The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
197
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sequence length |
658
|
structure length |
648
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Chain Sequence |
MRDRVRWRVLSLPPLAQWREVMAALEVGPEAALAYWHRGFRRKEDLDPPLALLPLKGLREAAALLEEALRQGKRIRVHGDYDADGLTGTAILVRGLAALGADVHPFIPMERVPEHLEASDLFLTVDCGITNHAELRELLENGVEVIVTDHHTPGKTPPPGLVVHPALTPDLKEKPTGAGVAFLLLWALHERLGLPPPLEYADLAAVGTIADVAPLWGWNRALVKEGLARIPASSWVGLRLLAEAVGYTGKAVEVAFRIAPRINAASRLGEAEKALRLLLTDDAAEAQALVGELHRLNARRQTLEEAMLRKLLPQADPEAKAIVLLDPEGHPGVMGIVASRILEATLRPVFLVAQGKGTVRSLAPISAVEALRSAEDLLLRYGGHKEAAGFAMDEALFPAFKARVEAYAARFPDPVREVALLDLLPEPGLLPQVFRELALLEPYGEGNPEPLFLLFGAPEEARRLGEGRHLAFRLKGVRVLAWKQGDLALPPEVEVAGLLSENAWNGHLAYEVQAVDLRKPEALEGGIAPFAYPLPLLEALARARLGEGVYVPEDNPEGLDYAWKAGFRLLPPEEAGLWLGLPPRPVLGRRVEVALGREARARLSAPPVLHTPEARLKALVHRRLLFAYERRHPGLFSEALLAYWEVNR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structure of RecJ exonuclease defines its specificity for single-stranded DNA
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
Single-stranded DNA specific exonuclease RecJ
|
molecule tags |
Hydrolase
|
source organism |
Thermus thermophilus
|
total genus |
197
|
structure length |
648
|
sequence length |
658
|
ec nomenclature |
ec
3.1.11.-: |
pdb deposition date | 2009-01-05 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF01368 | DHH | DHH family |
A | PF02272 | DHHA1 | DHHA1 domain |
A | PF17768 | RecJ_OB | RecJ OB domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | ||
Alpha Beta | Roll | Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 | Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) | inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PY9 A; 2ZXO A; 1IR6 A; 2ZXR A; 3W5W A; 2ZXP A; 3DEV A; 4LS9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XN9 C; 2GAQ A; 2K01 A; 2EXD A; 1EL0 A; 5IWA L; 1ZYR F; 4WGY A; 1ZW3 A; 1JOR A; 4C2M H; 2RHQ B; 2OT2 A; 1I5F A; 4IFD J; 3E70 C; 1U1W A; 3T6B A; 5D65 A; 3S2H H; 5C3E H; 3OPO A; 2R7F A; 3G6J B; 4A3J H; 1VQL A; 5GAE C; 1SFO H; 1D1I A; 1GUS A; 4PMB A; 3ABL C; 2L81 A; 4JE9 A; 3KLR A; 1UEA B; 2B2Y A; 4PK4 A; 2LFN A; 1SMY D; 1TVX A; 2QW7 A; 4RCO A; 3C2P A; 2FXQ A; 3AFP A; 3A5Z B; 4XTC S; 4RA8 A; 2VB3 X; 2B8G A; 2KSF A; 1GO3 E; 3I4L A; 2LMC B; 2YV5 A; 2LP4 A; 2WVO A; 4I3M A; 1F9R A; 1B9M A; 3BYT B; 1LKX A; 4JK1 C; 3HOU G; 4GYT A; 4U5D E; 1ZHZ A; 2YWA A; 4EIY A; 2AQ3 B; 2IL8 A; 1HZB A; 1X3P A; 4CJ0 B; 1WTQ A; 2CWA A; 1R4Q B; 3MFY A; 1B53 A; 2DY8 A; 1K73 C; 1HNX Q; 1JB3 A; 1C17 M; 1EQV A; 1SYQ A; 5FLX E; 3MEF A; 4CS9 C; 3DMD A; 4CDE C; 2R92 B; 4F8M A; 2E8G A; 2F3W A; 4PV1 C; 4OIO F; 4AH6 A; 1HZC A; 4OHJ A; 5AJ3 L; 2RBM A; 2HQE A; 1OCR C; 1GM5 A; 2HIX A; 3B9Q A; 3O39 A; 1U4L A; 5CC4 A; 4A3F H; 4MW8 A; 1WGW A; 4UP8 A; 1BR2 A; 4A3M H; 3HGB A; 2I8B A; 3RUZ A; 4HJ8 A; 1K3R A; 2A6E C; 1JR8 A; 3U50 C; 5IP7 G; 3KL4 A; 4H0L C; 3DLL A; 4BA2 I; 2LXJ A; 3VYW A; 4JI4 L; 3PUX A; 2R7T A; 2XRS D; 3GV6 A; 5C44 G; 3RKO F; 2IX3 A; 4HED A; 1IKM A; 5KYW B; 1WCM B; 4P75 A; 3NBH A; 3K5M A; 1DYQ A; 3JTL O; 2ICI A; 1YJW A; 2DGJ A; 4EKW A; 4OWT B; 3GWL A; 5IYB H; 5JJI A; 5KYY B; 3BRJ A; 4J7T A; 1VQN A; 2ZTC A; 1JOO A; 4KD4 A; 2PNR C; 3S2D H; 5GRO A; 4HEA J; 4MVR A; 2EZV A; 4KK7 A; 3K6O A; 5KNC A; 2KQ9 A; 5DVW A; 5COR A; 5IYC H; 1LM0 A; 1BR9 A; 1EUJ A; 2EIF A; 3M85 A; 4RGO S; 4KNV A; 4A3B G; 5DQT A; 3EVQ A; 1YM5 A; 3CC4 A; 1I6V C; 4NXN L; 1HR0 Q; 4MS2 A; 1PTO D; 3HFZ B; 4DV3 Q; 3W3A A; 2P6V A; 5HY6 A; 3EPV A; 4RBN A; 4BBS H; 5M5W H; 5A6J A; 2B63 H; 1HE9 A; 1G91 A; 4DR3 Q; 1D7Q A; 3S1Q H; 3RVZ A; 4OX9 L; 3M79 A; 1ZZP A; 1AN8 A; 4UPA A; 2IWH A; 3TRE A; 4CDY A; 1CSP A; 1E84 A; 3UMK A; 1UEB A; 2EJF C; 1V43 A; 5T1I A; 1UUP A; 4N6C A; 5E3C A; 1XZQ A; 3W2V A; 1TWF H; 2L12 A; 4L63 B; 3U9O A; 4HAE A; 1YAR O; 4E18 A; 1Y1V B; 2MFI A; 4JPB W; 3SK5 A; 1YZA A; 3K1H A; 3AGT A; 2I15 A; 4JI3 L; 1HMD A; 1IBL L; 3KYJ A; 2Q2I A; 3EFX D; 1Q3L A; 1ZW2 A; 4RHR A; 3KJP A; 2BA1 A; 2R7D A; 2K1B A; 2NYZ D; 3TJ6 A; 5IGD A; 5M3F G; 3BZC A; 4OIK A; 4DV7 L; 1DOV A; 2G9D A; 2HDL A; 1I4R A; 4Y7N B; 4JYA Q; 2UXB Q; 4DR2 Q; 3MXG A; 5EKL A; 3L0O A; 4LFA Q; 1SAP A; 2BDO A; 1PH1 A; 2XTI A; 4LF8 Q; 3PUV A; 3BZD B; 3TUL A; 1OW7 A; 3GEE A; 5J39 A; 4NXM L; 2YVK A; 4ODG A; 3D31 A; 3AYH B; 2UUC L; 2XM4 A; 3RMH A; 1EWI A; 3MFG A; 5HGT A; 4FF3 A; 2FGY A; 3F47 A; 2PW0 A; 1STY A; 2EQS A; 4LFC Q; 4Y7N H; 1I4Y A; 3NEM A; 3ZVR A; 5COG A; 1A63 A; 3SDZ A; 4JZA A; 2WV6 D; 2F0U A; 1F2M A; 1KAA A; 4WOR A; 3ICE A; 2F0G A; 1IL2 A; 4J9X A; 3SXY A; 3D6W A; 4IUQ A; 4X3K A; 1VMP A; 3HOW B; 5AGF A; 1CKM A; 3IL8 A; 1J9O A; 5DM6 3; 4YT2 A; 2B8F A; 2KEN A; 4GN3 B; 4C7O A; 1KRS A; 1ET9 A; 4YK5 A; 4JI1 L; 4G57 A; 4JI7 L; 1NJI C; 3TEH B; 3EHM A; 3KYI A; 4OD4 A; 4OIR F; 4Q5S F; 3CCS A; 2L6F A; 3W8I A; 2KEC A; 3I4O A; 2QDL A; 1KIX A; 2ATW A; 1XMO L; 4WJ3 M; 3Q22 A; 3FDQ A; 5HV9 A; 1EA8 A; 1WI5 A; 2HUG A; 3ASO C; 3NMK A; 4KD3 A; 4RGN A; 1QUQ B; 3H94 A; 4IPH A; 3J81 L; 1CZW A; 1T5E A; 2A5H A; 2EYH A; 3I4N H; 3EGD B; 1IW7 F; 4R32 A; 2R7R A; 2HD3 A; 3I5P A; 3PIP A; 4WJ0 A; 1OXX K; 1A7V A; 2LSS A; 1MMD A; 2DYS C; 3S28 A; 4O79 A; 3BVZ A; 2A68 F; 3DWW A; 1JQY D; 2F0F A; 5KEE A; 5LMN Q; 2AQ1 B; 1QVF A; 5GL3 A; 3SK6 A; 4P6I C; 3CME A; 4IJZ A; 3URY A; 4K8J A; 2QTV A; 1HW1 A; 3NKD A; 5ELC A; 3W2W A; 4J6H A; 3TDQ A; 2NUT B; 2LFD A; 3IQC A; 1PDQ A; 4Q0F A; 4HCS A; 4YCW A; 3PO2 G; 2L9J A; 4NMZ A; 3OW2 A; 1QVG A; 2LD6 A; 3C8G D; 3UMH A; 3LWU A; 1SE8 A; 4N8X 1; 4PZ6 A; 1O3U A; 4JBK A; 5IP9 G; 2EYF A; 4U9D A; 4I65 A; 2L55 A; 1OO9 B; 3Q23 A; 4X66 L; 2HCC A; 2E2I B; 2RDH A; 4GKJ L; 3WOF A; 2P7V A; 2PZU A; 1T9H A; 1N33 L; 3TZD A; 3QW0 A; 2VC9 A; 1LTA D; 3G6E A; 1O7Y A; 1YZC A; 2WAQ B; 2F0D A; 1F9S A; 3E0E A; 4IOA A; 1L0Y B; 2ZXO A; 4W8K A; 3HKZ G; 4Z9C B; 1KC8 C; 5C0X G; 3U4Z A; 1AP0 A; 2Y3B A; 1Z63 A; 1AUE A; 2K5D A; 2XGT A; 2JP1 A; 1Q8I A; 2A69 C; 5DS6 A; 1ORJ A; 1CGM E; 2QLA A; 4IUV A; 3EFO B; 1GHK A; 1B50 A; 1M2O A; 4XEK A; 2M2L A; 3F2U A; 3QVZ A; 1BO0 A; 2K28 A; 1NFN A; 2C9O A; 4QGU A; 2VQE Q; 4A3K G; 4M1U B; 2B39 A; 3A74 A; 3GEI A; 4CJG A; 5J1Z A; 4DN4 M; 3B6Y A; 2ENB A; 1SRO A; 2TSS A; 2ICE C; 3BDC A; 5C4J B; 1JT8 A; 3H6M A; 2GDC A; 3WG7 C; 1QJO A; 4O6Y A; 2YL7 A; 4A93 B; 3S90 A; 5JRA A; 1MKH A; 3KBX A; 1Y8N B; 3GTG H; 1F2L A; 5C3X A; 3RW0 A; 2HUJ A; 5KYY A; 2IM8 A; 1JOK A; 3LEO A; 3K33 A; 3K5L A; 3KPH A; 2IT1 A; 1ZU5 A; 2JD3 A; 5A69 A; 3R8B A; 3DJU B; 1H9R A; 4DR5 L; 1Q81 C; 4LF5 L; 4L5S A; 4IK0 A; 1Y1W B; 1IBK L; 3PHF 2; 2JSO A; 2Q9C A; 4PZ8 A; 2YZS A; 4HN7 A; 5EJW A; 2B2T A; 4MVU A; 5EBD A; 4KHP L; 1PVO A; 2P1A A; 3B71 A; 4I7Z C; 2YL0 A; 2O9X A; 3C3L A; 2OJE D; 5CR3 A; 1T6U A; 2QGQ A; 3O6X A; 3UGO A; 3ITP A; 4DRJ B; 1VF7 A; 4K5X A; 5FLM H; 1Y1W H; 2HSB A; 1HW2 A; 1MSG A; 2PF4 E; 4K6D A; 1DOW A; 2QB6 A; 4DUY Q; 3HOY H; 1STN A; 5L0G A; 1W61 A; 3ZWI A; 3F2B A; 1STG A; 4K2L A; 2PW5 A; 2LT2 A; 2WZL A; 3Q24 A; 1EY9 A; 3QVY A; 1KU2 A; 2V1C C; 3J81 j; 5JJK A; 4MVQ A; 1XNQ L; 3MX3 A; 2F4V Q; 5TSS A; 4PR9 A; 1FR0 A; 4YL1 A; 1F9P A; 3TP8 A; 1S5B D; 1LTI D; 1XZP A; 3UMI A; 4DK0 A; 2ICW G; 3GM2 A; 1H9T A; 1VS0 A; 4DF7 A; 3HOZ G; 2LCH A; 4M8A A; 1WPM A; 4X62 L; 2HMQ A; 3N0T A; 4PFP A; 1VF5 C; 2VB2 X; 2K52 A; 2MJ8 A; 3RLN A; 2HV6 A; 3DEV A; 4J32 B; 1K8A C; 4N9T A; 4B3M L; 2EIK C; 1WAS A; 5TJ5 E; 4X65 L; 2H9F A; 3UDG A; 1Y69 U; 1B8A A; 1TU2 B; 5IWA Q; 4FXD A; 2D62 A; 1E2W A; 2L1B A; 1QB5 D; 2OU6 A; 2XIW A; 5C0X I; 1X9N A; 3FKI B; 2FIN B; 5DEH A; 4EBK A; 4QJF A; 3PV0 A; 4C3I G; 2DGY A; 3OMG A; 2F52 A; 3QJY A; 4U68 A; 4H54 A; 1E2X A; 1N34 Q; 4KKU A; 2MHR A; 4X3U A; 3HNK A; 3CRL C; 2CH4 W; 1VQJ A; 3BS1 A; 1Y6D A; 2LIG A; 4A2N B; 4XT1 B; 4A3E G; 3DI5 A; 3FVY A; 4DBR A; 5ELO A; 4A3D G; 2XLV A; 1V4A A; 3PCO B; 1S3O A; 4FES A; 4KHV A; 4DV0 L; 4K5V A; 3S17 H; 1OXV A; 4KKS A; 2C35 B; 1OKK A; 1IHZ A; 1C02 A; 5C4X B; 1PCX A; 1AW7 A; 2LS0 1; 3SEO A; 3H0G G; 1G6P A; 1EZ8 A; 1FVI A; 1NU7 D; 3Q6M A; 4HJ7 A; 3AFQ A; 2Q8I B; 2ZVF A; 1YIJ A; 1Q7Y C; 1JAF A; 1GUO A; 2A6H C; 4RCN A; 3SXZ A; 2J45 A; 1BCP C; 1LLR D; 4OEL B; 4BY1 G; 4DU9 A; 3TQY A; 4FVM A; 4YL0 A; 1SXT A; 4AL0 A; 1KAW A; 5C4X H; 1Y8O B; 5AJ3 Q; 5G3L F; 1VQP A; 1OXK A; 3HG9 A; 3OSO A; 3ND8 A; 1YI2 A; 4JI5 L; 3E5S A; 3E9H A; 2B2W A; 1V1P A; 1IKL A; 4TKO B; 3ULP A; 4MNO A; 2H7O A; 2BH2 A; 5C4Z A; 2A1A A; 1T5O A; 4HIK A; 2M00 A; 1TR5 A; 1MI2 A; 4C1N I; 1D1B A; 4ZLT F; 4JI4 Q; 1Q0G A; 3DAF A; 3J80 L; 4H4K C; 3KF8 A; 3S1N H; 3WOD F; 1EYA A; 1WYD A; 5KYU B; 1PTO B; 5L3Q A; 2JA9 A; 2NUT A; 2PP4 A; 2F0K A; 2XWJ B; 1TWA A; 3LLI A; 2OEX A; 3NYL A; 3KLS X; 2HHH L; 4ME5 A; 2ASR A; 3VR5 A; 1AZQ A; 1RF2 D; 1YLM A; 5JP7 A; 1PV3 A; 2EIM C; 3WHN A; 3HOX B; 3GTO H; 2Y3H A; 3WAQ A; 3NSW A; 2RDG A; 1VQE A; 3ICJ A; 1PYS B; 1S5C D; 1Q86 C; 4N4W A; 1V8Q A; 1K9M C; 5GPG B; 1I4Z A; 1GS9 A; 3RNU A; 1TFO B; 4NXN Q; 2CW0 C; 3OA1 A; 3NYM A; 4CS7 A; 5BQH A; 1XWJ A; 3HOX H; 2DYR C; 4MHE A; 4GOP A; 4J9W A; 2XLO A; 5ELE A; 4GLA C; 4OX9 Q; 3T16 A; 1F1M A; 4O42 A; 3NG1 A; 4AL1 A; 1TY2 A; 4XEF A; 2EYM A; 2JA5 H; 3C18 A; 4K1O A; 1LUZ A; 3UDX A; 4WRD A; 2NG1 A; 2QY9 A; 3U2L A; 1NSN S; 1PV4 A; 2BOS A; 2R7Q A; 4E7Z A; 4CKC A; 4P9F A; 3GTQ B; 1JE5 A; 3TK0 A; 1D5Z C; 1SNP A; 4IAO A; 1KQS A; 3S27 A; 1PRT C; 3RFY A; 3IFD A; 5EQ0 A; 1XNR L; 5E3F A; 2CQO A; 4XWJ A; 1V1O A; 1UE1 A; 2OF1 A; 1I74 A; 2V4D A; 3E9I A; 2NZO A; 1JRA A; 4U5G A; 1DGS A; 2WZF A; 1JWU D; 1IBL Q; 4JI3 Q; 3T9O A; 1EQT A; 1SR3 A; 3KK7 A; 2EIJ C; 3W5O A; 1RIP A; 4Q7C A; 4DV7 Q; 5ELN A; 2E76 C; 1D0Z A; 2W9Y A; 1FNV A; 1KXL A; 1V9P A; 4A3I G; 1M56 C; 2WL8 A; 1EWC A; 1QOH A; 2L4N A; 3GTQ H; 2QKI C; 1V54 C; 1JWM D; 3J06 A; 2B2W C; 5ELB A; 2VZA A; 4MTK A; 1G8X A; 2KC3 A; 2F22 A; 3MA2 B; 3CHB D; 4LG3 A; 1MIU A; 1SMX A; 2K03 A; 3Q6S A; 2UUC Q; 5EPK A; 1VQD A; 3J7A 5; 3K59 A; 2R93 B; 1GOZ A; 1A3T A; 2NBF A; 1ZKO A; 2D5D A; 2JA6 H; 2WII B; 4TQU S; 3H0G H; 3K58 A; 3ERS X; 4V0B A; 2HIV A; 2EXZ A; 4J15 A; 5EGY A; 5FLX L; 3T1Y Q; 1X54 A; 1GJX A; 3Q7L A; 2D4U A; 2HV7 A; 5BN5 A; 2FAP B; 2NUC A; 3GQB A; 1VQG A; 2CH4 A; 3NBH B; 4JBJ A; 5FCL A; 3CCQ A; 4FF4 A; 3NK9 A; 1Q46 A; 5T1G A; 1YNN C; 1MJC A; 1HRJ A; 5IY5 C; 5C3E G; 2R93 H; 1SYE A; 2PO4 A; 1LO5 D; 2A73 B; 4A3J G; 1YHQ A; 5B3S C; 1KDA A; 3T1H L; 2HMZ A; 3KFU A; 3NEL A; 1A7D A; 3VAY A; 4BA1 I; 3MBG A; 1Q1B A; 3V05 A; 4Z9H A; 1F9Q A; 3PUZ A; 4JI1 Q; 1A7E A; 4JI7 Q; 3CQZ H; 2EY2 A; 1RCV D; 1LT6 D; 1M4V A; 4GKK Q; 5CBA E; 2J7P D; 1TKN A; 1MD2 D; 2XSE A; 2G5D A; 1XMO Q; 3KLW A; 1YA7 O; 3PUY A; 1I50 H; 3GEH A; 2AHO B; 4EX5 A; 2XXA A; 3FP9 A; 3OYY A; 5C0X J; 3FOP A; 5J3B A; 4CHT B; 1JCK B; 1ESR A; 1JPN A; 5HSW A; 1CKN A; 2A6E F; 1LTG D; 4GOP C; 4JCH A; 5E1F A; 3D4W A; 1UAP A; 4WFN 3; 1AFP A; 2HDM A; 2HCI A; 4DRH B; 5B3I A; 3PMR A; 2EIL C; 1W3S A; 4KLK A; 4BBR B; 4EQN A; 4EQ5 A; 3PIO A; 4DFA A; 1S40 A; 2HT1 A; 4GNX A; 1PA6 A; 2JA5 G; 1D0Y A; 3QZC A; 4RGM A; 1G5Z A; 2JA7 B; 1FNU A; 1YHA A; 4G7Z C; 5F5H A; 4KBL A; 1W2B A; 2OOC A; 4QCL A; 4F88 A; 2UXD L; 2PX3 A; 1LI7 A; 1JE4 A; 1SYF A; 2CWP A; 1XYI A; 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