The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
101
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sequence length |
291
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structure length |
280
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Chain Sequence |
PLTLLMTSSTSFSETINQWADILKTMEKFDSNPINLLELVKQFNLYVDELAITCEANNVWASTPNLFALYDNSGGEAIHGHAFVPYYKESIVLRRLFTVDPNTFNLSRFAAFEGPCQLYCAAHADSAWVKIQTLLTLGNGIINTLKIIKQAQAFGIDEAVTENLKALKEQFIAFQLAEADIKESLKAPSFAEPNKESEFFYPIDEKALAKMNGYQLATICLEELNSPKPSPLIERILSNKKFWKRINSAFESGVFKGRTDDPAGKIAKIREWHQLLQISG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Mechanism of Rab1b deactivation by the Legionella pneumophila GAP LepB.
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
Ras-related protein Rab-1B
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molecule tags |
Protein transport/hydrolase
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source organism |
Homo sapiens
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total genus |
101
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structure length |
280
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sequence length |
291
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chains with identical sequence |
D, F, H
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2012-11-21 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
B | PF18172 | LepB_GAP_N | LepB GAP domain N-terminal subdomain |
B | PF18227 | LepB_GAP_C | LepB GAP domain C-terminal subdomain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4I1O B; 4JW1 A; 4IRU A; 4JVS A; 4I1M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JCR A; 4TXQ A; 1N54 A; 3EU5 A; 3FUF A; 1QQE A; 2KXP C; 4GZ6 A; 2DB4 A; 1HG2 A; 4BES A; 4DRI B; 2OCC E; 2YHE A; 5JMN D; 1ZHZ A; 3MZL B; 4N3A A; 2G62 A; 3V5Y A; 3RFY A; 1DOW A; 3U3W A; 1JPL A; 1D9S A; 3S0X A; 3KSQ A; 1QVX A; 4BET A; 1Y6D A; 4IRU A; 2F0Y A; 2PF4 E; 2HSB A; 3ASG A; 1RKE A; 2PM6 A; 5G2N A; 1FFT C; 3ITF A; 1E85 A; 1SZA A; 5AQ9 A; 4YL0 A; 4U7E B; 3DI5 A; 4ACL A; 1OCZ C; 1KZP A; 3JZ0 A; 5ARG A; 1MQS A; 1YJG A; 3ESL A; 3N24 A; 3SFY A; 3UXG A; 4ATG A; 1HMD A; 3DKA A; 3Q5M A; 1TR4 A; 3M79 A; 1EQ1 A; 4JJG A; 1D1B A; 3PS6 A; 3LKU A; 4BJ6 A; 2XRH A; 5HKP A; 3SZR A; 3JSE O; 1XZQ A; 3UIO C; 4FU3 A; 4A2N B; 1S63 A; 3QC1 A; 3BG1 B; 3OTN A; 2OJQ A; 3KMI A; 4DX2 A; 4CDY A; 4GCN A; 2VSX E; 3Q75 A; 2J7P A; 4P6I C; 3B29 A; 5DBK A; 3AS5 A; 2LP4 A; 4I1O B; 1BZ4 A; 5AC4 A; 1Z23 A; 5CBN A; 2ETA A; 3F46 A; 4IAO A; 5FTP A; 3JCU Q; 2F22 A; 3RKO F; 4J8S A; 5EHH A; 3HXF A; 3UM3 A; 4GCO A; 1BI7 B; 2WXO A; 3UMI A; 4HRM B; 4Q5S F; 3ZYM A; 3HKK A; 3Q6N A; 3CVU A; 1CGN A; 2LUH A; 2R7U A; 2YQ8 A; 5CEA A; 4WAB A; 5FWQ A; 4IJJ A; 4RBN A; 2XEH A; 3IHU A; 4N2S A; 3ZHE A; 2IOS A; 1DCQ A; 4HI9 A; 4BJ1 A; 1Z6T A; 4M3O A; 3FDH A; 3FFL A; 1TWA A; 4XLP F; 3ZPJ A; 4ANW A; 2HSQ A; 3DPD A; 1J8M F; 4C3D A; 4YDY A; 5FT9 A; 5LOZ A; 2KZT B; 1H2T C; 5ENQ D; 3TWR A; 3W2V A; 1UJK A; 3S7D A; 3JQ0 A; 4MVR A; 2LCH A; 5LX8 A; 4UWL A; 2J8W A; 3OEO A; 1YCS B; 1EKY A; 2LAH A; 3GM1 A; 2L6J A; 4J0U A; 1FMV A; 2LIG A; 4UI9 J; 2PBE A; 1TJC A; 2J09 A; 4JA9 A; 4DX5 D; 5A69 A; 1P5Q A; 2AWI A; 3SGH A; 4AV7 A; 3ZIB A; 3D9O A; 3PH0 C; 4JTD B; 2M64 A; 3C98 A; 1HG5 A; 3H2V A; 4X0R A; 5KYX B; 3LAY A; 1SA4 A; 1NG1 A; 4GPM A; 2NUT B; 1Z3Y A; 2A68 F; 2RSE B; 1NLX A; 2H6G A; 4CS9 C; 3DEO A; 4EEC A; 3K1I C; 5J90 A; 1VTM P; 2LFF A; 1O3U A; 1BU9 A; 1IQU A; 1A7V A; 1OKK D; 4U5D E; 3C72 A; 4OD4 A; 3J5P A; 4TUM A; 3ATP A; 2I8B A; 4I43 A; 4BSX A; 4ME2 A; 4MVZ A; 2XLH A; 4RDA A; 1ZU4 A; 5JUA A; 3ECS A; 3HNJ A; 4I6G A; 3L1M A; 3VTY A; 3GZ2 A; 2WXH A; 3RKV A; 3U8P A; 1BR4 A; 3TWT A; 3FP3 A; 3TOL A; 3K7D A; 3L9T A; 4ILH B; 4HI8 A; 1YYX A; 3UM0 A; 3UT8 A; 1HW1 A; 3T8K A; 3ZU7 B; 4AEZ C; 4N5Q A; 3SO8 A; 3B7S A; 5JVE A; 1TNB A; 1SMY F; 4KBQ A; 4V3I A; 4AVX A; 4G8K A; 2EPN A; 1XWJ A; 3IHV A; 2UY1 A; 1V55 E; 3NKD A; 1IQR A; 4EBA G; 1OCR C; 1HS6 A; 1PAQ A; 2X38 A; 4JRZ A; 4R32 A; 3VYW A; 3LXU X; 2HM8 A; 3D9H A; 4Z9J A; 2KCV A; 4NTF A; 3FTU A; 3JYH A; 3KYJ A; 2QC9 A; 3E34 A; 2Q9A A; 1TNO A; 3AG3 C; 1Q0G A; 2YZS A; 3ZQV A; 3AOU A; 3PZ3 A; 4ILG A; 4GB9 A; 4FAD A; 1TNZ A; 4C3E A; 2V4H C; 1MMG A; 4XEF A; 1E86 A; 2CHZ A; 3BQO A; 4XPX A; 2GA0 A; 1TKN A; 2HV6 A; 2L81 A; 2QFC A; 1WAS A; 4HRN A; 2JEK A; 5G04 C; 1Y4C A; 3MKR A; 1GM5 A; 2A0B A; 1MMA A; 4O6N A; 4A3T A; 3UT7 A; 2XLE A; 1KZO A; 4JPS A; 1QNF A; 1QZ2 A; 4YK5 A; 3TWQ A; 4HQD A; 3WAQ A; 4HB5 A; 4FA6 A; 2NSF A; 1IHB A; 4GYO A; 3PE3 A; 1SYQ A; 2MWQ A; 4NCQ A; 1FMW A; 4OAV B; 1BR1 A; 2KZT A; 5T3R A; 5CEC B; 4E0H A; 3BEE A; 5B1A C; 3N0T A; 3QB2 A; 2J45 A; 4GTS A; 1MZC A; 2OJE D; 3D9N A; 4F1P A; 2CNW A; 2PX3 A; 2BKK B; 3ZQY A; 3B7U X; 1GW6 A; 4BY6 A; 2AJA A; 2P9K G; 3ISM C; 2I1J A; 4HEA J; 2ZXW E; 1RMV A; 2P0N A; 3Q7F A; 2RG8 A; 2GDC A; 4HLE A; 1J8Y F; 3FU3 A; 3SXK A; 3NAW A; 1E7V A; 4KVO A; 5J08 A; 5KYX A; 1VLT A; 4IB4 A; 4U5F E; 3MKQ B; 2NUT A; 2CCY A; 2WXL A; 3R7C A; 1OCO C; 4L2L A; 4YND A; 3FTS A; 1XNF A; 4DX6 D; 4FWV A; 2YIN A; 1MYO A; 1MND A; 1HE8 A; 4BJ6 C; 4DXW A; 3BUA A; 3G4Z A; 1G3N B; 1SF8 A; 5A6A A; 3KEZ A; 2WZL A; 5FIO A; 2E2E A; 3TJ6 A; 3GWL A; 1WGW A; 4XEK A; 3E32 A; 4J7W A; 5AAO A; 3RVZ A; 4DI4 A; 3GZ1 A; 3DE9 A; 4HBD A; 2PP4 A; 3T6J A; 2QZA A; 2WXK A; 2YWA A; 2C0M A; 5JJ7 A; 3DXM G; 1H6O A; 5L0C A; 2ILR A; 3CGH A; 2WQ6 A; 2XQ0 A; 2YNQ A; 2DVW A; 2R9R B; 3FH5 A; 4NTA A; 3ML8 A; 3ZSU A; 1GS9 A; 4Q4Z F; 1GQA A; 5ENO D; 2DI3 A; 1JOG A; 3S90 A; 2H6H A; 2LNI A; 3KKB A; 4JEH A; 5GPG B; 2EQX A; 4YWQ A; 3EGD B; 4C7O B; 3QZC A; 3IQC A; 2WXM A; 3CK8 A; 1M2O A; 2EIK C; 2J9V A; 2Y3H A; 3L08 A; 3PVL A; 4FHJ A; 1FVH A; 4DX1 A; 1Z5Z A; 4IWB A; 3L13 A; 5BV0 A; 1WY6 A; 5KYW A; 1S05 A; 1WG0 A; 3FUM A; 2J9U A; 2GRM A; 3VLD A; 3LEO A; 3ZVV A; 2VB6 A; 3SZ7 A; 3D9I A; 4CEM A; 4GEH A; 1APC A; 3JRT A; 1E7U A; 1XGW A; 3OWT A; 4MKT A; 3UKU G; 5D91 A; 1EA8 A; 4PK4 A; 3MEK A; 2OKU A; 2V4L A; 5KYU B; 3L82 A; 3SFZ A; 1SQM A; 1LE4 A; 3M4C A; 3TAX A; 3CAX A; 1N1C A; 5E3A A; 3TG4 A; 3TWW A; 3RO2 A; 2A5E A; 5A6B A; 5AIJ A; 5E76 A; 3CHP A; 2J0W A; 1KNY A; 3C8G B; 4WNE A; 3CVL A; 3UT4 A; 1RJ9 B; 4G25 A; 3IQ5 A; 4HOS A; 2V8S E; 3GM3 A; 4K7B A; 5FZS A; 3F6Q A; 4J7Y A; 1A7E A; 4BJ5 A; 5BPP A; 1T9K A; 3T9K A; 4HOR A; 4LDQ A; 2XM4 A; 1U3C A; 3LPZ A; 4FES A; 3W8I A; 3G50 A; 1B89 A; 5AQ7 A; 3R9M A; 4MVO A; 1EPU A; 4BT9 A; 2BL2 A; 2QNL A; 1OCR E; 2EPO A; 1NP7 A; 5L0I A; 4CDA A; 2XL4 A; 1M2V B; 3C8G D; 2Y69 C; 2HV7 A; 2LQG A; 2YQY A; 1MX4 A; 3AG3 E; 4FLH A; 4BJT A; 1K04 A; 3QTH A; 3JXI A; 2GRO B; 4QDL A; 2HO1 A; 3ZDL A; 3Q9U C; 3MV3 B; 1OY3 D; 3ULE G; 4N2Q A; 3V5X A; 2KSF A; 1NFN A; 3I4U A; 4OIN F; 1NA3 A; 4GML A; 3Q7G A; 3CEQ A; 2FO7 A; 1ZYR F; 3NBN B; 2CHW A; 4I6E A; 4YL1 A; 1OW7 A; 2XRY A; 3KH2 A; 3DEP A; 2L6G A; 4A1S A; 1N4P A; 3D9P A; 4YVQ C; 1O1T A; 4K0R A; 4UQX A; 3LEV A; 3FU6 A; 3KEA A; 3L22 A; 4HE8 D; 3QKY A; 4AE4 A; 4GTV A; 1D8E A; 2WXN A; 1IKN D; 5B1A E; 3LLI A; 1ZHX A; 3DWL G; 2KGO A; 2QY7 A; 3JXJ A; 1E8W A; 4FLB A; 4OYS A; 3FOO A; 4MQ9 F; 4U9E A; 4EBK A; 3SXY A; 4JZA A; 4CCA A; 4ZLC A; 3AU5 A; 4K5C A; 2R7T A; 4XPW A; 4GA2 A; 2R7V A; 4CBE A; 4O6Y A; 2WVQ A; 4FJZ A; 4ACK A; 2P61 A; 3V2O A; 3RF3 A; 2J07 A; 5JSL A; 4TV3 A; 4WAF A; 4F6R D; 2GRN B; 1NZE A; 1MX2 A; 1NA0 A; 1Z5S C; 5BUO A; 3T9O A; 1VYK A; 1BD8 A; 1EYH A; 2WXG A; 4JKV A; 1OCO E; 3ONK A; 4C7O A; 2L0I A; 3SI5 A; 2VCB A; 3S29 A; 1WAO 1; 2F8X K; 3DAG A; 2ZGG A; 3QAR A; 1S64 A; 3RIB A; 4I44 A; 1JCQ A; 2HJM A; 1OW8 A; 3MJW A; 1MMD A; 2GWW A; 2PM7 A; 1UG7 A; 4NQ0 A; 3QVY A; 1TEZ A; 2YL3 A; 2G3V A; 2BC5 A; 4O7G A; 3DSV A; 2Y3B A; 5B1B E; 2L6H A; 5KYU A; 2MOW A; 2H8A A; 1UN9 A; 5CER B; 5EIB E; 1U89 A; 3IHY A; 2KC7 A; 4BEM J; 4M63 A; 3EHN A; 4KI2 A; 3FAJ A; 2LO6 A; 4TXR A; 2LXM A; 4AX2 A; 3BRJ A; 1O5H A; 4U8Y D; 2IXN A; 5BUZ A; 3UGP A; 4KZ0 A; 2DCP A; 1QSP A; 1RJ9 A; 4JD2 G; 2C2L A; 1CGM E; 3L8J A; 4O1P A; 3HG0 D; 2OOC A; 4DVY P; 2LSE A; 4K5A B; 1VLS A; 2NSG A; 3SXZ A; 3MCX A; 3O4Z A; 3ASN C; 3EFO A; 1U6H A; 1K8K G; 4I2Z A; 5C2Y A; 1ORY A; 4RSY A; 2EIK E; 1T01 A; 4G1T A; 2WM9 A; 4KNW A; 2YLI A; 1Q0D A; 3L54 A; 3TWX A; 2ZGD A; 4C48 B; 3V31 A; 5LCW C; 4O6F A; 2VGX B; 4GMJ A; 5KYN A; 3B7R L; 4NTB A; 4KZC A; 1G5Z A; 2WXQ A; 4NC3 A; 2XGS A; 3Q7A A; 3MBG A; 2X6J A; 5G55 A; 3FXH A; 3CEX A; 4HOQ A; 3Q9N C; 3AAA C; 1LM3 B; 2HMZ A; 3NG1 A; 1E8Y A; 5E3C A; 2ASR A; 3KD7 A; 5CI8 A; 1EDU A; 4AOF A; 3VLF A; 4YJW A; 1D1C A; 3IEG A; 4XZ4 A; 4DBR A; 3CSK A; 3ZNG A; 2HFI A; 2R03 A; 3JT1 A; 1SW6 A; 3WXX A; 5BNW A; 5ENS D; 1FTS A; 5EK0 A; 3IV0 A; 1HU3 A; 3U9W A; 3AS4 A; 1I4Z A; 1ELK A; 5CRU A; 3AG1 C; 3P1U A; 2Y69 E; 1T6I A; 4XPY A; 1V74 B; 4Q94 A; 4DRJ B; 3FEX A; 3QWP A; 4B0Z A; 4LUN U; 3V7O A; 4BEP A; 4L1B A; 2QY9 A; 5JT4 A; 3AGU A; 4XEI G; 1SA5 A; 2VSN A; 3QNK A; 5AJD A; 2UUI A; 5EYP F; 1IW7 F; 4GZ5 A; 3TXN A; 4EHP A; 3K6B A; 4JL0 A; 3B7T A; 2X6H A; 3Q47 B; 3S2A A; 3FWV A; 2IXO A; 3R9A B; 4BJ5 C; 4W8K A; 3FEY A; 4KT6 B; 1WOL A; 3EU9 A; 2YLG A; 3EDT B; 4APF A; 3ZN3 A; 2NUP B; 4HNA D; 5DVW A; 2BKG A; 3T8M A; 4JVS A; 5E2Q A; 1NZN A; 1O1S A; 2P9U G; 3UTM A; 3EIQ C; 4G7H F; 4U0U A; 2AU5 A; 3FH8 A; 2IOL A; 3CHQ A; 4J30 B; 2LSV A; 3ZUV B; 4OVV A; 3JQ1 A; 5T8I A; 4WUY A; 1RW2 A; 2IBF A; 1Q2Z A; 3IKO B; 3TWV A; 3AG4 C; 2XZD G; 3AQB A; 3TUL A; 1N0R A; 2IF4 A; 2A6E F; 4Z9H A; 1AVO B; 1VK5 A; 2L7A A; 3WG7 C; 2W9Y A; 4OAU C; 1OWL A; 4G8L A; 4EPZ A; 2L0T B; 3NOG D; 3GEH A; 5KJK A; 1HY5 A; 1EF1 C; 2NSZ A; 4MW3 A; 2OVF A; 2R25 A; 3UPV A; 3JCK C; 5C1D A; 3TD7 A; 3HXB A; 2VYI A; 1TFO B; 1NU9 C; 2KC3 A; 1HMO A; 4JZY A; 3RQF A; 3DM5 A; 4GYT A; 2PNO A; 1UFB A; 2EIN C; 2WVN A; 3OAW A; 3GM2 A; 4AJW A; 1VOM A; 4NUR A; 3CHR A; 3CHO A; 4U04 A; 2V5F A; 3CQG B; 1S70 B; 2WB7 A; 5BQG A; 2EIM C; 2YKZ A; 3B0V C; 3ESK A; 4EQF A; 3A11 A; 3AS8 A; 3IXE A; 2F8Y A; 4MBG A; 3FUH A; 2V0P A; 3S7F A; 4G24 A; 4BTB A; 2VCC A; 3JYS A; 3U4T A; 1ZHW A; 1MMN A; 4HRL A; 3QWV A; 3NYM A; 3KS2 A; 5KNG A; 2WXI A; 5CED B; 4LNG A; 3TJP A; 1YZA A; 4F53 A; 1OCC C; 1L3P A; 4DJ9 A; 4DBQ A; 3AU4 A; 3ASN E; 1HF8 A; 2IEJ A; 3SHF A; 2Z15 A; 3L16 A; 2XEV A; 2IU1 A; 3FTZ A; 3Q49 B; 4EIY A; 5A6K A; 3G2S A; 4HVB A; 4DVZ A; 2M63 A; 4JJF A; 2XLO A; 4FX5 A; 4MW8 A; 1E8Z A; 3DXK G; 4PJN A; 4C3B A; 1O87 A; 1YMP A; 4B89 A; 4YT8 A; 3PDM P; 3ZKJ A; 3HXE A; 3ABK C; 4GPK A; 4AY6 A; 3SXM A; 3GW4 A; 4XQ1 A; 1KTM A; 5G05 C; 1OXB A; 3M15 A; 3CK9 A; 3SQV A; 1LVK A; 1F1M A; 5G04 J; 1GGQ A; 2XLD A; 4XLN F; 2X51 A; 1TN7 A; 4PJL A; 4JTA B; 4P29 A; 4EBA A; 4HOU A; 2FO1 E; 4RLY A; 4N6C A; 3QVZ A; 2XCC A; 2YL7 A; 3RO3 A; 2LSU A; 2XXA B; 5L0D A; 2WXF A; 1BI8 B; 2Y4U A; 3FTW A; 1RXQ A; 2J0X A; 3AG2 C; 4LAC B; 3CK7 A; 2NUP A; 3DJN B; 2RD0 A; 3ASF A; 1TYQ G; 1FCH A; 3NRH A; 2KQ9 A; 4N5C A; 5DS6 A; 3ZEF A; 4KNV A; 3RSE G; 3DAF A; 4FC8 A; 4MS2 A; 3AG1 E; 3RQE A; 1WDY A; 3PEU B; 3UMH A; 3IEE A; 1N94 A; 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