The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
|
sequence length |
111
|
structure length |
111
|
Chain Sequence |
DCPQDREELGRNTWAFLHTLAAYYPDMPTPEQQQDMAQFIHIFSKFYPCEECAEDIRKRIDRSQPDTSTRVSFSQWLCRLHNEVNRKLGKPDFDCSRVDERWRDGWKDGSC
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of a hexahestidine-tagged form of augmenter of liver regeneration reveals a novel Cd(2)Cl(4)O(6) cluster that aids in crystal packing
rcsb |
| source organism |
Rattus norvegicus
|
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| molecule keywords |
FAD-linked sulfhydryl oxidase ALR
|
| total genus |
40
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| structure length |
111
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| sequence length |
111
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
1.8.3.2: Thiol oxidase. |
| pdb deposition date | 2011-03-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04777 | Evr1_Alr | Erv1 / Alr family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MBG A; 3GWN A; 3LLK A; 3R7C A; 1OQC A; 3U2L A; 4LDK A; 3U2M A; 1JRA A; 3U5S A; 3O55 A; 4E0I A; 1JR8 A; 3W4Y A; 3TK0 A; 3TD7 A; 3LLI A; 2HJ3 A; 3GWL A; 4E0H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DB4 A; 5CI8 A; 3CQZ A; 1CGN A; 4O79 A; 5JUA A; 1ZVZ A; 1XZQ A; 3MFN A; 1L7C A; 2YKZ A; 3RKO F; 1MMN A; 2IXM A; 3EGX A; 3LES A; 1UG7 A; 2R7O A; 1Q0K A; 1YZC A; 1YLM A; 1J8Y F; 1H9G A; 3K7D A; 4MVO A; 3B71 A; 4U5G A; 1PD1 A; 1Z23 A; 3C63 A; 3HKK A; 3RFY A; 4ZLC A; 4G7O F; 2CDQ A; 3RYL A; 1F1M A; 1Z6A A; 3C8G B; 3DAG A; 3K66 A; 2PBE A; 2TMV P; 1Q0M A; 4XEK A; 4OIQ F; 1ORY A; 3O55 A; 5GPG B; 1MMD A; 3NYJ A; 3LNM B; 2IXN A; 1EQ1 A; 2XLE A; 2OCC C; 2XLM A; 4AE4 B; 3S90 A; 2A6E F; 3WOD F; 3ZIB A; 2WL8 A; 3PCV A; 2AWC A; 4NTB A; 4BEJ A; 4I1O B; 4XWJ A; 3EQL F; 1OCO C; 1QPU A; 1RKE B; 1VYI A; 1VK5 A; 2AVK A; 4CX9 A; 4EBJ A; 3KKB A; 3U5S A; 3L1M A; 3QZC A; 3EPV A; 2H7O A; 1KNY A; 3AGT A; 2G3K A; 2G62 A; 1AUE A; 2J0X A; 2JPU A; 3B9Q A; 4JC7 A; 3RF3 A; 2KW3 C; 3C8G A; 3B29 A; 1AVO B; 1SF8 A; 4W8P A; 4YL0 A; 2WVQ A; 5FZT A; 5KYW A; 1MMA A; 3ATP A; 3TOL A; 1Z7Q c; 3S0X A; 1OCR C; 1SR2 A; 1YJG A; 3F47 A; 1QSP A; 3M4B A; 2A1D D; 2IBF A; 5BUO A; 2HMQ A; 1QQ3 A; 4IAR A; 4CDY A; 1LE2 A; 4WGZ A; 1JRA A; 4DOZ A; 1MND A; 3DD7 A; 1GS9 A; 4XEV A; 1E85 A; 2IXO A; 3Q7G A; 4MW8 A; 4Z9H A; 2FFH A; 3AG2 C; 4AL0 A; 1T01 A; 3LLK A; 1XWJ A; 1D1C A; 3DE8 A; 4PR9 A; 1HW1 A; 3VM6 A; 3B0U X; 3AG4 C; 2WB7 A; 4OIP F; 1A0B A; 5L3Q A; 2Y3D A; 2VCC A; 4XPX A; 2X0C A; 2VAS A; 5KYW B; 3WAQ A; 4YJW A; 3W2W A; 4JEA A; 3TD7 A; 1HE1 A; 1NFN A; 4K7B A; 4MTO A; 1H9T A; 2EIN C; 2R7Q A; 2YLI A; 4U5D E; 3U2L A; 4C3D A; 2R03 A; 4CS9 A; 5HSW A; 3J06 A; 2Q3T A; 1GGQ A; 1NBB A; 1QKR A; 3BEH A; 2Q7R A; 1FR0 A; 2I15 A; 2L9J A; 3DXJ F; 3KYJ A; 4ULV A; 4NCQ A; 1JR8 A; 1SYQ A; 4RDA A; 4OD5 A; 1ORJ A; 2GWW A; 4RBN A; 3EHM A; 4DRJ B; 5L0C A; 1FAP B; 3L34 A; 2V26 A; 4JTD B; 3R7C A; 1T5O A; 2YL0 A; 3NYL A; 4Z9J A; 4WGY A; 3VYW A; 3PDM P; 4CSA C; 2DI3 A; 4LDR A; 3ZC4 A; 3ASO C; 5BQH A; 3JT1 A; 1VOM A; 3UGO A; 5L3V A; 3ZDL A; 1PCX A; 3V7O A; 2YRF A; 5FCL A; 2HZ8 A; 3EGD A; 3HNI A; 1ZHY A; 2MWQ A; 4CS8 A; 2R7S A; 4NY3 A; 1ZHW A; 4PK4 A; 2JX0 A; 256B A; 1HMD A; 1YAR O; 4H4K C; 2KK1 A; 2GFH A; 3F46 A; 3RQE A; 5EGY A; 2PNO A; 3WHN A; 3FOP A; 2XM4 A; 5JT4 A; 4IJJ A; 3ZVR A; 3US6 A; 4U5F E; 3FAJ A; 1GQA A; 1AEP A; 3IHU A; 4X0R A; 4AX2 A; 4BJ6 A; 1YA7 O; 2XL8 A; 3NRH A; 3NYM A; 3VAY A; 1Q0D A; 3L8J A; 4E18 A; 4JJG A; 5DQZ A; 3B0P A; 3AJM A; 3QTH A; 2PX0 A; 1L3P A; 4KNV A; 3G4Z A; 2OU6 A; 3Q7L A; 4MQ9 F; 2HV7 A; 3NG1 A; 2R02 A; 4F4B A; 1FMV A; 2XLD A; 3GM2 A; 3SXK A; 4XLN F; 1OW6 A; 3CEX A; 2YL1 A; 1LS4 A; 2J7P D; 4DVZ A; 1BR4 A; 1MNE A; 2HJM A; 2YWA A; 3FXH A; 1M6T A; 1I4Z A; 2XRH A; 3JRT A; 3OA1 A; 1JMW A; 4A2N B; 2QE9 A; 2V3C C; 2XLW A; 4BJT A; 3N2Z B; 4CS9 C; 2AWY A; 4QI0 A; 3UMH A; 1K40 A; 2HUJ A; 3E9V A; 3JSE O; 2LCH A; 1ORS C; 2H8A A; 2Q9C A; 3GM3 A; 2P7V A; 4Q7C A; 4XPY A; 4BPM A; 2Y39 A; 3FHD A; 2J9W A; 4JEB A; 2D4U A; 3DAF A; 4FX5 A; 4NTF A; 4PAC A; 1RJ9 B; 2NG1 A; 2Z15 A; 3EZI A; 2LIG A; 1NG1 A; 4JCH A; 3SEO A; 1OW8 A; 5AGF A; 2NUT A; 2J9B A; 1BR1 A; 2YHS A; 3S29 A; 3IQ5 A; 4P9T A; 2AU5 A; 1CGM E; 4BJ1 A; 3DE9 A; 4YN0 B; 5IY5 C; 1TWH A; 3T6G B; 2J9V A; 1WAT A; 2OG2 A; 3DM5 A; 1OKK A; 4H54 A; 2NPU A; 1W2W A; 1T9K A; 4J7Y A; 1HE9 A; 3MYF A; 2WZL A; 1R4T A; 4E17 A; 2R7V A; 3G4X A; 5DVW A; 1LPE A; 3RQG A; 1RJ9 A; 2ICW G; 1G8X A; 2QTV A; 2HV6 A; 3AGU A; 2E87 A; 3DJN B; 2R7W A; 1GM5 A; 3NKE A; 1OQC A; 4M63 A; 2NUT B; 1JAF A; 4XPW A; 2J0W A; 2KYH A; 2EPO A; 2KGO A; 4LER A; 4J7T A; 2GAQ A; 3S9O A; 4CDA A; 1VLS A; 2P1A A; 4CJO A; 3NMI A; 1CPQ A; 1LM3 B; 2CCY A; 1WAS A; 1TWG A; 1B68 A; 2A0U A; 4PFP A; 5KYX A; 3GWL A; 1UFB A; 4RD9 A; 4PJJ A; 4NTA A; 4CIH A; 1A7V A; 5DS6 A; 4U5C E; 4IWB A; 2AP3 A; 4Q5S F; 2XS1 A; 3EGD B; 3R2P A; 4J30 B; 3GEH A; 4NQF A; 5L0H A; 2C04 A; 3DKA A; 4JVS A; 1LS1 A; 5COF A; 4YL3 A; 3V5Y A; 1Y4C A; 1D0Y A; 2DYR C; 3HNK A; 3TK0 A; 1O87 A; 3KYI A; 1QVX A; 1EA8 A; 2WZG A; 2LSE A; 4O6N A; 2RSE B; 5D92 A; 3ZTM A; 3EFO A; 1FFH A; 3SYN A; 2H7B A; 1IZM A; 1MQV A; 2EIL C; 2FGY A; 3O10 A; 1Y6D A; 4WAB A; 4JCZ A; 4BEM J; 5E33 A; 2Q9B A; 2J8W A; 4MS2 A; 3MX3 A; 4PJN A; 2R7R A; 2B0J A; 3CAX A; 3L0I A; 4MVS A; 5F5H A; 2YL7 A; 1OXK A; 5HV9 A; 4EUK B; 2Y69 C; 3EZH A; 5DLJ A; 2QNL A; 3GWN A; 3LAY A; 4EKW A; 5CIV A; 3U8P A; 2W45 A; 4YT2 A; 2J7P A; 2XL6 A; 4FWV A; 4BJ5 C; 3PMR A; 1H6G A; 2YEV A; 3LNR A; 4MVU A; 4JKV A; 1LKX A; 1NZE A; 3I5Q A; 2L6F A; 3EFO B; 3JTL O; 4DXW A; 4I1M A; 2QUP A; 4HFF B; 3C8Z A; 4HFK B; 4C3B A; 1ZHX A; 2HS5 A; 3GOD A; 3SXM A; 3DM9 B; 5E3A A; 1O5H A; 5A6B A; 4LDQ A; 4FAP B; 4JW1 A; 1K05 A; 4U5E E; 5COM A; 2CNW A; 1TFK B; 3SNH A; 4AL1 A; 1VMA A; 2EIK C; 1FMW A; 2HMZ A; 3AQC A; 4K0D A; 4MTG A; 4N6H A; 4QDL A; 1TKN A; 2EIJ C; 4YT5 A; 3RVZ A; 3W8H A; 4ZLD A; 4YK5 A; 2XLH A; 1HW2 A; 3JSZ A; 5COG A; 3M1C B; 1FTS A; 1WTY A; 4JE9 A; 4MTF A; 4XLP F; 1NLX A; 4O6M A; 2HJ3 A; 3LJB A; 1I5N A; 2UUI A; 3HTK C; 1A7D A; 2CYD A; 4ANJ A; 3ZQY A; 2R25 A; 2LP4 A; 2CW0 F; 2C03 A; 3I4U A; 2FAP B; 1DOW A; 2ASR A; 1E2X A; 3RH3 A; 3M79 A; 3S28 A; 1HMO A; 1LIH A; 1C17 M; 1J8M F; 1QLE C; 1M2O A; 4EWC A; 3NDB B; 4JJF A; 1EI7 A; 3IQT A; 3EJN A; 1N1C A; 3V5Z A; 4G0H A; 4JTA B; 3U8V A; 2M4E A; 4CDV A; 1WN0 A; 4D4X A; 5L0J A; 1Z3I X; 2OEX A; 4GEH A; 3GM1 A; 2MYS A; 4DVY P; 2KSF A; 2EPL X; 2P61 A; 3AQB A; 3RVY A; 1M56 C; 2LFF A; 1YA9 A; 2YQY A; 3DMD A; 3JYY A; 4KNW A; 4YT8 A; 3KH2 A; 1WWP A; 2HKV A; 5L0D A; 4CSA A; 2O9X A; 3IQC A; 4I3M A; 4QI2 A; 4MVM A; 2IOQ A; 2J46 A; 3KL4 A; 3LEO A; 1BR2 A; 1G5Z A; 5A6J A; 4OIN F; 3U0C A; 2L81 A; 2A0B A; 3V5X A; 4E7S A; 1WOL A; 1APC A; 5T3T A; 5KYX B; 1U89 A; 2NSG A; 1TR2 A; 3OWT A; 3X2Q C; 4DBR A; 1I4Y A; 4EHP A; 5L0G A; 2XS8 A; 2PF4 E; 4J32 B; 5E2Q A; 3TOM A; 1ST6 A; 2ZXO A; 3QMK A; 2P6V A; 4IAO A; 1Q0G A; 3ZTZ A; 1T6Q A; 4EIY A; 3K6B A; 2DYS C; 2NSF A; 3EH1 A; 4KBL A; 2ZPA A; 1ZHT A; 1T6I A; 3EH2 A; 3KMI A; 1M57 C; 1ZU5 A; 4U9D A; 5EHH A; 3HNL A; 1A41 A; 3K1H A; 2R7T A; 2XL4 A; 5D91 A; 2YLD A; 1IW7 F; 2G3V A; 3NMK A; 4CJG A; 1OXB A; 5DS4 A; 1HY5 A; 2ZXW C; 3H2V A; 4G78 A; 1PV3 A; 4JZA A; 4N06 A; 4U5B E; 4DRI B; 1JPJ A; 2OQM A; 3GEI A; 5B3I A; 4PFO A; 5BQI A; 1TQG A; 3W8I A; 1YYJ A; 2UUH A; 3ASN C; 3QVY A; 5T1D B; 2ZXR A; 4IAQ A; 4DBQ A; 3DZA A; 3HNJ A; 4G7Z F; 3DJU B; 2W9Y A; 2NUP A; 2HSQ A; 3LEV A; 3GOR A; 3VF0 A; 4E0I A; 3K1I C; 2PP4 A; 2BE5 F; 3ZG1 A; 2VC9 A; 2EPN A; 1NFO A; 3N24 A; 5AC5 A; 5AC4 A; 3G50 A; 3QW1 A; 4G7H F; 2W4B A; 1OR3 A; 2OOC A; 1BZ4 A; 4N6C A; 3K33 A; 4FES A; 4Z9I A; 1A7E A; 5KYU A; 3RW0 A; 2PX3 A; 1RMV A; 2OKU A; 3ECS A; 1LI7 A; 2LQG A; 4C7O B; 1D0X A; 2IXP A; 2MHR A; 4MVR A; 4E0H A; 1O3U A; 2WVN A; 4GQH A; 5L0F A; 1C03 A; 2J9U A; 2Q4F A; 3M4C A; 3S27 A; 2XLO A; 2L6G A; 1V54 C; 2WZF A; 4LLE A; 1OCZ C; 3U3B A; 1QZX A; 3RIP A; 2VB6 A; 1G4W R; 1BBH A; 5A69 A; 4I44 A; 2EPM X; 3ABM C; 3ZQV A; 3T6B A; 2KJG A; 3CZ6 A; 2EPK X; 2OEV A; 3GAN A; 2J45 A; 1FNT c; 2CNW D; 3JYH A; 3E70 C; 3C62 A; 1VYK A; 5TJ5 E; 5JRA A; 1PD0 A; 5KYU B; 3T9O A; 1D0Z A; 4MND A; 4D4N A; 5DQT A; 3KPH A; 4Q4Z F; 2DGJ A; 3AG1 C; 5KYY A; 5B1B C; 4C7O A; 3U3F A; 3GEE A; 3O39 A; 3FAP B; 1M2V B; 1SMY F; 4GYT A; 3SXY A; 3ZWI A; 1YYX A; 1V55 C; 1CPR A; 3LS0 A; 4BJ6 C; 3ABK C; 3VRC A; 4LAC B; 1VLT A; 1WGW A; 5E3C A; 3TJ6 A; 4AK9 A; 1KTM A; 3W2V A; 1SZI A; 3I5P A; 4XTK A; 3SXZ A; 2P0N A; 3UGP A; 2ZD9 A; 4JTC B; 4B6I A; 1LE4 A; 3IQ6 A; 4MW3 A; 1LVK A; 3HJC A; 3TUL A; 2PFD A; 2QY9 A; 1OCC C; 4C3E A; 1E83 A; 3CSK A; 2Y3B A; 4CBE A; 2OJQ A; 1Q0F A; 2R05 A; 5KYY B; 2JD3 A; 1CGO A; 3WG7 C; 3PHF 2; 1ZU4 A; 4XQ1 A; 3N0T A; 4JRZ A; 2D5R B; 2XM0 A; 4CS7 A; 3SZR A; 5EK0 A; 2GDC A; 4ULW A; 3X1O A; 1U0B B; 1OW7 A; 3JRM O; 1ZYR F; 1VB5 A; 2A68 F; 2M64 A; 2VH3 A; 2YVK A; 3NMJ A; 4PJM A; 4EBK A; 2I8B A; 5B1A C; 4E7Z A; 4HE8 D; 5A6B D; 1VTM P; 2R7U A; 5B3S C; 2R7X A; 1TWA A; 2A69 F; 2BL2 A; 1D1A A; 2WVO A; 4W8K A; 4DJ9 A; 2KQ9 A; 3W4Y A; 4KC9 A; 3A9C A; 2BC5 A; 1D1B A; 3MYI A; 4IB4 A; 4N4W A; 2GA0 A; 2X51 A; 5BQG A; 4LDK A; 4YL1 A; 2Y3H A; 3B0V C; 2XXA B; 4O6Y A; 3A11 A; 2VCB A; 2CGE A; 3RQF A; 3IPM O; 3LUT B; 4OIR F; 2LD6 A; 3MBG A; 1ZZP A; 3QW0 A; 4K1O A; 2XXA A; 1JOG A; 2LK4 A; 4EBB A; 2HSB A; 1FFT C; 3FMS A; 2Q9A A; 4YWQ A; 2XSE A; 1Z63 A; 1YAU O; 4NC3 A; 1RKE A; 3AG3 C; 2H7V C; 2NUP B; 3JZ0 A; 2RD9 A; 4P6I C; 2LFD A; 1YDI A; 2Y3G A; 3EG9 A; 1TWC A; 1ZHZ A; 3M15 A; 4YT4 A; 3UNG C; 1OR2 A; 2KNH A; 1YVI A; 3HLZ A; 1S05 A; 3H65 A; 5JLI A; 3AOU A; 3Q6M A; 2Q00 A; 5A6K A; 4L6R A; 1RCP A; 3NKD A; 3FDQ A; 5JSL A; 3JCU Q; 3O6X A; 4CIP A; 4R32 A; 1MMG A; 3IEE A; 2XLV A; 4BG0 A; 4U9E A; 1E86 A; 4LLC A; 1T6U A; 3K1I A; 3C8G D; 4JUR I; 5F28 E; 3MLG A; 1K04 A; 4P9F A; 3C18 A; 3U9M A; 3BRJ A; 4ONS A; 3TJ5 A; 1BDJ B; 3EHN A; 5T3W A; 3TQO A; 5A6A A; 3POV A; 1RKC A; 4A4A A; 1U6H A; 3S84 A; 3L8I A; 3U9J A; 1V4A A; 3LLI A; 2ETS A; 3EG9 B; 4OIO F; 3FOO A; 2OJE D; 1R5I D; 2YL3 A; 1Z5Z A; 3QVZ A; 4IGG A; 4MVZ A; 1G4U S; 2F22 A; 2KC3 A; 4PJL A; 1TFO B; 4OD4 A; 3UMK A; 4HEA J; 3UR3 C; 1NU7 D; 5JS5 A; 1KU2 A; 2YZS A; 1M2V A; 1YZA A; 4JIO A; 2YLG A; 1XZP A; 1V74 B; 2W4M A; 3ABL C; 5CI9 A; 3C7J A; 2L7A A; 1ZW3 A; 1JPN A; 2IYL D; 5JP7 A; 2R9R B; 4XEF A; 3T4R A; 5JVE A; 5F5F A; 1DOV A; 1NU9 C; 4ER9 A; 1E84 A; 3U2M A; 1OKK D; 2EIM C; 5K0I A; 3ZSU A; 3OEO A; 3DWW A; 3FVY A; 3DI5 A; 4U5H A; 3EGX B; 2B0H A; 2ZXP A; 4IRU A; 4CS8 C; 3Q6N A; 1NSG B; 1EKY A; 5KYN A; 4WJ0 A; 1LI5 A; 3T6J A; 4BJ5 A; 4KI2 A; 2L6H A; 2A6H F; 5DS5 A; 2QLA A; 4UDV A; 3H2U A; 1ZW2 A; 4MVQ A; 3SP1 A; 3ITF A; 2IM8 A; 4DRH B; 3UMI A; 1C02 A; 1H7I A; 5L0I A; 1RXQ A; 2VCA A; 2HFI A; 3LS1 A; 4O7G A; 1S7Z A; 4AE4 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3MBG A; 3GWN A; 3LLK A; 3R7C A; 1OQC A; 3U2L A; 4LDK A; 3U2M A; 1JRA A; 3U5S A; 3O55 A; 4E0I A; 1JR8 A; 3W4Y A; 3TK0 A; 3TD7 A; 3LLI A; 2HJ3 A; 3GWL A; 4E0H A;
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