3B0UX

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus in complex with trna fragment
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
LDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALLALSTKANREIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLME
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords RNA (5'-R(*GP*GP*(H2U)P*A)-3')
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Thermus thermophilus
total genus 126
structure length 312
sequence length 312
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0uX02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0uX01
3CWNA 3MJYA 1P0KA 2YGYA 4PFMA 2VFDA 2CLEA 1JRCA 1S5VA 4NU7A 1G7VA 5I3IA 2C0AA 4HSNA 3WJSA 1IXQA 4UFMA 1U5JA 1KA9F 4LUJA 3VFLA 4LVAA 4CQ9A 3LLFA 1EP3A 3EB2A 3L68A 1SQ7A 3AJXA 7TIMA 1KBJA 2ZQ0A 3DBPA 5HR6A 1YTDA 5EKYA 1VCGA 5CZJA 5FF3A 1SSDA 4O18A 1LTDA 5FF2A 2ZZ7A 3NPVA 1GTHA 4FNPA 4S2CA 1RVGA 2QDHA 4MZ8A 4GE8A 4DXVA 5G5IA 4FNSA 1IGSA 2GVGA 3W1QA 4KKXA 1EWDA 2CWNA 4RV8A 3W7LA 1KBIA 4KWVA 2ZRYA 2A2IA 3HPXA 1W8SA 5MHBA 1EPXA 3ZFHA 5LGXA 2FPTA 4UTHA 1AG1O 3QH2A 1SU5A 2FPYA 2NUXA 1G4EA 3F4WA 1ZFJA 2NX1A 3LB0A 1OK4A 3LOTA 1W1ZA 2BSLA 3LHTA 2HTMA 4GUFA 2X16A 4ZQPA 1SSGA 4D2JA 2QCHA 4OT7A 3MYPA 2J6XA 1JCMP 4QQ3A 4HNNA 3NQEA 4ZQRA 4IPJA 1TQJA 3B8DA 3IIZA 4YMZA 2YFOA 3KRUA 4MPQA 2TSYA 4O53A 3E49A 4UTWC 1VPXA 4O4WA 1K02A 3KVKA 1CX9A 4FF7A 1OABA 3TMLA 2Y62A 4HIBA 1LOSA 2ZRUA 5HUOA 4Z1AA 3BW4A 4Q4KA 3MP5A 3TAKA 2QJHA 4NJHA 3SZ8A 3EWBX 4QNEA 3LHWA 1I2RA 4ADUA 4XQ6A 3IRDA 4JTFA 4A2SA 1K7EA 3OVRA 2PRLA 4BR1A 1H50A 3IVUA 2E6AA 2I9EA 4TMCA 4H4IA 3O8AA 4RCXA 3LRLA 4ZZ9A 4Q33A 1DHPA 3B0UX 3M43A 4O50A 2I14A 3NPXA 1M7OA 1AMKA 1UASA 4EWND 1OFOA 1KTCA 4JNMA 5BNKA 2QCDA 3DZ1A 3A24A 2ALDA 3DFOA 3E9AA 1KV8A 2X1SA 3VNDA 3ABQA 1TV8A 3WK0A 4DBEA 1F76A 5D04C 3GDKA 3W7DA 3S5YA 3R8RA 1JJKA 3L65A 5K4ZA 3P84A 3S42A 1LLWA 2NX9A 4ZQCA 3DFQA 2A85A 1SO6A 1G69A 4O17A 1Z48A 3W75A 1K03A 5EL1A 4JEQA 3DKJA 1A5BA 5KSWA 1ZNNA 1TV5A 4JTLA 4K8HA 1PE1A 1ICQA 3W1PA 5E1QA 3S8HA 3KVLA 2C1HA 4WZHA 2ZTKA 1LLZA 1GTEA 4UFLA 4PEKA 2QJGA 3W23A 1L6WA 1OFAA 4FX7A 5AC6A 1PV8A 2VFEA 4IX2A 5D03A 2NWRA 3QF0A 1RQEA 1NF0A 3N2XA 3NQMA 2BTMA 3IIOA 2RKXA 4HNTA 4O1DA 5DCDA 3U2OA 3P74A 1T99A 4RZ6A 1VRDA 4CCCA 3OIXA 5F4SA 4Z1BA 3DHFA 1UUMA 1QMLA 1BEUA 3LM7A 3TAOA 2BZNA 2YR1A 4UFHA 4N6EA 1DV7A 4QISA 3C61A 3PC0A 1IXPA 3PSWA 2YYTA 4YWIA 4CCDA 3WJWA 4NX0A 1KM6A 3F03K 1YPIA 4NX5A 2FQIA 4BK9A 4DELA 2QAPA 1M6JA 1C9DA 2YW3A 4XKYB 2X1RA 3G1FA 3NA8A 1GVOA 3FIGA 3M5ZA 4MFDA 4NQ1A 3BLFA 1M7PA 3L66A 2WNNA 2NX3A 4L4MA 1OFEA 3C6CA 3MI6A 5CKSA 3PM6A 1I2PA 4LVDA 4DF1A 2XN0A 1HL2A 2CU0A 2PC4A 4AAJA 5G2HA 4GUIA 5HUPA 3W2JA 2C3ZA 2C6QA 2Y7FA 3CLMA 4AEOA 4DBDA 3A5FA 2FFCA 3W83A 4ADTA 4DO5A 1GG0A 1RPXA 3H53A 2LLEA 3N73A 5BMWA 2V30A 1EX5A 5D30A 1F5ZA 2GJNA 4AVFA 4WY0B 1ADOA 1EWEA 4FEZA 3S0CA 2ZZ6A 3QPZA 1KTBA 3WJXA 3DXIA 3NDOA 4HT3A 3MP4A 4S2BA 4OV4A 4LC8A 2ATMA 5A5WA 1HUVA 3TC7A 3IGXA 3TMQA 1QO2A 3EX2A 4KWWA 1O5KA 3VCRA 3S5OA 3MI2A 5LNWA 3FEMA 1OF6A 3KX6A 2WNZA 4N2YA 3R13A 4AWUA 5CZ0A 2V5LA 3I7QA 5I3HA 3DGRA 4KFOA 3TU9A 1BWLA 1EUAA 3A5VA 1AW1A 1A53A 2JKEA 1S5WA 2YW4A 5U4NA 3GXTA 4JYFA 1IXOA 4AMAA 2EGZA 3WJYA 2BX7A 4JYDA 4EOUA 5DELA 1TCDA 2PRMA 4GXMA 2FTPA 2V9DA 4LRTA 3M6YA 2J27A 4Z0SA 1PIIA 1H7NA 2ZRZA 2J9XA 1HG3A 1KFJA 1WAUA 2VFHA 3L21A 3LCIA 4PA8A 1FXPA 5CPOA 2Z0IA 3O15A 5DCBA 1FBAA 1B57A 3GYEA 5AYZA 4EF8A 2ZRXA 1SZFA 1TJRA 3NG3A 1LRNA 1SO3A 4YXGA 1VHCA 1OFPA 3EEGA 3IV3A 2J9YA 3ATZA 2HMCA 2ZZ3A 4CQ8A 3TCEA 1BWKA 4RX0A 5ABTA 2WPBA 1KM4A 1LRQA 5K9DA 5FEPA 1I45A 2Y7DA 1DBTA 3GLCA 3P60A 1XM3A 2E5DA 2Z6IA 4NJIA 1NAL1 3HOJA 1O95A 1W3NA 2XN1A 3SIZA 1QCWA 2VFIA 3TW6A 3W07A 2AGKA 2C19A 3M1ZA 1KV5A 3CC1A 3P82A 3MUXA 3CU2A 1Q3NA 4IMEA 2CFFA 2ZZ4A 4WX2A 3UNDA 4FB7A 3UWVA 3NXFA 4AF0A 1HFBA 2YFNA 3IVSA 5HR7A 3UPBA 4BWLA 3PUDA 2YZRA 3EWUA 1D3HA 4K36A 4QJ1A 1B3OA 5BRBA 1P0NA 3LERA 3S6DA 2WSRA 4E0CA 3I7SA 2A5HA 1FWWA 4O1BA 5AYXA 2CLFA 4MFEA 5DN1A 3KRSA 4M6VA 3G1YA 4CNPA 3DENA 1VYPX 3G22A 2QR6A 1IXNA 4BI5A 3LCHA 2DJXA 2E68A 4FO4A 3QRHA 4PL2A 4BI7A 2VXNA 2GQAA 2NUWA 3N14A 4UC5A 1H63A 2BWGA 3SFKA 1VGAA 4NUWA 2H6RA 1R30A 4FXSA 4GRSA 3PY2A 3QZEA 2E1DA 2RDUA 2PRHA 1FCVA 4MY8A 2GVLA 1GQNA 1TTQA 2H8XA 4JIQA 1GYLA 3G1SA 4FX6M 1NFBA 4O28A 2Y7GA 3G18A 1LROA 2XN2A 3CHVA 4QSHA 3ABSA 3UY7A 1DVJA 1W37A 4HN4A 3S1WA 1JULA 1DJQA 1LOQA 1KM1A 4UMAA 2DZVA 2B0MA 3MYOA 1ZAIA 3NQ8A 1B4KA 4LNYA 2AAMA 3B4UA 3T7VA 3GB6A 3I68A 1P1XA 4O4VA 1SPQA 2ZBTA 4POCA 1YXYA 2B7NA 3CEPA 4N9CA 2Y61A 1LBMA 1SFLA 3U6WA 4WD0A 2RHGA 3G1AA 3F1QA 4ZVJA 3A9IA 2VFGA 4JY8A 1WBJA 4LRSA 1PS9A 1OVDA 4QM1A 2CZFA 2QJIA 1K3UA 5KINA 2F7FA 2UV8G 4IOTA 1A5CA 4JTTA 4MLRA 1OX4A 5F2MA 2TRSA 4B5NA 4IMCA 2E09A 2P1FA 3MHUA 4LV4A 1VS1A 4TO8A 2ZYFA 5AHLA 4DO6A 4HKPA 4IX0A 3LI0A 1N7KA 1JRBA 3A22A 1PHQA 2DORA 3T4CA 3W2LA 3LXAA 4QITA 4FNQA 5FESA 5D02A 3G1DA 5C5YA 2KZHA 3BV4A 3EX1A 5AHIA 2F84A 3NQ7A 3N9RA 4GFSA 1XBXA 4LWWA 2ISVA 1ME8A 4JTJA 4TIMA 4DF0A 3WFAA 3CB8A 1H60A 1PL9A 3HJZA 4ORIA 3N19B 1ZENA 1OFDA 3SR7A 3TE9A 3E96A 1ICSA 2QUTA 1TPH1 5HQEA 2C16A 1FWNA 3LV6A 4K7VA 2NLIA 3TSBA 1AW2A 2W79A 3UPWA 1W3IA 4XBSA 5KZEA 2QCGA 2B7PA 4E38A 1W5QA 4MY1A 3OG3A 2QCDB 4UUIA 3WK3A 3L9CA 1FCUA 1PHWA 1I4NA 2H8ZA 3CEUA 3HQ1A 1QAPA 1F6KA 2ZRWA 4O10A 4AWSA 4IJBA 1H1ZA 3NL5A 5F1VA 3QJAA 3G0UA 2B7OA 2V0TA 1U83A 1D3GA 3B04A 1VHNA 2Z2UA 1KFBA 5G2IA 3ZWSA 5EBUA 5D2WA 5KZMA 3W1TA 4DEFA 3L0KA 1W5MA 3MHGA 3CIWA 3C0JA 3LRMA 4Z0JA 5HULA 3AO0A 3CQ0A 2JBMA 2WSYA 3MWAA 3LHVA 1HTIA 3LCLA 1OX6A 5GVJA 4RJEA 1YLVA 1AL7A 5L9FA 3MMTA 3C2OA 2EHHA 2CLMA 1XC4A 4PODA 3W1MA 2ZRVA 2CLIA 1B4EA 3L2IA 2NXIA 4NXKA 3OVQA 4AWTA 4Z1DA 4MUZA 1LORA 3GNNA 1KLYA 4HSOA 1H51A 1W54A 4M7SA 3L5MA 6ALDA 2QCLA 2P10A 1WQ5A 2QCNA 3LHUA 5CSSA 4PCFA 3HG5A 1F05A 4I7WA 4A29A 3G24A 3I6RA 3DI1A 4O11A 3Q2DA 4M5PA 4BFAA 2NUYA 3P80A 5LKYA 2GQ9A 5CZSA 1Z41A 3OHIA 2NXHA 5G4EA 4O0KA 2WV8A 3TSMA 3PAJA 1JCXA 1Q45A 4JICA 3GDLA 4NNCA 3WJZA 4AHOA 3W71A 2Y7EA 2R14A 3PB0A 2C18A 3KAOA 1WXJA 2QDGA 4J9JA 4OE7A 1QWGA 1T0OA 5HWNA 3W7CA 1DKWA 3CM4A 3GX9A 4OQVA 4LVBA 5EMUA 4LV9A 1DORA 4PH6A 1CW2A 4NNBA 1OF8A 3GNDA 5LZLA 4P61A 3L0GA 3PBUA 3TUUA 3G3DA 3LGEA 1RQBA 1JUKA 1M5WA 4GC4A 1YADA 2V82A 3W2UA 2Y88A 2GOUA 3LTYA 1F2JA 3L67A 4FNTA 1WBHA 2VC6A 2DZTA 1OHLA 3MW7A 1VLWA 3SSJA 3M44A 3UWZA 1YDOA 1UJPA 3C2FA 2QCFA 4UTUA 3DKLA 4H3DA 4YCOA 4K6AA 3BG9A 4IPIA 4O13A 1PVNA 4O12A 2A7NA 5FEWA 1OFRA 4XTIA 1LYXA 5D2VA 2JKPA 1LCOA 3MP3A 4L4LA 5AB3A 1G7UA 4UMCA 3JRKA 5J5RA 4JS3A 3TKFA 1S5TA 2VEKA 3LCXA 1TTIA 3LCFA 3NQCA 4HPJA 3W2KA 1R47A 1W56A 1TIMA 5G2WA 5HMSA 2FDSA 3W7IA 4FX8A 3JR2A 5EY5A 2DZUA 2HS6A 3M9YA 4NT0A 1DL3A 2G97A 2FJKA 5D37A 4X9SA 3W1AA 2Z1BA 3W6YA 3THAA 2C14A 2DZXA 3CWOX 1YXDA 3T55A 3EKZA 3HPZA 4E2DA 3LBMA 3N2MA 2ZTJA 2GJLA 3FA5A 2QEZA 3B0PA 1G4TA 4BI6A 3M7WA 3NL2A 1H7RA 3PWAA 1YTKA 3NVTA 2Y89A 4I7VA 1ME9A 3HO8A 2A0NA 2A7RA 4NJJA 3EWYA 2W6RA 4M19A 5DCEA 1HO4A 1W5OA 2R8WA 1R2RA 4JX6A 1FQ0A 1JVNA 3Q94A 4KFNA 4X3ZA 3WK1A 1R46A 1GT8A 1DJNA 3I7RA 1QNVA 2A1YA 1NF7A 3W22A 2VEPA 3R2GA 1KM5A 2PE4A 4UTWA 4I9AA 5CPNA 3QMTA 5FF0A 1L2UA 1T8XA 3V1PA 5IBXC 1V7YA 4MVAA 3JS3A 4HNUA 2Q3RA 4UTTC 3HMJG 3W7RA 5BMXA 1RD5A 2OCZA 3O6YX 3GDRA 2CLLA 3W7QA 3W1LA 2CLKA 3DFNA 1F6PA 3CIXA 4OBTA 5D38A 3TIMA 5E0KA 3TV8A 2V2HA 3W88A 3IIPA 3NPWA 5K3VA 5LHEA 2CZ5A 3NL3A 3QC3A 1YPFA 4NJGA 4C1KA 5DBUA 3E0IA 5CPLA 1MXSA 1ZJIA 3QSTA 3HGJA 3GVGA 4UFIA 2OT1A 3F4NA 1L6SA 3M41A 3W7OA 3UWUA 3TXZA 1SZEA 3N9SA 4WJEA 3BARA 1W5NA 1AL8A 3IVTA 1OJXA 1W31A 3NQ6A 4TR9A 2VFFA 3NQ2A 3R89A 3RMJA 3NM3A 1I2QA 3STFA 4JTUA 5EPDA 4TU1A 4AF0B 1YYAA 2CLHA 5LNRA 4O1AA 1WYIA 4MLJA 1IIHA 2Y70A 3FYOA 1TREA 3KHJA 1KFEA 3IEBA 5TBOA 4DQWA 5I3GA 4ZQMA 2DZPA 2V2CA 3FS2A 3P5YA 5BW6A 2XFWA 4MZYA 1XKYA 3FJ6A 4AB4A 1I2NA 2VELA 2J88A 3M16A 4A22A 1TRIA 2NXGA 1TPFA 2BLEA 3FKKA 5C55A 4OV9A 3EWXA 1FY6A 1TPEA 1WOBA 2X2GA 5KMYA 4JD4A 1QPQA 5AFDA 1H1YA 5SWUA 4UXDA 3BO9A 3NZ1A 3NQFA 2TYSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4DXK A;  1M56 C;  2WMI A;  4YTU A;  3KBN A;  1VIW A;  3EWB X;  4QNE A;  4XZI A;  1JPJ A;  1CGU A;  3N4E A;  1CEO A;  3WUE A;  1B31 A;  3OVR A;  2E25 A;  4JJG A;  1QUM A;  3U3F A;  4H4I A;  4RCX A;  4QCF A;  2WB7 A;  4X0R A;  1CCW B;  1BQC A;  4GH3 A;  1UAS A;  4E0I A;  1JYX A;  3QW1 A;  2R1L A;  1XZP A;  3L4Y A;  1JI1 A;  4DBE A;  1F76 A;  2FVK A;  2WNW A;  2V5K A;  2P7V A;  2Y3H A;  3R8R A;  1GON A;  2Z2B A;  3DE9 A;  3LNM B;  2OEM A;  3BLK A;  4B5U A;  1E9Z B;  2OG9 A;  4AYS A;  1Z48 A;  3EDD A;  4LLC A;  1TWZ A;  1HVX A;  4JEQ A;  3FEQ A;  4BKN A;  3VII A;  1OGG A;  4XEV A;  2HJM A;  3N12 A;  3KOY A;  4LF2 A;  4HFK B;  1E1E A;  1Q4N X;  3AWN A;  1F07 A;  4XAZ A;  3IK4 A;  4R7W A;  1Q0M A;  1LLZ A;  1GTE A;  5B1A C;  1ZS2 A;  2QJG A;  1WZA A;  2XFF A;  1L6W A;  2BNJ A;  2REQ A;  2YBT A;  1PV8 A;  2WCS A;  4ZEP A;  5D03 A;  1XH1 A;  3QF0 A;  3T42 A;  2BTM A;  5IOB A;  2WZE A;  2WHL A;  4DJF C;  3VKA A;  2PX0 A;  5F4S A;  4Z1B A;  3DHF A;  1UUM A;  5KYU A;  3OA1 A;  1QML A;  5JU6 A;  1IYX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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