The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
63
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sequence length |
174
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structure length |
174
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Chain Sequence |
NLSYPIGEYKPRESISKEQKDKWIQVLEEVPAKLKQAVEVMTDSQLDTPYRDGGWTVRQVVHHLADSHMNSYIRFKLSLTEETPAIRPYDEKAWSELKDSKTADPSGSLALLQELHGRWTALLRTLTDQQFKRGFYHPDTKEIITLENALGLYVWHSHHHIAHITELSRRMGWS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Metal binding protein
|
| source organism |
Bacillus subtilis
|
| publication title |
YfiT from Bacillus subtilis Is a Probable Metal-Dependent Hydrolase with an Unusual Four-Helix Bundle Topology
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
yfiT
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| total genus |
63
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| structure length |
174
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| sequence length |
174
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-12-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12867 | DinB_2 | DinB superfamily |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | dinb family like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RD9 A; 2NSF A; 3DKA A; 2HKV A; 4N6C A; 3QTH A; 2OU6 A; 5COF A; 5COM A; 1RXQ A; 2F22 A; 3CEX A; 5COG A; 2P1A A; 2YQY A; 5CIV A; 2QE9 A; 2NSG A; 2QNL A; 3DI5 A; 3GOR A; 2OQM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XLE A; 4QDL A; 4EBB A; 5L0D A; 4YJW A; 4OD4 A; 4H54 A; 5KYY A; 2LFF A; 1ZU5 A; 2C03 A; 1WN0 A; 2XL8 A; 5AGF A; 4O6N A; 3S29 A; 2ETS A; 4HE8 D; 4NTF A; 3RKO F; 3S0X A; 4XLP F; 1ZYR F; 1G4U S; 4IAO A; 3ATP A; 4JJG A; 4F4B A; 4AX2 A; 5DS4 A; 3M4B A; 5JS5 A; 2NUP B; 3O6X A; 3G50 A; 3N24 A; 2CNW D; 2XLM A; 3ASO C; 5COG A; 1TWG A; 4J30 B; 4BG0 A; 3ZVR A; 3M4C A; 1LS1 A; 2HS5 A; 1RJ9 B; 2WVO A; 3IPM O; 5DS6 A; 4CIP A; 1TWC A; 3C8G D; 1G4W R; 1WGW A; 2XSE A; 2LQG A; 2ZPA A; 3ASN C; 4PFP A; 3UMH A; 1TWH A; 1Q0F A; 3LNM B; 3K6B A; 1YAU O; 2R7X A; 1N1C A; 2FGY A; 3HJC A; 1QLE C; 1Z6A A; 1LE4 A; 4EBK A; 3MYF A; 2EIK C; 4FES A; 1T6Q A; 4ULW A; 4MVM A; 4MVU A; 4NC3 A; 1HW1 A; 2EPM X; 2HV6 A; 3LNR A; 3U5S A; 5L0H A; 2PFD A; 3FOP A; 3LEO A; 3RH3 A; 1WOL A; 4X0R A; 4K0D A; 4FAP B; 3EH1 A; 1O3U A; 1HMD A; 3C8G A; 3JSZ A; 2NG1 A; 4AE4 A; 4DBR A; 4NCQ A; 1FNT c; 2D5R B; 3GM2 A; 4KNV A; 4JZA A; 4C3D A; 3LLK A; 1BDJ B; 2Q4F A; 1VTM P; 2QLA A; 5T1D B; 1FTS A; 4U5B E; 3U2L A; 1HY5 A; 1IW7 F; 3ZIB A; 4GYT A; 2EIN C; 3FOO A; 5A69 A; 2HSB A; 3W8H A; 2LSE A; 1RKE A; 1GGQ A; 1ZW2 A; 1T6U A; 1ZHZ A; 1TQG A; 4QI2 A; 1S7Z A; 1GQA A; 1OW6 A; 4JVS A; 1K05 A; 1KNY A; 1ZU4 A; 2IM8 A; 1JAF A; 3X2Q C; 3KYJ A; 3OA1 A; 2A6H F; 3N2Z B; 2MYS A; 1W2W A; 5KYU B; 3ZQV A; 3US6 A; 3VM6 A; 2XS1 A; 4O79 A; 5EGY A; 5L0C A; 2R7Q A; 3MYI A; 5BUO A; 1YJG A; 1LKX A; 2NUT A; 4DVY P; 2IBF A; 1E2X A; 1VLT A; 3EPV A; 2VCC A; 3HNI A; 3N0T A; 1OXB A; 1GS9 A; 4NQF A; 4CSA C; 2A0U A; 4U5E E; 1FR0 A; 5DVW A; 4XQ1 A; 3ZSU A; 4O7G A; 1V54 C; 2R03 A; 3EHN A; 1C03 A; 3JRM O; 4G78 A; 1RJ9 A; 2R9R B; 2HJ3 A; 4IRU A; 1R5I D; 1Z3I X; 3GOD A; 3C62 A; 3NRH A; 4FWV A; 1NU7 D; 3RVZ A; 4CBE A; 4E7Z A; 2YLI A; 5KYX B; 1E85 A; 4YL3 A; 2WVQ A; 1YYX A; 3ITF A; 4N06 A; 2G62 A; 2ASR A; 5JP7 A; 1M56 C; 4I1M A; 3DAG A; 2HFI A; 3IHU A; 3L8J A; 4DRJ B; 1JPJ A; 2KK1 A; 1WTY A; 3M15 A; 4JJF A; 3T9O A; 4BEJ A; 1VB5 A; 2OJE D; 3EFO B; 2L7A A; 1FFT C; 4H4K C; 4U5H A; 1RXQ A; 1FMV A; 1V55 C; 3NYJ A; 3JSE O; 2LK4 A; 3IQT A; 1PCX A; 2OG2 A; 1ORJ A; 1E83 A; 5KYN A; 1NFO A; 1TR2 A; 2W4M A; 4XWJ A; 5KYW B; 4BJT A; 2CW0 F; 2LFD A; 2ICW G; 2DYR C; 2ZXW C; 2J9V A; 2EPO A; 2PX0 A; 4KNW A; 3RW0 A; 2VB6 A; 4K7B A; 3ZQY A; 1E86 A; 4XTK A; 1OCC C; 4DVZ A; 1T6I A; 5D92 A; 2WZL A; 1V4A A; 2P6V A; 1JOG A; 1FFH A; 3EZH A; 2Q3T A; 4CS9 A; 2XLO A; 3FDQ A; 4J7T A; 4J7Y A; 2R7V A; 1OW8 A; 2PNO A; 4YT4 A; 5L0F A; 2H7B A; 2YRF A; 2H7O A; 2B0H A; 2V26 A; 4NTA A; 4CX9 A; 5FCL A; 2J0X A; 2J9B A; 3HTK C; 1I4Z A; 2HKV A; 2CCY A; 3BEH A; 1YA9 A; 3ABK C; 4WGY A; 4JTD B; 4MTG A; 3V7O A; 4CJO A; 4EBJ A; 4BJ1 A; 4IWB A; 3V5X A; 4WAB A; 3W2W A; 1T5O A; 3Q6N A; 3T6B A; 3LEV A; 1IZM A; 3HNK A; 1D0X A; 1M2V A; 2P61 A; 2P1A A; 2ZXP A; 2GFH A; 3W2V A; 3TK0 A; 4XPW A; 4CJG A; 5CIV A; 1HE1 A; 2WB7 A; 1NLX A; 1T9K A; 4GEH A; 4EIY A; 4E18 A; 3MX3 A; 1TFK B; 5E2Q A; 2OJQ A; 4N4W A; 2EIJ C; 2Q00 A; 3QW1 A; 4B6I A; 4Z9H A; 3AJM A; 2I15 A; 4U9D A; 2W45 A; 2R7O A; 5DS5 A; 2XM0 A; 1A0B A; 4JEA A; 3FHD A; 3K1I A; 1K40 A; 4MVO A; 3EHM A; 2RD9 A; 3JYY A; 3U8V A; 3VF0 A; 5D91 A; 2KNH A; 5JVE A; 1YLM A; 1DOW A; 3ABL C; 3OWT A; 2J8W A; 3E70 C; 3NYM A; 3G4Z A; 3DE9 A; 4U5C E; 2TMV P; 5COM A; 2CDQ A; 1LE2 A; 3MBG A; 4I44 A; 2R02 A; 3B29 A; 3U9M A; 2V3C C; 2WZG A; 2WZF A; 3CZ6 A; 1VYI A; 2HJM A; 2J7P A; 2JD3 A; 2VC9 A; 2Y3H A; 4AL1 A; 4IAQ A; 3HNL A; 4LLC A; 2XXA B; 3I4U A; 1LS4 A; 1FAP B; 3SZR A; 5GPG B; 4OD5 A; 3DJU B; 1L3P A; 2YZS A; 3GEE A; 4ZLC A; 4MS2 A; 4MVQ A; 5A6K A; 1JPN A; 3NDB B; 2L6H A; 4XLN F; 4NTB A; 1YA7 O; 3UMK A; 2AP3 A; 2W9Y A; 1QQ3 A; 2YL1 A; 2HUJ A; 3SXZ A; 3DZA A; 2OKU A; 4Z9J A; 2OQM A; 2IYL D; 3NG1 A; 1A7V A; 4CS7 A; 1NG1 A; 2HMZ A; 4CS8 A; 2LCH A; 5A6J A; 2J46 A; 3RQG A; 2WVN A; 4N6C A; 5COF A; 4C3B A; 1PD1 A; 2IXO A; 1CGM E; 1CGN A; 4XPY A; 3KH2 A; 4KI2 A; 2NPU A; 2R25 A; 4MVS A; 1H9G A; 2YLG A; 3QMK A; 2DYS C; 3S27 A; 2Q7R A; 1MMA A; 3SXY A; 4DXW A; 4LDQ A; 3SYN A; 1VLS A; 3GM3 A; 3I5Q A; 2A1D D; 3B71 A; 3MFN A; 4JW1 A; 3K66 A; 2VAS A; 2OOC A; 2J45 A; 3DAF A; 4PR9 A; 2J9W A; 3DMD A; 2L81 A; 5BQG A; 3F46 A; 2PX3 A; 5L0G A; 4DOZ A; 2CGE A; 1MMN A; 2XS8 A; 4JC7 A; 4RDA A; 5T3W A; 3SEO A; 3TJ6 A; 4C7O B; 2R7T A; 5F5F A; 2KQ9 A; 1G5Z A; 1OCO C; 3RQF A; 4U5F E; 5B3I A; 3PHF 2; 4DRH B; 4I1O B; 3UGP A; 3LLI A; 4EUK B; 2A6E F; 5HSW A; 4Z9I A; 1JMW A; 1TFO B; 3TQO A; 1C17 M; 3VYW A; 5L3Q A; 5AC5 A; 3KYI A; 1QZX A; 2FFH A; 2M64 A; 1HE9 A; 3M79 A; 2YVK A; 3EGD B; 3S28 A; 2ZXR A; 4LAC B; 4A4A A; 4IB4 A; 1YYJ A; 3R7C A; 1E84 A; 4OIN F; 3DM5 A; 3QZC A; 4HFF B; 5IY5 C; 1CPR A; 3ECS A; 4YT8 A; 4QI0 A; 2R7S A; 1RKC A; 3F47 A; 3EGX B; 4MVR A; 3PDM P; 2L6G A; 2NUP A; 1A41 A; 1TKN A; 4MVZ A; 4CS9 C; 1WWP A; 4BEM J; 3L8I A; 1OW7 A; 3AOU A; 4ER9 A; 4ONS A; 2EIL C; 1ZHX A; 1Q0G A; 2VCB A; 3AG4 C; 4JUR I; 4P6I C; 4C3E A; 5L0I A; 4EHP A; 3O39 A; 4OIR F; 2J0W A; 3CAX A; 3AQC A; 5JLI A; 2IXP A; 4CDV A; 3E9V A; 1QSP A; 2Z15 A; 3EG9 B; 2DI3 A; 2IXN A; 1OR3 A; 2LD6 A; 3ZTM A; 2G3K A; 2C04 A; 4WJ0 A; 2X0C A; 5A6B D; 5B1A C; 3DD7 A; 4ULV A; 1BZ4 A; 2KSF A; 2OU6 A; 3KKB A; 3C8Z A; 2GAQ A; 3U2M A; 2XRH A; 4JE9 A; 3B0U X; 4G7O F; 1ORS C; 1R4T A; 4GQH A; 1J8M F; 4Q4Z F; 1HW2 A; 3X1O A; 1Q0D A; 4U9E A; 2YL3 A; 3SXK A; 2YQY A; 2KYH A; 4JCZ A; 3K1I C; 2PF4 E; 3IQC A; 3EH2 A; 3ZG1 A; 1H9T A; 4MTO A; 4M63 A; 5A6B A; 1SMY F; 1NBB A; 4RD9 A; 2KJG A; 3DE8 A; 1CPQ A; 1EQ1 A; 3DI5 A; 2L6F A; 3GOR A; 1O87 A; 4IAR A; 4J32 B; 3G4X A; 2A69 F; 5HV9 A; 4IGG A; 2A0B A; 3QVZ A; 2YEV A; 3Q6M A; 3T6J A; 4G7Z F; 3TOL A; 1I4Y A; 3GWN A; 2VH3 A; 4EKW A; 1Q0K A; 3W4Y A; 4JKV A; 1APC A; 1MMD A; 3EZI A; 3QTH A; 3VRC A; 4JIO A; 1RMV A; 3S84 A; 1EKY A; 2A68 F; 2GA0 A; 1LIH A; 3K33 A; 5DQT A; 3AGT A; 1NFN A; 3LAY A; 3NMJ A; 2PBE A; 5KYU A; 3C63 A; 5EHH A; 1D1A A; 2L9J A; 3NMI A; 3ZDL A; 4YT2 A; 2QE9 A; 4BJ6 A; 1QKR A; 4YT5 A; 1QVX A; 3HLZ A; 4PAC A; 2B0J A; 4BPM A; 4CS8 C; 2DGJ A; 2YHS A; 3FAJ A; 3GEH A; 1VK5 A; 4P9T A; 4A2N B; 3JYH A; 3GWL A; 2JX0 A; 3H65 A; 4P9F A; 4DRI B; 3PMR A; 1FMW A; 5FZT A; 5TJ5 E; 2EIM C; 1K04 A; 3EQL F; 1LVK A; 2J7P D; 3JCU Q; 1LI5 A; 5JSL A; 3C8G B; 4AE4 B; 3GEI A; 5EK0 A; 5DQZ A; 2XL6 A; 1H6G A; 3JTL O; 1ORY A; 1PV3 A; 2EPN A; 2KW3 C; 2YL0 A; 4LDR A; 3RVY A; 5K0I A; 5KYX A; 2Y3B A; 2YWA A; 1ZVZ A; 4G7H F; 4U5D E; 3WAQ A; 1RCP A; 2EPK X; 1MNE A; 1MND A; 2AVK A; 2F22 A; 2I8B A; 2JPU A; 4OIQ F; 4XEK A; 3TOM A; 1Q0M A; 3EFO A; 2QTV A; 2Y39 A; 2HV7 A; 3L34 A; 1TWA A; 4DJ9 A; 1RKE B; 1I5N A; 1MMG A; 1OR2 A; 3AG3 C; 3IQ5 A; 3ZTZ A; 3V5Y A; 2AWY A; 2P0N A; 1S05 A; 3AG2 C; 1UG7 A; 2DB4 A; 2MWQ A; 1YDI A; 5KYW A; 2QNL A; 2G3V A; 3RQE A; 3C7J A; 1SZI A; 2OEX A; 2HSQ A; 3LS1 A; 4L6R A; 3K1H A; 4HFK B; 4JCH A; 2KGO A; 4E7S A; 1VYK A; 1EA8 A; 2O9X A; 4JEB A; 3ZC4 A; 3TUL A; 1D0Z A; 4LDK A; 1H7I A; 2NUT B; 4MW3 A; 1NZE A; 3WHN A; 3SP1 A; 1CGO A; 2MHR A; 2QUP A; 1ST6 A; 4WGZ A; 1SR2 A; 4U5G A; 3W8I A; 1PD0 A; 4LLE A; 5BQH A; 3B0V C; 3RYL A; 5BQI A; 1V74 B; 4W8P A; 5JT4 A; 4YWQ A; 4D4N A; 1XZP A; 3VAY A; 1WAT A; 4DBQ A; 1DOV A; 3U9J A; 5A6A A; 3DJN B; 3U8P A; 4MND A; 2XLD A; 2NSG A; 1YVI A; 3WG7 C; 2HZ8 A; 4AK9 A; 3UR3 C; 1Z7Q c; 2ZXO A; 1F1M A; 2Q9B A; 4E17 A; 1M6T A; 4PK4 A; 1OCZ C; 4W8K A; 3NKD A; 2CNW A; 2EPL X; 2Y3D A; 2YL7 A; 3POV A; 3QVY A; 4RBN A; 4E0I A; 1JR8 A; 4LER A; 1LI7 A; 2LP4 A; 3ABM C; 3J06 A; 3Q7G A; 2YKZ A; 4CDA A; 5CI9 A; 3AGU A; 4D4X A; 2X51 A; 1D1C A; 3PCV A; 3RIP A; 3A9C A; 1LPE A; 2WL8 A; 1A7E A; 2YLD A; 3CQZ A; 2Y3G A; 4YL1 A; 4ZLD A; 1QPU A; 4YL0 A; 1M2O A; 4JTA B; 1B68 A; 5F5H A; 2M4E A; 1U6H A; 1LM3 B; 1YAR O; 2FAP B; 4Q7C A; 3BRJ A; 1A7D A; 3B9Q A; 3EJN A; 3K7D A; 1Z63 A; 2GDC A; 2BL2 A; 1Z23 A; 1WAS A; 1KU2 A; 4K1O A; 3R2P A; 2AU5 A; 1U0B B; 1SF8 A; 2BE5 F; 2OCC C; 4KBL A; 4XEF A; 2XXA A; 3FVY A; 4N6H A; 3RF3 A; 3T6G B; 4XEV A; 2CYD A; 2UUH A; 3DKA A; 1J8Y F; 2HMQ A; 4BJ5 C; 5B1B C; 4CIH A; 3LES A; 4R32 A; 1XWJ A; 5B3S C; 2E87 A; 3UGO A; 1M2V B; 2LIG A; 4BJ6 C; 3U3B A; 4O6M A; 2ZD9 A; 4YN0 B; 2IOQ A; 4MW8 A; 3DM9 B; 3NKE A; 2AWC A; 3L0I A; 2PP4 A; 5E33 A; 3UMI A; 4FX5 A; 1C02 A; 3HKK A; 4KC9 A; 3SNH A; 1ZHW A; 1ZHT A; 2Q9A A; 2XM4 A; 4YK5 A; 1Z5Z A; 1BBH A; 3GM1 A; 3U3F A; 3WOD F; 1MQV A; 4PJM A; 3IEE A; 1ZZP A; 4OIP F; 3O55 A; 2GWW A; 3KL4 A; 5KYY B; 2XL4 A; 2VCA A; 1UFB A; 2RSE B; 3KPH A; 5JUA A; 2IXM A; 1EI7 A; 2R7R A; 2NSF A; 1AEP A; 4JTC B; 2BC5 A; 5DLJ A; 2W4B A; 4ANJ A; 4EWC A; 4UDV A; 1BR2 A; 3IQ6 A; 4MTF A; 2R7W A; 4C7O A; 3NMK A; 1GM5 A; 2XLW A; 3U0C A; 3V5Z A; 1VMA A; 2QY9 A; 3C18 A; 3AG1 C; 2R7U A; 3HNJ A; 3B0P A; 3H2U A; 1L7C A; 1JRA A; 4CDY A; 1OKK D; 1O5H A; 1AUE A; 4BJ5 A; 1HMO A; 3O10 A; 1ZW3 A; 4PFO A; 3GAN A; 3RFY A; 2KC3 A; 3EGD A; 5L3V A; 4OIO F; 3LS0 A; 3LUT B; 1AVO B; 5T3T A; 2J9U A; 2XLV A; 2H8A A; 3CSK A; 3SXM A; 3FXH A; 3EGX A; 3MLG A; 3Q7L A; 4O6Y A; 4CSA A; 256B A; 3TD7 A; 4PJN A; 1T01 A; 5F28 E; 3S9O A; 4IJJ A; 4AL0 A; 5JRA A; 2D4U A; 4Q5S F; 1OKK A; 2Q9C A; 1M57 C; 1SYQ A; 4I3M A; 1D0Y A; 2P7V A; 4JRZ A; 3DWW A; 3ZWI A; 1Y6D A; 3L1M A; 3KMI A; 4PJL A; 5AC4 A; 3JT1 A; 1YZA A; 5CI8 A; 1BR4 A; 3EG9 A; 2H7V C; 3JRT A; 4E0H A; 1KTM A; 3CEX A; 3UNG C; 1Y4C A; 3T4R A; 3JZ0 A; 1YZC A; 3I5P A; 3S90 A; 5E3A A; 3NYL A; 5E3C A; 4G0H A; 3OEO A; 3LJB A; 1ZHY A; 1OCR C; 2Y69 C; 3A11 A; 4MQ9 F; 4PJJ A; 3TJ5 A; 1NU9 C; 5L0J A; 3FAP B; 1OXK A; 2OEV A; 1BR1 A; 1D1B A; 4NY3 A; 1OQC A; 4XPX A; 1XZQ A; 3FMS A; 3H2V A; 3DXJ F; 3QW0 A; 4HEA J; 2UUI A; 2XLH A; 1G8X A; 3M1C B; 1U89 A; 3AQB A; 1VOM A; 2R05 A; 1NSG B; #chains in the Genus database with same CATH homology 2RD9 A; 2NSF A; 3DKA A; 2HKV A; 4N6C A; 3QTH A; 2OU6 A; 5COF A; 5COM A; 1RXQ A; 2F22 A; 3CEX A; 5COG A; 2P1A A; 2YQY A; 5CIV A; 2QE9 A; 2NSG A; 2QNL A; 3DI5 A; 3GOR A; 2OQM A;
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