The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
102
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sequence length |
297
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structure length |
297
|
Chain Sequence |
SHPSPQAKPSNPSNPRVFFDVDIGGERVGRIVLELFADIVPKTAENFRALCTGEKGIGPTTGKPLHFKGCPFHRIIKKFMIQGGDFSNQNGTGGESIYGEKFEDENFHYKHDKEGLLSMANAGSNTNGSQFFITTVPTPHLDGKHVVFGQVIKGMGVAKILENVEVKGEKPAKLCVIAECGELKEGDDWGIFPKDGSGDSHPDFPEDADVDLKDVDKILLISEDLKNIGNTFFKSQNWEMAIKKYTKVLRYVEGSRAAAEDADGAKLQPVALSCVLNIGACKLKMSDWQGAVDSCLE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Two structures of cyclophilin 40: folding and fidelity in the TPR domains.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cyclophilin 40
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| molecule tags |
Isomerase
|
| source organism |
Bos taurus
|
| total genus |
102
|
| structure length |
297
|
| sequence length |
297
|
| ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
| pdb deposition date | 2001-04-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00160 | Pro_isomerase | Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD |
| A | PF13176 | TPR_7 | Tetratricopeptide repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Cyclophilin | Cyclophilin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MML B; 1RMH A; 3R54 A; 2X83 B; 5KV4 A; 2N0T A; 4DGB A; 3ICH A; 1M63 C; 4N1Q A; 1MIK A; 1CWA A; 3K0P A; 5KUN A; 3RCG A; 1XO7 A; 2ZP2 A; 1X7F A; 3RDD A; 4E1Q A; 5CBU A; 5CCS X; 1C5F A; 2PLU A; 4R3F A; 2C3B A; 4LQW A; 4N1N A; 3CYS A; 5KV2 A; 1AWQ A; 2WFI A; 3OEP A; 3RDC A; 1W74 A; 4J5B A; 3VA7 A; 4ZSD A; 2P0O A; 2FU0 A; 1CWM A; 3EOV A; 4DGC A; 2R99 A; 4J58 A; 3ORE A; 2BIT X; 5F66 A; 1A58 A; 4JCP A; 4JJM A; 3ODI A; 1J2A A; 3K0Q A; 1IIP A; 2HAQ A; 3BO7 A; 4YUM A; 4N1O A; 1DYW A; 2CPL A; 4J5D X; 3QYU A; 2POE A; 2X2A A; 2X2C K; 2NUL A; 4N1M A; 1E8K A; 3UCH A; 4HY7 A; 2RMB A; 1CWJ A; 1MZW A; 3R59 A; 4O8H A; 1E3B A; 3R4G A; 3RCI X; 5CCN A; 2CYH A; 3RDA X; 4CYH A; 1AWV A; 4YUO A; 4O8I A; 2OSE A; 3T1U A; 5KUL A; 1IST A; 5LUD A; 2CFE A; 1W8L A; 2MS4 A; 1BCK A; 1ZMF A; 2CK1 A; 2RS4 A; 3MML A; 4J5A X; 1M9X A; 4S1E A; 1ZKF A; 3K0R A; 5KUQ A; 2X2D B; 4FRU A; 2X25 B; 2RMC A; 1CWK A; 1CWL A; 2K7N A; 3RCL A; 1XYH A; 3O7T A; 5CBV A; 4R3E A; 3RD9 X; 5DUD A; 1CWO A; 4N1P A; 4ZSC A; 1M9E A; 4N1S A; 1VAI A; 2BIU X; 2CMT A; 1CWH A; 1W8M A; 4YUN A; 5KUR A; 2MC9 A; 5KV1 A; 2X7K A; 3BT8 A; 1CWI A; 2A2N A; 4XNC A; 5KUO A; 3K0N A; 2XGY B; 4YUG A; 2OJU A; 4YUL A; 1FGL A; 5KV6 A; 1QOI A; 3ICI A; 5KV7 A; 4DGA A; 4TOT A; 5KUZ A; 3RCF A; 4J5E X; 1QNH A; 1M9C A; 5KUS A; 4DGE A; 1AK4 A; 4YUI A; 3JB9 d; 3S6M A; 3K0O A; 3ODL A; 3R49 A; 5KUW A; 4N1R A; 5CCQ A; 1NMK A; 3K2C A; 1OCA A; 5KV3 A; 3CYH A; 5CBW A; 1V9T A; 1H0P A; 1W8V A; 2HQJ A; 2MVZ A; 2HE9 A; 3RDB A; 2ALF A; 4J5C X; 4IPZ A; 5KV5 A; 2OK3 A; 3BKP A; 2MZU A; 3OPF A; 5JHE A; 3RCK X; 2WFJ A; 5CBT A; 5KUV A; 2IGW A; 4DGD A; 1M9Y A; 1CLH A; 1CWB A; 1VDN A; 2RMA A; 2POY A; 1Z81 A; 1CWF A; 1QNG A; 1VBT A; 4YUJ A; 4EYV A; 2Z6W A; 3PMP A; 1ZKC A; 5KV0 A; 1A33 A; 1IHG A; 4YUH A; 1CYN A; 5KUU A; 3RFY A; 2HQ6 A; 1YND A; 4FRV A; 4I9Y A; 4YUP A; 4S1J A; 1AWT A; 1MF8 C; 3R57 A; 4YUK A; 1M9D A; 1VBS A; 1M9F A; 1AWU A; 1XWN A; 2GW2 A; 3R56 A; 5CYH A; 1LOP A; 5CCR A; 3K0M A; 4J59 A; 2ESL A; 2QER A; 5A0E A; 2WLW A; 1AWR A; 1CWC A; 2B71 A; 1XQ7 A; 2PHC B; 1AWS A; 2IGV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4F2R A; 3MML B; 4ECW A; 4OJ6 A; 2K4P A; 3UQ0 A; 2BHN A; 2ASD A; 2WHE A; 5KG6 A; 1XO7 A; 2EZZ A; 4OJL A; 3HRD D; 2ZJ5 A; 3RR7 A; 8ICA A; 3T5J A; 3EOV A; 1ZET A; 2W11 A; 5DB9 A; 3Q8Q B; 4EEK A; 4BXO A; 3V6H A; 2KD1 A; 4DL3 A; 1V9P A; 5IIO A; 2POE A; 3D2N A; 2BQU A; 4EBD A; 4QW8 A; 2RMB A; 4BWM A; 5KFO A; 1E3B A; 5F9L A; 1ZQV A; 2LBO A; 2CN1 A; 8ICG A; 4IQV A; 2K8C B; 5KG2 A; 4EBE A; 1ZYQ A; 1KN5 A; 4B6J A; 4F8R A; 3H7I A; 2BCR A; 5DBA A; 2NRZ A; 3GV5 B; 2K4I A; 5III A; 2VA8 A; 2X25 B; 3GV7 B; 2DPJ A; 3MDC A; 5J0Q A; 4F93 B; 3H8W A; 1CWO A; 2KSO A; 3I28 A; 1NJZ A; 2FPM A; 2H3F A; 3JPS A; 1TVA A; 1ZQI A; 2FPK A; 4DLG A; 3RJK A; 3H4D A; 1UA1 A; 1UQV A; 5AI5 A; 5BPC A; 5KT7 A; 3L5K A; 4YUI A; 4B9V A; 4YN4 A; 5KL8 B; 3QUT A; 3BZC A; 3BS5 A; 2HQJ A; 1SZP A; 3V7L A; 3BS7 A; 2WFJ A; 5J0W A; 4I2E A; 1ZQT A; 1FFU A; 1CLH A; 4OO1 J; 4U6P A; 2LM1 A; 1KTQ A; 3TAP A; 2YB1 A; 4F4X A; 3GDX A; 1IM4 A; 3UMG A; 4RQ1 A; 1M9D A; 1XWN A; 2I6X A; 4NLZ A; 2ZUB A; 3QEA Z; 1M6Y A; 2EZY A; 3BQ1 A; 4B9N A; 4NL9 C; 1X42 A; 4Y2Y A; 5ALS A; 3OHB A; 1XSP A; 2RLT A; 2A19 A; 2EAP A; 1SWW A; 3GII A; 1KDH A; 8ICS A; 4F5P A; 3RDC A; 3HKZ C; 3KHH A; 3VA7 A; 1CWM A; 5J2B A; 1S0O A; 5F66 A; 3RJJ A; 4OJ5 A; 2KVC A; 4MF2 A; 1DGJ A; 1TKD A; 4YUM A; 2YMP A; 4ZH4 A; 9ICX A; 5KFG A; 9ICM A; 2XY6 A; 5AM1 A; 4PHD A; 2IA6 A; 2ZIU A; 1A77 A; 3RCI X; 3RJI A; 3RTV A; 2FJ6 A; 3RH5 A; 4KLD A; 4IQW A; 2ZIW B; 3T1U A; 2BR0 A; 4XUS A; 3K0R A; 5AM2 A; 2MSN A; 4FRU A; 2RMC A; 1S97 A; 4J9K A; 7ICS A; 8ICQ A; 1XU4 A; 1XYH A; 1PVQ A; 1RYS A; 4AYB F; 1U9L A; 1WWV A; 5KFN A; 3C5G A; 3AQF A; 4DF8 A; 2BPF A; 1S0N A; 1JXL A; 2PI5 A; 4MF8 A; 4BDP A; 4XNC A; 4YUG A; 5AK3 A; 4DLE A; 2KTQ A; 2K60 A; 2ASJ A; 3RCF A; 2C2E A; 5DGA A; 1Z00 B; 1U47 A; 3E0F A; 3S6M A; 4F5Q A; 4RPY A; 2KP7 A; 3LVW A; 4IS7 A; 4B9L A; 4GC6 A; 3T5K A; 4LVS A; 1YZ6 A; 3H0R B; 2OK3 A; 1S0M A; 2FMP A; 3RCK X; 2QKQ A; 4CF5 A; 3WKA A; 4CRX A; 1N63 A; 1M9Y A; 2JXJ A; 4KLT A; 4Q8E A; 3M6K A; 3UXO A; 2JEG A; 1ZKC A; 3PO5 A; 3QU2 A; 2GWS A; 2C28 A; 2NRT A; 7ICH A; 1MF8 C; 9ICB A; 4J9M A; 5DLG A; 2FMQ A; 1ED1 A; 1SXE A; 2IHM A; 2VAN A; 2PI4 A; 2OWO A; 2RP5 A; 1U4B A; 2RDI A; 4Y2R A; 5EE9 A; 8ICX A; 3D2Q A; 4PL1 A; 1NK8 A; 2DQN B; 3UM9 A; 4KX5 A; 5KUN A; 3QE9 Y; 2FMS A; 1T4G A; 3H8J A; 4K4H A; 4PJ0 U; 3AN1 A; 5AKL A; 4LJX A; 5G5H A; 1AWQ A; 1T7P A; 3PST A; 4ZSD A; 3IHQ B; 1RYR A; 3B0Y A; 1KRP A; 2HDO A; 1J2N A; 1L8O A; 2B6G A; 4Q44 A; 1RXV A; 5CR0 A; 3E2E A; 3FC4 A; 4FFD A; 5AIA A; 2Y9T A; 1TK0 A; 3RRG A; 5CCN A; 3QYP A; 4MFA A; 4R8U A; 4US9 A; 2HOQ A; 2AJQ A; 3PY8 A; 1EXN A; 3EZ5 A; 2JEI A; 4HAI A; 3ONN A; 3NRW A; 3O7T A; 4B9U A; 1Q3U A; 4YUN A; 4KLU A; 1X9S A; 2YN4 A; 1FIQ A; 5J0R A; 2VA2 A; 2KHV A; 2DBY A; 3EWA A; 2FDR A; 2KE7 A; 2ISO A; 5KUZ A; 2BCQ A; 4J5E X; 1JAL A; 1WWU A; 3SEN A; 3JB9 d; 3ODL A; 4QW9 A; 2LHT A; 4GXJ A; 5KV3 A; 4F4Z A; 4IRD A; 1ZQM A; 8ICH A; 1UA0 A; 2HBL A; 2A1A A; 2HBM A; 2LKY A; 1CUK A; 1PZN A; 2KOB A; 4C4S A; 2WAQ C; 4YUH A; 4MEX A; 5DBC A; 4DFM A; 4C8M A; 4ECS A; 3BZK A; 2W9B B; 3PMN A; 3LK9 A; 1K1Q A; 4UAV A; 4UB1 A; 3RH4 A; 4DL4 A; 4DQI A; 4DSL A; 2PHC B; 1C20 A; 3K1Z A; 3PR4 A; 4UAR A; 4JWN A; 4DCC A; 3TAD A; 4RQN A; 1YT3 A; 4EEY A; 4DO9 A; 2V4R A; 5EWG A; 5CBU A; 4EZ9 A; 1Z3E B; 8ICV A; 1XS9 D; 4R3F A; 5ALN A; 2ZTD A; 5A0L A; 3Q8P B; 4YQW A; 4KLQ A; 4I2B A; 3IG5 A; 3TFR A; 5AHX A; 1NJY A; 4F5N A; 3AU2 A; 3OTQ A; 2K4E A; 2Y9U A; 5IIM A; 3C1Z A; 1NK0 A; 2RQ5 A; 8ICL A; 3C23 A; 5L1K A; 5AKY A; 3IP4 B; 4JV1 A; 3RB3 A; 1AWV A; 5J0U A; 1L3S A; 3WKE A; 5KUL A; 3KKA C; 3I76 A; 4EEN A; 1S9F A; 2RS4 A; 3MML A; 4KMU A; 3HJE A; 3O0F A; 1CWL A; 1KL9 A; 5DG9 A; 3KOO A; 4R3E A; 3MFH A; 2M0N A; 2PFQ A; 2EH9 A; 5D49 A; 1JI7 A; 3FYH A; 1FFV A; 1S76 D; 2MC9 A; 1K5O A; 2DGZ A; 5KFV A; 1MQ3 A; 9ICE A; 2E8P A; 5KTQ A; 1Z4N A; 2OJU A; 2KKV A; 2BQ3 A; 1ARO P; 4EBC A; 3ZDD A; 4TOT A; 3ORY A; 1V97 A; 1URJ A; 1ZJN A; 3N7P D; 3UMB A; 1X9X A; 1MSW D; 3K0O A; 3QUQ A; 3G6X A; 3K75 D; 1ZQK A; 1W8V A; 4QIW C; 4IPZ A; 3PSF A; 5ALO A; 3QU7 A; 2PFP A; 3RBE A; 4PH5 A; 5C0Y A; 1D9F A; 3ZDE A; 8ICI A; 2DWQ A; 1TV9 A; 2HHQ A; 3V6J A; 1VBT A; 1RYU A; 4Y2T A; 3S6J A; 3N28 A; 2ZIX B; 3HX0 A; 3KHG A; 4YMN A; 7ICT A; 3BQ2 A; 4M9G A; 4I2J A; 5AKX A; 2G0A A; 5CCR A; 4KLS A; 4IQT A; 4MEY A; 3Q8K A; 3C1Y A; 1XQ7 A; 2KJ8 A; 3RJF A; 4YR0 A; 2R8K A; 5KFI A; 4RZR A; 5EOZ A; 4KTQ A; 2IOF A; 1IV8 A; 2PLU A; 4JB3 A; 4PGY A; 2UVU A; 5DGB A; 1GO3 F; 1NJW A; 2OM6 A; 4U7C A; 4O3R A; 1ZX8 A; 4JCP A; 1DRG A; 4TUP A; 2YTU A; 2G09 A; 3IDW A; 2W7P A; 3QYU A; 4GC7 A; 7ICM A; 4RQ3 A; 1NKC A; 5HR6 A; 2KFZ A; 3RB4 A; 2D8C A; 2W9C B; 2HVI A; 1IST A; 5ALG A; 2I5H A; 1ZMF A; 4IRC A; 1SXD A; 4KLE A; 1SZH A; 2IBK A; 2EAM A; 3MR5 A; 3N97 B; 1JXE A; 4R66 A; 4DQS A; 3EPG A; 1X40 A; 1ZRM A; 4N1P A; 4ECT A; 2ESE A; 3PVX A; 2BIU X; 2DFL A; 5J0S A; 2R8G A; 3RAQ A; 1CWI A; 2XY5 A; 3TAN A; 3KKA A; 4DGA A; 2LPE A; 4DL5 A; 5KFQ A; 1V38 A; 4B9T A; 1ZQG A; 4RT3 A; 5J2K A; 3KD3 A; 2WF8 A; 4LZD A; 1BNO A; 4F2S A; 1QCK A; 3HT3 A; 2MZU A; 4I2I A; 1PK1 B; 2HMX A; 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8ICO A; 4J5C X; 1N62 A; 2DKZ A; 2G5I B; 3RJH A; 4ACO A; 4P4O A; 3F5A A; 2W3R A; 5KFJ A; 1CWF A; 5HMM A; 4NJ8 A; 9ICG A; 2Z7J A; 2DKX A; 1SB3 C; 4KIT B; 4JK1 A; 1SV0 C; 1VBS A; 2B21 A; 1T3Q A; 2KK0 A; 1ZQH A; 1LOP A; 2CXY A; 3H8S A; 1K1S A; 1SL2 A; 2IGV A; 1KQQ A; 4ECX A; 1ZQJ A; 9ICL A; 1ZRN A; 3EPI A; 4DGB A; 3KHR A; 4C8N A; 4EEL A; 3RBD A; 4O5K A; 3PML A; 2W3S A; 5ALK A; 3KFU F; 4DS4 A; 1ECW A; 1F5S A; 5CCS X; 2AH5 A; 2KV2 A; 2R18 A; 5KFA A; 4UAW A; 3OPX A; 3CYS A; 2IOH A; 8ICY A; 3OJU A; 2J6S A; 2OYY A; 3AQE A; 4O3O A; 3LWM A; 4A8E A; 5HR7 A; 3D6J A; 2R99 A; 1OUQ A; 8ICE A; 4O3Q A; 2BIT X; 3T5H A; 1NKB A; 2KZM A; 5TZV A; 3RF9 A; 3PX4 A; 1ZQB A; 3BO7 A; 4USA A; 3FDS A; 1QH9 A; 2HCF A; 3QX7 A; 3RAX A; 4MFC A; 4J9N A; 5DG7 A; 4KLH A; 2W9B A; 1QQ7 A; 4RT2 A; 4TUR A; 3IRU A; 4IL6 U; 2AGP A; 4ELU A; 5DB7 A; 1M9X A; 4DQP A; 3QUC A; 2ATL A; 4EZ6 A; 3RCL A; 4I2F A; 4PHA A; 4DWI A; 4ED2 A; 5AK4 A; 2KKP A; 2HVH A; 1ZQS A; 1X9W A; 4JMU A; 4YVZ A; 2BGW A; 8ICR A; 1D8Y A; 1NK4 A; 5L1J A; 2MAX A; 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