The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
114
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sequence length |
332
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structure length |
332
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Chain Sequence |
NLPALPVDATSDEVRKNLMDMFRDRQAFSEHTWKMLLSVCRSWAAWCKLNNRKWFPAEPEDVRDYLLYLQARGLAVKTIQQHLGQLNMLHRRSGLPRPSDSNAVSLVMRRIRKENVDAGERAKQALAFERTDFDQVRSLMENSDRCQDIRNLAFLGIAYNTLLRIAEIARIRVKDISRTDGGRMLIHIGRTKTLVSTAGVEKALSLGVTKLVERWISVSGVADDPNNYLFCRVRKNGVAAPSATSQLSTRALEGIFEATHRLIYGAKDDSGQRYLAWSGHSARVGAARDMARAGVSIPEIMQAGGWTNVNIVMNYIRNLDSETGAMVRLLED
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a wild-type Cre recombinase-loxP synapse reveals a novel spacer conformation suggesting an alternative mechanism for DNA cleavage activation
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Replication/dna
|
| source organism |
Enterobacteria phage p1
|
| molecule keywords |
loxP DNA
|
| total genus |
114
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| structure length |
332
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| sequence length |
332
|
| chains with identical sequence |
B, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00589 | Phage_integrase | Phage integrase family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | hpI Integrase; Chain A | Intergrase catalytic core |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KBU A; 1PVP A; 1MA7 A; 4DKS A; 1FLO A; 2OXO A; 1AE9 A; 2KHV A; 1AIH A; 2KOB A; 1XO0 A; 1Q3U A; 1A0P A; 2CRX A; 3VCF A; 2KD1 A; 3UXU A; 1Z1B A; 3C29 A; 2KJ5 A; 1DRG A; 1P7D A; 1Q3V A; 3C28 A; 1PVR A; 2HOF A; 3MGV A; 2KJ8 A; 1CRX A; 1F44 A; 3NRW A; 1XNS A; 2KIW A; 2KHQ A; 4ACO A; 3CRX A; 5DOR A; 1P4E C; 1OUQ A; 2KKP A; 4A8E A; 2KJ9 A; 1Z19 A; 3LYS A; 1NZB A; 1P4E A; 2HOI A; 1M6X C; 2KEY A; 5DCF A; 1PVQ A; 5C6K A; 2A3V A; 3NKH A; 1M6X A; 4CRX A; 2KKV A; 5CRX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SKR A; 1T4G A; 2BPG A; 2ZTC A; 4I2A A; 1KFD A; 1V9P A; 3GDX A; 3KHL A; 3QU4 A; 5KTQ A; 3DV9 A; 2NRZ A; 1VLB A; 3V7L A; 2PMZ C; 1DGS A; 1NJY A; 1RYR A; 4KIT B; 3QEB Z; 5DOR A; 3PST A; 2PFQ A; 4PHP A; 1RG6 A; 4O3P A; 1DGJ A; 4E0D A; 3B0X A; 2ISO A; 3ZDA A; 4E0G A; 3KFU F; 3M9N B; 3OGU A; 1LKY B; 3EPG A; 2H3Q A; 4YMM A; 1IV8 A; 5KG3 A; 2EZY A; 4EYH B; 3C28 A; 2HBJ A; 4B6J A; 3JPO A; 4IQT A; 4PPX A; 5J2C A; 3FYH A; 2J6S A; 3PO5 A; 4DFD A; 1U9L A; 3GIM A; 2DFL A; 5KFM A; 2PFO A; 2MU2 A; 4UAV A; 4EEY A; 1ZQK A; 4EBC A; 8ICX A; 1KFT A; 5J8Y A; 2KJ8 A; 2DKX A; 4KX5 A; 1MQ3 A; 8ICM A; 3QNM A; 3N97 B; 1JIH A; 2F76 X; 1N5X A; 2RP5 A; 1RZT A; 1D8L A; 1SL0 A; 2IHM A; 2IOF K; 4GC7 A; 2KEY A; 2JZB A; 1ECW A; 2D8C A; 3F5A A; 2KKV A; 2OWO A; 1QSL A; 3KHR A; 5ALL A; 1JN3 A; 2FPL A; 4RUC A; 2A1J B; 5AM0 A; 1XC9 A; 4DL6 A; 3RJH A; 2KNJ A; 2FLL A; 2EAN A; 3GIK A; 1ZQH A; 5L9X A; 2HOQ A; 3TAN A; 3H8M A; 1D9D A; 5J2G A; 3TAD A; 4GIB A; 3SR6 A; 4C4S A; 5DDM A; 4DQQ A; 1YZ7 A; 5G5H A; 2IOH A; 5KFT A; 1BVS A; 1N62 A; 5HHI A; 2JEI A; 5EE9 A; 1FFV A; 8ICT A; 3RB6 A; 1KBU A; 3Q8M A; 5EE0 A; 1ZQS A; 4AP9 A; 2EQY A; 3QU5 A; 2LBO A; 4RPZ A; 3WKE A; 5KT5 A; 2ES6 A; 4FZM A; 4OO1 J; 3HKZ C; 2G5I B; 1NOM A; 3DEE A; 3QUB A; 4J9K A; 3M8S A; 1TAQ A; 2FLP A; 9ICL A; 3CW2 C; 4O9M A; 3OPX A; 5KT6 A; 2JR5 A; 4Z6D A; 3N7R C; 5IIL A; 4QWD A; 4DF8 A; 4DLG A; 1SL1 A; 1Q46 A; 4NM1 A; 2EH9 A; 3RTV A; 1OXJ A; 2VA3 A; 2KVC A; 4TUP A; 4Z6E A; 5KFR A; 5KG7 A; 4QZI A; 4FZL A; 3V6J A; 2WF9 A; 4E0P A; 3Q8P B; 4MFF A; 1JI7 A; 2XY5 A; 1U47 A; 2Y9U A; 4DL3 A; 1ZQX A; 5DBA A; 4UW9 A; 1UT5 A; 4FBT A; 1S8O A; 1KL9 A; 4F4Z A; 1N56 A; 8ICH A; 3RAQ A; 2R8H A; 1S9F A; 4F4K A; 2F8L A; 5AIC A; 3MR3 A; 5J0X A; 3MC1 A; 1UA0 A; 3MBY A; 4EYI B; 2RHF A; 2FI1 A; 2KJ9 A; 4RQ5 A; 1P4E A; 4J9L A; 1HIW A; 9ICW A; 4M6W B; 1PVQ A; 3PR5 B; 2EDU A; 1ZD4 A; 5CRX A; 3WK7 A; 2AU0 A; 3TAP A; 4KLE A; 5ALJ A; 4DQR A; 4YQW A; 1ZQG A; 3H4B A; 2E3T A; 4IL6 U; 4QJF B; 2E8P A; 3RRH A; 3C29 A; 3AU6 A; 1Q3V A; 2QAR B; 2RDJ A; 3GV8 B; 1SXD A; 4JWM A; 4NLK A; 2V6E A; 1LB2 B; 2W9C B; 1TAM A; 2XVT A; 2QB0 B; 4M04 A; 4BDP A; 1HJP A; 3C23 A; 2F2A B; 5AHX A; 4QWB A; 3TAC B; 2B6G A; 1MA7 A; 1SWW A; 5CA7 A; 3QUQ A; 4PJ0 U; 9ICQ A; 5L1J A; 3DDH A; 3QX7 A; 4KN7 A; 3KD3 A; 7ICV A; 5IIJ A; 4DOC A; 4DL7 A; 3Q8K A; 1D9F A; 2F44 A; 2YMP A; 5ALZ A; 1SKS A; 4I2C A; 4YMN A; 4UAU A; 3JPQ A; 2AGP A; 4R66 A; 4I29 A; 8ICF A; 2ASL A; 3BZK A; 2PXI A; 4DCC A; 1MQ2 A; 4DEZ A; 3GU3 A; 4I2J A; 5IIK A; 1OUQ A; 2MUT A; 4DFP A; 5J0U A; 3RJI A; 9ICI A; 4NXZ A; 4P4M A; 4PZN A; 4IRD A; 3NRZ A; 4YCX A; 1KEJ A; 3VCF A; 2CRX A; 2VKQ A; 4B9L A; 1QCK A; 1A6S A; 4GC6 A; 2F77 X; 3UXU A; 3AN1 A; 5KFJ A; 3PML A; 4YR2 A; 3IG8 A; 4Y2Q A; 4DF4 A; 4DLE A; 4TUQ A; 1ZQF A; 2LYH A; 7ICR A; 2XCA A; 1NJX A; 7ICN A; 1JXL A; 2HBL A; 8ICN A; 3D2S A; 2ZIX A; 3Q8S B; 3RJE A; 4QZE A; 1AE9 A; 3LVW A; 2EAP A; 1ARO P; 5L1M A; 5F3X B; 4FE3 A; 3ISC A; 2WB1 F; 4KLO A; 4NM2 A; 4ED1 A; 2RDI A; 4FZN A; 1FFU A; 1V97 A; 4BXO B; 4Q43 A; 1RYS A; 1UT8 A; 3PNC A; 1NK9 A; 2G06 A; 5BPC A; 5ALM A; 5AM4 A; 2P35 A; 3NTU A; 4R63 A; 4F5R A; 1ZQJ A; 3RJK A; 1LKY A; 2KJ5 A; 5KT4 A; 4OD0 A; 1XWL A; 4YVZ A; 2BPC A; 1ZET A; 4J9S A; 5J2I A; 3K75 D; 1S0M A; 5ALR A; 5KFE A; 9ICJ A; 2YB1 A; 2W7O A; 3LYS A; 2M9N A; 2XY6 A; 2HOI A; 3FAH A; 3Q8Q B; 3BQT A; 1Z00 A; 5DLG A; 4KLH A; 5DLF A; 5KFC A; 7ICU A; 5HR6 A; 1RQL A; 4KX3 A; 4C7Z A; 5KFD A; 3ZDD A; 4RT2 A; 1C20 A; 2BQ3 A; 3IRU A; 3L5K A; 3OTQ A; 3JPP A; 3WKC A; 1TVA A; 2Y1I A; 4ELT A; 3EZ5 A; 2W8K A; 4C80 A; 3V6K A; 3QU2 A; 4YD1 A; 4YN4 A; 1N63 A; 4GFJ A; 4DL4 A; 2FDR A; 1Q3U A; 4UB4 A; 5DQI A; 4IQV A; 5ALV A; 2NRX A; 2Y0S C; 3S6J A; 3IDW A; 4CE6 A; 3MGV A; 8ICP A; 1X9W A; 3QUC A; 3E2E A; 8ICK A; 3PSF A; 3SAG A; 2WTF A; 4RNN A; 3NAS A; 2I9G A; 2K4E A; 2JEF A; 2HDO A; 2W54 A; 1BPB A; 1B22 A; 5ALK A; 4J03 A; 3UXO A; 3C2M A; 3LDA A; 3PR4 A; 3SEI A; 4PL1 A; 2FMS A; 2JH1 A; 5AM5 A; 4U7C A; 7ICK A; 1ZQ1 C; 4R8U B; 1BNO A; 4F4W A; 4JB3 A; 4UBC A; 4C8L A; 1AQ6 A; 5DKW A; 4DKS A; 1UHU A; 2ZUC A; 4DWP A; 2YMM A; 3M9O B; 1ZQC A; 1NJZ A; 2HOF A; 1ZQY A; 5H2F U; 5KFS A; 1PK1 B; 3C5G A; 5J2J A; 4DSE A; 3MFI A; 9ICA A; 3PW0 A; 2I6X A; 4I2G A; 3MAB A; 2WFA A; 1IM4 A; 5ALY A; 3GIJ A; 4ED7 A; 2HMX A; 3TFS A; 4NLZ A; 3T5J A; 5J0Y A; 3ORY A; 2ZIV B; 1ZQP A; 1XO1 A; 4QZ9 A; 4QIW C; 1KKX A; 4RQ6 A; 3QZ7 A; 1N48 A; 5KG2 A; 2MRL A; 3GII A; 4ACO A; 2KZ3 A; 3RJF A; 4ZH4 A; 1U4B A; 4JMU A; 5L1L A; 4CF4 A; 1ZQI A; 1PVP A; 2UVW A; 4DWI A; 3KKA A; 3BS7 A; 4QNL A; 3B0Y A; 2CN1 A; 1AIH A; 3QU9 A; 5CB1 A; 4EZ6 A; 1Z4N A; 3MDC A; 1JRP A; 3EUB 2; 2GWS A; 3RJJ A; 2KMD A; 3GFK B; 3AM9 A; 4C8O A; 4F71 A; 4AYB C; 1VDV A; 1NNL A; 4QZA A; 3J81 j; 3TI0 A; 5DGB A; 1XS9 D; 5AKZ A; 3IHQ B; 4M6W A; 3RBD A; 2IOF A; 2ZUB A; 4ED8 A; 4DFK A; 2ZXH A; 1X9S A; 4P0P A; 4QZC A; 1YT3 A; 3AMZ A; 4B9V A; 3HKZ F; 2W7P A; 1BPD A; 3C2L A; 3MGI A; 2QAR A; 3ISB A; 2OH2 A; 5KFG A; 4FS1 A; 4M0A A; 1NK8 A; 2DUY A; 4Q8E A; 5KG5 A; 2QB0 A; 3F2B A; 8ICB A; 1FO4 A; 4F4Y A; 3IP4 B; 4PGX A; 3BQ2 A; 5KFB A; 1L3T A; 1A77 A; 2CPR A; 2BCU A; 2F1J A; 4JV1 A; 2FPM A; 1HUZ A; 5AKJ A; 2KSO B; 5AI8 A; 1QSS A; 5DB9 A; 2NRW A; 3F5E A; 2H3I A; 4I2F A; 4US8 A; 5AM3 A; 3CNH A; 1ZQV A; 4PZO A; 2GOL A; 1U49 A; 4CRX A; 3SAH A; 3V6H A; 4ECV A; 1B43 A; 2ZG6 A; 1JXE A; 4LZG A; 1ZQW A; 3T79 A; 4KLF A; 2XGP A; 1L3V A; 4YXJ A; 3U26 A; 2BGW A; 4Y2R A; 3SV4 A; 3LK9 A; 3I76 A; 1L7P A; 4DQI A; 3A0H U; 4GXK A; 4YFK A; 4J9O A; 1L8O A; 4Y2V A; 1WCN A; 5DB8 A; 3QE9 Y; 4UAT A; 2XIC A; 5AI5 A; 5DQH A; 3K1R B; 4Y2X A; 5AM1 A; 2G5H B; 3RRG A; 2ZIU A; 4KLM A; 3WK5 A; 3KZI U; 1K5O A; 5F9N A; 1XSP A; 1IIP A; 4DO9 A; 1F5S A; 8ICE A; 2AQ0 A; 2EZX A; 5EOZ A; 1Z3E B; 2G07 A; 1S77 D; 4IQU A; 9ICC A; 1KLN A; 2ISP A; 3BQ1 A; 2KIC A; 3ISD A; 4Y2T A; 4J9M A; 1F44 A; 1NK4 A; 3CRX A; 1DK2 A; 3TAR A; 2AJQ A; 2H3Z A; 4O0I A; 5J0O A; 4CF5 A; 2KK0 A; 3G6Y A; 5DQG A; 2OHF A; 3L4P A; 4BXO A; 1NK7 A; 1JMS A; 5CR0 A; 4ED6 A; 3H7I A; 1KN5 A; 4G9B A; 4YD2 A; 3G6V A; 2HHW A; 3VC8 A; 2NO4 A; 4MHV A; 5KFZ A; 2R8I A; 7ICM A; 3KHH A; 2HBK A; 3UXP A; 4O3R A; 2YX8 A; 5EWF A; 1WWV A; 1COO A; 3OHA A; 8ICC A; 4F2R A; 4MF8 A; 2XGQ A; 5ALS A; 3ZDB A; 3KOO A; 4J9Q A; 4ZOH C; 2KVS A; 4WJ3 B; 4ECR A; 1S0O A; 4RQN A; 2Z7J A; 1K1Q A; 4KTQ A; 9ICX A; 2ZIW A; 3RJG A; 5KT7 A; 3V72 A; 1PVR A; 4I2E A; 3NRW A; 4XQ8 A; 3CP8 A; 2BCV A; 5BOM A; 1Z1V A; 3H8W A; 4ECS A; 3H40 A; 2F1I A; 5IIO A; 3MFH A; 2W9B B; 3BZC A; 1TK5 A; 2JHD A; 1ZJN A; 2IA6 A; 2P6R A; 5KFL A; 4ECZ A; 4ED2 A; 2AH5 A; 4UAR A; 4DSI A; 1XU4 A; 3ZD8 A; 4KLU A; 2E1F A; 3JPN A; 2R8J A; 8ICV A; 4RPX A; 1X6J A; 5KG6 A; 5KT3 A; 4FBU A; 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