The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
|
sequence length |
162
|
structure length |
162
|
Chain Sequence |
GMHTQEALFVRLALDAWNTQSSRTDKLIQSLSNEALAVETAPGRNSGTYLLGHLTAVHDAMLPLLELGDTLYPQLAPVFIQNPDKSGLEKPEINDLRLYWSLVQERLANQFNQLQPADWFNKHAAISREDFLKEPHRNKLSVLINRTNHMAYHLGQLAYLKK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Uncharacterized protein
|
| publication title |
Crystal structure of uncharacterized protein CHU_0679 (YP_677306.1) from Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 at 1.50 A resolution
rcsb |
| source organism |
Cytophaga hutchinsonii atcc 33406
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
58
|
| structure length |
162
|
| sequence length |
162
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-07-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12867 | DinB_2 | DinB superfamily |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | dinb family like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YQY A; 2P1A A; 2NSG A; 2QE9 A; 2QNL A; 2RD9 A; 3DKA A; 2F22 A; 1RXQ A; 5COM A; 4N6C A; 2HKV A; 2OQM A; 3DI5 A; 5COF A; 3CEX A; 3GOR A; 2NSF A; 2OU6 A; 5CIV A; 3QTH A; 5COG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1I4Z A; 3V5Y A; 1BR4 A; 5JSL A; 3C18 A; 4BJ6 A; 3C8G D; 4J30 B; 2FFH A; 4RDA A; 1M57 C; 3QVY A; 4ONS A; 3FDQ A; 3AGU A; 2J8W A; 3GEI A; 4EBJ A; 3KMI A; 2R9R B; 5EHH A; 1JR8 A; 4U9E A; 4U9D A; 3AQB A; 2AWC A; 2OG2 A; 1ORJ A; 3U9J A; 2XXA B; 1YLM A; 4FAP B; 1W2W A; 3NYL A; 2OJQ A; 3L0I A; 1RXQ A; 4I1M A; 1C03 A; 3RW0 A; 3QMK A; 3EGD B; 4MW8 A; 4JJF A; 2R7V A; 3EJN A; 3VYW A; 4O6M A; 1IW7 F; 2YLI A; 2NUT A; 2A0B A; 4PJN A; 1ZHX A; 3HTK C; 4MND A; 3ZWI A; 4IWB A; 4XEV A; 2XM0 A; 5FCL A; 1JOG A; 1ZYR F; 2WB7 A; 4P6I C; 2R03 A; 4QI0 A; 3TOM A; 3U2M A; 3HNJ A; 1XWJ A; 2KJG A; 2JX0 A; 3UNG C; 1UFB A; 2YLG A; 3Q7L A; 3S29 A; 1VTM P; 1PV3 A; 2NG1 A; 2Q9A A; 2X51 A; 3KPH A; 4O79 A; 4N06 A; 4JEB A; 4X0R A; 2AVK A; 3JCU Q; 1ZU4 A; 3JRT A; 2L9J A; 2GAQ A; 1K40 A; 1O87 A; 2VAS A; 2QNL A; 3MYI A; 1RKE B; 1LE4 A; 2QTV A; 2WVQ A; 3M79 A; 3AG2 C; 4JKV A; 4CIH A; 2P6V A; 4IAO A; 4WJ0 A; 5F5H A; 4EKW A; 1D1C A; 4MTG A; 4DBQ A; 1WWP A; 2FGY A; 4U5F E; 3E70 C; 1C02 A; 3UMH A; 3L8I A; 1DOV A; 5A6B A; 1LI5 A; 3DI5 A; 1OCZ C; 4U5E E; 1J8Y F; 2C03 A; 1MNE A; 1NFO A; 1Y6D A; 3ZIB A; 1XZQ A; 4Z9H A; 1VB5 A; 2YL0 A; 4XPY A; 3U2L A; 2IXP A; 5KYU B; 5F5F A; 2J9U A; 3IQ6 A; 4JZA A; 4BPM A; 3GAN A; 4A4A A; 1YAU O; 3C63 A; 1G4U S; 3I5Q A; 4YT4 A; 2HUJ A; 5CI9 A; 2NUP A; 2Q3T A; 3QZC A; 4IGG A; 1F1M A; 3RQF A; 2HSB A; 1S7Z A; 4ULW A; 3IHU A; 2KGO A; 1OCC C; 1T6I A; 3S84 A; 1Q0G A; 3JTL O; 3ZDL A; 4AE4 A; 1Z6A A; 4CBE A; 3DZA A; 5DS6 A; 1LPE A; 3POV A; 3K7D A; 1MMA A; 1V74 B; 1ORS C; 4KNW A; 4NQF A; 1HMO A; 2YLD A; 2WVO A; 3EG9 A; 1AEP A; 3ABL C; 1K05 A; 3HNL A; 3KL4 A; 5F28 E; 1OXK A; 4LLE A; 4MS2 A; 5E3A A; 4BEM J; 4AL0 A; 4CDV A; 2R7W A; 1T01 A; 3SP1 A; 3GOD A; 2KC3 A; 3MYF A; 2NSF A; 4PAC A; 2I8B A; 3NMI A; 3JSZ A; 1CGO A; 2H7V C; 1AVO B; 4XLN F; 4OIQ F; 4W8P A; 4JW1 A; 4HFF B; 1RCP A; 2HMZ A; 1CPR A; 2VH3 A; 4AK9 A; 2AP3 A; 4F4B A; 4CS8 C; 3TJ6 A; 1WGW A; 1GS9 A; 2CW0 F; 2G3V A; 1O3U A; 1VK5 A; 2XS1 A; 2YVK A; 3KYI A; 5JP7 A; 4CS8 A; 4ZLD A; 3PCV A; 1QVX A; 2J0X A; 4PJL A; 2DYS C; 4E17 A; 3G50 A; 1M2V A; 2A68 F; 4CDA A; 3B0P A; 1VLS A; 4KC9 A; 5D91 A; 3RVY A; 1R4T A; 2UUH A; 4C3E A; 5COF A; 3JYH A; 1M56 C; 4N6H A; 4OIR F; 2VCC A; 2Y39 A; 3I5P A; 2EIL C; 2OU6 A; 5AGF A; 5AC4 A; 1N1C A; 1QQ3 A; 4JRZ A; 4DXW A; 2M4E A; 1TWH A; 1A7E A; 2ZPA A; 4PFP A; 5L0I A; 5B1B C; 1OR3 A; 3ZVR A; 2LIG A; 3JRM O; 1OXB A; 1PCX A; 3V7O A; 3OEO A; 4PJJ A; 1R5I D; 3ZQV A; 3QW0 A; 3GEH A; 4C7O B; 3I4U A; 1HW2 A; 1HW1 A; 1ORY A; 1FFH A; 2MHR A; 4JE9 A; 1JAF A; 2LD6 A; 2A69 F; 4JCH A; 4CJO A; 4G7Z F; 3QVZ A; 4EBB A; 2Q9B A; 1HE9 A; 2WZF A; 1A41 A; 1OW6 A; 3J06 A; 4XWJ A; 3WG7 C; 5T1D B; 5IY5 C; 2YZS A; 1C17 M; 1MND A; 1T9K A; 1D1B A; 2A0U A; 3TK0 A; 3U9M A; 3U5S A; 2EPO A; 1ZHY A; 2HKV A; 2LCH A; 1GGQ A; 3FMS A; 3IPM O; 2W9Y A; 1MMN A; 256B A; 2P0N A; 3M1C B; 4DRI B; 3T9O A; 2EPM X; 3EGX A; 2OCC C; 3CAX A; 2XRH A; 1NLX A; 3QTH A; 1MMD A; 3H65 A; 2J0W A; 1TQG A; 3LLI A; 1RMV A; 5L3Q A; 2FAP B; 4GYT A; 2HS5 A; 4U5G A; 1NU7 D; 1WAS A; 5T3T A; 2P1A A; 1ZU5 A; 2R25 A; 3MX3 A; 5JT4 A; 5HSW A; 3HNK A; 5KYY B; 4CIP A; 2KW3 C; 4FES A; 5E2Q A; 4JCZ A; 2CNW A; 4OD5 A; 1QSP A; 3W2W A; 4KNV A; 4H54 A; 2HSQ A; 5DQZ A; 2P61 A; 4BG0 A; 4DRH B; 1OKK A; 2ZXR A; 5JVE A; 5L0C A; 1FMW A; 3G4Z A; 4RBN A; 2PBE A; 1LE2 A; 3C8Z A; 5COM A; 5L0J A; 3N0T A; 1L3P A; 1Z23 A; 4N6C A; 3SXM A; 1TKN A; 4U5B E; 3H2V A; 3T6B A; 4C3D A; 4KBL A; 3DJU B; 1CGN A; 2CDQ A; 4LER A; 2NPU A; 4WGZ A; 3SNH A; 3TJ5 A; 1FNT c; 1I4Y A; 4A2N B; 3JYY A; 4YK5 A; 3T6G B; 1RJ9 B; 2EPL X; 3LNR A; 2XLW A; 3DD7 A; 1Y4C A; 1Z63 A; 4IAQ A; 4E7S A; 5L0D A; 4LDR A; 4LDK A; 3TQO A; 1HMD A; 1VLT A; 1TWA A; 1QPU A; 3C62 A; 1SF8 A; 5B3S C; 2Q7R A; 2J46 A; 4Q7C A; 5AC5 A; 2H8A A; 1H6G A; 2QUP A; 2WZG A; 2W4B A; 2IXO A; 2B0J A; 2Q9C A; 1Z7Q c; 5E33 A; 1E84 A; 3OA1 A; 4J7T A; 3ZSU A; 2PX0 A; 4AL1 A; 2YKZ A; 1E85 A; 3HNI A; 4NY3 A; 3UGO A; 2BL2 A; 1T6Q A; 4YL3 A; 4EUK B; 4J7Y A; 4CS9 C; 4ER9 A; 2DI3 A; 5BUO A; 5JS5 A; 1U6H A; 2L81 A; 5L0F A; 2OQM A; 5A6A A; 4JIO A; 2PP4 A; 4YL1 A; 3VRC A; 2DB4 A; 2ZXO A; 4I1O B; 1FTS A; 3NKD A; 1ZW3 A; 4CS9 A; 5JUA A; 5HV9 A; 2H7B A; 1NSG B; 3TD7 A; 2YWA A; 5KYX A; 4PJM A; 4JC7 A; 3DAF A; 2GDC A; 1PD0 A; 2CYD A; 1E86 A; 3U8V A; 4XLP F; 2ZXW C; 1A0B A; 3B71 A; 4JJG A; 3R7C A; 4MTO A; 2OOC A; 3GM3 A; 3ATP A; 4JTD B; 1J8M F; 2NUT B; 1L7C A; 4N4W A; 3MFN A; 1A7D A; 4KI2 A; 3O55 A; 3W8I A; 2IBF A; 4PFO A; 1LVK A; 1VMA A; 3FAJ A; 1Q0F A; 3EHM A; 4YN0 B; 2Q00 A; 3UMI A; 2B0H A; 2R05 A; 2XL4 A; 3K6B A; 2DYR C; 3M4C A; 1TFK B; 1IZM A; 2PF4 E; 3JZ0 A; 1AUE A; 4EWC A; 5GPG B; 3AQC A; 1D1A A; 3B29 A; 3F47 A; 1D0Y A; 2ZXP A; 3ZTZ A; 2LQG A; 4JTA B; 1M6T A; 3N24 A; 4PK4 A; 3WHN A; 4MVO A; 3OWT A; 3EH1 A; 5L0H A; 1APC A; 1YJG A; 1Q0M A; 2J7P A; 3S9O A; 3TOL A; 2KQ9 A; 3C7J A; 3RVZ A; 4MVU A; 1BR2 A; 2HZ8 A; 4WAB A; 1JPJ A; 4CX9 A; 3SXK A; 4G7O F; 4IAR A; 3ECS A; 1XZP A; 2HMQ A; 2JD3 A; 3EFO A; 1Z3I X; 4LAC B; 5KYW A; 3SXZ A; 1A7V A; 3LNM B; 4M63 A; 4JTC B; 1WAT A; 4Z9I A; 3RIP A; 3CSK A; 1YYX A; 4MVM A; 4R32 A; 1KNY A; 1O5H A; 1TWC A; 1VOM A; 1S05 A; 3MLG A; 1YVI A; 2F22 A; 2R7X A; 2Y3G A; 1WTY A; 1V54 C; 2W45 A; 3ABM C; 3C8G A; 2NUP B; 4G78 A; 3US6 A; 3U0C A; 2R7R A; 3NMJ A; 4UDV A; 1G4W R; 1HE1 A; 3HJC A; 5A6K A; 3LAY A; 5JRA A; 4G7H F; 1ZHW A; 2Y3H A; 3ABK C; 1H7I A; 3T4R A; 4AE4 B; 3GEE A; 4XTK A; 5A6B D; 5DS5 A; 2OEV A; 3SXY A; 3W8H A; 4IJJ A; 5JLI A; 3GWN A; 3EG9 B; 2JPU A; 1QLE C; 1WN0 A; 4U5C E; 3W2V A; 3K1I C; 3LJB A; 4FWV A; 3L1M A; 3SYN A; 2C04 A; 1M2O A; 3H2U A; 3NG1 A; 2R02 A; 1ZHT A; 1EQ1 A; 1BBH A; 3EPV A; 4O7G A; 3K1I A; 2HV7 A; 1D0Z A; 4E18 A; 5BQG A; 1Z5Z A; 2RD9 A; 3BEH A; 3K1H A; 4BJ1 A; 3NYM A; 2O9X A; 4MQ9 F; 4JUR I; 4Z9J A; 4YT8 A; 3DXJ F; 4MVZ A; 4QI2 A; 2KSF A; 1VYK A; 4W8K A; 4BEJ A; 1GM5 A; 5BQI A; 4MVR A; 1KTM A; 3R2P A; 4P9T A; 1U0B B; 2QLA A; 2D5R B; 2HFI A; 2QY9 A; 2BE5 F; 3UMK A; 3VAY A; 2XXA A; 4I44 A; 4K1O A; 3LLK A; 3ASO C; 3DM9 B; 3AOU A; 3B0V C; 2OEX A; 3GWL A; 3V5X A; 1YZA A; 2EPN A; 3HKK A; 3EGD A; 3U3F A; 2PNO A; 4DOZ A; 1M2V B; 3RFY A; 1YZC A; 2R7Q A; 5KYW B; 4O6N A; 4ZLC A; 1E2X A; 3WAQ A; 3IEE A; 3SZR A; 2A6H F; 4XPW A; 1JPN A; 3DMD A; 1BR1 A; 1SR2 A; 1T6U A; 3K33 A; 4QDL A; 4CJG A; 3PDM P; 3A11 A; 3L34 A; 2XSE A; 4MVQ A; 3ZG1 A; 4EBK A; 1GQA A; 2WL8 A; 4YL0 A; 4EHP A; 1EKY A; 2UUI A; 3FXH A; 2IOQ A; 1ZW2 A; 1T5O A; 3LS1 A; 1YA9 A; 2PFD A; 1RKE A; 2IYL D; 2XLE A; 2J9V A; 3DAG A; 1Q0K A; 2EIM C; 3DE9 A; 4LLC A; 2LSE A; 5CIV A; 2LP4 A; 2J9W A; 2XL8 A; 4E0H A; 3UR3 C; 3Q6N A; 2KNH A; 5L0G A; 3AJM A; 3IQT A; 4I3M A; 1YA7 O; 1NFN A; 1ZVZ A; 4PR9 A; 2I15 A; 3FOO A; 1OQC A; 4YT5 A; 5DVW A; 3GM2 A; 2NSG A; 5A69 A; 1FAP B; 2XLD A; 4U5H A; 4D4N A; 2L6F A; 2P7V A; 3M4B A; 1LS4 A; 2QE9 A; 5B3I A; 3DWW A; 5KYU A; 4C3B A; 3ZTM A; 4DBR A; 1TFO B; 3EGX B; 3E9V A; 2WVN A; 4XEF A; 1OW7 A; 3EH2 A; 3LS0 A; 2HV6 A; 3U8P A; 5BQH A; 3JSE O; 1YYJ A; 1OCR C; 3Q6M A; 4HFK B; 4OIN F; 4YJW A; 2A1D D; 3NMK A; 4Q5S F; 1HY5 A; 3WOD F; 1EI7 A; 3O39 A; 2YL3 A; 3NKE A; 4YT2 A; 4XEK A; 1K04 A; 4P9F A; 5A6J A; 5K0I A; 4JEA A; 4ANJ A; 3O6X A; 1NU9 C; 3MBG A; 1KU2 A; 4OD4 A; 4U5D E; 4B6I A; 3X1O A; 2Q4F A; 3U3B A; 2PX3 A; 3IQC A; 3KYJ A; 2WZL A; 1E83 A; 1BZ4 A; 3KH2 A; 2OKU A; 2R7O A; 3RH3 A; 3FHD A; 1TWG A; 2AWY A; 3FAP B; 1CPQ A; 4LDQ A; 3RKO F; 4MTF A; 3ZC4 A; 1OCO C; 1G8X A; 4OIO F; 1LS1 A; 3T6J A; 2MYS A; 3M15 A; 2D4U A; 2YEV A; 1ST6 A; 3ITF A; 1U89 A; 3S27 A; 3ZQY A; 4E0I A; 5DQT A; 1PD1 A; 2MWQ A; 2TMV P; 4L6R A; 2XL6 A; 2R7T A; 2CNW D; 2GWW A; 2XM4 A; 3CEX A; 1FFT C; 2V26 A; 3EHN A; 3AG1 C; 4IRU A; 2Y69 C; 3X2Q C; 3O10 A; 2LFF A; 1OKK D; 3VF0 A; 4H4K C; 2VC9 A; 2J9B A; 2YL7 A; 4XQ1 A; 3EQL F; 2CGE A; 5EK0 A; 2H7O A; 1YDI A; 4NC3 A; 4CS7 A; 3VM6 A; 3TUL A; 4Q4Z F; 3CQZ A; 3L8J A; 4D4X A; 1RKC A; 2VCA A; 3DM5 A; 4HE8 D; 1SZI A; 3NYJ A; 3S28 A; 1Q0D A; 4FX5 A; 2YRF A; 3KKB A; 1QZX A; 4K0D A; 2ICW G; 4HEA J; 5E3C A; 4E7Z A; 4AX2 A; 1DOW A; 3B0U X; 4G0H A; 4CSA C; 2AU5 A; 2G3K A; 2M64 A; 5FZT A; 2RSE B; 5B1A C; 2GA0 A; 1WOL A; 2EIK C; 2HJ3 A; 2XLO A; 2XLH A; 2J45 A; 3ASN C; 3DKA A; 3HLZ A; 3NRH A; 4NTF A; 5DLJ A; 3EZH A; 2V3C C; 4CSA A; 2OJE D; 1JMW A; 4IB4 A; 4DVY P; 4K7B A; 3FOP A; 3LES A; 4BJ5 C; 1V4A A; 4C7O A; 2LFD A; 2ASR A; 1FR0 A; 1LM3 B; 2Z15 A; 3W4Y A; 3SEO A; 4BJ5 A; 2L7A A; 2CCY A; 1MMG A; 5T3W A; 4DRJ B; 3AGT A; 3B9Q A; 3LUT B; 5COG A; 3FVY A; 4OIP F; 1YAR O; 1FMV A; 1H9T A; 4DJ9 A; 3RF3 A; 1ZZP A; 2XLM A; 4NTB A; 3CZ6 A; 3G4X A; 2ETS A; 5D92 A; 2HJM A; 4EIY A; 3A9C A; 1BDJ B; 1TR2 A; 1NZE A; 1VYI A; 2W4M A; 1EA8 A; 2YHS A; 3LEO A; 4NCQ A; 2Y3D A; 1OW8 A; 2ZD9 A; 3K66 A; 3QW1 A; 3V5Z A; 3N2Z B; 4O6Y A; 1QKR A; 1MQV A; 2LK4 A; 3RYL A; 1H9G A; 2KK1 A; 4WGY A; 1SYQ A; 3GM1 A; 4BJT A; 2R7S A; 5KYY A; 3JT1 A; 1I5N A; 2EIN C; 3AG3 C; 3EFO B; 3DJN B; 2XLV A; 2GFH A; 4GEH A; 3GOR A; 2G62 A; 4CDY A; 1V55 C; 2DGJ A; 1NBB A; 3AG4 C; 2R7U A; 3BRJ A; 2IM8 A; 5KYN A; 3S0X A; 4JVS A; 5L3V A; 1LI7 A; 2E87 A; 1D0X A; 3EZI A; 2YQY A; 5KYX B; 1UG7 A; 2L6G A; 2EIJ C; 5DS4 A; 2EPK X; 4XPX A; 2VCB A; 2IXM A; 4RD9 A; 2IXN A; 2XS8 A; 3C8G B; 1SMY F; 1B68 A; 3IQ5 A; 1RJ9 A; 2BC5 A; 2A6E F; 1ZHZ A; 2J7P D; 2Y3B A; 3F46 A; 3LEV A; 4YWQ A; 4GQH A; 4MW3 A; 1CGM E; 1G5Z A; 1OR2 A; 1LIH A; 3RQE A; 3NDB B; 3PHF 2; 1LKX A; 2X0C A; 4DVZ A; 1NG1 A; 2VB6 A; 2KYH A; 5TJ5 E; 3DE8 A; 3S90 A; 3UGP A; 3Q7G A; 4NTA A; 3RQG A; 3PMR A; 4J32 B; 1JRA A; 4MVS A; 4BJ6 C; 5EGY A; 4ULV A; 2L6H A; 2YL1 A; 5CI8 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2YQY A; 2P1A A; 2NSG A; 2QE9 A; 2QNL A; 2RD9 A; 3DKA A; 2F22 A; 1RXQ A; 5COM A; 4N6C A; 2HKV A; 2OQM A; 3DI5 A; 5COF A; 3CEX A; 3GOR A; 2NSF A; 2OU6 A; 5CIV A; 3QTH A; 5COG A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
