The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
109
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sequence length |
402
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structure length |
388
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Chain Sequence |
MSKLDSLLKELPTRTAHLYRSIWHKYTEWLKTMPDDLKLFLSQKYIVKYIASHDDIAKDPLPTCDAMIWFSRALDIENNDVLVLQQRLYGLVKLLEFDYSNVIAILQKISINLWNPSTDSLQSKHFKTCQDKLKLLLDFQWKFNTNVSFEDRTTVSLKDLQCILDDENGKCGLAHSSKPNFVLVPNFQSPFTCPIFTMAVYYYLRFHGVKKYYKGDGYQILSQLEHIPIIRGKSLDQYPRELTLGNWYPTIFKYCQLPYTKKHWFQVNQEWPQFPDFSESDSENTIGIPDFYIEKMNRTKLQPCPQVHVHLFPTDLPPDIQAVFDLLNSVLVTSLPLLYRVFPTHDIFLDPSLKTPQNIAFLTGTLPLDIESQEHLLAQLIDKTGTVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Ndc10 is a platform for inner kinetochore assembly in budding yeast.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*T)-3')
|
| molecule tags |
Dna binding protein/dna
|
| source organism |
Kluyveromyces lactis
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| total genus |
109
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| structure length |
388
|
| sequence length |
402
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16787 | NDC10_II | Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | hpI Integrase; Chain A | hpI Integrase; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T79 A; 3SQI A; 4ACO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5DB9 A; 3RR7 A; 7ICN A; 3QU9 A; 4XUS A; 2K4P A; 2WAQ C; 3MDC A; 2BQ3 A; 5KFA A; 2HVH A; 2K4E A; 4B9L A; 4DOB A; 1DK3 A; 3KZX A; 5ALY A; 5KFY A; 1K5O A; 3KHL A; 4M9J A; 2MRL A; 3PZP A; 3ISD A; 9ICE A; 4KLL A; 3TI0 A; 1RYU A; 3UM9 A; 3UMC A; 4NL9 A; 3SAF A; 4O9M A; 5L9X A; 1SV4 A; 1ZQV A; 2W7O A; 1K1S A; 3RJI A; 4DO9 A; 1CI4 A; 2XID A; 1X40 A; 5KFW A; 5DQH A; 4F43 A; 3JPR A; 3NRW A; 4KMU A; 3RF9 A; 5AKZ A; 3KKA A; 1TK8 A; 1T8E A; 1VJ5 A; 5ALG A; 3C1Z A; 2E8M A; 2WF9 A; 3KHR A; 1PVR A; 5AKJ A; 1PK1 B; 3PX6 A; 4LZG A; 4IQW A; 4DL3 A; 4A8E A; 2V4Q A; 7ICU A; 2W9B B; 2BPG A; 1TAQ A; 4BGD A; 1M6X C; 2DWQ A; 4Z6F A; 3K75 D; 2EAN A; 4DF4 A; 2BDU A; 3BS5 B; 2KSO A; 4FS2 A; 2IOH A; 5EWE A; 2H3Q A; 4PJ0 U; 4E0G A; 3GV5 B; 3M7D A; 1P4E A; 3MR6 A; 2W9C A; 3HPO A; 4O0I A; 2EH9 A; 4K4G A; 2RQ5 A; 3N7R C; 1WG8 A; 4DQQ A; 5DB6 A; 3MGH A; 1BPZ A; 1CEZ A; 3NVY A; 5DLG A; 4UBC A; 3WK7 A; 3MR2 A; 4DL7 A; 4LZD A; 2G06 A; 4RQ2 A; 3C5G A; 3I28 A; 2P6U A; 1KL9 A; 3BQ0 A; 1ECW A; 1S97 A; 4DCC A; 5KG1 A; 4F2S A; 4RNM A; 4UAR A; 4M6W A; 1U48 A; 3QNM A; 2VJ4 A; 2A1J B; 8ICI A; 2JEF A; 1Q8K A; 4O3S A; 1KFT A; 8ICB A; 3WKD A; 5KG0 A; 5EE9 A; 4AP9 A; 3KHG A; 4R8U A; 2WFA A; 7ICP A; 3JPN A; 4F4X A; 4YD2 A; 4NLC A; 4OJL A; 4O3P A; 3WK8 A; 5CB1 A; 3RB6 A; 4QWD A; 4MEX A; 5ALS A; 2KD1 A; 2LYA A; 4Y2T A; 2HBK A; 4FS1 A; 5J0R A; 1Q3U A; 2DL0 A; 2D8C A; 2AH5 A; 2K4H A; 1COK A; 2FPK A; 3THV A; 3QYP A; 2FLN A; 3GV7 B; 2XO7 A; 1Z00 A; 4PGX A; 4M04 A; 3H40 A; 1LKY B; 1T3Q A; 2LYB A; 3SAG A; 2FI1 A; 1B4F A; 2WAQ F; 2XGP A; 3GIL A; 3HJE A; 3N4M B; 4I2D A; 4JWM A; 4FBU A; 5DBB A; 5ALR A; 1S8O A; 1F44 A; 3TAC B; 4QWB A; 1UQV A; 5J0X A; 2GO7 A; 2PKE A; 3GDX A; 3HIL A; 2R8G A; 1L8L A; 2W7P A; 1RZT A; 2EAP A; 3LWM A; 1ZQL A; 3AQE A; 3OJU A; 4ECV A; 3VCB A; 3SEI A; 1DXS A; 1HUZ A; 1NK6 A; 3Q8L A; 1J97 A; 2NRT A; 4RQ3 A; 4DQI A; 5DQI A; 1TE2 A; 5III A; 2DF4 B; 4P0P B; 1ZQJ A; 5AKG A; 1ZQT A; 3EPG A; 5L1L A; 1SKS A; 2Y9U A; 2ZIX A; 2BR0 A; 3ISB A; 2G09 A; 5J0P A; 4F91 B; 3T5K A; 4NY8 A; 9ICH A; 2KJ8 A; 2ZJA A; 3WKA A; 3BQ7 A; 4KLH A; 5CHG A; 5GTH U; 4CF5 A; 1U49 A; 1ZXI A; 4QZ9 A; 5AM1 A; 1N62 A; 2WTF A; 4YMM A; 2F8L A; 4QZC A; 5KFK A; 3KHH A; 1MN8 A; 2QB0 A; 2J6T A; 5ALJ A; 4EX7 A; 3C2K A; 2OWO A; 9ICX A; 2DUY A; 5J0Y A; 2F8K A; 4YXJ A; 1Q46 A; 3GIM A; 1DGJ A; 2HI0 A; 4F41 A; 4Q44 A; 1X42 A; 5AI6 A; 2AXT U; 3Q8S B; 4TQS A; 1RYS A; 3B0X A; 4YR2 A; 3QU5 A; 5J0O A; 2CXY A; 5J2J A; 4XA5 A; 3V6H A; 2R8K A; 1ZQA A; 5CEH A; 4OJP A; 2BCR A; 3FDS A; 3ZI4 A; 2Y9T A; 3H8J A; 1Q3V A; 2KFZ A; 1KSP A; 2KIC A; 1X2I A; 4DQP A; 4CGZ A; 5KT6 A; 3QE9 Y; 1BNO A; 3UXU A; 9ICU A; 9ICB A; 5FP0 A; 3UXN A; 2IHM A; 3M9M B; 3S6J A; 2KG5 A; 1ZQR A; 2KKP A; 5L1K A; 3L5K A; 4KX5 A; 3U26 A; 3V6K A; 3CP8 A; 4DKS A; 5H2F U; 8ICO A; 5KAF U; 5DBC A; 1S0O A; 5AI5 A; 4DFM A; 2MUT A; 4DF8 A; 4O5K A; 5KFT A; 3RH6 A; 5DKW A; 2ZIV B; 3WKB A; 4TUS A; 3RFA A; 4J9N A; 5DB7 A; 1DK2 A; 1MQ3 A; 1C7Y A; 2OXO A; 3MDA A; 4DFD A; 2NRW A; 1X9S A; 1XO1 A; 2F1H A; 2KJ9 A; 2ZTE A; 3OHB A; 9ICF A; 2BPC A; 3H8S A; 4G9B A; 4BUG A; 5JU5 A; 7ICV A; 1JAL A; 4EEK A; 2ZTD A; 2W3R A; 1WWV A; 3ORY A; 2F44 A; 1SV0 C; 1ZQW A; 3SD7 A; 3G6X A; 1UT8 A; 2VKQ A; 3FC4 A; 5J2K A; 3L3F X; 2HHS A; 2BCS A; 1YZ6 A; 2BPF A; 4Y2V A; 5DDM A; 1RM6 C; 3QX7 A; 4KN4 A; 5IIM A; 2KZZ A; 2KZ3 A; 4Y2S A; 5ALN A; 4I2H A; 1QTM A; 1BNP A; 4QJF B; 5CRX A; 5DOR A; 5J0T A; 1V38 A; 1VLB A; 1ZRM A; 4ELU A; 2I5H A; 2KKV A; 1Z19 A; 5D4B A; 3BDP A; 2JEG A; 5HHH A; 2ISP A; 1NZP A; 4XRH A; 3RB0 A; 8ICN A; 4ED8 A; 3C1Y A; 5HML A; 2FE9 A; 2ASJ A; 8ICP A; 4J9S A; 1L7P A; 3EWA A; 5KFD A; 1UPH A; 3TAP A; 4C4R A; 1MSW D; 4KX3 A; 2F3N A; 3C23 A; 3EW9 A; 5AI4 A; 2BCU A; 4EYH B; 2ZIU B; 3PX0 A; 5K4L A; 4KLS A; 1N56 A; 1ZQX A; 3NAS A; 2ODG A; 1T94 A; 2KIW A; 4UW9 A; 2C2E A; 4ECS A; 5ALD A; 2WB1 F; 3QU7 A; 2CPR A; 4M0A A; 4Z6E A; 5CR0 A; 3WK6 A; 3RB3 A; 3PST A; 5AI0 A; 3WK9 A; 4IC9 A; 4F5Q A; 4ECX A; 4X5V A; 1QCK A; 5HHI A; 5KFQ A; 3IG5 A; 5JUM A; 4DS4 A; 2MA1 A; 1PZN A; 4C8L A; 5IIO A; 8ICL A; 2I6X A; 3ZDB A; 1TAU A; 3TQ1 A; 2PMZ C; 5KFC A; 3M1Y A; 3UQ2 A; 3T5J A; 1L3V A; 2KEY A; 5DCF A; 8ICR A; 1ZD4 A; 3ZDD A; 1X66 A; 5J2D A; 9ICN A; 1L7N A; 4IR9 A; 2C2D A; 2KVS A; 3MFH A; 2G5H B; 3OPX A; 2HHU A; 1SIJ A; 2VJ5 A; 2FMQ A; 3DEE A; 1QQ6 A; 5AKX A; 3NGD A; 4ED7 A; 4F72 A; 3LDA A; 2YMM A; 4YCX A; 4MF8 A; 4YP3 A; 5DB8 A; 1FFV A; 4R65 A; 4RQ8 A; 1RG6 A; 2KIV A; 4IS7 A; 2KOB A; 5KT3 A; 4IL6 U; 2C22 A; 4MF2 A; 4RQ6 A; 1F5S A; 3NUQ A; 1JXE A; 2GH1 A; 4J9L A; 1N2X A; 5CA7 A; 4YQW A; 4ED3 A; 4DSL A; 2XY5 A; 5KT5 A; 1ZQO A; 1L7M A; 4KIT B; 3RBE A; 4UAZ A; 1NJY A; 4MFC A; 2XCA A; 2HBL A; 2VAN A; 1F0M A; 1JN3 A; 5KG7 A; 2FMP A; 2J6S A; 4DLE A; 4USA A; 5KG2 A; 4QW8 A; 4DEZ A; 3F2D A; 9ICM A; 3PW2 A; 1XSN A; 3QUQ A; 3V7L A; 1FIQ A; 1MQ2 A; 2KNJ A; 1H38 A; 2W11 A; 4GXJ A; 1EXN A; 4NXZ A; 2BCV A; 1U4B A; 2RHF A; 1P7D A; 4QZG A; 3RJE A; 1HIW A; 2KSO B; 1ZYQ A; 5BOM A; 2JXJ A; 1SL2 A; 2ASD A; 2KN7 A; 3F2C A; 3HKZ F; 4DWP A; 5DGB A; 4O3N A; 2HHX A; 4J9O A; 2W9C B; 5L1I A; 3PSF A; 3AEV A; 1Z1V A; 4FZL A; 2LM4 A; 2JGA A; 2LPE A; 5DGA A; 2BQR A; 2H5X A; 2PFP A; 4RUC A; 1RXW A; 1X9M A; 2AU0 A; 5AI9 A; 4QZD A; 1SWV A; 2OM6 A; 1V9P A; 4C7Y A; 4RQ7 A; 5AKI A; 2RDI A; 3Q8Q B; 4ELV A; 1D8B A; 3QXG A; 4PPX A; 4QZ8 A; 5KFZ A; 5AK6 A; 1TKD A; 4FFD A; 9ICC A; 4PGQ A; 3MAB A; 5KFE A; 3MC1 A; 1ZQI A; 4UB4 A; 2K8A A; 3RH4 A; 2QAR A; 5J0U A; 1M6Y A; 3IDW A; 1PK3 A; 3N7P D; 2ISO A; 2EAO A; 2QKQ A; 3PMN A; 3DDH A; 2OH2 A; 2NV3 A; 1S0M A; 1SZH A; 4DLG A; 2C28 A; 1NKE A; 3D6J A; 5KT4 A; 3CNH A; 2PMZ F; 1ED1 A; 1YZ7 A; 4NM2 A; 2IHN A; 1BPB A; 5ALQ A; 5DLF A; 5A0L A; 3UPQ A; 3ZDA A; 5ALI A; 2W03 A; 2DBY A; 2F1I A; 2JH7 A; 4YR0 A; 4KLM A; 1ZQS A; 1Z00 B; 2YB1 A; 4C4T A; 9ICO A; 4CNQ A; 5HMM A; 4M2Y A; 4R64 A; 3WK5 A; 5KT2 A; 2XI9 A; 3VCF A; 9ICJ A; 2KK0 A; 2KJ5 A; 2XGQ A; 2R8I A; 3T5H A; 3H0R B; 5J2F A; 3QU2 A; 3PVX A; 4QZB A; 4DL2 A; 5G5H A; 1ZQY A; 1BPY A; 2H3V A; 1RQL A; 2ESE A; 2FJ6 A; 3QUC A; 1MA7 A; 5ALM A; 8ICT A; 2DKZ A; 3HP6 A; 4I28 A; 2MSN A; 5KG4 A; 5F9N A; 5KFU A; 1D9F A; 4Z6C A; 2HVI A; 4PHD A; 5J2E A; 4ECT A; 4ED0 A; 5IIN A; 1RDF A; 2P35 A; 4RNN A; 3MR3 A; 3D2N A; 4ELT A; 2ZUD A; 4JV1 A; 2ZIX B; 1NK0 A; 4TQR A; 2E8N A; 4XQ8 A; 1N61 A; 3F5A A; 3D2Q A; 5KFH A; 1S10 A; 4UB5 A; 5DDY A; 4MEY A; 2AHO B; 2EZY A; 8ICG A; 3OGU A; 3SV4 A; 1PK1 A; 4HAI A; 4KLJ A; 4UB1 A; 1NI3 A; 2DGZ A; 4I29 A; 4UAU A; 4O3M A; 3IRU A; 1XS9 D; 4F5R A; 2HHV A; 1SB3 C; 5HP4 A; 1WYG A; 3C2M A; 4DL6 A; 7ICS A; 5ALV A; 2GLE A; 5ALW A; 4RNO A; 2HDO A; 3NRZ A; 1DGS A; 2W55 A; 4Y2R A; 5ALF A; 4KLO A; 5ALP A; 1SKW A; 3E2E A; 3L4P A; 3VC8 A; 3Q8P B; 4UB8 U; 3TFR A; 4K4H A; 4F4Y A; 2ZJ8 A; 3M9O B; 4UAW A; 1SL1 A; 4CF4 A; 5AK5 A; 1XO0 A; 2W9A A; 5JTI A; 4OD0 A; 5AKK A; 4ECQ A; 4LJX A; 2LKY A; 3I1Y A; 1PVP A; 2NYV A; 4DOC A; 2I9G A; 3K1R B; 4PHA A; 4PGY A; 3PW5 A; 5JRT A; 4O5E A; 1UCV A; 1ZQH A; 9ICT A; 2Q0Z X; 3RAQ A; 3WKC A; 1Y88 A; 2IBK A; 4DSK A; 3ZD9 A; 5TZV A; 4UQG A; 1U47 A; 4JV0 A; 2OYY A; 1KTQ A; 2IA6 A; 4KLF A; 3RJK A; 7ICG A; 3HRD D; 4BXO A; 4NLN A; 1B43 A; 3OTQ A; 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2AGO A; 1L3S A; 4Q8F A; 3PR4 A; 8ICE A; 1ZQE A; 4R66 A; 2XY7 A; 1NOM A; 3AL0 B; 5J2C A; 5C6K A; 3SI8 A; 2AQ4 A; 4E0J A; 2PI5 A; 2XCP A; 3V72 A; 1AQ6 A; 9ICR A; 8ICQ A; 4UAT A; 3H4D A; 3ICX A; 3BQ1 A; 2HHQ A; 2W04 A; 1ARO P; 1TV9 A; 1CRX A; 1BPE A; 3TAQ A; 3ZDE A; 5EWG A; 4P4P A; 2BDP A; 4DQS A; 4IQT A; 4QWC A; 4DWI A; 1BVS A; 2CRX A; 1ZQB A; 1JRO A; 4EEN A; 2G08 A; 3MGI A; 5J8Y A; 1KW4 A; 3KZI U; 3HKZ C; 2PFQ A; 1ZQF A; 5AIB A; 4CRX A; 3NS1 A; 7ICK A; 2W8K A; 3NKH A; 3QEA Z; 3ISC A; 4MFA A; 1SWW A; 1ZD5 A; 3TAD A; 1URJ A; 5CWR A; 2J6U A; 3RJH A; 4P4O A; 1ZQD A; 4P0Q B; 2EZX A; 1N5W A; 2F77 X; 2C2R A; 1N5X A; 5KFV A; 5BPC A; 2LI6 A; 4YR3 A; 4Y2Q A; 2KTQ A; 3OJS A; 3HX0 A; 5ALZ A; 2UVV A; 4EEY A; 2DKX A; 5J0S A; 1SZP A; 2HOI A; 2HHT A; 3AQF A; 5KFG A; 4AYB F; 3M8R A; 7ICO A; 1ZJN A; 4PL2 A; 3RAX A; 3M8S A; 4Y2U A; 5KG5 A; 1ZQZ A; 5KL1 B; 2DPI A; 2V6E A; 1S77 D; 4B9V A; 1ZQM A; 4RU9 A; 4M9N A; 3N28 A; 1J2M A; 4US9 A; 1TVA A; 7ICE A; 4KLE A; 2JZB A; 2G07 A; 3ETL A; 4NLB A; 1NJZ A; 3LK9 A; 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