KZW A; 1DE4 C; 3WAB A; 4Q7A A; 2PVV A; 2PJ8 A; 1VHE A; 5JH9 A; 1YSJ A; 5LYD A; 2NYQ A; 4OID A; 1BPN A; 4P4E A; 1ZG8 A; 3D7F A; 5K8N A; 3PB8 X; 3VH9 A; 3B7I A; 1OBR A; 2PJ4 A; 7CPA A; 2ZOF A; 1ZLH A; 3HLP A; 1ARL A; 1HDQ A; 4NGM A; 4PQA A; 4NJQ A; 2CF4 A; 1CPS A; 1Z5R A; 2ZEM A; 3H8E A; 2PVW A; 3GUX A; 3B3S A; 4UIB A; 1TKF A; 1LOK A; 4DJL A; 3S9L A; 2ANP A; 2JBK A; 2OR4 A; 3TX8 A; 1VGY A; 2GU2 A; 4PPZ A; 2QVP A; 3SI0 A; 3D7H A; 4K3N A; 1NSA A; 5HVG A; 2DEA A; 1TKH A; 1ELL P; 2PJ1 A; 3ISX A; 2XEI A; 3PFO A; 2JBJ A; 2PJB A; 1XRY A; 4FWU A; 5IB9 A; 4B6Z A; 3B35 A; 2PCU A; 2V8D A; 4ZI6 A; 4LQG A; 3WC7 A; 4NJR A; 1R3N A; 2XEF A; 2ZED A; 2QYV A; 2AFZ A; 3BHX A; 3FEC A; 4P10 A; 2RFH A; 2BCO A; 5J1Q A; 2CIJ A; 4MXU A; 4P44 A; 2PJ7 A; 2ZEL A; 1XMB A; 3PFE A; 1AMP A; 2J9A A; 1M4L A; 3B3V A; 1HEE A; 3B3C A; 3D67 A; 1H8L A; 4NFR A; 1ELM P; 4P4I A; 4ZYQ A; 3D66 A; 1IGB A; 2ZOG A; 1KWM A; 5CBM A; 4OC3 A; 1R43 A; 2CTB A; 2CTC A; 3V7Z A; 4UF4 A; 2AFS A; 4MCS A; 2IJZ A; 2OOT A; 2WYR A; 1DTD A; 4UEE A; 3PB6 X; 5ELY A; 4IAV A; 5LRJ A; 2V77 A; 3PBE A; 4X8I A; 3NH5 A; 3D7G A; 3JRU A; 2EWB A; 4EME A; 1YW4 A; 3KGQ A; 3FH4 A; 1XFO A; 1LFW A; 3FEE A; 1CPX A; 1UWY A; 3S9N A; 3IJ3 A; 4P6Y A; 3KR5 A; 1QQ9 A; 3IO1 A; 4W9Y A; 1FT7 A; 4A38 A; 4R76 A; 2EK9 A; 5HXD A; 4TWE A; 4FUU A; 2PRQ A; 2XEJ A; 1TF9 A; 3MN8 A; 2PJ0 A; 3T8W A; 2PIZ A; 2JEW A; 2XEG A; 4P4D A; 3NH8 A; 5JM6 A; 5K8O A; 1LAM A; 3D7D A; 4O23 A; 1LAN A; 4NGN A; 3B3T A; 4FAI A; 3DGV A; 4NGS A; 3CPX A; 3D68 A; 2I3C A; 3NA6 A; 4YU9 A; 4R8F A; 4IK2 A; 1CP7 A; 4NGP A; 1VHO A; 1ARM A; 4DUK A; 3CPA A; 4CPA A; 1Q7L A; 3LMS A; 3L2N A; 5CPA A; 4JZ0 A; 2ABZ A; 3BI0 A; 3NFZ A; 1XJO A; 3FJU A; 3SI2 A; 1AYE A; 2ZEG A; 5HVF A; 4MHZ A; 3PB7 X; 4UEF A; 1BLL E; 1TXR A; 4MRI A; 4X2T A; 4OKO A; 1RTQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2AFX A; 3B2Y A; 3K9T A; 3P2F A; 2D4O A; 3SJX A; 2EK8 A; 2Q44 A; 4MCP A; 4QUS A; 2HB6 A; 3V8I A; 4MCQ A; 4FD7 A; 3JTK A; 4C2Y A; 1F2P A; 4HKF A; 2FIA A; 1BPM A; 3KR4 A; 4P45 A; 4R9M A; 4A94 A; 3D2P A; 1KUX A; 3RZA A; 4F9V A; 1Z4E A; 3TOB A; 1CX8 A; 2PE3 A; 1CJW A; 1ZLI A; 3KHX A; 3NH4 A; 1Z9U A; 2WSA A; 1YW6 A; 3D4U A; 2PJ6 A; 3QNV A; 2CNT A; 3SJF A; 5LYL A; 6CPA A; 3IU2 A; 1Y0Y A; 2Z3P A; 3LOD A; 4QC6 A; 2O53 A; 2GE3 A; 4KVX A; 4BMH A; 3ZZI A; 2F7V A; 2V8G A; 4NGR A; 4UCM A; 4R87 A; 1Q2D A; 5J8F A; 1LAP A; 4MMO A; 4ZX8 A; 2C6G A; 2PJC A; 4MI4 A; 4A30 A; 2FE7 A; 2HQY A; 2O4H A; 4C2Z A; 4DNC A; 3FF3 A; 4ZX9 A; 1TF8 A; 1QMU A; 3LAC A; 4AB7 A; 3S6K A; 2R7H A; 2ODF A; 2VEZ A; 3KQZ A; 3KL9 A; 3TO7 A; 4PXB A; 1GYT A; 1FNO A; 3DLJ A; 3B3W A; 2OB0 A; 4A33 A; 2GRE A; 4U9Z A; 4YWY A; 1XOV A; 2Q4Z A; 2GLJ A; 3R95 A; 4A95 A; 4EFD A; 5LRG A; 2ZEN A; 4ZY2 A; 3FX6 A; 2PIY A; 3G8W A; 2A4N A; 1YVO A; 1YR0 A; 3RO0 A; 1IYK A; 1Z2L A; 2B3U A; 5AG7 A; 2Q4V A; 3V38 A; 4B5P A; 1ON0 A; 3FBU A; 2B4D A; 4J3G A; 4PXE A; 4UFX A; 3SI1 A; 3ZJ0 A; 5K8M A; 5LYF A; 2OU2 A; 3FMC A; 5DS0 A; 4KLV A; 1NSL A; 3BXM A; 4NF1 A; 5F48 A; 4OC0 A; 4OP4 A; 4AXV A; 3FRM A; 5THW A; 5HVH A; 2POK A; 2PJ5 A; 4OKO A; 1PYT B; 3LWU A; 3D8P A; 4IUS A; 3FED A; 1YGH A; 3BI1 A; 4G1P A; 2HUZ A; 1CG2 A; 2PSW A; 1Z8X A; 2D4P A; 1N71 A; 2YNC C; 5D8N A; 3I3G A; 3PB9 X; 3G3S A; 4CS0 B; 4X3R A; 3DR8 A; 2FVG A; 4QVT A; 2R1I A; 1I21 A; 4C7H A; 4DYO A; 3FYN A; 4ZY0 A; 1CP6 A; 4UEZ A; 2AFU A; 2DPT A; 1JQG A; 1MJA A; 3IC1 A; 2YNE A; 1TKJ A; 3BJ8 A; 4B13 A; 5C88 A; 2Q43 A; 3IGR A; 4IHM A; 4JXQ A; 3N7Z A; 1Y7E A; 2C6C A; 4GS4 A; 3IEH A; 4OC5 A; 2CNS A; 2EUI A; 1YVK A; 3JVN A; 2FSR A; 1VHS A; 4A2Z A; 4A37 A; 3S6G A; 1MJ9 A; 1X10 A; 4JXR A; 2RC4 A; 3IWW A; 4OC1 A; 3SJE A; 3P2H A; 5I4M A; 4F9U A; 1YLO A; 3MGD A; 5ISV A; 2BO9 A; 2ZEH A; 2VL1 A; 2RB7 A; 5JQ4 A; 4E8O A; 2IMO A; 3PBB A; 4RUH A; 2ZEO A; 3TC8 A; 2I00 A; 4LX9 A; 1IY7 A; 3QAH A; 3SJG A; 4ZY1 A; 3WC5 A; 4ORF A; 4UFW A; 4PXC A; 2PJA A; 1IID A; 1HDU A; 4NCZ A; 2BEI A; 4CGL A; 2G9D A; 3MRU A; 3K2K A; 3B8G A; 1CBX A; 2NSM A; 4P4B A; 1QST A; 4II9 A; 3CXP A; 4B14 A; 2B5G B; 4MFP A; 2JLM A; 1M4I A; 4OME A; 4FBE A; 1K4J A; 2IQ6 A; 3TTH A; 2PJ9 A; 1QSO A; 2GAN A; 3KAS A; 1EE3 P; 2EO8 A; 3SXN A; 3H8G A; 2REE A; 2ZEF A; 3TT2 A; 5C82 A; 2AFW A; 2OZG A; 3FVL A; 5AG5 A; 2GLF A; 2V8H A; 2V8V A; 2WPW A; 2ZW4 A; 2C6P A; 3KQX A; 4C68 A; 5G1Z A; 2HV2 A; 4GM5 A; 4R3L A; 4A32 A; 3IIB A; 5KTA A; 2ATR A; 3H5Z A; 1NMT A; 5BWA B; 4OLL A; 4KOV A; 4JYW A; 1PU9 A; 4LQ6 A; 3R9F A; 4CGN A; 2PR8 A; 2WUU A; 3WT4 A; 4WJB A; 3W6S A; 1L0C A; 1IU8 A; 3NE7 A; 4RI1 A; 1M44 A; 1ZO0 A; 2YGW A; 4MFL A; 5AGE A; 4R6T A; 3VAT A; 2QJ8 A; 3KHZ A; 4F0X A; 4EVY A; 1ZG9 A; 3PB4 X; 4ONW A; 5IV0 A; 4PXD A; 1V0C A; 2C27 A; 4I49 A; 3LD2 A; 4A31 A; 4FD5 A; 5J8C A; 3PRT A; 4MCR A; 3CXQ A; 2C1C A; 4QBJ A; 2K5T A; 4MHN A; 3UY5 A; 5G20 A; 4GXH A; 4Y49 C; 4AVA A; 4FD6 A; 3R9E A; 1LCP A; 2ZPA A; 4L8A A; 4P4F A; 2Z3M A; 1WWZ A; 4Z65 A; 3RAM A; 2F8H A; 2QEC A; 3CXS A; 4RN7 A; 5D29 A; 2AFO A; 2FCK A; 1PCA A; 2X7B A; 2HC9 A; 4HNW B; 4OC4 A; 1PUA A; 3PP9 A; 4KUA A; 4MHP A; 3W6X A; 5F09 A; 4XNH C; 2BSW A; 4F8Z A; 2Z3K A; 4CRZ B; 2VXK A; 4NGT A; 5A28 A; 4AVB A; 2EVN A; 3GY9 A; 3E0K A; 2P6E A; 1Z8L A; 3WC6 A; 2FIW A; 4MHY A; 5JGF A; 5H84 A; 1YME A; 4UA3 A; 3NE8 A; 4AG9 A; 5KTD A; 3VWD A; 1S7K A; 4PV6 A; 3CDX A; 4QB9 A; 3C26 A; 3S9M A; 3R1K A; 3SHP A; 3VAR A; 1YLE A; 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