The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
113
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sequence length |
261
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structure length |
261
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Chain Sequence |
MTHQTHAYHMVNPSPWPLTGALSALLMTSGLTMWFHFNSMTLLMIGLTTNMLTMYQWWRDVIRESTFQGHHTPAVQKGLRYGMILFIISEVLFFTGFFWAFYHSSLAPTPELGGCWPPTGIHPLNPLEVPLLNTSVLLASGVSITWAHHSLMEGDRKHMLQALFITITLGVYFTLLQASEYYEAPFTISDGVYGSTFFVATGFHGLHVIIGSTFLIVCFFRQLKFHFTSNHHFGFEAGAWYWHFVDVVWLFLYVSIYWWGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Redox-coupled crystal structural changes in bovine heart cytochrome c oxidase.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Oxidoreductase
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molecule keywords |
CYTOCHROME C OXIDASE
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total genus |
113
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structure length |
261
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sequence length |
261
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chains with identical sequence |
P
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 1998-05-26 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
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C | PF00510 | COX3 | Cytochrome c oxidase subunit III |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PA3 A; 5EBL C; 3SYO A; 2BOB C; 3SPI A; 2KB1 A; 5EC2 C; 3LDE A; 4RUE A; 4MVU A; 5CBF A; 2X6A A; 1K4C C; 2X6B A; 2X6C A; 3VOU A; 2HVJ C; 4R7C A; 3SPH A; 5IY5 C; 3K0G A; 4WFE A; 3FB6 C; 2Y69 C; 2ITC C; 4MVR A; 4PA7 A; 3BEH A; 3E8F A; 3FB5 C; 5KUM A; 4QE9 A; 3KG2 A; 3OR7 C; 2AHY A; 1KKD A; 2WLL B; 2EIL C; 2DWE C; 2HJF C; 2IH1 C; 2HFE C; 2WLH A; 2WLI B; 5B1A C; 1R3L C; 2R9R B; 3ASO C; 2ZD9 A; 3JYC A; 3K0D A; 1R3K C; 3LUT B; 4R6Z A; 1OCR C; 2ATK C; 1M56 C; 3E8G A; 4GX1 A; 4MS2 A; 3E8B A; 2Q68 A; 2ZXW C; 3OUS A; 1V55 C; 4J9Y B; 3SPG A; 3LDC A; 3E83 A; 2DWD C; 4MVQ A; 4MVM A; 3SYA A; 4H37 A; 4BW5 A; 4MVO A; 3AG2 C; 3ZJZ A; 3LNM B; 1R3J C; 3AG4 C; 2QKS A; 3ABM C; 4GX5 A; 1OCC C; 4GX0 A; 3K03 A; 1JVM A; 3K04 A; 2H8P C; 3F7V C; 4LBE C; 3ASN C; 4WFG A; 4PA4 A; 2Q67 A; 3UKM A; 3TET A; 4KFM A; 5BZB A; 5EBW C; 4P2Z A; 4G27 B; 5KUK A; 4WFH A; 1G4Y B; 3FB7 C; 3T4D A; 1P7B A; 1OCZ C; 3OUF A; 4JTA B; 4HYO A; 2WLN A; 3R65 A; 4RAI A; 1V54 C; 1ZWI C; 3E89 A; 5CBG A; 4PDM A; 4X8A A; 3STZ C; 4LCU C; 3SYP A; 3T2M A; 3OR6 C; 2ITD C; 4MVZ A; 4X88 A; 4OXS A; 3IFX A; 2OCC C; 4PDL A; 1BL8 A; 4RO2 A; 3F5W C; 2K1E A; 2A0L A; 3ABK C; 2A79 B; 3SPC A; 1OCO C; 4QE7 A; 3ZRS A; 4CBC A; 3LDD A; 4LP8 A; 3ABL C; 4JTC B; 5EBM C; 5B3S C; 2Q6A A; 5E1A C; 1XL4 A; 4XDJ A; 1J95 A; 2HVK C; 2DYR C; 4H33 A; 2EIN C; 4UUJ C; 4XDL A; 5EC1 C; 5CBH A; 4PDR A; 3T1C A; 3GB7 C; 1K4D C; 2QTO A; 3F7Y C; 2BOC C; 4X89 A; 3RW0 A; 1R3I C; 2DYS C; 1S5H C; 2IH3 C; 3E8H A; 4PDV A; 4ZBM A; 2HG5 C; 4JTD B; 1FFT C; 2EIM C; 4P9P A; 3X2Q C; 1QLE C; 4R50 A; 4HZ3 A; 3SYQ A; 1XL6 A; 4MSW C; 2EIJ C; 3SYC A; 4R8C A; 4MVS A; 4MTG A; 4MTF A; 4RUF A; 3RBZ A; 3K08 A; 3SPJ A; 4F4L A; 4I9W A; 2WLM A; 4J9Z B; 3SJQ C; 2WLJ A; 2P7T C; 3HPL C; 3STL C; 4P30 A; 4MW8 A; 1ORQ C; 4WFF A; 2W0F C; 4MW3 A; 5J9P C; 4XDK A; 5EK0 A; 3TCU A; 1LNQ A; 5B1B C; 3RVZ A; 3IGA C; 3UM7 A; 4GX2 A; 4PA6 A; 3PJS K; 3AG1 C; 3E86 A; 3EFF K; 4MTO A; 2WLK A; 3RVY A; 2Q69 A; 2AHZ A; 2WLL A; 2NLJ C; 3K06 A; 4P9O A; 3OGC C; 1M57 C; 4TWK A; 2JK5 C; 2WLI A; 2YEV A; 3AG3 C; 4G28 B; 4EKW A; 2EIK C; 4DXW A; 3WG7 C; 4QNH B; 2A9H A; 3T4Z A; 3FB8 C; 4PA9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3H2U A; 4DV5 O; 1YYJ A; 1I5N A; 2GWW A; 3AQC A; 1Q6H A; 1JJ2 U; 2K9P A; 3U3B A; 4E17 A; 2MWQ A; 3SPH A; 2QKA A; 1M90 W; 3LLI A; 4KNV A; 1IUR A; 1SR2 A; 3BEH A; 2W9Y A; 1Q7Y W; 2CNW D; 2M4E A; 2QGN A; 4PV1 B; 5GW7 A; 1VQ5 V; 4CS2 A; 3M79 A; 3IC9 A; 1TR2 A; 2WZF A; 4EIY A; 3C3T A; 3CCU V; 3JAS A; 1KB9 F; 4DR6 O; 3UGO A; 2M64 A; 3LDC A; 2X0L A; 4PR9 A; 5F5H A; 4CS8 C; 3E22 A; 1AVM A; 1Q3E A; 3VM6 A; 2JJ1 G; 1I08 A; 2H3O A; 2UUC O; 4DV1 O; 2R05 A; 4IAQ A; 4YT8 A; 5KYX B; 5JVD B; 1ORJ A; 3QO8 A; 1OW8 A; 2UUA O; 5LGT A; 3FYI B; 1V9P A; 2B1I A; 3ASN C; 2E76 B; 5BXZ A; 3UKM A; 4DUY O; 1CPQ A; 1ORS C; 2L6G A; 2L6F A; 1TA8 A; 3G6B A; 2OIG A; 1GN2 A; 4XEK A; 3SNH A; 3ZS8 C; 3DXR A; 3QF7 A; 4G2K A; 4DRI B; 3BRJ A; 3T6G B; 4CS4 A; 1ZHZ A; 3P3N A; 1BZ4 A; 3JAK B; 3HLZ A; 2XND G; 4RO2 A; 2D3O W; 3ABK C; 1ZL8 B; 1W2B U; 3PHF 2; 4TUY A; 3CAX A; 1MOF A; 2KQX A; 1HMD A; 1YJN V; 4BG0 A; 1NVP D; 1SRY A; 4NTW A; 4XDL A; 4DV3 O; 1Z23 A; 3NYM A; 2V4D A; 2QTO A; 3T1Y B; 1IBL B; 4LAC B; 2DYS C; 3ABK B; 2IM8 A; 3HB3 B; 2ZXR A; 3I5Q A; 1PD3 A; 1TWG A; 1FFT C; 2W0X A; 5A2Q N; 4FWV A; 3TUL A; 2Z15 A; 1YVI A; 1X4T A; 5E3C A; 3OD4 A; 4CDA A; 3O6X A; 1QCE A; 1HNX B; 4IJJ A; 4R8C A; 3IQC A; 3S29 A; 2FGY A; 2HUJ A; 5IJ9 B; 3K08 A; 3DXJ F; 4O6Y A; 4U5C E; 1BT8 A; 5BR8 O; 1W0K G; 3H1I H; 1H2M A; 3RYL A; 1THZ A; 1NH2 D; 3EHM A; 2J8W A; 5EK0 A; 4JRZ A; 3K58 A; 5KAF Z; 3NRH A; 4GKK O; 1Q0F A; 3WB2 A; 4M63 A; 5IYD O; 3FDQ A; 2Y0P A; 4DR1 O; 3CRM A; 4IAO A; 5DM6 V; 3E9V A; 4DV2 B; 1Y4C A; 2EZP A; 4HFK B; 2W6I G; 1W0J G; 4JYA B; 1T5O A; 3OEO A; 2EIK C; 4JUR I; 1GN6 A; 1VF7 A; 3HKE B; 3WG7 C; 2WA3 A; 1AI4 A; 1XUQ A; 2JIZ G; 5LP6 A; 5EBL C; 5IYZ A; 3LDE A; 1NBB A; 1UJW B; 5A9G A; 5FPO A; 3VOU A; 4DRJ B; 5K0I A; 2JS3 A; 3OW2 U; 1RKE A; 4R7C A; 2BL2 A; 3FB6 C; 1VMG A; 1G6U A; 4U7O A; 3RGB A; 5JJN B; 2VQE B; 1NFO A; 2LQT A; 5H6R A; 4CJO A; 4WGZ A; 2GDS A; 1OZ0 A; 2ZE8 A; 1MZF A; 2GUZ B; 1HP8 A; 3GWL A; 2CUG A; 2ZD9 A; 3K0D A; 5LHH A; 1XMO O; 2XLE A; 3ZG1 A; 1OCR C; 4ZIB A; 1M56 C; 4WCE V; 2FML A; 4MS2 A; 5FL7 G; 1XMQ O; 3N2K B; 4Q5S F; 4JV5 O; 1QU7 A; 4EBK A; 1JFF A; 2UUB B; 2CTR A; 2QWP B; 5CN0 A; 5JJJ B; 4BWA A; 4LWS B; 4E2L A; 3FAP B; 2Y4U A; 2GSM B; 2UXC B; 1PD1 A; 2PTM A; 4GX0 A; 2Q9C A; 1K40 A; 3CZ6 A; 4NQF A; 2VWK A; 2PY5 A; 3ETG A; 4Z1M G; 1Y74 A; 3CC2 V; 1YAR O; 2GA0 A; 5LOV B; 1RPO A; 4KFM A; 4FMT A; 4UB6 Z; 3DAF A; 2IBF A; 3HKB B; 4WFH A; 1DOV A; 3RYF B; 2YC0 A; 5C8Y B; 1N33 O; 2CCY A; 4ULV A; 1L0N H; 4C7U A; 4C3D A; 4X1I A; 1ZWI C; 2EBO A; 5D91 A; 5L3B A; 3EZI A; 2F4V B; 4MVZ A; 3J80 N; 3UMI A; 2QKC A; 4LFA O; 2A0L A; 2A79 B; 1FPO A; 4CBC A; 4F6R B; 1DGS A; 2M6Y A; 2WZG A; 3G50 A; 4FX5 A; 4O4L B; 4BJ5 C; 3HNK A; 3RQE A; 2R25 A; 1BQ0 A; 1OR3 A; 2BOC C; 1FXK B; 4X89 A; 1UFI A; 4O6N A; 1IBM B; 3DMD A; 1NU9 C; 2YKZ A; 4X65 O; 1Q90 D; 1H9G A; 2JGD B; 4YXW G; 3W7X A; 4U5E E; 1YA9 A; 2LIG A; 2JS5 A; 1OW6 A; 4W4L A; 3Q6N A; 1BGY H; 3ZN1 A; 1CEZ A; 4YJ2 A; 1V74 B; 3FAV B; 1FJG B; 1HW7 A; 3R7C A; 4JI5 B; 1I5X A; 4MW8 A; 4MW3 A; 2UXN A; 5IWA O; 1AUE A; 2Q4F A; 4O4I B; 1JOG A; 1T6Q A; 3C63 A; 4PJN A; 1XNQ B; 1SES A; 2HS5 A; 4PA6 A; 3MX3 A; 1ZAU A; 2LGW A; 1OCO B; 4MTO A; 3OGC C; 5LXT A; 5H6Q A; 1L7C A; 4B08 A; 5A69 A; 4G28 B; 1Z5V A; 5JUA A; 3T4Z A; 3Q6M A; 4LFB B; 3FKS G; 2X0C A; 2P4K A; 1WN7 A; 2BOB C; 3ATP A; 1IW7 F; 4DW1 A; 2KYH A; 4DK1 A; 2XLH A; 1PV0 A; 1NTM H; 4FM2 A; 5KX5 A; 3O39 A; 3CSX A; 5CIV A; 5CB4 A; 3K0G A; 5J2T B; 4CH5 A; 1ST6 A; 4EFE A; 4DVY P; 3FB5 C; 4I4T B; 3N24 A; 2A7W A; 2L9J A; 2W4M A; 2IH1 C; 1Q5O A; 2VQF B; 4BW9 A; 4EWC A; 5EIB D; 3CRA A; 1K33 A; 1B3Q A; 4I3M A; 4BIZ A; 1NTZ H; 2Q68 A; 1H38 A; 3L74 H; 4H37 A; 4BJT A; 4I55 B; 3EHB B; 2BTQ A; 2QTS A; 4CH6 A; 2Y0I A; 4RWU A; 4J7Z A; 3FVY A; 2AZ2 A; 3CC7 V; 1OCC C; 4I9Q A; 4B3T B; 1A7E A; 1D1B A; 1E2X A; 2P6V A; 5JH7 B; 1C02 A; 2YLG A; 3CEI A; 2UUI A; 1FFH A; 2PZS A; 4I50 A; 5KUK A; 4K0K O; 2YXY A; 2ZM6 B; 2D4U A; 2OYQ A; 1QQ3 A; 4LER A; 2QEX V; 2CAZ C; 4GUN A; 2GAQ A; 3EHN A; 5FCL A; 4BIO A; 3BAA A; 3SYN A; 1J5E O; 5A6B D; 5LMU B; 4DR4 O; 1N0J A; 5BUO A; 5JCO A; 2AXT Z; 2MW2 B; 4JTC B; 5F5F A; 2OEV A; 2LD6 A; 2B0H A; 4GKJ O; 5BQH A; 4K0D A; 2EUL A; 1KD1 W; 4RQE A; 1BHA A; 2HV6 A; 2JGU A; 1NKD A; 3GEI A; 1LIH A; 2AZ0 A; 1G4W R; 1XEQ A; 3JCU Q; 1IZM A; 4JZ2 A; 2XAF A; 2Y39 A; 3BVO A; 5HFL A; 2CDQ A; 2XLW A; 1NR1 A; 4JI4 B; 2ZR3 A; 3DJN B; 4JI1 O; 2JPU A; 4DV7 O; 1M2V B; 1HWY A; 4K3A A; 1CGN A; 2WLM A; 2ZIO A; 1JA8 A; 4B3M O; 3JSL A; 4P30 A; 2R7S A; 5JQG B; 3OMN B; 4DR3 O; 4BAY A; 5ITZ A; 2NUP A; 4O4H A; 1Z3I X; 3RVZ A; 1JPJ A; 5L3V A; 4C3B A; 5LMN O; 3PJS K; 3W8H A; 3UCS C; 3B09 A; 4ER9 A; 1SF9 A; 2AHZ A; 2WLL A; 2G3V A; 3C7J A; 2YEV A; 1YTF B; 4FFB B; 2DYR B; 1NJI W; 3QW1 A; 2OTL V; 3IAY A; 2ZDI A; 2A06 H; 5KLV H; 2WWW A; 4CIH A; 2EPK X; 1AJQ A; 2CH7 A; 2VCC A; 1F1M A; 3K9A A; 4X1Y B; 5IJ0 A; 4NTA A; 1QR9 A; 1O5H A; 2L6L A; 3UT5 B; 4J7K A; 4YIO A; 4NTF A; 2XLO A; 1WP7 A; 3NDB B; 4JI6 O; 2R7R A; 4OX9 B; 1VEW A; 1XNR B; 3B8N A; 3LUT B; 3JRM O; 2QM4 A; 1FMW A; 1XWJ A; 1K8A W; 2Z3Y A; 4MQ9 F; 2PNO A; 1US6 A; 1XDC A; 4FZ0 A; 1B06 A; 4AHC A; 5T1D B; 3TK1 A; 2P90 A; 3U9J A; 2QKS A; 5KHJ A; 1KQS U; 3DD7 A; 1Q0K A; 2OKU A; 5L0D A; 3K04 A; 1IX9 A; 1MNE A; 3AQB A; 3AG3 B; 1AI7 A; 3E35 A; 2XAS A; 5EBW C; 5EZY B; 4JAV A; 1VQ6 V; 4G27 B; 3BA9 A; 1R5I D; 1M1K W; 3FB7 C; 4DUZ O; 2YXL A; 5CA1 B; 4PDM A; 1WB8 A; 4FM0 A; 2YXH A; 3O65 A; 1HMO A; 4X88 A; 4TQD A; 1A7D A; 4IRU A; 3SPC A; 4LR3 A; 3ZRS A; 1MSD A; 2ARH A; 3T6B A; 3DI5 A; 3APO A; 1VIB A; 2WZL A; 1EKY A; 3IQ5 A; 3UMK A; 2JDI G; 3ZHT A; 1MMA A; 2ZCE A; 4D7T A; 1HNZ O; 4NTY A; 1MG1 A; 4O2B A; 1YAU O; 3RW0 A; 3S27 A; 1SQF A; 1PV3 A; 2Q73 A; 2J7P D; 4AIL C; 1WP8 A; 5DS5 A; 4E18 A; 1BHB A; 3Q7G A; 1I94 O; 4YT4 A; 4CSA C; 1GM7 A; 4LH7 A; 2QNL A; 3CMA V; 3RYI A; 1JAF A; 1K05 A; 2A6E F; 1AR5 A; 4BJ6 A; 2BE5 F; 5FPR A; 1SYQ A; 1MMD A; 3SYQ A; 5LL6 Y; 1FFX A; 1COW G; 1XRE A; 2NN4 A; 4MVS A; 5KMG B; 5L0C A; 1D1A A; 1TQG A; 3S84 A; 4JI7 B; 4WJ0 A; 1ENV A; 3SPJ A; 2N05 A; 1YXB A; 3MHH C; 1CGM E; 2NG1 A; 4U5D E; 2OWO A; 2J0X A; 4JAS A; 4YY3 B; 5IE9 A; 3I55 V; 4UB8 Z; 1YZA A; 3S0X A; 3GOR A; 1NU7 D; 2Q8V A; 3ETD A; 3HR0 A; 4JZG A; 4LF9 B; 3EG9 B; 2P0N A; 3LAY A; 3ABL B; 3CEX A; 1K9M W; 4OIO F; 4HEA J; 5AG2 A; 3CWB H; 1D5N A; 1NFN A; 4PI2 A; 2EIN B; 4WFB V; 3FB8 C; 3JAM N; 4OIP F; 1T6I A; 3C18 A; 3H01 A; 1FKA O; 4XPY A; 2OJQ A; 5HV9 A; 2ITC C; 2YIA A; 2XL6 A; 5KYX A; 4QJF B; 2OOC A; 5COM A; 5JVD A; 5C93 A; 1SMY F; 4H13 B; 2WLI B; 2QWQ B; 3JD4 A; 5EHH A; 2GTA A; 4W8P A; 4GX1 A; 2CGE A; 2JX0 A; 4U5F E; 3SPG A; 2P5O A; 3JSN A; 4UCV A; 1YF2 A; 1NG1 A; 1QQC A; 2E5L B; 4TOI A; 3LNM B; 3M8A A; 4LH6 A; 1IBK B; 2G38 A; 2LSE A; 3SGI A; 3AG4 C; 4FES A; 4O4J B; 2ASR A; 1N4C A; 2A69 F; 3CPW U; 3JAK A; 3K5N A; 3U5S A; 3ZHR A; 3EGX B; 3H9V A; 5HFM A; 2Q67 A; 2Q9L A; 5BMV A; 4DV6 O; 1Q82 W; 1VB5 A; 3JYY A; 3JYH A; 3POV A; 2R9I A; 2ZXO A; 3RIP A; 3OUF A; 4JTA B; 4X64 O; 2FL4 A; 4JI3 B; 1K04 A; 5CBG A; 2BE3 A; 3VRC A; 4OIQ F; 3U0C A; 3STZ C; 4CS9 C; 1QSP A; 3FX7 A; 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