The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
42
|
sequence length |
112
|
structure length |
112
|
Chain Sequence |
EDCPQDREELGRNTWAFLHTLAAYYPDMPTPEQQQDMAQFIHIFSKFYPCEECAEDIRKRIDRSQPDTSTRVSFSQWLCRLHNEVNRKLGKPDFDCSRVDERWRDGWKDGSC
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Rattus norvegicus
|
| publication title |
The refined crystal structure of augmenter of liver regeneration
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
augmenter of liver regeneration
|
| total genus |
42
|
| structure length |
112
|
| sequence length |
112
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
1.8.3.2: Thiol oxidase. |
| pdb deposition date | 2003-03-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04777 | Evr1_Alr | Erv1 / Alr family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4E0H A; 1JR8 A; 3LLI A; 3GWL A; 1JRA A; 3U2M A; 3LLK A; 3U5S A; 1OQC A; 3U2L A; 3TK0 A; 3GWN A; 2HJ3 A; 3MBG A; 3R7C A; 4LDK A; 4E0I A; 3TD7 A; 3O55 A; 3W4Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Q9C A; 2GDC A; 1XZQ A; 2R25 A; 1QQ3 A; 1AVO B; 1MNE A; 3C8G B; 2HFI A; 4H4K C; 4RDA A; 5F5H A; 3IQC A; 3RVY A; 2G3K A; 3E9V A; 1OCC C; 3GWL A; 1TQG A; 3JRT A; 4EWC A; 1NLX A; 2QNL A; 1OCR C; 1DOV A; 2NUT B; 3KYI A; 4CS9 A; 1RKE A; 1H7I A; 1RCP A; 2AWY A; 2OQM A; 4U5F E; 4XEK A; 2VCA A; 2XL8 A; 1E83 A; 4QI2 A; 3RQE A; 2VCB A; 3EQL F; 2AP3 A; 3K1I C; 3HNI A; 3VRC A; 4PAC A; 5JUA A; 4OIQ F; 2R7O A; 5T1D B; 5FCL A; 4XEF A; 1B68 A; 2XLD A; 2XM0 A; 3T6G B; 1AUE A; 1Q0M A; 2NUP B; 2R7Q A; 2JD3 A; 1Y4C A; 4J30 B; 1ZVZ A; 3PCV A; 1CPQ A; 4EIY A; 3RYL A; 3JZ0 A; 2XLO A; 4JVS A; 3HNJ A; 3VAY A; 5KYU B; 2H8A A; 2DGJ A; 1SYQ A; 3FXH A; 3EGD B; 5KYY B; 2X0C A; 4YN0 B; 2XLM A; 1ZU5 A; 5B3I A; 2EIJ C; 2XL6 A; 4J7Y A; 3NYJ A; 1D1A A; 1C02 A; 1MMG A; 2QE9 A; 2QLA A; 1E84 A; 1GM5 A; 1WOL A; 1JR8 A; 1LPE A; 2MYS A; 3G4X A; 2H7V C; 1NBB A; 2Q7R A; 4ULV A; 4I44 A; 4JTC B; 2D5R B; 3QMK A; 4XTK A; 4CIP A; 5K0I A; 3QVY A; 1D1C A; 1H6G A; 5COG A; 3DE9 A; 2YL7 A; 3GEH A; 2R03 A; 2PF4 E; 3G50 A; 2M4E A; 3QVZ A; 2YVK A; 2IYL D; 3V5X A; 3AG2 C; 2YZS A; 2B0H A; 3N0T A; 2J9U A; 5B1A C; 4LDR A; 4P9T A; 3LNR A; 3GM2 A; 1AEP A; 2XLV A; 3EG9 A; 3ZQY A; 1Q0G A; 4NY3 A; 3ZG1 A; 4D4X A; 1ZW3 A; 5JVE A; 1WAT A; 4EHP A; 2JPU A; 4PJN A; 4YT8 A; 5JS5 A; 1PD1 A; 3DZA A; 1TWA A; 3M4C A; 4HEA J; 4ULW A; 2O9X A; 4BG0 A; 1F1M A; 4CSA C; 1QZX A; 2KNH A; 1FMV A; 4Z9J A; 1ZHZ A; 2FAP B; 2A6E F; 3O39 A; 3FAP B; 2XRH A; 3T9O A; 2J0X A; 3LS0 A; 1M2V A; 2OJE D; 3A11 A; 2LFF A; 3S29 A; 2YQY A; 3TQO A; 2WVQ A; 1NG1 A; 4IRU A; 3BRJ A; 2AU5 A; 4U5D E; 4C3E A; 5JLI A; 1OQC A; 1CGM E; 3Q7L A; 5L0H A; 2EPK X; 1VB5 A; 1ORJ A; 2Q3T A; 2R7V A; 4P9F A; 5JP7 A; 2L6G A; 2HJM A; 1ZZP A; 3SEO A; 1Z6A A; 1FTS A; 2L6H A; 1ST6 A; 3NKE A; 2WZG A; 4FX5 A; 5AGF A; 1KU2 A; 4I1M A; 5TJ5 E; 3WG7 C; 4B6I A; 4U5H A; 1WN0 A; 3K7D A; 3IHU A; 2XS1 A; 3MFN A; 1U6H A; 4N06 A; 4IWB A; 2EIL C; 2HS5 A; 4WAB A; 3SXM A; 5EHH A; 1TR2 A; 1IZM A; 3S0X A; 4MVQ A; 2XSE A; 3U8P A; 3U0C A; 3UR3 C; 1ZU4 A; 3MYI A; 1JMW A; 3SZR A; 1VK5 A; 1LVK A; 1RJ9 A; 4DVZ A; 3ZDL A; 1G4U S; 1Q0K A; 2WVO A; 2OJQ A; 2A6H F; 2XXA B; 3EHM A; 2YL3 A; 3GEE A; 1RKC A; 5F28 E; 1CGN A; 3EZH A; 1YZA A; 1D0X A; 1CPR A; 3EGX B; 4JCH A; 4C3D A; 2OOC A; 2VCC A; 4PFP A; 4CBE A; 2KK1 A; 3U3F A; 2PNO A; 4JIO A; 4U5G A; 4NTB A; 2LFD A; 4N6H A; 3UMI A; 4JJF A; 4AL0 A; 1E85 A; 3O10 A; 4YJW A; 3X1O A; 3SNH A; 1Y6D A; 5L0D A; 1A7V A; 1M57 C; 3M4B A; 4I1O B; 5DS6 A; 2G3V A; 4EBJ A; 2EPN A; 4O7G A; 1SMY F; 1HMD A; 1E2X A; 1ORY A; 1YDI A; 3H65 A; 4AE4 A; 4PK4 A; 3KL4 A; 4K1O A; 3WOD F; 3JCU Q; 3PDM P; 1A7D A; 2QY9 A; 1K40 A; 3DKA A; 3DXJ F; 4M63 A; 1IW7 F; 5T3T A; 4CS9 C; 5KYW A; 3X2Q C; 3NG1 A; 1OKK A; 1VYI A; 2Y3H A; 4H54 A; 1A41 A; 3OEO A; 4LAC B; 3EPV A; 1Z7Q c; 3SXZ A; 5F5F A; 1EQ1 A; 3Q6N A; 2BE5 F; 1SR2 A; 5A6B A; 2YL0 A; 2LD6 A; 3QW1 A; 3RFY A; 4DRI B; 4EBK A; 2HV6 A; 4XEV A; 4XWJ A; 3RF3 A; 4ANJ A; 2GA0 A; 3ITF A; 4HFK B; 3W2V A; 1PCX A; 4Q4Z F; 4ZLD A; 3LEV A; 5CI9 A; 1E86 A; 1WTY A; 2V26 A; 1V74 B; 1L7C A; 3ECS A; 2CCY A; 2F22 A; 4CIH A; 4G7Z F; 4G7O F; 4YK5 A; 3IQT A; 1O87 A; 5A6J A; 4OIO F; 5KYX A; 3EFO B; 5KYY A; 2EPL X; 3W8I A; 1TWH A; 2KYH A; 2Q9A A; 2KJG A; 2YWA A; 1FFH A; 3NMK A; 4GQH A; 1D1B A; 2D4U A; 2KQ9 A; 4W8K A; 3FHD A; 2KC3 A; 3RKO F; 3GM1 A; 3DAG A; 1W2W A; 4GEH A; 1OCO C; 4XPW A; 4E17 A; 1G5Z A; 1UFB A; 4N4W A; 2YLI A; 2CDQ A; 3F47 A; 2MWQ A; 1YVI A; 2DYR C; 1G8X A; 1L3P A; 2LP4 A; 2R9R B; 2XLW A; 3GOD A; 4BEM J; 3CAX A; 1HW1 A; 4WGY A; 1S05 A; 3N2Z B; 3OWT A; 3ABK C; 2ASR A; 4C7O B; 1ZHW A; 2GFH A; 2RSE B; 1Z23 A; 4U5C E; 3PHF 2; 3HJC A; 3AOU A; 1U0B B; 3RH3 A; 2OEX A; 1D0Y A; 1FMW A; 1S7Z A; 1OXK A; 4W8P A; 1YAR O; 2OU6 A; 3U3B A; 5DS5 A; 2XXA A; 2L81 A; 2EPM X; 5L3Q A; 2M64 A; 2R05 A; 3I4U A; 4DBR A; 3G4Z A; 2XM4 A; 4YT4 A; 2EPO A; 1O5H A; 4E0H A; 3S84 A; 2J9B A; 1NU7 D; 1T6I A; 2P7V A; 1M6T A; 3IQ6 A; 2ZPA A; 4KNW A; 3R2P A; 4ZLC A; 4JW1 A; 4JEB A; 1BR1 A; 1I5N A; 1Z3I X; 3S90 A; 3N24 A; 3SP1 A; 2LQG A; 3AQC A; 1LE4 A; 4IAQ A; 5AC4 A; 5EK0 A; 2CNW A; 2J7P A; 4FES A; 1HMO A; 4MQ9 F; 3OA1 A; 5DS4 A; 4E7S A; 1KNY A; 1ZHY A; 4IGG A; 3L8J A; 4WGZ A; 1A7E A; 3IEE A; 3UGO A; 3GOR A; 4AL1 A; 2ZD9 A; 3L0I A; 4MVU A; 3JSZ A; 2KW3 C; 4OIP F; 1BDJ B; 2YKZ A; 3E70 C; 2J9V A; 4J7T A; 4OIR F; 4LLE A; 3AGT A; 3F46 A; 1LIH A; 2EIN C; 2RD9 A; 4DOZ A; 5BQH A; 4BJ5 A; 4BPM A; 1JPN A; 3CSK A; 3LAY A; 4YT2 A; 1JOG A; 4C3B A; 2AVK A; 1YLM A; 2R02 A; 3DWW A; 3B9Q A; 4RBN A; 1RKE B; 2L7A A; 2WL8 A; 1HE9 A; 4NCQ A; 4DRJ B; 4EUK B; 3C18 A; 3MYF A; 3S9O A; 3ABM C; 3L1M A; 1VLS A; 2C04 A; 3L8I A; 3W2W A; 2J45 A; 3SXY A; 5CIV A; 4PFO A; 1ZW2 A; 2A0B A; 5IY5 C; 3QZC A; 1Q0F A; 2Y39 A; 3TOM A; 4JJG A; 1OW7 A; 2VC9 A; 4IAR A; 1C03 A; 1PD0 A; 1Q0D A; 3AJM A; 3DAF A; 4Q5S F; 3JYY A; 2L9J A; 5JT4 A; 1OKK D; 4BJ6 A; 1SZI A; 1Z5Z A; 2GWW A; 2PX0 A; 4ONS A; 5A69 A; 2YL1 A; 4QDL A; 3W4Y A; 1QSP A; 5A6B D; 3C63 A; 3IQ5 A; 2J9W A; 4JEA A; 3HLZ A; 5D91 A; 3JT1 A; 1TFO B; 2JX0 A; 1WAS A; 5BQG A; 5HV9 A; 5T3W A; 2NSG A; 1J8Y F; 1MMA A; 5GPG B; 3LJB A; 1BBH A; 1C17 M; 2YHS A; 3V5Y A; 5L0G A; 4DBQ A; 1N1C A; 2ICW G; 2R7W A; 4OD4 A; 2DB4 A; 2I15 A; 3ZVR A; 4XLN F; 3IPM O; 3J06 A; 2XS8 A; 3ZIB A; 4YT5 A; 3EG9 B; 4CDY A; 3C8Z A; 3O55 A; 4PJL A; 2LIG A; 1MMN A; 5COF A; 4A4A A; 4MVZ A; 1CGO A; 5E33 A; 3QW0 A; 4N6C A; 3DJU B; 3FOP A; 1QKR A; 2NSF A; 1ZHX A; 2J0W A; 3KYJ A; 3Q6M A; 2FGY A; 1M2V B; 1T5O A; 4JC7 A; 3NYL A; 1YYX A; 3V7O A; 3RQF A; 3DM9 B; 3C8G A; 4MVR A; 3U9M A; 4CDA A; 4DXW A; 3LES A; 4MW8 A; 3U2M A; 1FNT c; 2HSB A; 2PX3 A; 3KH2 A; 4JKV A; 5L0F A; 2NUT A; 5BUO A; 1NFO A; 2NPU A; 3PMR A; 4YL1 A; 4CS8 A; 3POV A; 1TFK B; 1RXQ A; 2A69 F; 4XPX A; 4PR9 A; 3H2V A; 2P61 A; 3V5Z A; 1VLT A; 4MVO A; 2DI3 A; 3DMD A; 3UNG C; 2W4B A; 2ZXR A; 3TUL A; 3BEH A; 2NUP A; 3C7J A; 3GM3 A; 3TJ6 A; 5HSW A; 2IBF A; 2PFD A; 1ORS C; 4JE9 A; 1LI7 A; 3CQZ A; 4X0R A; 3KMI A; 4QI0 A; 3FDQ A; 4BJT A; 5KYU A; 2A68 F; 1RJ9 B; 3FVY A; 1MQV A; 2L6F A; 3DI5 A; 3EGD A; 4G78 A; 2CNW D; 2J7P D; 4U5B E; 3LUT B; 4L6R A; 4FWV A; 4R32 A; 4EBB A; 5EGY A; 3LLI A; 3RVZ A; 2IXP A; 3EH1 A; 1JRA A; 4PJJ A; 1R4T A; 1LS1 A; 4NQF A; 2HUJ A; 3B0U X; 2HSQ A; 3GWN A; 2CYD A; 2QUP A; 5E3C A; 1T9K A; 2B0J A; 3HKK A; 4KC9 A; 4J32 B; 2LCH A; 3ZC4 A; 2VAS A; 4MW3 A; 3WAQ A; 1JAF A; 2XL4 A; 2H7O A; 3O6X A; 1XWJ A; 4HFF B; 2J8W A; 1YA7 O; 3AQB A; 256B A; 3ZSU A; 2NG1 A; 2VB6 A; 1FFT C; 2UUH A; 4AE4 B; 3HNL A; 2YLG A; 4IAO A; 3GEI A; 2ETS A; 3L34 A; 4RD9 A; 4AX2 A; 2XLH A; 1OXB A; 4JRZ A; 2ZXP A; 4BJ5 C; 2WZF A; 1OW8 A; 4EKW A; 4A2N B; 4OIN F; 1SF8 A; 2I8B A; 5KYW B; 4NTF A; 4YL0 A; 1BZ4 A; 3JYH A; 1GS9 A; 4LLC A; 4WJ0 A; 2XLE A; 3MX3 A; 4CJG A; 4LER A; 4MVM A; 4O6Y A; 5D92 A; 3ZTM A; 2UUI A; 4E18 A; 5AC5 A; 3U2L A; 1FR0 A; 4MVS A; 2H7B A; 2YEV A; 1LKX A; 3LNM B; 2TMV P; 3ATP A; 3AG1 C; 2IXN A; 3U9J A; 4JZA A; 3NKD A; 4DRH B; 4XPY A; 2LSE A; 3ASN C; 3ASO C; 3EZI A; 1APC A; 4IJJ A; 2IXM A; 4GYT A; 3NDB B; 2R7X A; 3RQG A; 3TOL A; 4Z9H A; 2Q00 A; 1YAU O; 3U8V A; 1YJG A; 1WGW A; 3DJN B; 4BJ1 A; 1KTM A; 1EKY A; 5KYN A; 1J8M F; 3EJN A; 5CI8 A; 4YL3 A; 3ZWI A; 4BJ6 C; 4CJO A; 1VTM P; 4CX9 A; 5KYX B; 1V4A A; 2X51 A; 1M56 C; 1I4Y A; 4KI2 A; 2R7U A; 1V55 C; 3KPH A; 4K7B A; 1K04 A; 3ZQV A; 2OEV A; 3LS1 A; 1R5I D; 3AG4 C; 4Q7C A; 5BQI A; 1Z63 A; 4O79 A; 3QTH A; 2VH3 A; 4NTA A; 4OD5 A; 3KKB A; 3HNK A; 4MS2 A; 5B1B C; 3T6J A; 3CZ6 A; 3VM6 A; 2KSF A; 3AGU A; 4U9D A; 2P1A A; 1TKN A; 3US6 A; 4BEJ A; 1I4Z A; 3EGX A; 1GQA A; 1LI5 A; 2WZL A; 3NRH A; 1K05 A; 3ZTZ A; 3K1I A; 2Y3B A; 4MTF A; 4O6N A; 3R7C A; 4U5E E; 3K33 A; 1QPU A; 2R7S A; 1RMV A; 2Q9B A; 1GGQ A; 3UGP A; 2PP4 A; 3C8G D; 2BL2 A; 3MLG A; 1H9G A; 2IXO A; 1ZYR F; 1EI7 A; 2CGE A; 2A0U A; 5JRA A; 4MTG A; 1VOM A; 1WWP A; 2DYS C; 3A9C A; 3FMS A; 3M1C B; 5L0C A; 5L0I A; 3H2U A; 1UG7 A; 2HZ8 A; 3K66 A; 4K0D A; 2W45 A; 2G62 A; 4D4N A; 4UDV A; 1LS4 A; 1H9T A; 3LEO A; 4Z9I A; 3RW0 A; 1OW6 A; 2IM8 A; 3JRM O; 4JCZ A; 3U5S A; 3UMH A; 4CS8 C; 2R7T A; 1LM3 B; 1QLE C; 1OR2 A; 2LK4 A; 4MTO A; 2CW0 F; 2AWC A; 4G7H F; 3K1H A; 2Y69 C; 2Y3D A; 3DD7 A; 2BC5 A; 4KNV A; 1U89 A; 5A6A A; 1HE1 A; 1D0Z A; 1NSG B; 2WB7 A; 1O3U A; 3DE8 A; 3M79 A; 4E0I A; 2Y3G A; 3B29 A; 1NFN A; 3EHN A; 3W8H A; 4YWQ A; 3S27 A; 4KBL A; 5COM A; 5DQZ A; 3UMK A; 1MMD A; 1VYK A; 3DM5 A; 3K6B A; 1V54 C; 4CSA A; 3EFO A; 1YYJ A; 3FOO A; 1QVX A; 5L3V A; 1NZE A; 3NYM A; 4IB4 A; 4DJ9 A; 1JPJ A; 2OG2 A; 1DOW A; 3T6B A; 2E87 A; 3S28 A; 3NMJ A; 2HKV A; 4DVY P; 4FAP B; 3HTK C; 2GAQ A; 4U9E A; 3T4R A; 5FZT A; 4JUR I; 1MND A; 4G0H A; 1LE2 A; 4P6I C; 1VMA A; 1YA9 A; 2HJ3 A; 2OKU A; 4JTA B; 3RIP A; 3B0V C; 1T01 A; 3AG3 C; 3FAJ A; 4XLP F; 2EIM C; 4C7O A; 2HV7 A; 1T6U A; 2Z15 A; 1T6Q A; 2P0N A; 3Q7G A; 3M15 A; 5E3A A; 3TD7 A; 4PJM A; 2MHR A; 4AK9 A; 2YRF A; 4I3M A; 2FFH A; 2KGO A; 5E2Q A; 1OR3 A; 3VF0 A; 1BR4 A; 2C03 A; 3SXK A; 5A6K A; 3ABL C; 4CDV A; 4F4B A; 4E7Z A; 2IOQ A; 4LDQ A; 3TJ5 A; 1XZP A; 3JTL O; 2P6V A; 2W9Y A; 1ZHT A; 1PV3 A; 2R7R A; 3GAN A; 3LLK A; 4JTD B; 2A1D D; 3EH2 A; 3TK0 A; 4CS7 A; 1EA8 A; 2HMZ A; 2HMQ A; 2OCC C; 2ZXW C; 5DVW A; 3WHN A; 1FAP B; 3I5Q A; 2WVN A; 3C62 A; 5DQT A; 5DLJ A; 3SYN A; 1OCZ C; 2J46 A; 2ZXO A; 3MBG A; 1HW2 A; 1G4W R; 5B3S C; 3I5P A; 3CEX A; 2EIK C; 4ER9 A; 5JSL A; 1BR2 A; 1A0B A; 1NU9 C; 1HY5 A; 2Q4F A; 4LDK A; 2YLD A; 4O6M A; 3VYW A; 3B71 A; 2V3C C; 4MND A; 4NC3 A; 1M2O A; 1TWC A; 2QTV A; 1TWG A; 5L0J A; 1YZC A; 3JSE O; 4HE8 D; 2PBE A; 3B0P A; 4XQ1 A; 3NMI A; 2W4M A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4E0H A; 1JR8 A; 3LLI A; 3GWL A; 1JRA A; 3U2M A; 3LLK A; 3U5S A; 1OQC A; 3U2L A; 3TK0 A; 3GWN A; 2HJ3 A; 3MBG A; 3R7C A; 4LDK A; 4E0I A; 3TD7 A; 3O55 A; 3W4Y A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
