3B0PA

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
317
structure length
307
Chain Sequence
LDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLMEEEVGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermus thermophilus
total genus 116
structure length 307
sequence length 317
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0pA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0pA01
1XC4A 4HNUA 5EBUA 3LB0A 4JTFA 1QPRA 5FEXA 1B57A 2PRHA 4FB7A 4NXSA 1D9EA 4CNPA 3GVGA 1XL9A 3C2VA 1AW2A 3PS7A 1FY6A 4RX0A 1I8JA 5I3GA 2TRSA 3E12A 3L2IA 1P5BA 5U4NA 2OZ0A 2BTMA 3IIXA 2FDSA 1W31A 1KM0A 1WOAA 1YXYA 3RU6A 2VEKA 3LHWA 1MEIA 3NO5A 3NL5A 3FKKA 3FJ6A 2ABAA 2V82A 4FF7A 3L5LA 1X8FA 1FCVA 2ISVA 5H91A 4RXFA 2AQWA 1MEWA 3IGXA 4PODA 1OABA 2Z1BA 4LW7A 3JS3A 5CPMA 3UZJA 1FXQA 4O28A 4EOUA 2H3DA 3M1ZA 1OJXA 1PCWA 4HPXA 5LGXA 4QNWA 4JGDA 4ZQCA 5LHEA 1OF8A 3UWVA 4HN4A 2NZLA 1XKYA 3CQ0A 5LKYA 3GDMA 4O15A 1TTIA 3R13A 2GQ8A 3DKLA 1TPVA 2QJHA 1GEQA 2GUUA 5I3IA 5L9FA 3A5VA 4N02A 5G1TA 5LNVA 2HMCA 1TTQA 1TV5A 4RV8A 3SSJA 2EGZA 3MWAA 2J9YA 4GBUA 5IBXA 3LRMA 2YX0A 4LC6A 2QCDA 3A24A 5CZTA 1DBTA 1A53A 1PCKA 1XBYA 1PIIA 4JS3A 5EYWA 1G7VA 1F73A 2LLEA 1VHCA 2A7NA 5BW6A 3ANYA 4IOTA 4O0ZA 3DFQA 1G7UA 1J2WA 5D2WA 1KM2A 3L5AA 3O16A 4UMBA 4EIVA 3S6DA 1FX6A 2Z0IA 3CC1A 3W87A 1I4NA 1UCWA 3M6YA 5AC7A 3SR7A 3W72A 3P84A 1OX6A 1NFBA 1OK4A 2NXGA 1A50A 2WSYA 4IXXA 1UUOA 1TPEA 1FBAA 3G1HA 3W73A 4AWSA 4AF0A 4U28A 3NZRA 2JKEA 2CFFA 2ZFAA 3G1SA 1AL8A 3OVPA 4QIUA 5G2HA 1SFLA 1GVFA 1VYSX 1H63A 5D37A 1RD5A 3DENA 1SW0A 4TMCA 1IF2A 4FX6M 4JXCA 1A5SA 2QCGA 1SQ7A 2J27A 4AHQA 3MHGA 2ZA3A 4ZMGA 2AGKA 1QPOA 3EX4A 4IMCA 3TAOA 2JK2A 1QOPA 2WPBA 3B0VC 3GB6A 1TO3A 4O57A 3KRSA 3A9IA 3I65A 2B4GA 1OFQA 4LS0A 5KZDA 1M5WA 3QJAA 2FJKA 3M5YA 4O53A 4ZL1A 1F74A 3GXPA 3HO8A 1LOQA 3SJ3A 1ME8A 2AAMA 4UXDA 1O95A 4S2BA 4FNSA 4LOCA 3IGUA 5LHFA 1UB3A 3G0XA 3TKFA 3NQAA 4GUIA 3CEPA 2QCDB 3W83A 1KLZA 3E0IA 4UCGA 1TSIA 3M5XA 3R89A 2DJXA 3LX9A 4MIMA 2ZA2A 3KVMA 4XBKA 1OF6A 3P61A 1R30A 3LCLA 3T55A 2GVJA 5F1UA 1SPQA 3W2KA 3OHIA 1BTMA 1V5XA 3THQA 3TC6A 2JGQA 5FF0A 4GUJA 2C16A 2DZPA 4M6QA 1ICSA 2Q3RA 1OYBA 5G2WA 3W7IA 4H3DA 2ATMA 4K38A 4O50A 1F5ZA 4M7TA 5AOUA 5DCBA 1B4EA 4AAJA 2QKFA 1HFBA 1LBFA 4YLWA 3H53A 3PSVA 4O14A 2GVLA 3ABRA 4AF0B 3HIJA 1H7PA 3ATYA 1I2RA 3JRKA 1GYNA 3KXQA 1E51A 3EKZA 4FIQA 5CKSA 1X7FA 3LI0A 3BG3A 1WDWA 1CI1A 2CZEA 3W1UA 3INPA 4HIBA 1GZGA 3G1DA 3I6RA 4HPJA 3QPZA 1GJPA 1TJRA 3N14A 2CZDA 2G95A 2YYUA 1L6YA 2ZBTA 1YXDA 2OX1A 1P0NA 4W9TA 4LVGA 2YW3A 3BVJA 3EWZA 1WOBA 2GPTA 3M47A 4HT3A 3C3NA 4XQ6A 1EX5A 3TX9A 3W85A 3PG9A 3C52A 1Q45A 2GQ9A 3S5ZA 1O4UA 3FYPA 4ONVA 4TMBA 2YDAA 3EEGA 4JTLA 2C15A 3QMSA 4LT9A 1QAPA 3OVRA 5AC8A 1HO1A 5KTLA 5HJLA 4NJJA 2GOUA 4E2BA 5HINA 3RF9A 1UUMA 3OBKA 5F4XA 4GNJA 1OG0A 4UFHA 3SZ8A 2J24A 1GG1A 3GR7A 1DL3A 5D30A 4NNAA 4AB4A 1ZCOA 1FWRA 3SGZA 3W7DA 1KLYA 1GPWA 3NL3A 3W1PA 5H2ZA 3QRHA 3FA5A 3EWYA 1TPUA 1FDJA 1PS9A 1P0KA 3DZ1A 1ICQA 3LCIA 1IGSA 3G1VA 4DPPA 1H60A 5A8GA 3DI1A 5F4WA 3GXTA 1C8VA 3R12A 2YXGA 4JYEA 1MSSA 1F2JA 3HG2A 2YSWA 1GVQA 3ABSA 3I7SA 1QCWA 3SI9A 3C2RA 3QSTA 5FI8A 1CW2A 3KVKA 2J6XA 4Y8FA 3CPRA 2NV1A 1VRDA 2R94A 3SECA 4OHQA 2ZDRA 4LRSA 1NSJA 4FX8A 4BF9A 1YYAA 1ZJIA 3W1QA 4BI7A 1LLWA 2OCZA 3HJZA 3GDRA 4POCA 3W75A 1VPXA 4KWVA 3N73A 3NAVA 4O54A 2TYSA 2Y85A 3GDKA 1J5TA 2CWNA 3L68A 4UR7A 4E2DA 3EWUA 1L6WA 4PL1A 3BGGA 3TSMA 3MHUA 4DPQA 4MJZA 4UTUA 2A6NA 5K4XA 1M6JA 3Q37A 3S0CA 1HG3A 1MO0A 3P60A 3P62A 4JX4A 3B03A 3W9ZA 4A2RA 2HS6A 3OIXA 1KBJA 3PY2A 2F84A 4QISA 4Q32A 2E5DA 3BK0A 5DN1A 1RQEA 2J9ZA 3USBA 4JDYA 2ZRWA 3IIPA 4BWLC 4XTDA 3TUUA 4JDBA 2G96A 3NVTA 1JCJA 2OMAA 1PVNA 2R14A 3CEUA 4RK8A 4QSHA 4PC8A 3HF3A 3PUEA 4XWUA 5K9DA 5K4ZA 4YCPA 4P61A 2CLOA 1N8FA 3BW2A 4ORMA 4ADSA 3UXDA 3PBUA 1L6SA 3W7RA 5KZMA 5D32A 3KAOA 2FB3A 2ISWA 5FESA 4GUGA 4R34A 5LGZA 2QDHA 3TSBA 2QJGA 3DXIA 4A21A 4ML9A 1N55A 2ZQ0A 3MI6A 1SO3A 2R8WA 5K7JA 3BLIA 3FEMA 4GC4A 3GAKA 2E6YA 1JQVA 3BO9A 3LM7A 1EWEA 3BGJA 3PB0A 4JTUA 2HS8A 1EPXA 1K3UA 1I2PA 1IXQA 1X1OA 2Y6ZA 4NJGA 3W7OA 3M7WA 3HPXA 3CWNA 2VELA 1DOSA 2X1TA 1QOQA 1W5MA 1DV7A 1G67A 4FX7A 1TPWA 3QF0A 4NZJA 1RR2A 3W2LA 1K8ZA 3F1QA 4QNEA 1Q6LA 4MZYA 4WXZA 4X9SA 5AHIA 1I2QA 4NJKA 1ZAHA 1ZHAA 2BSLA 4LNYA 4JIPA 1N7KA 4MZ1A 3L0KA 3TIMA 2BX7A 1T0OA 1Q6QA 4U4MA 2ZZ7A 2WQPA 2ZZ4A 2BLEA 1KFJA 1TMHA 1OX4B 3H54A 3W07A 1FWWA 3TXZA 2NLIA 3VI2A 3NPXA 4KFNA 1EIXA 1KTNA 1HTIA 2H8XA 3LTPA 1EP3A 4AH7A 4NJIA 3E96A 4S2CA 2WNQA 1OFBA 2JBMA 2WNZA 4OU1A 2Y7GA 1SSGA 2PCQA 2WOQA 4WZHA 4MYXA 3HGOA 4IX0A 4Z1CA 1WA3A 1SO5A 2PE4A 4FIRA 1CX9A 1W3NA 4Z08A 5I3JA 3O6YX 4M6PA 4GFSA 3IIVA 4UFIA 4Z1AA 4MY9A 3UWUA 3IIZA 1IIHA 4A2SA 5AYZA 1U5JA 5HMSA 3E9AA 3RFAA 2CW6A 2V2CA 1ONRA 3PBYA 3B0PA 3ABQA 3BG9A 5G4EA 4QJ1A 4MPQA 3G22A 4JY9A 4GUFA 3NQ2A 3TNOA 3QMRA 2B7PA 3NQDA 4JTGA 5DXXA 1KM3A 4XBSA 1OFEA 4DBDA 1H7NA 1QNVA 2FFCA 2QEZA 3W2MA 3LCHA 5EA9A 2W6RA 3S1UA 3D0CA 4AHOA 3CT7A 4JNMA 1KA9F 3M5ZA 2A5HA 3PG8A 5D05A 1TTJA 4UFJA 3N2MA 5DCDA 3BLFA 2TSYA 3TAKA 2Z6IA 1WQ5A 1QPQA 4IXHA 5K2ZA 1YPIA 4ZZ9A 5FEPA 4Z1DA 1QMLA 3V1PA 1BEUA 3NOEA 1FWNA 3TJXA 3W2UA 4CLMA 3STGA 1KFEA 2O7SA 1FDYA 1DJNA 4ZQMA 4UTTC 3ZS4A 4WY0F 3HGJA 4UNKA 5U7SA 2NWSA 1TB3A 4R53A 2G97A 2C13A 3L5MA 2DZWA 1GOXA 1Q6RA 4LVDA 4N2YA 1TPB1 4O8RA 2WV8A 3PF3A 1LBMA 4LTSA 3PULA 1I2NA 3BARA 5HWJA 1LRNA 4CCCA 3T40A 4P2VA 3V75A 3W6YA 2QR6A 3IRDA 4TU1A 4MZ8A 5AHLA 4K8HA 2PRLA 5DY2A 2ZRUA 2JKPA 1W5NA 3MW7A 3UWQA 2V8ZA 2RH9A 2YGYA 2Y7DA 5EY5A 4UTWC 2TMDA 4FXRA 1K7FA 4UC5A 2HTMA 4O1AA 1SSDA 3HQ1A 4OT7A 4H4IA 3FFSA 1ZY9A 3LDVA 3MYOA 2X1RA 4S1FA 3LCFA 4A29A 5D33A 1OK6A 4IPJA 1G4TA 1SFJA 3THAA 1TV8A 2FPTA 2WO5A 2J9XA 3KFTA 1ZENA 4ADUA 2V30A 4FNRA 1K7XA 3NEVA 5LNUA 5EL1A 4UTKA 3MBFA 5CZ0A 4X22A 3S9YA 3F4NA 5HWNA 2JKAA 3VKJA 2VEMA 3HPSA 5I3KA 4AWUA 1K02A 3M9YA 3NG3A 5GVJA 3KOFA 2C1HA 4HHPA 3WK3A 1VCGA 5DXYA 5AN7A 1KM1A 1SZFA 3C6CA 3W1TA 3VCRA 1YADA 3NZ1A 4IGHA 2C0AA 3HB9A 4ZQRA 1VYRA 4UNLA 4WQ6A 2WJZA 1Z41A 1XXXA 3QZEA 2CLMA 5BOOA 3EX6A 6TIMA 3CM4A 5G4WA 1EA0A 3W88A 3RNDA 3R8RA 1B4KA 1O60A 2NXHA 3TQVA 3QW3A 1WX0A 4L4LA 3N9SA 4N4PA 2VC6A 2VENA 3PB2A 1AG1O 2VFDA 3STCA 1WBHA 2E5BA 4IPIA 3S42A 3N3MA 3NPWA 3LXBA 3GAYA 2QCMA 1NEYA 2O7QA 3N19B 4RZ6A 4Z0JA 2QCNA 1LCOA 1QR7A 4FNQA 2ZZ5A 1XI3A 2DZTA 4I7UA 3W7JA 2GQAA 4ORIA 5KZEA 5CSSA 3DHFA 1R46A 1U83A 3W86A 3TC7A 3NPUA 2P1FA 5C6MA 1TV7A 3W7MA 1LM1A 3LLFA 2VFEA 2DU2A 2Z2UA 3ATZA 3UY8A 4WUIA 5EMUA 1XBXA 1TPC1 3HGRA 3A5FA 1TTPA 3EXSA 2YPIA 2XN1A 1GG0A 4DF2A 2QUTA 3TCEA 3TSDA 2DZUA 5BNKA 4NT0A 1JQXA 3W1MA 3FKRA 4O19A 3FLUA 1JULA 4Y6GA 4FNUA 3NQEA 4UTIA 1ZAIA 3L0GA 3PC0A 5DBTA 4BWLA 2YW4A 3LHUA 5DCEA 1YLVA 1YDNA 2HSAA 3MI3A 1FWSA 1B3OA 1OVDA 1XUZA 3LRLA 2NUXA 4AWTA 4LRTA 4MKNA 1KV5A 1VCVA 4XKYA 4KKXA 4FO4A 1BWLA 3T4CA 3TA6A 4LUIA 2CLKA 4RZ5A 5LSMA 1NF0A 4FNTA 2C18A 4DF1A 4NVTA 3LXCA 1VHNA 2QDGA 4QITA 1XBZA 1NVMA 3PUDA 3DFPA 4AXKA 1GVSA 2A4AA 2OJPA 4YL2A 5T26A 4LVFA 2E1DA 3DU0A 2X1SA 2YR1A 1DHPA 3TH6A 1X1ZA 1THFD 3A21A 1OFRA 1A5AA 4JX6A 5HWMA 4O10A 1FQ0A 3QMTA 3VFLA 4BR1A 5BMWA 5TBOA 3W2JA 1BKSA 4N6FA 3P67A 4NUWA 4RKAA 4MLJA 3MYPA 3VE7A 3LHYA 3EX1A 3NA8A 1F6PA 3MO7A 4PCFA 1YDOA 1WBJA 1OFOA 5D04C 1JVNA 1AW1A 3EX2A 4H6KA 1EUAA 1KTCA 3HGSA 4MOZA 2Y89A 2YYTA 1K8XA 3OG3A 3UWZA 3W1AA 2EHHA 4FEZA 3LV6A 4NNBA 3WJWA 1G6CA 4IMDA 3RMJA 2ALDA 3ZR4A 2PURA 3TFCA 2A7RA 2ZRXA 5EKYA 2NUWA 3B05A 4D2JA 1R2RA 1KFCA 2QCLA 3EWWA 3W1XA 5AHFA 1GT8A 1WV2A 2QCEA 3DI0A 4MVAA 3VNDA 3KVLA 3STFA 2P0OA 2PRMA 1VH7A 4MJMA 4DO6A 3GK0A 1ICPA 4WJEA 4OE7A 1LTDA 1B9BA 1ZFJA 3SW6A 1XBVA 4MUZA 1XDLA 4UFLA 2EPHA 4N9DA 3NDOA 5I3HA 1O94A 3VE9A 3TROA 2NV2A 1Q3NA 2E6FA 3GKAA 3R2GA 2C3ZA 1W3TA 4O13A 1P4CA 1O5KA 5HULA 3NPVA 4JTEA 3QM3A 3PUOA 2H6RA 3PWAA 3G3DA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3VIO A;  5HPO A;  3O55 A;  4O0Z A;  3DFQ A;  4IJJ A;  5COF A;  3W2V A;  1G7U A;  3SUV A;  2DY3 A;  3O16 A;  2NT1 A;  3SN0 A;  2D3L A;  1VKF A;  3W81 A;  3S6D A;  3EA2 A;  1FX6 A;  3BDK A;  3CC1 A;  4Y9N A;  3P93 A;  4JN7 A;  3SEO A;  1WUF A;  3TYA A;  4J4K A;  5L0I A;  3W72 A;  1ITX A;  5I00 A;  3ES7 A;  2FZ9 A;  2VZO A;  3EQL F;  1AUS L;  1SMY F;  3NZR A;  4DXX A;  4IL0 A;  1A0C A;  3G1S A;  4PRW A;  3CUF A;  5G2H A;  3MY9 A;  1P6C A;  2FVK A;  3RU8 X;  1VFO A;  4X60 A;  1SW0 A;  2ALR A;  4IMA A;  3VOC A;  4AE4 A;  4JXC A;  1K4G A;  4X0V A;  1IE7 C;  4H41 A;  2XUC A;  3SGG A;  2C0H A;  2VP8 A;  2J27 A;  1TWI A;  4DY1 A;  4XAF A;  4MQ9 F;  3MHG A;  2Q7R A;  3F7J A;  3EZI A;  3PZU A;  4WGZ A;  2AGK A;  4IMC A;  3TAO A;  3K5X A;  1A80 A;  4I6K A;  3CQI A;  4J1O A;  2OOF A;  1SJC A;  1IZC A;  2OTD A;  1CGY A;  4IFK B;  1OFQ A;  4HMC A;  1BXB A;  1HW1 A;  2YA1 A;  3QJA A;  1PAM A;  3W28 A;  5CBI A;  1V3L A;  1R3Q A;  4QS6 A;  1F74 A;  1YA9 A;  4BJT A;  1UR4 A;  1LOQ A;  2NUT A;  4KW2 A;  3XIS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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