1Y4CA

Designed helical protein fusion mbp
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
490
structure length
480
Chain Sequence
EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSLGIEGRSSEELLKIALQEAQKTLQQAQELAKKGGGEEQLKRALKRADRNLWAAQELAKKGGGGEELLKQALQQAQQLLRQAQELAKKGGGEELLKQALQQAQQLLQQAQELAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags De novo protein
source organism Escherichia coli
publication title De novo design of an IL-4 antagonist and its structure at 1.9 A.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose binding protein fused with designed helical protein
total genus 166
structure length 480
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.660 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) IL-4 antagonist (De novo design) like domain 1y4cA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y4cA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y4cA01
5ICQA 1JW5A 1FQDA 3DLNA 4PFUA 2OCUA 4F29A 4RXLA 4R2BA 1OQGA 3CRBA 2RINA 4DIGA 3OOAA 5IKBA 3N94A 2Q8JA 2HXWA 4IO6A 1QULA 3PD9A 4BDRA 3E3KA 5L8DA 1MQHA 1EZOA 4F3SA 4KFQA 4GL8A 1MXWA 2PBWA 3PD8A 1O7TA 4ZECA 3SEXA 1LBBA 3S9MC 4KYEA 1SI0A 5FHNA 3LBSA 3PMXA 3RNNA 4FECA 3K6WA 3CR9A 4N07A 3K2DA 5BWJA 2GFEA 2E1SA 2DVZA 4NF6A 4G77A 2O51A 1MY2A 3UK4A 1B5HA 1BLFA 3MWBA 2Z8DA 4YAHX 3GZGA 3FGSA 4NF8A 1QUJA 5HM4B 1A54A 3FXRA 3VLVA 2CMOA 2DWAA 1Q35A 5H8NA 3HCQA 5K2XA 2YPNA 3PUVE 4U1ZA 1B0HA 2XHDA 1B3FA 4RPOA 2A5TA 4LONB 3I6VA 2Q2AA 3LSLA 4M1VA 3SKPA 4R6YA 4O3AA 1FQBA 1XVXA 2Y7RA 4FIMA 5AA2A 3U72A 1DPPA 3FUZA 1EH3A 4YB5A 2Y7WA 4DCYA 3ZSFA 3EF7A 3TTMA 3THIA 2AL5A 2YLNA 3K00A 3QIMA 4X48A 3PMWA 3G3KA 5I57B 1SQYA 3KJTA 1HSLA 1OLCA 1POTA 1URGA 3GBBA 3CI8A 5CBRA 3KG2A 4P0IA 2DE4A 3KN3A 1ZIUA 3KBRA 4ZEFA 4NF6B 1JEUA 4ZDMA 1LFGA 1R9QA 1DTZA 3H6TA 4THIA 3BFTA 3TODA 3W9VA 5H8FA 4N6PA 4NF8B 1MXZA 2XXQA 5FTIA 1QJMA 3IJOB 1XHYA 2UXAA 4IO5A 2I3VA 4G8NA 2UVIA 3KEIA 2Z8FA 1LCTA 2R71A 3R26A 3IO6A 2Y7KA 4EXLA 2ABHA 1QVSA 5TU0A 2RC7A 1Y4TA 3Q27A 5AA2B 2HEUA 3H4ZA 4F31B 4I8CA 5CMBA 3PPNA 1OVTA 4HCYA 3TYHA 1USYE 3MVZA 4U23A 1AOVA 4LQ5A 2VHAA 1NFTA 3T93B 4LZ7A 4FAJA 3D4GA 2D21A 4YKJA 1RYXA 1JETA 3A3UA 3QSLA 4ZEKA 4WEDA 1AIVA 3T66A 3V89B 4GIZA 4UA8A 3CIJA 3MZ1A 3G3HA 1A99A 3SEVA 2OLBA 3IOTA 3I3VA 3U93A 1A8FA 2OWTA 1MG1A 4I9DA 3TQLA 4BDQA 4EUOA 3OO7A 2OBGA 3KZGA 3H3GA 4R73A 1N0TA 4BDLA 2ZYMA 4DXCA 1QKAA 1PBPA 4QFNA 4ESXA 5L9OA 1LFHA 3U8QA 2ZNSA 4FATA 3E13X 2XXTA 3FVNA 3K6UA 4JXIA 4IGTA 4R6KA 4OFOA 5DVJA 1D4NA 4ECFA 4QFLA 3Q25A 2OJTA 4ISUA 2ANJA 1B4ZA 3PPPA 4ZZAA 4XKQA 1B0LA 3O6IA 1FTLA 4G68B 2A5SA 1LAXA 3SERA 1H45A 1Y1MA 4OTEA 4U2RA 4QF9A 3KSXA 4ELOA 1B3HA 5J1DA 4LZ8A 4KPTA 3RTFB 4YMAA 1SW2A 4OFLA 3KOTA 3DP8A 4M4GA 1DTGA 3CSGA 3PPOA 3KJ7A 3MZBA 4X1BA 3M3KA 4DCXA 1B7ZA 1EZ9A 3MPLA 4OESA 1WODA 3B6QA 1I6BA 2RC9A 2GH9A 2UVHA 1NNFA 1GVCA 1MXVA 1RKMA 3MC2A 3SEWA 2H9BA 1H44A 4H5GA 3MP6A 3CVGA 1BKAA 2ESNA 2D3IA 1DOTA 2Y7PA 2W7YA 1ZKBA 1M5BA 1LSTA 1O63A 4MLQA 3TCFA 3IK6B 2AIXA 4ZEBA 1SDXA 4JSDA 3OENA 4JBZA 4I62A 3OELA 4BDMA 2XXXA 4OVJA 1BTJA 4H5FA 3C9HA 1LB8A 4KQPA 2RC8A 3N5LA 3N26A 3OSQA 5A5XA 1LB9A 2XX7A 2M8CA 2RF1A 5FHOA 3B6WA 2UYEA 2I49A 2OZZA 4MLVA 1A8EA 5AA2D 2IEEA 2LFFA 4F1YA 3ZKLA 1A7LA 5I2NB 5H8HA 2XXHA 4HS7A 1ZLQA 4E0XA 3IR1A 2NXOA 5ITOA 3USDA 2HCAA 1B5IA 1URSA 4KYDA 2B3FA 3L6HA 4F1UA 3HV1A 1B1XA 3CFXA 1FQEA 2Z8EA 2ALUA 3PUZE 2X26A 3H06B 4BDOA 2QS3A 4EXKA 3RGYA 1JW4A 4G8HA 5DEXB 5HPQA 3FJGA 5F7VA 4RPNA 3TCHA 4AB5A 5I2KB 3FD3A 1B52A 1M5CA 1YAEA 5KZTA 1GTKA 3TEPA 3K1PA 1IZ1A 5B70A 2QJEA 4OENA 2XXPA 4OEUA 5TP9B 4PE5B 3OSRA 2F97A 3T9VA 4XIGQ 4L17A 4MBPA 1B7HA 1YPNA 2DSFA 1NH8A 1TT1A 3OXNA 3G3JA 5H8HB 2HZKA 2LFDA 1OLAA 1MPBA 4EF1A 1GR2A 1GV8A 5I56B 1MPDA 3RPWA 2I4CA 3EQ1A 3KOSA 1Y3PA 4NF5B 4RYAA 1EZPA 4QSEA 1UTHB 3H6WA 2RCAA 4I1DA 4ELQA 4ZE9A 5I57A 4POXA 5TPAA 2O69A 2HAVA 3LR1A 2P0SA 5CC2A 2QS1A 3JV9A 4PQJA 5CRYA 4G8MA 4C0RA 5FTHA 3P7IA 1MXXA 4X9TA 2XD2A 1ZTYA 4WEPA 3EHUA 2NUVA 4QSDA 4C1UA 4YKIA 1B6HA 3MVWA 4TOZA 5EHSA 1IIWA 1ZJLA 1MQIA 1B9JA 5JEIA 1MY3A 3ILTB 5JK4A 2F8DA 5CMMA 4GRKA 1FTJA 1SI1A 4FEDA 3K1MA 1Y1ZA 4XKNA 3IOWA 1B3LA 5DVIA 2RCBA 2O84X 3M3FA 3T9UA 3LC8A 1D9YA 2F35A 4YZZA 5DYHA 4F19A 4TLMB 1I69A 4GD5A 4PFTA 2FYIA 5KDTB 5TPAB 3M3LA 1H76A 4U22A 2F5XA 3R6UA 4NTLA 3K01A 4O3BA 4LVQA 4NMYA 3ECRA 3LSFB 3MBPA 3IL1B 4FJPA 4NEDA 1SYIA 1LAFE 1Y9UA 2G93A 4ESWA 3W9WA 1MXUA 2WKYA 3O29A 3S9EA 3FV2A 2O7IA 1B4HA 3QUFA 2DXYA 2F78A 4KI0E 1WDNA 1QW0A 4EF2A 4X1DA 5L9SA 4OWDA 3BBRA 3O6GA 2QS2A 4BDNA 5K2YA 3HHFA 3VFJA 1SW5A 3S4UA 3RUMA 1R6ZA 3QYTA 4OXVA 1QUIA 2XD3A 4PETA 4XXUA 3T9XB 1XT8A 1HSEA 3GBAA 3K6VA 3GLBA 3QK6A 1SVXB 3C34A 3TPAA 3FV1A 1SBPA 4ZZEA 5AA1A 3EN3A 1OMPA 2I6EA 4XKRA 3FVGA 1TFAA 2Q2CA 3IO4A 2YJPA 4JB7A 3TMGA 4G68A 3KSJA 3TZAA 4MF3A 4RY1A 2XXIA 1O64A 4LUBA 1Y4CA 3S9LC 1PBQA 4F1VA 1MRPA 5ITPA 3G3GA 3SEUA 4F3PA 1KWHA 3G3IA 1DPEA 2IA4A 4GXSB 1LCFA 1PDAA 1R9LA 1DSNA 1US4A 2O1LA 4LP2B 3AXFA 3W15C 1NMUA 3IAZA 2PYYA 3RN8A 4HW8A 4IO7A 4GXAA 3FXUA 2H98A 1LGBC 4FE8A 1MY4A 4KCDA 3C36A 3TTKA 3C4MA 4DZ1A 4R9FA 1LAGE 4P11A 4EDPA 3K1NA 1NNTA 2ZNUA 3RY3A 1US5A 3TQWA 5CMCA 3KN7A 1AL3A 2HFBA 1MQJA 4H8JA 3VDFA 3T22A 5LOMA 1ZBMA 3TCGA 1B3GA 4R75A 1XVYA 1MDP1 4GQOA 5FHMA 1B32A 2VP1A 1FQFA 1MDQA 2XX8A 1XOCA 1MH3A 2P1SA 1B05A 2Q88A 1SD3A 4ND9A 5AA3A 1JQFA 3PUWE 4OHNA 1MM7A 3PU5A 4TQUQ 3UGWA 4K3FA 1XC1A 2DQVA 3MQ9A 2V25A 2DS9A 3PUYE 4RK9A 3ONMA 3CFLA 2BJJX 3U92A 2PX1A 5I2NA 1USYH 2NVUB 4NE4A 3CG1A 1UQWA 2HAUA 4Z0IA 2QS4A 3MW0A 1IEJA 4NF4B 4R2FA 4YU0A 3MVYA 4DE8A 3TTRA 3IB2A 3RT8A 3T9HB 1B1HA 1Y3QA 3JYRA 4KHZE 3LSWA 1Y20A 3E9XA 1UTBB 1N84A 1LFIA 4YKKA 1MQGA 4OYVA 1JW1A 1CE2A 3PMVA 2QSXA 1M5DA 1NNKA 3EHSA 5DEXA 2F7AA 1OVBA 1XS5A 1RYOA 3CG3A 2ZYOA 2XXRA 4GLIA 4DXUA 5I2KA 3OO6A 4GF8A 5ELVA 2O6AA 5TP9A 2I4BA 1TXFA 2QRYA 2Z23A 3C31A 3DP6A 4XKPA 4IY5A 1AMFA 3Q28A 4YICA 5KCJB 2O7UA 5I56A 3V8XB 3FIRA 2O68A 4F2OA 3UP9A 4Q30B 2ONRA 3PV0E 5I84A 3IB0A 4NF5A 3B7DA 3RLFE 4H0WA 1UTHA 3FVKA 2F7BA 3O28A 2NWJA 4F18A 2ZNTA 1YTVA 1B5JA 3S9NC 2O1MA 4H65A 2H5YA 1NKXA 2QPQA 3OMBA 4DDDA 3ZKKA 3TUSA 4R6HA 1IXGA 3HSTA 2KLFA 5AA4B 1QKBA 3DELB 5H8SA 4G68C 3HN0A 4GOTA 1M5FA 2H99A 4P0GA 3VXCA 3G3FA 5I58B 4OZ9A 1TWYA 3MJNA 5DT6A 1MH4A 2I48A 1AH5A 3MP1A 3L6GA 5DVFA 1PEBA 4IO4A 3LSXA 2F34A 1FQCA 1LAHE 3ILUB 5ISUA 1N76A 4R9GA 4ZEIA 3SEYA 3PPQA 5CI5A 5JTYB 3UIFA 3O6HA 2ZMBA 1N3WA 5H8QB 1FCKA 3O9PA 1OQHA 3U1OA 1BIYA 4JWXA 4RA1A 3VVFA 1B2HA 4PFWA 1A40A 5KDTA 2X7QA 3PUXE 3RQTA 4QFOA 2V3UA 3KFMA 1IUDA 3IJXB 4JSOA 1IXCA 1VFEA 5IAIA 1EU8A 2F6GA 2ZYKA 2VD2A 1Y3NA 2GRVA 3TFLA 1H3DA 3OEKA 4ZS9A 2NOOA 3TELA 2PVUA 3O2AA 4GFRA 1MXYA 1OIBA 4QRZA 1PB9A 3C32A 3IOVA 3ZS6A 3HPIA 3VLUA 1SW4A 4KD5A 3A09A 4HTGA 2OK2A 2DOJA 1UIUA 2RKMA 1PB8A 4BLAA 3S2VA 1Z7ME 3K0VA 3KGCA 2VGQA 4F3BA 1B46A 4KCCA 1MM6A 4TLLB 1PB7A 4IB2A 4C1TA 4H67A 3FJMA 1TFDA 5L9MA 2UVGA 3FZVA 4YB6A 3IX1A 5CMKA 5EHMA 4U4SA 4IO3A 2H25A 1FQAA 4F3GA 5CM6A 4YKPA 4U1OA 1PC3A 3LUYA 1L5TA 3OO9A 3TKDA 2AYSA 1P1QA 1CB6A 3E4RA 4FEBA 5ICTA 4GWOA 1MY0A 3OO8A 1VE4A 1Z7NE 3GXAA 4ONYA 4MFIA 2B65A 1MS7A 2DVCA 4KR5A 5CBSA 1M5EA 2VD3A 2VOZA 1GGGA 1POY1 1JVYA 1J1NA 2GHBA 1LBCA 4LQ2A 4O3CA 4PFYA 2Y7IA 3UORA 5H8NB 2PT2A 3K02A 1IXIA 2DXRA 4E0WA 3BFUA 3VVEA 2I0CA 4EQBA 1MY1A 2A5TB 3RT6B 2XXVA 2I3WA 1B7UA 4NWDA 1P99A 1DMBA 4OMBA 2THIA 4RNSA 4GVOA 4Q8RA 1P1WA 2DE2A 3QXMA 4EQ9A 1VR5A 3V83A 1NNPA 3CFZA 2ONKE 5HBCA 4UACA 4OETA 3H6VA 1JEVA 2V3TA 4H6DA 4OQOA 1Q1KA 4OERA 4YB7A 1SW1A 2ZXTA 1A55A 4ELRA 1ATGA 3FATA 3V5AA 4ZE8A 2B3BA 4OFJA 4WXJA 2CZLA 3UN6A 3DM0A 3H6UA 4U4XA 2DE3A 5H8FB 3T96B 1NH7A 1QUKA 3EHTA 1UIVA 3MZ9A 3SESA 4AQ4A 4Q0CA 3FASA 1S7YA 2QMXA 4LATA 4U21A 3FJ7A 3Q29A 2UYFA 1I6QA 1JVXA 4IO2A 3MP8A 1P1UA 2UVJA 1P1NA 2F7CA 1D3KA 4RK2A 4R72A 1B3EA 1S50A 1VSOA 3WAFA 1FW0A 3JZJA 1FTKA 1IITA 3M8UA 2G29A 3K6XA 3OEMA 1B58A 1MQDA 4JDFA 3HO7A 2XXYA 1HSJA 1URDA 4NF4A 1ELJA 4LZ5A 3FXQA 2REGA 4RJZA 4HCWA 4IGRA 4R74A 3C33A 2FNCA 1IXHA 3U8VA 1B51A 5M2VA 2X7PA 1ZMGA 3VVDA 4WKMA 1UTBA 2DWJA 2R9JA 4ZEDA 2GHAA 1T0KA 4N13A 4NWCA 2AL4A 4OEVA 4GL0A 3VXBA 1N7XA 3PGFA 2V84A 3TDJA 1N7WA 2XXWA 2I58A 3TTNA 1H43A 4POWA 4QFPA 2OWSA 5EYFA 1FTOA 3D4CA 4H1XA 2DP8A 1FTMA 2ONSA 2Q9TA 1D9VA 3SETA 3ODBA 1BP5A 3H03A 2Z22A 3C35A 2ZYNA 3F11A 2H4IA 1F9BA 4MH5A 4Q5TA 1II5A 3IORA 4Z7EA 1N04A 3N6TA 4XTCQ 3CSBA 3MVXA 3QUJA 2XX9A 5KCJA 1ZU0A 3FVOA 4AB6A 3WAEA 3HHGA 3OD7A 5DTBA 3KN8A 2PT1A 3H7MA 3K4UA 3PPRA 5I59A 1P1OA 3IOUA 3O97A 1N3XA 1SYHA 2V93A 3VLWA 2XXUA 1S9TA 3Q26A 4QFKA 2REJA 4KYSA 5AA4A 3SDFA 4DLDA 4F2QA 1R1NA 4PP0A 4ELPA 3QAXA 5I58A 4QHQA 4JWYA 4H8IA 2DWHA 5F1QA 3BKIB 5BUUA 3TAJA 1YCJA 3U94A 2R6GE 4G2ZA 2D5WA 4LA9A 2P2AA 3B6TA 2F6PA 2QMWA 3G7WA 1I6AA 3RTWB 3TTLA 2Y84A 5JTYA 2FA7A 3IB1A 3MAMA 3O66A 5H8QA 1MPCA 3A3CA 5I59B 3R7XA 4FORA 4DXBA 4IY6A 2V3QA 5B7DA 2Q89A 2DYXA 5AE4A 1LLSA 2HQ0A 3MUQA 3UA8A 3DP4A 1NL5A 2QL3A 4F39A 2LAOA 1ANFA 4EQ7A 2I0BA 1B40A 3EPEA 2HZ8A 2HZLA 3MPKA 4F22A 2DWIA 2F36A 1WVJA 2PMSA 1VFDA 5A5XB 3N6UA 4JWOA 4YMBA 4G4PA 1JNFA 3I5OA 3VE1B 3VV5A 4QSCA 2E0SA 1IQ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EFOB 5ICQA 1K05A 2QLAA 1JW5A 1FQDA 3DLNA 4FBPA 5BUOA 4PFUA 2OCUA 3BRJA 4F29A 2CNWA 2UUHA 3N0TA 4RXLA 3ABLC 1UG7A 4R2BA 1OQGA 3CRBA 2RINA 3PTYA 4DIGA 3OOAA 2GDCA 1FBFA 5IKBA 2YKZA 3N94A 3GWNA 2Q8JA 2HXWA 4IO6A 3HTKC 5AC4A 1FPJA 1QULA 2ASRA 3PD9A 4BDRA 3E3KA 1QLEC 2CGEA 3ASOC 5KYXB 5L8DA 1MQHA 1EZOA 4F3SA 4I3YA 2IBFA 4KFQA 4GL8A 2L6HA 1MXWA 2PBWA 2V26A 3PD8A 3U3BA 1O7TA 4ZECA 3MYFA 3SEXA 1LBBA 3S9MC 4KYEA 5CIVA 1SI0A 2FIXA 1DOWA 1ZW3A 2QY9A 4BJ5A 5FHNA 4NGUA 4I1MA 3LBSA 4HXVA 1XWJA 2XS1A 3PMXA 3RNNA 4FECA 3K6WA 5T3TA 2L7AA 3C8GB 3CR9A 4N07A 3K2DA 5BWJA 1S7ZA 3B0VC 2GFEA 2E1SA 4U5FE 2DVZA 1LBZA 2X0CA 4NF6A 3KPHA 4IR8A 4G77A 2O51A 4NF0A 1MY2A 3UK4A 4IB4A 2VH3A 1MQVA 1B5HA 1BLFA 3MWBA 4DI3D 1VLSA 2Z8DA 4YAHX 4JE9A 3GZGA 3C18A 3FGSA 4NF8A 1QUJA 4WJ0A 5HM4B 1A54A 3UMKA 3FXRA 3VLVA 2CMOA 2F22A 2DWAA 1Q35A 2Q9BA 2HXRA 5H8NA 3HCQA 4BEMJ 5K2XA 2YPNA 1EYJA 3PUVE 1GS9A 1T6QA 4U1ZA 1TWHA 2NSFA 4O6YA 1B0HA 2XHDA 1B3FA 4RPOA 2A5TA 4LONB 3I6VA 3CEXA 5ET5A 2Q2AA 1HE9A 4IAQA 2XWIA 2XLOA 3LSLA 2WZLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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