The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
115
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sequence length |
261
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structure length |
261
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Chain Sequence |
MTHQTHAYHMVNPSPWPLTGALSALLMTSGLTMWFHFNSMTLLMIGLTTNMLTMYQWWRDVIRESTFQGHHTPAVQKGLRYGMILFIISEVLFFTGFFWAFYHSSLAPTPELGGCWPPTGIHPLNPLEVPLLNTSVLLASGVSITWAHHSLMEGDRKHMLQALFITITLGVYFTLLQASEYYEAPFTISDGVYGSTFFVATGFHGLHVIIGSTFLIVCFFRQLKFHFTSNHHFGFEAGAWYWHFVDVVWLFLYVSIYWWGS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The whole structure of the 13-subunit oxidized cytochrome c oxidase at 2.8 A.
pubmed rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase (cytochrome(c)-oxygen)
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| molecule keywords |
CYTOCHROME C OXIDASE
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| total genus |
115
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| structure length |
261
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| sequence length |
261
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| chains with identical sequence |
P
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-04-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00510 | COX3 | Cytochrome c oxidase subunit III |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WLN A; 3LDD A; 3OUF A; 2HVK C; 3EFF K; 4R50 A; 4MSW C; 5EC1 C; 3JYC A; 5EBW C; 3SJQ C; 2P7T C; 4XDK A; 3SYP A; 3OR7 C; 4X8A A; 2ZXW C; 4R7C A; 2QKS A; 1J95 A; 1XL4 A; 3HPL C; 3T1C A; 3E8F A; 1V54 C; 1JVM A; 4MVS A; 3RVY A; 4DXW A; 2IH3 C; 2WLL B; 3F5W C; 4P9O A; 3ABM C; 3SPI A; 4CBC A; 3OR6 C; 2KB1 A; 4MVQ A; 4P9P A; 4EKW A; 3K0G A; 5J9P C; 2WLI B; 3F7Y C; 2YEV A; 4JTD B; 3STZ C; 1QLE C; 5EK0 A; 4J9Y B; 2EIL C; 2DWE C; 4JTC B; 3SYA A; 4RO2 A; 3VOU A; 3SPH A; 4UUJ C; 1FFT C; 5IY5 C; 2BOB C; 4P30 A; 5B1A C; 1P7B A; 3E8G A; 3E86 A; 4PDV A; 3FB7 C; 3K04 A; 3FB8 C; 5E1A C; 3LDE A; 4LP8 A; 3SYO A; 3T4Z A; 3STL C; 1LNQ A; 4GX2 A; 4GX0 A; 4H33 A; 2A9H A; 2EIM C; 3FB5 C; 1K4D C; 3IFX A; 2IH1 C; 3K0D A; 3T4D A; 4GX1 A; 4MVR A; 1OCZ C; 4MVZ A; 4I9W A; 3SYQ A; 5CBG A; 4XDJ A; 4OXS A; 5B3S C; 3E8H A; 4XDL A; 4PDR A; 3K06 A; 4PDL A; 3SYC A; 3TCU A; 2H8P C; 2WLM A; 3X2Q C; 3ZRS A; 3SPJ A; 5CBH A; 4RUF A; 4TWK A; 3KG2 A; 4QNH B; 3LUT B; 2EIJ C; 4PA7 A; 1OCR C; 2Y69 C; 3AG4 C; 2X6A A; 4HYO A; 4KFM A; 3ABK C; 4MS2 A; 3F7V C; 3K03 A; 3LNM B; 3UM7 A; 4MVO A; 1R3J C; 3PJS K; 2OCC C; 2ITC C; 5B1B C; 2W0F C; 4R6Z A; 4WFG A; 4LBE C; 4G27 B; 4WFH A; 1ORQ C; 4BW5 A; 4H37 A; 4GX5 A; 2HG5 C; 3ASO C; 1XL6 A; 4ZBM A; 1R3L C; 4F4L A; 2QTO A; 2DYS C; 4QE9 A; 2WLK A; 3K08 A; 2X6B A; 4MW8 A; 4X89 A; 2BOC C; 2Q69 A; 2Q68 A; 3TET A; 1M56 C; 2AHZ A; 3SPG A; 3UKM A; 1OCO C; 2R9R B; 5EBM C; 5KUK A; 1R3I C; 3ABL C; 4QE7 A; 1R3K C; 4LCU C; 3E8B A; 2EIK C; 3LDC A; 4PA4 A; 5EBL C; 3RW0 A; 1V55 C; 4MTO A; 4PA6 A; 3E89 A; 4MVU A; 3SPC A; 1BL8 A; 3AG3 C; 3FB6 C; 3R65 A; 2WLL A; 2ZD9 A; 3RVZ A; 4P2Z A; 2ITD C; 2A0L A; 3E83 A; 4MW3 A; 2WLI A; 4MTG A; 1G4Y B; 3BEH A; 4PDM A; 4R8C A; 4RUE A; 2NLJ C; 2Q67 A; 4G28 B; 3OUS A; 4X88 A; 1S5H C; 2ATK C; 2WLJ A; 2X6C A; 2EIN C; 3IGA C; 4RAI A; 2DWD C; 1M57 C; 3AG2 C; 4WFE A; 2HVJ C; 2HFE C; 2Q6A A; 1K4C C; 1OCC C; 2WLH A; 3ASN C; 3GB7 C; 4JTA B; 2HJF C; 4PA9 A; 5CBF A; 4MTF A; 3T2M A; 2AHY A; 4WFF A; 2K1E A; 2JK5 C; 5EC2 C; 5BZB A; 3WG7 C; 4PA3 A; 1KKD A; 5KUM A; 2DYR C; 3RBZ A; 4J9Z B; 3AG1 C; 3ZJZ A; 3OGC C; 1ZWI C; 4MVM A; 2A79 B; 4HZ3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XEQ A; 2YC0 A; 3HNI A; 1NTK H; 4J80 A; 1D0X A; 1Q0D A; 2L9J A; 3B8N A; 5TIS Z; 3NDB B; 4AL0 A; 1E85 A; 2ZQM A; 2Q7G A; 3M79 A; 1V54 C; 1U89 A; 2BSK B; 2DMX A; 3HJC A; 2ICW G; 4BR6 A; 2JS5 A; 5CA1 A; 4R32 A; 1ZW3 A; 1M56 B; 2XS8 A; 1Q6I A; 1RSO A; 4JI8 B; 4KNV A; 2ZE5 A; 5L3V A; 1NTZ H; 2AW9 A; 1P7B A; 3M99 B; 3K04 A; 2R7R A; 2QGN A; 1AI7 A; 1JJ2 U; 3I5Q A; 3FB5 C; 3L75 H; 1S7Z A; 3JAR B; 3GWN A; 5AGF A; 2H7V C; 4XEK A; 1QVX A; 5B1O A; 2ZNI A; 2EIN B; 5CI9 A; 5T3T A; 4NC3 A; 1RMV A; 2W9Y A; 2E5L O; 1WB8 A; 1P84 F; 4XDL A; 4TQF A; 3EQL F; 1RXQ A; 2DB4 A; 1W0K G; 5KAI Z; 1DTO A; 4IT5 A; 1PNM A; 3T4R A; 4UV8 A; 2QR4 A; 4IHJ B; 3F7V C; 3UM7 A; 3TGU H; 4GLX A; 3OFN G; 4WGZ A; 1N36 B; 2KSD A; 3NKD A; 2Y0I A; 1NLX A; 5F5F A; 2FTK A; 1ARO P; 4DR7 B; 2AZ0 A; 4ZI7 B; 3B0U X; 2G3V A; 4BW5 A; 4K35 A; 4X9Q A; 5JSL A; 1Q0F A; 3ZRW B; 4JJG A; 2EPM X; 4DBQ A; 4X64 B; 2Q68 A; 3EFO B; 4FAP B; 2Q7H A; 3L71 H; 5H9C A; 3UKM A; 3NYJ A; 2R9R B; 1HNZ B; 5A2Q N; 5HSW A; 4FIP C; 1MMN A; 2ZD9 A; 1NTM H; 5C8Y A; 1NS1 A; 4ZHQ B; 4O6Y A; 4RUE A; 4O6N A; 3JAK A; 4RBN A; 1JMK C; 3NYL A; 2HKO A; 3JCU Q; 3EGX B; 1HW1 A; 4JGS A; 1NBB A; 2YS8 A; 3A0B Z; 3QF7 A; 4J7T A; 1SF8 A; 4LDK A; 2Q6A A; 2WLH A; 3U2M A; 4JTA B; 2PNO A; 4LF8 B; 3T1H O; 2KQX A; 2PYJ A; 4NTF A; 3S27 A; 1R6N A; 5JJE B; 2IU0 A; 1Q82 W; 1VMA A; 3H65 A; 3RYL A; 2LO1 A; 4FM0 A; 4TOI A; 2OIG A; 4UFZ A; 1GTO A; 4JZG A; 2XOK G; 4HEA J; 3QW1 A; 5DS4 A; 4WBN A; 1SQG A; 5TJ5 E; 1AR5 A; 4NB5 A; 3SJQ C; 1P7G A; 2YVK A; 2LP4 A; 2OU6 A; 1H2K A; 4D6T H; 4BIO A; 1M57 B; 1YVW A; 3E8F A; 4A4A A; 4EB6 B; 4B3S O; 1TWG A; 3CSX A; 4JI6 B; 3UR3 C; 1U96 A; 2JS3 A; 3CEI A; 3DC6 A; 1LE4 A; 3HKB A; 2Q73 A; 4FJC C; 2YIB A; 3CE2 A; 1LUV A; 2QUP A; 5IE9 A; 3AJM A; 3W7S A; 1VYK A; 3ZBH A; 1XMQ O; 2J0X A; 2L6F A; 2YXH A; 1NFN A; 4KNW A; 1JPN A; 1XOU A; 2GSM B; 3ABT A; 1EI7 A; 1WLE A; 4XPW A; 3RFR A; 3UMI A; 3CX5 F; 2KJG A; 2J46 A; 1HMO A; 4Z2W A; 4PFO A; 1VTM P; 2LIG A; 3N2G A; 1GM5 A; 3KYI A; 2YLD A; 2CTR A; 4ZLD A; 4PDR A; 1P49 A; 1Y74 B; 4I50 A; 4UCT A; 3O39 A; 3ZRS A; 1K92 A; 1R6T A; 4LLC A; 4KHP B; 1H6G A; 2WVN A; 2Y0P A; 4YJW A; 2LJ2 A; 1UFB A; 5LMU O; 2J0W A; 3AG4 C; 3POV A; 1PV0 A; 2F93 B; 2YIC A; 1K7D A; 5LP6 C; 5DN6 G; 1FXK A; 1Q6U A; 1HY5 A; 4FFB A; 4DV4 O; 1CGN A; 1ORQ C; 4I0X A; 1QSP A; 2GTA A; 2GDC A; 3B0P A; 1Z3I X; 1GMG A; 4F6R A; 4WAB A; 1SRY A; 3ZED A; 1NU7 D; 1O87 A; 4I1M A; 5HFM A; 1KP3 A; 4MW8 A; 2HHH B; 2BOC C; 3SGI A; 5D5P A; 3SPG A; 4JCZ A; 1XQ8 A; 5LXT A; 2XLE A; 5K1P A; 4KXR A; 1Y6D A; 2BTO A; 4X66 B; 3G6B A; 2DQ3 A; 3HKE B; 5IJ9 A; 4LF6 O; 1LVK A; 1G4Y B; 2YL1 A; 3GWK C; 2K9P A; 3HKC A; 3ETE A; 1J8M F; 1NZE A; 4X88 A; 2WLJ A; 5KYX A; 2E76 B; 2ETS A; 2NUP A; 4U5E E; 1VQ9 V; 4LF4 B; 4QIW F; 1ZAU A; 1OCC C; 1TWH A; 5LMN O; 5EC2 C; 4X1I B; 5D91 A; 4J11 A; 3ZMS A; 3WG7 C; 1VEW A; 2L7A A; 5CB4 A; 3A11 A; 2EX3 A; 3E22 B; 3TJT A; 1WN0 A; 3G4X A; 3C3T A; 3JAL B; 1ZWI C; 4IYI A; 5KAF Z; 2EPK X; 1N8R W; 4QI2 A; 1K9M W; 2P5O A; 1B68 A; 2Y3H A; 2LSE A; 5KA6 A; 4XDK A; 1S77 D; 4EBK A; 3SJC C; 4L8J A; 5L0C A; 3J7A U; 3ASO B; 2YL3 A; 2WSS G; 1NQT A; 3TOL A; 1PNL A; 2YXY A; 3ABM C; 4JI5 B; 4LLE A; 1YA9 A; 2W6J G; 3M8A A; 3IC7 A; 1K34 A; 5F2V O; 2LFR A; 4BJ6 C; 3BCC H; 5IYC O; 3P30 A; 1NR1 A; 2HSQ A; 1S05 A; 5CN0 A; 1RM1 C; 5JQG B; 4CJO A; 4U3F H; 2CDQ A; 3UMH A; 3QO7 A; 5IDJ A; 1LI7 A; 4KC9 A; 2R7Q A; 5LBQ A; 5B5E Z; 4JYB A; 1JQ0 A; 3AG2 B; 4XDJ A; 3ZN1 A; 4PR9 A; 4J32 B; 2JEX A; 5DS6 A; 2PY5 A; 1H9T A; 2AWC A; 5JUA A; 3SPJ A; 1AB3 A; 2RCV A; 1HWY A; 1MSW D; 3BA8 A; 3LUT B; 2GUZ B; 4YL3 A; 2R7T A; 5IY5 B; 2NSF A; 2RD9 A; 1URF A; 3SXK A; 4JAU A; 1XNQ O; 2OCC C; 3N2K A; 1LPE A; 4R6Z A; 4IB4 A; 4G27 B; 1UFI A; 3I56 V; 2J9V A; 4DR3 O; 2ARH A; 4RQE A; 4X65 B; 1MMM A; 3IHU A; 3AEI A; 2A68 F; 2D5R B; 4E17 A; 1Y4C A; 2YSU B; 5KYW B; 4K0K O; 3ZHT A; 2JGD B; 1JX9 A; 2ADQ B; 4Q20 A; 1R3I C; 4QE7 A; 4PA4 A; 1GKF A; 3ZRX A; 4MTO A; 3LSS A; 2BC5 A; 3E89 A; 1M90 W; 2HMQ A; 2LD6 A; 3C62 A; 4IJJ A; 4EBB A; 2Y69 B; 1FJG B; 1N33 B; 2PX0 A; 1ZL8 B; 1D1A A; 3P3P A; 3X1O A; 2CH7 B; 1S5J A; 5JJJ B; 1VYI A; 4DR6 O; 4PK4 A; 2FKX A; 2R70 A; 4DUY O; 3CCV V; 4TV8 B; 1VQM V; 4DV3 O; 2QE9 A; 4U7N A; 2LP7 A; 4AQY O; 3KZI Z; 4FM2 A; 4HFK B; 1WP8 A; 4JI7 B; 2XAQ A; 2HLD G; 4FLX A; 2XL6 A; 3I5P A; 3B09 A; 4Z1M G; 5KLV H; 3OEE G; 2K1E A; 3JAR A; 5BR8 O; 3ETG A; 3SJB C; 4J41 A; 5H5N A; 1M2V B; 1WA8 B; 1Y76 B; 1YZA A; 3CQZ A; 2R7S A; 2EIK B; 1CGO A; 1G4W R; 2A0U A; 3BRJ A; 4JI1 B; 2YDE A; 4MVM A; 2A79 B; 3H2V A; 2FB5 A; 2VWK A; 1IVS A; 4TUY B; 2ZXO A; 4AE4 A; 2P7T C; 2OIE A; 5EZY B; 2CGE A; 3V5Z A; 5L0D A; 4IHJ A; 1VF7 A; 3OR7 C; 4UXN A; 4X1K B; 1UJW B; 3CCS V; 2PF4 E; 1G4U S; 4Q6G A; 3D36 C; 4BJ5 A; 2DYS B; 1XHX A; 4FM1 A; 4ZI7 A; 3F7Y C; 3JD4 A; 4JTD B; 5LL6 Y; 4UB6 Z; 1SC5 B; 4DRJ B; 3H2U A; 2YQY A; 4ANJ A; 2EIL C; 4D7S A; 1L3P A; 1KKC A; 4YK5 A; 1L8D A; 4JV5 B; 1FFT C; 3SNH A; 3GVM A; 3G6E V; 4YL0 A; 1WP7 A; 4CH5 A; 2XL4 A; 3E8G A; 2F66 C; 4DW1 A; 3EFO A; 4PV1 B; 1O9H A; 3HLZ A; 1E86 A; 1LNQ A; 2PP4 A; 3OTO B; 2CGN A; 3K0D A; 3ETD A; 4UCS A; 4CH4 A; 5L3B A; 4JYA O; 2IXM A; 1F51 A; 4MVZ A; 2UXD O; 1NI8 A; 3EH2 A; 4E18 A; 4ZHQ A; 1BQZ A; 4C3E A; 4LF7 O; 1Y4M A; 2QWN B; 2VQE O; 3S3W A; 1LUW A; 3DC5 A; 2Q9L A; 3EGX A; 1TAE A; 3BHP A; 3S0X A; 2R9I A; 3HNK A; 4CJG A; 2XL8 A; 4UVA A; 2M4E A; 4U5D E; 5A9G A; 4LFA O; 4ULW A; 4QPJ A; 5D92 A; 2YIB D; 4GKJ B; 1N1C A; 2QNL A; 1COW G; 4DOZ A; 4O4J B; 2ODM A; 1OW6 A; 4ASU G; 1JR9 A; 3UGO A; 4O4L B; 1SKV A; 2AHZ A; 4Q7C A; 2KNH A; 3OEH G; 3O55 A; 1SQP H; 1T01 A; 1Q43 A; 2EIJ B; 2HJD A; 1OCR B; 3FB6 C; 1RFY A; 3J81 N; 2HJM A; 5LOV B; 4EB6 A; 2YWA A; 2JVD A; 1Z7Q c; 1MMD A; 4NTX A; 4X1Y B; 3D3Q A; 3KH2 A; 1O5H A; 5BQI A; 4DV5 B; 1Q0M A; 4JW1 A; 2RMK B; 1C17 M; 2YRF A; 1OCZ B; 2QM4 A; 3IAY A; 4LF5 B; 3AQC A; 4OIN F; 3SP1 A; 5IWA O; 4E0I A; 4Q5S F; 3C7J A; 3GM2 A; 3H1J H; 2AHY A; 2J8W A; 3UO2 A; 3W8I A; 3OTF A; 3RQF A; 4L87 A; 2LW1 A; 3L74 H; 3TXQ A; 4DVZ A; 5DQZ A; 5EHH A; 5BQG A; 1Q5O A; 2V1D A; 1Y74 A; 1XZP A; 4HZ3 A; 3U8V A; 1MMA A; 3DJU B; 1K5S A; 4ABM A; 3RYC B; 1WNS A; 3ZTZ A; 4C3D A; 3LNR A; 3JYC A; 4NXM B; 1XI1 A; 2OEX A; 1Q86 W; 1AVO B; 1UG7 A; 1IBL O; 4K1O A; 4R7C A; 1MND A; 1J95 A; 3HPL C; 3CS5 A; 5GTI Z; 1I5N A; 4EKW A; 4P9P A; 3FAV B; 4C3B A; 3M4B A; 2ZXR A; 1VQO V; 3JRT A; 2P7V A; 3RH3 A; 2DWE C; 3VOU A; 3JAM N; 1TFK B; 2LGQ A; 4U5H A; 3B77 A; 4J30 B; 2R7W A; 2ZDI C; 2VQF O; 4YT4 A; 5KYY A; 4LH7 A; 3SEO A; 3LDE A; 1TUB B; 2UUB B; 4GX2 A; 3DAG A; 1I4Z A; 4Z1V A; 2IH1 C; 2A6E F; 3KYJ A; 4X64 O; 2WL8 A; 1F4M A; 3HKE A; 4UV9 A; 3SXM A; 2YID A; 2UXC O; 4DVY P; 2IM9 A; 1HNZ O; 4L6R A; 5AG2 A; 2P6V A; 3OGI B; 4EFE A; 2I8B A; 3ASN B; 3PDM P; 1TA8 A; 4IAQ A; 1QVG U; 2HKV A; 4JAA A; 2GV9 A; 3RFY A; 3U0Z A; 3ICX A; 1GM9 A; 4KL1 A; 2AVK A; 4JVS A; 3OE7 G; 3PJS K; 4X1I A; 5B1B C; 1GQA A; 4IGG A; 3E22 A; 5L0G A; 1VQN V; 3JD0 A; 3JAL A; 3ZHQ A; 4LDQ A; 2VWJ A; 4H54 A; 2E87 A; 3JSL A; 1XWJ A; 5KX5 B; 4N6H A; 1NU9 C; 3M7M X; 5EBL C; 3RYI B; 1V55 C; 4WF9 V; 4JI4 B; 5KHH A; 3AG3 C; 1IBK B; 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