The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
87
|
sequence length |
228
|
structure length |
218
|
Chain Sequence |
KRAALIQNLRDSYTETSSFAVIEEWAAGTLQEIEGIAKAAAEAHGVIRNSTYGRAQAEKSPEQLLGVLQRYQDLCHNVYCQAETIRTVIAIRIPEHKEADNLGVAVQHAVLKIIDELEIKTLGSGEKSGSGGAPTPIGMYALREYLSARSTVEDKLLGGGSQSPSLLLELRQIDADFMLKVELATTHLSTMVRAVINAYLLNWKKLIQPRTGTDHMYS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural models for interactions between the 20S proteasome and its PAN/19S activators.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Thermoplasma acidophilum
|
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase activator
|
| molecule keywords |
Proteasome subunit alpha
|
| total genus |
87
|
| structure length |
218
|
| sequence length |
228
|
| chains with identical sequence |
P, Q, R, S, T, U
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-09-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF02252 | PA28_beta | Proteasome activator pa28 beta subunit |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Proteasome activator pa28, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JSE O; 3JRM O; 1YAR O; 1YAU O; 1YA7 O; 3IPM O; 1Z7Q c; 1FNT c; 3JTL O; 1AVO B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NZE A; 4U5F E; 3GWL A; 2V3C C; 2OJE D; 5COM A; 3T6G B; 4B6I A; 2Q3T A; 2JD3 A; 2G3K A; 3IHU A; 4EUK B; 5D92 A; 3E70 C; 2CDQ A; 1WGW A; 3K1I A; 3LNM B; 4O7G A; 4U9D A; 1T9K A; 3SXZ A; 3POV A; 1GM5 A; 4MTF A; 1A0B A; 4WGY A; 3RVY A; 3AGU A; 3FAJ A; 3TUL A; 2OEX A; 2QTV A; 4BG0 A; 1FMW A; 3K7D A; 3QW1 A; 3O6X A; 3ZSU A; 1T6I A; 1N1C A; 4JEB A; 3KH2 A; 2PP4 A; 2P0N A; 2VB6 A; 3IPM O; 2ICW G; 1LKX A; 1UG7 A; 2R03 A; 1SF8 A; 1G8X A; 1V54 C; 2J8W A; 4BJ1 A; 4LDR A; 4YK5 A; 4CS9 C; 1L3P A; 1LS4 A; 1ZW3 A; 3NMJ A; 2QNL A; 1K05 A; 1WN0 A; 3U5S A; 5A69 A; 2CYD A; 2XXA A; 4L6R A; 3FDQ A; 3ZQV A; 2PNO A; 4XWJ A; 4CDA A; 4BJ6 C; 3Q6N A; 2IM8 A; 4EWC A; 1T6U A; 1BDJ B; 2LK4 A; 1TWC A; 3EZI A; 4MQ9 F; 2ETS A; 3RFY A; 1R4T A; 4DBR A; 3UR3 C; 1CPR A; 1Z3I X; 2H8A A; 3KL4 A; 2WVO A; 2YVK A; 3DM9 B; 2GFH A; 4NC3 A; 2LSE A; 3MYI A; 3CSK A; 4I1O B; 2Q7R A; 5EHH A; 3DXJ F; 5DLJ A; 2EPO A; 4PR9 A; 2QLA A; 5AGF A; 4I1M A; 5L0H A; 1D1A A; 3CQZ A; 1VOM A; 2X51 A; 4U5H A; 3HNI A; 2AWY A; 4G7H F; 2H7B A; 3MYF A; 4XEF A; 1TWH A; 1GGQ A; 2QY9 A; 3GEI A; 2UUH A; 4N4W A; 4KC9 A; 1ZW2 A; 3SEO A; 4EBK A; 3S0X A; 4EIY A; 4JZA A; 2Q00 A; 2A0B A; 4Q5S F; 1CPQ A; 1U0B B; 4CIH A; 3DD7 A; 2KGO A; 4U5G A; 4BPM A; 4BJT A; 5BQH A; 4AX2 A; 1E85 A; 2PX0 A; 2IXP A; 5KYN A; 1LVK A; 1HE9 A; 1ORS C; 2YL7 A; 1H9T A; 2Y39 A; 3DKA A; 3MBG A; 2OU6 A; 3IQT A; 4G0H A; 1YZC A; 3EPV A; 3K33 A; 1YJG A; 1JPJ A; 4A4A A; 2I15 A; 3ITF A; 2J9W A; 3IQC A; 5L0F A; 3RYL A; 3AQC A; 3N0T A; 1HW1 A; 1TWA A; 3U8V A; 2OJQ A; 3FOP A; 3ZG1 A; 1O3U A; 1A7V A; 3R7C A; 1MQV A; 3FVY A; 4I3M A; 4WGZ A; 5E3A A; 4RBN A; 4ANJ A; 3CEX A; 4U5D E; 2A6H F; 1MNE A; 2A6E F; 3V5X A; 3Q7L A; 3LEO A; 4ZLD A; 2PFD A; 3EG9 A; 4KNV A; 5BQG A; 1T5O A; 1DOV A; 4C7O B; 1KTM A; 4JCH A; 3C8G D; 5DQT A; 3U2M A; 3DAG A; 1H7I A; 2R7R A; 3GM1 A; 2NPU A; 3TOL A; 4IJJ A; 1QLE C; 2XS8 A; 4YJW A; 1NU9 C; 5F28 E; 1A7D A; 2PF4 E; 3KMI A; 3QZC A; 3MX3 A; 5KYW A; 2GA0 A; 2TMV P; 2VCC A; 1CGM E; 1R5I D; 1AEP A; 3F47 A; 3NMI A; 4P9T A; 2W4B A; 2AP3 A; 3JT1 A; 4LAC B; 2YL3 A; 1BR2 A; 2CCY A; 4BEM J; 5B3I A; 4GEH A; 1H9G A; 3NYJ A; 4XEK A; 2ZD9 A; 2F22 A; 3AG1 C; 3M4C A; 5L0G A; 1JOG A; 2OOC A; 4MVQ A; 3HNK A; 4HFK B; 4MVM A; 2NUT B; 1DOW A; 3LS0 A; 4MVO A; 2CNW D; 3EZH A; 2YLG A; 5KYU A; 1JAF A; 2W45 A; 3JTL O; 1Z7Q c; 3GM2 A; 3NYL A; 3WAQ A; 2HJM A; 2HV7 A; 2Q9C A; 1ST6 A; 4QI0 A; 3A9C A; 1RXQ A; 3NYM A; 2XXA B; 1A41 A; 3B71 A; 1XZQ A; 3GAN A; 2EPN A; 3HLZ A; 1D1C A; 2P61 A; 4N06 A; 2J9B A; 4YT4 A; 2LFF A; 1ZZP A; 1EA8 A; 2W4M A; 3KYJ A; 3HTK C; 4CS9 A; 3NDB B; 3JYH A; 2KNH A; 1Q0F A; 3PDM P; 3SYN A; 3S28 A; 3C63 A; 3DWW A; 1YA9 A; 4J30 B; 1MMA A; 3ZIB A; 4NTF A; 3T6B A; 4DRH B; 5D91 A; 4U5E E; 4XLP F; 3M79 A; 2EPM X; 4O6N A; 2J7P D; 3I5Q A; 2H7V C; 4CS8 A; 5F5F A; 1QKR A; 4EBB A; 1TFO B; 4NQF A; 1OW7 A; 1QVX A; 4CSA C; 3EH1 A; 3X1O A; 2FAP B; 2KSF A; 3ASO C; 3EHM A; 3W2W A; 1PV3 A; 4YL1 A; 1NU7 D; 3DM5 A; 3QVY A; 1WOL A; 5A6K A; 4RDA A; 4EHP A; 5DS6 A; 3RQE A; 1AUE A; 2IOQ A; 3DZA A; 2EPK X; 3LUT B; 2Q9A A; 5JVE A; 5JLI A; 5BQI A; 3W2V A; 2VCA A; 1IW7 F; 3LJB A; 4CS7 A; 3JYY A; 3ASN C; 2R05 A; 3GWN A; 4E18 A; 2WB7 A; 5HV9 A; 1V74 B; 4JVS A; 3ZC4 A; 4PK4 A; 4AK9 A; 2ZXP A; 4YL0 A; 1VK5 A; 4ONS A; 2E87 A; 4UDV A; 1YAU O; 4JE9 A; 4FAP B; 2CW0 F; 1H6G A; 1G4W R; 3H2U A; 2DB4 A; 2L6G A; 1D1B A; 2M64 A; 1LIH A; 5JSL A; 4CJO A; 4C7O A; 2J45 A; 3GEH A; 1YDI A; 2NUP A; 2YL0 A; 3S9O A; 4XLN F; 1NLX A; 4LLC A; 4MS2 A; 2Q9B A; 1EQ1 A; 3QTH A; 3RIP A; 3U3B A; 3C18 A; 1KNY A; 3ECS A; 3QMK A; 4YWQ A; 2JPU A; 4IRU A; 2PBE A; 1MMG A; 2XLH A; 3AJM A; 2KQ9 A; 3ABL C; 1J8Y F; 2Y3B A; 4MVU A; 3T4R A; 1OW8 A; 1LM3 B; 1OR2 A; 3AG3 C; 5TJ5 E; 4NY3 A; 1OR3 A; 2Q4F A; 3MLG A; 4JRZ A; 4CIP A; 2O9X A; 1EKY A; 1I5N A; 2YRF A; 5B3S C; 4PJL A; 4GQH A; 3V5Y A; 2R9R B; 4DRI B; 1KU2 A; 5KYY B; 3EGD B; 4O6M A; 4YL3 A; 2LD6 A; 4LDK A; 4DVZ A; 2D4U A; 3N24 A; 1C02 A; 5AC4 A; 4BJ5 C; 5KYY A; 5L3Q A; 4FWV A; 5A6B D; 2P1A A; 1ZU5 A; 3B0P A; 2YHS A; 4RD9 A; 2VAS A; 1E86 A; 1OXB A; 2LP4 A; 2XM4 A; 1MMN A; 4Z9J A; 2J0X A; 1HW2 A; 4EBJ A; 3C8G B; 3AG2 C; 4JUR I; 3K66 A; 1FAP B; 3LNR A; 2WZL A; 2B0H A; 4IAR A; 1NSG B; 1OCR C; 2WZG A; 3LAY A; 4IB4 A; 2P6V A; 2D5R B; 2OQM A; 1E2X A; 1LI7 A; 4PFO A; 3GOR A; 2L6F A; 3QVZ A; 1T01 A; 5COG A; 4DBQ A; 1EI7 A; 1ORJ A; 2FGY A; 5E33 A; 3LLI A; 1Y4C A; 3M1C B; 1LE2 A; 3VM6 A; 1OCO C; 3DAF A; 2BC5 A; 2DYS C; 5KYX B; 3C8Z A; 1QZX A; 3EGX B; 4FES A; 4OIN F; 2XLE A; 2IXM A; 3EHN A; 4K7B A; 2GDC A; 3U8P A; 3AGT A; 1APC A; 2WVN A; 3ZTM A; 2R7T A; 2XL8 A; 1C17 M; 1LPE A; 4AE4 B; 3SP1 A; 3Q7G A; 3TJ5 A; 3M15 A; 3KPH A; 5F5H A; 4D4N A; 2A1D D; 3HNJ A; 3UNG C; 2XRH A; 2R7Q A; 2KK1 A; 4CDY A; 3NKD A; 1M2V B; 2HKV A; 2ZXW C; 2P7V A; 3TQO A; 5AC5 A; 2YLD A; 1RKC A; 3ZQY A; 3IEE A; 4J32 B; 1M2O A; 3EQL F; 3RF3 A; 3NG1 A; 5IY5 C; 3S90 A; 5E2Q A; 2J46 A; 3B9Q A; 2RSE B; 2KJG A; 3L1M A; 3K1I C; 1HMO A; 2YWA A; 4IGG A; 4IAO A; 1BR1 A; 2MHR A; 3TOM A; 4E0I A; 3EFO B; 2IXN A; 4C3E A; 4EKW A; 2EIM C; 1OQC A; 4JKV A; 3UGP A; 2XLM A; 4C3B A; 3L0I A; 3O10 A; 3ZDL A; 4F4B A; 4J7Y A; 4AL1 A; 4DXW A; 5HSW A; 2EPL X; 1YVI A; 5L3V A; 1SR2 A; 1ZHY A; 2MYS A; 4K0D A; 5L0I A; 4Q7C A; 2J9U A; 3FAP B; 3B29 A; 4AL0 A; 2L6H A; 1WAT A; 4XTK A; 1K40 A; 3EGD A; 1D0X A; 2M4E A; 3WOD F; 4Z9I A; 2R7U A; 5FCL A; 2LQG A; 4JC7 A; 4JTD B; 4HFF B; 1QQ3 A; 1TWG A; 4NTB A; 5CI9 A; 4Q4Z F; 2J9V A; 2J0W A; 2EIL C; 1OW6 A; 1M57 C; 2BL2 A; 2HUJ A; 256B A; 2HFI A; 4FX5 A; 4MVZ A; 1JRA A; 4MW3 A; 2XM0 A; 3SXK A; 3BRJ A; 3NKE A; 4YT8 A; 1B68 A; 2DYR C; 1BZ4 A; 3DE8 A; 3O55 A; 2NUT A; 1CGO A; 2R25 A; 5CI8 A; 2NG1 A; 2C04 A; 2CGE A; 2RD9 A; 2V26 A; 4U9E A; 3L8I A; 1TKN A; 4DJ9 A; 2AWC A; 3H2V A; 1OKK D; 2OCC C; 3AOU A; 5COF A; 4HE8 D; 3IQ5 A; 2XSE A; 3EGX A; 2Y3H A; 4CJG A; 1RJ9 B; 4BJ5 A; 3PMR A; 4N6C A; 1Z6A A; 4K1O A; 1Z63 A; 1G4U S; 1S7Z A; 2EIK C; 1SMY F; 2GAQ A; 1FFT C; 2VCB A; 1YYJ A; 4JTA B; 4N6H A; 2XLV A; 2YLI A; 1GQA A; 1NG1 A; 4H54 A; 1OKK A; 1HE1 A; 3R2P A; 1A7E A; 4JTC B; 4QDL A; 3G4X A; 3E9V A; 4XPY A; 5CIV A; 3EG9 B; 3ABK C; 1AVO B; 1VLS A; 3H65 A; 3LES A; 3W4Y A; 2HS5 A; 3W8I A; 4CDV A; 2XL4 A; 5FZT A; 1FR0 A; 3KKB A; 1SYQ A; 4ULV A; 3DJU B; 2ZPA A; 3C8G A; 2YZS A; 4OD4 A; 5DVW A; 4U5C E; 3DMD A; 4XQ1 A; 3VRC A; 2L81 A; 3L34 A; 5DS4 A; 4U5B E; 2XLW A; 3N2Z B; 1T6Q A; 3X2Q C; 3J06 A; 5L0C A; 3T6J A; 1M2V A; 3AQB A; 3JSE O; 4NCQ A; 5L0J A; 4LER A; 1J8M F; 5A6B A; 5JP7 A; 1VTM P; 4CS8 C; 1NFO A; 2HZ8 A; 4PJM A; 3GEE A; 3PHF 2; 5KYU B; 3C62 A; 3US6 A; 1XWJ A; 4AE4 A; 1OCZ C; 3VF0 A; 1IZM A; 4BEJ A; 1V4A A; 4KI2 A; 2R7W A; 4YN0 B; 4WAB A; 3U0C A; 4PAC A; 1ZVZ A; 4OIO F; 4IWB A; 5JT4 A; 1PCX A; 1UFB A; 3UGO A; 3O39 A; 2AVK A; 4G7Z F; 4JJG A; 3G50 A; 2WVQ A; 2IXO A; 3SXY A; 4XEV A; 2Z15 A; 1ZHZ A; 4YT5 A; 2IBF A; 3U2L A; 3VYW A; 2QUP A; 4Z9H A; 4JW1 A; 1FFH A; 4MND A; 1NFN A; 2C03 A; 2B0J A; 3HKK A; 4CSA A; 1JPN A; 3LS1 A; 4GYT A; 1S05 A; 2YEV A; 5EK0 A; 1YA7 O; 3OA1 A; 3TD7 A; 3WHN A; 1D0Y A; 2XLD A; 2L9J A; 5B1A C; 4ER9 A; 2OEV A; 1QSP A; 1VMA A; 3ABM C; 3RH3 A; 3K1H A; 5L0D A; 1W2W A; 3UMH A; 3VAY A; 3IQ6 A; 3JRM O; 4OD5 A; 3U3F A; 2R02 A; 5KYX A; 2HSB A; 2LFD A; 2OG2 A; 3NMK A; 2ASR A; 3CZ6 A; 1ZHT A; 2AU5 A; 4JEA A; 2HMZ A; 2DI3 A; 5GPG B; 1I4Y A; 1Q0K A; 3JZ0 A; 5A6J A; 1GS9 A; 2IYL D; 4QI2 A; 1D0Z A; 4JIO A; 2J7P A; 1M6T A; 1OCC C; 1V55 C; 4R32 A; 3RKO F; 1QPU A; 3HNL A; 5T1D B; 3SZR A; 4C3D A; 3T9O A; 3SNH A; 5JS5 A; 4LLE A; 1LS1 A; 1BR4 A; 1JR8 A; 1XZP A; 2JX0 A; 2YKZ A; 4PJN A; 1SZI A; 1Z5Z A; 1ZHW A; 3ZTZ A; 1NBB A; 3A11 A; 1O5H A; 3BEH A; 3K6B A; 3DJN B; 3U9J A; 1ZYR F; 4OIR F; 4DVY P; 3TK0 A; 4OIP F; 2R7O A; 1BBH A; 3V5Z A; 2HJ3 A; 3JCU Q; 3LEV A; 2XLO A; 3F46 A; 3V7O A; 3ZVR A; 2WZF A; 2MWQ A; 2EIJ C; 3I5P A; 1YLM A; 3FMS A; 1RJ9 A; 1VYK A; 5DS5 A; 1WAS A; 2BE5 F; 4PJJ A; 3S29 A; 1OXK A; 2FFH A; 2X0C A; 4JJF A; 2A68 F; 2NSF A; 1JMW A; 2XS1 A; 2YL1 A; 4G78 A; 3AG4 C; 5T3T A; 3RW0 A; 1Q0G A; 1ORY A; 4XPX A; 2I8B A; 3NRH A; 2GWW A; 3FXH A; 3RQF A; 1K04 A; 1C03 A; 4XPW A; 4DRJ B; 1Z23 A; 4W8K A; 1Q0M A; 1FTS A; 1YAR O; 3G4Z A; 3QW0 A; 4NTA A; 4E0H A; 5E3C A; 2NUP B; 3ATP A; 4KBL A; 3S84 A; 1FMV A; 1PD0 A; 2VH3 A; 4OIQ F; 5T3W A; 3MFN A; 1L7C A; 4IAQ A; 1Q0D A; 1WWP A; 4X0R A; 4D4X A; 2ZXO A; 4WJ0 A; 3C7J A; 3GOD A; 2YQY A; 4H4K C; 3OWT A; 4O6Y A; 3RVZ A; 3SXM A; 3UMI A; 4MW8 A; 3EH2 A; 1RMV A; 1M56 C; 3M4B A; 4MTG A; 4A2N B; 1E84 A; 2KC3 A; 4O79 A; 1TQG A; 1LE4 A; 3JSZ A; 2KW3 C; 3DI5 A; 3TJ6 A; 2Y69 C; 4P6I C; 3PCV A; 3ZWI A; 5DQZ A; 1Y6D A; 5K0I A; 2W9Y A; 1HY5 A; 1YZA A; 4KNW A; 4MTO A; 4CBE A; 1RKE A; 3S27 A; 5A6A A; 1G5Z A; 2PX3 A; 1ZHX A; 3RQG A; 4M63 A; 1O87 A; 2ZXR A; 1TR2 A; 1E83 A; 2KYH A; 2G3V A; 4JCZ A; 4G7O F; 1RKE B; 4W8P A; 2NSG A; 2OKU A; 4E7S A; 5EGY A; 2Y3G A; 2HV6 A; 2R7X A; 3L8J A; 1YYX A; 3U9M A; 4DOZ A; 4HEA J; 2Y3D A; 1CGN A; 1VB5 A; 2EIN C; 2H7O A; 1F1M A; 3FOO A; 3JRT A; 3W8H A; 3LLK A; 1I4Z A; 1U89 A; 3EFO A; 4ZLC A; 2VC9 A; 2CNW A; 1ZU4 A; 3FHD A; 1VYI A; 4MVS A; 3UMK A; 4BJ6 A; 4PFP A; 4CX9 A; 4P9F A; 4YT2 A; 4I44 A; 3OEO A; 5KYW B; 2LCH A; 2HSQ A; 1RCP A; 3DE9 A; 4J7T A; 2R7V A; 4MVR A; 3B0V C; 1U6H A; 4E17 A; 1MND A; 3I4U A; 3Q6M A; 1LI5 A; 4ULW A; 2DGJ A; 5JRA A; 1MMD A; 2L7A A; 5BUO A; 2QE9 A; 3WG7 C; 1TFK B; 2A69 F; 4E7Z A; 2HMQ A; 3B0U X; 1PD1 A; 3CAX A; 2R7S A; 1VLT A; 2WL8 A; 1FNT c; 2XL6 A; 2G62 A; 3HJC A; 3GM3 A; 3EJN A; 1WTY A; 2A0U A; 4LDQ A; 5JUA A; 2UUI A; 5B1B C; 2LIG A; 3KYI A; 1HMD A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3JSE O; 3JRM O; 1YAR O; 1YAU O; 1YA7 O; 3IPM O; 1Z7Q c; 1FNT c; 3JTL O; 1AVO B;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
