The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
79
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sequence length |
247
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structure length |
241
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Chain Sequence |
GSPMETLITAMEQLYTLGALDDEGLLTRLGRRMAEFPLEPMLCKMLIMSVHLGCSEEMLTIVSMLSVQNVFYRPKDKQALADQKKAKFHQTEGDHLTLLAVYNSWKNNKFSNPWCYENFIQARSLRRAQDIRKQMLGIMDRHKLDVVSCGKSTVRVQKAICSGFFRNAAKKDPQEGYRTLIDQQVVYIHPSSALFNRQPEWVVYHELVLTTKEYMREVTTIDPRWLVEFAPAFFKVLDHGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural analysis of the C-terminal domain of the spliceosomal helicase Prp22
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ATP-dependent RNA helicase DHX8
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
79
|
| structure length |
241
|
| sequence length |
247
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| ec nomenclature |
ec
3.6.4.13: RNA helicase. |
| pdb deposition date | 2009-07-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04408 | HA2 | Helicase associated domain (HA2) |
| A | PF07717 | OB_NTP_bind | Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3I4U A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1H6G A; 3EJN A; 3H65 A; 2B0J A; 1VLS A; 4NQF A; 4FX5 A; 4BEJ A; 1V74 B; 4EBB A; 3B0V C; 4LDR A; 5EHH A; 4O6M A; 1ZHT A; 1YLM A; 4I1M A; 5DLJ A; 3OEO A; 4DVY P; 2VAS A; 4QI2 A; 4YL0 A; 2GFH A; 3TQO A; 3V7O A; 4OIR F; 1S05 A; 2EPK X; 2J8W A; 1WTY A; 1EKY A; 1FFH A; 1I4Z A; 3FMS A; 2HZ8 A; 2WB7 A; 3ZTM A; 2NUP B; 2O9X A; 5COM A; 2A69 F; 1QSP A; 5F28 E; 1UG7 A; 4BJT A; 4C3D A; 2NPU A; 4CIP A; 1Q0G A; 4CS8 C; 4YK5 A; 1QQ3 A; 5KYW A; 1FAP B; 1TWH A; 3NYL A; 3VAY A; 3W2W A; 3FAP B; 3FDQ A; 4G7Z F; 5DS5 A; 2IYL D; 3W2V A; 5B1A C; 2PX0 A; 4JC7 A; 3R2P A; 2P1A A; 3SYN A; 2FFH A; 3UGP A; 2FGY A; 2J7P D; 4MW3 A; 3MYF A; 1Z3I X; 5B3I A; 2OU6 A; 4U5H A; 3DAG A; 2G3K A; 4EIY A; 3RQE A; 4RD9 A; 3I5P A; 2QE9 A; 4EBJ A; 1C03 A; 5A6K A; 256B A; 5BQI A; 1A41 A; 4W8P A; 1PV3 A; 3V5Y A; 3KMI A; 4NC3 A; 3Q6M A; 2AP3 A; 3TOM A; 1HW1 A; 4NY3 A; 1XZQ A; 4Z9J A; 3C18 A; 3GEH A; 4K1O A; 1R5I D; 3GM1 A; 5E2Q A; 4AK9 A; 4LAC B; 2L6F A; 4BPM A; 1A7D A; 5F5F A; 4NTA A; 2YHS A; 3ECS A; 3U9J A; 2EPO A; 4YT8 A; 4EHP A; 3Q7L A; 4MVM A; 4U9E A; 3U0C A; 2VB6 A; 2F22 A; 3M15 A; 3JTL O; 1ZHW A; 3L34 A; 3O6X A; 1NFN A; 3RIP A; 3B29 A; 1E83 A; 4CDY A; 2Y69 C; 2V3C C; 1M56 C; 1WWP A; 2WVO A; 1D0Y A; 2WZL A; 4IAQ A; 3DAF A; 3Q6N A; 3T6B A; 3WG7 C; 3EGX B; 1ZZP A; 1VYK A; 3ATP A; 4WGZ A; 4C3B A; 3PHF 2; 1LE4 A; 4MVZ A; 3JSZ A; 3LNM B; 2WVQ A; 1RCP A; 1YZA A; 3V5Z A; 1MMG A; 3NYM A; 2MWQ A; 3BEH A; 2EIL C; 4WAB A; 3O55 A; 3LEO A; 3S29 A; 2R7T A; 1WGW A; 2OJQ A; 2QLA A; 4N6H A; 1YA7 O; 1QVX A; 4LLC A; 4Q7C A; 2KSF A; 1BR2 A; 4XLN F; 3S9O A; 3DXJ F; 1RKC A; 1V4A A; 3UMI A; 4CS8 A; 5B3S C; 2IBF A; 5JUA A; 1E85 A; 1FNT c; 4JTC B; 1Q0M A; 4XEF A; 5DQT A; 3NG1 A; 2YQY A; 1Z6A A; 3O39 A; 4N06 A; 1T9K A; 2OG2 A; 2OKU A; 4MVU A; 5B1B C; 1CPQ A; 2AWY A; 3ZSU A; 1E84 A; 1H9G A; 1JRA A; 1L7C A; 2JX0 A; 3BRJ A; 3JZ0 A; 4N4W A; 5HSW A; 2IXM A; 2DGJ A; 2XLE A; 4DVZ A; 3CAX A; 1G4U S; 3RW0 A; 2OEV A; 2ETS A; 3VF0 A; 2HMQ A; 2J46 A; 3DE8 A; 3EFO B; 3F46 A; 5BQG A; 3U3B A; 3JYY A; 2IXN A; 2YZS A; 1YDI A; 4ONS A; 4DRJ B; 4YT4 A; 3RFY A; 3S28 A; 3ZIB A; 2L81 A; 4U5C E; 1TWA A; 4DBQ A; 4JCZ A; 1HW2 A; 2I15 A; 4DRI B; 1N1C A; 3JYH A; 4XPW A; 1K04 A; 1RXQ A; 2DYS C; 4G7H F; 2ASR A; 1FMW A; 1TFK B; 2NSF A; 2OOC A; 2A68 F; 5DS6 A; 2LFD A; 4KNW A; 3WOD F; 3TD7 A; 1BR4 A; 1RKE B; 1NZE A; 2LK4 A; 4CDA A; 1GGQ A; 2HV6 A; 4DBR A; 2VC9 A; 1OR2 A; 4NTF A; 3LJB A; 3PCV A; 2QY9 A; 3DWW A; 1YAR O; 1H7I A; 4J30 B; 1I5N A; 1MNE A; 2W4B A; 2JD3 A; 1OXK A; 3LUT B; 1A0B A; 2J45 A; 2X0C A; 4CJO A; 2BC5 A; 3FXH A; 1TKN A; 3PDM P; 5L0D A; 5KYN A; 1VK5 A; 1Y6D A; 2GAQ A; 2HUJ A; 2ZXO A; 1JOG A; 4I3M A; 1M2V A; 1LE2 A; 1YYX A; 1B68 A; 3ZVR A; 3L8J A; 1CGO A; 2R02 A; 1JPJ A; 4D4X A; 1ZHZ A; 2WVN A; 5E33 A; 1SYQ A; 2XXA A; 4PFO A; 3E9V A; 4DOZ A; 2A6E F; 1TQG A; 4MQ9 F; 3C7J A; 3R7C A; 1MMN A; 2PFD A; 3SNH A; 3U5S A; 1OW6 A; 2YL1 A; 4O6N A; 3X2Q C; 2J7P A; 2LQG A; 3NMI A; 2HSQ A; 3DE9 A; 4CX9 A; 4YT2 A; 2XS1 A; 1T6I A; 2D5R B; 4OIP F; 5L3Q A; 1KNY A; 5KYW B; 3DM9 B; 3IEE A; 2OQM A; 4LER A; 3GAN A; 3I5Q A; 2R05 A; 3NKE A; 1BDJ B; 2CNW A; 2HJ3 A; 2IM8 A; 3EHN A; 4Z9H A; 5BQH A; 1FMV A; 4A4A A; 4PJJ A; 3RVZ A; 4CIH A; 2X51 A; 4YL1 A; 3ZG1 A; 2XLO A; 2H7B A; 1DOV A; 3L8I A; 5L0G A; 3U2M A; 3TOL A; 4E18 A; 3IPM O; 5GPG B; 3A9C A; 3HNL A; 5JRA A; 1O3U A; 1VMA A; 1ZW3 A; 3EGD B; 4BJ1 A; 2R7S A; 1QKR A; 1ORJ A; 1D0Z A; 3AQC A; 1ORS C; 1Q0D A; 3ABL C; 4IJJ A; 5JSL A; 1HY5 A; 3DJN B; 3VM6 A; 5JVE A; 2Q9A A; 4LDQ A; 1ZVZ A; 3FAJ A; 5T3W A; 3A11 A; 1MMD A; 2DYR C; 2PP4 A; 3POV A; 3SXM A; 2LFF A; 1LI5 A; 4QDL A; 1D0X A; 1NSG B; 3B71 A; 2G3V A; 3NMJ A; 4WGY A; 5JT4 A; 3B9Q A; 2KC3 A; 4H54 A; 4LDK A; 3LNR A; 2VCC A; 3UMK A; 3S0X A; 5COG A; 4C7O A; 2UUI A; 1BR1 A; 3TUL A; 2J9W A; 3M4C A; 3RKO F; 4BEM J; 2IXO A; 1F1M A; 4P9T A; 3RF3 A; 4E7S A; 3RH3 A; 3X1O A; 4JJF A; 1YZC A; 4XEK A; 1Z23 A; 1NFO A; 3LS1 A; 3SXK A; 3EGD A; 3CQZ A; 2CNW D; 3ZQV A; 1E86 A; 2QUP A; 2ZXP A; 1HE9 A; 2A0B A; 3ABK C; 1FTS A; 3SP1 A; 1U0B B; 4WJ0 A; 4KI2 A; 5E3C A; 1IZM A; 1GQA A; 4H4K C; 3T6J A; 4K0D A; 1JAF A; 2Y3D A; 3AG2 C; 3DJU B; 3GEE A; 4O6Y A; 4ER9 A; 4U5B E; 4BJ5 C; 2NUT A; 2R25 A; 4U5D E; 4MTG A; 4ULW A; 2CGE A; 3ZTZ A; 4A2N B; 2A0U A; 1HE1 A; 2Q9C A; 4UDV A; 1YA9 A; 1BZ4 A; 3G4Z A; 2IXP A; 2XLH A; 2HJM A; 3ZQY A; 3ASN C; 1T6Q A; 4J32 B; 4IB4 A; 1PCX A; 1C17 M; 1EA8 A; 5DS4 A; 4J7T A; 1LS1 A; 3EQL F; 2H7V C; 2VCB A; 4FWV A; 3WHN A; 4C3E A; 2YVK A; 1ZU5 A; 3AG1 C; 4QI0 A; 3JRT A; 4E0H A; 3VRC A; 3EZH A; 3QMK A; 1QPU A; 1A7E A; 2XL8 A; 1LI7 A; 4AE4 B; 3LS0 A; 1TR2 A; 3EH2 A; 1TFO B; 1J8Y F; 1OCR C; 1ZHY A; 3K33 A; 1LKX A; 4CSA C; 1APC A; 2GWW A; 3HJC A; 2LCH A; 5A69 A; 3W8I A; 4BJ6 C; 3EZI A; 5EGY A; 4KBL A; 4EKW A; 3LAY A; 2Y3G A; 1A7V A; 4HE8 D; 1M57 C; 3Q7G A; 2HV7 A; 2HS5 A; 3N24 A; 1LVK A; 5KYY B; 2P7V A; 4YT5 A; 4JEA A; 1SZI A; 4MVQ A; 5HV9 A; 1QLE C; 1E2X A; 2NG1 A; 3T4R A; 2R7O A; 1V55 C; 2XSE A; 3EH1 A; 4AE4 A; 3MLG A; 1Y4C A; 3OWT A; 5KYU A; 5L0F A; 3W8H A; 2FAP B; 2L7A A; 2AWC A; 2CCY A; 2P6V A; 5D92 A; 3EG9 A; 3LES A; 1G5Z A; 4JIO A; 3ABM C; 5AGF A; 2NSG A; 3TJ5 A; 4KC9 A; 2C04 A; 3RVY A; 1OCO C; 1LIH A; 3T6G B; 3C62 A; 5JLI A; 1M2V B; 2A6H F; 2CW0 F; 3HTK C; 2R7V A; 2MYS A; 1CGN A; 3K7D A; 2VCA A; 4E0I A; 3GOD A; 2W4M A; 3RQF A; 5KYY A; 1OKK A; 4BJ5 A; 2XXA B; 1OCZ C; 2ZD9 A; 5FZT A; 2YLI A; 5BUO A; 4YL3 A; 2XLD A; 4BG0 A; 2L6G A; 2KYH A; 4U9D A; 1O5H A; 5FCL A; 1OQC A; 1U6H A; 5T1D B; 1LPE A; 3AOU A; 2R9R B; 3QW0 A; 2M4E A; 3GWN A; 4EWC A; 3GM2 A; 4EUK B; 4B6I A; 3DD7 A; 3IQT A; 3QVY A; 2UUH A; 4JTD B; 4MS2 A; 3C8Z A; 3TJ6 A; 4IRU A; 3T9O A; 3AJM A; 4JCH A; 4JZA A; 1YJG A; 1XZP A; 3DI5 A; 5A6B D; 1KU2 A; 4IAO A; 4P6I C; 3JSE O; 3KYJ A; 3O10 A; 4U5G A; 2XL6 A; 5F5H A; 4D4N A; 4PK4 A; 5AC4 A; 5K0I A; 3L1M A; 4CSA A; 1IW7 F; 2KJG A; 2WZF A; 4HFK B; 3MBG A; 4BJ6 A; 4PR9 A; 3HKK A; 2Q7R A; 4I44 A; 3CEX A; 5E3A A; 2XL4 A; 2HSB A; 4MTO A; 3SEO A; 1LM3 B; 2XLM A; 3C63 A; 2BE5 F; 1SR2 A; 4GQH A; 3UR3 C; 2XM4 A; 3JCU Q; 4CS7 A; 2I8B A; 1GS9 A; 4FES A; 2LSE A; 1Q0F A; 3NYJ A; 2Q4F A; 2WZG A; 2XLW A; 1OKK D; 2YL7 A; 5A6J A; 3UGO A; 3EHM A; 4XEV A; 4YN0 B; 3JT1 A; 3KH2 A; 4IGG A; 3RYL A; 2YLG A; 2PX3 A; 3NKD A; 1QZX A; 3OA1 A; 1JPN A; 1YYJ A; 4C7O B; 4PAC A; 2P0N A; 1OW7 A; 3U2L A; 3V5X A; 2EIK C; 3GEI A; 1NG1 A; 4K7B A; 4OD4 A; 1VLT A; 3KL4 A; 1C02 A; 1W2W A; 4O7G A; 1ZHX A; 4JE9 A; 4MND A; 4W8K A; 3SXY A; 2G62 A; 4G0H A; 4JUR I; 4YJW A; 1CGM E; 2YEV A; 4JKV A; 5KYX A; 2B0H A; 2OJE D; 3AQB A; 2KNH A; 3KYI A; 3QTH A; 5COF A; 1BBH A; 2Q00 A; 2XLV A; 2OEX A; 5L0H A; 3H2U A; 2ZXW C; 3IQ5 A; 3IHU A; 2NUT B; 3J06 A; 3QW1 A; 2ZPA A; 5L0C A; 1CPR A; 4ANJ A; 4PJM A; 5DVW A; 2Q9B A; 5A6A A; 1V54 C; 1EI7 A; 1OCC C; 3AG4 C; 5L3V A; 2TMV P; 4DXW A; 4OIQ F; 3NRH A; 4G78 A; 1DOW A; 1PD1 A; 2YKZ A; 4XPY A; 4OIO F; 1WAS A; 3PMR A; 3C8G A; 2XRH A; 4N6C A; 4MVR A; 3N0T A; 3LLK A; 1EQ1 A; 2GDC A; 4CS9 C; 5JS5 A; 2LD6 A; 2OCC C; 4KNV A; 4RBN A; 2KW3 C; 3LEV A; 2DB4 A; 5JP7 A; 2MHR A; 2V26 A; 1ORY A; 1RJ9 B; 3W4Y A; 3HNI A; 4AL0 A; 2R7Q A; 3IQC A; 2DI3 A; 4DRH B; 1O87 A; 3NDB B; 1KTM A; 3L0I A; 1JMW A; 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4CS9 A; 2Q3T A; 3AG3 C; 1I4Y A; 4E17 A; 4E7Z A; 3WAQ A; 1WAT A; 2J0W A; 3EGX A; 2J9U A; 1ZYR F; 2J9B A; 1HMD A; 2EPN A; 2YL0 A; 3AGT A; 1OXB A; 3K66 A; 1L3P A; 2HFI A; 3TK0 A; 1JR8 A; 1AEP A; 2QTV A; 1U89 A; 1ZW2 A; 2EPM X; 3US6 A; 1NU7 D; 3DMD A; 4FAP B; 1OW8 A; 2H7O A; 2GA0 A; 4PJN A; 2J9V A; 2HKV A; 3H2V A; 1D1B A; 4R32 A; 4DJ9 A; 3U3F A; 2M64 A; 2KK1 A; 3JRM O; 4AL1 A; 3MFN A; 2R7R A; 1YAU O; 2RD9 A; 3MYI A; 5TJ5 E; 4MTF A; 2L9J A; 3DZA A; 1M6T A; 4CJG A; 3GOR A; 2KQ9 A; 3DM5 A; 2A1D D; 2E87 A; 2EIN C; 4HEA J; 2AVK A; 1GM5 A; 1Z63 A; 3KKB A; 1TWC A; 2XS8 A; 1G4W R; 4PFP A; 4YWQ A; 4L6R A; 1FFT C; 1UFB A; 2P61 A; 2EIJ C; 2L6H A; 2R03 A; 3SZR A; 3CSK A; 1AUE A; 1YVI A; 2AU5 A; 4GEH A; 3S90 A; 3K1I A; 1D1A A; 3EFO A; 3G50 A; 4P9F A; 3U8V A; 5KYX B; 3U8P A; 4JEB A; 2KGO A; 1WN0 A; 4JTA B; 1D1C A; 4MVS A; 4MW8 A; 3E70 C; 2PBE A; 3KPH A; 1SMY F; 1XWJ A; 4Q5S F; 5CI9 A; 1VTM P; 4U5F E; 2Z15 A; 4XQ1 A; 4IWB A; 1J8M F; 4J7Y A; 2CYD A; 2J0X A; 4F4B A; 2IOQ A; 5L0J A; 2JPU A; 3IQ6 A; 3K1H A; 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