The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
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sequence length |
115
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structure length |
115
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Chain Sequence |
TYSPEKIAQLQVYVNPIAVARDGMEKRLQGLIADQNWVDTQTYIHGPLGQLRRDMLGLASSLLPKDQDKAKTLAKEVFGHLERLDAAAKDRNGSQAKIQYQEALADFDSFLNLLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of PsbQ from Synechocystis sp. PCC 6803 at 1.8 A: Implications for Binding and Function in Cyanobacterial Photosystem II
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| source organism |
Synechocystis sp.
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| molecule keywords |
Sll1638 protein
|
| total genus |
48
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-02-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05757 | PsbQ | Oxygen evolving enhancer protein 3 (PsbQ) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JCU Q; 3RFY A; 2MWQ A; 3LS1 A; 1NZE A; 3LS0 A; 3ZSU A; 1VYK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4AE4 B; 3N0T A; 1VOM A; 5CI9 A; 1OQC A; 3H2U A; 1ZU4 A; 3DM9 B; 3FMS A; 3AQB A; 4YT8 A; 1NBB A; 3L0I A; 4O6Y A; 3KKB A; 3ZQV A; 3TQO A; 2CDQ A; 1ZW2 A; 3C7J A; 3NMI A; 4XPY A; 4CS8 A; 4EKW A; 3S0X A; 5BUO A; 3JYY A; 4J32 B; 3RW0 A; 2J8W A; 4P9T A; 3EHN A; 5E3C A; 2YLG A; 4ZLC A; 1LVK A; 2Y3D A; 2XS1 A; 3IPM O; 3SXZ A; 4G7H F; 1G4W R; 1T6I A; 3RF3 A; 2YL1 A; 3FXH A; 5HV9 A; 3FDQ A; 2G62 A; 2OOC A; 4I1M A; 3B71 A; 5B3I A; 1XZP A; 1E86 A; 4RD9 A; 1SF8 A; 3JTL O; 2NUT A; 2ZPA A; 2HSB A; 2HJ3 A; 3E9V A; 4G78 A; 4UDV A; 1KTM A; 3S9O A; 4Q4Z F; 3M79 A; 1T5O A; 1Z7Q c; 3TOL A; 2R7W A; 2PNO A; 3G4Z A; 2YVK A; 2CGE A; 4PJJ A; 1E83 A; 4HFF B; 4YL0 A; 1YAR O; 2JX0 A; 4GEH A; 4ULW A; 1IW7 F; 3JCU Q; 3NYM A; 4PFO A; 3U3B A; 4X0R A; 4MTG A; 4DRJ B; 5A6K A; 2PFD A; 1FR0 A; 1JR8 A; 3JSE O; 1QZX A; 2GA0 A; 2R25 A; 1T01 A; 2OQM A; 1T9K A; 3HNL A; 2V26 A; 3TJ5 A; 1C17 M; 3ZC4 A; 5KYN A; 1ZHZ A; 1ZYR F; 1LKX A; 2ZXP A; 3TUL A; 3O6X A; 2BL2 A; 3U8P A; 4BEM J; 1Z63 A; 4C7O A; 2J9B A; 4WAB A; 2CNW D; 2CNW A; 3ZTZ A; 4JTC B; 1AUE A; 4LDK A; 2RD9 A; 4DVY P; 4YT4 A; 2IXP A; 1V74 B; 4JRZ A; 4KC9 A; 4DBR A; 3W2V A; 2P0N A; 3ABM C; 3M1C B; 3QZC A; 4PJN A; 2YHS A; 4BJ6 C; 1PCX A; 2Y3B A; 4J7T A; 3MX3 A; 5A69 A; 1OR3 A; 1Y4C A; 5D92 A; 4KNW A; 4E17 A; 1WOL A; 4ULV A; 2VH3 A; 4XEK A; 4CDV A; 3ZSU A; 5DLJ A; 4I1O B; 1M2V B; 4K1O A; 1PD0 A; 3OEO A; 4WGY A; 4XPX A; 1VK5 A; 3RFY A; 1HMD A; 1SR2 A; 3DE9 A; 2R03 A; 3U2M A; 1LPE A; 2J9U A; 2F22 A; 3K33 A; 3CAX A; 3EQL F; 4XTK A; 5EK0 A; 5F5H A; 1FNT c; 1XZQ A; 1H9G A; 1YZA A; 1D0Z A; 4BJT A; 1OR2 A; 2A1D D; 1D0X A; 2OCC C; 3BRJ A; 1SYQ A; 2YLI A; 3HNK A; 3NMK A; 1YDI A; 4W8K A; 3T6B A; 4EIY A; 1HY5 A; 3ZQY A; 1BZ4 A; 4XEV A; 4XLP F; 1C03 A; 4XWJ A; 1S7Z A; 2J46 A; 2J7P A; 3LES A; 5COM A; 2HMQ A; 3AOU A; 2XL4 A; 4JZA A; 4OIP F; 2FFH A; 4JJG A; 4FX5 A; 3IQ6 A; 4IB4 A; 2HFI A; 2W4M A; 1LI5 A; 1NFN A; 1OCC C; 1R5I D; 1RJ9 A; 3S28 A; 1APC A; 2NSG A; 4MTO A; 1HMO A; 1F1M A; 4Z9H A; 2WB7 A; 3JZ0 A; 2RSE B; 3TK0 A; 3SYN A; 4WJ0 A; 5A6J A; 1I4Z A; 1DOV A; 2XLV A; 1LM3 B; 2VB6 A; 2XLM A; 1A7V A; 2IXM A; 4I44 A; 2VC9 A; 2O9X A; 2R7U A; 1VB5 A; 1EQ1 A; 2GDC A; 4W8P A; 4C3B A; 5DS5 A; 3ECS A; 2YL7 A; 1FAP B; 3AJM A; 3WHN A; 1MMN A; 4I3M A; 1AEP A; 3RQG A; 2ZXW C; 1RJ9 B; 1G4U S; 4G0H A; 4JTD B; 2HKV A; 4LAC B; 4XLN F; 2ETS A; 3LNR A; 3SXM A; 1RMV A; 3Q6N A; 2L6G A; 1B68 A; 1WAS A; 2KSF A; 1Q0M A; 2WVQ A; 2DYS C; 2YWA A; 4D4X A; 3DD7 A; 3NG1 A; 1CGO A; 1OKK A; 3G50 A; 4KNV A; 1ZHT A; 4U5D E; 3HNJ A; 4JCZ A; 3MYI A; 1D1C A; 2NUP A; 4JUR I; 3RH3 A; 4OIR F; 1IZM A; 5A6B A; 4OIQ F; 5L0H A; 1M57 C; 3RIP A; 4ANJ A; 4U5B E; 5E2Q A; 1NG1 A; 1G8X A; 2MWQ A; 3HTK C; 1TFK B; 1YYX A; 5T3T A; 1BBH A; 5COF A; 3LEV A; 1OCZ C; 3A9C A; 1JRA A; 2KK1 A; 3R2P A; 4H4K C; 4MVR A; 4HE8 D; 4E18 A; 1MMA A; 1JOG A; 2HS5 A; 2Q00 A; 3KL4 A; 4AL1 A; 3KH2 A; 3DM5 A; 2NUP B; 2QTV A; 5JT4 A; 1MMG A; 3ITF A; 1HE1 A; 2HV7 A; 1YAU O; 3C8G A; 3C8G D; 4MQ9 F; 4YJW A; 3GEE A; 2H7B A; 3QVY A; 1L3P A; 2P1A A; 1Q0D A; 2Q9C A; 3ASN C; 2HZ8 A; 3EFO A; 4MS2 A; 2YEV A; 4IWB A; 3ATP A; 5EHH A; 2R05 A; 2R9R B; 2R7Q A; 3B0V C; 1ZHY A; 2AWY A; 2OJE D; 3A11 A; 4K7B A; 1GGQ A; 4JEB A; 4E0H A; 2L6H A; 4CS7 A; 5AC5 A; 5CI8 A; 4EBJ A; 3C8G B; 4NY3 A; 2EIM C; 1K40 A; 2MHR A; 1EKY A; 4Q5S F; 2HSQ A; 2M4E A; 2W9Y A; 4FAP B; 2R02 A; 5L0F A; 3PDM P; 3EFO B; 5BQI A; 3V7O A; 3ZTM A; 3F46 A; 3L1M A; 2OEX A; 4JE9 A; 3VM6 A; 4BJ6 A; 4YT2 A; 1E85 A; 4ZLD A; 1OXB A; 2PBE A; 2JD3 A; 3JYH A; 5E33 A; 3T4R A; 1YJG A; 3DJN B; 3EGD A; 4CIP A; 4BJ5 C; 4D4N A; 3I4U A; 3I5P A; 2XS8 A; 4J30 B; 1Q0G A; 2ZXO A; 2I8B A; 2B0J A; 1BR1 A; 4WGZ A; 1J8Y F; 2XM0 A; 3LS1 A; 4GQH A; 4N6C A; 3IQC A; 2NUT B; 2GWW A; 4JTA B; 5F5F A; 3O55 A; 2YQY A; 1A41 A; 4DJ9 A; 1ST6 A; 3LNM B; 4QDL A; 3W8I A; 3GAN A; 3LS0 A; 4IRU A; 1Z23 A; 3RKO F; 2PF4 E; 4LLC A; 2A68 F; 2XLW A; 3EPV A; 3RQE A; 1G5Z A; 5T3W A; 2QUP A; 4O79 A; 1QSP A; 2AWC A; 3DKA A; 3GEI A; 4ONS A; 4AL0 A; 4PAC A; 1U0B B; 4K0D A; 1H6G A; 3L8I A; 4YN0 B; 1TWH A; 4CX9 A; 1JPJ A; 1QVX A; 2HMZ A; 2Y3H A; 4KBL A; 3AGU A; 3B0U X; 2KQ9 A; 1ORY A; 2L81 A; 1L7C A; 5L0D A; 3M4C A; 3AG1 C; 3LJB A; 5L3V A; 2OKU A; 4E0I A; 3POV A; 3N24 A; 4CJO A; 3K66 A; 5DS4 A; 1ORS C; 3DAF A; 5D91 A; 2EPL X; 2KGO A; 1NSG B; 5TJ5 E; 4OIN F; 2KW3 C; 3US6 A; 1CGN A; 1SZI A; 5L3Q A; 2YL0 A; 2VCC A; 1WAT A; 3CSK A; 4MTF A; 3SNH A; 3N2Z B; 1YLM A; 4MVO A; 4C7O B; 2Q7R A; 3ZG1 A; 3U8V A; 2ICW G; 2XL6 A; 4U5F E; 2HV6 A; 3K1H A; 4JW1 A; 4CS8 C; 3NRH A; 4MVS A; 4A4A A; 2X51 A; 3MYF A; 5JSL A; 3NKD A; 1TWA A; 2P7V A; 2Q9A A; 3ABL C; 3LEO A; 4R32 A; 3VYW A; 2GAQ A; 1VYK A; 5L0C A; 5AC4 A; 1OCO C; 3TOM A; 2LSE A; 5B1B C; 3F47 A; 3TJ6 A; 3VF0 A; 2L7A A; 1ZHX A; 4LDR A; 5HSW A; 2LCH A; 1Z5Z A; 1A0B A; 1FMV A; 3AQC A; 1ZW3 A; 1ZVZ A; 3HJC A; 1LIH A; 2UUH A; 4DOZ A; 2KYH A; 2PX0 A; 2A69 F; 1H7I A; 3EH1 A; 2NPU A; 1TQG A; 2J7P D; 4QI0 A; 3KYJ A; 4A2N B; 5DQT A; 4PJM A; 4XPW A; 3VAY A; 2WL8 A; 4CS9 C; 3KMI A; 5FCL A; 4HFK B; 4Z9J A; 4OIO F; 3EH2 A; 2Y3G A; 3Q7G A; 2QE9 A; 3OA1 A; 2L9J A; 3B29 A; 3GWN A; 5KYY A; 4NQF A; 4DRH B; 4BJ1 A; 4CSA A; 4U5C E; 1EI7 A; 3DWW A; 3DZA A; 2IXN A; 4JCH A; 4CJG A; 2DGJ A; 2E87 A; 1WWP A; 2EPO A; 2MYS A; 2L6F A; 3AGT A; 3WOD F; 4EBB A; 1FFH A; 2XM4 A; 3O39 A; 2C04 A; 1R4T A; 4IGG A; 3W2W A; 2OEV A; 4BG0 A; 2R7S A; 5AGF A; 3LUT B; 2YRF A; 1MND A; 2H7V C; 3QTH A; 1LS4 A; 5COG A; 2AU5 A; 3JRT A; 1LE2 A; 2W4B A; 3RVY A; 2YZS A; 3GM2 A; 4U5H A; 1OKK D; 2EIJ C; 3V5X A; 3X2Q C; 5KYY B; 2R7X A; 2R7T A; 2LK4 A; 4NTB A; 5JLI A; 3K7D A; 3LLI A; 5A6B D; 1M56 C; 2WZF A; 4JEA A; 5IY5 C; 2CYD A; 3DI5 A; 1ZZP A; 1OXK A; 3DMD A; 5KYX A; 4KI2 A; 1OW6 A; 2NG1 A; 5DVW A; 1A7E A; 5F28 E; 4YL1 A; 3C18 A; 3RYL A; 2XXA A; 1LS1 A; 1N1C A; 2IBF A; 1NU7 D; 4P6I C; 4U5G A; 4LLE A; 4O6M A; 3UR3 C; 1ZU5 A; 2WZL A; 3FAJ A; 3W8H A; 1QPU A; 2XL8 A; 1WGW A; 3CQZ A; 3C62 A; 2X0C A; 3R7C A; 4AX2 A; 3ZDL A; 4DXW A; 4EHP A; 2QLA A; 3VRC A; 2DI3 A; 2KC3 A; 4O6N A; 3T6J A; 1Z3I X; 3EHM A; 1PD1 A; 3H2V A; 4ER9 A; 4N6H A; 2W45 A; 3MBG A; 4CBE A; 5K0I A; 1GS9 A; 2XLE A; 3HNI A; 3NYJ A; 3T6G B; 3E70 C; 3U9M A; 2EPM X; 4IAQ A; 2A0U A; 2J9W A; 4AE4 A; 2FGY A; 4MW8 A; 5CIV A; 1J8M F; 1M6T A; 4U5E E; 4CIH A; 1KNY A; 5T1D B; 3O10 A; 3B0P A; 1K04 A; 1U6H A; 4CDY A; 1D0Y A; 5E3A A; 3JT1 A; 3EGX A; 2Y39 A; 1NZE A; 3DAG A; 2BE5 F; 3ZIB A; 3FVY A; 3EZI A; 1V55 C; 2V3C C; 4IJJ A; 4MVZ A; 4EWC A; 1RKE A; 2R7R A; 2VCA A; 3UGO A; 1VLS A; 3C63 A; 3FOP A; 4Z9I A; 4JC7 A; 4BEJ A; 2HUJ A; 1Y6D A; 4XQ1 A; 1TFO B; 3AG2 C; 3ASO C; 2IM8 A; 2D5R B; 4L6R A; 1LI7 A; 4YWQ A; 3EGX B; 2EPK X; 5B1A C; 2P6V A; 3EG9 A; 5B3S C; 5GPG B; 5DQZ A; 1VLT A; 2DYR C; 2WVO A; 3GWL A; 1UFB A; 1RKE B; 3L34 A; 3S29 A; 1OW8 A; 1VMA A; 3C8Z A; 3T9O A; 3JRM O; 3ZVR A; 1T6Q A; 2OJQ A; 5KYU A; 2G3V A; 3V5Y A; 2AVK A; 2I15 A; 2LFF A; 1FFT C; 2WVN A; 3PMR A; 1U89 A; 1QLE C; 4DRI B; 3H65 A; 4JIO A; 1WTY A; 1ZHW A; 2LQG A; 3FAP B; 4N4W A; 2QY9 A; 2VAS A; 2XLO A; 3RVZ A; 3U3F A; 3EGD B; 3NYL A; 1TR2 A; 3UMK A; 4BPM A; 4P9F A; 4IAO A; 5JVE A; 2R7V A; 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