The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
43
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sequence length |
157
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structure length |
142
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Chain Sequence |
GSHSYSITTPSQFVFLSSAWADPIELINLCTNALGNQFQTQQARTVVQRQFSEVWKPSPQVTVRFPDSDFKVYRYNAVLDPLVTALLGAFDTRNTLDATRRVDDATVAIRSAINNLIVELIRGTGSYNRSSFESSSGLVWTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Conformations and Interactions of the Four-Layer Aggregate Revealed by X-ray Crystallography Diffraction Implied the Importance of Peptides at Opposite Ends in Their Assemblies
rcsb |
| source organism |
Tobacco mosaic virus
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| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Capsid protein
|
| total genus |
43
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| structure length |
142
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| sequence length |
157
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z, a, b, c, d, e, f, h, i
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Tobacco mosaic virus-like, coat protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PDM P; 1EI7 A; 1RMV A; 3J06 A; 4GQH A; 1CGM E; 1VTM P; 4UDV A; 2TMV P; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WJ0 A; 1Z7Q c; 1OCC C; 2VAS A; 2NUT A; 5JSL A; 4OIR F; 2R7Q A; 1RKC A; 4PJL A; 5FZT A; 3S90 A; 3JYH A; 4NTF A; 5FCL A; 1ORJ A; 1M2V A; 2ZXW C; 1WN0 A; 4CBE A; 1EI7 A; 3GEH A; 5BUO A; 3IHU A; 4AE4 B; 5AC5 A; 4MVQ A; 1CPQ A; 2WZL A; 1QZX A; 3EFO A; 2J7P A; 2Q3T A; 4JVS A; 3HTK C; 3C7J A; 2YLI A; 1S05 A; 4HE8 D; 2R7V A; 3E9V A; 3JYY A; 3TQO A; 3JTL O; 5L0J A; 5L0H A; 2OJE D; 4XPX A; 5E3A A; 5DVW A; 4MW8 A; 4U9D A; 3DZA A; 3RVY A; 1D0Y A; 5B3S C; 2LK4 A; 4CS9 A; 2IBF A; 2XLE A; 2QY9 A; 2XLV A; 4N6C A; 4BJ6 A; 3U3F A; 1L3P A; 2R7T A; 5KYY B; 3L8J A; 3MYF A; 3SEO A; 2HZ8 A; 3T6J A; 1ORS C; 3RVZ A; 2R7O A; 2A0B A; 2HUJ A; 1EA8 A; 2EPO A; 3EGX B; 1CGO A; 4Q7C A; 1V54 C; 5A69 A; 3UMK A; 1SZI A; 3H65 A; 3HNI A; 1NFO A; 1OCR C; 4O79 A; 4XLN F; 3U5S A; 1LKX A; 2PNO A; 4U5C E; 4IB4 A; 2KYH A; 3K66 A; 1YLM A; 2B0J A; 4PJM A; 3EH1 A; 3NKD A; 4YT5 A; 4JTD B; 3TJ5 A; 1IW7 F; 1H9T A; 2H7V C; 2MYS A; 4RD9 A; 3K1I A; 3EG9 B; 3SZR A; 2J7P D; 3M15 A; 3Q6M A; 2G3V A; 3O6X A; 1M2O A; 4J30 B; 1M56 C; 5JVE A; 4ONS A; 2KGO A; 1YZC A; 2YL7 A; 2IXP A; 4OIN F; 5DQZ A; 2EIK C; 4N4W A; 4YT2 A; 1VYK A; 3K1I C; 1D1A A; 1ZYR F; 2ICW G; 1YYJ A; 2OU6 A; 2YVK A; 4JE9 A; 1FR0 A; 2QLA A; 1LS4 A; 1W2W A; 1Z5Z A; 2CDQ A; 3KKB A; 1EQ1 A; 4YL3 A; 2OEV A; 3DJU B; 4A2N B; 2LFF A; 3N0T A; 2RSE B; 3S9O A; 4FAP B; 3RKO F; 1A7D A; 1PV3 A; 1T9K A; 2KJG A; 4N06 A; 4DBR A; 1VTM P; 1ZW2 A; 3PMR A; 5T1D B; 3QTH A; 3TD7 A; 2LSE A; 3GOR A; 3H2U A; 3ZC4 A; 3SP1 A; 1C02 A; 2Y39 A; 5A6B A; 2KQ9 A; 5KYW B; 4KI2 A; 2IM8 A; 4PJJ A; 5CIV A; 5JRA A; 4KNV A; 4CDA A; 4OIO F; 1NZE A; 2XL4 A; 3HNJ A; 4LDR A; 1DOV A; 1I4Z A; 3LJB A; 1JPN A; 1XZP A; 4HEA J; 3ECS A; 3T6B A; 3B29 A; 5E33 A; 1APC A; 1BR1 A; 1K40 A; 2IXO A; 1NSG B; 3FXH A; 4JTA B; 3SNH A; 3GM3 A; 5JT4 A; 1K04 A; 1C03 A; 1Y6D A; 3R7C A; 2H7O A; 2Q9B A; 2VCB A; 3U0C A; 1MQV A; 3CZ6 A; 3FVY A; 4XLP F; 4D4X A; 1T5O A; 4MTO A; 4JJG A; 3DWW A; 1O87 A; 2YLG A; 4DVY P; 4JCZ A; 4BJ5 A; 3NYL A; 3S0X A; 2P1A A; 3EGX A; 3K33 A; 2CYD A; 2YL1 A; 4YL0 A; 5GPG B; 4C3E A; 2IOQ A; 1T6U A; 4L6R A; 3UGO A; 1U89 A; 5JUA A; 1MMD A; 3NYM A; 2NUP B; 2OG2 A; 4U5G A; 1WTY A; 4I1M A; 5F5H A; 2J9B A; 3EZI A; 3DI5 A; 2LFD A; 1WAT A; 1JOG A; 4P6I C; 4O6Y A; 2Q9C A; 3DAF A; 1NG1 A; 3SXY A; 3DM5 A; 4EBK A; 2OQM A; 1Z63 A; 1ZHY A; 1QLE C; 5KYU B; 3U9J A; 2F22 A; 2OOC A; 2W9Y A; 2Y69 C; 3KPH A; 4W8K A; 3GAN A; 1MND A; 5T3T A; 1RXQ A; 4AE4 A; 5IY5 C; 2JPU A; 2XM4 A; 1ZHT A; 4P9T A; 3UGP A; 3OA1 A; 5CI8 A; 1RJ9 B; 2PBE A; 3ABM C; 1NU9 C; 2HJM A; 4WAB A; 1QQ3 A; 1NBB A; 1TFO B; 2J9W A; 3EJN A; 5D92 A; 5TJ5 E; 4DJ9 A; 4LLC A; 3QZC A; 3ASN C; 5JLI A; 5L0C A; 1OKK D; 2QUP A; 3GM2 A; 4CJG A; 2EPK X; 4MVU A; 5D91 A; 3RF3 A; 3W2W A; 2Y3D A; 3I5Q A; 4DRH B; 1N1C A; 5EK0 A; 3C62 A; 1VB5 A; 3RH3 A; 3CSK A; 2G62 A; 4H54 A; 2J9V A; 4F4B A; 2XRH A; 3U2M A; 5DQT A; 2B0H A; 5HSW A; 4KNW A; 3EG9 A; 3TK0 A; 3KH2 A; 3QW0 A; 1AVO B; 2HMQ A; 4AK9 A; 4QI2 A; 4IAO A; 1LIH A; 2VCA A; 3JSE O; 5L3Q A; 3LS1 A; 2EPM X; 2X0C A; 3EHM A; 3KMI A; 1LPE A; 1BBH A; 3MLG A; 3AG1 C; 3H2V A; 4IAQ A; 4U5H A; 2R02 A; 3L0I A; 2IXN A; 3X1O A; 4AL0 A; 4PAC A; 2RD9 A; 2WZG A; 1Q0G A; 1JPJ A; 1TQG A; 1ZU4 A; 3GOD A; 4BJT A; 2R03 A; 4G0H A; 3DM9 B; 1D1B A; 2ETS A; 3NMI A; 1BR2 A; 3AQB A; 2AU5 A; 3NRH A; 3VM6 A; 5HV9 A; 2P6V A; 5T3W A; 2ZXR A; 3B0U X; 1E86 A; 4R32 A; 3L1M A; 5KYW A; 3T4R A; 4CIP A; 1OKK A; 4OD5 A; 1YA7 O; 1MNE A; 2L6G A; 1CPR A; 1RMV A; 1VLS A; 4W8P A; 4LDQ A; 4BJ1 A; 1L7C A; 3FMS A; 1Q0K A; 3K6B A; 1DOW A; 2CCY A; 3N24 A; 3PCV A; 4K1O A; 4YK5 A; 3U3B A; 2L81 A; 1ZU5 A; 2LP4 A; 2A6E F; 2PF4 E; 1OR2 A; 2XLH A; 5EGY A; 2KNH A; 4LDK A; 4P9F A; 1JR8 A; 4GQH A; 1LE4 A; 2D4U A; 4WGY A; 2LQG A; 4G7Z F; 3NDB B; 3VRC A; 3JT1 A; 1V55 C; 4E7S A; 2C04 A; 3GM1 A; 5A6A A; 4X0R A; 4M63 A; 1LE2 A; 1O3U A; 3ZQV A; 4MS2 A; 1LVK A; 3S27 A; 1VOM A; 1SF8 A; 2P61 A; 2UUI A; 3GWL A; 1LM3 B; 2NSF A; 2AVK A; 2E87 A; 3ZWI A; 5A6J A; 1H9G A; 4C3D A; 1MMN A; 5KYX B; 3K7D A; 4JZA A; 4XEK A; 3TOL A; 2WL8 A; 4LER A; 3JCU Q; 3NG1 A; 1U0B B; 3UMI A; 2W4M A; 2J46 A; 2R7S A; 3FDQ A; 1WGW A; 4ZLC A; 5KYX A; 2C03 A; 1V4A A; 2AWC A; 4E0H A; 1TWC A; 3M4C A; 4BG0 A; 5KYU A; 5A6B D; 2R25 A; 3LNM B; 2QNL A; 3RQF A; 4RDA A; 1T01 A; 1A41 A; 2HS5 A; 1RKE B; 2J0W A; 2GFH A; 1JAF A; 3ZVR A; 3V7O A; 2LCH A; 3WOD F; 1B68 A; 2QTV A; 4NY3 A; 4U5F E; 3U8P A; 3ABK C; 3S84 A; 5JP7 A; 4AX2 A; 3ZDL A; 4DRI B; 3MX3 A; 3JRT A; 4ZLD A; 3EH2 A; 3ZSU A; 2HV6 A; 3KL4 A; 3LLI A; 2YHS A; 3LNR A; 5JS5 A; 5DS5 A; 2PFD A; 3MFN A; 1Q0M A; 1GQA A; 2W4B A; 2XM0 A; 1I5N A; 2DYS C; 2YL0 A; 3V5Z A; 4E17 A; 1I4Y A; 4Q4Z F; 2L6H A; 2KSF A; 4XEF A; 3NKE A; 1BZ4 A; 1GS9 A; 4DVZ A; 1OQC A; 1FMV A; 4DOZ A; 4JEB A; 2XXA A; 3GWN A; 1VLT A; 1M57 C; 3LEV A; 2ZXO A; 2NUP A; 2CNW A; 1F1M A; 3IQ5 A; 1NLX A; 4D4N A; 4O6N A; 4Q5S F; 4XPW A; 1VMA A; 5BQG A; 4JW1 A; 1T6Q A; 3LAY A; 4MQ9 F; 3SXM A; 3IPM O; 1PD1 A; 4A4A A; 2DGJ A; 1OCZ C; 4JUR I; 3BRJ A; 5E2Q A; 3S28 A; 5DS6 A; 5AGF A; 2TMV P; 4CSA C; 3SYN A; 3G4Z A; 3UMH A; 1YZA A; 3EQL F; 3A9C A; 3C63 A; 3G4X A; 4CS9 C; 2OKU A; 3DKA A; 1A0B A; 2ZPA A; 3AJM A; 4Z9I A; 2XXA B; 3NYJ A; 4BEM J; 2BE5 F; 4KBL A; 4JRZ A; 1TKN A; 2BC5 A; 1VK5 A; 3AOU A; 3X2Q C; 4BPM A; 1MMA A; 3JSZ A; 2J0X A; 5L0D A; 3O10 A; 3SXZ A; 4JIO A; 4CX9 A; 1CGM E; 3ITF A; 1M6T A; 3FAJ A; 2A69 F; 3OWT A; 3WAQ A; 5BQH A; 1IZM A; 2WB7 A; 2MHR A; 3B0V C; 1Z23 A; 3DMD A; 1JMW A; 4FWV A; 3QW1 A; 2EPN A; 1E85 A; 2CNW D; 3US6 A; 5F5F A; 3AG2 C; 3HLZ A; 2HSB A; 4U5B E; 1J8Y F; 3IEE A; 2UUH A; 2DI3 A; 3VF0 A; 2R7X A; 4XEV A; 2R7W A; 4C7O B; 3IQC A; 2J9U A; 2XL6 A; 1MMG A; 2Y3B A; 3G50 A; 1ZHW A; 3N2Z B; 1R5I D; 1OW7 A; 2X51 A; 5EHH A; 2EPL X; 3DE8 A; 1ZW3 A; 3W8H A; 3AGU A; 4MVR A; 2VCC A; 1PCX A; 1U6H A; 2W45 A; 4QI0 A; 2EIL C; 4BJ5 C; 2KC3 A; 4N6H A; 4MW3 A; 4ULV A; 1OR3 A; 3FAP B; 2P0N A; 4FX5 A; 1T6I A; 4MVZ A; 3W2V A; 3M1C B; 3MYI A; 3ZTZ A; 3HJC A; 3R2P A; 3IQT A; 1BR4 A; 4PFO A; 3F47 A; 1OW6 A; 1ZHZ A; 2WVQ A; 4EKW A; 3KYI A; 4IWB A; 1FNT c; 2FFH A; 4HFK B; 3L34 A; 3FOO A; 4YT4 A; 4OIP F; 3VAY A; 4YWQ A; 3GEI A; 1SR2 A; 1G4U S; 1Q0F A; 2EIM C; 3I5P A; 3JRM O; 3EHN A; 3RYL A; 3HNL A; 5B3I A; 2FGY A; 1AUE A; 2XSE A; 4U5E E; 3TJ6 A; 2KK1 A; 3LUT B; 3DXJ F; 3C8Z A; 1UG7 A; 3ZQY A; 2XL8 A; 4G7H F; 3IQ6 A; 3ASO C; 3K1H A; 2I15 A; 2J45 A; 2GWW A; 2HJ3 A; 2GA0 A; 2CGE A; 2Q9A A; 4O7G A; 1TFK B; 2Q7R A; 4EBJ A; 4JTC B; 4ER9 A; 3WG7 C; 2ASR A; 4YN0 B; 1Z6A A; 3Q7G A; 2V3C C; 2XS1 A; 3FHD A; 4JKV A; 1E83 A; 3EFO B; 2XLD A; 2VH3 A; 4IJJ A; 2AP3 A; 2I8B A; 3RQG A; 3BEH A; 1YAR O; 2HSQ A; 4LLE A; 4CDY A; 2R05 A; 3B0P A; 2AWY A; 3L8I A; 2VB6 A; 2YWA A; 1M2V B; 3W4Y A; 1UFB A; 4EIY A; 4YT8 A; 1A7V A; 3DE9 A; 2XLM A; 3C8G B; 2YRF A; 2XLW A; 1EKY A; 4IGG A; 1RKE A; 1KNY A; 3CQZ A; 5A6K A; 2EIJ C; 4H4K C; 2A68 F; 3UR3 C; 4GYT A; 4DRJ B; 1SYQ A; 2YQY A; 4CS8 C; 3J06 A; 4E7Z A; 4ULW A; 4MVO A; 1OXB A; 2A6H F; 4LAC B; 5AC4 A; 3SXK A; 1AEP A; 1HMD A; 1O5H A; 1G4W R; 3POV A; 1BDJ B; 2WVN A; 4MND A; 1G8X A; 1ORY A; 1OXK A; 1WOL A; 3EZH A; 1S7Z A; 1Y4C A; 4J7Y A; 3ZTM A; 2Q4F A; 1JRA A; 1A7E A; 1YVI A; 1FTS A; 4FES A; 5COF A; 3TOM A; 3W8I A; 1KTM A; 1GGQ A; 1FAP B; 2PX0 A; 2NG1 A; 5F28 E; 1ZVZ A; 3FOP A; 1C17 M; 1WWP A; 2HMZ A; 3B71 A; 2YLD A; 3EGD B; 2Z15 A; 3C8G A; 1XWJ A; 3GEE A; 4YJW A; 1RJ9 A; 4YL1 A; 1E2X A; 3HKK A; 4CS8 A; 3TUL A; 5B1B C; 4U9E A; 1FMW A; 4PJN A; 4NCQ A; 1QSP A; 3T6G B; 1YAU O; 2JD3 A; 1LS1 A; 4MTG A; 4B6I A; 4IAR A; 4JCH A; 2M64 A; 3NMJ A; 1HW1 A; 2DYR C; 2Y3H A; 3S29 A; 1HY5 A; 4NQF A; 2R7R A; 1YYX A; 2L9J A; 1WAS A; 2EIN C; 2NPU A; 1FFH A; 4C7O A; 4G7O F; 3HNK A; 3PDM P; 5BQI A; 1ZHX A; 1YJG A; 2HKV A; 2OEX A; 2V26 A; 3M79 A; 3A11 A; 3LEO A; 4I1O B; 2VC9 A; 3EGD A; 2NUT B; 3M4B A; 4CJO A; 2Y3G A; 1HW2 A; 4JJF A; 2IXM A; 3KYJ A; 2L6F A; 1HE9 A; 4GEH A; 2KW3 C; 1NFN A; 4PR9 A; 2M4E A; 4KC9 A; 2Q00 A; 2H8A A; 1ST6 A; 3ZIB A; 3AGT A; 2XS8 A; 4G78 A; 1HMO A; 1XZQ A; 4XQ1 A; 4E0I A; 2OCC C; 3O55 A; 2BL2 A; 2IYL D; 3C8G D; 2QE9 A; 3V5Y A; 2WVO A; 3VYW A; 4MVM A; 4BJ6 C; 1TWH A; 2P7V A; 4DXW A; 4WGZ A; 2A1D D; 1G5Z A; 3E70 C; 4OIQ F; 3O39 A; 4QDL A; 3WHN A; 2GAQ A; 5L3V A; 2YEV A; 1KU2 A; 2JX0 A; 4JC7 A; 4K7B A; 1RCP A; 3CAX A; 3T9O A; 4EWC A; 2CW0 F; 1R4T A; 1Z3I X; 2LD6 A; 2NSG A; 3I4U A; 3JZ0 A; 4NC3 A; 2R7U A; 4JEA A; 4CS7 A; 3CEX A; 5KYN A; 1TWA A; 4J7T A; 3Q7L A; 3Q6N A; 4NTA A; 4XPY A; 2OJQ A; 3V5X A; 4EBB A; 4CSA A; 1K05 A; 1YDI A; 2R9R B; 2XLO A; 3ATP A; 3EPV A; 3B9Q A; 5COG A; 3RIP A; 1H6G A; 5DLJ A; 4XTK A; 5L0G A; 1TWG A; 1H7I A; 1QKR A; 4PFP A; 4EHP A; 3QMK A; 1FFT C; 4O6M A; 5CI9 A; 2DB4 A; 3RQE A; 1HE1 A; 256B A; 3AG3 C; 3F46 A; 4J32 B; 3C18 A; 2GDC A; 2H7B A; 1J8M F; 4HFF B; 1Q0D A; 4I44 A; 4AL1 A; 3NMK A; 2HFI A; 1E84 A; 1D1C A; 2FAP B; 4XWJ A; 2O9X A; 3U2L A; 4E18 A; 3UNG C; 4OD4 A; 2MWQ A; 4U5D E; 4Z9H A; 5L0I A; 2YZS A; 4RBN A; 4CDV A; 4UDV A; 3DJN B; 5DS4 A; 4I3M A; 1D0Z A; 3AQC A; 5K0I A; 4Z9J A; 1LI7 A; 1SMY F; 1D0X A; 4NTB A; 2PP4 A; 4BEJ A; 4MTF A; 4C3B A; 1CGN A; 5L0F A; 1TR2 A; 2WZF A; 3U9M A; 3AG4 C; 2G3K A; 3PHF 2; 2J8W A; 4DBQ A; 2ZD9 A; 4PK4 A; 3QVZ A; 4K0D A; 3ABL C; 3RFY A; 1LI5 A; 1V74 B; 4EUK B; 2LIG A; 3DD7 A; 2D5R B; 4ANJ A; 1PD0 A; 4IRU A; 1ZZP A; 3LES A; 2L7A A; 5COM A; 1OCO C; 1QVX A; 3QVY A; 3LS0 A; 2A0U A; 3MBG A; 3U8V A; 3OEO A; 5E3C A; 3ZG1 A; 4MVS A; 2HV7 A; 3LLK A; 1QPU A; 2YL3 A; 2YKZ A; 2ZXP A; 1NU7 D; 5KYY A; 1OW8 A; 4CIH A; 3RW0 A; 1GM5 A; 3DAG A; 2PX3 A; 1VYI A; 5B1A C; 1YA9 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3PDM P; 1EI7 A; 1RMV A; 3J06 A; 4GQH A; 1CGM E; 1VTM P; 4UDV A; 2TMV P;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
