1Y4CA

Designed helical protein fusion mbp
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
490
structure length
480
Chain Sequence
EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSLGIEGRSSEELLKIALQEAQKTLQQAQELAKKGGGEEQLKRALKRADRNLWAAQELAKKGGGGEELLKQALQQAQQLLRQAQELAKKGGGEELLKQALQQAQQLLQQAQELAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Maltose binding protein fused with designed helical protein
publication title De novo design of an IL-4 antagonist and its structure at 1.9 A.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags De novo protein
total genus 166
structure length 480
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.660 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) IL-4 antagonist (De novo design) like domain 1y4cA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y4cA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y4cA01
5TU0A 3G3IA 5AE4A 1OVTA 4ZEBA 1B3FA 3O2AA 4FAJA 3IOTA 4U4SA 1Y3PA 1N3XA 1N7XA 4KYEA 4NTLA 4PFTA 2P0SA 4HW8A 3K02A 1GVCA 2ONSA 4N07A 3T9UA 4F31B 2DE3A 5EHSA 4KPTA 1EZPA 2Y7KA 2O1MA 1QVSA 1EZ9A 1MXZA 1I6QA 3ZSFA 3BFTA 4P0IA 4NWCA 1PBPA 4PFUA 4NF5B 3B6TA 5H8SA 3ECRA 3LR1A 1NL5A 1RYXA 3SEUA 1B3GA 1RYOA 4NF4A 1Y3QA 3C32A 3UIFA 4P11A 4RYAA 1A7LA 1HSJA 5HM4B 4GFRA 2GHAA 4QRZA 4H0WA 1ZKBA 1Y9UA 4BDMA 1ZTYA 4MLQA 4BDNA 4ECFA 4NMYA 1A8FA 3S9EA 4ZDMA 1POTA 2AIXA 4FE8A 1US4A 1VFEA 5B70A 3PGFA 3C34A 3MUQA 1JW5A 1EZOA 3SEXA 1FTOA 2XXRA 3QUJA 1MS7A 2Y7PA 4R2FA 1US5A 4ND9A 3U72A 4H1XA 2ALUA 3PPPA 3TTLA 3ZKKA 1IQ7A 3H6VA 3RTWB 1I69A 4NF4B 1OLAA 2O69A 5H8NA 1B46A 2V93A 2XXIA 5DYHA 2DXRA 4M4GA 3ILTB 3MQ9A 3PPQA 3RN8A 3C4MA 3IR1A 4WXJA 1M5BA 4AB5A 4QSCA 2I49A 4F3SA 2FYIA 1QULA 5KZTA 2VD2A 1XVXA 3C31A 4QSEA 3SEWA 5L9MA 1FTJA 3KEIA 4E0WA 5JEIA 3QXMA 2ZNSA 2P2AA 4KR5A 3N26A 2UVHA 4QFPA 3FASA 5H8HB 1GTKA 4F3GA 3C33A 2UVJA 1B7ZA 1SI1A 1SW4A 3PUVE 4XXUA 2QJEA 1PDAA 1O7TA 4F22A 2O7IA 1Q1KA 3FXUA 1IXGA 3OEMA 4R74A 4NF6A 2XXQA 3V8XB 1UTBA 4HTGA 3O66A 3MWBA 1CB6A 4L17A 5F1QA 5A5XA 1AIVA 3KSXA 3H03A 5TPAA 2DVCA 2G29A 1B3EA 1MXXA 4AQ4A 4EF1A 1URSA 3MVWA 2ZYNA 3IOUA 2RF1A 1B1HA 1BTJA 3VDFA 4EQ7A 4GIZA 1ZLQA 4F2QA 4Z7EA 2DE4A 2Q89A 3M3FA 4DXUA 4R2BA 3HSTA 1FW0A 5JTYA 4G8NA 3FIRA 2R71A 1B51A 5AA2D 2X7PA 4JXIA 4XKQA 1VR5A 3TEPA 4NF6B 4POXA 5DTBA 1LSTA 1UTBB 4RPNA 3D4GA 4OMBA 1MY2A 1Q35A 1OLCA 1QKBA 4QHQA 1B9JA 5I56A 1P99A 4FEBA 5A5XB 3EPEA 2HZLA 5TPAB 4H67A 4PFYA 1POY1 3I5OA 3T93B 3IL1B 3I3VA 1EH3A 3MPKA 4RY1A 3JZJA 4KYSA 2Q2CA 4DIGA 1B0LA 1LCFA 2VHAA 4K3FA 1LCTA 4F3PA 2I6EA 1RKMA 3FGSA 5H8FA 2F7CA 2PVUA 3S9LC 1B7UA 2I3VA 3IOWA 3EHSA 4KYDA 2DWAA 4KI0E 5JTYB 4ELPA 4RNSA 3ONMA 4IO4A 2ZYMA 4HCWA 2ABHA 1A8EA 2D21A 3P7IA 1JETA 4Z0IA 2FA7A 3UP9A 2O51A 3IJOB 3FXRA 5L8DA 4YKJA 1LAXA 3PUXE 1J1NA 3O9PA 3T9XB 3LSWA 4YB7A 3MZ9A 3FVOA 4OESA 1D4NA 1H76A 3RNNA 1USYE 4X1BA 3MP1A 5BWJA 3K1NA 5H8FB 4KD5A 1B58A 2DWJA 4MFIA 2ZYKA 3AXFA 2UYFA 3CSGA 4YKPA 3K6UA 4JB7A 4ELQA 2XXUA 1LB9A 5CBSA 4OQOA 1NMUA 4JSOA 4ESWA 3A09A 3H06B 2IA4A 3VVEA 1SYHA 2Z8DA 5DVJA 4H8JA 2XXTA 5ICQA 1LFIA 3W15C 3PMVA 1R1NA 3W9WA 5L9SA 4OERA 3TPAA 2A5SA 4LVQA 4U4XA 1LFGA 2VP1A 2ANJA 3Q29A 3GBBA 1PB7A 1A99A 4OZ9A 3VVFA 3TUSA 2W7YA 4IGRA 2WKYA 3T9VA 2I3WA 3EF7A 3GLBA 4IB2A 5JK4A 3R6UA 3GZGA 3K1MA 4OFOA 4QFNA 2F35A 1MM7A 1FQCA 2XXWA 2QS1A 1AL3A 4MLVA 5FTIA 3UN6A 1B40A 3L6HA 4OEVA 2QPQA 2ESNA 4EDPA 1ZMGA 1FQAA 3OSRA 4MF3A 5M2VA 1IEJA 3M8UA 4O3AA 3KJ7A 1MXWA 1HSLA 4BLAA 4R9GA 3S9NC 3KN7A 3SEYA 3THIA 4IO2A 3KBRA 3GXAA 3SDFA 2ZNUA 5CI5A 1Y4TA 3MZ1A 4LUBA 1B4HA 2LFDA 1O64A 3VLUA 4MBPA 4PFWA 1XVYA 4QSDA 3CFZA 4ELRA 5I57A 3RGYA 3KN8A 1R9LA 5K2YA 2XXVA 2B3FA 4R6HA 1AOVA 3OENA 2PMSA 1YTVA 1NNPA 3HPIA 3LC8A 1DTGA 2GRVA 3I6VA 2PX1A 2G93A 4ZE8A 4JWYA 3IAZA 1P1QA 4EQ9A 2PBWA 5HPQA 3K1PA 2NWJA 4U23A 1ZU0A 1OIBA 2Q8JA 4LA9A 1MY4A 1MDP1 2NOOA 2A5TA 5ISUA 4ZE9A 2HEUA 4NE4A 4PQJA 4P0GA 2Q88A 3PUWE 4OXVA 5I57B 2QMWA 1IXHA 5ELVA 4F18A 1GGGA 4YMBA 2F34A 1QJMA 3VXBA 3IO4A 4ZEDA 3PD9A 3M3KA 4RA1A 5CM6A 1FQDA 2F36A 2V25A 5F7VA 4OTEA 3FJ7A 4G8MA 5H8HA 3DP8A 1QUKA 1FTMA 4GVOA 5FHMA 3A3UA 3TTMA 4AB6A 1N7WA 3FVKA 3FUZA 4LZ8A 4GLIA 4OYVA 5ICTA 1DOTA 4O3BA 1P1WA 5AA4A 2A5TB 3KOSA 1UIUA 2H25A 2E0SA 3C35A 1YPNA 2UVGA 2RCBA 5I2NA 2DS9A 1TFDA 4ZZAA 3TMGA 2UVIA 2F6PA 5DVIA 3B7DA 4U21A 1NFTA 5FTHA 3TQLA 1LB8A 2I4BA 3HV1A 1NH8A 3PD8A 1SI0A 1B32A 4I1DA 1ANFA 1SW1A 2UXAA 2I48A 4MH5A 2F7AA 2QS4A 4X9TA 2KLFA 1H43A 1H44A 3SERA 4WEPA 4OENA 3E4RA 3RPWA 2OBGA 1YCJA 3O29A 5DEXA 4GWOA 1ZBMA 4ZEIA 3OSQA 5AA4B 2HAVA 1JNFA 2ZNTA 4TLLB 3R26A 1M5DA 5I2NB 2HAUA 4BDRA 1O63A 2VGQA 1FQEA 3OOAA 5DT6A 2ONRA 2F97A 3R7XA 3CI8A 3QSLA 5CMCA 2QS2A 1M5CA 4R9FA 1MY0A 2F7BA 3VLWA 1BP5A 3DP6A 3QIMA 1MDQA 3LUYA 3N6TA 2XX7A 4NF8A 2Q9TA 1TWYA 3OEKA 1JEUA 2X7QA 1IXIA 5AA2A 1WVJA 3CG3A 4IO3A 1JVXA 4HS7A 5K2XA 2LFFA 3SETA 1Y1MA 5DEXB 1PEBA 1VSOA 4KQPA 4PETA 4X1DA 4DDDA 5IAIA 3ODBA 1QUIA 3MBPA 3MVXA 1LAHE 4X48A 2V3UA 3C9HA 4YB6A 2Z8FA 4H6DA 2V3QA 4C1UA 3EN3A 3Q25A 4ISUA 4XKNA 2ONKE 4RJZA 1BIYA 2YJPA 1R9QA 4GXSB 2D3IA 2B65A 1IZ1A 2DQVA 3OXNA 4XTCQ 3DLNA 3Q27A 2Y7IA 4QFOA 3KJTA 1D9YA 4F19A 4I62A 3PU5A 4NF8B 1CE2A 2QMXA 3CFLA 5AA2B 2ZYOA 1BLFA 1SBPA 3VE1B 2XXHA 5KCJA 1DPPA 1N3WA 3H6UA 5I58A 4KCCA 3VVDA 2I4CA 3K6VA 2O84X 1LGBC 4YMAA 2O7UA 1OQGA 4DLDA 1Y3NA 1NH7A 3V5AA 4F1UA 3T9HB 2O1LA 3U1OA 1SDXA 3PMWA 4HCYA 1LAFE 5I59A 4R73A 4YKIA 2QS3A 3LSFB 3U8QA 1JW4A 1LAGE 3MAMA 3QK6A 1Y20A 1SW5A 4JWOA 1URGA 2O6AA 2XXPA 4FORA 3UGWA 1N84A 2OWSA 4YAHX 4TOZA 2OJTA 4BDQA 3OD7A 1ZIUA 3G3JA 1IIWA 1Y4CA 1N0TA 1OMPA 2DP8A 5KCJB 5DVFA 1BKAA 2HCAA 4QFKA 5I58B 3K2DA 2OCUA 4NWDA 3G3GA 3RT8A 3IORA 4RK9A 1H3DA 2REJA 2PYYA 3IX1A 2DVZA 4GL8A 3SESA 4EUOA 3B6WA 4IY6A 2X26A 1D3KA 2OZZA 3TTKA 4G68A 1Z7ME 1JW1A 2QRYA 3CVGA 4F1YA 5I59B 2OK2A 3F11A 4EF2A 3L6GA 4FJPA 4RXLA 1L5TA 4IO6A 1B3HA 3TCHA 2DWIA 3M3LA 4ZECA 1GV8A 1T0KA 4OFJA 4DZ1A 4GXAA 4TLMB 4POWA 4YB5A 5J1DA 1FQBA 3K4UA 1B6HA 4G4PA 4YKKA 1KWHA 4KCDA 3CIJA 3VXCA 4DE8A 4IO7A 4JDFA 3O6GA 2ZXTA 4GOTA 3JYRA 3A3CA 1PB9A 4TQUQ 1PBQA 4OHNA 3CFXA 5CRYA 1B52A 3HHGA 4G68B 4DXCA 1B5JA 4Q0CA 4R6YA 4RK2A 3DP4A 4BDOA 1IXCA 4OETA 4LQ5A 3LSXA 3OO7A 4U22A 2VD3A 4PP0A 1MG1A 1HSEA 4N6PA 1OQHA 4FIMA 3UA8A 2THIA 1I6BA 5KDTA 2DE2A 3KFMA 1M5FA 4DCYA 2RCAA 5HBCA 3HO7A 1SQYA 3RTFB 3V83A 3ZKLA 1MY1A 4F29A 3TTNA 3PUZE 2M8CA 1MXVA 4Q8RA 3U94A 2VOZA 3TTRA 1SW2A 5CMKA 3LSLA 1TXFA 4ZZEA 2H9BA 1B1XA 3USDA 2RINA 3CG1A 3PV0E 4WEDA 1N76A 1UQWA 2RC9A 3MVZA 5CMMA 4NEDA 3O28A 5KDTB 2I0CA 1EU8A 3PPOA 4KFQA 5BUUA 4Q5TA 3OO9A 4G68C 1AH5A 5EHMA 4LZ7A 5I2KA 3U8VA 2R6GE 4F1VA 2XXXA 3D4CA 3SKPA 4XKRA 3B6QA 1A40A 3LBSA 1VE4A 1MPBA 3K6XA 4U1ZA 2OLBA 1MY3A 2RC7A 1ZJLA 1YAEA 2XD2A 3VLVA 4FEDA 3S4UA 4IO5A 3DM0A 2Y7RA 3IB1A 3MP6A 1DPEA 1WDNA 1M5EA 3T66A 3DELB 1XT8A 3CR9A 2E1SA 3TKDA 3CRBA 3VV5A 3BKIB 2Y84A 3UK4A 4ZEFA 3MP8A 3MJNA 4E0XA 1MQHA 2CZLA 2D5WA 4U2RA 2FNCA 3FV1A 1XOCA 3KG2A 3PUYE 3MZBA 4H65A 2Z8EA 5H8QA 5I2KB 1MQDA 2PT1A 1S9TA 4ZEKA 4ZS9A 3TAJA 4R6KA 5B7DA 3T22A 5IKBA 2H98A 1MQGA 3MW0A 2AYSA 2HQ0A 3IO6A 4YZZA 1NNKA 4UA8A 1SD3A 1AMFA 3TYHA 3G3HA 3RUMA 4EQBA 3IK6B 4ONYA 3BBRA 1VFDA 3OMBA 4EXLA 4IY5A 4KHZE 5CBRA 1A55A 1NNTA 3KZGA 3W9VA 3E9XA 3G3FA 4XIGQ 3C36A 3E3KA 3H6WA 3HHFA 1MQIA 3RLFE 3FVNA 3FVGA 1MXUA 3SEVA 2BJJX 3O6HA 1B3LA 3MC2A 5H8NB 4ELOA 1S7YA 5H8QB 2B3BA 2GFEA 5AA1A 3WAFA 3Q28A 3TDJA 1XS5A 4I9DA 3K00A 5ITOA 3PPNA 5LOMA 3S9MC 3H6TA 4R72A 2XX8A 4JSDA 4BDLA 3H4ZA 1P1UA 3N5LA 4LONB 2V84A 2V3TA 3K01A 4IGTA 3QUFA 1FTLA 3U93A 2NUVA 3TZAA 2Q2AA 3PPRA 1B5IA 4JBZA 4XKPA 1MRPA 2I0BA 4ESXA 1B4ZA 1S50A 4YU0A 4GD5A 3FD3A 4FATA 4FECA 3OELA 3EQ1A 1I6AA 2HFBA 2HXWA 3HCQA 2H4IA 2OWTA 2H99A 5CMBA 3G7WA 4M1VA 3QAXA 4F2OA 1PB8A 2DOJA 4GRKA 4G77A 2XHDA 2AL4A 3BFUA 4RPOA 4GL0A 1NNFA 5ITPA 4F3BA 1II5A 2DWHA 2CMOA 3KN3A 1B2HA 2P1SA 2I58A 1F9BA 1FTKA 4C0RA 3TELA 1Y1ZA 1H45A 4LP2B 5L9OA 1N04A 3IB0A 3JV9A 3KSJA 3TCGA 3KOTA 4LATA 1XHYA 3V89B 3CSBA 1USYH 3RY3A 1JQFA 2AL5A 2YLNA 3Q26A 4OWDA 1LBBA 1A54A 1FQFA 4OVJA 1DTZA 2XXYA 1B05A 4LZ5A 3MPLA 4JWXA 4OFLA 3MVYA 3FJMA 4DXBA 5TP9A 4R75A 2XD3A 3N6UA 2NVUB 2Z22A 5I56B 2REGA 1UTHA 1JEVA 3TCFA 3H7MA 1IITA 4O3CA 4C1TA 1QKAA 3S2VA 3U92A 4GF8A 3IB2A 2F5XA 3K6WA 2DYXA 4GQOA 4N13A 3H3GA 2H5YA 1FCKA 3PMXA 2RKMA 1OVBA 4YICA 1ELJA 2XX9A 2HZKA 3HN0A 3FATA 3OO8A 3EHTA 4QF9A 1Z7NE 1QUJA 3OO6A 5FHNA 3RT6B 3N94A 4LQ2A 4G2ZA 3TFLA 2IEEA 4Q30B 4QFLA 2F78A 4OEUA 1DMBA 4F39A 2F6GA 1SYIA 5TP9B 4U1OA 2R9JA 1ATGA 1DSNA 1QW0A 1UTHB 2PT2A 2F8DA 3G3KA 3UORA 4I8CA 2QL3A 2UYEA 1WODA 2ZMBA 5EYFA 1MH4A 1LBCA 4H5GA 1SVXB 5I84A 4WKMA 1MH3A 3E13X 2DXYA 2HZ8A 3FXQA 3K0VA 1B7HA 1P1OA 3WAEA 1PC3A 2QSXA 1MQJA 2YPNA 1NKXA 3IJXB 5AA3A 4H5FA 1TT1A 1MPDA 3TODA 1D9VA 1B0HA 3EHUA 4UACA 4H8IA 2NXOA 3IOVA 1LLSA 3T96B 4THIA 5CC2A 4PE5B 1MPCA 3ZS6A 1IUDA 3KGCA 4DCXA 3ILUB 1P1NA 5FHOA 3VFJA 1MXYA 1URDA 3RQTA 2DSFA 3TQWA 1JVYA 1B5HA 2LAOA 2GH9A 1R6ZA 1UIVA 2Z23A 3FJGA 4EXKA 4NF5A 2RC8A 3FZVA 4G8HA 2O68A 1MM6A 2Y7WA 3O97A 3O6IA 2GHBA 3GBAA 3QYTA 1TFAA 1GR2A 1XC1A 3FV2A 1LFHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5TU0A 1G5ZA 3G3IA 1OVTA 5AE4A 4IAOA 1MMNA 1NI9A 3M79A 4ZEBA 1C02A 1RDZA 4JIOA 5B1AC 1B3FA 2J45A 3O2AA 3E79A 1BZ4A 3RW0A 4FAJA 2A0UA 3IOTA 4U4SA 1NV7A 1Y3PA 3OA1A 1N3XA 1N7XA 4KYEA 4DVZA 1LE4A 5CI8A 1CNQA 4NTLA 4PFTA 4AS5A 1D0YA 2P0SA 3HNLA 4HW8A 4WABA 3K02A 2P3VA 2YLIA 1GVCA 4QXDA 2ONSA 5L3VA 4N07A 3T9UA 2J46A 4F31B 4AE4B 2DE3A 1OXKA 3NDBB 5EHSA 2MWQA 4KPTA 1KZ8A 1EZPA 1FPEA 1M2VA 4U5BE 1O5HA 2Y7KA 3U9JA 2O1MA 1QVSA 1EZ9A 1MXZA 1I6QA 3ZSFA 3BFTA 4AL1A 4P0IA 2P6VA 4NWCA 3S28A 1PBPA 4PFUA 2R25A 3B0PA 4NF5B 3B6TA 5H8SA 4IRUA 4XEVA 2OKUA 2R7SA 1HW1A 3EGDB 3ECRA 3LR1A 1MMGA 4DXWA 1NL5A 1RYXA 3SEUA 1B3GA 1RYOA 2R7OA 2Q74A 4NF4A 3LS0A 1Y3QA 3C32A 1IMCA 1XZPA 3UIFA 4P11A 1LS4A 4RYAA 2KK1A 1A7LA 1HSJA 4IAQA 2GA0A 1FPFA 4MVZA 5HM4B 4GFRA 1M56C 2QUPA 2GHAA 4OIPF 1B68A 3ITFA 4QRZA 4H0WA 5JP7A 3A11A 1ZKBA 1Y9UA 4BDMA 1ZTYA 4MLQA 4BDNA 4ECFA 3K33A 4NMYA 3LJBA 3TK0A 1A8FA 3S9EA 4JTCB 4ZDMA 1POTA 3U9MA 4EKWA 2AIXA 1SR2A 4ONSA 5EGYA 4FE8A 1LM3B 1US4A 1VFEA 2ZZWA 5B70A 4ER9A 1FBGA 3PGFA 1BK4A 3C34A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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