3B0PA

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
317
structure length
307
Chain Sequence
LDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLMEEEVGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermus thermophilus
publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase
total genus 116
structure length 307
sequence length 317
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0pA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0pA01
2BLEA 4KFNA 3PBYA 1YXYA 5BOOA 2C14A 1TCDA 4UTJA 3RNDA 3C2VA 2ATMA 2H8ZA 4I9AA 3G18A 3FEMA 3LHUA 2ZRZA 1K02A 4HSOA 3DI0A 4MOZA 4UTHA 1ML1A 1H7NA 3HJZA 1AW1A 1TO3A 3MP3A 3NNTA 5F1VA 2ZTKA 4MKNA 3SY5A 1KM3A 4JYFA 1OABA 3GNDA 3GKFA 2X16A 3NG3A 4S2BA 3W6YA 4UFIA 4UXDA 1UBSA 3BW2A 4WUIA 1HUVA 5CZTA 4NJKA 4TX9A 3VI2A 2XN2A 3HGSA 1A53A 4PH6A 2QR6A 3SW6A 1EIXA 3DFTA 2VEKA 3O6DA 4LNYA 1TIMA 3W2UA 5F2MA 4UTIA 3O6YX 4JTGA 3B04A 3W1RA 4RV8A 2PRLA 4C1LA 1OJXA 1TV5A 2CW6A 1IXPA 5D2TA 5HQEA 1TPDA 3IV3A 4QITA 5KMYA 1FXPA 3CIXA 3WK3A 1RV8A 1YYAA 4U28A 5KTLA 3M7WA 3PBVA 3PB0A 3W7QA 3HGOA 1F74A 5DXXA 3PWAA 4A21A 3T78A 3M5VA 1HO4A 2GJNA 3HPSA 4NX0A 2H3DA 5EMUA 1HTIA 4ICNA 1VQTA 4TU1A 5CPMA 1YTDA 2J6XA 2X30A 4YCOA 3O16A 3DBPA 5K9XA 1K7EA 2YFOA 3W23A 4NZJA 2G5WA 3DFNA 3EKZA 1VGAA 3G1HA 1KLZA 2EGZA 1X1ZA 2NX9A 1OYBA 3TMQA 4GWEA 4L4LA 4Y6GA 2G97A 1SZGA 4MZ8A 3PM6A 4JIPA 4OU1A 1W0MA 1OX5A 3W1LA 4IPJA 2A2IA 1ZNNA 1H7PA 2C16A 5FF4A 5FI8A 3ZWSA 4FHAA 2VELA 5FEWA 1OFAA 3QMTA 1HFBA 3THAA 3MHGA 1G6CA 4AWUA 1AL7A 3KRUA 3CT7A 3GIYA 4AF0B 2Z6IA 4AWTA 4EVZA 4DEFA 4RZ5A 5F4SA 4UTKA 3A9IA 1EEPA 1B4KA 2DZSA 4JS3A 5G1YA 3O07A 3LX9A 3QC3A 4HNTA 1W3IA 4N4QA 4NJJA 5F2IA 1LM1A 3G1VA 3HGRA 1GG0A 2B7QA 3HF3A 3QW3A 3F1QA 4Z0SA 5KSWA 3E12A 1SU5A 3HGJA 2RH9A 3LXAA 3EXSA 1Q6QA 2YW3A 4MFDA 4OE7A 2NXIA 3DAQA 1SZEA 4O13A 4ZVJA 3TAKA 1H63A 2YGYA 1MEIA 3U8GA 1O4UA 1JCMP 5DLCA 1C8VA 2RHGA 4XTDA 2WSRA 1XL9A 3W2LA 1KW1A 2GVJA 2Z6JA 4RR4A 1FCVA 3GB6A 1E51A 3C2OA 1D3HA 3BG9A 1ZAJA 3BV4A 1BWLA 1DL3A 2H8XA 3W70A 3KAOA 1FWWA 3HG3A 2A1YA 2YR1A 2WJZA 4M19A 2NWRA 4LY8A 1RR2A 4I7VA 2YZRA 1NF7A 3BW4A 2CLFA 4PL2A 1H7OA 5CG7A 1K8YA 3W2JA 2ATSA 1W54A 3LHWA 5J5RA 3NQ2A 1ICQA 3R12A 1GVSA 3TC6A 4NJGA 2OMAA 3W1UA 3W7JA 1N8FA 2GQAA 1JCJA 1OFBA 3GKAA 3RLUA 3LB0A 2ZCGA 3BO9A 1RQBA 2ZZ4A 2HSAA 4ZL1A 3UXDA 4OQVA 4NQ1A 1IXOA 1VHCA 4TIMA 2HS8A 1QWGA 1YPIA 1JUBA 3PR2A 2H3BA 5CZ0A 4N2YA 3FYPA 5K7JA 3LRMA 5BRBA 1OFQA 2WNQA 1YTKA 4LVGA 3BGGA 4R34A 3TR2A 1O5KA 3B06A 3IEBA 2ZZ2A 5G4WA 1KA9F 2PRHA 1WOBA 3WJYA 1RPXA 2O7SA 4O0ZA 4RJEA 1GYLA 2PC4A 1W37A 1D3GA 4UFMA 1K3UA 1EPXA 1TREA 1XDMA 3W7IA 1R2SA 5G2WA 5TBOA 1W3NA 4CQ9A 2ZDRA 4JEQA 3UY7A 2QDHA 1Q6OA 3OHIA 4A2RA 3NOEA 1KTBA 3LTPA 3P5YA 2Z0IA 4UTTC 3WK1A 4O4WA 1UUMA 1OK6A 3MYOA 3MHUA 4N4PA 3W71A 4NNBA 1G4TA 4GBUA 2DZPA 2JKEA 3B0PA 4FNSA 4UFKA 1KFKA 3W88A 5CPOA 1KBIA 2VOMA 3KXQA 5LHFA 1A5AA 2JKPA 1DOSA 3BG5A 3LRLA 3PB2A 1FCBA 2FTPA 2ZA1A 4DXVA 4K38A 4O4VA 3TXZA 4UCGA 4E38A 3ATYA 6TIMA 2VFGA 3TKFA 4JR5A 3CQ0A 5EYWA 5HULA 3F4NA 3D0CA 1FWTA 1KM0A 1QPOA 4WY0A 2NWSA 3KOFA 3WJXA 2GJLA 5HUPA 4O50A 1QFEA 3G0UA 1NF0A 1L6WA 1XM3A 1S5VA 5AYZA 5DXYA 1LP6A 1CI1A 2A7NA 4FEZA 4LU0A 4K7VA 4WOQA 5MHBA 3QSTA 2W79A 3UYCA 4MYAA 1KM6A 3LTYA 1YDOA 2AGKA 1XBXA 1PS9A 3TH6A 4IWWA 2C0AA 5D04C 4O10A 1DQWA 4EWND 4O1BA 3NQ8A 3LXBA 4TMCA 1TJRA 1K8XA 2QUUA 2W0UA 3NL5A 3TFXA 1ZHAA 3ABOA 4FNQA 4Y8FA 2GVLA 5AYYA 1N7KA 4GRSA 5U4NA 4GUFA 3P82A 1Y0EA 5I3JA 2WKJA 3KFTA 4K37A 4ORMA 2QJHA 1X1OA 1KFJA 3S6DA 2FDSA 1LRQA 1CX9A 2Q3OA 3G8RA 4O17A 3W1PA 3E96A 2E5DA 4FIQA 6ALDA 1AG1O 1I45A 2BSLA 2V2DA 4JTJA 3LCWA 3EWXA 3GDLA 1L2UA 3W1MA 3GAYA 3IIZA 1SZNA 1DJQA 2I1OA 4Z1CA 1GVOA 2A0NA 3L21A 4GUJA 4LS2A 2LLEA 3TSBA 1FUYA 1W5QA 3MW7A 3A21A 4LW7A 2V81A 1QCWA 5AN7A 5G5IA 3NR0A 1D9EA 1CW2A 4O1CA 1HG3A 3TJLA 4EOUA 2O7QA 3O1NA 5CGQA 5LHEA 1VPXA 1S5WA 4RCXA 2OCZA 5TQLA 5EPDA 3YPIA 1EP1A 1EWDA 1OFDA 5D37A 5HMSA 4K8HA 3LGEA 1RZMA 3EEGA 3WJZA 3TQVA 3TV8A 4XKYA 1F6KA 1TTPA 3NAVA 4UTUA 4IJBA 2VFHA 1A5BA 5LGZA 1LORA 4NJIA 4CCDA 3MI6A 3M6YA 4QISA 5AYXA 4MZ1A 3DFSA 4JIQA 1DKWA 1WBJA 5HINA 1ZAIA 3M1ZA 4O16A 2DZXA 3GK0A 4O15A 3MO7A 3OA3A 2ZRWA 3USBA 4QSHA 1DV7A 4GNJA 4M6VA 1BWKA 2J88A 2P1FA 2WNNA 1SPQA 3N19B 4IX0A 3R8RA 1TPWA 5FF0A 2WNZA 3GDTA 1SO6A 5EY5A 1MO0A 3W1QA 3EWWA 3FYOA 3NL6A 1EA0A 2Y61A 3W2NA 3NEVA 4NNCA 1LZOA 3W7PA 3DZ1A 4AB4A 5K9DA 2WQPA 4B5NA 3CU2A 3W83A 1B9BA 4FIRA 4BFAA 2Y70A 1NEYA 2C3ZA 1OX6A 4HT3A 4RX0A 3S1VA 2C18A 3LCFA 2ZA3A 3NVTA 3EB2A 4UTWC 2PURA 3TK7A 3HG5A 2ZQ0A 1TPUA 3QPYA 4ALDA 1H7WA 5BMWA 3OVPA 3S9YA 1GOXA 1WAUA 4A2SA 3C3NA 1JUEA 3G1SA 1SFJA 4RZ6A 1J4EA 3CEUA 3PBWA 2E6YA 5GVJA 1WV2A 3G0XA 1XI3A 4OV9A 1GZGA 1TMHA 3C2FA 1GVFA 4Z1DA 1OHLA 3QMSA 2QCNA 3SGUA 5FESA 1K03A 3N9SA 5BNKA 2KZHA 3N3MA 1DVJA 1VS1A 1WBHA 1W1ZA 4CNNA 1L9WA 2YDAA 2UV8G 3RK8A 5DCEA 2J9XA 4K7YA 3QH2A 3G22A 4PTNA 4Q4KA 4H4IA 1FDJA 4UNKA 3PVFA 4ADTA 2E09A 4FXRA 3KRSA 3LHYA 4YXGA 1LBFA 4NT0A 1T99A 3ZFHA 2R8WA 1DHPA 2VFEA 3HBLA 3MP4A 3NQFA 3LI1A 3SFKA 4LOCA 1JJKA 2V30A 1JQVA 2Y63A 4R33A 2NUXA 1WXJA 2AAMA 3HMJG 3RMJA 3CIWA 3E0IA 3G3DA 1UUOA 2EHHA 3PSWA 4JTIA 3QFEA 3RF9A 2YYUA 1VCVA 3MP5A 3L5AA 3EX3A 2WOQA 4FO4A 3KHJA 4UTMA 1PV8A 5FEPA 4BI7A 1JCNA 4LT9A 3B0UX 3ABRA 3LM7A 4NZFA 1G4PA 4L4MA 2YX0A 4JD4A 3S42A 3TUUA 5HR7A 1QPNA 4XWUA 2YFNA 2YW4A 2CLLA 1T0OA 2X1TA 3TC7A 3CWOX 1O95A 5DELA 1DJNA 1OFRA 1L6SA 4KWVA 5LNVA 5F4WA 1MEHA 1Z44A 3LOTA 5D09A 1I8JA 2ZZ7A 4IXHA 1H61A 3LRKA 1VZWA 3IIPA 1V5XA 4O1DA 3BW3A 2PRMA 3SECA 2DORA 3NM1A 3A5VA 1VH7A 1FWNA 4UTWA 3W86A 5G1TA 2JKAA 3W7HA 1IGSA 3P62A 3VE9A 4NJHA 4AMAA 3GZ3A 3HOJA 4IMDA 3PUEA 2DZWA 2YSWA 4WQ6A 3P61A 3E9AA 4UIOA 2DJXA 2R94A 3LV5A 3Q58A 4AH7A 3L67A 3S0CA 1LROA 2CZ5A 4X3ZA 2P0OA 5BW6A 5K9CA 1G7VA 3LV6A 1I2NA 4HKPA 4MVAA 3TW6A 5LGXA 3S5YA 1VCGA 3IRDA 3FFSA 4UFLA 4QNWA 2QEZA 1DQXA 2HTMA 3QZEA 1P1XA 2TSYA 4Z08A 3TSMA 3QQ1A 1MEWA 4JDBA 1GQNA 1SO3A 3MMTA 4HIBA 2Y7DA 5A5WA 3S1WA 1TRDA 3DENA 3O06A 3W73A 2V9DA 3WJWA 3QM3A 1IIGA 2FPTA 3P80A 3H53A 3ATZA 3L68A 2BXVA 4IXXA 3HPXA 1K7FA 4FF7A 3UWYA 2H90A 1LLZA 4N9DA 4Q32A 3W7NA 3PF3A 1P0KA 2IQTA 1SSGA 3AO0A 2ZFAA 1P0NA 4JNMA 1H5YA 1AL8A 4NU7A 2CLKA 3LXCA 4MUZA 3P84A 5D2YA 3W7EA 4I7UA 2EAWA 5FF3A 3DFQA 4JGDA 3G1YA 4RZ4A 2G95A 1TSIA 4ZQNA 3HIJA 2G96A 4XBSA 4GUGA 4WY0B 1I2QA 1G4SA 1TRIA 3OVQA 4QJ1A 1UCWA 2CU0A 3W7MA 3PS7A 3S5ZA 3EX2A 4DO4A 3M9YA 4LVAA 3NM3A 3UQNA 3A5FA 3NQDA 4LVFA 5AFDA 2QJGA 4LC8A 3EWBX 3UXAA 2RDUA 2Q8ZA 5LNWA 4QM1A 1EWEA 4O52A 1F7BA 1M7OA 1OYAA 3BLFA 3SGZA 4D2JA 4RLIA 3UD6A 1PIIA 5F1UA 1BKSA 3P81A 2ZRVA 1WQ5A 2GQ9A 4CNOA 1Q3NA 3CPRA 3DU0A 1OYCA 3BG3A 4JTSA 1H1YA 1JUKA 3TSDA 5I3FA 3UZ5A 3ZWTA 3EKLA 4JTHA 1TV7A 1FBAA 2VFDA 3TROA 2V8ZA 3S8HA 3B0VC 3W75A 2A7PA 2F84A 4JTUA 4R7JA 3C52A 2I9EA 2DU2A 1PE1A 2ZZ5A 1HO1A 3UWWA 1VYPX 4WXYA 1O94A 4O14A 1JCYA 4Y96A 1PL9A 4OGZA 3L2IA 4N02A 2C6QA 4JTTA 1QPRA 5AHEA 4UR8A 1WYIA 1ICSA 1GVRA 2EF9A 2CLMA 3KX6A 1XC4A 4IX2A 4O18A 3T44A 4IUOA 3DFOA 2OJPA 1TTQA 3B4UA 1ZY9A 3F03K 4K8EA 2CLEA 4TMBA 1YLVA 1F2JA 2Z1BA 4MIMA 1U83A 4WOZA 4DPPA 4XUGA 5AHFA 3R5EA 4LC6A 1FWSA 1GVQA 4FNRA 2ZZ1A 1LLWA 1ZALA 3GXPA 1VYRA 4BR1A 2TRSA 3C6CA 1I4NA 3W2MA 4XKYB 2QCEA 2JGYA 3P7YA 4BI6A 4DQWA 2X1RA 1FDYA 3HG2A 1S5TA 2NLIA 4ZQCA 4PFMA 4KFPA 3W7GA 5D02A 2NZLA 2TPSA 1QO2A 3EWUA 5J5DA 3F4WA 2TYSA 1LTDA 4M7TA 4UR7A 3A23A 4N9CA 3INPA 5F2GA 3UWUA 3M41A 5LKYA 2B7PA 3DI1A 3MHFA 2ISWA 5CKSA 2VEPA 4WD0A 1UB3A 5HNRA 3PSVA 3W9ZA 1HL2A 3V75A 3S1UA 5AC6A 4IMCA 4ZQMA 4MY1A 1ME7A 2V2HA 4O12A 3V1PA 4CCCA 4JX6A 1Z42A 4UMCA 3PUDA 1C29A 4MJZA 1I2OA 4JN6A 3H54A 5AOUA 3G1FA 4H3DA 1B57A 1XUUA 2HS6A 3QYQA 3VFLA 3FKRA 4NNAA 3H55A 3NZ1A 2DJLA 4MFEA 3ANYA 3UNDA 3GDMA 1TPC1 2J9YA 1TPFA 1WA3A 1KV5A 2R91A 1W5MA 4Z0JA 2VC6A 2FJKA 4Y9AA 3RFAA 3W7CA 4RXGA 2CZDA 3NA8A 1GG1A 4K6AA 3NQAA 5H2ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3FLU A;  1J2W A;  2CWN A;  3IGS A;  4LRS A;  5LNU A;  4KKX A;  5AHL A;  3LER A;  3NL2 A;  3LHV A;  3STC A;  5U7S A;  4JTF A;  3T55 A;  4Z1A A;  5D32 A;  3VND A;  3JR2 A;  4POC A;  1SZF A;  3KVM A;  3MUX A;  5C2X A;  2Y7G A;  1SR9 A;  3TA6 A;  2E1D A;  1TPB 1;  2B7O A;  2FPY A;  3M47 A;  2WV8 A;  1BEU A;  3E02 A;  4YL2 A;  2C15 A;  2W6R A;  3CM4 A;  1AMK A;  3GAK A;  4DEL A;  2EKC A;  1SO4 A;  4N9B A;  5D33 A;  3EX1 A;  1J5T A;  1W8S A;  4IPI A;  4EF9 A;  4NUW A;  1ALD A;  3G1A A;  2E5B A;  2J24 A;  1H1Z A;  3ABQ A;  3VE7 A;  1T96 A;  3GYE A;  3U2O A;  3STG A;  3BVJ A;  3VCR A;  1OVD A;  5IM5 1;  3O63 A;  2NX3 A;  5AC7 A;  5AHI A;  5AHM A;  2DZV A;  3TFC A;  2B7N A;  4AXK A;  4WZH A;  4GFS A;  4NX5 A;  1OF8 A;  1SFL A;  1QPQ A;  3THQ A;  5LZL A;  4QAI A;  2YXG A;  1LOL A;  1YAD A;  4W9T A;  4WXZ A;  1TYG A;  4NXS A;  2DZT A;  4QNE A;  1VLW A;  2V2C A;  3TJX A;  1XFB A;  4R53 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4K2S A;  2HSQ A;  3C6C A;  4P7L A;  1IZK A;  2QCE A;  2YL7 A;  2JGY A;  3QZC A;  4BQ2 A;  1VLT A;  1SZR A;  4BI6 A;  4HMC A;  5HNN A;  1FKW A;  3L2M A;  3CS2 A;  3OPS A;  3GNO A;  4ZQC A;  4ERG A;  3LUT A;  3CZ8 A;  4X0N A;  3W7G A;  3W28 A;  1Y8B A;  2CCR A;  3KRB A;  2TYS A;  1LTD A;  3KYI A;  2R02 A;  5F2G A;  3UWU A;  3M41 A;  3MHF A;  2ISW A;  2HSB A;  2VEP A;  4WD0 A;  2XFR A;  2DIJ A;  2VUR A;  1QSP A;  2XVN A;  4DNH A;  4K3Z A;  1K8C A;  2L6G A;  2JFE X;  4JTD A;  1JYW A;  4CCC A;  1Z42 A;  2ZX8 A;  3O0F A;  3PUD A;  1CGW A;  4MJZ A;  1TVL A;  1XIC A;  3VGD A;  3G1F A;  4H3D A;  2Y8K A;  2BGQ A;  3JZ0 A;  1J0H A;  2D3N A;  2OVL A;  3FKR A;  4NNA A;  1EBG A;  4CGT A;  3ITL A;  3UJR A;  5AVH A;  2D24 A;  3V3W A;  3NZ1 A;  1XD0 A;  1ZYR F;  2J9Y A;  1TPF A;  2R91 A;  3KBS A;  3BLP X;  4Z0J A;  1HY5 A;  1XQK A;  1M9H A;  2A69 F;  4AD5 A;  2FJK A;  4Y9A A;  3W7C A;  4RXG A;  1GG1 A;  1UW9 A;  3NQA A;  2HIS A;  4QI0 A;  4A6G A;  4Q4Q A;  1X7F A;  1FRB A;  1NAL 1;  4K1G A;  1UR2 A;  1TQG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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