The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
114
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sequence length |
369
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structure length |
369
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Chain Sequence |
SEMSLIMLAAGNSTRFNTKVKKQFLRLGNDPLWLYATKNLSSFYPFKKIVVTSSNITYMKKFTKNYEFIEGGDTRAESLKKALELIDSEFVMVSDVARVLVSKNLFDRLIENLDKADCITPALKVADTTLFDNEALQREKIKLIQTPQISKTKLLKKALDQNLEFTDDSTAIAAMGGKIWFVEGEENARKLTFKEDLKKLDLPTPSFEIFTGNGFDVHEFGENRPLLLAGVQIHPTMGLKAHSDGDVLAHSLTDAILGAAGLGDIGELYPDTDMKFKNANSMELLKQAYDKVREIGFELINIDICVMAQSPKLKDFKQAMQSNIAHTLDLDEFRINVKATTTEKLGFIGRKEGMAVLSSVNLKYFDWTR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Hexameric Assembly of the Bifunctional Methylerythritol 2,4-Cyclodiphosphate Synthase and Protein-Protein Associations in the Deoxy-Xylulose-Dependent Pathway of Isoprenoid Precursor Biosynthesis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ISPD/ISPF BIFUNCTIONAL ENZYME
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| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Campylobacter jejuni
|
| total genus |
114
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| structure length |
369
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| sequence length |
369
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.60: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase. |
| pdb deposition date | 2004-08-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01128 | IspD | 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase |
| A | PF02542 | YgbB | YgbB family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; | 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WVM A; 3USR A; 2RJ1 A; 1W77 A; 1WVC A; 1GX4 A; 4ASJ A; 4ARW A; 3E26 A; 3ZGF A; 4EVW A; 3I0E A; 2A8U A; 1ZCT A; 2I5E A; 3CKV A; 3I0I X; 2APC A; 4AC3 A; 4KQL A; 4Y64 A; 4B3U A; 2O1F A; 3IOH A; 2ICY A; 4B2W A; 2A8W A; 3JUJ A; 5FYE A; 3F0E A; 3RMV A; 4FRM A; 3U2U A; 1VPA A; 4Y7V A; 3ZLL A; 2VFZ A; 4Y63 A; 4DEC A; 1NWG B; 5C48 A; 3IOI A; 1YQN A; 4B5B A; 1ZDF A; 4Y7U A; 5FTS A; 2Z87 A; 4CJC A; 1V82 A; 2XME A; 1ZI5 A; 1H4D A; 1NF5 B; 3SXC A; 4KXO A; 5CQN X; 1PZT A; 1VZX A; 5C49 A; 3V0N A; 5C1L A; 3V8Y A; 3V90 A; 2X65 A; 5C8R A; 2OI7 A; 3ST8 A; 4D48 A; 1JYL A; 5C4F A; 1LZ7 A; 5C1H A; 1VH3 A; 3BCV A; 1JYK A; 4NAI A; 3ZF8 A; 1G3L A; 3FBA A; 1KNK A; 3ZGG A; 2OEG A; 1JVD A; 2VXL A; 1GWW A; 4JD0 A; 2XMH A; 2Y6P A; 5BXC A; 2JCO A; 1HJL A; 3D8V A; 3K2X A; 4HO0 A; 3MBM A; 1SS9 A; 4JIS A; 1ZHJ A; 3I0L A; 2X5S A; 5JQQ A; 5CMF X; 1EYR A; 3DUV A; 1G8O A; 1O7O A; 2FYC B; 3I0D A; 2Y4J A; 1FXO A; 4D11 A; 2O1H A; 2OI6 A; 1V83 A; 2CU2 A; 2RJ5 A; 1H47 A; 1ON8 A; 2FY7 A; 3D5N A; 4Y9X A; 4B4G A; 1VZT A; 5CQP A; 3R2W A; 1HV9 A; 3PNN A; 1FGG A; 1G95 A; 1WT3 A; 5EIY A; 1FOA A; 4E1K A; 3IKF A; 1LZJ A; 5CMI A; 1G9R A; 1R80 A; 5C36 A; 4J18 A; 2OI5 A; 3I0F A; 3OKR A; 1VH8 A; 3F0G A; 2AGD A; 2VS3 A; 3ERN A; 2W0V A; 3PKP A; 3IKE A; 2XWM A; 1ZCV A; 1XZ6 A; 4KC2 A; 3OAM A; 5HS2 A; 3BRK X; 3E25 A; 3F1Y A; 4G3P A; 4MND A; 1NHE B; 1VIC A; 2RJ4 A; 1ZJO A; 2VSH A; 5CMH A; 1H5S A; 3HL3 A; 3V91 A; 3DJ4 A; 5DDV A; 2D0J A; 4HO2 A; 4B42 A; 2VS5 A; 5AJO A; 5C3A A; 1IIM A; 2Z86 A; 4KNR A; 2WE9 A; 1G0R A; 4D11 C; 4FRE A; 1HM9 A; 4P00 A; 1ZDG A; 1IV2 A; 3SX8 A; 3D98 A; 4M28 A; 3JUK A; 3NGW A; 3T7M A; 1H48 A; 2YC5 A; 4HG6 A; 5C38 A; 1ZJ3 A; 4M2A A; 3F0D A; 3P10 A; 1HM8 A; 2E8B A; 4MYB A; 1TW1 A; 1JN1 A; 1LZI A; 3F1C A; 4BQH A; 5IDT A; 3EE5 A; 5DDT A; 4EE4 A; 1EZI A; 2FYB A; 3U0Y A; 3N9W A; 1S4O A; 3LW6 A; 2UX8 A; 2Y4L A; 1ZJ0 A; 3Q8H A; 3GUE A; 4G3S A; 4FRP A; 4FQW A; 3SXE A; 4EE5 A; 4HO9 A; 5EJZ A; 1H4C A; 4FRD A; 1H7E A; 4FCU A; 1JY8 A; 1S4N A; 2QKX A; 1NMM B; 1YRO B; 4NAL A; 1FXJ A; 1WT2 A; 2NXV A; 1NQI B; 4FRA A; 4HO4 A; 4ASY A; 1TW5 A; 2Q4J A; 3RMW A; 4KPZ A; 1FGX A; 2DPW A; 1U43 A; 1QGS A; 2GGO A; 2VSI A; 1VM8 A; 4ECM A; 1H5S C; 1H7H A; 4D0T A; 4B2X A; 5FUH A; 1K4V A; 1GWV A; 1PZY B; 1XHB A; 2MZB A; 2WVK A; 1IV1 A; 4HO3 A; 1QWJ A; 2WGZ A; 4Y6N A; 1FR8 A; 2FYD B; 1ON6 A; 1H5S B; 2YQS A; 1O23 B; 3I0H A; 2O1G A; 2YCM A; 1KNJ A; 2PGV A; 1VGU A; 3I0C A; 1R7Y A; 4AYJ A; 4LW6 A; 1H5T A; 4CVH A; 4IRQ A; 1QG8 A; 2PMP A; 5FU0 A; 1YP3 A; 3OH2 A; 3TQD A; 1MC3 A; 3CU0 A; 2V0I A; 4HO8 A; 2RJ9 A; 1OMX A; 2D7I A; 2RJ0 A; 3CKQ A; 5IFY A; 3Q4S A; 3ESJ A; 4L41 C; 4CJB A; 4AAW A; 1U3P A; 2VS4 A; 3DK5 A; 1WSZ A; 3I0G A; 3V8Z A; 4BMA A; 1IV4 A; 4EEA A; 1FG5 N; 2W0W A; 4C8E A; 3K8D A; 2AM3 A; 1O0R A; 3USQ A; 3U2X A; 1G1L A; 2QGI A; 4P02 A; 1OQM B; 2RIZ A; 2RJ7 A; 2JCK A; 1T0A A; 3FOQ A; 4NAK A; 2OEF A; 1H3M A; 2AH9 A; 2Y4M A; 2BO6 A; 2Y4K A; 3Q7U A; 2V0J A; 1E5K A; 1VHA A; 2ZU9 A; 1U3L A; 1ZI4 A; 2V0K A; 3OH3 A; 4KNX A; 1TZF A; 4C2S A; 2FFU A; 2ZU8 A; 2VD4 A; 3FWW A; 4Y6U A; 1QGQ A; 4G3Q A; 1HM0 A; 1H5S D; 5L6V A; 2AEC A; 3ZLK A; 3RSB A; 1G93 A; 2JCL A; 5CQM X; 3V0M A; 2FYA A; 1IIN A; 1R81 A; 1GQC A; 5CMG X; 1VZU A; 4Y7T A; 3JTJ A; 3Q80 A; 4B4M A; 3FPI A; 4FRB A; 4CJ8 A; 2XWL A; 1JVG A; 3CKN A; 3U2W A; 2GZL A; 3O3P A; 4FRO A; 3EOR A; 3GHZ A; 3OGZ A; 2AES A; 1FO8 A; 1H5T B; 1VGW A; 4HCQ A; 3P0Z A; 3CKO A; 5C1G A; 3TZT A; 4C8G A; 5C3B A; 2AM5 A; 3R3I A; 3SXB A; 1IV3 A; 5C47 A; 2BO4 A; 2UZH A; 2AMT A; 2I7B A; 3V0L A; 5CMJ A; 1FZW A; 3F6M A; 4NAN A; 2I5K A; 1R7X A; 3RE3 A; 5EJ1 A; 1TVY A; 4K6R A; 5IDS A; 1ZJ2 A; 3K8E A; 1YP4 A; 5CQO A; 2V0L A; 1LL2 A; 1MP5 A; 2Y7A A; 1ZCY A; 2PA4 A; 1H7T A; 1S4P A; 2P72 A; 1H7L A; 1H5R A; 2YQH A; 1R82 A; 2VXM A; 3SX7 A; 1R7T A; 3POL A; 2WAW A; 1R7V A; 2RJ8 A; 1FRW A; 3F0F A; 3IEW A; 2WVL A; 1R7U A; 3OH1 A; 3T80 A; 4GBP A; 4EE3 A; 3SXA A; 5FTV A; 4Y7G A; 3CGX A; 5AJN A; 4Y7F A; 2V0H A; 4KC1 A; 2RIT A; 2AM4 A; 2JCJ A; 1FO9 A; 5AJP A; 1H7F A; 4HO6 A; 3B6N A; 1HJJ A; 2YQC A; 4FRL A; 2BO8 A; 1JV3 A; 2FFV A; 1LZ0 A; 5FU8 A; 3SX3 A; 1ZI1 A; 1H4E A; 4C8I A; 5C4E A; 1FR9 A; 2YQJ A; 3U2T A; 2BO7 A; 4D0Z A; 1H7G A; 3OC9 A; 3JVH A; 5I1F A; 1ZIZ A; 4YS8 A; 3KIA A; 1GX0 A; 5C3D A; 4R7P A; 3K14 A; 1INJ A; 2E3D A; 3U2V A; 1MP4 A; 4KRV A; 3V0O A; 1I52 A; 3QVB A; 4KPX A; 2WEE A; 2PX7 A; 1ZCU A; 3SXD A; 2XWN A; 4UEG A; 2ZU7 A; 2PGY A; 4M2B A; 1LL0 A; 1ZJP A; 3KE1 A; 1VGZ A; 5C4D A; 2GGQ A; 2P73 A; 3T7O A; 1LL3 A; 4KT7 A; 4EEG A; 5CQL X; 1OMZ A; 1YP2 A; 1ZJ1 A; 1G97 A; 4DE7 A; 1H5R B; 1H7Q A; 5C4B A; 1GX1 A; 4ZDQ A; 1INI A; 4FCE A; 1NKH B; 3PKQ A; 4IRP A; 1WT0 A; 2D7R A; 4EEM A; 1Z90 A; 2ICX A; 5FV9 A; 2RJ6 A; 4G87 A; 3I0J A; 3SX5 A; 5J49 A; 1GQ9 A; 4XWI A; 4C81 A; 4HO5 A; 4DDZ A; 2YC3 A; 4M4K A; 2RIX A; 4LW3 A; 4B4B A; 3IOJ A; 1GA8 A; 1FWY A; 4FRH A; 3U0X A; 1LVW A; 4FRQ A; 3SXG A; 3IEQ A; 3T7N A; 5C4C A; 4KC4 A; 3QHD A; 1MP3 A; 1W55 A; 1WT1 A; 5B8F A; 2AE7 A; 3SPT A; 2X5Z A; 3I0K A; 4Y62 A; 1G23 A; 3ELC A; 1JV1 A; 1W57 A; 1G2V A; 1ZI3 A; 1VH1 A; 2YES A; 4HOC A; 5L6S A; 4EEO A; 1O7Q A; 3CKJ A; 3V0P A; 2X60 A; 4C82 A; 3V0Q A; 3OH0 A; 2QH5 A; 4AYL A; 1V84 A; 1U40 A; 2RIY A; 1KWS A; 2P6W A; 1VGT A; 3OH4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WVM A; 1VQM F; 1W77 A; 1WVC A; 1GX4 A; 3S02 A; 4ARW A; 2KG4 A; 3ZGF A; 5CB4 A; 2CHS A; 2G9I A; 4B3U A; 1QU9 A; 4B2W A; 2A8W A; 5FYE A; 4O4J B; 4FRM A; 3U2U A; 1J7H A; 2RHJ A; 5HXZ A; 1VPA A; 4Y7V A; 2J0B A; 4CJC A; 2HP3 A; 4B46 A; 3BYQ A; 5CQN X; 1YGY A; 3V0N A; 5C1L A; 2CWJ A; 5GAN K; 5C8R A; 2OI7 A; 3ST8 A; 3JAL B; 1JYL A; 1W59 A; 1LZ7 A; 5C1H A; 4IHJ B; 3C9R A; 4X1I B; 4NAI A; 1G3L A; 3HKC A; 1DBF A; 2OEG A; 4I4T B; 1YHQ F; 3M4S A; 4ZHW A; 3MBM A; 4TV9 B; 1ZHJ A; 3DUV A; 2ZOV A; 4D11 A; 2L26 A; 2OI6 A; 2HRU A; 5CB4 B; 3WJP A; 1ON8 A; 2FY7 A; 4Y9X A; 3D5N A; 1HV9 A; 4O4L A; 5EIY A; 1FOA A; 5CMI A; 5C36 A; 3L7Q A; 1SDS A; 2OI5 A; 3I0F A; 2Q1Y A; 5HY0 A; 2IG8 A; 2AGD A; 3OBW A; 3LME A; 3F1Y A; 5J2U A; 5EIB C; 2VSH A; 3ON1 A; 1H5S A; 3HL3 A; 3HKC B; 5DDV A; 2AIZ P; 2Z86 A; 4D11 C; 5IJ9 A; 4P00 A; 1XV2 A; 3D98 A; 1H48 A; 4HG6 A; 4O4I A; 1JN1 A; 5IDT A; 3EE5 A; 1W41 A; 5DDT A; 1EZI A; 3HKD B; 3LW6 A; 4O4L B; 2Y4L A; 4FRP A; 4FQW A; 3SXE A; 4EE5 A; 1OFU A; 3N4Z A; 2CVL A; 1JY8 A; 3MCQ A; 5LXT B; 1QD9 A; 1NQI B; 4KPZ A; 3OBY A; 4ECM A; 1H5S C; 2Z1T A; 3FD6 A; 1PZY B; 5J2U B; 4B45 A; 4FIY A; 4Y6N A; 1ON6 A; 3I3F A; 1H5S B; 2YQS A; 3I0H A; 5HP7 A; 1VGU A; 5IJ9 B; 1SZQ A; 3CCS F; 3G71 F; 5GIP C; 2IAF A; 4G4W A; 3WGL A; 2V0I A; 4HO8 A; 2RJ0 A; 5IFY A; 3K12 A; 5J2T B; 4O4I B; 2VS4 A; 4O2B B; 4EEA A; 1IV4 A; 1FG5 N; 4C8E A; 5G4V C; 3K8D A; 2AM3 A; 3S0H A; 1VQ8 F; 3FD5 A; 4P02 A; 1T0A A; 3FOQ A; 2LCA A; 2OEF A; 5LYJ A; 3VCZ A; 2Y4M A; 2W8B C; 1W3E X; 4O6M A; 1TZF A; 3JAS B; 1QGQ A; 4G3Q A; 1TUB A; 2JCL A; 1IIN A; 5KMG A; 2HQS C; 2WAL A; 3C9T A; 3CME F; 1X25 A; 4FRB A; 2XWL A; 1JVG A; 1K9M H; 3O3P A; 3GHZ A; 4EB6 A; 3R3I A; 4FIX A; 5C47 A; 2AMT A; 2I7B A; 4NAN A; 5KX5 A; 3VI6 A; 2PA4 A; 1H7T A; 5LA6 B; 4G4X A; 4X1Y A; 3F0F A; 5LYJ B; 5ITZ A; 3RYI A; 3SXA A; 4KC1 A; 1W5F A; 4BY9 D; 2AM4 A; 1ODE A; 2JCJ A; 5AJP A; 1PF5 A; 1TUB B; 1H4E A; 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